Společnost lékařské genetiky a genomiky ČLS JEP, Ústav lékařské genetiky LF UP a FNOLa Fakultní nemocnice Olomouc ABSTRAKTA XX. celostátní konference DNA diagnostiky 3. - 4. 11. 2016 Dolní Morava Pod záštitou: prof. MUDr. Milan Kolář, Ph.D. děkan LF UP doc. MUDr. Roman Havlík, Ph.D. ředitel FNOL prof. MUDr. Martin Procházka, Ph.D. přednosta Ústavu lékařské genetiky Realizační tým RNDr. Kateřina Adamová, Ph.D. Mgr. Jana Böhmová Vladimíra Drgová Mgr. Hana Filipová, Ph.D. Mgr. Mária Janíková, Ph.D. Mgr. Romana Kratochvílová Odborní garanti: doc. RNDr. Radek Vrtěl, Ph.D. doc. Mgr. Radek Vodička, Ph.D. Hana Liberdová Michaela Mlčochová Bc. Renata Streitová Mgr. Hana Synková Mgr. Dita Vrbická, Ph.D. Mgr. Petr Vrtěl Drahé kolegyně, drazí kolegové, v nacházejícím se hlubokém, temném, ponurém, bezútěšném, zamračeném, zamlženém, nechutném, vlhkém, studeném, větrném, deštivém, krutém, zavadlém, nepřátelském, psabynevyhánějícím, zahnilém, smrdutém, nepřitažlivém, nekonečném, skličujícím, odporném, dusivém, užírajícím, životberoucím, nesnesitelném a veskrze depresivním podzimu se neúprosně blíží čas na naše tradiční, vřelé, milé, pozitivně laděné, prospěšné, veselé, poučné, optimistické, kvalitní, mírumilovné, oduševnělé, županové, horské, saunové, odborné, pracovně-společenské, společensko-pracovní, romantické, neformální, otevřené, blahodárné, svěží, inspirativní a již a neuvěřitelně dvacáté setkání milovníků DNA. Bude nás kolem 250 a podle údajů z posledního sčítáni lidu v roce 2011 bychom klidně mohli vytvořit město např. Genopolis nebo České nebo Moravské Dnatice a krásně bychom se vmezeřili mezi 599. Boží Dar a 600. Rejštejn. A to už nemůže být náhoda. NGSmánie je v plném proudu, i když k potěšení všech DNA duchniček se staré dobré třistadesítky a třijednatřicítky drží zubynehty a jsou vždy odhodlané a připravené k definitivní konfirmaci Majsíkem nebo Pídžíemkem nalezených variant (omlouvám se, ale na Juniora jsem již pozapomněl). Ale čím si můžeme být do budoucna téměř jisti je skutečnost, že se pomalu ale nezadržitelně blíží SMRT a první praktické zkušenosti s ní můžeme očekávat již za několik let. Celkem budeme mít možnost vyslechnout nebo prostudovat více než 70 odborných příspěvků, program a jednotlivá abstrakta budou vydané v elektronickém sborníku a dostupné na stránkách naší konference. Doufejme, že nám počasí umožní společný výlet lanovkou na Cestu do oblak, která je plánovaná v pátek po obědě. Dovolte nám popřát, aby se setkání podařilo a aby se každému účastníku vrylo jak do profesní, tak i citové paměťové oblasti mozku. Za organizátory můžeme slíbit, že budeme nápomocni při každém Vašem kroku a že upřímný úsměv z našich obličejů bude vymazán přesně v pátek 4. 11. v 16:00. Na brzkou shledanou na Dolní Moravě RV a RV a MP www.dna2016.cz XX. celostátní konference DNA diagnostiky PROGRAM Určeno pro účastníky konference Editoři: doc. RNDr. Radek Vrtěl, Ph.D., doc. Mgr. Radek Vodička, Ph.D. Výkonná redaktorka: Vladimíra Drgová Grafická úprava: STUDIO5 v.o.s. Publikace ve vydavatelství neprošla redakční jazykovou úpravou. 1. vydání, Olomouc 2016, Neprodejná publikace ISBN 978-80-270-0744-8 Neoprávněné užití tohoto díla je porušením autorských práv a může zakládat občansko-právní, správněprávní, popř. trestněprávní odpovědnost.
PROGRAM XX. celostátní konference DNA diagnostiky 3. - 4. 11. 2016 Dolní Morava www.dna2016.cz ODBORNÝ PROGRAM StřeDA 2. listopadu 2016 08:30-17:00 Všední analýza next-generation sekvenačních dat - bioinformatický workshop SEQme - více na: (https://www.seqme.eu/cs/kurzy/dates/next-gen-sekvenovani-windows) 17:00-19:00 REGISTRACE 20:00 UVÍTACÍ SETKÁNÍ ČtvRtek 3. listopadu 2016 08:00-08:20 REGISTRACE 08:20-08:30 ZAHÁJENÍ KONFERENCE BlOk 1: PřÍMÁ A NePřÍMÁ DiAGNOStikA MONOGeNNÍCH NeBO OliGOGeNNÍCH ONeMOCNĚNÍ Předsedající: Macek M., Vrtěl R., Korábečná M. 1. 08:30-08:42 7 PŘÍPADŮ KLEIDOKRANIÁLNÍ DYSPLÁZIE S MUTACEMI GENU RUNX2 Liška F., Chylíková B., Němečková J., Štenglová D., Veselá K., Baxová A. 2. 08:42-08:54 KORELACE FENOTYPU A GENOTYPU U PACIENTŮ S KOMPLEXEM TUBERÓZNÍ SKLERÓZY Filipová H., Vrtěl R., Vodička R., Procházka M. 3. 08:54-09:06 NEOBVYKLÝ MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÝ NÁLEZ U PACIENTA S X-SCID Grombiříková H., Ravčuková B., Dederová J., Cochino A., Freiberger T. 4. 09:06-09:18 MOLEKULÁRNÍ DIAGNOSTIKA DEFICIENCE LIPOPROTEI- NOVÉ LIPÁSY (LPLD) Valášková I., Křížová J. 5. 09:18-09:30 INTERPRETACE VARIANT DNA ZÍSKANÝCH SEKVENOVÁ- NÍM NOVÉ GENERACE V DIAGNOSTICE KARDIOMYOPA- TIÍ: NUTNOST REKLASIFIKACE Kadlecová J., Veverková A., Nikulenkov Grochová D., Hiemerová M., Matyášová M., Dobšáková Z., Skutková L., Grochová I. 6. 09:30-09:42 MUTACE GENU STRC JSOU ČASTOU PŘÍČINOU VROZE- NÉ PORUCHY SLUCHU V ČESKÉ REPUBLICE Paprskářová M., Plevová P., Tvrdá P., Turská P., Slavkovský R., Hladíková A., Mrázková E. 7. 09:42-09:54 DETEKCE PŘÍČIN VROZENÝCH KOSTNÍCH ONEMOCNĚNÍ POMOCÍ SEKVENOVÁNÍ NOVÉ GENERACE Paprskářová M., Plevová P., Turská P., Baxová A., Košťálová L., Malíková M. 8. 9:54-10:06 MOLEKULÁRNĚ GENETICKÁ DIAGNOSTIKA ALPORTOVA SYNDROMU A SYNDROMU TENKÉ BAZÁLNÍ MEMBRÁNY Plevová P., Turská P., Slavkovský R. 9. 10:06-10:18 KOMPLEXNÍ MOLEKULÁRNĚ GENETICKÁ ANALÝZA GENU TRPS1 U PACIENTŮ S TRICHORHINOFALANGEÁL- NÍM SYNDROMEM Šolc R., Klugerová M., Včelák J., Baxová A., Kuklík M., Všetička J., Beharka R., Hirschfeldová K. 10. 10:18-10:30 CO LZE ČEKAT OD DNA VYŠETŘENÍ U NEUROPATIE S POZDNÍM ZAČÁTKEM (PO 40. NEBO I 50. ROCE VĚKU)? Seeman P., Laššuthová P., Brožková D., Neupauerová J., Krůtová M., Meszárosová A., Staněk D., Mazanec R. 11. 10:30-10:40 LIBRARY PREPARATION FOR NEXT GENERATION SE- QUENCING USING NEBNEXT KITS Janoušek J., BioTech 10:40-11:00 ČAS NA KAFE A NĚJAKOU TU DUSIVKU BlOk 2: PřÍMÁ A NePřÍMÁ DiAGNOStikA POlYGeNNÍCH ONeMOCNĚNÍ Předsedající: Valášková I., Kuglík P., Seeman P. 1. 11:00-11:12 VÝZNAM GENOME-WIDE SCREENINGOVÝCH TECHNIK U DĚTSKÝCH PACIENTŮ S MENTÁLNÍMI RETARDACEMI A VÝVOJOVÝMI VADAMI: PŘEHLED VYŠETŘENÍ BĚHEM LET 2007-2015 NA OLG FN BRNO Smetana J., Wayhelová M., Mikulášová A., Oppelt J., Vallová V., Kašíková K., Filková H., Blažková D., Gaillyová R., Kuglík P. 2. 11:12-11:24 HLA GENOTYPIZACE U CENTRÁLNÍCH HYPERSOMNIÍ Šiffnerová V., Šonka K., Vraná M. 3. 11:24-11:36 NEXT GENERATION SEQUENCING FOR EARLY DIAGNO- SIS AND INDIVIDUALIZED TREATMENT OF DILATED CARDIOMYOPATHY AND RELATED FORMS OF CARDIO- MYOPATHY Piherová L., Stránecký V., Hartmannová H., Hodaňová K., Trešlová H., Kubánek M., Krebsová A., Paleček T., Kmoch S. 4. 