Elektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE Elektroforéza v přítomnosti SDS SDS PAGE je jednoduchá, rychlá a reprodukovatelná metoda pro kvalifikovanou charakterizaci a srovnání bílkovin.tato metoda separuje bílkoviny na základě rozdílné relativní molekulové hmotnosti. SDS se zde váže na bílkovinný řetězec v poměru 1.4 g SDS na 1g bílkoviny, přičemž délka komplexu SDS bílkovina je úměrná jeho molekulové hmotnosti. Na základě srovnání relativních mobilit neznámé bílkoviny a standardů je pak možné určit její relativní molekulovou hmotnost. elektromigrační dráha neznámé bílkoviny Relativní mobilita (Rf ) = ---------------------------------------------------- celková délka elektroforézy Kalibrační závislost Log MW = f (Rf ) I. Příprava gelu A. Sestavení gelového sendviče Na stojánek položte držák, k jeho vnitřní straně umístěte delší sklo, na ně spacery a pak kratší sklo. Držák stáhněte a upněte ve stojánku.
2 B. Nalévání separačního gelu. Na elektromagnetickou míchačku dejte kádinku s míchadlem a do ní pipetujte roztoky podle schématu, roztoky nepipetujte ústy! 1.3 ml separačniho pufru ph 8.3 1.3 ml roztoku akrylamidu 2.5 ml destilované vody 50 µl 10 % persíranu amonného 5 ul TEMEDu Promíchejte polymerizační směs zvýšením otáček a nasajte ji do injekční stříkačky. Směs opatrně nastříkněte mezi skla do výše zářezu a převrstvěte n-butanolem. Ponechte polymerovat tak dlouho, až se mezi gelem a vodnou fází vytvoří ostré rozhraní. Slijte nezpolymerovanou část, promyjte vodou ze střičky a odsajte přebytek kapaliny filtračním papírem.
3 C. Nalévání koncentračního gelu Na elektromagnetickou míchačku dejte kádinku s míchadlem a do ní pipetujte roztoky podle schématu, roztoky nepipetujte ústy! 1.2 ml koncentračního pufru ph 0.7 ml roztoku akrylamidu 3.1 ml destilované vody 50 ul 10 % persíranu amonného 5 ul TEMEDu Promíchejte polymerizační směs zvýšením otáček a nasajte ji do injekční stříkačky. Mezi skla nastříkněte polymerizační směs a vložte do ní hřebínek. Ponechte polymerovat. Vyjměte hřebínek z gelu a vzorkové jamky vypláchněte destilovanou vodou. Gel vložte do vlhké komůrky.
4 II. Elektroforéza A. Sestavení aparatury Ke vnitřnímu elektrodovému prostoru připevněte gel a prázdný držák s kratším sklem. Takto sestavený vnitřní elektrodový prostor vložte do nádobky a naplňte elektrodovým pufrem. Elektroforetická aparatura Mini Protean II
5 B. Nanesení vzorku. Do vzorkových jamek naneste pomocí stříkačky 20 µl vzorku, tak abyste je podvrstvili pod elektrodový pufr. Mezi jednotlivými vzorky stříkačku vypláchněte destilovanou vodou. C. Vlastní elektroforéza Elektroforetickou aparaturu uzavřete víkem a připojte ji ke zdroji stejnosměrného napětí. Na zdroji nastavte konstantní napětí 125 V a po zapnutí ponechte elektroforézu probíhat tak dlouho, až zóna bromfenolové modři doputuje ke spodnímu okraji gelu. D. Ukončení elektroforézy Vypněte zdroj, otevřete elektroforetickou aparaturu, vyjměte z ní vnitřní elektrodový prostor, a slijte elektrodový pufr. Uvolněte z vnitřního elektrodového prostoru držák s gelem a opatrným zapáčením od sebe uvolněte skla. Z gelu odstraňte koncentrační část a zbytek přeneste do fixačního roztoku.
6 III. Detekce bílkovin stříbrem krok roztoky čas 1. 60 ml 50 % acetonu, 1.5 ml 50 % TCA, 25 µl 37 % HCHO 5 min 2. opláchněte 3x deionizovanou vodou 3 x 5 s 3. promytí deionizovanou vodou 5 min 4. opláchněte 3x deionizovanou vodou 3 x 5 s 5. 60 ml 50 % acetonu 5 min 6. 100 µl 10 % Na 2 S 2 O 3 v 60 ml deionizované vody 1 min 7. opláchněte 3x deionizovanou vodou 3 x 5 s 8. 0.8 ml 20 % AgNO 3, 0.6 ml 37 % HCHO, 60 ml H 2 O 8 min 9. opláchněte 2x deionizovanou vodou 2 x 5 s 10. 60 ml 2 % Na 2 CO 3, 25 µl 37 % HCHO, 25 µl 10 % Na 2 S 2 O 3 10-20 s 11. 1 % HAc 30 s 12. promytí deionizovanou vodou 10 s IV. Sušení gelu Gel přeneste do 1 % roztoku glycerínu a ponechte jej zde 15 minut ekvilibrovat. Do stejného roztoku vložte na 5 minut celofánovou folii, gel a zalijte jej trochou glycerínového roztoku. Gel překryjte celofánovou folií a pomocí skleněné tyčinky vytlačte gel gumovou membránou a vrchním víkem. Zapněte sušičku a ponechte gel sušit asi 2 hodiny při 80 0 C.!!!!! Důležité upozornění!!!!! Monomery používané pro přípravu gelu jsou neurotoxiny a proto : roztoky nikdy nepipetujte ústy pracujte v rukavicích pracujte v digestoři