IVD Bacterial Test Standard

Transkript

1 Návod k použití IVD Bacterial Test Standard Standard pro kalibraci hmotnostního spektrometru s typickým profilem peptidů a proteinů Escherichia coli DH5 alfa a dalšími proteiny. Pro použití při hmotnostní spektrometrii s laserovou desorpcí/ionizací za účasti matrice s použitím průletového analyzátoru (MALDI-TOF-MS). Produkty společnosti CARE jsou určeny k tomu, aby po celém světě podporovaly naše zákazníky vysoce kvalitním spotřebním materiálem, příslušenstvím a jednoúčelovými sadami. Výrobní sortiment CARE je účelově optimalizován a certifikován pro použití se všemi systémy Bruker Daltonics. Jazyk: cs Revize 3 (leden 2014)

2 1 Předpokládané použití 2 2 Popis výrobku 2 3 Kontrola, skladování a trvanlivost Kontrola při přijetí Skladování po přijetí Skladování po rozdělení na alikvotní podíly 3 4 Informace o rizicích a bezpečnosti 3 5 Softwarové požadavky 4 6 IVD BTS postup přípravy vzorku Rozpuštění a příprava alikvotních podílů IVD BTS Příprava vzorku IVD BTS na nosiči MALDI 5 7 Kalibrace hmotnostního spektrometru Bruker MALDI-TOF s použitím IVD BTS Používané kalibrační body Kalibrační postupy Manuální kalibrační postup Automatický kalibrační postup 9 8 Výrobce 12 1 Předpokládané použití IVD Bacterial Test Standard je produkt pro diagnostiku in vitro, určený ke kalibraci a optimalizaci funkcí hmotnostních spektrometrů Bruker MALDI-TOF a ke kontrole funkce při identifikaci mikroorganismů kultivovaných z lidských vzorků. 2 Popis výrobku IVD Bacterial Test Standard (dále jako 'IVD BTS') obsahuje pečlivě připravený extrakt Escherichia coli DH5 alfa, který vykazuje ve hmotnostních spektrech MALDI- TOF charakteristický profil peptidů a proteinů. Tento extrakt je naočkován dalšími dvěma proteiny, které rozšiřují horní hranici hmotnostního rozsahu pokrytého IVD BTS. Celkový hmotnostní rozsah, který IVD BTS pokrývá, je 3,6 až 17 kda. Každá zkumavka obsahuje dostatek materiálu pro přípravu přibližně 40 míst na nosiči MALDI. Tato sada představuje přípravek pro diagnostiku in vitro. Informace pro objednávku Výrobek Číslo dílu IVD Bacterial Test Standard, 5 zkumavek č (nebo č ) Strana 2 z 12 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize 3

3 3 Kontrola, skladování a trvanlivost 3.1 Kontrola při přijetí Při přijetí zkontrolujte obal produktu IVD BTS. Pokud je obal poškozený, zkontrolujte zkumavky. Jestliže jsou zkumavky poškozené, IVD BTS nesmíte použít. Zlikvidujte produkt IVD BTS (zkumavky a obal) podle pokynů na příslušném bezpečnostním listu materiálu a požádejte oddělení služeb společnosti Bruker Daltonik GmbH (biotyper.support@bdal.de) o náhradu. 3.2 Skladování po přijetí 18 C IVD BTS se dodává při teplotě okolí, ihned po přijetí však musí být uskladněn při teplotě 18 C nebo nižší. Datum spotřeby uvedené na obalu platí, jestliže je po přijetí produkt IVD BTS skladován při teplotě 18 C nebo nižší. 3.3 Skladování po rozdělení na alikvotní podíly IVD BTS musí být před použitím rozpuštěn. Důrazně doporučujeme rozdělit IVD BTS na alikvotní podíly, zmrazit je a ke skladování zmražených alikvotních podílů používat odstředivkové mikrozkumavky o objemu 0,5 ml se šroubovacím uzávěrem. 18 C Rozpuštěný a zmražený IVD BTS lze při teplotě 18 C nebo nižší skladovat po dobu maximálně 5 měsíců. Časem lze zjistit produkty oxidace. Tyto produkty oxidace kvalitu spektra výrazně neovlivňují. 4 Informace o rizicích a bezpečnosti Tento produkt není klasifikován podle Nařízení (ES) č. 1272/2008, proto není klasifikován ani podle globálně harmonizovaného systému klasifikace a označování chemikálií (GHS). Podle zkušeností výrobce nemá tento produkt žádné škodlivé účinky v případě použití a zacházení podle specifikací. Všechny materiály však mohou představovat neznámá nebezpečí a je třeba s nimi zacházet opatrně. Bližší informace naleznete v materiálovém bezpečnostním listu, který si lze stáhnout z webových stránek Pro postupy uvedené v tomto Návodu k použití mohou být zapotřebí další chemikálie. Přečtěte si pozorně materiálový bezpečnostní list dodaný dodavatelem a při práci s chemikáliemi nebo nebezpečným biologickým materiálem dodržujte obecné bezpečnostní předpisy. Revize 3 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 3 z 12

