LABORATÓRNY MANUÁL K PREDMETU MIKROBIOLÓGIA

Transkript

1 SLOVENSKÁ POĽNOHOSPODÁRSKA UNIVERZITA V NITRE Fakulta biotechnológie a potravinárstva Katedra mikrobiológie prof. Ing. Soňa Javoreková, PhD. Ing. Juraj Medo, PhD. LABORATÓRNY MANUÁL K PREDMETU MIKROBIOLÓGIA Druhé nezmenené vydanie Nitra 2015 Vydala Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre vo Vydavateľstve SPU

2 Autori: prof. Ing. Soňa Javoreková (7,07 AH) Katedra mikrobiológie FBP, SPU v Nitre Ing. Juraj Medo, PhD. (1,79 AH) Katedra mikrobiológie FBP, SPU v Nitre Recenzenti: doc. Ing. Tatiana Števlíková, CSc. Mgr. Želmíra Balážová, PhD. Schválil rektor Slovenskej poľnohospodárskej univerzity v Nitre dňa ako skriptá pre študentov SPU. Evidované vo VES pod číslom 103/2015. S. Javoreková, J. Medo, Nitra 2015 ISBN

3 Úvod Predkladané skriptum Laboratórny manuál k predmetu mikrobiológia je druhou a nevyhnutnou časťou ku už vydaným skriptám Mikrobiológia. Dopĺňa teoretické poznatky praktickou časťou z predmetov Mikrobiológia a Základy mikrobiológie, ktorú musia študenti absolvovať v rámci laboratórnych cvičení na týchto predmetoch. Okrem množstva praktických rád a metodických postupov je súčasťou skrípt v prílohe aj časť venovaná protokolárnemu zápisu z priebehu cvičení a ich záverečného vyhodnotenia. Veríme, že študentom ponúkame dobrú študijnú literatúru, ktorá im pomôže bez väčších problémov uvedené predmety absolvovať a osvojiť si základné mikrobiologické techniky a postupy, ktoré využijú nielen pri absolvovaní ďalších nadväzujúcich predmetov, ale aj na iných pracoviskách, na ktorých sa pracuje s mikroorganizmami.

4 OBSAH 1 Vybavenie mikrobiologického laboratória (Javoreková) Základné laboratórne prístroje, pomôcky a sklo 1 2 Bezpečnosť pri práci v mikrobiologickom laboratóriu (Javoreková) Bezpečnostné predpisy v mikrobiologickom laboratóriu Pravidlá aseptickej práce s mikroorganizmami Práca s mikrobiologickým očkom Chemické riziká v mikrobiologickom laboratóriu 7 3 Mikroskop a mikroskopické metódy (Javoreková) Druhy mikroskopie Mikroskop a jeho optické vlastnosti Práca s mikroskopom Mikroskopické preparáty a ich príprava Príprava nefixovaných preparátov Jednoduchý natívny preparát Visiaca kvapka Vitálne sfarbený preparát Negatívne sfarbený preparát Sklíčkový preparát Príprava fixovaných preparátov Jednoduchý preparát Gramovo farbenie Acidorezistentné farbenie podľa Ziehla Neelsena Farbenie spór Farbenie puzdier Trvalé preparáty Zakresľovanie preparátov Meranie veľkosti mikroorganizmov Meranie dĺžky a šírky buniek mikroorganizmov 4 Živné pôdy a laboratórne metódy v mikrobiológii (Javoreková, Medo) Živné pôdy (Javoreková) Rozdelenie živných pôd Príprava živných pôd Sterilizácia (Javoreková) Sterilizácia fyzikálnymi prostriedkami Sterilizácia chemickými prostriedkami Sterilizácia mechanickými prostriedkami Očkovanie (Javoreková) Očkovanie tekutých a rôsolovitých živných pôd Kultivácia mikroorganizmov (Javoreková) Izolácia mikroorganizmov (Javoreková) Identifikácia mikroorganizmov (Javoreková) Kultivačné znaky Morfologické znaky Fyziologické znaky Biochemické znaky Sérologické znaky 35 20

5 4.6.6 Genetická analýza mikroorganizmov (Medo) Lýza buniek Odstránenie proteínov Purifikácia Analýza izolovaných nukleových kyselín Vizualizácia a separácia DNA Modifikácie PCR Sekvenovanie podľa Sangera Markery využívané pri analýze mikroorganizmov Nešpecifické metódy na hodnotenie príbuznosti mikroorganizmov Získavanie a analýza genomickej informácie mikroorganizmov Uchovávanie kultúr (Javoreková) Subkultivácia pasážovanie na živných pôdach Sušenie Uchovávanie pri ultranízkej teplote Lyofilizácia Odporúčané spôsoby uchovávania rozličných mikroorganizmov Zbierky mikroorganizmov 45 5 Pozorovanie základných skupín mikroorganizmov (Javoreková) Baktérie Pozorovanie základných tvarov eubaktérií Pozorovanie základných tvarov myxobaktérií Pozorovanie základných tvarov aktinomycét Pozorovanie siníc (cyanobaktérií) Riasy Mikroskopické pozorovanie rias Prvoky Mikroskopické huby Pozorovanie vláknitých mikroskopických húb Pozorovanie kvasiniek 58 6 Rast mikroorganizmov (Javoreková) Hodnotenie priebehu rastu mikroorganizmov Rastová krivka Matematická analýza rastu Metódy počítania mikroorganizmov Priame mikroskopické metódy Stanovenie počtu mikroorganizmov v počítacích komôrkach(thomova, Bürkerova komôrka) Stanovenie počtu mikroorganizmov vo fixovaných sfarbených preparátoch Stanovenie počtu mikroorganizmov pomocou fluorescenčního mikroskopu Nepriame kultivačné metódy počítania mikroorganizmov Platňová zrieďovacia metóda Metóda maximálního zriedenia Nefelometrické a turbidimetrické stanovenia počtu buniek Inhibícia rastu mikroorganizmov Sledovanie citlivosti mikroorganizmov na antimikrobiálne látky Stanovenie účinnosti antibiotík difúznou metódou Rýchla metóda na určovanie citlivosti mikroorganizmov

6 7 Hodnotenie metabolickej aktivity mikroorganizmov (Javoreková) Kvasenie Etanolové kvasenie Mliečne kvasenie Hodnotenie priebehu mliečneho kvasenia v mlieku Hodnotenie priebehu mliečneho kvasenia v siláži Maslové kvasenie Dýchanie Stanovenie produkcie CO 2 v pôde absorpčno titračnou metódou Neúplná oxidácia organických látok Amonizácia Hodnotenie amonizácie bielkovín a močoviny Biologické viazanie molekulového dusíka Identifikačné biochemické testy v mikrobiológii Katalázová aktivita Ureázová aktivita Oxidázová aktivita Oxidačno-fermentačný test Hydrolýza škrobu Proteolýza Tvorba indolu Tvorba sulfánu Lipolytická aktivita Hemolytická aktivita 89 8 Zoznam a zloženie odporúčaných živných pôd a roztokov (Javoreková) 91 9 Zoznam použitej literatúry 100 Protokoly (Medo)