11:36-11:48 VYHLEDÁVÁNÍ VZÁCNÝCH GENETICKÝCH VARIANT U TROMBOFILNÍCH STAVŮ - ZAVEDENÍ DO KLINICKÉ PRAXE Vrtěl P., Vodička R., Procházka M., Vrtěl R., Slavík L., Procházková J. BlOk 3: ONkOGeNetikA Předsedající: Foretová L., Janíková M. 1. 11:48-12:00 STUDIUM HETEROGENITY MUTACÍ V PRŮBĚHU TERAPIE PACIENTŮ S AKUTNÍ MYELOIDNÍ LEUKÉMIÍ Folta A., Ježíšková I., Dvořáková D., Tom N., Semerád L., Šustková Z., Čulen M., Kosařová Z., Žák P., Szotkowski T., Jindra P., Cetkovský P., Ráčil Z. 2. 12:00-12:12 GENETICKÁ PREDISPOZICE KE KARCINOMU PRSU A VAJEČNÍKŮ U NON-BRCA PACIENTEK Orlíková A., Plevová P., Paprskářová M., Hladíková A., Slavkovský R., Turská P. 3. 12:12-12:22 AKO SPRAVIŤ CESTU K PERSONALIZOVANEJ LIEČBE RAKOVINY LAHŠOU Guillén C., Thermo Fisher Scientific 12:30-13:30 ČAS NA OBĚD BlOk 3: ONkOGeNetikA (POkRAČOvÁNÍ) Předsedající: Scheinost O., Pospíšilová Š. 4. 13:30-13:42 ANALÝZA NÍZKOFREKVENTNÍCH SOMATICKÝCH VARI- ANT POMOCÍ NGS Tichý B., Pospíšilová Š., Malčíková J., Pál K., Radová L. 5. 13:42-13:54 KLINICKO-GENETICKÁ A MOLEKULOVÁ ANALÝZA PACIENTOV S OJEDINELOU IMUNOHISTOCHEMICKOU STRATOU VŠETKÝCH ŠTYROCH MISMATCH REPARA- ČNÝCH (MLH1/MSH2/MSH6/PMS2) PROTEÍNOV Závodná K., Hamidová O., Kajo K., Slamka T., Alemayehu A., Lohajová Behulová R., Konečný M. 6. 13:54-14:06 PEUTZ-JEGHERSOV SYNDRÓM A DNA DIAGNOSTIKA GÉNU STK11 Dolešová L., Konečný M., Hamidová O., Cisárik F., Barošová J., Repiská V. 7. 14:06-14:18 VÝZNAM PANELOVÉHO TESTOVÁNÍ POMOCÍ NGS V ONKOLOGICKÉ PROBLEMATICE Foretová L., Navrátilová M., Házová J., Vašíčková P., Štahlová Hrabincová E., Macháčková E. 8. 14:18-14:30 VÝSKYT SOMATICKÝCH MUTACÍ V PROTOONKOGENECH A TUMOR SUPRESOROVÝCH GENECH U ČESKÝCH PACI- ENTŮ S RŮZNÝMI TYPY NÁDOROVÝCH ONEMOCNĚNÍ Benešová L., Belšánová B., Hálková T., Minárik M. 9. 14:30-14:42 POTENCIÁLNÍ ROLE METYLACE KADHERINU 13 JAKO BIOMARKERU U KARCINOMU VAJEČNÍKŮ Chmelařová M., Bubancová I., Hrochová K., Laco J., Dvořák O., Palička V. 10. 14:42-14:54 SEKVENOVANIE PANELOV GÉNOV V DIAGNOSTIKE HEREDITÁRNYCH ONKOLOGICKÝCH SYNDRÓMOV Konečný M., Dolešová L., Hamidová O., Závodná K., Valachová A., Mlkvá I., Cisárik F., Kantárska D. 11. 14:54-15:04 NGS DIAGNOSTIKA V NOVÝCH ČASECH: Horák P., PentaGen s.r.o. 12. 15:04-15:14 SEKVENOVÁ NOVÉ GENERACE V DIAGNOSTICE NÁDO- ROVÝCH ONEMOCNĚNÍ Bielik P., Elisabeth Pharmacon 15:14-15:40 ČAS NA KAFE A NĚJAKOU TU DUSIVKU BlOk 4: BiOiNFORMAtikA Předsedající: Brož P., Stočes Š. 1. 15:40-15:50 NGS NÁHRADA MLPA POUŽITÍM NÁSTROJE HRO- MADNÉ CNV ANALÝZY SOFTWARU NEXTGENE (V2.4.2) Zástěra J., Carolina Biosystems s.r.o. 2. 15:50-16:02 INFRASTRUKTURA PRO BIOINFORMATIKU V SUPERPO- ČÍTAČOVÉM CENTRU IT4I (WWW.IT4I.CZ) Mokrejš M., Svatoň V., Hrbáč D., Stachoň M., Jansík B., Martinovič J.
PROGRAM XX. celostátní konference DNA diagnostiky 3. - 4. 11. 2016 Dolní Morava www.dna2016.cz 3. 16:02-16:12 SEQUENCHER; NÁSTROJ PRO ANALÝZU NEXT-GENERA- TION SEKVENAČNÍCH DAT VE WINDOWS Stočes Š., SEQme s.r.o. 4. 16:12-16-22 FINALISTDX - CÍLENÉ ŘEŠENÍ PRO DIAGNOSTICKÉ LABORATOŘE Jakoubek P., Brož P., Accela BlOk 5: využití NOvÝCH POStuPŮ v DNA DiAGNOStiCe Předsedající: Scheinost O., Putzová M., Vodička R. 1. 16:22-16:34 VÝVOJ NGS PANELU PRO URČENÍ NOSIČSTVÍ GENETIC- KÝCH VARIANT AUTOZOMÁLNĚ RECESIVNÍCH ONE- MOCNĚNÍ Lhota F., Zembol F., Honysová B., Černá L., Koudová M., Bittóová M., Stejskal D. 2. 16:34-16:46 STANOVENÍ BRAF MUTOVANÉ VOLNÉ NÁDOROVÉ DNA JAKO NÁSTROJ PRO MONITORING PACIENTŮ LÉČE- NÝCH PRO METASTAZUJÍCÍ MELANOM Putzová M., Arenbergerová M., Šedivcová M., Vaněček T., Michal M. 3. 16:46-16:58 SPEKTRUM MUTACÍ ODHALENÝCH METODOU CELO- EXOMOVÉHO SEKVENOVÁNÍ U PACIENTŮ S IMUNITNÍ CYTOPENIÍ Svatoň M., Kanderová V., Smíšek P., Suková M., Šrámková L., Kayserová J., Stuchlý J., Žaliová M., Freiberger T., Dušátková L., Průhová Š., Zachová R., Pospíšilová D., Blatný J., Procházková D., Mejstříková E., Kalina T., Šedivá A., Starý J., Trka J., Froňková E. 4. 16:58-17:10 NÁZEV SDĚLENÍ: ANALÝZA REZISTENCÍ V GENECH NS3 A NS5A VIRU HEPATITIDY C PŘI LÉČBĚ PŘÍMOPŮSOBÍ- CÍMI ANTIVIROTIKY (DAA) Trubač P., Piskunova N., Scheinost O., Chmelík V. 5. 17:10-17:20 SMARTEXTRACTION - EXTRAKCE NK RYCHLEJI, EFEKTIVNĚJI, SNÁZE Šustová A., GeneTiCA s.r.o. 6. 17:20-17:30 QIAGEN: KOMPLETNÍ ŘEŠENÍ PRO NGS APLIKACE Mikešová M., DYNEX 7. 17:30-17:40 NGS TARGET ENRICHMENT - SOLUTIONS AND APPLI- CATIONS BY IDT AND CLONTECH/TAKARA Jurkovičová D., KRD obchodní společnost BlOk 6: PReiMPlANtAČNÍ A PReNAtÁlNÍ DiAGNOStikA Předsedající: Šantavý J., Šantavá A., Procházka M. 1. 17:40-17:50 AKTUÁLNÍ TRENDY V PREIMPLANTAČNÍ GENETICKÉ DIAGNOSTICE Horák J, Horňák M., Kubíček D., Pešáková M., Veselá K. 2. 17:50-18:00 ANEUPLOIDIE U LIDSKÝCH IVF EMBRYÍ JSOU NEJČAS- TĚJI ZAPŘÍČINĚNY CHYBOU 1. MEIOTICKÉHO DĚLENÍ BĚHEM OOGENEZE Horňák M., Horák J., Kubíček D., Tauwinklová G., Trávník P., Veselá K. 2. 18:00-18:12 NEINVAZIVNÍ PRENATÁLNÍ TEST - PANORAMA Gomolčáková B., Putzová M., Hasch M., Michal M. 3. 18:12-18:24 AUTOMATIZACE METODY CFDNA TEST - NIPT Marešová I., Horáková K., Zembol F., Hynek M., Vávrová J., Stejskal D., Koudová M., Bittóová M. 4. 18:24-18:36 PRENATÁLNA ANALÝZA VRODENÝCH VÝVOJOVÝCH VÁD SRDCA A OBLIČIEK METÓDOU MLPA Štefeková A., Čapková Z., Čapková P. Od 19:30 ČAS NA VEČEŘI A SPOLEČENSKÝ VEČER PÁtek 4. listopadu 2016 BlOk 7: OStAtNÍ tématika Předsedající: Drábek J., Hořínek A. 1. 09:00-09:12 HISTORIE A SOUČASNOST URČOVÁNÍ OTCOVSTVÍ Drábek J. 2. 09:12-09:24 ČÍM SE ZABÝVÁ ČESKÝ NÁRODNÍ REGISTR DÁRCŮ DŘENĚ? Šantová D., Marckardt L., Fořtová M., Jindra P. 3. 09:24-09:36 KLINICKY RELEVANTNÍ NÁLEZY CELOGENOMOVÉHO SCREENINGU U ZDRAVÝCH OSOB Trková M., Bečvářová V., Hlavová E., Krutílková V., Rašková D., Hejtmánková M., Stejskal D., Koudová M., Horáček J. 09:36-10:15 ČAS NA KAFE A NĚJAKOU TU DUSIVKU BlOk 8: MeZilABORAtORNÍ kontrola kvality Předsedající: Brdička R., Dobrovolná M. 1. 10:15-10:27 KONTROLA KVALITY - VAZBA HLA S CHOROBAMI 2016 Ratajová E., Vraná M. 2. 10:27-10:39 VÝSLEDKY EXTERNÍHO HODNOCENÍ KVALITY PRO VYŠETŘENÍ BUNĚČNÉHO CHIMERIZMU ZA ROK 2016 Pegová K., Hrabáková P., Leontovyčová M., Přerovská R., Staňková M., Březinová D., Čechová H. 3. 