Green Fluorescent Protein Jiří Kvita, MFF UK
|
|
- Andrea Sedláková
- před 6 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Green Fluorescent Protein 1
2 GFP Aneb od zeleného fluoreskujícího proteinu jedné medúzy k pokročilým aplikacím v molekulární biologii a neurovědám. cestou přes krystalografii, biochemii, spektroskopii, genové inženýrství, bakteriofágy, palindromy k Nobelově ceně a Googlu. Varování: vzděláním jsem fyzik, nikoli biolog či chemik O GFP jsem poprvé slyšel, když jsem infiltroval přednášku biologie buňky na PřF UK (1999). 2
3 GFP Úvod Zeleně fluoreskující protein. Vyskutuje se např. u pacifické medúzy Aequoria victoria. Nativní funkce GFP je převod modrého chemiluminiscenčního světla jiného proteinu (aequorin) na zelené fluoreskující světlo (Förster resonance energy transfer, FRET). Jde o nezářivý proces přenosu energie mezi dvěma molekulami v těsné blízkosti, které mají doplňkové emisní a absorpční fluorescenční spektra. 3
4 GFP Izolace proteinu 1962: Extrakce z lyzátu z několika tisíců (10k) jedinců pacifické medúzy, Osamu Shimomura. I v současnosti je výzkum dalších fluorescenčních proteinů u divokých druhů (koráli) omezen náročnostíči financováním podobného základního výzkumu. GFP svítí jasně zeleně v UV, v měkkém světle slabě nažloutlý, ve slunečním světle lehce zelený. Pojmenován GFP Proč je důležotější GFP než modrý aequorin? Aequorin svítí pouze za přítomnosti Ca++. V následujících letech studována struktura, spektra a chování GFP. 4
5 GFP příprava genu Klonování: 1992, Douglas Prasher získal cdna (complementary DNA, vytvořená dle mrna, podle které se protein vyrábí na ribosomech), byť s drobnou chybou (několik aminokyselin chybělo). Financování projektu skončilo, ale vzorek poslán jiným laboratořím. Martin Chalfie: ukázal, že GFP lze exprimovat jako funkční transgen v bakteriích a vyšších organismech (1994). Nebylo vůbec samozřejmé, že GFP bude svítit bez pomoci jiných proteinů z medúzy! Skutečný průlom, který umožnil aplikace v molekulární biologii. 5
6 GFP Přenos genu Gen nejprve přenesen do bakterie Escherischia coli (1994). Nebylo vůbec zřejmé, zda protein bude svítit i v jiném organismu, zda není zapotřebí pomocných proteinů z medúzy či specifických posttranslačních modifikací. Následně přenos do vyšších organismů a jako přídavek ke genům kódujícím protein, jehož lokalizaci, expresi, funkci, interakce či kinetiku chceme zkoumat (proteinová značka), Chimeric proteins. Exploze aplikací a nových možností zkoumání buněčných struktur in vivo. Příklad: Průhledný červ cenorhabditis elegans. Již dlouho používaný genetický model. Snadné značení a pozorování struktur pomocí GFP: např. záměna genu GFP za hmatové receptory či připojení za jiný protein: GFP toleruje připojení a neztrácí schopnost svítit, a sledovaný protein si také často zachovává funkci. 6
7 GFP Struktura I V krystalu dimer, každá jednotka má 238 aminokyselin. Absorbuje v oblasti kolem 395 nm (modrá). Vyzařuje na 508 nm (zelená). Uprostřed soudkovitého útvaru 30 Å x 40 Å spontánně cyklizací vzniká funkční jednotka chromofor, chráněný před radikály uprostřed soudku. Unikátní v tom, že se sám vytvoří z proteinů, nejsou potřeba jiné faktory či pomocné sloučeniny. 7
8 GFP Struktura II Fluorophore originates from an internal Ser-Tyr- Gly sequence which is post-translationally modified to a 4-(p-hydroxybenzylidene)- imidazolidin-5-one structure Shimomura (1979)částečně rozložil denaturovaný GFP a analyzoval zbytek, který ještě svítil. Nutná oxidace Tyr66 kyslíkem. Kyslík pak však nesmí být přitomen pro funkci flourescence. Struktura odhalena pomocí rtg. difrakční analýzy krystalu purifikovaného wild type GFP. 8
9 GFP Formace fluoroforu I Roger R. Tsien, Annu. Rev. Biochem :
10 GFP Formace fluoroforu II Roger R. Tsien, Annu. Rev. Biochem :
11 GFP Exprese s jiným proteinem Inserce genu pro GFP mezi gen kódující určitý protein a jeho stop kodon. 11
12 GFP Cílené mutace GFP divokého typu (wild-type, wt-gfp) nefunguje dobře při vyšší teplotě (obtížné protein dobře složit). Medúze v chladné vodě to nečiní problém, biologickým aplikacím ano :-) Proto vyvinuty cíleně zmutované varianty: stabilnější při 37 o C. Např. mutace S65T GFP (R. Tsien): 4x rychlejší folding (poskládání). Jiný, teplotně stabilnější: (enhanced) EGFP. Navíc různé barevné modifikace: Red fluorescence protein, blue, yellow, cyan (κυανoῦς, modrý), red (2008) (EGFP, EBFP, EYFP ) 12
13 GFP Spektra Různé spektrální charakteristiky (absorpční plnou čarou, emisní čárkovaně). (a) Wild type (b) Emerald (c) H9-40 (d) Topaz (e) W1B (f) P4-3 13
14 Fúze GFP s různými proteiny GFP připojitelné (v rámci fůze genů) k N i C koncům polypeptidů. (A) EBFP2-mito-N-7 (human cytochrome C oxidase subunit VIII; mitochondria); (B)mCerulean-paxillin-N-22 (chicken; focal adhesions); (C) mtfp1-actin-c-7 (humanβ-actin; filamentous actin); (D)mEmerald-keratin-N-17 (human cytokeratin 18; intermediate filaments); (E) superfolder GFP-lamin B1-C-10 (human lamin B1; nuclear envelope); (F)mVenus-Cx43-N-7 (rat -1 connexin- 43; gap junctions); (G) YPet-EB3-N-7 (human microtubule-associated protein; RP/EB family); (H) mko-golgi-n-7 (N-terminal 81 amino acids of human β-1,4- glactosyltransferase; Golgi complex); (I) tdtomato-zyxin-n-7 (human zyxin; focal adhesions); (J) TagRFP-tubulin-C-6 (human - tubulin; microtubules); (K) mcherry-vimentin-n-7 (human vimentin; intermediate filaments); (L) mplum- -actinin-n-19 (human nonmuscle; cytoskeleton). (M-Q) Fusion of megfp with human histone H2B (megfp-h2b-n-6). 14