4 5 Softwarové požadavky Některé verze/kombinace softwaru vyžadují bezplatný patch, aby podporovaly aplikaci IVD BTS (viz tabulka 1). Podporu při instalaci vám poskytne místní servisní tým společnosti Bruker Daltonics. Tabulka 1 Požadavky na software patch Verze softwaru Verze aplikace Compass Je nutný software patch? Verze aplikace flexcontrol Ne Ne Ano Ano Ano Ano Ano Ano 6 IVD BTS postup přípravy vzorku Poznámka Nepoužívejte následující postup, pokud váš pracovní postup obsahuje předepsané metody pro přípravu vzorků IVD BTS (například IVD MALDI Biotyper SOPs). Předběžné poznámky Špatnou přípravou vzorku dojde ke snížení citlivosti a následkem bude nízké rozlišení a špatná reprodukovatelnost. Tvorba iontů pomocí MALDI závisí na přítomnosti látky matrice a analytu v optimálním poměru. Nejlepších výsledků dosáhnete při použití čerstvě připravených roztoků a chemických látek nejvyšší dostupné čistoty (například rozpouštědel CHROMASOLV LC-MS). Požadované chemické látky a materiály Matrice IVD Matrix HCCA-portioned (dále nazývaná IVD HCCA) (č nebo č ) nebo Matrix HCCA-portioned (dále nazývaná HCCA, HCCA = kyselina α-kyano-4- hydroxyskořicová) (č nebo č ), kterou je nutné připravit, jak popisuje příslušný Návod k použití. K rozpouštění IVD BTS se doporučuje standardní roztok (acetonitril 50%, voda 47,5% a kyselina trifluoroctová 2,5%) od společnosti Sigma- Aldrich (č ), který byl vyzkoušen Bruker Daltonik GmbH. Mikrozkumavky (Sarstedt, č ) se šroubovacím uzávěrem (Sarstedt, č ). Typ nosiče MALDI zvolený pro váš pracovní postup. Potřebná zařízení a nástroje Odstředivka, míchačka, pipety, pipetové špičky Strana 4 z 12 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize 3

5 6.1 Rozpuštění a příprava alikvotních podílů IVD BTS 1. K peletě IVD BTS přidejte 50 µl rozpouštědla pro standardy a rozpouštějte opakovaným pipetováním (nejméně 20x) při laboratorní teplotě. Zabraňte zpěnění roztoku! 2. Roztok IVD BTS inkubujte po dobu 5 minut při laboratorní teplotě a potom promíchejte opakovaným pipetováním nejméně 20x. 3. Po dobu 2 minut při laboratorní teplotě odstřeďujte v centrifuze při otáčkách za minutu. 4. Do mikrozkumavek se šroubovacím uzávěrem napipetujte 5 μl alikvotních podílů supernatantu a zkumavky pevně uzavřete. 5. Alikvotní podíly skladujte při teplotě 18 C nebo nižší. 6.2 Příprava vzorku IVD BTS na nosiči MALDI Poznámka Zmražené alikvotní podíly IVD BTS nechejte roztát při laboratorní teplotě a mikrozkumavku se šroubovacím uzávěrem ručním třepáním promíchejte. Mikrozkumavky se šroubovacím uzávěrem je nutné uzavřít a uskladnit při teplotě -18 C nebo nižší ihned po přípravě míst vzorku IVD BTS. Každých 5 µl alikvotního podílu obsahuje dostatek materiálu nejméně na 4 místa vzorku. 1. Naneste 1 µl roztoku IVD BTS na kteroukoli pozici nosiče MALDI. 2. Vzorek IVD BTS vysušte při laboratorní teplotě. 3. Okamžitě po vysušení překryjte místo vzorku IVD BTS 1 µl roztoku matrice IVD HCCA nebo HCCA. 4. Vzorek vysušte při laboratorní teplotě. Příprava musí být homogenní. 7 Kalibrace hmotnostního spektrometru Bruker MALDI-TOF s použitím IVD BTS 7.1 Používané kalibrační body Tabulka 2 Kalibrační body s limitem hmotnostní tolerance ±300 ppm Protein Referenční hmotnost (průměrná hmotnost) rozsah ±300 ppm RL29 [M+2H] ,8 Da od 3636,7 Da do 3638,8 Da RS32 [M+H] ,8 Da od 5095,3 Da do 5098,3 Da RS34 [M+H] ,4 Da od 5379,8 Da do 5383,0 Da RS33meth [M+H] ,4 Da od 6253,5 Da do 6257,3 Da Revize 3 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 5 z 12