10:39-10:51 ZÁVĚRY HARMONIZAČNÍ SCHŮZKY ČIA S ODBORNÝMI POSUZOVATELI ODBORNOSTI 816 - LÉKAŘSKÁ GENETI- KA - MODEROVANÁ DISKUSE Dobrovolná M. 10:51-11:30 ZÁVĚREČNÁ DISKUSE 11:30-12:30 ČAS NA OBĚD 12:30-15:00 CESTA DO OBLAK 16:00 PŘEDPOKLÁDANÉ UKONČENÍ KONFERENCE PřeHleD POSteROvÝCH PReZeNtACÍ 1. PACIENT S MENKESOVOU NEMOCÍ A ROZSÁHLOU DUPLIKACÍ V ATP7A GENU Záhoráková D., Hansíková H., Honzík T., Puchmajerová A., Zeman J., Martásek P. 2. ACADIAN VARIANT OF FANCONI SYNDROME IS CAUSED BY MITOCHONDRIAL RESPIRATORY CHAIN COMPLEX I DEFICIENCY DUE TO A NON-CODING MUTATION IN COMPLEX I ASSEMBLY FACTOR NDUFAF6 Hartmannová H., Piherová L., Hodaňová K., Stránecký V., Přistoupilová A., Barešová V., Jedličková I., Živná M., Trešlová H., Bleyer A., Kmoch S. 3. IDENTIFICATION OF A NOVEL DNAJC5 MUTATION MISSED BY SANGER SEQUENCING IN A FAMILIAL CASE OF ADULT-ONSET NEURONAL CEROID LIPOFUSCINO- SIS(ANCL) Jedličková I., Přistoupilová A., Stránecký V., Hůlková H., Kmoch S., Cadieux-Dion M., Cossette P., Andermann E., Andermann F. 4. MOLEKULÁRNÍ DIAGNOSTIKA SPINÁLNÍ MUSKULÁRNÍ ATROFIE V LABORATOŘI DNA DIAGNOSTIKY OLG FN OSTRAVA Buržáková K., Fojtík J., Valečková J., Balcar A., Gřegořová A., Grečmalová D., Dvořáčková N., Plevová P., Hladíková A. 5. MOLEKULÁRNĚ-GENETICKÁ DIAGNOSTIKA AUTOZO- MÁLNĚ RECESIVNÍ POLYCYSTICKÉ CHOROBY LEDVIN Obeidová L., Hojný J., Včelák J., Elišáková V., Kavec M., Reiterová J., Seeman T., Štekrová J. 6. DNM1L-RELATED MITOCHONDRIAL FISSION DEFECT PRESENTING AS SPASTIC PARAPARESIS AND OPTIC ATROPHY Tesařová M., Daňhelovská T., Rodinová M., Stránecký V., Beránková K., Sládková J., Vondráčková A., Spáčilová J., Zámečník J., Honzík T., Hansíková H., Zeman J., 7. PROBLÉMY S DIAGNOSTIKOU LEHKÉ HEMOFILIE A Šimoníková M., Radovská A., Provazníková D., Hrachovinová I.
PROGRAM XX. celostátní konference DNA diagnostiky 3. - 4. 11. 2016 Dolní Morava www.dna2016.cz 8. MOLEKULÁRNĚ-GENETICKÁ DIAGNOSTIKA X-VÁZANÉ- HO HYDROCEFALU 2010-2016 Walczysková S., Hilscherová Š., Uhlíková H. 9. MOLEKULÁRNĚ-GENETICKÁ DIAGNOSTIKA MUKOPOLY- SACHARIDÓZY IVA Švecová Š., Trefilová E., Zajícová Dočekalová D., Magner M., Hrubá E., Poupětová H., Zeman J., Tesařová M. 10. ZAVEDENÍ SEKVENOVÁNÍ NOVÉ GENERACE PRO PACIENTY SE SUSPEKTNÍ HEREDITÁRNÍ AMYLOIDÓZOU - PRVNÍ ZKUŠENOST Kufová Z., Januška J., Ševčíková T., Filipová J., Jelínek T., Kryukov F., Hájek R. 11. MOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÁ A BIOCHEMICKÁ PODSTA- TA VROZENÉ PORUCHY GLYKOSYLACE U PACIENTA S DEFICITEM GENU ATP6AP1 Vondráčková A., Ondrušková N., Stránecký V., Horová E., Trefilová E., Dočekalová Zajícová D., Hansíková H., Honzík T., Zeman J., Tesařová M. 12. NEXT GENERATION SEQUENCING DATA ANALYSIS EVALUATION IN PATIENS WITH PARKONSONISM FROM GENETICALLY ISOLATED POPULATION Kolaříková K., Vodička R., Vrtěl R., Menšíková K., Kaňovský P., Procházka M., Dolinová I. 13. GÉN PRE CHECKPOINT KINÁZU 2 A JEHO PORUCHY ASOCIOVANÉ S MALÍGNYMI OCHORENIAMI Žideková D., Hamidová O., Dolešová L., Konečný M. 14. PILOTNÍ STUDIE: NGS ANALÝZA VYBRANÝCH GENŮ U ČESKÝCH PACIENTEK S ENDOMETROIDNÍM KARCI- NOMEM ENDOMETRIA NEBO OVÁRIA Tichá I., Hájková N., Hojný J., Němejcová K., Dundr P. 15. ZMĚNY EXPRESE BIOTRANSFORMAČNÍCH ENZYMŮ V PRIMÁRNÍCH NÁDORECH JATER JSOU NEJVÝZNAMĚJŠÍ U HIGH-GRADE TUMORŮ Nekvindová J., Mrkvicová A., Souček P., Anzenbacher P., Slabý O., Kiss I., Palička V. 16. PILOTNÍ STUDIE VYUŽITÍ NGS TECHNOLOGIE, PRŮKAZ A SLEDOVÁNÍ MUTACÍ V GENU CEBPA U AML PACIENTŮ Hrochová K., Vrbacký F., Petrová L., Chmelařová M., Zavřelová A., Radocha J., Žák P. 17. SLEDOVÁNÍ EXPRESE EVI1 (TRANSKRIPČNÍ FAKTOR) V RÁMCI MRN U PACIENTŮ S AKUTNÍ MYELOIDNÍ LEUKÉMIÍ Petrová L., Hrochová K., Havlíková P., Víšek B., Lánská M., Žák P. 18. ZÁCHYT SOMATICKÝCH MUTACÍ VYBRANÝCH POLYME- RÁZ U PACIENTŮ S KOLOREKTÁLNÍM KARCINOMEM Urbanová M., Včelák J., Schneiderová M., Vodičková L., Vodička P. 19. VYHODNOCENÍ VÝSLEDKŮ VYŠETŘENÍ MUTACÍ V GENECH BRCA1 A BRCA2 U RIZIKOVÝCH PACIENTŮ Curtisová V., Mracká E., Kratochvílová R., Žídková M. 20. GLASS: ASSISTOVANÉ A ŠTANDARDIZOVANÉ POSUD- ZOVANIE SEKVENČNÝCH VARIANT Z DÁT SANGEROVHO SEKVENOVANIA Pál K., Bystrý V., Reigl T., Krejčí A.,Tichý B.,Pospíšilová Š., Malčíková J., Darzentas N. 21. RYCHLÁ DETEKCE SOMATICKÝCH MUTACÍ U NÁDORŮ TLUSTÉHO STŘEVA (CRC), PLIC (NSCLC) A MALIG- NÍHO MELANOMU S VYUŽITÍM SYSTÉMU BIOCARTIS IDYLLA Hopenštoková A., Šimová J., Kubová B., Žebráková I., Schreibrová L., Uvírová M., Urbanovská I., Konvalinka D., Měch R., Mazurová J., Dvořáčková N., Dvořáčková J. 22. VYUŽITÍ METODY NGS PRO DETEKCI MOZAICISMU MUTACE V GENU KCNH2 ZPŮSOBUJÍCÍ SYNDROM DLOUHÉHO QT INTERVALU Synková I., Ošťádalová E. 23. KAZUISTIKA: UPD CHROMOZOMU 14 JAKO VÝSLEDEK TRISOMIC RESCUE Soldátová I., Koudová M., Vilímová Z., Trková M., Jenčíková N., Nedomová V., Březinová S., Horáček J., Hodačová J., Bittoóvá M., Stejskal D. 24. DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS IN TRISOMY-21 PLACENTA Svobodová I., Korabečná M., Calda P., Břešťák M., Pazourková E., Pospíšilová Š., Krkavcová M., Novotná M., Hořínek A. 25. NON-INVASIVE PRENATAL TESTING FOR FETAL ANEU- PLODIES : A REPORT OF THREE ATYPICAL CASES Horáková K., Marešová I., Vávrová J., Zembol F., Krutílková V., Trková M., Hynek M., Stejskal D., Bittóová M., Koudová M. 26. TELOMERIC SEQUENCES IN CELL-FREE DNA ARE MORE ABUNDANT IN PLASMA THAN IN SERUM SAMPLES IN HEALTHY VOLUNTEERS Zinková A., Svačina A., Hořínek A., Pazourková E., Korabečná M. 27. DNA ANALÝZA EXTRAHUMÁNNÍHO GENOMU - DERMATOMYKÓZY, PROBLÉM DNEŠKA Staněk L., Horák P., Mihlova R., Šprincová A., Mačák J., Čížek J., Hasch M. 28. TRANSKRIPTOMICKÉ PROFILOVÁNÍ TRANSPLANTO- VANÝCH JATERNÍCH ŠTĚPŮ VE VZTAHU K ROZVOJI NEALKOHOLICKÉ JATERNÍ STEATÓZY Šedová L., Chylíková B., Hejlová I., Dezortová M., Hájek M., Cahová M., Šeda O., Trunečka P. 29. SROVNÁNÍ VÝSKYTU RIZIKOVÝCH HAPLOTYPŮ PRO CELIAKII U ZDRAVÝCH JEDINCŮ A U PACIENTŮ S PŘÍZNAKY CELIAKIE V ČESKÉ POPULACI Blašková M., Vlčková Z., Indráková V., Slepičková I., Šplíchalová P. PARtNeři SuBPARtNeři
I. - Diagnostika monogenních onemocnění 7 PŘÍPADŮ KLEIDOKRANIÁLNÍ DYSPLÁZIE S MUTACEMI GENU RUNX2 7 cases of cleidocranial dysplasia with RUNX2 mutations František Liška (Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN) Spoluautoři: Blanka Chylíková (Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN), Jitka Němečková (Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice Brno), Dagmar Štenglová (Genetika Plzeň, s r. o.), Kamila Veselá (Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN), Alica Baxová (Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK a VFN) Úvod: Kleidokraniální dysplázie (CCD) je vzácné autozomálně dominantní onemocnění způsobené haploinsuficiencí RUNX2 (Runt-related transcription factor 2), která postihuje funkci osteoblastů v celém skeletu, s nejvýraznější poruchou endesmální osifikace. To vede k hypoplázii nebo aplázii klíčních kostí, k pozdnímu uzavírání lebečních švů (s deformacemi), neznámým mechanizmem k zvýšení počtu nepříliš funkčních zubů a k dalším potížím. Metody: Vyšetřili