Elektromigrační metody
|
|
- Denis Ovčačík
- před 7 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Elektromigrační metody
2 Princip metoda využívaná k separaci makromolekul na základě náboje, konformace nebo velikosti migrace nabitéčástice v elektrickém poli je úměrná jejímu celkovému náboji, velikosti a tvaru v = q. E / f frikční koeficient (popisuje tvar a velikost molekuly) rychlost celkový náboj intenzita el. pole + pi > ph pi < ph kladný náboj záporný náboj malé částice s velkým nábojem velká pohyblivost velké částice s malým nábojem malá pohyblivost - volná elektroforesa zónová elektroforesa rovnovážná elektroforesa isoelektrická fokusace kapilární elektroforesa
3 Volná elektroforesa pufr vložením elektrod do pufru se molekuly proteinů začnou pohybovat k elektrodám s opačnou polaritou a rozdělí se na základě rozdílných nábojů a koeficientů tření vzniknou pohyblivá rozhraní mezi jednotlivými druhy proteinů nevýhody: konvekční míchání zón, mnoho vzorku, složitá aparatura vzorek
4 Zónová elektroforesa elektroforesa na nosiči nosiče: filtrační papír celulosa agarosa polyakrylamid omezení konvenčního míchání lepší rozdělení menší spotřeba vzorku elektroforéza na celulóze pohyb iontu v rozhodující míře závislý na poměru náboje k velikosti částice elektroforéza v gelu porózní gely umožňují separaci na principu molekulového síta a zároveň elektroforetické pohyblivosti provedení v trubičkách plošná vertikální horizontální
5 Aparatury pro trubičkové gely
6 AGAROSA Gely polysacharid z červených mořských řas extrémně jednoduchá příprava pory větší než 10 nm teplota tání 35 C - 95 C low melting agarosa (teplot a tání ~ 65 C) velikost pórů: 150 nm 1 % gel 500 nm 0,16 % gel široký separační rozsah, ale relativně nízkou rozpustnost koncentrační rozsah 0,5 % - 4 % fragmenty DNA bp (větší fragmenty pulsní elektroforesa bp) velmi velké proteiny a proteinové agregáty PUFR: Tris-acetát-EDTA (TAE) nebo Tris-borát-EDTA (TBE) NANÁŠECÍ PUFR ( loading buffer -PLB): sacharosa, glycerol,... bromphenolová modř a xylen-cyan
7 Nukleové kyseliny analysa a purifikace DNA restrikičních fragmentů Ethidium bromid, SYBR Green citlivost 100 pg 1 ng/proužek
8 % agarosa 0,7 0,9 1,2 1,5 2,0 rozsah [kb] 0,8-20 0,5-7 0,4-6 0,2-4 0,1-3
9 Pulsní gelová elektroforesa (PFG) použití: separace nukleových kyselin ( až bp)
10
11 Uspořádání PFG field inversion gel electrophoresis (FIGE) transverse alternating field electrophoresis (TAFE) rotating gel electrophoresis (RGE) clamped homogeneous electric field (CHEF)
12 FIGE 23 kb 48,5 kb 12 kb 0,5 kb Figure 2. Increased separation of the kb range with field inversion gel electrophoresis (FIGE). Run conditions: 230 V, 7.9 V/cm, 16 hrs., 50 msec. pulse, forward:reverse pulse ratio = 2.5:1, 1% GTG agarose, 0.5X TBE, 10 C.a) 1 kb ladder, kb; b) Lambda/Hind III, kb; and c) High molecular weight markers, kb. HSI Laboratories, Hoefer Scientific Instruments San Francisco, CA
13 RGE Figure 3. Rotating gel electrophoresis (RGE) separation Saccharomyces cercevisiae chromosomes ( kb). Run conditions: 180 V, 5.1 V/cm, 34 hrs., 120 angle, sec. pulse ramp, 0.5X TBE, 1.2% GTG agarose, 10 C. Two combs were used on the same gel to load 32 samples, a maximum of 72 are possible HSI Laboratories, Hoefer Scientific Instruments San Francisco, CA
14 Imunoelektroforesa ZÓNOVÁ ELEKTROFORESA/IMUNODIFUSE směs antigenù je nejprve elektroforeticky rozdělena, po té je do podélného žlábku nanesena směs protilátek a provedena imunodifuse tvorba precipitačních linií dojde-li k tvorbě komplexu Ag-Pl
