Aplikovaná bioinformatika

Podobné dokumenty
Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo

VÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV)

MATEMATICKÁ BIOLOGIE

Standard studijního programu Experimentální biologie rostlin

Studijní obor: Bioanalytik odborný pracovník v laboratorních metodách

Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul

Informace o studiu. Životní prostředí a zdraví Matematická biologie a biomedicína. studijní programy pro zdravou budoucnost

Kdo jsme. Centrum strukturní a funkční genomiky rostlin Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.

Soulad studijního programu. Molekulární a buněčná biologie

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě MU

Standard studijního programu Bioinformatika

Soulad studijního programu. Bioorganická chemie a chemická biologie

Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta

Soulad studijního programu. Organická chemie. 1402T001 Organická chemie

Přehled pedagogické činnosti RNDr. Václav Martínek, Ph.D. Pedagogická činnost

DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG

Bioinformatika pro PrfUK 2003

Excelence doktorského studia na AF MENDELU pro navazující evropskou vědecko výzkumnou kariéru CZ.1.07/2.3.00/ Klíčová aktivita č.

ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I. UKB, pav. A29, RECETOX, dv.č.112 Institut biostatistiky a analýz

P ro te i n o vé d a ta b á ze

Soulad studijního programu

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza

KURZ VYBRANÉ PROBLÉMY KOGNITIVNÍ VĚDY (KA 17)

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně

Přehled pedagogické činnosti - doc. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D.

analýzy dat v oboru Matematická biologie

Projekt SPINNET CZ.1.07/2.4.00/ V JIHOČESKÉM REGIONU

Standard studijního programu Experimentální biologie

15 hodin praktických cvičení

Bílkoviny a rostlinná buňka

Fakulta dopravní Ústav řídicí techniky a telematiky

Modulární systém dalšího vzdělávání pedagogických pracovníků JmK v přírodních vědách a informatice CZ.1.07/1.3.10/ Brožura dobré praxe.

Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014

Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky

Excelence doktorského studia na AF MENDELU pro navazující evropskou vědecko výzkumnou kariéru CZ.1.07/2.3.00/ Klíčová aktivita č.

Rozvojový projekt na rok 2011

Libor Hájek, , Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, Přírodovědecká fakulta, Šlechtitelů 27, Olomouc

B. Výchovné a vzdělávací strategie jsou totožné se strategiemi vyučovacího předmětu Chemie

NAŘÍZENÍ KOMISE (EU) /... ze dne , kterým se mění nařízení (ES) č. 847/2000, pokud jde o definici pojmu podobný léčivý přípravek

Prezentace školy Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj. Veřejná vysoká škola

Opatření 3.2 Podpora terciárního vzdělávání, výzkumu a vývoje

PRAKTIKUM Z OBECNÉ GENETIKY

Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B

Studentská vědecká konference 2006

ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

EXPERIMENTÁLNÍ METODY I

Neformální vzdělávání vzdělavatelů

Soulad studijního programu

Soulad studijního programu. Bioanorganická chemie

MODULUU OBCHODNÍHO PODNIKÁNÍ

SPOLEČENSKÁ ODPOVĚDNOST FIREM

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Modulární systém dalšího vzdělávání pedagogických pracovníků JmK v přírodních vědách a informatice CZ.1.07/1.3.10/ Brožura dobré praxe

Zkušební okruhy k přijímací zkoušce do magisterského studijního oboru:

Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta

LMS Moodle ve výuce biofyziky a lékařské informatiky na LF OU

Externí kontrola kvality sekvenačních analýz

Laboratorní workshop s teoreticko praktickou ukázkou molekulárně biologických technik ve spolupráci s firmou ROCHE

elektrické filtry Jiří Petržela úvod, organizace výuky

Exprese genetické informace

Výuka telemedicíny a ehealth na 1. LF Univerzity Karlovy v Praze Centrum podpory aplikačních výstupů a spin-off firem 1. L F U K

SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY

TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN

Úloha protein-nekódujících transkriptů ve virulenci patogenních bakterií

Jak by mohlo vypadat ideální doktorandské studium?

Studijní obor: Experimentální biologie Studium: Prezenční Specializace: 00 Etapa: první Verze: 2016 Kreditní limit: 162 kr.

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

B U L L E T I N SPEKTROSKOPICKÉ SPOLEČNOSTI JANA MARKA MARCI

Úvod do strukturní analýzy farmaceutických látek

Interdisciplinární vzdělávání pracovníků výzkumu a vývoje

ve školní nebo zdravotnické laboratoři?

Inovace cvičení z předmětu Struktura a vlastnosti textilií

PROHLOUBENÍ NABÍDKY DALŠÍHO VZDĚLÁVÁNÍ NA VŠPJ A SVOŠS V JIHLAVĚ

Využití NMR spektroskopie pro studium biomakromolekul RCSB PDB

INOVATIVNÍ KURZY IMUNOANALÝZY A ENDOKRINOLOGIE PRO VĚDECKÉ PRACOVNÍKY- PILOTNÍ ZKUŠENOSTI LÉKAŘSKÉ FAKULTY V PLZNI

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) Použití GC-MS spektrometrie

Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii

Interdisciplinární vzdělávání pracovníků výzkumu a vývoje

CEITEC a jeho IT požadavky. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Studijní program FARMACIE studijní obor Farmacie MAGISTERSKÉ STUDIUM

Rekombinantní protilátky, bakteriofágy, aptamery a peptidové scaffoldy pro analytické a terapeutické účely Luděk Eyer