15 Fúze GFP s různými proteiny Dělení buňky: Fusion of megfp with human histone H2B (megfp-h2b-n-6), jedna ze stavebních součástí buněčného chromatinu (buněčná jaderná hmota). (M) interphase; (N)prophase; (O) prometaphase; (P)metaphase; (Q) anaphase. 15
16 Aplikace FP Vizualizace buněčných struktur. Studium exprese proteinů (zda a kde je v daných a jakých buňkách produkován, za jakých podmínek, v jaké fázi, v jakém množství). Studium interakcí proteinů pomocí rezonančího přenosu energie (FRET) mezi CFP a YFP. CFP je donor, po excitaci může energii nezářivě předat YFP. Jsou-li oba v roztoku volné, převažuje v UV fluorescence CFP. Pokud se přiblíží (např. jako přívěšky membránového proteiny a protilátky), je vidět spíše fluorescence akceptoru CFP. Zdroj: Wiki. 16
17 Interakce proteinů FRET (nezářivý přenos energie) mezi dvěma různými GFP. Každý GFP vázán na jiný protein. Studium proteinových interakcí: změna fluorescence, když jsou blízko. Zde dokonce fúzovaný protein se dvěma GFP, studium změny konformace v závislosti na koncentraci Ca++ iontů: efektivně lze měřit koncentraci vápníku uvnitř buňky: Ca++ velice významný posel. 17
18 Interakce proteinů Calmodulin (Calcium modulated protein) se v přítomnosti Ca++ iontů váže na jiné protein, např. na tzv. M13, který je jinak bez tvaru. Přivěšením GFP na Calmodulin a M13 lze studovat, zda a jak se proteiny k sobě přiblíží. Následně lze vytvořit chimérický protein, který jako celek slouží k měření koncentrace Ca++. Tento Cameleon lze modifikovat: přidat signál pro transport do jádra etc. 18
19 Crazy GFP 19
20 Pokročilé aplikace Myší mozek: brainbow, konfokální fluorescenční mikroskopie. Náhodné kombinace barev v jednotlivých neuronech pomocí náhodné exprese několika fluorescenčních proteinů. Vizualizace individuálních neuronů, synapsí, propojení. 20
21 Brainbow Cíl: Zobrazit jednotlivé neurony různými barvami. Důvod: poznat lépe strukturu a propojení neuronů. Doposud použito: Zkřížení dvou linií myší s různě barevnými XFP. Použití chimérických exemplářů (jedno embryo splynutím kmenových buněk více jedinců). Využití crossing-overu. Ale nevýhody: obtížné, omezený počet barev. Ingredience pro pochopení brainbow konstrukce: DNA, genové inženýrství. Cre/lox, sekvenčně specifická rekombináza z bakteriofága. Palindrom, promotor. Model, křížení 21
22 DNA Deoxyribonukleonová kyselina: ribóza (cukr) + báze + fosfát. 22
23 Cre-lox systém Objeven u bakteriofága (bakteriální virus) zvaného P1. Základní ingredience: Enzym (protein) zvaný Cre (Causes Recombination), a specifický úsek DNA LoxP. LoxP DNA sekvence: 13bp 8bp 13bp ATAACTTCGTATA GCATACAT TATACGAAGTTAT TATTGAAGCATAT CGTATGTA ATATGCTTCAATA Jde o částečný palindrom: modrá sekvence čtená pozpátku je komplementární k červené na daném vlákně (A-T, G-C). Sekvenci umí rozpoznat enzym Cre, a umí vystřihnout DNA mezi dvěma páry LoxP: 23
24 Palindromy Palindromy: slova/věty, které jsou stejné čteny oběma směry: nezasazen, nepochopen Dne moto: Palindrom i spáchá psí mord, Nil a potom End. Chemie i mech. Jáva horko má, mokro Havaj. Tele velí mile velet. Šok v ph = HP v koš. Telecí v separé si žere režisér a pes více let. Eva, can I see bees in a cave? Was it Eliot's toilet I saw? Swap God for a janitor, rot in a jar of dog paws. Red rum, sir, is murder. Hudební palindromy, obrazové, zvukové Zdroj: Wiki 24
25 Hudební Palindromy - skladba pro dva nástroje, hraná jednou klasicky a jednou vzhůru nohama. d g d h g g d g h d d h g d g g h d g d - párování podobně jako u DNA palindromů! - jakási grafická verze palindromu. 25
26 DNA Palindromy DNA palindromy jsou časté a významné. Proč je důležitý palindrom? Možnost opravy podle druhé kopie sekvence (lidský Y chromozom). Možnost vystřižení úseku mezi palindromickými sekvencemi po spárování palindromické sekvence. Velice specifické místo, rozeznáváno proteiny vázajícími se na DNA, ty jsou často dimery, proto dvě stejné sekvence. 26
27 Brainbow 1.0 Geny pro tři různé FP proteiny (RedFP, YellowFP, CyanFP), s inzercemi dvou různých Lox sekvencí: možnost vystřižení přidáním enzymu Cre. LoxP a Lox22272 jsou různé sekvence, Cre stříhá jen mezi stejnými. Dva různé způsoby sestřihu vedoucí k jinému výsledku, další sestřih znemožněn. Expromován vždy jen jeden FP v těsné blízkosti Promotoru. Speciální konstrukt Brainbow vložen do DNA buněk v kultuře. Buňky nejprve svítí červeně. Po aktivaci Cre změna barvy. 27
28 Aktivace Cre Jak podat či dodat enzym Cre? Zkřížením Brainbow myši s linií myší, která nese gen pro fúzní protein Cre-ERT2. ER: estrogen receptor, není v membráně (estrogen jí prochází). LBD: ligand binding domain ERT2: je zmutovaný vazebná doména ER, aby jej neaktivoval přirozený estrogen. Působení Cre je indukovatelné podáním hormonu tamoxifenu: navázáním na receptor, tamoxifen indukuje změnu receptoru, z něhož se část disociuje a je transportována do jádra. Cre je přivěšen k této jednotce, a dostane se tedy přesně tam, kde je potřeba. 28