15 ELEKTROIMUNODIFUSE - RAKETKOVÁ TECHNIKA gel obsahuje definovanou koncentraci protilátky
16 POLYAKRYLAMID chemicky inertní a mechanicky stabilní obtížnější příprava oproti agarosovému gelu T celková koncentrace akrylamidu C stupeň prokřížení podíl dimeru k monomeru T C = = a + b.100[%] V b.100[%] a + b a...hmotnost akryamidu [g] b hmotnost methylenbisakrylamidu [g] V objem [ml]
17 logu 200 = logu K T U T...relativní pohyblivost T 0 R. Fergusonova analýza U 0...volná relativní pohyblivost K R...tzv. retardační koeficient K. 2 7 R = 2, ,53.10 M r log UT koncentrace gelu [% T] Ferguson, K.A. (1964) Starch-gel electrophoresis-application to the classification of pituitary proteins and polypeptides. Metabolism 13,
18 Uspořádání: kontinuální diskontinuální PAGE ZAOSTŘOVACÍ GEL: nižší hodnota ph, nižší koncentrace polyakrylamidu DĚLÍCÍ GEL: má vyšší hodnotu ph než rozdělovací ELEKTRODOVÝ PUFR: Tris/Glycin/SDS zaostřovcí gel velké póry dělící gel malé póry princip zaostřování
19 SDS-PAGE Tris/Gly/SDS anionický detergent po zahřátí na 100 C rozbaluje protein a váže se na něj (1 molekula SDS na 2 AK, 1,4 g SDS na 1 g proteinu) velký náboj velká pohyblivost vysoké rozlišení dobrá fixace proužků lze odstranit z gelu, aniž by se uvolnily proteiny 10x vyšší detekční limit než nativní elfo Nevýhody: za nízkých teplot krystalizuje mnoho proteinů se chová anomálně -v důskedku neuniformní vazby SDS -proteiny s velkým záporným, velkým kladným nábojem a na prolin bohaté proteiny NANÁŠECÍ PUFR ( loading buffer -PLB): SDS, glycerol, DTT, pufr, bromfenolová modř, H 2 O
20
21
22 SDS-PAGE Tris/Tricin/SDS separace proteinů < 14 kda lineární rozlišení kda Tricin = N-Tris(hydroxymethyl) methyl glycine
23 SDS-PAGE Tris/Borát/EDTA elektroforesa glykoproteinů SDS se neváže na sacharidy CTAB-PAGE CTAB kationický detergent pro záporně nabité proteiny, silně bazické nukleoproteiny nedenaturuje protein, tj. řada proteinů má i po CTAB PAGE enzymatickou aktivitu kyselé prostředí ph 3-5 Nativní-PAGE i jiné pufry HEPES, MOPS, MES zymogramy
24 Gradientová gelová elektroforesa
25 Gradientová gelová elektroforesa
26 Preparativní PAGE
27 2D-PAGE
28
29
30 PAGE Nukleových kyselin sekvenování poslední krok sekvenace TBE pufr teplota > 50 C, p řítomnost močoviny manuální sekvenování radioaktivní značení 32 P - chromogenní nebo chemiluminiscenční detekce na membráně pomocí značené proby - barvení gelu stříbrem
31 08_dideoxy_sequencing.swf
32 automatizované sekvenování 4 rozdílné fluorescenční značky 1 fluorescenční značka - fluorescein
33
34 PAGE nukleových kyselin fragmentů DNA % akrylamid 3,5 5,0 8,0 12,0 20,0 rozsah [bp] ARDRA restrikční analysa amplifikované rdna rozdělení po restrikčním štěpení specifický obraz
35 ARDRA profiles after restriction with AluI of 18 different Mycoplasma species. Since all samples of the same species gave identical restriction patterns, the number of strains tested for each species is indicated in parenthesis. A Generuler 50-bp ladder (Fermentas) was used as size-marker. doi: /
36 DNA fingerprinting RFLP restriction fragment lenth polymorphism
37 DNA fingerprinting Analýza VNTR pomocí PCR (highly variable repeat sequences)
38
39
40 RAPD náhodně amplifikovaná polymorfní DNA rychlá detekce polymorfismu širokého spektra organismů 2 krátké primery, nízká teplota amplifikace sady různých DNA fragmentů o různé velikosti RAPD různých variet kvasinek
41 Silver-stained polyacrylamide gel showing three distinct RAPD profiles generated by primer OPE15 for Haemophilus ducreyi isolates from Tanzania, Senegal, Thailand, Europe, and North America.