jsme 7 případů kleidokraniální dysplázie, z toho 3 familiární a 4 sporadické. Všech 9 exonů RUNX2 (první nekódující, podle nejdelší známé sestřihové varianty NM_001024630.3) jsme amplifikovali pomocí standardní PCR a podrobili Sangerovu sekvenování. V případech, kdy sekvenace neodhalila patogenní mutaci, jsme provedli analýzu delecí/duplikací pomocí qpcr s detekcí pomocí SYBR Green. V jednom případě jsme identifikovali potenciální sestřihovou mutaci na začátku intronu 5, jejíž funkci jsme ověřili pomocí RNA z periferní krve, jednak RT- PCR s primery přemosťujícími exon 4-6, jednak měřením rozdílu mezi amplifikací exonu 4 a 5 pomocí qrt-pcr. Výsledky: U tří případů jsme nalezli již dříve popsané bodové substituční mutace vedoucí k záměně aminokyseliny v heterozygotním stavu. V jednom případě jsme nalezli substituci v poloze +5 intronu 5, in silico se středně velkým poklesem skóre sestřihového místa. Proto jsme testovali sestřih genu pomocí RT-PCR z periferní krve a skutečně jsme nalezli cca v 30 % přeskočení exonu 5, což by měl být podle dostupných literárních dat právě takový pokles, který již způsobí postižení skeletu. Zajímavé je, že přeskočení exonu 5 (105 bp) nezpůsobí posun čtecího rámce, ale výpadek části klíčové domény Runt, včetně jaderného lokalizačního signálu. V jednom případě jsme zjistili heterozygotní deleci celého genu RUNX2, v jednom případě pak heterozygotní deleci exonu 4 a 5. Závěr: Ve všech 7 případech s klinickou diagnózou kleidokraniální dysplázie jsme nalezli patogenní mutaci RUNX2, z toho 3 missense, 1 sestřihovou a 2 rozsáhlejší delece. KORELACE FENOTYPU A GENOTYPU U PACIENTŮ S KOMPLEXEM TUBERÓZNÍ SKLERÓZY Genotype/phenotype correlation in patients with tuberous sclerosis komplex Hana Filipová (Ústav lékařské genetiky, FN Olomouc) Spoluautoři: doc. RNDr. Radek Vrtěl, Ph.D. (Ústav lékařské genetiky, FN Olomouc), doc. Mgr. Radek Vodička, Ph.D. (Ústav lékařské genetiky, FN Olomouc), prof. MUDr. Martin Procházka, Ph.D. (Ústav lékařské genetiky, FN Olomouc) Komplex tuberózní sklerózy je onemocnění s autozomálně dominantním typem dědičnosti, které se projevuje benigními tumory v mnoha tkáních a orgánech (především na kůži, mozku, ledvinách a srdci). Příčinou tuberózní sklerózy jsou mutace v TSC1 a TSC2 genu.tato studie byla zaměřena na analýzu TSC genů u vybraného souboru pacientů a následnou fenotyp/genotypovou korelaci. Analyzovaný soubor tvořilo 118 pacientů (99 probandů a 19 případů reprezentovalo tuberózní sklerózou postižené rodinné příslušníky některých probandů). K analýze TSC genů byly využity následující metody: MLPA, DGGE v kombinaci se Sangerovou metodou sekvenování nebo přímé Sangerovo sekvenování obou TSC genů či NGS na platformě Ion Torrent. Ve skupině 99 probandů bylo nalezeno 75 mutací v TSC2 genu a 24 mutací v TSC1 genu. Poměr detekovaných TSC2 : TSC1 mutací v rámci celého souboru byl 87 : 31. Celkem 27 zachycených sekvenčních variant (mutací) nebylo dosud popsáno v LOVD TSC1/TSC2. Poměr sporadických/familiárních případů byl ve skupině probandů 40 : 17 a 40 : 36 v celém souboru. U 42 probandů nebylo možné stanovit formu výskytu onemocnění. Variabilita klinických projevů onemocnění mezi pacienty byla značná a to i v rámci rodin či mezi nepříbuznými jedinci se stejnou mutací. V souladu s výsledky zahraničních výzkumů bylo v této fenotyp/genotypové studii prokázáno, že TSC2 mutace jsou spjaty se závažnějším fenotypovým projevem než mutace genu TSC1. U jedinců s TSC1 mutacemi byly vzácně pozorovány AML a vícečetné renální cysty, fibrózní plaky čela a hamartomy sítnice. 5
Žádná statisticky významná korelace nebyla zaznamenána mezi jednotlivými kategoriemi mutací (sestřihovými, záměnovými a mutacemi způsobujícími zkrácení délky proteinu) a konkrétním fenotypovým projevem ve skupině TSC2 pacientů. TSC1 pacienti měli téměř výlučně pouze mutace vedoucí ke zkrácení délky genového produktu. Nositelé mutací způsobujících zkrácení délky tuberinu měli závažnější charakter onemocnění než jedinci s mutacemi vedoucími ke zkrácení délky hamartinu. Dále byly odhaleny významné korelace mezi nálezem hypomelanotických skvrn a výskytem kortikálních tuberů, mezi postižením kůže faciálními angiofibromy a nálezem renálních AML, mezi hamartomy sítnice a srdečním rhabdomyomem či mezi epilepsií a mentální retardací ve skupině pacientů s TSC2 mutacemi. detekována i v DNA izolované z krve probanda, překvapivě však taktéž vykazovala heterozygotní obraz. HLA typizace prokázala u pacienta přítomnost 3 typů lymfocytů pravděpodobně šlo o buňky pacienta, matky a dárce krve. Byl proto proveden odběr vzorku bukálním stěrem a následná analýza DNA získané z tohoto odběru potvrdila přítomnost jediné alely nesoucí mutaci v genu IL2RG. MOLEKULÁRNÍ DIAGNOSTIKA DEFICIENCE LIPOPROTEINOVÉ LIPÁSY (LPLD). Molecular diagnostics of lipoprotein lipase deficiency (LPLD) Iveta Valášková (Oddělení lékařské genetiky FN Brno) Spoluautoři: Jana Křížová (Mendelova univerzita, Brno) 6 NEOBVYKLÝ MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÝ NÁLEZ U PACIENTA S X-SCID Unusual molecular biological finding in patient with X-SCID Hana Grombiříková (Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie Brno) Spoluautoři: Barbora Ravčuková (Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie Brno), Jana Dederová (Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie Brno), Alexis Cochino (Institutut National de Medicina Legala, Bukurešť), Tomáš Freiberger (Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie Brno) Těžké kombinované imunodeficience (SCID) jsou nejzávažnější z primárních imunodeficiencí. Představují skupinu heterogenních genetických onemocnění, která postihují buněčnou i protilátkovou složku imunitního systému. Těžké, chronické infekce jsou tak prvním a nejzávažnějším projevem těchto chorob, které bez adekvátní léčby často končí letálně do jednoho roku věku. Jedním z klíčových diagnostických vyšetřením SCID je stanovení množství DNA epizómů v cytoplasmě buněk, vznikajících při vývoji T- a B- lymfocytů, tzv. TRECs (T-cell receptor excision circles) a KRECs (Kappa-deleting recombination excision circles). Nejčastější formou SCID je X-vázaná porucha v genu IL2RG, která se typicky projevuje chybějícími T-lymfocyty a NK buňkami a sníženou funkcí B-lymfocytů. Gen IL2RG kóduje gamma podjednotku cytokinových receptorů zodpovědných za přenos signálů do buňky a buněčného jádra, které jsou klíčové pro diferenciaci buněk. Vyšetřovali jsme devítiměsíčního chlapce, u kterého nebyly detekovány v krvi T-lymfocyty a NK buňky. Stanovení TRECs/KRECs