29 Brainbow 1.0 Snímek pořízen třikrát s různými vlnovými délkami laseru, aby byl vždy excitován pouze jeden specifický XFP. Celkový obrázek je složenina snímků z různých emisních oblastí Vzorek zamražen na -20 o C, poté proskenován laserovým paprskem, fluorescence nastává vždy jen v rovině fokusace laseru, a na stejnou rovinu je zaostřeno hledí mikroskopu (dvě stejná ohniska, konfokální mikroskopie). 29
30 Konfokální mikroskopie
31 Brainbow 1.1 Složitější konstrukt s celkem třemi různými Lox páry rozmístěnými podél speciálně navrženého úseku DNA. V kultuře se po aktivaci Cre enzymu opět objeví nové barvy. 31
32 Brainbow 2.0 Rekombináza Cre ale umí i invertovat (obrátit) sekvenci. Další možnost, jak zvýšit počet barev. Ale nejprve jednoduchý test: 32
33 Brainbow 2.1 Čtyři možné výsledky (a tedy i barvy) po indukci Cre. Kombinace vyštěpění a transpozice části Brainbow konstrukce. Další navýšení barev: jednoduše vpravením více Brainbow konstruktů do genomu. 33
34 Brainbow 2.1 Až 90 různých barev, zde zobrazení kůry a hippocampu. 34
35 Brainbow 2.1 Konce motorických neuronů (axony). 35
36 Nobelova cena za chemii /3 1/3 1/3 Osamu Shimomura - extrakce GFP, struktura. Martin Chalfie - Transgenní přenos GFP Roger Y. Tsien - vylepšení GFP 36
37 Závěr GFP je unikátní proteinová značka pro studie in vivo. Obrovské množství aplikací přesahující prosté stopování lokalizace: možnost studia interakcí, měření koncentrace, vzájemné orientace proteinů Nezbytná je kombinace mnoha oborů a podoborů: Objev medúzy, extrakce proteinu, porozumění spektroskopii, mechanismu vzniku a struktuře chromoforu a vlastností fluorescence. Klonování, přenos, transgenní druhy, modifikace pro biologické aplikace. Google a Wikipedia nestačí! (J. Grygar) Internet, knihovny, přístup ke kvalitním placeným časopisům Pdf/html jsou fajn, ale vytištěný článek, do kterého se dáčmárat u kafe nebo jej číst v autobuse je něco jiného:) A nestačí jen konzumovat informace, je třeba klást si otázky a hledat odpovědi! 37
38 Otázky Toxicita GFP? Odbourávání (metabolizace)? Proč je u medúzy jeho funkce spřažena s jiným modře fluoreskujícím proteinem? Jak je to evolučně výhodné? K zamyšlení: problém škodlivosti UV záření (nutné pro aktivaci fluorescence GFP) a přesné vizualizace buněčných struktur (konfokální mikroskopie). 38
39 Zdroje NC Shaner, GH Patterson, MW Davidson: Advances in fluorescent protein technology. J Cell Sci 120 (2007) : (volně přístupný!:) Disertace Frank Thomas Wunderlich: Placené / přístupné z knihoven: Roger R. Tsien, Annu. Rev. Biochem : Nature 450, (1 November 2007): Transgenic strategies for combinatorial expression of fluorescent proteins in the nervous system. Letters to Nature, Nature 388, (28 August 1997): Fluorescent indicators for Ca2+based on green fluorescent proteins and calmodulin Web:
-fluorescenční mikroskopie. -konfokální mikroskopie -multifotonová konfokální mikroskopie
Fluorescenční mikroskopie -fluorescenční mikroskopie -konfokální mikroskopie -multifotonová konfokální mikroskopie Fluorescence a fluorofory Schéma konvenčního fluorescenčního mikroskopu -Na fluorescenčně
VíceFluorescenční mikroskopie. -fluorescenční mikroskopie -konfokální mikroskopie
Fluorescenční mikroskopie -fluorescenční mikroskopie -konfokální mikroskopie Fluorescence a fluorofory Schéma konvenčního fluorescenčního mikroskopu -Na fluorescenčně značený vzorek dopadá pouze světlo
VíceFLUORESCENČNÍ MIKROSKOP
FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP na gymnáziu Pierra de Coubertina v Táboře Pavla Trčková, kabinet Biologie, GPdC Tábor Co je fluorescence Fluorescence je jev spočívající v tom, že některé látky (fluorofory) po
VíceFRET FRET. FRET: schéma. Základní vztahy. Základní vztahy. Fluorescence Resonance Energy Transfer
Fluorescence Resonance Energy Transfer je Fluorescence Resonance Energy Transfer Fluorescenční rezonanční energetický transfér podle objevitele Főrster nazýván také Förster Resonance Energy Transfer přenos
VíceFluorescenční rezonanční přenos energie
Fluorescenční rezonanční přenos energie Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1 Přenos excitační energie Přenos elektronové energie se uskutečňuje mechanismy zářivými nebo
VícePokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii
Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1/1 Proč biofyzikální metody? Biofyzikální metody využívají fyzikální principy ke studiu biologických systémů Poskytují kvantitativní
VíceExprese genetické informace
Exprese genetické informace Tok genetické informace DNA RNA Protein (výjimečně RNA DNA) DNA RNA : transkripce RNA protein : translace Gen jednotka dědičnosti sekvence DNA nutná k produkci funkčního produktu
VíceMetoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi
Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Co je to vlastně ta fluorescence? Některé látky (fluorofory)
VíceMolekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA
Molekulární základy dědičnosti Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA Ústřední dogma molekulární genetiky - vztah mezi nukleovými kyselinami a proteiny proteosyntéza replikace DNA RNA
VíceExprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie DNA RNA proteinu transkripce DNA mrna translace proteosyntéza
Exprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie - genetická informace v DNA -> RNA -> primárního řetězce proteinu 1) transkripce - přepis z DNA do mrna 2) translace - přeložení z kódu nukleových
VíceTypy nukleových kyselin. deoxyribonukleová (DNA); ribonukleová (RNA).
Typy nukleových kyselin Existují dva typy nukleových kyselin (NA, z anglických slov nucleic acid): deoxyribonukleová (DNA); ribonukleová (RNA). DNA je lokalizována v buněčném jádře, RNA v cytoplasmě a
VíceTerapeutické klonování, náhrada tkání a orgánů
Transfekce, elektroporace, retrovirová infekce Vnesení genů Vrstva fibroblastů, LIF Terapeutické klonování, náhrada tkání a orgánů Selekce ES buněk, v nichž došlo k začlenění vneseného genu homologní rekombinací
VíceTématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky
Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky Obor Povinný okruh Volitelný okruh (jeden ze dvou) Forenzní biologická Biochemie, pathobiochemie a Toxikologie a bioterorismus analýza genové inženýrství Kriminalistické
VíceMolekulární mechanismy diferenciace a programované buněčné smrti - vztah k patologickým procesům buněk. Aleš Hampl
Molekulární mechanismy diferenciace a programované buněčné smrti - vztah k patologickým procesům buněk Aleš Hampl Tkáně Orgány Živé buňky, které plní různé funkce (podpora struktury, přijímání živin, lokomoce,
VíceVlastní fluorescence proteinů
Vlastní fluorescence proteinů Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 22.11.2007 9 1 Fluorofory kolem nás Fluorofory se dělí do dvou obecných tříd: vnitřní (vlastní, intrinsic)
VíceKvantové tečky. a jejich využití v bioanalýze. Jiří Kudr SPOLEČNĚ PRO VÝZKUM, ROZVOJ A INOVACE CZ/FMP.17A/0436
SPOLEČNĚ PRO VÝZKUM, ROZVOJ A INOVACE CZ/FMP.17A/0436 Kvantové tečky a jejich využití v bioanalýze Jiří Kudr Datum: 9.4.2015 Hvězdárna Valašské Meziříčí, p.o, Vsetínská 78, Valašské Meziříčí, Nanotechnologie
VíceStruktura a funkce biomakromolekul
Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 3. Enzymy a proteinové motory Ivo Frébort Enzymová katalýza Mechanismy enzymové katalýzy o Ztráta entropie při tvorbě komplexu ES odestabilizace komplexu ES
VíceBílkoviny a rostlinná buňka
Bílkoviny a rostlinná buňka Bílkoviny Rostliny --- kontinuální diferenciace vytváření orgánů: - mitotická dělení -zvětšování buněk a tvorba buněčné stěny syntéza bílkovin --- fotosyntéza syntéza bílkovin
VíceBakteriální transpozony
Bakteriální transpozony Transpozon = sekvence DNA schopná transpozice, tj. přemístění z jednoho místa v genomu do jiného místa Transpozice = proces přemístění transpozonu Transponáza (transpozáza) = enzym
VíceStruktura a funkce biomakromolekul
Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 7. Interakce DNA/RNA - protein Ivo Frébort Interakce DNA/RNA - proteiny v buňce Základní dogma molekulární biologie Replikace DNA v E. coli DNA polymerasa a
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
VíceFluorescenční mikroskopie
Fluorescenční mikroskopie Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1 VYUŽITÍ FLUORESCENCE, PŘÍMÁ FLUORESCENCE, PŘÍMÁ A NEPŘÍMA IMUNOFLUORESCENCE, BIOTIN-AVIDINOVÁ METODA IMUNOFLUORESCENCE
VíceNukleové kyseliny Replikace Transkripce, RNA processing Translace
ukleové kyseliny Replikace Transkripce, RA processing Translace Prokaryotická X eukaryotická buňka Hlavní rozdíl organizace genetického materiálu (u prokaryot není ohraničen) Život závisí na schopnosti
VíceFluorescence (luminiscence)
Fluorescence (luminiscence) Patří mezi luminiscenční metody fotoluminiscence. Luminiscence efekt, kdy excitované molekuly či atomy vyzařují světlo při přechodu z excitovaného do základního stavu. Podle
VíceModerní nástroje pro zobrazování biologicky významných molekul pro zajištění zdraví. René Kizek
Moderní nástroje pro zobrazování biologicky významných molekul pro zajištění zdraví René Kizek 12.04.2013 Fluorescence je fyzikálně chemický děj, který je typem luminiscence. Luminiscence se dále dělí
VíceStruktura a funkce biomakromolekul
Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 6. Struktura nukleových kyselin Ivo Frébort Struktura nukleových kyselin Primární struktura: sekvence nukleotidů Sekundární struktura: vzájemná poloha nukleotidů
VíceLuminiscence. emise světla látkou, která je způsobená: světlem (fotoluminiscence) fluorescence, fosforescence. chemicky (chemiluminiscence)
Luminiscence Luminiscence emise světla látkou, která je způsobená: světlem (fotoluminiscence) fluorescence, fosforescence chemicky (chemiluminiscence) teplem (termoluminiscence) zvukem (sonoluminiscence)
VíceCentrální dogma molekulární biologie
řípravný kurz LF MU 2011/12 Centrální dogma molekulární biologie Nukleové kyseliny 1865 zákony dědičnosti (Johann Gregor Mendel) 1869 objev nukleových kyselin (Miescher) 1944 genetická informace v nukleových
VíceVýzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.
Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Systém pro sekvenování Systém pro čipovou analýzu Systém pro proteinovou analýzu Automatický sběrač buněk Systém pro sekvenování
VíceNové metody v průtokové cytometrii. Vlas T., Holubová M., Lysák D., Panzner P.
Nové metody v průtokové cytometrii Vlas T., Holubová M., Lysák D., Panzner P. Průtoková cytometrie Analytická metoda využívající interakce částic a záření. Technika se vyvinula z počítačů částic Počítače
VíceMolekulárn. rní. biologie Struktura DNA a RNA
Molekulárn rní základy dědičnosti Ústřední dogma molekulárn rní biologie Struktura DNA a RNA Ústřední dogma molekulárn rní genetiky - vztah mezi nukleovými kyselinami a proteiny proteosyntéza replikace
VíceAplikovaná bioinformatika
Aplikovaná bioinformatika Číslo aktivity: 2.V Název klíčové aktivity: Na realizaci se podílí: Implementace nových předmětů do daného studijního programu doc. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D., Mgr. Josef
VíceTUBULIN-FOLDING COFACTOR A (TFC A) u Arabidopsis
TUBULIN-FOLDING COFACTOR A (TFC A) u Arabidopsis Mikrotubuly Formace heterodimerů α/βtubulinu Translace α a β -tubulin monomerů chaperonin c-cpn správný folding α-tubulin se váže na TFC B a β na TFC
VíceMnohobuněčné kvasinky
Laboratoř buněčné biologie PROJEKT Mnohobuněčné kvasinky Libuše Váchová ve spolupráci s laboratoří Prof. Palkové (PřFUK) Do laboratoře přijímáme studenty se zájmem o vědeckou práci Kontakt: vachova@biomed.cas.cz
VíceFluorescenční mikroskopie
Fluorescenční mikroskopie Mgr. Jan Černý PhD. Oddělení vývojové biologie, Katedra fyziologie živočichů, Přírodovědecká fakulta UK v Praze janmartincerny@seznam.cz Klasická světelná mikroskopie sloužila
VíceBiologie buňky. systém schopný udržovat se a rozmnožovat
Biologie buňky 1665 - Robert Hook (korek, cellulae = buňka) Cytologie - věda zabývající se studiem buňek Buňka ozákladní funkční a stavební jednotka živých organismů onejmenší známý uspořádaný dynamický
Více2. Z následujících tvrzení, týkajících se prokaryotické buňky, vyberte správné:
Výběrové otázky: 1. Součástí všech prokaryotických buněk je: a) DNA, plazmidy b) plazmidy, mitochondrie c) plazmidy, ribozomy d) mitochondrie, endoplazmatické retikulum 2. Z následujících tvrzení, týkajících
VíceProjekt realizovaný na SPŠ Nové Město nad Metují
Projekt realizovaný na SPŠ Nové Město nad Metují s finanční podporou v Operačním programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost Královéhradeckého kraje Modul 02 Přírodovědné předměty Hana Gajdušková 1 Viry
VíceZdrojem je mrna. mrna. zpětná transkriptáza. jednořetězcová DNA. DNA polymeráza. cdna
Obsah přednášky 1) Klonování složených eukaryotických genů 2) Úprava rekombinantních genů 3) Produkce rekombinantních proteinů v expresních systémech 4) Promotory 5) Vektory 6) Reportérové geny Zdrojem
VíceAntigeny. Hlavní histokompatibilitní komplex a prezentace antigenu
Antigeny Hlavní histokompatibilitní komplex a prezentace antigenu Antigeny Antigeny: kompletní (imunogen) - imunogennost - specificita nekompletní (hapten) - specificita antigenní determinanty (epitopy)
VíceFluorescenční mikroskopie
Luminiscence jev, kdy látka vysílá do prostoru světlo chemická reakce chemiluminiscence (např. světluška) světlo fotoluminiscence fluorescence (emisní záření jen krátkou dobu po skončení exitačního záření)
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky Populační genetika (KBB/PG)
VíceVÝZNAM FUNKCE PROTEINŮ V MEDICÍNĚ
FUNKCE PROTEINŮ 1 VÝZNAM FUNKCE PROTEINŮ V MEDICÍNĚ Příklad: protein: dystrofin onemocnění: Duchenneova svalová dystrofie 2 3 4 FUNKCE PROTEINŮ: 1. Vztah struktury a funkce proteinů 2. Rodiny proteinů
VíceSeminář izolačních technologií
Seminář izolačních technologií Zpracoval: Karel Bílek a Kateřina Svobodová Podpořeno FRVŠ 2385/2007 a 1305/2009 Úpravy a aktualizace: Pavla Chalupová ÚMFGZ MZLU v Brně 1 Lokalizace jaderné DNA 2 http://www.paternityexperts.com/basicgenetics.html
Víceanalýza dat a interpretace výsledků
Genetická transformace bakterií III analýza dat a interpretace výsledků Předmět: Biologie ŠVP: Prokaryotní organismy, genetika Doporučený věk žáků: 16-18 let Doba trvání: 45 minut Specifické cíle: analyzovat
VíceKosterní svalstvo tlustých a tenkých filament
Kosterní svalstvo Základní pojmy: Sarkoplazmatické retikulum zásobárna iontů vápníku - depolarizace membrány uvolnění vápníku v blízkosti kontraktilního aparátu vazba na proteiny zajišťující kontrakci
VíceExprese genetické informace
Exprese genetické informace Stavební kameny nukleových kyselin Nukleotidy = báze + cukr + fosfát BÁZE FOSFÁT Nukleosid = báze + cukr CUKR Báze Cyklické sloučeniny obsahující dusík puriny nebo pyrimidiny
VíceBakalářské práce. Magisterské práce. PhD práce
