Strukturní data-báze CSD - Cambridge PDB - Proteinová NDB Nukleové kyseliny Ostatní (kovová, anorganická, prášková) Sekundární (PDBsum, RNAbase)
Adresy1 PDB: www.rcsb.org/pdb NDB: ndbserver.rutgers.edu CSD: www.ccdc.cam.ac.uk ICSD: www.fiz-informationsdienste.de/en/db/icsd CRYSTMET: www.tothcanada.com ICDD: www.icdd.com/
Adresy2 BMCD (bio.macrol.cryst.) http://xpdb.nist.gov:8060/bmcd4/index.faces PDBsum: www.ebi.ac.uk/thorntonsrv/databases/pdbsum
The Cambridge Structural Database Experimentálně určené krystalové struktury organických a organokovových sloučenin Jan 1 st : 501857 (2010), 469 611 (2009), 335 276 (2005) RTG a neutronová analýza Přímý depozit z 70 časopisů Pravidelné obnovování (update) 2D, 3D struktury. Bibliografie
Statistika Růst od roku 1972 a předpověď růstu
Space group statistics Space Group No. % P2(1)/c 163 311 35.1 P-1 107 164 23.0 C2/c 37 507 8.1 P2(1)2(1)2(1) 36 895 7.9 P2(1) 25 398 5.5 Pbca 16 344 3.5 Pna2(1) 6 565 1.4
Author statistics Rank Structures Author 1. 4832(4694) White, A. H. 2. 3 797(3948) Skelton, B. W. 3. 3 403(3557) Rheingold, A. L. 4. 3 192(3333) Hursthouse, M. B. 5. 3 134(3297) Jones, P. G. 6. 2 721(2721) Struchkov, Yu. T. 95.(113) 812(719) Cisarova, I.
Entry 3D koordináty Buňka, symetrie 2D molekulový diagram Vzorec chemický Název chemický Bibliografie, linky Další (podmínky krystalizace, teplota..) Kód (ENSUCO)
The Cambrige Crystallographic Data Centre - CCDC Olga Kennard - 1965 Charitativní organizace Vytváří a udržuje CSD Distribuce CSD Rozvoj software Základní výzkum www.ccdc.cam.uk
Software 1 Database, vyhledávání Conquest - vyhledávání Mercury CSD - vizualizace Vista - numerická analýza PreQuest - tvorba databázy
ConQuest Interface pro CSD, search program Hledání na základě podstruktury Hledání na základě geometrie Hledání na základě nevazebných kontaktů Akceptuje ChemDraw a ISIS/Draw schémy Bibliografie
Mercury Různé styly zobrazování struktury Zobrazování H-vazeb, krátkých kontaktů Měří geometrické parametry Expanze mřížky (symetrie) Spolupráce s ConQuest Kreslí a exportuje obrázky Exportuje soubory (MOL2, PDB,..) Generuje práškové záznamy Počítá tvar krystalu
Vista Statistická analýza geometrických a jiných dat Čte soubory generované 3D ConQuest Generuje tabulky Počítá parametry distribuce, statistika Kreslí histogramy Provádí statistickou analýzu (lineární regrese, analýza hlavních komponent) Dělá grafiku do publikací
Software 2 Knowledge bases Mogul - geometrie vazeb IsoStar databáze interakcí
Mogul Vstup - konkrétní molekula Odvozená databáze Preferované vazebné délky, úhly a torze analýzou podobných molekul v CSD Statistická analýza dat Nástroj na kontrolu struktur vkládaných do databáze
IsoStar Odvozená databáze Mezi-molekulové interakce v grafické formě (scatterplot) Informace z CSD, PDB a ab-initio výpočtů Zobrazování scatterplotů 1500 vypočítaných minim (funkč. skupiny)
Software 3 Life sciences Superstar předpověď intrakci protein-ligand GOLD Protein-ligand docking Goldmine Analýza výsledků docking Hermes Vizualizace výsledků docking Relibase+ - Hledání komplexů protein-ligand
SuperStar Mapování interakčních míst v proteinech Mapování interakčních míst okolo malých molekul (léčiv) Předpovídání vazebných míst Využívá data z IsoStar Detekce dutin 14 CSD testačních skupin (probe) jako voda, methylový uhlík, C=O
Mapa vazebného místa protein-ligand komplexu 1CPS. C=O próba. Retinoic acid
. Mapa pro próbu aromatické CH
Próba O alkoholu. B2.
N-próba
Gold suite (+Hermes, Goldmine) Protein-ligand docking GlaxoSmithKline, U.Sheffield, CCDC Úplná flexibilita ligandu, parciální proteinu Energetické funkce založené na IsoStar Diskriminace mezi aktivními a neaktivními sloučeninami Hermes -zobrazuje výsledky Gold-u Goldmine analyzuje výsledky Gold-u
Docking of the ligand in 1JAP. The GOLD docked solution (structure shown in red) is compared with that observed in the PDB (shown coloured by element) RMSD = 0.8 Angstroms.
Docking of the ligand in 1BL7. The GOLD docked solution (structure shown in red) is compared with that observed in the PDB
Relibase+ Analyzuje protein-ligand struktury Překládá struktury Automatická superpozice vazebných míst Analýza vody v dutinách Vizualizace výsledků
DASH Řešení struktur z prášků Prášková difrakční data Monochromatické nebo synchrotronové záření Rietveldova rafinace
WebCSD Nová služba perspektivní služba. Neomezená licence. http://www.ccdc.cam.ac.uk/ Products, CSD System Components, WebCSD, Interactive Demo http://webcsd.ccdc.cam.ac.uk/teaching_data base_demo.php 500 struktur, teaching database
Docking Software Protein-protein (peptide) docking 3D-Dock Suitee [FTDock, RPScore and MultiDock] (BioMolecular Modeling, Cancer Research UK) Bielefeld Protein Docking [detects geometrical and chemical complementarities between surfaces of proteins] (Bielefeld University) BiGGER [protein-docking algorithm; intergrated in chemera, (BioTecnol, S.A.) ClusPro [integrated approach; DOT and ZDOCK] (Boston University) DOT [electrostatic potential energy between two proteins] (San Diego Supercomp C.) ESCHER NG [enhanced version of the original ESCHER protein-protein automatic docking system developed in 1997] (Milan University) HADDOCK High Ambiguity Driven protein-protein DOCKing (Utrecht University Netherlands) HEX [protein docking and molecular superposition program] (University of Aberdeen)
Software Protein-ligand docking Affinity (Accelrys Inc.) AutoDock (The Scripps Research Institute) CombiBUILD [fragment-based docking] (Sandia National Labs) DockVision (University of Alberta) FRED - Fast Rigid Exhaustive Docking (OpenEye) FlexiDock (Tripos) FlexX (BioSolveIT GmbH) GLIDE (Schrödinger GmbH) GOLD (CCDC) HINT - Hydropathic Interactions (Virginia Commonwealth University) LIGPLOT [program for automatically plotting protein-ligand interactions] (University College of London) QUANTUM [binding affinity calculation based on quantum mechanics and statistical physics methods] (Quantum Pharmaceuticals) SITUS [program package for modeling of atomic resolution structures into low-resolution density maps] (Scripps Research Institute) VEGA [calculation of ligand-receptor interaction energy] (Milan University)
Software Protein-protein and protein ligand docking DOCK (UCSF Molecular Design Institute) GRAMM - Global Range Molecular Matching (SUNY) ICM-Docking (MolSoft LLC) PatchDock [molecular docking algorithm based on shape complementarity principles] (Tel Aviv University)