Souprava na extrakci nukleových kyselin. Uživatelská příručka

Transkript

1 magnesia 16 Souprava na extrakci nukleových kyselin Uživatelská příručka LAB MARK, a.s. Pod Cihlenou 23 * Praha Česká republika Tel.: Fax: labmark@labmark.cz * IVD CE Pouze pro in vitro diagnostiku Určené pro extrakční přístroj Magnesia 16

2 Bezpečnostní pokyny Řiďte se platnými bezpečnostními pokyny pro práci s elektrickými zařízeními a potenciálně infekčními materiály. Používejte bezpečnostní ochranné pomůcky. Jak zacházet s reagenční soupravou Do prístroje Magnesia 16 vložte vše potřebné príslušenství a svoje vzorky. Stlačte START. Po stlačení klávesy START se spustí kalibrace a inicializace. Zadajte kód kazety, který je uvedený na reagenční kazetě. Kód je uvedený i v manuále. POZOR! Kód na obrázku (201) je jen demonstrační, vždy uveďte kód na Vami používané reagenční kazetě. Znovu zadejte kód a stlačte ENTER, přejdete na další stranu, kde se zadáva objem vzorku.

3 Zvolte objem vzorku. Potvrďte Vami zadaný objem vzorku. Stlačením ENTER se dostanete na další stranu, stlačením Esc se vrátíte na stranu Stand-By. V tomto kroku vložte stojany do pracovní oblasti. Po vložení stojanů stlačte Enter, dostanete se na další stranu, kde se volí eluční objem. Zvolte konečný eluční objem. V tomto kroku se na přístroji Magnesia 16 spustí navolený protokol. Začne svítit zelené LCD světlo a vyhřívací blok se začne zahřívat na 65 C pro lyzační krok. Po dobu pracovíj činnosti stále svítí kontrolka na přístroji. NEOTVÍREJTE přední kryt přístroje, protože to by znamenalo okamžité zastavení činnosti přístroje a tím by ste mohli přijít o vzorky. Po ukončení programu se ozve zvukový signál a zelená LCD kontrolka zhasne.

4 Souprava na extrakci nukleových kyselin pro přístroj Magnesia Genomic DNA Whole Blood (rychlá instalace) Určené na purifikaci genomické DNA z plné lidské krve na přístroji Magnesia 16 Kód kazety 101 Katal.č. MGB //MGB Obsah soupravy Zkontrolujte obsah balení: Kat.č. MGB Kat.č. MGB Kazeta s reagenciemi 36 ks Kazeta s reagenciemi 96 ks Pipetovací špička 36 ks Pipetovací špička 100 ks Držák špičky 36 ks Držák špičky 100 ks Vzorková zkumavka 36 ks Vzorková zkumavka 100 ks Eluční zkumavka (ependorfka) 36 ks Eluční zkumavka (ependorfka) 100 ks Skladování a stabilita: Soupravu skladujte při pokojkové teplotě. Trvanlivost 6 měsíců. Složení kazety: Popis Reagenční souprava Genomic DNA Whole Blood je určená na purifikaci celkové DNA (včetně genomické, mitochondriální a virové DNA) z plné krve, plazmy, buffy coat a séra na přístroji Magnesia 16. V soupravě se nacházejí předplněné kazety s reagenciemi obsahujícími proteinázu K, chaotropní sůl, guanidin hydrochlorid na lýzování buněk a degradaci proteinů. DNA v chaotropní soli se váže na celulózu, která je navázaná na magnetických částicích. Po vymytí nezreagovaných součástí je purifikovaná DNA eluovaná elučním pufrem s nízkým obsaham solí, nebo vodou. Purifikovaná DNA o délce přibližně kb je vhodná pro PCR nebo jiné enzymatické reakce.