Bakalářské práce Magisterské práce PhD práce Témata bakalářských prací na školní rok 2018-2019 1 Název Fenotypová analýza vybraných dvojitých mutantů MAPK v podmínkách abiotického stresu Školitel Mgr.
VíceNukleosidy, nukleotidy, nukleové kyseliny, genetická informace
Nukleosidy, nukleotidy, nukleové kyseliny, genetická informace Centrální dogma Nukleové kyseliny Fosfátem spojené nukleotidy (cukr s navázanou bází a fosfátem) Nukleotidy Nukleotidy stavební kameny nukleových
VíceHybridizace nukleových kyselin
Hybridizace nukleových kyselin Tvorba dvouřetězcových hybridů za dvou jednořetězcových a komplementárních molekul Založena na schopnosti denaturace a renaturace DNA. Denaturace DNA oddělení komplementárních
VíceMolekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství
Molekulární biotechnologie č.9 Cílená mutageneze a proteinové inženýrství Gen kódující jakýkoliv protein lze izolovat z přírody, klonovat, exprimovat v hostitelském organismu. rekombinantní protein purifikovat
VíceIZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I. Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek
IZOLACE, SEPARACE A DETEKCE PROTEINŮ I Vlasta Němcová, Michael Jelínek, Jan Šrámek Studium aktinu, mikrofilamentární složky cytoskeletu pomocí dvou metod: detekce přímo v buňkách - fluorescenční barvení
VíceOptická konfokální mikroskopie a mikrospektroskopie. Pavel Matějka
Optická konfokální mikroskopie a Pavel Matějka 1. Konfokální mikroskopie 1. Princip metody - konfokalita 2. Instrumentace metody zobrazování 3. Analýza obrazu 2. Konfokální 1. Luminiscenční 2. Ramanova
VíceBarevné hry se světlem - co nám mohou říci o biomolekulách?
Barevné hry se světlem - co nám mohou říci o biomolekulách? Martin Kubala Univerzita Palackého v Olomouci Přírodovědecká fakulta, katedra biofyziky Tato prezentace je spolufinancována Evropským sociálním
VíceDUM č. 3 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika
projekt GML Brno Docens DUM č. 3 v sadě 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika Autor: Martin Krejčí Datum: 02.06.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: chromatin - stavba, organizace a struktura
VícePřehled pedagogické činnosti - doc. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D.
Přehled pedagogické činnosti - doc. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D. Pedagogická činnost Akademický rok 2003/2004 Přednáška: Biofyzikální chemie (C260P43) volitelná pro všechny obory rozsah: 2/1, Zk, letní semestr
Více1- Úvod do fotosyntézy
1- Úvod do fotosyntézy Prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D. KBF a CRH, PřF UP FS energetická bilance na povrch Země dopadá 2/10 10 energie ze Slunce z toho 30% odraz do kosmu 47% teplo 23% odpar vody 0.02% pro
VíceBioscience Imaging Centre
Bioscience Imaging Centre (Středisko mikroskopie) zajišťujeme moderní mikroskopické zařízení a softwary pro analýzu obrazu poradíme s plánováním experimentů (histologie, detekce proteinů a mrna) pomůžeme
VíceIzolace nukleových kyselin
Izolace nukleových kyselin Požadavky na izolaci nukleových kyselin V nativním stavu z přirozeného materiálu v dostatečném množství požadované čistotě. Nukleové kyseliny je třeba zbavit všech látek, které
VíceNUKLEOVÉ KYSELINY. Složení nukleových kyselin. Typy nukleových kyselin:
NUKLEOVÉ KYSELINY Deoxyribonukleová kyselina (DNA, odvozeno z anglického názvu deoxyribonucleic acid) Ribonukleová kyselina (RNA, odvozeno z anglického názvu ribonucleic acid) Definice a zařazení: Nukleové
VíceIMUNOCYTOCHEMICKÁ METODA JEJÍ PRINCIP A VYUŽITÍ V LABORATOŘI
IMUNOCYTOCHEMICKÁ METODA JEJÍ PRINCIP A VYUŽITÍ V LABORATOŘI Radka Závodská, PedF JU v Českých Budějovicích Imunocytochemická metoda - použítí protilátky k detekci antigenu v buňkách (Imunohistochemie-
VíceNUKLEOVÉ KYSELINY. Základ života
NUKLEOVÉ KYSELINY Základ života HISTORIE 1. H. Braconnot (30. léta 19. století) - Strassburg vinné kvasinky izolace matiére animale. 2. J.F. Meischer - experimenty z hnisem štěpení trypsinem odstředěním
VíceKlonování DNA a fyzikální mapování genomu
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu. Terminologie Klonování je proces tvorby klonů Klon je soubor identických buněk (příp. organismů) odvozených ze společného předka dělením (např. jedna bakteriální
Více6. Nukleové kyseliny
6. ukleové kyseliny ukleové kyseliny jsou spolu s proteiny základní a nezbytnou složkou živé hmoty. lavní jejich funkce je uchování genetické informace a její přenos do dceřinné buňky. ukleové kyseliny
VíceZáklady molekulární biologie KBC/MBIOZ
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ Mária Čudejková 2. Transkripce genu a její regulace Transkripce genetické informace z DNA na RNA Transkripce dvou genů zachycená na snímku z elektronového mikroskopu.