6 Protein Referenční hmotnost (průměrná hmotnost) rozsah ±300 ppm RL29 [M+H] ,5 Da od 7272,3 Da do 7276,7 Da RS19 [M+H] ,1 Da od ,0 Da do ,2 Da RNAse A [M+H] ,2 Da od ,1 Da do ,3 Da Myoglobin [M+H] ,3 Da od ,2 Da do ,4 Da 7.2 Kalibrační postupy Je možné použít manuální i automatickou kalibraci. Manuální kalibrační postup lze použít u všech verzí programu flexcontrol, zatímco automatický kalibrační postup vyžaduje verzi flexcontrol 3.3 nebo novější Manuální kalibrační postup 1. Do hmotnostního spektrometru MALDI-TOF vložte připravený nosič MALDI se vzorkem IVD BTS. 2. Ujistěte se, že program flexcontrol běží. 3. K měření a kalibraci použijte standardní metodu flexcontrol MBT_FC.par (lineární a pozitivní režim). 4. Manuálně změřte sumární spektrum sečtením 6 x 40 laserových impulzů z různých pozic na místě IVD BTS. Na každé požadované pozici klikněte na tlačítko Start a poté na tlačítko Add ; bude zaznamenáno celkem 240 laserových pulzů a zobrazí se. Hladinu energie laseru je nutno optimalizovat. Volitelně: Alternativně lze automaticky změřit sumární spektrum tímto způsobem: klikněte na kartu AutoXecute; vyberte metodu autox (MBT_AutoX) z rozevíracího seznamu Method (Obr. 1); klikněte na tlačítko Run method on current spot. Obr. 1 Karta AutoXecute se zvolenou metodou automatického měření sumárního spektra MBT_AutoX Toto nastavení vede k automatickému změření sumárního spektra. 5. Kliknutím na tlačítko na panelu nástrojů Single Buffer skryjete aktuálně zobrazené jednoduché spektrum. Tím se aktivuje tlačítko na panelu nástrojů Sum Buffer a zobrazí se změřené sumární spektrum. 6. Kliknutím na tlačítko na panelu nástrojů Smooth Spectrum vyhladíte sumární spektrum (Obr. 2). Strana 6 z 12 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize 3

7 Obr. 2 Vyhlazené sumární spektrum IVD BTS 7. Klikněte na kartu Calibration a vyberte kalibrační soubor MBT_ Standard z rozevíracího seznamu Mass Control List (Obr. 3). Obr. 3 Karta Calibration zobrazující kontrolní seznam hmotností Mass Control List 8. Klikněte na tlačítko Automatic Assign, čímž automaticky vyberete správné kalibrační píky. Revize 3 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 7 z 12

8 9. Zkontrolujte, zda automatické přiřazení kalibračních píků proběhlo správně. Seznam kalibračních píků musí ukazovat, že všechny píky jsou přiřazeny a že maximální odchylka Err/ppm pro kterýkoli pík není větší než ±300 ppm (Obr. 4). Obr. 4 Výsledek automatického přiřazení kalibračních píků, kde všechny píky jsou přiřazeny a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm Podle výsledku postupujte dále následujícím způsobem: Jestliže jsou všechny píky přiřazeny a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm, automatické přiřazení kalibračních píků bylo úspěšné. Pokračujte krokem (12). Jestliže jsou všechny píky přiřazeny, ale maximální odchylka Err/ppm pro kterýkoli pík je větší než ±300 ppm, opakujte kroky (4) až (9). Jestliže jsou přiřazeny některé píky a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm, pokračujte krokem (10). Jestliže jsou všechny píky přiřazeny, ale maximální odchylka Err/ppm pro kterýkoli pík je větší než ±300 ppm, opakujte kroky (4) až (9). Pokud nebude přiřazen žádný pík, pokračujte krokem (11). 10. Klikněte na tlačítko Apply a zopakujte automatické přiřazení kalibračních píků kliknutím na tlačítko Automatic Assign. Zkontrolujte, zda jsou přiřazeny všechny píky a zda je maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky menší než ±300 ppm. Jestliže jsou všechny píky přiřazeny a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm, automatické přiřazení kalibračních píků bylo úspěšné. Pokračujte krokem (12). Jestliže nejsou přiřazeny všechny píky nebo jestli maximální odchylka Err/ppm pro kterýkoli pík je větší než ±300 ppm, opakujte kroky (4) až (9). Strana 8 z 12 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize 3