pomoci qpcr svědčilo pro chybějící differenciaci T-lymfocytů, zatímco rekombinace B-lymfocytů zůstala částečně zachována. V genu IL2RG byla nalezena sestřihová mutace v heterozygotním stavu u matky probanda. Mutace byla Lipoproteinová lipáza (LPL) je klíčový enzym v metabolismu lipoproteinů. Je obsažený zejm. v kapilárách tukové tkáně a tkáních využívajících mastné kyseliny jako zdroj energie (především příčně pruhované svaly a myokard). Enzym katalyzuje hydrolýzu triglyceridů (TG), které jsou součástí chylomikronů a lipoproteinů o velmi nízké hustotě (VLDL). Deficience lipoproteinové lipásy (LPLD), která vede ke zvýšené hladině triglyceridů, je v současné době považována za jeden ze závažných zdravotních problémů. Přibližně 30 % LPLD jsou spojeny s rekurentní pankreatitis.v LPL genu bylo zjištěno více než 220 mutací kauzálních pro familiární LPD. Tyto mutace redukují nebo eliminují aktivitu lipoproteinové lipázy. V důsledku toho se triglyceridy spojené s lipoproteiny hromadí v krvi a tkáních, což vede k pankreatitidě, zvětšení jater a sleziny (hepatosplenomegalie), tukovým usazeninám v kůži (eruptivní xantomy) a dalším příznakům LPLD. Četnost jednotlivých LPL mutací se liší široce mezi populacemi. Nejběžnější mutace asociovaná s LPLD u lidí evropského původu je Gly188Glu. U 20 % kavkazské populace se nachází sekvenční varianta Ser447stop, S447X, která je asociována se zvýšenou aktivitou LPL. Tato varianta genu LPL byla využita pro genovou terapii Alipogene Tiparvovec (také známá jako Glybera), která je aplikována u LPLD pacientů s těžkými nebo mnohočetnými ataky pankreatitidy s možným letálním dopadem, a to navzdory dietnímu omezení tuků. Vektor je adenoasociovaný virus typu I (AAV1) a obsahuje hyper funkční variantu genu LPL S447X. Glybera se podává intramuskulárně v celkové anestezii v asociaci s imunosupresí. Výsledky klinických studií prokázaly snížení hladiny triglyceridů o 40% po 3 až 12 týdnů. Vyšetřovaný soubor tvořili pacienti s těžkými nebo mnohočetnými ataky pankreatitidy, u kterých nebyla identifikována jiná genetická příčina onemocnění. Ukázalo se, že zvolený vyšetřovací algoritmus zahrnující metody
7 MLPA, QF PCR, LightSNiP assay na HRM a sekvenování je vhodný pro vyšetření genu LPL a vyhledávání pacientů pro genovou terapii. Podařilo se vytipovat pacienty s LPLD vhodné pro genovou terapii AAV1-LPL S447X potvrzením patologické mutace v genu LPL. Dosažené výsledky se shodují v literatuře popsanými studiemi, které naznačují, že v rámci poruch metabolismu lipidů je významná nejen familiární chylomikronemie, ale i kombinovaná, podložená heterozygotními mutacemi. INTERPRETACE VARIANT DNA ZÍSKANÝCH SEKVENOVÁNÍM NOVÉ GENERACE V DIAGNOSTICE KARDIOMYOPATIÍ: NUTNOST REKLASIFIKACE Interpretation of the DNA variants obtained by the next generation sequencing in the cardiomyopathy diagnostics: the necessity of original NGS data reanalysis Jitka Kadlecová (Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o.) Spoluautoři: Alena Veverková (Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, Kotlářská 2, Brno), Diana Nikulenkov Grochová (Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o., Veveří 39, Brno), Markéta Hiemerová (Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o., Veveří 39, Brno), Monika Matyášová (Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o., Veveří 39, Brno), Zuzana Dobšáková (Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o., Veveří 39, Brno), Linda Skutková (Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, Mezinárodní centrum klinického významu (ICRC)), Ilga Grochová (Centrum prenatální diagnostiky, s.r.o., Veveří 39, Brno) Dědičná kardiologická onemocnění (arytmie, kardiomyopatie) jsou heterogenní skupina onemocnění, která jsou způsobená mechanickou či elektrickou dysfunkcí srdečního svalu. V současné době je nejvhodnější technologie pro osvětlení vzniku těchto onemocnění sekvenování nové generace (NGS). Tato technologie umožňuje analýzu většího počtu genů a řešení problematiky genetického a fenotypového překrytí, které v diagnostice geneticky podmíněných chorob komplikuje správné určení diagnózy. Paralelní analýzou genů asociovaných s onemocněním srdce lze osvětlit příčiny vzniku onemocnění a identifikovat presymptomatické jedince v rodinách za účelem prevence a léčby. V souboru klinicky diagnostikovaných pacientů s dědičným srdečním onemocněním byly aplikovány následující technologie: TrueSight Enrichment (46 genů asociovaných s kardiomyopatiemi, Illumina), PED Mast Plus technology (56 genů popsaných u arytmií, Multiplicom) a NimbleGen technology (vlastní panel 97 genů v asociaci s kardiomyopatií i s arytmií, Roche) s následným sekvenováním na přístroji MiSeq. Klasifikovaná NGS data byla ukládána v průběhu dvou let do interní databáze laboratoře. Na základě informací z různých databází (NCBI dbsnp, NCBI ClinVar, OMIM, Ensembl atd.) a výsledků segregačních analýz v rodinách je prováděna zpětná klasifikace nalezených variant. Dosavadní zkušenosti s NGS technologií v diagnostice kardiomyopatií ukazují na nutnost zpětné klasifikace nalezených variant, neboť analýza velkého počtu genů s sebou přináší nejen obrovský nárůst dat, která přispívají k osvětlení příčin vzniku těchto onemocnění, ale také nárůst informací, jež jsou z hlediska interpretace nejednoznačné. Z tohoto důvodu je nezbytné tyto informace periodicky přehodnocovat dle aktuálních údajů v odborných databázích. Library PREPARATION FOR NEXT GENERATION SEQUENCING USING NEBNEXT KITS Library Preparation for Next Generation Sequencing using NEBNext kits Josef Janoušek (BioTech) Library preparation for Next Generation Sequencing represents important step in NGS analyses of DNA and RNA samples. Library preparation has influence on quantity and quality of obtained reads and hence it can influence result interpretation. The Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina (developed by New England Biolabs) enables high yield preparation of high quality libraries from 500 picograms to 1 microgram of input DNA. This kits offers fast, streamlined, automatable workflow with fewer PCR cycles. It can be used also with challenging samples such as FFPE DNA. NEBNext Ultra II DNA Library Prep with Sample Purification Beads kit contains SPRIselect beads (Beckman Coulter) for flexible and reliable size selection and enzyme reaction cleanup. MUTACE GENU STRC JSOU ČASTOU PŘÍČINOU VROZENÉ PORUCHY SLUCHU V ČESKÉ REPUBLICE STRC gene mutations are a frequent cause of congenital hearing impairment in the Czech Republic Martina Paprskářová (Oddělení lékařské genetiky, FN Ostrava) Spoluautoři: Pavlína Plevová (Oddělení lékařské genetiky, FN Ostrava), Petra Tvrdá (Oddělení lékařské genetiky, FN Ostrava), Petra Turská (Oddělení lékařské genetiky, FN Ostrava), Rastislav Slavkovský (Ústav molekulární a translační medicíny, LF UP, Olomouc), Andrea Hladíková (Oddělení lékařské genetiky, FN Ostrava), Eva Mrázková (Ústav epidemiologie a ochrany veřejného zdraví, LF OU, Ostrava) Poruchy sluchu jsou heterogenní skupinou onemocnění, které jsou ze 70 80 % způsobeny z genetické příčiny. Nejčastěji je porucha sluchu asociována s mutací v genu GJB2. V evropské populaci mutace v tomto genu způsobuje 20 40 % poruch sluchu. Navrhli jsme panel dalších 69 genů, které se mohou podílet na vzniku syndromové i nesyndromového poruchy sluchu. Pomocí metody sequence capture s následným sekvenováním nové generace jsme těchto 69 genů vyšetřili u pacientů s poruchou sluchu, kteří byli negativní na mutaci v genu GJB2.
