VÝZKUMNÝ ÚSTAV ŽIVOČIŠNÉ VÝROBY, Praha Uhříněves TDM 2004 5 METODIKA PRO PRAXI
VÝZKUMNÝ ÚSTAV ŽIVOČIŠNÉ VÝROBY, Praha Uhříněves doc. ing. Josef Bouška, CSc. ředitel METODIKA odhadu plemenných hodnot dojných koz v ČR pomocí Test-Day Animal Modelu (TDM) METODIKA PRO PRAXI výstup k projektu MZe ČR QC 1235 Ing. Gabriel Ciappesoni, PhD. Ing. Michal Milerski, Ph.D. Technická spolupráce Božena Hofmanová 2004
OBSAH Úvod 3 Preevaluační část 3 Zdroje dat 3 Hodnocené vlastnosti 3 Úpravy dat 3 Zohledněné systematické vlivy 4 Evaluační část 5 Metoda odhadu plemenných hodnot 5 Modelové rovnice 5 Program pro odhady plemenných hodnot 5 Variance a kovariance 5 Závěr 6 Příloha 7
ÚVOD TDM umožňuje porovnání denní užitkovosti zvířete s ostatními kozami ve stádě ve dni kontroly, což umožňuje provádět odhady plemenných hodnot zvířat dříve a přesněji v porovnání s hodnocením celých uzavřených laktací. Tento systém dále umožňuje rovněž provést optimalizaci počtu a načasování kontrolních měření. Výzkumy v Kanadě (Chesnais a Sullivan, 1994) dokázali že odhad PH mléčné užitkovosti na základě získaných údajů z 3 kontrol (TD) dosáhli 95% přesnosti odhadu na základě 10 TD. Tato skutečnost by mohla umožnit snížit počet kontrol a náklady na kontrolu užitkovosti, případně zvýšit počet testovaných zvířat, což by mělo celkově větší vliv na šlechtění populace než malá ztráta přesností u jednotlivých zvířat. POSTUP ODHADŮ PLEMENNÝCH HODNOT 1. Preevaluační část A) Zdroje dat Základem pro odhady plemenných hodnot jsou údaje z databáze KU. informace obsažené v následujících databázových souborech. Chm(rok).dbf - záznamy z kontrolních dnů Chr(rok).dbf - datum okozlení, počet kůzlat ve vrhu Chd(rok).dbf - datum narození kozy, plemeno Chmatka.dbf - rodokmen Chotec.dbf - rodokmen Jsou využity B) Hodnocené vlastnosti Denní nádoj mléka v kg Procentický obsah tuku v mléce v % Procentický obsah bílkovin v mléce v % 3
C) Úpravy dat Kontrola dat z KU je prováděná s cílem vyloučení logicky nebo biologicky nehodnověrných údajů. Zhrnuje následující podmínky: Kritéria Jednotka Min. Max. Denní nádoj Kg 0.3 9.0 Tuk % % 1.5 9.0 Bílkoviny % % 1.0 8.0 Dny laktace (DIM) Dny 10 365 Věk kozy roky 0.5 15 Věk při 1. okozlení Dny 275 Poznámka: zvýšenou pozornost je potřeba věnovat označování koz podle vyhlášky 154/2000 Sb., č. 166/99 s cílem omezení chybných původů a duplicit čísel. D) Zohledněné systematické vlivy 1. Plemeno odhady jsou prováděny zvlášť pro Bílou krátkosrstou kozu a Hnědou krátkosrstou kozu. 2. Pořadí laktace chybí záznamy v databázi, proto se určuje se na základě věku kozy. Byly vyčleněny 4 kategorie - 1 rok, 2 roky, 3 roky, 4 a více let. 3. Počet kůzlat ve vrhu. 3 kategorie 1, 2, 3 a více kůzlat. 4. Efekt kontrolního dne v daném stádě (test day) 5. Efekt období okozlení 5 kategorií prosinec a leden - únor - březen - duben - květen až listopad Pro úpravy a přečíslování dat jsou použity programy SAS a RENUM. (viz. Příloha 1) 4
2. Evaluační část A) Metoda odhadu plemenných hodnot Multitrait Test-Day Animal Model s pevnou regresí pomocí legenrových polynomialů na DIM uvnitř kategorií zvířat. B) Modelová rovnice y ijklmo = htd i + kid k + s lj + a m + p m + e ijklmo kde: y ijklmo - naměřená užitkovost htd i - kontrolní den (náhodný vliv) kid k -počet kůzlat ve vrhu (pevný efekt) s lj a m p m e ijklmo - pevná regrese na dny laktace uvnitř pořadí laktace a období okozlení - individuální genetický efekt jedince (plemenná hodnota náhodný efekt) - trvalý efekt prostředí jedince (náhodný efekt) - náhodná chyba s lj = a. p0 + b. p1+ c. p2 + d. p3 p0 = 1 p1 = z p2= 0.5 (3z 2-1) p3 = 0.5 (5z 3-3z) z =( 2(DIM-10)/290) -1 C) Program pro odhady plemenných hodnot BLUPF90 D) Variance a kovariance Poznámka: denní nádoje mléka byly násobeny * 10 a obsahy mléčných složek * 100 Náhodné reziduální variance a kovariance ml tuk bílk ml 2207.8 0.0000 0.0000 tuk 0.0000 3938.3 0.0000 bílk 0.0000 0.0000 830.35 Variance a kovariance Kontrolní den ml tuk bílk ml 5483.0-929.40-1202.7 tuk -929.40 3310.2 863.16 bílk -1202.7 863.16 1201.1 5
Variance a kovariance trvalý efekt prostředí ml tuk bílk ml 414.28-118.57-74.941 tuk -118.57 264.98 51.758 bílk -74.941 51.758 62.391 Variance a kovariance individuální genetický efekt jedince ml tuk bílk ml 3697.1 258.02-12.038 tuk 258.02 1260.7 298.09 bílk -12.038 298.09 259.57 (Poznámka: tato údaje budou dále aktualizovány) ZÁVĚR Metodika byla zpracována v rámci řešení Projektu MZe č. QC 1235. Je určená pro Svaz chovatelů ovcí a koz c ČR. 6
Příloha 1: Pořadí činnosti při odhadech genetických parametrů a plemenných hodnot. KU dojných koz P R O G R A M Y Svaz chovatelů ovcí a koz ChmYEAR.dbf ChrYEAR.dbf ChdYEAR.dbf ChlYEAR.dbf Chmatka.dbf Chotec.dbf SAS proc import merge proc export production.sas variable.sas permanent.sas production.txt variable.txt permanent.txt SAS proc import merge proc means TOTAL.sas No_prod.txt oldped.txt SAS proc GLM total.txt GLM.sas pedigree.sas ped.txt SAS proc import freq prepreml.sas prepblup.sas prodwg.prn pedwg.prn prodwg.prn pedwg.prn RENUMMAT REMLF90 renum_ped.prn renum_prod.prn coments solutions renum_prod.prn renum_ped.prn Genetické parametry BLUPF90 coments PH solutions 7
Vydal: Výzkumný ústav živočišné výroby Přátelství 815, 104 00 Praha Uhříněves Název: Metodika odhadu plemenných hodnot dojných koz v ČR pomocí Test-Day Animal Modelu (TDM). Autor: Ing. Gabriel Ciappesoni, PhD. Ing. Michal Milerski, Ph.D. Vydáno bez jazykové úpravy. METODIKA vychází z výsledků řešení projektu MZe ČR QC 1235 Výzkumný ústav živočišné výroby, Praha Uhříněves