Hlavní indikace mikrobiologických a interpretace jejich výsledků Horní cesty dýchací indikace u jiných diagnóz (např. pneumonie, otitida, sinusitida, bronchitida Akutní tonsilofaringitida a pyogenes apod.) její supurativní komplikace (peritonsilární flegmóna, Vzácní původci: nálezu absces apod.) Beta-hemolytické rezidentní mikroflóry streptokoky skupiny C a G bez etiologického vztahu k onemocnění ( např. St aureus, pneumokoky, hemofily). Výtěr z krku základní kultivační průkaz Arcanobacterium haemolyticum z výtěru z krku průkaz Neisseria gonorrhoae z výtěrů z krku průkaz Staphylococcus aureus z výtěrů z krku a nosu průkaz Staphylococcus aureus - MRSA z výtěrů z krku a nosu kultivační z nosohltanu Akutní tonsilofaringitida (zejména u mladých osob nad 15 let věku se skarlatiniformním exantémem) Akutní tonsilofaringitida (zejména u osob s rizikovým sexuálním chováním) Vyhledávání nosičů (např. v rámci předoperačního, u zdravotnického personálu, apod.). Vyhledávání nosičů MRSA (součást aktivního screeningu v rámci komplexních opatření prevence a kontroly infekcí vyvolaných MRSA). Klinický obraz dávivého kašle. Vyhledávání nosičů Neisseria meningitidis Původce: Arcanobacter haemolyticum Původce: Neisseria gonorrhoae Nosičství Staphylococcus aureus v horních cestách dýchacích je rizikovým faktorem pro vznik infekce v místě chirurgického výkonu. Zdravotníci nosiči mohou být zdrojem infekce pro ošetřované pacienty. Průkaz MRSA je indikací pro zavedení komplexních kontrolních opatření. Bordetella pertusis Bordetella parapertusis Vzácní původci: Nález identického kmene u osob v přímém kontaktu s invazivním meningokokovým onemocněním má vztah k profylaktickým a kolonizace (nález neznamená infekci a nosičství není indikací k systémové ATB terapii). Přecenění nálezů MRSA bez vztahu ke klinickému stavu nemocného; indikace systémových ATB u nosičů bez klinických projevů infekce. Vyšetřování osob nad rámec přímých kontaktů s případem; extenzivní vyšetřování osob bez kontaktu s onemocněním
klinického materiálu z paranazálních dutin Průkaz respiračních virů ve výtěru z nosu Akutní sinusitida komunitního původu Akutní sinusitida nosokomiálního původu Chronická sinusitida Respirační onemocnění protiepidemickým opatřením. Vzácní původci: Branhamella catarrhalis Pseudomonas aeruginosa Streptokoky Smíšená anaerobní flóra nález antigenu. Influenza A Influenza B RS virus Adenovirus Dolní cesty dýchací sputa Komunitní pneumonie Vzácní původci: Branhamella catarrhalis Kultivační nález se hodnotí semikvantitativně v interpretaci: ojediněle, četně a masivně Časný typ: odlišení kontaminace z horních cest dýchacích, neadekvátní nálezu kandid, enterokoků a nepatogenních mikrobů Nosokomiální pneumonie Pozdní typ: Pseudomonas aeruginosa acinetobaktery Kultivační nález se hodnotí semikvantitativně
endotracheálního aspirátu Akutní exacerbace chronické bronchitidy Ventilátorová pneumonie v interpretaci: ojediněle, četně a masivně (Klebsiella sp.) Pseudomonas aeruginosa Kultivační nález se hodnotí semikvantitativně v interpretaci: ojediněle, četně a masivně Časný typ: Pozdní typ: Pseudomonas aeruginosa acinetobaktery bronchiálního aspirátu bronchoalveolární laváže výtěrů z tracheostomie Kultivační nález se hodnotí semikvantitativně v interpretaci: ojediněle, četně a masivně Komunitní pneumonie Viz. sputum Viz. sputum Viz. tracheální Ventilátorová pneumonie Viz. tracheální aspirát aspirát Akutní exacerbace chronické bronchitidy Viz. sputum Viz. sputum Komunitní pneumonie Nosokomiální a ventilátorová pneumonie Viz. bronchiální aspirát Akutní exacerbace chronické bronchitidy Flegmona v okolí tracheostomie Individuální Ucho kultivační Externí otitida,, maligní nálezu ze zevního externí otitida Pseudomonas aeruginosa mikroflóry osídlující zvukovodu plísně zevní zvukovod
