Laboratoř Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie. Představení činností sekčních servisních laboratoří. Mgr. Ondřej Šebesta

Transkript

1 Laboratoř Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie Představení činností sekčních servisních laboratoří Čtvrtek , 10:00 hodin Mgr. Ondřej Šebesta

2 Laboratoř Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie Sekční servisní pracoviště poskytující služby v oblasti optické a fluorescenční mikroskopie v OpenAcces režimu. Založena roku 2004 pod vedením Doc. Forstové. Od roku 2006 funguje pod dozorem Mgr. Šebesty, který byl jmenován vedoucím Doc. RNDr. Jitka Forstová, CSc. Od roku 2015 rozšíření a vybavení dalším konfokálním mikroskopem a super-resolution mikroskopem. Od roku 2018 další rozšíření a vybavení Lightsheet mikroskopem, novým live-cell imaging systémem, Virtual-slide systémem a dalším konfokálním mikroskopem. Do budoucna je třeba posílit personální zajištění chodu a nabízených služeb. V úvahu připadá také další rozšíření přístrojového vybavení.

3 Leica TCS SP2 Celkový počet účtovaných hodin Přehled využití Leica TCS SP2 1440: :00 960:00 720:00 480:00 240:00 0: Roky Konfokální mikroskop z roku 2004 Odpracoval hodin byl jako první zprovozněn na WIN bude přestěhován na V5 do laboratoře Kateřiny Schwarzerové Stále vhodný pro všechny obrázky s vysokým rozlišením. Trendy využití v jednotlivých měsících

4 Olympus Cell^R - Scan^R Wide-field systém optimalizovaný pro pozorování živých buněk rozšířen o funkci Scan^R pro High Troughput Imaging (HTI) Výborná kamera dává v kombinaci s dobrými objektivy a případnou dekonvolucí skvělé obrázky Volně kombinovatelné excitační a emisní filtry Komůrka OKOLAB s kontrolou teploty -5 C až 50 C Plyny: CO2 0-20%, O2 1-95% Výměnné inserty pro sklíčka, petriho misky a všechny typy multiwell destiček Umístěna na vozíku pro možné použití i na jiných mikroskopech.

5 Zeiss Elyra SP.1 super-resolution Mgr. Marie Olšinová Ph.D. Expert na Elyru a super-resoluční techniky Optický nanoskop z roku 2015 SIM Structured illumination microscopy PALM, STORM lokalizační metody TIRF, VAEM Laser wide-field Lamp wide-field scmos a EM CCD kamera Potřeba naplnit indikátor 30ti vědeckých publikací do roku 2020!!!

6 Zeiss LSM 880 konfokální mikroskop RNDr. Radek Macháň Ph.D. Od roku 2015 již 3918 účtovaných hodin Argonový laser běžel 4567 hodin, tj. 15% plonkového času! Potřeba naplnit indikátor 50ti vědeckých publikací do roku 2020!!! Využití Zeiss LSM :00 480: :00 celkem hodin Expert na Elyru a super-resoluční techniky FLIM Fluorescence Live-time Imaging FCS / FCCS Fluorescence correlation spectroscopy Konfokální mikroskop z roku x PMT 1x spektrální 32-kanálový GaAsP detektor 1P lasery 405, 458, 488, 514, 561, 633 nm 2P Ti:Sa laser Chameleon Ultra II laditelný od 690 do 1080 nm 1x FLIM detektor B&H 2x NDD detektor 240:00 120:00 00:00 n n n c n n n or de Ún eze ube ěte rve ene rpe e S L D Bř Kv Če erv Č n d c ří Zá Říje topa sine o s Li Pr

7 Poděkování v publikacích Pokud budete výsledky měření na našich mikroskopech publikovat, uvádějte, prosím, dedikaci v českém nebo anglickém znění: Microscopy was performed in the Laboratory of Confocal and Fluorescence Microscopy co-financed by the European Regional Development Fund and the state budget of the Czech Republic. Project no. CZ.1.05/4.1.00/ and CZ.2.16/3.1.00/21515 Mikroskopická část práce vznikla v Laboratoři Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie, která je spolufinancována Evropským fondem pro regionální rozvoj a státním rozpočtem České republiky. Registrační čísla projektů: CZ.1.05/4.1.00/ a CZ.2.16/3.1.00/21515 Děkujeme.

8 Modernizace infrastruktury pro magisterské studium Zeiss Z1 Leica TCS SP8 Lightsheet Konfokální mikroskop Zeiss AxioScan NIKON Eclipse Ti2-E Virtual slide system wide-field nejen pro živé buňky

9 Zeiss Lightsheet Z1 Cena 14,5 mil. Kč s DPH Instalace cca v půli prázdnin 2018 Umístění: S39 Možnost upgrade o 445 nm laser za cca 750 tis. Kč. 2x scmos kamera s vodním chlazením Pevnolátkové lasery 405, 488, 561, 638 nm Páry 5x a 10x excitačních objektivů Em. objektivy 5x/0,16 10x/0,5 20x/1,0 40x/1,0 Komůrky pro clearing 1,38 a 1,45 s 20x/1,0 objektivy s korekčními kroužky Speciální komůrka n=1,45 pro 5x objektiv Licence ZEN a ARIVIS pro 3D visualizaci Analyzační počítač s 36TB místa na disku Vyhřívaná komůrka s CO2

