P ro te i n o vé d a ta b á ze

HTML
DOWNLOAD

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "P ro te i n o vé d a ta b á ze"

Miroslava Ševčíková
před 5 lety
Počet zobrazení:

1 Proteinové databáze

2 Osnova Základní stavební jednotky proteinů Hierarchie proteinové struktury Stanovení proteinové struktury Důležitost proteinové struktury Proteinové strukturní databáze Proteinové klasifikační databáze Strukturní soubory Vizualizace proteinových struktur 2/33

3 Základní stavební jednotky 3/33

4 Hierarchie proteinové struktury Primární struktura Sekundární struktura Terciární struktura Kvartérní struktura 4/33

5 Hierarchie proteinové struktury Primární struktura Lineární sekvence aminokyselinových zbytků MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEGTGDPILFQHGNPTSSYLWRNIMPHCAGLG RLIACDLIGMGDSDKLDPSGPERYAYAEHRDYLDALWEALDLGDRVVLVVHDWGS ALGFDWARRHRERVQGIAYMEAIAMPIEWADFPEQDRDLFQAFRSQAGEELVLQD NVFVEQVLPGLILRPLSEAEMAAYREPFLAAGEARRPTLSWPRQIPIAGTPADVVAIA RDYAGWLSESPIPKLFINAEPGALTTGRMRDFCRTWPNQTEITVAGAHFIQEDSPD EIGAAIAAFVRRLRPA 5/33

6 Hierarchie proteinové struktury Sekundární struktura Lokální prostorové uspořádání peptidového řetězce 6/33

7 Hierarchie proteinové struktury Sekundární struktura Lokální prostorové uspořádání peptidového řetězce a-helix 7/33

8 Hierarchie proteinové struktury Sekundární struktura Lokální prostorové uspořádání peptidového řetězce b-řetězec 8/33

9 Hierarchie proteinové struktury Terciární struktura Globální prostorové uspořádání polypeptidového řetězce 9/33

10 Hierarchie proteinové struktury Kvartérní struktura Aglomerát několika polypeptidových řetězců 10/33

11 Určení proteinové struktury European Synchrotron Radiation Facility, Grenoble, France 11/33

12 Určení proteinové struktury 600 MHz Ultrashield NMR Spetrometer 12/33

13 Určení proteinové struktury FEI Tecnai T12 Cryotransmission Electron Microscope 13/33

14 Určení proteinové struktury Proteinová krystalografie Atomární rozlišení Bez omezení velikosti molekul (virových částic) Nutnost přípravy proteinových krystalů 14/33

15 Určení proteinové struktury Proteinová krystalografie Atomární rozlišení Bez omezení velikosti molekul (virových částic) Nutnost přípravy proteinových krystalů Nukleární magnetická rezonance Atomární rozlišení Omezení velikostí molekul (40 kda) Vzorek proteinu v roztoku = dynamika 15/33

16 Určení proteinové struktury Proteinová krystalografie Atomární rozlišení Bez omezení velikosti molekul (virových částic) Nutnost přípravy proteinových krystalů Nukleární magnetická rezonance Atomární rozlišení Omezení velikostí molekul (40 kda) Vzorek proteinu v roztoku = dynamika Kryoelektronová mikroskopie Subatomární rozlišení 16/33

17 Důležitost proteinové struktury MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEGTGDPILFQHGNPTSSYLWRNIMPHCA GLGRLIACDLIGMGDSDKLDPSGPERYAYAEHRDYLDALWEALDLGDRVVLVV HDWGSALGFDWARRHRERVQGIAYMEAIAMPIEWADFPEQDRDLFQAFRS QAGEELVLQD funkce 17/33

18 Důležitost proteinové struktury /33

19 Proteinové strukturní databáze RCSB PDB Protein Data Bank Světový depositář struktur biomakromolekul 19/33

20 Proteinové strukturní databáze RCSB PDB Protein Data Bank Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Služba pro odesílání struktur, prohlížení a vyhledávání dat Sumární informace a struktura Jedinečný identifikační kód PDB-ID (1EDE) Interaktivní vizualizace Hledání strukturních sousedů Reference a hyperlinky do dalších databází 20/33

21 Proteinové strukturní databáze PDBsum Přehled a analýza proteinových struktur 21/33

22 Proteinové strukturní databáze PDBsum Souhrnné informace Sekundární struktury Katalytické a vázající aminokyselinové zbytky Ligandy Dutiny Protein-proteinové interakce Konzervovanost aminokyselinových zbytků Reference a hyperlinky do dalších databází 22/33

23 Proteinové klasifikační databáze Identifikace a kvantifikace strukturních podobností Strukturní podobnost souvisí s evolucí a implikuje funkci všechny alfa všechny beta alfa/beta alfa+beta 23/33

24 Proteinové klasifikační databáze SCOP Structural Classification of Proteins Založena na manuálním srovnání struktur expertem (A. Murzin) 24/33

25 Proteinové klasifikační databáze CATH Class, Architecture, Topology, Homology Založena na kombinaci automatického strukturního přiložení programem SSAP a manuálního srovnání, E.C. kódování 25/33

26 Proteinové klasifikační databáze classification scheme may be different in different databases 26/33

27 Strukturní soubory PDB formát Široce používaný Snadno čitelný Identifikátory struktury Literární reference Experimentální podmínky XYZ koordináty struktury 27/33

28 Strukturní soubory PDB formát 28/33

29 Strukturní soubory mmcif formát Snadno analyzovatelný počítačovými programy 29/33

30 Vizualizace proteinových struktur all atoms backbone with secondary structure surface 30/33

31 Vizualizace proteinových struktur PyMOL RasMol Swiss-PdbViewer Chimera Jmol Cn3D WebMol VMD Proteopedia 31/33

32 Vizualizace proteinových struktur 32/33

33 Reference Claverie, J-M., & Notredame, C. (2006). Bioinformatics For Dummies (2nd ed.). Wiley Publishing, Hoboken, p Xiong, J. (2006). Essential Bioinformatics. Cambridge University Press, New York, p BioVisions na Harvardově univerzitě: RCSB PDB: PDBsum: SCOP: CATH: PyMOL: ProteoPedia: 33/33

Podobné dokumenty

Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul

Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul Organizační pokyny Přednášející: Martin Prokop Email: martinp@chemi.muni.cz Pracovna: INBIT/2.10 (v dubnu/květnu přesun do