42 Detekce mutantů pomocí PAGE ss KONFORMAČNÍ POLYMORFISMUS malá změna v sekvenci jiné intramolekulové párování jiná pohyblivost ds KONFORMAČNÍ POLYMORFISMUS - heteroduplex na elfo oba homoduplexy a heteroduplex možný posun
43 DGGE ELEKTROFORESA S GRADIENTEM DENATURUJÍCÍHO ČINIDLA detekce jednobodové mutace rozdílná elektroforetické pohyblivost částečně denaturovaných molekul (6 M močovina % formamid) TGGE ELEKTROFORESA S TEPLOTNÍM GRADIENTEM teplotní gradient (katoda 15 C, anoda 70 C)
44
45 Negative image of an ethidium bromide stained DGGE gel loaded with 16S rrna coding gene fragments
Elektromigrační metody
Elektromigrační metody Princip metoda využívaná k separaci makromolekul na základě náboje, konformace nebo velikosti migrace nabité částice v elektrickém poli je úměrná jejímu celkovému náboji, velikosti
VícePLANÁRNÍ (PLOŠNÁ) CHROMATOGRAFIE
PLANÁRNÍ (PLOŠNÁ) CHROMATOGRAFIE Tenkovrstvá chromatografie je technika pro identifikaci a separaci směsi organických látek Identifikace složek směsi (nutné použít standard) analysa frakcí sbíraných během
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti ELEKTROMIGRAČNÍ METODY ELEKTROFORÉZA K čemu to je? kritérium čistoty preparátu stanovení molekulové hmotnosti makromolekul stanovení izoelektrického
VíceELEKTROFORETICKÁ SEPARACE NUKLEOVÝCH KYSELIN
ELEKTROFORETICKÁ SEPARACE NUKLEOVÝCH KYSELIN Fragmenty nukleových kyselin lze dle jejich velikosti rozdělit elektroforézou. Elektroforéza využívá rozdílné pohyblivosti jednotlivých fragmentů, danou právě
VíceElektroforéza nukleových kyselin
Elektroforéza nukleových kyselin Elektroforéza nukleových kyselin je založena na tom, že NK jsou v neutrálním nebo zásaditém prostředí polyanionty. Protože se zvyšujícím se počtem nukleotidů v molekule
VíceElektromigrační metody
Elektromigrační metody Princip: molekuly nesoucí náboj se pohybují ve stejnosměrném elektrickém Arne Tiselius rozdělil proteiny krevního séra na základě jejich rozdílných rychlostí pohybu v elektrickém
VíceMOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE V BIOREMEDIACÍCH enumerace FISH průtoková cytometrie klonování produktů PCR sekvenování
VíceVizualizace DNA ETHIDIUM BROMID. fluorescenční barva interkalační činidlo. do gelu do pufru barvení po elfu SYBR GREEN
ETHIDIUM BROMID fluorescenční barva interkalační činidlo do gelu do pufru barvení po elfu Vizualizace DNA SYBR GREEN Barvení proteinů Coommassie Brilliant Blue Coomassie Blue x barvení stříbrem Porovnání
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceSDS polyakrylamidová gelová elektroforéza (SDS PAGE)
SDS polyakrylamidová gelová elektroforéza (SDS PAGE) Princip SDS polyakrylamidová gelová elektroforéza slouží k separaci proteinů na základě jejich velikosti (molekulové hmotnosti). Zahřátím vzorku za
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceIMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody. 3. ročník Klinická biologie a chemie
IMUNOANALÝZA elektroforetické separační metody 3. ročník Klinická biologie a chemie Princip elektroforézy I. Separační metoda využívající různé pohyblivosti různých iontů (složek směsi) ve stejnosměrném
VíceElektroforéza Sekvenování
Elektroforéza Sekvenování Výsledek PCR Elektroforéza V molekulární biologii se používá k separaci nukleových kyselin a bílkovin Principem je pohyb nabitých molekul v elektrickém poli Gelová, polyakrylamidová
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Proteiny analýza a manipulace Izolace, purifikace (rozdělovací metody) Centrifugace Chromatografie Elektroforéza Blotting (identifikace, western
Vícelaktoferin BSA α S2 -CN α S1 -CN Popis: BSA bovinní sérový albumin, CN kasein, LG- laktoglobulin, LA- laktalbumin
Aktivita KA 2340/4-8up Stanovení bílkovin v mléce pomocí SDS PAGE (elektroforéza na polyakrylamidovém gelu s přídavkem dodecyl sulfátu sodného) vypracovala: MVDr. Michaela Králová, Ph.D. Princip: Metoda
VíceDetekce Leidenské mutace
Detekce Leidenské mutace MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE 3. Restrikční štěpení, elektroforéza + interpretace výsledků Restrikční endonukleasy(restriktasy) bakteriální enzymy štěpící cizorodou dsdna na kratší úseky
VícePulzní gelová elektroforéza Při konvenční gelové elektroforéze je rozdělení molekul je podmíněno rychlejším průchodem menších molekul pórovitou
Pulzní gelová elektroforéza Při konvenční gelové elektroforéze je rozdělení molekul je podmíněno rychlejším průchodem menších molekul pórovitou strukturou gelové matrice. Tento princip separace se uplatňuje
VíceIdentifikace mikroorganismů pomocí sekvence jejich genu pro 16S rrna