Kritéria pro hodnocení přijímacích zkoušek v roce 2010

Seznam autorských děl

Zkušenosti s rozvojem talentů holdingu CONTIPRO ZUZANA VONDROVÁ

Základy genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko

Bioinformatika. hledání významu biologických dat. Marian Novotný. Friday, April 24, 15

Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL

Příloha1) Atributy modulu

prof. M. Doležal Doporučený úsek Forma kontroly Technologie syntetických léčiv Doležal M. 3 L ZK 3

PC GRAMOTNOST PRO POLITOLOGY

DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG

Speciální den otevřených dveří

Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL

Molekulární diagnostika

Příloha1) Atributy modulu

KATEDRA MATERIÁLOVÉHO INŽENÝRSTVÍ A CHEMIE. YVSM Vlastnosti stavebních materiálů

Transkript:

Aplikovaná bioinformatika Číslo aktivity: 2.V Název klíčové aktivity: Na realizaci se podílí: Implementace nových předmětů do daného studijního programu doc. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D., Mgr. Josef Houser, Mgr. Petra Sýkorová

Realizace klíčové aktivity: Bude zaveden nový předmět Aplikovaná bioinformatika, jehož náplní bude přiblížení teoretických přístupů při analýze a využití proteinových a DNA sekvencí a praktická realizace získaných dat. Cíl: Aplikovaná bioinformatika Zaměření se na praktické potřeby rekombinantních technologií. Prohloubení znalostí studentů v oblasti efektivního využití bioinformatických přístupů v biochemii a příbuzných oblastech. Vyhledávání sekvencí zájmu Analýza sekvencí Výběr expresního systému, klonování in silico

Postup práce Příprava sylabu předmětu. Vytvořen s ohledem na hlavní cílovou skupinu (studenti oboru Chemoinformatika a bioinformatika) - menší molekulárně-biologické znalosti. Rovněž zohledněna další cílová skupina (studenti oboru Molekulární biologie a Biochemie) - přesah do laboratorní praxe. Příprava studijních materiálů a úloh. Vytvořeny prezentace a další studijní materiály pro výuku předmětu Po konzultaci se studenty oboru Chemoinformatika a bioinformatika byly přidány obecnější teoretické úvody. Do předmětu byly zařazeny exkurze do laboratoří a demonstrace přístrojů.

Postup práce Testovací výuka předmětu. Předmět vyučován v období Jaro 2013 C3211 Aplikovaná bioinformatika Předmět úspěšně dokončilo 10 studentů. Hodnocení výuky. Všichni studenti, kteří absolvovali předmět, vyplnili anonymní anketu hodnotící probíranou látku, kvalitu a množství studijních materiálů a předmět celkově. Úprava studijních materiálů a úloh.

Studijní materiály Základní vlastnosti proteinů: teoretický úvod, predikce základních fyzikálněchemických vlastností proteinů, iniciační methionin a jeho odštěpování, predikce lokalizace proteinu, signální sekvence, zisk informací o známých proteinech, vyhledávání v databázích, sekvenční přiložení. Příprava rekombinantních proteinů: teoretický úvod, predikce posttranslačních modifikací, predikce disulfidových můstků, predikce glykosylace, obsah vzácných kodonů v genu, návrh syntetického genu. Sekundární struktura a funkce proteinů: predikce sekundární struktury proteinů, predikce CD spektra proteinů, predikce funkce proteinů pomocí sekvenčního přiložení, identifikace a porovnání aktivního místa proteinů, význam aminokyselinových záměn v aktivním místě, identifikace strukturních a funkčních motivů v sekvencích. Terciární struktura a oligomerizace proteinů: teoretický úvod, vizualizace 3D struktury proteinu, typy zobrazení, porovnání homologních proteinů, analýza aktivního místa proteinu, ukázka predikčních programů, validace struktury, predikce oligomerního stavu proteinů, analýza repetic.

Studijní materiály

Studijní materiály

Studijní materiály Celkem 465 slidů

Exkurze na experimentální pracoviště Biochemické a molekulárně biologické laboratoře tvorba expresních systémů kultivace buněk izolace proteinů Laboratoře strukturní biologie CD spektrofotometr proteinová krystalizace Národní NMR centrum Josefa Dadoka nukleární magnetická rezonance Název prezentace v zápatí 9

Exkurze do laboratoří produkce proteinů

Exkurze do laboratoří CD spektroskopie Po úspěšném experimentu zde uvidíte spektrum svého proteinu

Exkurze do laboratoří NMR a krystalografie

C3211 Aplikovaná bioinformatika kolokvium

C3211 Aplikovaná bioinformatika program hodnocení obor B-BCH BCHM 1 1 6 P BCHM 2 5 CHI 3 D-BCH4 P GEPR 1 1 1 D-BI4 P PARA 1 1 1 N-AP P BIO 1 1 1 N-BCH P CHI 2 2 2 předměty hodnocení C3211 P 10 11 nehodnoceno 1 ročník program 1 B-BCH 1 3 D-BCH4 1 D-BI4 1 2 B-BCH 1 3 N-BCH 2 3 B-BCH 3 4 N-AP 1 4 B-BCH 1 1 pohlaví M 5 Ž 6

Přítomnost a budoucnost projektu Přednášky a doplňkové studijní materiály byly připraveny a je možno je použít pro běžnou výuku. Testovací výuka proběhla úspěšně a poskytla cennou zpětnou vazbu. Doplňkové exkurze na experimentální pracoviště jsou vítaným zpestřením a budou zařazeny i v budoucnu. Předmět C3211 Aplikovaná bioinformatika bude vyučován rovněž v budoucnu (semestr Jaro 2014) jako volitelný. Název prezentace v zápatí 15

Děkuji za pozornost. Název prezentace v zápatí 16