8 Celkově bylo vyšetřeno 51 pacientů. U 12 pacientů byly zjištěny patogenní mutace v genech s recesivní dědičností a potvrdila se u nich diagnóza autozomálně recesivně dědičné poruchy sluchu. Jednalo se o geny TMPRSS3, USH2A, PCDH15, LOXHD1 a MYO15A vždy po 1 pacientovi s hlubokou nebo těžkou poruchou sluchu a o gen STRC, ve kterém byly zjištěny mutace/velké genomické přestavby u 7 pacientů. U 2 pacientů byla nalezena mutace v genech s autozomálně dominantní dědičností - MYO6A a SIX1. U jednoho pacienta s hlubokou poruchou sluchu byla nalezena mutace v X-vázaném genu POU3F4. Závěr: Mutace a velké genomické přestavby genu STRC jsou druhou nejčastější příčinou poruchy sluchu v české populaci po mutacích v genu GJB2. Jsou asociovány s mírnou nebo středně těžkou poruchou sluchu. Mutace v dalších genech byly zjištěny pouze v izolovaných rodinách. DETEKCE PŘÍČIN VROZENÝCH KOSTNÍCH ONEMOCNĚNÍ POMOCÍ SEKVENOVÁNÍ NOVÉ GENERACE Detection of causes of congenital bone diseases using next-generation sequencing Martina Paprskářová (Oddělení lékařské genetiky Fakultní nemocnice Ostrava) Spoluautoři: Pavlína Plevová (Oddělení lékařské genetiky Fakultní nemocnice Ostrava), Petra Turská (Oddělení lékařské genetiky Fakultní nemocnice Ostrava), Alice Baxová (Ústav biologie a lékařské genetiky VFN a 1. LF UK, Praha), Ľudmila Košťálová (Endokrinologická ambulance, II. Dětská klinika DFNsP Bratislava), Marcela Malíková (Ústav biologie a lékařské genetiky Fakultní nemocnice Motol, Praha) Vrozené kostní anomálie patří mezi skupinu geneticky heterogenních onemocnění. Navrhli jsme panel 474 genů spojených s vrozenými kostními anomáliemi. Pomocí metody sequence capture s následným sekvenováním nové generace jsme tyto geny vyšetřili u 8 pacientů s vrozenými kostními anomáliemi. U dvou pacientů byly nalezeny mutace v genu CUL7 v homozygotním stavu, což potvrzuje diagnózu syndromu 3M. U jedné pacientky byla nalezena patogenní mutace v genu EVC v homozygotním stavu, čímž byl potvrzen syndrom Ellis-van Creveld. Syndrom Shwachman- Diamond syndrom byl diagnostikován u pacientky, která měla dvě různé mutace v genu SBDS. U jednoho pacienta byla nalezena homozygotní mutace v genu BBS5 pro syndrom Bardet-Biedel 5. Výše uvedená onemocnění jsou spjata s autozomálně recesivní dědičností. Dále byla nalezena mutace v genu EXT2 v heterozygotním stavu u pacienta s exostózami. U pacienta s heterozygotní inzercí v genu FAM111A byl potvrzen syndrom Kenny-Caffey. Tato onemocnění se dědí autozomálně dominantně. Pomocí této metody se nám tak podařilo objasnit genetickou příčinu onemocnění u 7 z 8 vyšetřených pacientů. Vyšetřování panelů genů pomocí sekvenace nové generace je velmi efektivní metodou při zjišťování genetické podstaty chorob. CO LZE ČEKAT OD DNA VYŠETŘENÍ U NEUROPATIE S POZDNÍM ZAČÁTKEM (PO 40. NEBO I 50. ROCE VĚKU)? Pavel Seeman (2. LF UK a FN v Motole, DNA laboratoř, Klinika dětské neurologie) Spoluautoři: Petra Laššuthová (2. LF UK a FN v Motole, DNA laboratoř, Klinika dětské neurologie), Dana Šafka Brožková (2. LF UK a FN v Motole, DNA laboratoř, Klinika dětské neurologie), Jana Neupauerová (2. LF UK a FN v Motole, DNA laboratoř, Klinika dětské neurologie), Marcela Krůtová (2. LF UK a FN v Motole, DNA laboratoř, Klinika dětské neurologie), Anna Meszárosová (2. LF UK a FN v Motole, DNA laboratoř, Klinika dětské neurologie), David Staněk (2. LF UK a FN v Motole, DNA laboratoř, Klinika dětské neurologie), Radim Mazanec (2. LF UK a FN v Motole, Neurologická klinika dospělých) Úvod: Dědičné neuropatie (DěN) jsou nejčastější geneticky podmíněné neurologické onemocnění a postihují v ČR asi 4 000 osob. Jde o geneticky vysoce heterogenní skupinu se všemi typy dědičnosti. Věk při začátku obtíží je u DěN typicky ve školním věku a začátek po 20. roce věku je poměrně vzácný. DNA vyšetřením nelze DěN vyloučit, lze ji pouze spolehlivě prokázat a určit typ a upřesnit prognosu. Dlouhodobá úspěšnost DNA vyšetření v naší DNA laboratoři s nálezem kauzální mutace vysvětlující příčinu DěN je 57 %. Za 19 let byla v naší DNA laboratoři příčina DěN objasněna u celkem 1 839 pacientů a neobjasněna zůstala u 1 402 pacientů. Cíl: Z dlouhodobých dat za 19 let z naší DNA laboratoře zjistit přínos a smysluplnost DNA vyšetření u pacientů s pozdním začátkem neuropatie, po 40. nebo i po 50. roce života. Metodika: V období 1997-2016 bylo v naší laboratoři provedeno DNA vyšetření (různých genů) u 238 pacientů s udávaným věkem začátku neuropatie mezi 40. a 50. rokem a dále u 90 pacientů s udávaným věkem začátku neuropatie po 50. roce života. Věk začátku neuropatie byl zjištěn dle anamnestických údajů pacientů. Výsledky: Z celkem 328 vyšetřených pacientů se začátkem neuropatie po 40. roce DNA vyšetření potvrdilo a objasnilo DěN nálezem kauzální mutace pouze u 13 z nich, úspěšnost DNA vyšetření je tedy u těchto pacientů velmi nízká (cca 4%). Z 238 pacientů se začátkem mezi 40. a 50. rokem byla kauzální mutace objasňující příčinu neuropatie nalezena u 10 pacientů (4,2 %). Z nich měli 3 pacienti mutace