Praktická úloha Identifikace mikroorganismů pomocí sekvence jejich genu pro 16S rrna Pro spolehlivou identifikaci mikroorganismů pomocí genetických metod se velmi často využívá stanovení nukleotidové sekvence
VíceElektroforéza nukleových kyselin. Molekulární biologie v hygieně potravin 2, 2014/15, Ivo Papoušek
Elektroforéza nukleových kyselin Molekulární biologie v hygieně potravin 2, 2014/15, Ivo Papoušek Elektroforéza Patří mezi nejpoužívanější separační techniky při izolaci a analýze nukleových kyselin (X
VíceFingerprinting mikrobiálního společenstva (DGGE/TGGE, RFLP,T-RFLP, AFLA, ARDRA, (A)RISA)
EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů Fingerprinting mikrobiálního společenstva (DGGE/TGGE, RFLP,T-RFLP, AFLA, ARDRA, (A)RISA) EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů DNA fingerprinting genetická
VíceObsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování
Obsah Protein Gel Electrophoresis Kitu a jeho skladování Protein Gel Electrophoresis Kit obsahuje veškerý potřebný materiál provádění vertikální polyakrilamidové gelové elektroforézy. Experiment provádějí
VíceWestern blotting. 10% APS 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl 20,28 µl 40,56 µl 81,12 µl
Western blotting 1. Příprava gelu složení aparatury hustotu gelu volit podle velikosti proteinů příprava rozdělovacího gelu: 10% 12% počet gelů 1 2 4 1 2 4 objem 6 ml 12 ml 24 ml 6 ml 12 ml 24 ml 40% akrylamid
VíceElektroforéza - I (v klasickém provedení)
Elektroforéza - I (v klasickém provedení) Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Elektroforéza B.D.Hames, D.Rickwood - Gel electrophoresis of proteins, Practical approach,
VíceMetody práce s proteinovými komplexy
Metody práce s proteinovými komplexy Zora Nováková, Zdeněk Hodný Proteinové komplexy tvořeny dvěma a více proteiny spojenými nekovalentními vazbami Van der Waalsovy síly vodíkové můstky hydrofobní interakce
VíceÚSTAV LÉKAŘSKÉ BIOCHEMIE 1.LF UK. Elektroforesa. v biochemii. Jan Pláteník. (grafická úprava obrázků Richard Buchal)
ÚSTAV LÉKAŘSKÉ BIOCHEMIE 1.LF UK Elektroforesa v biochemii Jan Pláteník (grafická úprava obrázků Richard Buchal) 2007/2008 Pojem elektroforesa znamená jakoukoliv experimentální techniku, založenou na pohybu
VíceHybridizace nukleových kyselin
Hybridizace nukleových kyselin Tvorba dvouřetězcových hybridů za dvou jednořetězcových a komplementárních molekul Založena na schopnosti denaturace a renaturace DNA. Denaturace DNA oddělení komplementárních
VíceElektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE
Elektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE Elektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE je jednoduchá, rychlá a reprodukovatelná metoda pro kvalifikovanou charakterizaci a srovnání bílkovin.tato metoda separuje
VíceSeminář izolačních technologií
Seminář izolačních technologií Zpracoval: Karel Bílek a Kateřina Svobodová Podpořeno FRVŠ 2385/2007 a 1305/2009 Úpravy a aktualizace: Pavla Chalupová ÚMFGZ MZLU v Brně 1 Lokalizace jaderné DNA 2 http://www.paternityexperts.com/basicgenetics.html
VíceDNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová
DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH Michaela Nesvadbová Význam identifikace živočišných druhů v krmivu a potravinách povinností každého výrobce je řádně a pravdivě označit
VíceAPLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY
APLIKOVANÉ ELEKTROMIGRAČNÍ METODY Princip: migrace elektricky nabitých částic v elektrickém poli Druhy iontů: +, -, obojaký (zwitterion), vícenásobný Typy migrace: a) přímá migrují ionty analytů b) nepřímá
VíceVyužití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin
Mendelova genetika v příkladech Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin Ing. Petra VESELÁ Ústav lesnické botaniky, dendrologie a geobiocenologie LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován
VíceELEKTROFORETICKÉ METODY
ELEKTROFORETICKÉ METODY ELEKTROFORETICKÁ SEPARACE AMINOKYSELIN NA PAPÍROVÉM NOSIČI Aminokyseliny lze rozdělit elektroforézou na papíře. Protože molekulová hmotnost jednotlivých aminokyselin není příliš
VíceGenetické markery - princip a využití
Genetika a šlechtění lesních dřevin Genetické markery - princip a využití Doc. Ing. RNDr. Eva Palátová, PhD. Ing. R. Longauer, CSc. Ústav zakládání a pěstění lesů LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován
VícePROTOKOL WESTERN BLOT
WESTERN BLOT 1. PŘÍPRAVA ELEKTROFORETICKÉ APARATURY Saponátem a vodou se důkladně umyjí skla, plastové vložky a hřebínek, poté se důkladně opláchnou deionizovanou/destilovanou vodou a etanolem a nechají
VíceBiofyzikální ústav AV ČR, Laboratoř molekulární epigenetiky, Královopolská 135, 612 65 Brno, tel.: 541 517 230, e-mail: matyasek@ibp.