9 11. Manuálně vyberte pík na m/z Da kliknutím na levou stranu tohoto píku ve spektru. Při úspěšném přiřazení píku se musí barva svislé čáry vedle píku změnit z červené na zelenou (do seznamu kalibračních píků jsou zadána odpovídající data). Klikněte na tlačítko Apply Assign. a zopakujte automatické přiřazení kalibračních píků kliknutím na tlačítko Automatic Zkontrolujte, zda jsou přiřazeny všechny píky a zda je maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky menší než ±300 ppm. Jestliže jsou všechny píky přiřazeny a maximální odchylka Err/ppm pro všechny píky je menší než ±300 ppm, automatické přiřazení kalibračních píků bylo úspěšné. Pokračujte krokem (12). Jestliže nejsou přiřazeny všechny píky nebo jestli maximální odchylka Err/ppm pro kterýkoli pík je větší než ±300 ppm, opakujte kroky (4) až (9). 12. Po úspěšném automatickém přiřazení píků s maximální odchylkou Err/ppm pro všechny píky menší než ±300 ppm klikněte na tlačítko Apply. 13. Uložte nové kalibrační hodnoty do metody flexcontrol ( MBT_FC.par). Kliknutím na tlačítko na panelu nástrojů Save method as otevřete dialogové okno Save flexcontrol Method As. Klikněte na tlačítko Save. Potvrďte nahrazení souboru (MBT_FC.par) kliknutím na tlačítko Yes v potvrzovacím dialogovém okně (Obr. 5). Obr. 5 Dialogové okno s žádostí o potvrzení specifikovaného souboru metody Automatický kalibrační postup Poznámka Automatický kalibrační postup vyžaduje verzi flexcontrol 3.3 nebo novější. 1. Do hmotnostního spektrometru MALDI-TOF vložte připravený nosič MALDI se vzorkem IVD BTS. 2. Ujistěte se, že program flexcontrol běží. 3. K měření a kalibraci použijte standardní metodu flexcontrol MBT_FC.par (lineární a pozitivní režim). Revize 3 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 9 z 12

10 4. Zvolení Tools > Method Calibration Parameters (Obr. 6) umožňuje nastavit nebo zkontrolovat nastavení kalibrace pro metodu flexcontrol. Poznámka Nastavení parametrů kalibrace je vyžadováno pouze při první (úvodní) kalibraci. U pozdějších kalibrací je nutné zkontrolovat pouze zvolení správné metody autox (MBT_AutoX). Obr. 6 Příkaz Method Calibration Parameters z nabídky Tools 5. Zadejte nebo zkontrolujte nastavení parametrů automatické kalibrace podle Obr. 7. Poté klikněte na tlačítko OK. Obr. 7 Dialogové okno Edit Auto Calibration Parameters Strana 10 z 12 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize 3

11 6. Na kartě Calibration ( Obr. 3 ) zkontrolujte, zda je parametr Peak Assignment Tolerance nastaven na maximální hodnotu 1000 ppm (Obr. 8). Obr. 8 Parametr Peak Assignment Tolerance 7. Zahajte kalibraci kliknutím na tlačítko Calibrate. Sumární spektrum bude získáno automaticky sečtením 6 x 40 laserových impulzů z různých pozic na místě IVD BTS a kalibrace bude automaticky dokončena. Po úspěšné kalibraci se otevře dialogové okno s informacemi o kalibraci (Obr. 9). Kliknutím na tlačítko OK dokončete kalibraci. Obr. 9 Dialogové okno informací o kalibraci 8. Jestliže kalibrace neproběhla úspěšně, opakujte kroky (4) až (7) postupu automatické kalibrace, nebo proveďte manuální kalibraci podle postupu popsaného v části Revize 3 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Strana 11 z 12

12 8 Výrobce Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße Bremen Německo Podpora biotyper.support@bdal.de Tel: +49 (421) Fax: +49 (421) Obchodní informace care@bdal.de Tel.: +49 (421) Webové stránky: č (nebo č ) Popis a specifikace nahrazují všechny předchozí informace a mohou být kdykoli bez upozornění změněny. Copyright 2014 Bruker Daltonik GmbH Strana 12 z 12 IVD Bacterial Test Standard Návod k použití Revize 3