5 Aplikace Souprava je určená pro všeobecné laboratorní použití. Pomocí technologie magnetických částic se purifikuje genomická DNA z čerstvé plné krve. Purifikovaná genomická DNA se může přímo aplikovat při kvantitativní PCR, při štěpení restrikčními enzymy, při southern bloting. Doba extrakce: 44 min (objem vzorku: 200 µl) // 57 min (objem vzorku: 400 µl) Protokol plná krev Do mikrocentrifugační zkumavky napipetujte 200 / 400 µl vzorky plné krve, potom vložte zkumavku do čtvrté řady v T-stojanu. Volitelný krok: Degradace RNA Je-li potřeba odstranit při izolaci DNA i RNA, proveďte tyto volitelné kroky. 1. Pipetujte 4 µl RNázy A (50mg/ml) do lyzátu. 2. Inkubujte vzorek při pokojové teplotě 20 min. Protokol buffy coat modify RBC lyzační pufr: 150 mm NH 4 Cl, 10 mm KHCO 3, 0,1 mm EDTA Postup 1 Lýzováni 1. Do 2 ml mikrocentrifugační zkumavky napipetujte 600 ~ 700 µl plné krve. (Nepipetujte více než 700 µl vzorku plné krve, během činnosti by mohlo dojít k přetékání.) 2. Přidejte 1 ml RBC lýzačního pufru, obsah zkumavky promíchejte jejím převrácením vzhůru dnem. 3. Zkumavku promíchejte 5 min při 100 rpm. 4. Zkumavku centrifugujte 1 min při 13,000 rpm. 5. Odstraňte supernatant. 6. Zopakujte krok 2 až 5 kvůli opětovnému promytí 7. Přidejte 400 µl RBC lýzačního pufru a 20 µl proteinázy K na rozpuštění sedimentu. 8. Pokračujte v postupu pro Magnesia 16, do vzorkové zkumavky napipetujte takto připravený vzorek a zvolte objem vzorku 400 µl. Postup 2 Centrifugování 1. Do zkumavky napipetujte 2 ~ 5 ml plné krve a centrifugujte ji 10 min při 3,000 rpm. 2. Pomocí plastové pipety naberte z vrstvy white buffy coat ze středu vzorku plné krve. 3. Přeneste buffy coat do nové mikrocentrifugační zkumavky. 4. Napipetujte 80 ~ 100 µl ze vzorku buffy coat do vzorkové zkumavky Magnesia 16 a přidávajte RBC lýzační pufr nebo PBS, dokud není objem v zkumavce 400 µl, potom přidejte 20 µl proteinázy K. 5. Pokračujte v Magnesia 16 postupu a zvolte objem vzorku 400 µl. Poznámka: Doporučujeme zvolit 150 ~ 200 µl elučního pufru, kvůli lepší eluční účinnosti. Za normálních okolností při tomto elučním objemu je koncentrace vyšší než 150 ng/µl.

6 Souprava na extrakci nukleových kyselin pro přístroj Magnesia Genomic DNA Whole Blood Určené na purifikaci genomické DNA z plné lidské krve na přístroji Magnesia 16 Kód kazety 102 Katal.č. MGB // MGB Obsah soupravy Zkontrolujte obsah balení: Kat.č. MGB Kat.č. MGB Kazeta s reagenciemi 36 ks Kazeta s reagenciemi 96 ks Pipetovací špička 36 ks Pipetovací špička 100 ks Držák špičky 36 ks Držák špičky 100 ks Vzorková zkumavka 36 ks Vzorková zkumavka 100 ks Eluční zkumavka (ependorfka) 36 ks Eluční zkumavka (ependorfka) 100 ks Proteináza K (11 mg) 2 ks Proteináza K (11 mg) 4 ks PK skladovací pufr 2 ks PK skladovací pufr 4 ks Skladování a stabilita: Soupravu skladujte při pokojkové teplotě. Trvanlivost 12 měsíců. Proteinázu K uchovávejte při -20 C, je-li promíchána s PK skladovacím pufrem. Složení kazety: Popis Reagenční souprava Magnesia 16 genomická DNA z plné krve je určená na purifikaci celkové DNA (včetně genomické, mitochondriální a virusové DNA) z plné krve, plazmy, buffy coat a séra na přístroji Magnesia 16. V soupravě se nacházejí předplněné kazety s reagenciemi obsahujícími chaotropní sůl, guanidin hydrochlorid na lýzování buněk a degradaci proteinů. DNA v chaotropní soli se váže na celulózu, která je navázaná na magnetických částicích. Po vymytí nezreagovaných součástí je purifikovaná DNA eluovaná elučním pufrem s nízkým obsaham solí, nebo vodou. Purifikovaná DNA o délce přibližně kb je vhodná pro PCR nebo jiné enzymatické reakce.