BIOLOGICKÉ LISTY 68 (3): 207-211, 2003 Způsoby detekce polymorfismu homologních DNA a jejich využití při studiu změn ve struktuře rodičovských genomů u modelových allotetraploidních druhů rodu Nicotiana
VíceHybridizace. doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz
Hybridizace doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2013 Obsah přednášky 1) Způsoby provedení hybridizace 2) Hybridizace v roztoku 3) Příprava značených sond 4) Hybridizace
VíceMetody molekulární biologie
Metody molekulární biologie 1. Základní metody molekulární biologie A. Izolace nukleových kyselin Metody využívající různé rozpustnosti Metody adsorpční Izolace RNA B. Centrifugační techniky o Princip
VíceGenetické markery, markery DNA
Obecná genetika Genetické markery, markery DNA Prof. Ing. Dušan GÖMÖRY, DrSc. Ing. Roman LONGAUER, CSc. Ústav zakládání a pěstění lesů LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním
VíceIZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I. Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek
IZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek Studium aktinu, mikrofilamentární složky cytoskeletu pomocí dvou metod: detekce přímo v buňkách - fluorescenční barvení
VícePROTEINOVÁ DENATURUJÍCÍ ELEKTROFORÉZA (SDS PAGE)
PROTEINOVÁ DENATURUJÍCÍ ELEKTROFORÉZA (SDS PAGE) Denaturující proteinová elektroforéza (SDS PAGE - SDS Protein Acrylamide Gel Electrophoresis) je metoda, která se používá k separaci proteinů podle velikosti,
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
VíceCENÍK. Restrikční enzymy
CENÍK obchodní divize Forenzní DNA servis, s.r.o. Budínova 2, 180 81 Praha 8, CZE tel/fax: 233 931 123, GSM: 731 503 250 e-mail: amplicon@dna.com.cz Cena chlazených a mražených produktů neobsahuje dopravné
VíceTento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/
Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/28.0018 Genetické markery Genetické markery = znaky, které informují o genotypu - vhodné jsou znaky,
VíceInovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie CZ.1.07/2.2.00/
Dělení bílkovin pomocí diskontinuální elektroforézy v polyakrylamidovém gelu (PAGE) Při elektroforéze dochází k pohybu (migraci) iontů v elektrickém poli. Elektroforetické metody se tedy používají k separaci
VíceTECHNICKÁ SPECIFIKACE Vybavení genetické laboratoře pro projekt EXTEMIT-K část B
TECHNICKÁ SPECIFIKACE Vybavení genetické laboratoře pro projekt EXTEMIT-K část B OBSAH Sestava pro vertikální elektroforézu... 2 Jednotka pro elektroforézu... 3 Termocykler... 4 Elektrický zdroj pro elektroforézu...
VíceEvropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti CHROMATOGRAFIE
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti CHROMATOGRAFIE Chromatografie co je to? : široká škála fyzikálních metod pro analýzu nebo separaci komplexních směsí proč je to super?
VíceVyužití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 10. Další metody
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin 10. Další metody Další molekulární markery trflp ISSRs (retro)transpozony kombinace a modifikace různých metod real-time PCR trflp
VíceDETEKCE A IDENTIFIKACE FYTOPATOGENNÍCH BAKTERIÍ METODOU PCR-RFLP
DETEKCE A IDENTIFIKACE FYTOPATOGENNÍCH BAKTERIÍ METODOU PCR-RFLP Polymerázová řetězová reakce (PCR) je in vitro metoda pro enzymatickou syntézu definované sekvence DNA. Reakce využívá dvou oligonukleotidových
VíceAnalýza DNA. Co zjišťujeme u DNA DNA. PCR polymerase chain reaction. Princip PCR PRINCIP METODY PCR
o zjišťujeme u DN nalýza DN enetickou podstatu konkrétních proteinů Mutace bodové (sekvenční delece nebo inzerce nukleotidů), chromosomové aberace (numerické, strukturální) Polymorfismy konkrétní mutace,
VíceMendelova genetika v příkladech. Genetické markery
Mendelova genetika v příkladech Genetické markery Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/28.0018 Hodnocení genetické proměnlivosti Fenotypový
VíceIzolace nukleových kyselin
Izolace nukleových kyselin Požadavky na izolaci nukleových kyselin V nativním stavu z přirozeného materiálu v dostatečném množství požadované čistotě. Nukleové kyseliny je třeba zbavit všech látek, které