kultivační materiálu ze středního ucha Akutní mesotitida Branhamella catarrhalis (gram negativní tyčky, kvasinky) nálezu mikroflóry osídlující zevní zvukovod (gram negativní tyčky, kvasinky) včetně Staphylococcus aureus a Pseudomonas aeruginosa (nejsou vyvolavateli akutních mesotitid). Oko nálezu kultivační kontaminující ze Konjunktivitida mikroflóry (koaguláty spojivkového vaku negativní stafylokoky). Zažívací ústrojí Salmonella sp. Infekční průjem, kontrola Shigella sp. pozitivity v rekonvalescenci Yersinia enterocolitica enteropatogenní Escherichia coli kultivační stolice průkaz ze Campylobacter sp. stolice průkaz Eschericha coli O157 ze stolice průkaz patogenních vibrií ze stolice Průkaz toxínu Clostridium difficile ve stolici Průkaz virů ve stolici Infekční průjem Hemolyticko-uremický syndrom Infekční průjem při rizikové anamnese Onemocnění vyvolané Clostridium difficile Infekční průjem a gastroenteritida Cholangoitida nález Campylobacter sp. nález Eschericha coli O157 nález patogenních vibrií nález nález antigenu: rotavirů, norovirů, adenovirů a astrovirů Escherichia coli jiné Opakované po prvním pozitivním výsledku
obsahu žlučových cest parazitologické stolice Cílené parazitologické stolice Cílené parazitologické stolice na roupy Cílené stolice na přítomnost antigenu Helicobacter pylori Indikací je přítomnost GIT obtíží a eozinofilie (hlavně u osob, které někde cestovaly) Indikací je přítomnost GIT obtíží a eozinofilie (hlavně u osob, které někde cestovaly) Svědění, noční neklid, bolesti břicha Gastritida enterokoky streptokoky Vzácní původci: Pseudomonas aeruginosa anaeroby Ascaris lumbricoides Trichuris trichuria Taenia solium Taenia saginata Hymenolepis nana Vzácní původci: protozoa Enterobius vemicularis Klinicky je relevantní pozitivní nález Močové ústrojí Escherichia coli Akutní cystitida kolonizující nebo Staphylococcus kontaminující saprophyticus mikroflóry moči Akutní a recidivující pyelonefritida Nozokomiální uroingekce Escherichia coli jiné enterobakterie enterokoky Pozn.: klinicky relevantní nález musí mít odpovídající kvantitu (obvykle 10 5 a více ), Nález více než dvou druhů může znamenat kontaminaci enterobakterie Pseudomonas aeruginosa enterokoky Pozn.: klinicky relevantní nález musí mít odpovídající kvantitu (obvykle 10 5 a více ), kolonizující nebo kontaminující mikroflóry kolonizující nebo kontaminující mikroflóry (riziko kontaminace z bakteriálního biofirmu u pacientů s močovým katétrem)
Průkaz urogenitálních mykoplasmat z moči výtěrů z uretry Průkaz urogenitálních mykoplasmat z uretry Imunochromatograf. průkaz Chlamydia trachomatis z výtěru z uretry průkaz Trichomonas vaginalis z uretry Kultivačně negativní infekce močových cest Uretritida Uretritida Uretritida Uretritida Nález více než dvou druhů může znamenat kontaminaci nálezy v kvantitě 10 4 a větší: Původci: Mycoplasma hominis Ureaplasma urealyticum Neisseria gonorhoae nálezy ve vysoké i nízké kvantitě Původci: Mycoplasma hominis Ureaplasma urealyticum pozitivní nález pozitivní nález kolonizujících nebo kontaminujících podmíněně patogenních mikrobů (enterobakterie, enterokoky, kvasinky) Pohlavní ústrojí muže sekretu prostaty Průkaz urogenitálních mycoplasmat v sekretu prostaty ejakulátu Průkaz urogenitálních mycoplasmat v ejakulátu Prostatitida Prostatitida Epidydimitida, orchitida, prostatitida Epidydimitida, orchitida, prostatitida Enterobaktérie, enterokoky a streptokoky nálezy ve vysoké i nízké kvantitě Enterobaktérie, enterokoky a streptokoky nálezy ve vysoké i nízké kvantitě Pohlavní ústrojí ženy Výsledky se hodnotí Mikroskopický obraz Vaginální fluor semikvantitativně pro poševní jednotlivé markery