10 Leica TCS SP8 Cena 6,5 mil. Kč s DPH Instalace cca v půli prázdnin 2018 Umístění: S39 High-end konfokální hlava Liachroic s optikou VISIR na plně motorizovaném Leica DMi8 těle HW autofokus Lasery 405, Argon 458, 488, mW, 561, fps 512x512 při FOV 22 mm 1xPMT detektor, 1xHyD detektor, 1xTLD pro procházející světlo. Objektivy 10x/0,3 20x/0,75 multiim. 63X/1,2 w a 63x/1,4 Oil, vše s DIC Přesný motorizovaný stolek Software pro skládání mozaikového obrazu, HCS a udržení pohyblivého objektu v zorném poli Možnosti upgradů 1) Bílý laser s AOBS a gating funkcí 2) Další HyD dektory 3) Interní FLIM detektory 4) Lightsheet DLS modul STED FCS

11 NIKON Eclipse Ti2-E pro živé buňky Cena 3 mil. Kč s DPH Instalace cca v půli prázdnin 2018 Umístění: Praktikum 108 Plně motorizované invertované tělo Eclipse Ti2-E Perfect Focus System HW autofokus Motorizovaný stolek DIC na objektivech 10x + Excitace CoolLED pe-4000: 16 excitačních LED diod Multipásmová dichroická zrcátka Bariérové emisní filtry na samostatném výměníku Objektivy: 4x/0,1 10x/0,3 20x/0,5 40x/0,75 60x/1,4 oil Hamamatsu ORCA-Flash 4.0 V3 30 resp. 100Fps IS 5.0 Mpix USB 3.0 color camera, 25 fps Antivibrační podložky Eppendorf OKOLAB vyhřívaná komůrka s CO2, vyhříváním objektivů a humidifikátorem NIS-Elements AR 6D modul Programování pomocí C+ v základním SW; možnost rozšíření o moduly JOBS a GA3

12 Zeiss Axioscan.Z1 FL Cena 4,5 mil. Kč s DPH Instalace cca v půli prázdnin 2018 Umístění: Praktikum 108 Mikroskop uzavřený ve světlotěsné bedně určený pro hromadné snímání mnoha preparátů Vytváří tzv. virtual slides - digitální obrázky určené nejen pro online prohlížení Plně automatizovaný, sám hledá místa pro snímání a skládá velká pole Excitace Colibri.7 385, 430, 475, 511, 555, 590, 630, volitelně 750. Multipásmová dichroická zrcátka Bariérové emisní filtry na samostatném výměníku SW pro analýzu a on-line sdílení snímků Programování maker

13 Co tedy nabízí KONFMI? Automatizované snímání BF i FL na wide-field mikroskopech téměř v celém viditelném spektru (slabé vybavení pro spektrum CFP-like barviček) Konfokální snímání, multidimenzionální snímání (min. 3D) Měření emisních spekter vzorků Krátkodobá i dlouhodobá měření živých vzorků Možnost heat-shock experimentů Možnost hypo a hyperoxických experimentů Pozorování živých anaerobních vzorů Snímání rychlých dějů (pohyb váčků, bičíků, iontových odpovědí) Měření FRAP, FLIP, FRET Měření FLIM, FCS a FCCS, RICS Skládání detailních snímků velkých objektů (mozaika) HTS High Throughput Imaging (takové slabší HCS) Měření v TIRF, VAEM, HILO Super-rozlišení na principu SIM a SMLM.a co neumí KONFMI, umí BIOCEV

14 Co dalšího nabízí KONFMI? Kromě zajištění běžného provozu: Konzultace k experimentům a jejich provedení Pomoc při snímání, zpracování i analýze vašich dat Možnost dekonvoluce pomocí vašich obrázků v SVI Huygens softwaru Svá data stáhnete přes fakultní síť rovnou do svých počítačů Všechna vaše data, zatím, archivujeme od roku 2004 (cca 3 mil. Souborů).

15 Další rozvoj KONFMI 1) Zajištění IT infrastruktury pro data 2) Posílení personálního zajištění služeb 3) Další investice do přístrojového vybavení

16 IT infrastruktura Při plném vytížení všech přístrojů lze očekávat až 50 TB měsíčně!!! Důraz na pohodlí uživatelů Jednotný rezervační a fakturační systém CF Zabezpečená data na jednom místě Správa dat v databázovém systému OMERO Možnost vzdálené práce s velkými daty Archivace Nutná investice cca 100 tis. EUR v roce 2019 do silného serveru a rychlé sítě

17 Posílení pracovní síly Současný stav Vědoucí: SR: FLIM, FCS, SR: Analýza obrazu: Ondřej Šebesta Marie Olšinová Radek Macháň Martin Schätz Ondřej Ťupa Externí IT: Jaromír Martinásek IT, programátor:??? Lightsheet:???

18 Investice do nových přístrojů 1) Spinning disk konfokál DragonFly 2) Airyscan 3) Bílý laser s AOBS a HyD detektorem 4) Lightsheet na SP8??? 5) Drobné upgrady stávajícího vybavení 6) Řekněte si, co potřebujete...

19 Jak se stát uživatelem? 1) Dejte nám vědět a přihlašte se do skupiny uživatelů na fakultní stránce KONFMI 2) Konzultujte s námi své potřeby 3) Nechte se proškolit 4) Pracujte, publikujte a děkujte (v článcích)

20 Jak se stát největším uživatelem? Nejaktivnější uživatelé dle strojového času za rok 2017 Stroj Elyra lampwf Elyra SR Leica TCS SP2 Olympus Cell-R Olympus Scan-R Zeiss LSM 880 Jméno Alvarez Dubenecká Humhalová Šťáhlavský Pavlů Martinek Celkový čas 17:30 40:15 60:40 180:25 218:54 152:00

21 Laboratoř Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie Představení činností sekčních servisních laboratoří Děkuji za pozornost Dotazy? Mgr. Ondřej Šebesta Ondrej.sebesta@natur.cuni.cz Linka: 1061