VícePrvní testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti
První testový úkol aminokyseliny a jejich vlastnosti Vysvětlete co znamená pojem α-aminokyselina Jaký je rozdíl mezi D a L řadou aminokyselin Kolik je základních stavebních aminokyselin a z čeho jsou odvozeny
VícePolymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP)
ÚSTAV LÉKAŘSKÉ BIOCHEMIE A LABORATORNÍ DIAGNOSTIKY 1. LF UK Polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP) Praktické cvičení z lékařské biochemie Všeobecné lékařství Martin Vejražka 2017/18 Obsah POLYMORFISMUS
VíceSeparační metody používané v proteomice
Separační metody používané v proteomice Proteome = komplexní směsi proteinů Lidská buňka 10,000 typů proteinů Rozdíl v koncentraci 10 6,plasma10 9 Nutnost separace, frakcionace Na úrovni Proteinů Obtížně
VíceMOLEKULÁRNÍ METODY V EKOLOGII MIKROORGANIZMŮ
MOLEKULÁRNÍ METODY V EKOLOGII MIKROORGANIZMŮ (EKO/MMEM) DENATURAČNÍ GRADIENTOVÁ GELOVÁ ELEKTROFORÉZA Denaturační gradientová gelová elektroforéza (DGGE) je technologie umožňující separaci molekul DNA v
VícePokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii
Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1/1 Proč biofyzikální metody? Biofyzikální metody využívají fyzikální principy ke studiu biologických systémů Poskytují kvantitativní
VíceObecná biologie Fyziologie živočichů. Oddělení fyziologie a imunologie živočichů
Obecná biologie Fyziologie živočichů Oddělení fyziologie a imunologie živočichů Fyziologie: studium funkcí Imunologie: studium obranyschopnosti Srovnávací a ekologický přístup: živočichové včetně člověka
VíceCo zjišťujeme u DNA ACGGTCGACTGCGATGAACTCCC ACGGTCGACTGCGATCAACTCCC ACGGTCGACTGCGATTTGAACTCCC
Analýza DNA Co zjišťujeme u DNA genetickou podstatu konkrétních proteinů mutace bodové, sekvenční delece/inzerce nukleotidů, chromosomové aberace (numerické, strukturální) polymorfismy konkrétní mutace,
VíceMODULARIZACE VÝUKY EVOLUČNÍ A EKOLOGICKÉ BIOLOGIE CZ.1.07/2.2.00/ Metodologie molekulární fylogeneze a taxonomie hmyzu Bi7770 Andrea Tóthová
MODULARIZACE VÝUKY EVOLUČNÍ A EKOLOGICKÉ BIOLOGIE CZ.1.07/2.2.00/15.0204 Metodologie molekulární fylogeneze a taxonomie hmyzu Bi7770 Andrea Tóthová Metody Molekulární znaky mají oproti klasickým řadu výhod:
VícePolymorfizmy detekované. polymorfizmů (Single Nucleotide
Polymorfizmy detekované speciálními metodami s vysokou rozlišovací schopností Stanovení jednonukleotidových polymorfizmů (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) Příklad jednonukleotidových polymorfizmů
VíceInterakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk
MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk
VíceElektroforéza. Rozdělení proteinů na základě pohyblivosti v el. poli
Elektroforéza Rozdělení proteinů na základě pohyblivosti v el. poli K realizaci je nutné mít: Stejnosměrný el. proud Speciální elektroforetické vany Vhodný pufr a nosič (dříve papír, acetátcelulóza, agar)
VíceElektroforéza. Rozdělení proteinů na základě pohyblivosti v el. poli
Elektroforéza Rozdělení proteinů na základě pohyblivosti v el. poli K realizaci je nutné mít: Stejnosměrný el. proud Speciální elektroforetické vany Vhodný pufr a nosič (dříve papír, acetátcelulóza, agar)
VíceSDS-PAGE elektroforéza
SDS-PAGE elektroforéza Příprava gelu... 1 Recept na 0.75 mm gel (1 gel/2 gely)... 2 Recept na 1.5 mm gel (1 gel/2 gely)... 2 Příprava vzorku... 3 Elektroforéza... 3 Barvení gelů Blue Silver... 4 Chemikálie
VícePolymorfismus délky restrikčních fragmentů
Polymorfismus délky restrikčních fragmentů Princip: Chemikálie: PCR produkt z předchozího praktického cvičení Endonukleáza KpnI 10 U μl -1 Pufr pro KpnI 10 koncentrovaný (Tris-HCl 100 mmol l -1 ph 7,5,
VíceVícefunkční chemické a biochemické mikrosystémy Strana 1. Mikrofluidní bioaplikace
Vícefunkční chemické a biochemické mikrosystémy Strana 1 Mikrofluidní bioaplikace Vícefunkční chemické a biochemické mikrosystémy Strana 2 Mikrofluidní aplikace pro bioanalýzu Transport, dávkování, promíchávání