Kultivační výtěru z pochvy Cílené výtěru z děložního hrdla, z adnex Průkaz urogenitálních mycoplasmat ve stěru z pochvy Vaginální fluor Prevence v těhotenství Zánět děložního hrdla, adnexitida Problematická indikace Kandidy agalactiae Průkaz nosičství agalactiae Hlavní patogen: nálezy ve vysoké i nízké kvantitě Nevhodná indikace, neadekvátní nálezu nespecifické kolonizující flóry (gram negativní tyčky, stafylokoky, streptokoky, enterokoky a pod.) průkaz Trichomonas vaginalis ve výtěru z pochvy výtěru z hrdla děložního Průkaz urogenitálních mycoplasmat ve stěru z děložního hrdla výtěru sekretu z Bartoliniho žlázy tekutiny z adnex kultivační intrauterinního tělíska Průkaz Chlamydia trachomatis ve výtěru z pochvy, z hrdla děložního Vaginální fluor, vaginitida Zánět děložního hrdla Zánět děložního hrdla Zánět Bartiliniho žlázy Adnexitida, pánevní zánětlivá nemoc Aktinomykoza Zánět děložního hrdla pozitivní nález nálezy ve vysoké kvantitě Hlavní patogeny. Smíšená mikroflóra včetně anaerobů Hlavní patogeny: Streptokoky, gram negativní tyčky, anaeroby apod. Hlavní patogeny: Actinomyces sp. pozitivní nález nálezu nespecifické kolonizující flóry (gram negativní tyčky, stafylokoky, streptokoky, enterokoky a pod.) Kůže
klinického materiálu z kožní léze Pyodermie, Infekce měkkých tkání pyogenes jiné beta-hemolytické streptokoky nálezu kožní kontaminující flóry Rány a hluboké defekty Odlišení kontaminace, kolonizace a infekce (zejména při nálezu Infekce v místě koaguláza chirurgického výkonu negativních streptokoky, enterokoky (povrchová nebo hluboká stafylokoků) rána) anaeroby nálezu gram negativních tyček u nehojících se ran klinického materiálu z rány Infekce traumatické rány streptokoky, histotoxická klostridia klinického materiálu z hlubokého defektu Infekce po poranění zvířetem (pokousání, škrábnutí) Infekce dekubitu (flegmona), diabetická noha, infekce ischemických tkání dolních končetin, bércový vřed streptokoky, pasteurely, anaeroby streptokoky, enterokoky Pseudomonas aeruginosa anaeroby, enterobakterie Odlišení kolonizace a infekce (zejména u nálezu aerobních gram negativních tyček a enterokoků). Hnis a obsah patologických dutin hnisu nebo obsahu patologické dutiny tkáně z patologické dutiny Abscesy, empyémy a zánětlivé výpotky z různých lokalizací Abscesy, empyémy a zánětlivé výpotky z různých lokalizací
Centrální nervový systém Hnisavá meningitida nebo pozitivní nález. Aktivně vertikulitida mozkomíšního moku Aglutinační mozkomíšního moku na spektrum původců Hnisavá meningitida nebo vertikulitida pozitivní nález.aktivně hlášení závažného nálezu. Hemokultivace Primární a sekundární nálezu infekce krevního řečiště, pozitivní nález. Aktivně Hemokultivační kožní kontaminující katetrová infekce krevního flóry (koaguláza řečiště, sepse, infekční hlášení závažného negativní endokarditida nálezu stafylokoky). Primárně sterilní tělesné tekutiny Pleuritida, hrudní empyém pozitivní nález. Aktivně pleurální tekutiny peritoneální tekutiny ascitu perikardiální tekutiny kloubní tekutiny tekutiny z Douglasova prostoru Peritonitida Peritonitida Perikarditida, perikardiální empyém Hnisavá artritida Pánevní zánětlivá nemoc peritonitida pozitivní nález. Aktivně pozitivní nález. Aktivně pozitivní nález. Aktivně hlášení závažného nálezu. pozitivní nález.aktivně pozitivní nález.aktivně pozitivní nález.aktivně
peritoneální dialyzát Cizorodý materiál odlišení Lokální katedrová infekce koaguláza negativní kultivační kožní kontaminující krevního řečiště, stafylokoky cévních flóry a infekce komplikovaná katedrová gram negativní tyčky katetrů v souvislosti infekce krevního řečiště kandidy s cévním vstupem enterokoky kultivační chirurgických drénů Infekce v drénovaném prostoru (jde o náhradní, nelze-li získat materiál nezávislou punkcí, případně odsátím) Individuální podle lokalizace drenáže odlišení kožní kontaminující flóry a mikrobů osídlujících drenáže bez vztahu ke klinickým příznakům Vyšetření na BK Mikroskopický průkaz acidorezistentních baktérií Kultivační sputa, moče, uzlin likvoru a jiného materiálu na BK Podezření na tuberkulózu Podezření na tuberkulózu Signifikantní je mikroskopický acidorezistentních tyček. Hlavní patogeny: Mycobacterium tuberculosis M. kansassi, M. avium Speciální Průkaz antigenu Legionella pneumophila v moči enzymovou analýzou Průkaz antigenu v moči enzymovou analýzou Komunitní nebo nosokomiální pneumonie Komunitní nebo nosokomiální pneumonie Klinicky relevantní je pozitivní nález (serotyp 1) Klinicky relevantní je pozitivní nález u osob nad 6 let věku Nález u dětí do 6 let věku může být falešně pozitivní.