v genu MPZ, po 2 pacientech mělo mutace v genu GJB1 (ženy) a HINT1 a po jednom pacientovi byly příčinou mutace v genech SPTLC1, PMP22 a SOD1. Z 90 vyšetřených pacientů se začátkem neuropatie po 50. roce byla kauzální mutace prokázána pouze u 3 pacientů (3,3 %). Šlo, vždy po jednom o mutace v genech MPZ, GJB1 (žena) a SOD1. Z dosud objasněných 1 839 pacientů tvoří pacienti s věkem začátku neuropatie po 40. roce (13 pac.) pouze 0,7 %. Závěr: Šance na objasnění příčiny neuropatie s pozdním začátkem, po 40. roce pomocí DNA vyšetření je velmi nízká (cca 4%) a pravděpodobně s vyšším věkem při začátku klesá. DNA vyšetření u 96 % těchto pacientů příčinu neuropatie s pozdním začátkem neobjasní. Neuropatie s pozdním začátkem tedy pravděpodobně většinou není geneticky podmíněná, jak se dříve předpokládalo. Tyto dlouhodobé zkušenosti a výsledky je třeba brát v úvahu při zvažování indikace k DNA vyšetření DěN u pacientů s pozdním začátkem neuropatie. AZV 16-30206A a 16-31173A MOLEKULÁRNĚ GENETICKÁ DIAGNOSTIKA ALPORTOVA SYNDROMU A SYNDROMU TENKÉ BAZÁLNÍ MEMBRÁNY Molecular genetic diagnostics of Alport syndrome and thin basement membrane nephropathy Pavlína Plevová (Oddělení lékařské genetiky Fakultní nemocnice Ostrava) Spoluautoři: Petra Turská (Oddělení lékařské genetiky Fakultní nemocnice Ostrava), Rastislav Slavkovský (Ústav molekulární a translační medicíny, LF UP v Olomouci) Alportův syndrom je charakterizován progresivním dědičným onemocněním ledvin, může být přítomna také porucha sluchu a oční anomálie. U většiny pacientů je onemocnění děděno X-vázaně (85 % případů; mutace v genu COL4A5), méně častá je autozomálně recesivní forma (10-15% případů; dvě patogenní mutace v genech COL4A3 nebo COL4A4) a vzácně autozomálně dominantní forma (jedna závažná mutace v genech COL4A3 nebo COL4A4). Syndrom tenké bazální membrány je dědičný autozomálně dominantně a je způsoben nosičstvím jedné patogenní mutace v genech COL4A3 nebo COL4A4; tito pacienti jsou tedy přenašeči vlohy pro recesivní formu Alportova syndromu. Pacienti a metody: V letech 2008-2016 bylo provedeno testování na Alportův syndrom u 303 pacientů. Testování genu COL4A5 bylo prováděno metodou sekvenace na přístroji ABI3130. Od roku 2015 bylo u 72 pacientů provedeno vyšetření genů COL4A3, COL4A4, COL4A5, CFHR5 a MYH9 pomocí metody sequence capture 9 (NimbleGen) s následným sekvenováním nové generace na platformě Illumina. Výsledky: X-vázaný Alportův syndrom / u žen jeho přenašečství bylo potvrzeno u 177 pacientů nálezem mutace v genu COL4A5, z nich 63 (36 %) nese mutaci c.1871a>g (p.gly624asp). Autozomálně recesivně dědičný Alportův syndrom byl potvrzen u 26 pacientů nálezem bialelické mutace v genech COL4A3 nebo COL4A4; z nich 20 (77 %) je homozygotních pro mutaci c.1598g>a (p.gly533 Asp) v genu COL4A4 ve všech případech se jedná o pacienty romského etnika. U 45 pacientů byl potvrzen syndrom tenké bazální membrány nálezem jedné mutace v genech COL4A3 nebo COL4A4, z nich 28 pacientů (62 %) romského etnika bylo heterozygotních pro mutaci c.1598g>a (p.gly533 Asp) v genu COL4A4. Závěr: Alportův syndrom je relativně časté genetické onemocnění ledvin. V České populaci je nejčastější mutace c.1871a>g (p.gly624asp) v genu COL4A5, kterou detekujeme u přibližně třetiny pacientů s X-vázanou formou onemocnění. V romské populaci je prevalentní mutace c.1598g>a (p.gly533 Asp) v genu COL4A4, která je v homozygotním stavu odpovědná za tři čtvrtiny případů autozomálně recesivně dědičného Alportova syndromu. V genech CFHR5 a MYH9 prozatím nebyla v české populaci detekována patogenní mutace. KOMPLEXNÍ MOLEKULÁRNĚ GENETICKÁ ANALÝZA GENU TRPS1 U PACIENTŮ S TRICHORHINOFALANGEÁLNÍM SYNDROMEM Complex molecular genetic analysis of TRPS1 gene in patients with trichorhinophalangeal syndrome Roman Šolc (Katedra antropologie a genetiky člověka, Přírodovědecká fakulta UK, Praha) Spoluautoři: Michaela Klugerová (Katedra antropologie a genetiky člověka, Přírodovědecká fakulta UK, Praha), Josef Včelák (Oddělení molekulární endokrinologie, Endokrinologický ústav, Praha), Alice Baxová (Ústav biologie a lékařské genetiky, 1. lékařská fakulta UK a VFN, Praha), Miroslav Kuklík (Oddělení molekulární endokrinologie, Endokrinologický ústav, Praha; Genetická ambulance, Poliklinika Olšanská, Praha), Jan Všetička (Genetika Ostrava, Ostrava), Rastislav Beharka (Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice v Brně, Brno), Kateřina Hirschfeldová (Ústav biologie a lékařské genetiky, 1. lékařská fakulta UK a VFN, Praha) Cílem studie bylo nalezení možných genetických patologií u skupiny pacientů s trichorhinofalangeálním syndromem (TRPS) pocházejících z české populace. DNA každého z 9 probandů (8 s formou TRPS I a 1 s formou TRPS II) byla vyšetřena metodou MLPA za použití kitu 228-B1 (MRC Holland), který pokrývá chromosomální region 8q24 a zvláště cílí na geny TRPS1
a EXT1. Dále byla provedena mutační analýza genu TRPS1 s využitím metod sekvenování nové generace (NGS) a Sangerovy sekvenovací metody. U probanda s TRPS II byla objevena rozsáhlá delece (cca 10 Mb), která zahrnuje mimo jiné i geny TRPS1 a EXT1. U 6 z 8 probandů s TRPS I byly nalezeny různé mutace, jež mohou být považovány za kauzální. Jedná se o jednu velkou intragenovou deleci v genu TRPS1 (exony 2 5); dvě malé strukturní mutace (delece v exonu 5, indel mutace v exonu 4); dvě nonsense bodové substituce (v exonu 4 a v exonu 5); a jedna missense bodová substituce (v exonu 6). Z toho obě malé strukturní aberace a obě nonsense substituce nebyly dosud popsány. Navíc bylo objeveno 8 sekvenčních variant v 5 UTR a 3 UTR sekvencích. Jedna z těchto variant (objevená u probanda bez jiného nálezu) nebyla dosud popsána a její populační výskyt byl stanoven na 2 %. I tato varianta by potenciálně mohla mít kauzální vztah ke vzniku onemocnění. Výzkum byl podpořen Grantovou agenturou Univerzity Karlovy, projekt GAUK202615. Klíčová slova: delece; mutace; trichorhinofalangeální syndrom; TRPS1; EXT1; chromosomální aberace; 5 UTR a 3 UTR; MLPA; NGS II. Diagnostika polygenních onemocnění VÝZNAM GENOME-WIDE SCREENINGOVÝCH TECHNIK U DĚTSKÝCH PACIENTŮ S MENTÁLNÍMI RETARDACEMI A VÝVOJOVÝMI VADAMI: PŘEHLED VYŠETŘENÍ BĚHEM LET 2007-2015 NA OLG FN BRNO The utilization of genome-wide screening techniques in children patients with intellectual disability and development disorders: summary of results from OLG FN Brno during 2007-2015 Jan Smetana (1) Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice Brno, Česká republika, 2) Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno, Česká republika) Spoluautoři: Markéta Wayhelová (1) Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice Brno, Česká republika, (2) Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno, Česká republika), Aneta Mikulášová (1) Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice Brno, Česká republika, 2) Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno, Česká republika), Jan Oppelt (3) CEITEC Středoevropský technologický institut, Masarykova univerzita, Brno, Česká republika), Vladimíra Vallová (2) Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno, Česká republika), Kateřina