VíceSraz studentů v 8:00 před laboratoří A5/108, s sebou plášť a přezutí PRINCIP. Polyakrylamidová gelová elektroforéza v přítomnosti SDS (SDS-PAGE)
PRINCIP Sraz studentů v 8:00 před laboratoří A5/108, s sebou plášť a přezutí Polyakrylamidová gelová elektroforéza v přítomnosti SDS (SDS-PAGE) SDS-PAGE slouží k separaci proteinů na základě jejich molekulové
VícePražské analytické centrum inovací Projekt CZ / /0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR
Pražské analytické centrum inovací Projekt CZ.04.3.07/4.2.01.1/0002 spolufinancovaný ESF a Státním rozpočtem ČR SEPARACE PROTEINŮ Preparativní x analytická /měřítko, účel/ Zvláštnosti dané povahou materiálu
VíceTypy molekul, látek a jejich vazeb v organismech
Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech Organismy se skládají z molekul rozličných látek Jednotlivé látky si organismus vytváří sám z jiných látek,
VíceUSING OF AUTOMATED DNA SEQUENCING FOR PORCINE CANDIDATE GENES POLYMORFISMS DETECTION
USING OF AUTOMATED DNA SEQUENCING FOR PORCINE CANDIDATE GENES POLYMORFISMS DETECTION VYUŽITÍ AUTOMATICKÉHO SEKVENOVÁNÍ DNA PRO DETEKCI POLYMORFISMŮ KANDIDÁTNÍCH GENŮ U PRASAT Vykoukalová Z., Knoll A.,
VíceGelová elektroforéza - úvod, demonstrační sada pro učitele Kat. číslo
Gelová elektroforéza - úvod, demonstrační sada pro učitele Kat. číslo 108.6411 PŘÍRUČKA PRO UČITELE S NÁVODEM PRO STUDENTY Strana 1 ze 18 Příručka pro učitele Úvod do gelové elektroforézy Shrnutí Cíle
VíceAnalýza DNA. Co zjišťujeme u DNA
Analýza DNA Co zjišťujeme u DNA Genetickou podstatu konkrétních proteinů Mutace bodové (sekvenční delece nebo inzerce nukleotidů, záměny), chromosomové aberace (numerické, strukturní) Polymorfismy konkrétní
VíceMagPurix Blood DNA Extraction Kit 200
MagPurix Blood DNA Extraction Kit 200 Kat. č. ZP02001-48 Doba zpracování: 50-60 minut pro MagPurix 12S 50-70 minut pro MagPurix 24 Použití Souprava MagPurix Blood DNA Extraction Kit 200 je určena pro izolátor
VíceWESTERN BLOT. Velikost signálu je vyhodnocována srovnáním s naneseným proteinovým markerem, což je komerčně dostupná směs proteinů o známé velikosti.
WESTERN BLOT Western blot je metoda používaná pro kvalitativní nebo semikvantitativní detekci určitého proteinu ve vzorku. Metoda je tvořena třemi základními kroky: 1. elektroforetickou separací proteinů,
VíceHmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie Princip: 1. Ze vzorku jsou tvořeny ionty na úrovni molekul, nebo jejich zlomků (fragmentů), nebo až volných atomů dodáváním energie, např. uvolnění atomů ze vzorku nebo přímo rozštěpení
VíceIONOSEP v analýze vody. Využití analyzátorů IONOSEP pro analýzu vod. Doc. Ing. František KVASNIČKA, CSc.
Využití analyzátorů IONOSEP pro analýzu vod Doc. Ing. František KVASNIČKA, CSc. IONOSEP v analýze vody Kapilární isotachoforesa nebo její kombinace se zónovou elektroforesou je svými vlastnostmi velmi
VíceMožnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů. Anna Kubesová
Možnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů Anna Kubesová Osnova Candida Kapilární elektromigrační techniky Výsledky Závěr Planární elektromigrační techniky Výsledky
VíceAnalytické nástroje pro analýzu iontů v prostředí. Analytical tools for environmental metal ions determination
Název: Analytické nástroje pro analýzu iontů v prostředí Analytical tools for environmental metal ions determination Školitel: Datum: Marie Konečná 6.6.2014 Reg.č.projektu: CZ.1.07/2.3.00/20.0148 Název
VíceObr. 1. Schematické znázornění 2D-PAGE (převzato z Lodish, H. a kol.: Molecular Cell Biology, 3. vyd., Freeman 1996)
Dvourozměrná elektroforéza (2D-PAGE) 2D-PAGE je vysoce efektivní separační metodou umožňující rozdělení komplikovaných směsí stovek různých bílkovin a představuje základní nástroj v novém rozvíjejícím
VíceMolekulárně biologické metody v mikrobiologii. Mgr. Martina Sittová Jaro 2014
Molekulárně biologické metody v mikrobiologii Mgr. Martina Sittová Jaro 2014 Harmonogram 1. den Izolace DNA 2. den Měření koncentrace DNA spektrofotometricky, real-time PCR 3. den Elektroforéza Molekulární
VíceIzolace RNA. doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD..