7 Aplikace Souprava je určená pro všeobecné laboratorní použití. Pomocí technologie magnetických částic se purifikuje genomická DNA z čerstvé plné krve. Purifikovaná genomická DNA se může přímo aplikovat při kvantitativní PCR, při štěpení restrikčními enzymy, při southern bloting. Doba extrakce: 44 min (objem vzorku: 200 µl) // 57 min (objem vzorku: 400 µl) Na začátku připravte 1. Do zkumavky s Proteinázou K přidejte 1,1 ml PK skladovacího pufru a promíchajte na vortexu. Takto připravenou Proteinázu K (10 mg/ml) skladujte pri -20 C. Protokol plná krev 1. Do nové vzorkové zkumavky přidejte 20 µl Proteinázy K (10 mg/ml) poměrně k 200 µl vzorku plné krve (40 µl Proteinázy K ku 400 µl plné krve). 2. Vložte vzorkovou zkumavku do čtvrté řady v T-stojanu. Volitelný krok: Degradace RNA Je-li potřeba odstranit při izolaci DNA i RNA, proveďte tyto volitelné kroky. 1. Pipetujte 4 µl RNázy A (50mg/ml) do lyzátu. 2. Inkubujte vzorek při pokojové teplotě 20 min. Protokol buffy coat modify RBC lyzační pufr: 150 mm NH 4 Cl, 10 mm KHCO 3, 0,1 mm EDTA Postup 1 Lýzováni 9. Do 2 ml mikrocentrifugační zkumavky napipetujte 600 ~ 700 µl plné krve. (Nepipetujte více než 700 µl vzorku plné krve, během činnosti by mohlo dojít k přetékání.) 10. Přidejte 1 ml RBC lýzačního pufru, obsah zkumavky promíchejte jejím převrácením vzhůru dnem. 11. Zkumavku promíchejte 5 min při 100 rpm. 12. Zkumavku centrifugujte 1 min při 13,000 rpm. 13. Odstraňte supernatant. 14. Zopakujte krok 2 až 5 kvůli opětovnému promytí 15. Přidejte 400 µl RBC lýzačního pufru a 20 µl proteinázy K na rozpuštění sedimentu. 16. Pokračujte v postupu pro Magnesia 16, do vzorkové zkumavky napipetujte takto připravený vzorek a zvolte objem vzorku 400 µl. Postup 2 Centrifugování 6. Do zkumavky napipetujte 2 ~ 5 ml plné krve a centrifugujte ji 10 min při 3,000 rpm. 7. Pomocí plastové pipety naberte z vrstvy white buffy coat ze středu vzorku plné krve. 8. Přeneste buffy coat do nové mikrocentrifugační zkumavky. 9. Napipetujte 80 ~ 100 µl ze vzorku buffy coat do vzorkové zkumavky Magnesia 16 a přidávajte RBC lýzační pufr nebo PBS, dokud není objem v zkumavce 400 µl, potom přidejte 20 µl proteinázy K. 10. Pokračujte v Magnesia 16 postupu a zvolte objem vzorku 400 µl. Poznámka: Doporučujeme zvolit 150 ~ 200 µl elučního pufru, kvůli lepší eluční účinnosti. Za normálních okolností při tomto elučním objemu je koncentrace vyšší než 150 ng/µl.