VíceF l u o r e s c e n c e
F l u o r e s c e n c e Fluorescenční mikroskopie Luminiscence jev, kdy látka vysílá do prostoru světlo chemická reakce chemiluminiscence světlo fotoluminiscence Vyvolávající záření exitační fluorescence
VíceLuminiscence. Luminiscence. Fluorescence. emise světla látkou, která je způsobená: světlem (fotoluminiscence) chemicky (chemiluminiscence)
Luminiscence Luminiscence emise světla látkou, která je způsobená: světlem (fotoluminiscence) fluorescence, fosforescence chemicky (chemiluminiscence) teplem (termoluminiscence) zvukem (sonoluminiscence)
VíceNukleové kyseliny. DeoxyriboNucleic li Acid
Molekulární lární genetika Nukleové kyseliny DeoxyriboNucleic li Acid RiboNucleic N li Acid cukr (deoxyrobosa, ribosa) fosforečný zbytek dusíkatá báze Dusíkaté báze Dvouvláknová DNA Uchovává genetickou
Více19.b - Metabolismus nukleových kyselin a proteosyntéza
19.b - Metabolismus nukleových kyselin a proteosyntéza Proteosyntéza vyžaduje především zajištění primární struktury. Informace je uložena v DNA (ev. RNA u některých virů) trvalá forma. Forma uskladnění
VíceMETODY STUDIA PROTEINŮ
METODY STUDIA PROTEINŮ Mgr. Vlasta Němcová vlasta.furstova@tiscali.cz OBSAH PŘEDNÁŠKY 1) Stanovení koncentrace proteinu 2) Stanovení AMK sekvence proteinu Hmotnostní spektrometrie Edmanovo odbourávání
VíceGenetika bakterií. KBI/MIKP Mgr. Zbyněk Houdek
Genetika bakterií KBI/MIKP Mgr. Zbyněk Houdek Bakteriofágy jako extrachromozomální genomy Genom bakteriofága uvnitř bakterie profág. Byly objeveny v bakteriích už v r. 1915 Twortem. Parazitické org. nemají
VíceTěsně před infarktem. Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod. Jan Kalina, Marie Tomečková
Těsně před infarktem Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod Jan Kalina, Marie Tomečková Program, osnova sdělení 13,30 Úvod 13,35 Stručně o ateroskleróze 14,15 Měření genových expresí 14,00
VíceNukleové kyseliny. Nukleové kyseliny. Genetická informace. Gen a genom. Složení nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie
Centrální dogma molekulární biologie ukleové kyseliny 1865 zákony dědičnosti (Johann Gregor Transkripce D R Translace rotein Mendel) Replikace 1869 objev nukleových kyselin (Miescher) 1944 nukleové kyseliny
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním
VíceTESTOVÁNÍ GMO Praktikum fyziologie rostlin
Teoretický úvod: TESTOVÁNÍ GMO Praktikum fyziologie rostlin 1 Teoretický úvod: TESTOVÁNÍ GMO Obecně na úvod Určitě jste už slyšeli pojem geneticky modifikovaný organismus (GMO). Úprava vlastností přirozeně
VíceDUM č. 10 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika
projekt GML Brno Docens DUM č. 10 v sadě 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika Autor: Martin Krejčí Datum: 26.06.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: Procesy následující bezprostředně po transkripci.
VíceObsah přednášky Metody používané v cytologii Metody založené na barvení buněk
Obsah přednášky Metody používané v cytologii Metody založené na barvení buněk Nejčastěji používané mikroskopické techniky Imunofluorescenční značení Příklady a využití Konfokální mikroskopie Princip metody
VíceInterakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk
MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk
VíceProteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.
Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec
VíceBIOLOGICKÁ MEMBRÁNA Prokaryontní Eukaryontní KOMPARTMENTŮ
BIOMEMRÁNA BIOLOGICKÁ MEMBRÁNA - všechny buňky na povrchu plazmatickou membránu - Prokaryontní buňky (viry, bakterie, sinice) - Eukaryontní buňky vnitřní členění do soustavy membrán KOMPARTMENTŮ - za
VíceÚstav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů
Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů Ústav úspěšně dokončil realizaci dvou investičních projektů s využitím prostředků z Operačního
VíceBiologie - Oktáva, 4. ročník (humanitní větev)
- Oktáva, 4. ročník (humanitní větev) Biologie Výchovné a vzdělávací strategie Kompetence k řešení problémů Kompetence komunikativní Kompetence sociální a personální Kompetence občanská Kompetence k podnikavosti
VíceMetody práce s proteinovými komplexy
Metody práce s proteinovými komplexy Zora Nováková, Zdeněk Hodný Proteinové komplexy tvořeny dvěma a více proteiny spojenými nekovalentními vazbami Van der Waalsovy síly vodíkové můstky hydrofobní interakce
VíceFluorescenční sondy. Fluorescenční sondy. Indikátory pro anorganické ionty. Fluorescenční sondy pro využití v analytické chemii, medicíně a biologii
Fluorescenční sondy Fluorescenční sondy vnější fluorofory, které se ke sledovaným molekulám, iontům, atd. váží nekovalentní vazbou změna fluorescenční vlastností (intenzita emise, posun emisního maxima,
VíceVyužití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza
Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita v Praze Bioinformatika Biologické inspirace
VíceToxikologie PřF UK, ZS 2016/ Toxikodynamika I.
Toxikodynamika toxikodynamika (řec. δίνευω = pohánět, točit) interakce xenobiotika s cílovým místem (buňkou, receptorem) biologická odpověď jak xenobiotikum působí na organismus toxický účinek nespecifický
VícePřednáška IX: Elektronová spektroskopie II.
Přednáška IX: Elektronová spektroskopie II. 1 Försterův resonanční přenos energie Pravděpodobnost (rychlost) přenosu je určená jako: k ret 1 = τ 0 D R r 0 6 0 τ D R 0 r Doba života donoru v excitovaném
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í I ti d j dělá á í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním
VícePříprava vektoru IZOLACE PLASMIDU ALKALICKÁ LYZE, KOLONKOVÁ IZOLACE DNA GELOVÁ ELEKTROFORÉZA RESTRIKČNÍ ŠTĚPENÍ. E. coli. lyze buňky.
Příprava vektoru IZOLCE PLSMIDU LKLICKÁ LYZE, KOLONKOVÁ IZOLCE DN E. coli plasmidová DN proteiny proteiny + + vysrážená plasmidová lyze buňky + snížení ph chromosomální DN centrifugace DN chromosomální
VíceGlobální pohled na průběh replikace dsdna
Globální pohled na průběh replikace dsdna 3' 5 3 vedoucí řetězec 5 3 prodlužování vedoucího řetězce (polymerace ) DNA-ligáza směr pohybu enzymů DNA-polymeráza I DNA-polymeráza III primozom 5' 3, 5, hotový
VíceREPLIKACE A REPARACE DNA
REPLIKACE A REPARACE DNA 1 VÝZNAM REPARACE DNA V MEDICÍNĚ Příklad: Reparace DNA: enzymy reparace nukleotidovou excizí Onemocnění: xeroderma pigmentosum 2 3 REPLIKACE A REPARACE DNA: Replikace DNA: 1. Podstata
VíceGenetická kontrola prenatáln. lního vývoje
Genetická kontrola prenatáln lního vývoje Stádia prenatáln lního vývoje Preembryonální stádium do 6. dne po oplození zygota až blastocysta polární organizace cytoplasmatických struktur zygoty Embryonální
VíceObecná biologie a genetika B53 volitelný předmět pro 4. ročník
Obecná biologie a genetika B53 volitelný předmět pro 4. ročník Charakteristika vyučovacího předmětu Vyučovací předmět vychází ze vzdělávací oblasti Člověk a příroda, vzdělávacího oboru Biologie. Mezipředmětové
VíceVyužití a princip fluorescenční mikroskopie
Využití a princip fluorescenční mikroskopie fyzikálně chemický děj Fluorescence typem luminiscence (elektroluminiscence, fotoluminiscence, radioluminiscence a chemiluminiscenci) patří mezi fotoluminiscenční
VíceChromatin. Struktura a modifikace chromatinu. Chromatinové domény
Chromatin Struktura a modifikace chromatinu Chromatinové domény 2 DNA konsensus 5 3 3 DNA DNA 4 RNA 5 ss RNA tvoří sekundární strukturu s ds vlásenkami ds forms 6 of nucleic acids Forma točivost bp/turn
VíceKapitola 3 Biomolecular Design and Biotechnology. Překlad: Jaroslav Krucký
Kapitola 3 Biomolecular Design and Biotechnology Překlad: Jaroslav Krucký Problémy chemie a biologie mohou být velmi nápomocné, jestliže se naše schopnost vidět to, co děláme, a dělat věci na atomární
VíceBiologie - Oktáva, 4. ročník (přírodovědná větev)
- Oktáva, 4. ročník (přírodovědná větev) Biologie Výchovné a vzdělávací strategie Kompetence k řešení problémů Kompetence komunikativní Kompetence sociální a personální Kompetence občanská Kompetence k
Více(molekulární) biologie buňky
(molekulární) biologie buňky Buňka základní principy Molecules of life Centrální dogma membrány Metody GI a MB Interakce Struktura a funkce buňky - principy proteiny, nukleové kyseliny struktura, funkce
VíceBUŇKA ZÁKLADNÍ JEDNOTKA ORGANISMŮ
BUŇKA ZÁKLADNÍ JEDNOTKA ORGANISMŮ SPOLEČNÉ ZNAKY ŽIVÉHO - schopnost získávat energii z živin pro své životní potřeby - síla aktivně odpovídat na změny prostředí - možnost růstu, diferenciace a reprodukce
VíceBuněčný cyklus. Replikace DNA a dělení buňky
Buněčný cyklus Replikace DNA a dělení buňky 2 Regulace buněčného dělení buněčný cyklus: buněčné dělení buněčný růst kontrola kvality potomstva (dceřinných buněk) bránípřenosu nekompletně zreplikovaných
Více