Izolace RNA doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD.. Metodiky izolace RNA celková buněčná RNA ( total RNA) zahrnuje řadu typů RNA, které se mohou lišit svými fyzikálněchemickými vlastnostmi a tedy i nároky na jejich
VíceElektroforéza - II (v klasickém provedení) Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253
Elektroforéza - II (v klasickém provedení) Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 Imunoelektroforéza Obvykle dvourozměrná elektroforéza na agarózových gelech V prvním rozměru
VíceIzolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie
Izolace genomové DNA ze savčích buněk, stanovení koncentrace DNA pomocí absorpční spektrofotometrie IZOLACE GENOMOVÉ DNA Deoxyribonukleová kyselina (DNA) představuje základní genetický materiál většiny
VíceAnalýza protein SDS PAGE elektroforézou
Analýza protein SDS PAGE elektroforézou Molekulárn biologická diagnostika Diagnostika na úrovni DNA, RNA a protein Analýza genomu, transkriptomu, proteomu, p íp. metabolomu Analýza kvalitativní i kvantitativní
VíceMETODY STUDIA PROTEINŮ
METODY STUDIA PROTEINŮ Mgr. Vlasta Němcová vlasta.furstova@tiscali.cz OBSAH PŘEDNÁŠKY 1) Stanovení koncentrace proteinu 2) Stanovení AMK sekvence proteinu Hmotnostní spektrometrie Edmanovo odbourávání
VíceGelová permeační chromatografie
Gelová permeační chromatografie (Gel Permeation Chromatography - GPC) - separační a čisticí metoda - umožňuje separaci skupin sloučenin s podobnou molekulovou hmotností (frakcionace) - analyty jsou po
VíceDiagnostické metody v analýze potravin. Matej Pospiech, FVHE Brno
Diagnostické metody v analýze potravin Matej Pospiech, FVHE Brno Důvody diagnostiky potravin Dodržování legislativních požadavků Vlastní kontrola v provozu Národní legislativa Evropská a mezinárodní legislativa
VíceCo zjišťujeme u DNA ACGGTCGACTGCGATGAACTCCC ACGGTCGACTGCGATCAACTCCC ACGGTCGACTGCGATTTGAACTCCC
Analýza DNA Co zjišťujeme u DNA Genetickou podstatu konkrétních proteinů Mutace bodové (sekvenční delece nebo inzerce nukleotidů), chromosomové aberace (numerické, strukturální) Polymorfismy konkrétní
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) SNPs Odvozování a genotyping Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s problematikou hledání
VíceSTAFYLOKOKOVÉ ENTEROTOXINY. Zdravotní nezávadnost potravin. Veronika Talianová, FPBT, kruh: 346 Angelina Anufrieva, FPBT, kruh: 336
STAFYLOKOKOVÉ ENTEROTOXINY Zdravotní nezávadnost potravin Veronika Talianová, FPBT, kruh: 346 Angelina Anufrieva, FPBT, kruh: 336 OBSAH: Základní charakteristika Staphylococcus aureus Stafylokokové enterotoxiny
VíceGelová elektroforéza ve výuce analytické chemie. Bakalářská práce. Eliška Kožuszniková
Gelová elektroforéza ve výuce analytické chemie Bakalářská práce Eliška Kožuszniková Vedoucí práce: RNDr. Marta Farková, CSc. Brno 2014 Bibliografický záznam Autor: Eliška Kožuszniková Přírodovědecká fakulta,
VíceIMUNOELEKTROFORETICKÉ METODY
IMUNOELEKTROFORETICKÉ METODY Imunoelektroforetické metody kombinace metod elektroforetických + imunodifúzních gel: agarozový (1-2 %) agarový gel pufry: 0,025 M ph 8-9 veronalový borátový Tris-barbitalový
VíceImunoblot, imunoelektroforéza
Imunoblot, imunoelektroforéza Jana Švarcová. Plazmatické proteiny. http://slideplayer.cz/slide/2345714/ Jana Švarcová. Plazmatické proteiny. http://slideplayer.cz/slide/2345714/ Jana Švarcová. Plazmatické
VícePolymerázová řetězová reakce. Základní technika molekulární diagnostiky.
Polymerázová řetězová reakce Základní technika molekulární diagnostiky. Kdo za to může? Kary Mullis 1983 Nobelova cena 1993 Princip PCR Polymerázová řetězová reakce (polymerase chain reaction PCR) umožňuje
VíceKameyama Y. et al. (2001): Patterns and levels of gene flow in Rhododendron metternichii var. hondoense revealed by microsatellite analysis.
Populační studie Kameyama Y. et al. (2001): Patterns and levels of gene flow in Rhododendron metternichii var. hondoense revealed by microsatellite analysis. Molecular Ecology 10:205 216 Proč to studovali?
VíceElektroforetické techniky. Mgr. Jana Gottwaldová OKB FN Brno
Elektroforetické techniky Mgr. Jana Gottwaldová OKB FN Brno Osnova 1. Princip elektroforézy 2. Popis základního technického vybavení 3. Rozdělení elektroforetických technik (volná a zónová) 4. Zónová elektroforéza
VíceOptické a elektroforetické metody v biochemii 1
Optické a elektroforetické metody v biochemii 1 Spektrofotometrie absorbance, transmitance, Lambertův-Beerův zákon. Zákalové metody nefelometrie, turbidimetrie. Elektroforéza princip, elektroforetická
VíceImunochemické metody. na principu vazby antigenu a protilátky
Imunochemické metody na principu vazby antigenu a protilátky ANTIGEN (Ag) specifická látka (struktura) vyvolávající imunitní reakci a schopná vazby na protilátku PROTILÁTKA (Ab antibody) molekula bílkoviny
Více