Kašíková (1) Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice Brno, Česká republika), Hana Filková (1) Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice Brno, Česká republika), Dita Blažková (1) Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice Brno, Česká republika), Renata Gaillyová (1) Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice Brno, Česká republika), Petr Kuglík (1) Oddělení lékařské genetiky, Fakultní nemocnice Brno, Česká republika, (2) Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno, Česká republika) Úvod: Mentální retardace (MR) představující postižení vývoje centrální nervové soustavy, jež se projevuje různou mírou omezení intelektuálních schopností a adaptivních funkcí v každodenním životě. I přes značný a dynamický pokrok v metodách molekulární diagnostiky a rozvoji mnoha analytických přístupů stále u přibližně 50 % pacientů dosud není možné určit příčinu jejich patologického fenotypu. Materiál a metody: V průběhu osmi let jsme na Oddělení lékařské genetiky FN Brno vyšetřili 275 dětských pacientů s MR a asociovanými vývojovými vadami pomocí tří různých oligonukleotidových DNA mikročipových platforem (Agilent Technologies, Oxford Gene Technology). V rámci pilotní studie jsme vyšetřili 16 dětských pacientů metodou cíleného NGS a panelu SureSelect Inherited Disease (Agilent Technologies). Výsledky: Z celkového počtu 275 dětských pacientů jsme u 111 z nich (40,4 %) nalezli 120 CNVs a v pěti případech jsme detekovali oblasti s UPD/LOH. Při následné detailní analýze s využitím databází OMIM, DECIPHER a Pubmed jsme 51 CNVs a UPD/LOH zhodnotili jako patogenní (18,5 %). U 15 CNVs zbývá ověřit jejich původ 10
a stanovit jejich vliv na fenotyp pacientů. Celkově jsme detekovali 63 delecí a 57 duplikací (od 67 kb do 31 Mb) a 5 případů segmentální či celochromozomové UPD/ LOH. Ze zbývajícího počtu 224 pacientů, u nichž dosud nebyla stanovena kauzální příčina jejich fenotypu, jsme vybrali 16 pacientů se závažnou MR, autismem a asociovanými vadami pro účely cíleného NGS. V současnosti probíhá bioinformatické zpracování dat a jejich analýza. Závěr: Metoda array-cgh představuje efektivní nástroj v rámci vyšetřovacího algoritmu v naší laboratoři. V současnosti představuje klíčový krok v rámci zavedení technologie NGS, kdy pro účely této pilotní studie umožňuje selektovat pacienty se závažnou formou MR s dosud neobjasněnou příčinou. Na základě nejnovějších studií kombinace metod array-cgh a NGS vede k významnému zvýšení diagnostického záchytu u pacientů s idiopatickou MR a přispívá k objasnění její příčiny. Podpořeno granty CZ.1.07/2.3.00/20.0183, MZ ČR DRO FN Brno, 65269705 a projekty IP FN Brno 2015 a IP FN Brno 2016 NEXT GENERATION SEQUENCING FOR EARLY DIAGNOSIS AND INDIVIDUALIZED TREATMENT OF DILATED CARDIOMYOPATHY AND RELATED FORMS OF CARDIOMYOPATHY Next generation sequencing for early diagnosis and individualized treatment of dilated cardiomyopathy and related forms of cardiomyopathy Lenka Piherová (UDMP, 1. LF UK) Spoluautoři: Viktor Stránecký (UDMP), Hana Hartmannová (UDMP), Kateřina Hodaňová (UDMP), Helena Trešlová (UDMP), Miloš Kubánek (IKEM), Alice Krebsová (IKEM), Tomáš Paleček (II. Interní klinika VFN), Stanislav Kmoch (UDMP) Congestive heart failure (CHF) is a major cause of morbidity and mortality in developed countries. An important cause of CHF, especially in young individuals, represents cardiomyopathies. CHF predominates in the clinical picture of dilated cardiomyopathy (DCM), left-ventricular noncompaction cardiomyopathy (LVNC) and idiopathic rectrictive cardiomyopathy (RCM). The greatest burden on health care systems represents DCM with a prevalence of 40-50 cases per 100 000 inhabitants. DCM often leads to advanced CHF and it is reported as the common indication to heart transplantation. In theory, molecular genetic testing should enable earlier and more accurate identification of individuals at risk of development of cardiomyopathy than clinical methods. 11 Genetic testing has been most successful in individuals with HCM because assessment of three genes could elucidate more than 50 % of cases. However, most cardiomyopathies, including DCM, LVCN and RCM, require sequencing of tens of genes with a low success rate (30-35 % in familial DCM). Invention of next generation sequencing (NGS) has enabled cost-effective analysis of thousands of genes. In our presentation we will show first results of this project. VYHLEDÁVÁNÍ VZÁCNÝCH GENETICKÝCH VARIANT U TROMBOFILNÍCH STAVŮ ZAVEDENÍ DO KLINICKÉ PRAXE Petr Vrtěl (Ústav lékařské genetiky, FN Olomouc) Spoluautoři: doc. Mgr. Radek Vodička, Ph.D. (Ústav lékařské genetiky, FN Olomouc), prof. MUDr. Martin Procházka, Ph.D. (Ústav lékařské genetiky, FN Olomouc), doc. RNDr. Radek Vrtěl, Ph.D. (Ústav lékařské genetiky, FN Olomouc), Mgr. Luděk Slavík, Ph.D. (Hematoonkologická klinika, FN Olomouc), MUDr. Jana Procházková, Ph.D. (Hemato-onkologická klinika, FN Olomouc) V žilním systému je příčinou trombózy zpomalení toku krve spolu s hyperkoagulací způsobenou dysbalancí koagulačních faktorů a selháním regulace homeostázy. Na vzniku žilních trombóz se rovněž podílí endotel resp. poruchy jeho funkce. Trombofilie jako vrozený či získaný hyperkoagulační stav predisponuje pacienta ke vzniku krevní sraženiny. Trombóza je tedy multifaktoriální onemocnění, jehož vrozená varianta je geneticky podmíněná mutacemi v genech začleněných do kaskády srážlivosti krve. Běžně jsou vyšetřovány pouze mutace FV Leiden a FII Prothrombin (G20210A). S využitím metodiky masivního paralelního sekvenování na platformě Ion Torrent PGM jsme rozšířili molekulárně genetické vyšetření o další geny, které se řadí do antikoagulační části kaskády srážení krve. Jedná se geny: PROS1, PROC, SERPINC1. Jejich genovým produktem jsou proteiny, které působí jako inhibitory koagulace (protein S, C, antithrombin). V uvedených genech bylo popsáno více než 800 mutací, jejichž klinickým projevem může být nedostatek či ztráta funkce jejich genového produktu, které se podílejí na inhibici koagulačních faktorů. Patogenní mutace těchto genů vykazují obdobné riziko vzniku trombózy jako běžně vyšetřované mutace FV Leiden a FII Prothrombin (G20210A). Z důvodu absence mutačních hot-spot oblastí ve sledovaných genech jsme zvolili metodu MPS. S pomocí Ampliseq Designer byly navrženy multiplexy se 100% pokrytím kódujících sekvencí a exon/intron hraničních oblastí. Získaná data byla zpracována programy Torrent Suite Ion Reporter a Next Gene dostupné databáze klinických variant (ClinVar, HGMD). V prvním běhu bylo