Systém mezilaboratorního porovnávání forenzně genetických zkoušek (MPZ) pro aktivitu 5 projektu CZ.1.07/2.3.00/09.0080 4N6gen, Část paternity a příbuznost Verze: 2011-2012 Platí od: 14.10.2011 Vypracoval: Ing. Aleš Hořínek, Mgr. Anastassiya Zidkova Schválil: doc. Mgr. Jiří Drábek, PhD. Neřízená kopie Strana: 1
Obsah 1. Zkratky, termíny a vysvětlivky...3 2. Identifikace organizátora...5 3. Zodpovědné osoby...5 4. Účel, cíl a předmět MPZ...5 5. Předpokládaný počet účastníků, způsob jejich informování a komunikace s nimi...7 6. Celkové náklady na PT a předpokládaná cena pro jednotlivé účastníky...7 7. Časový plán MPZ, podmínky a způsob distribuce vzorků...8 8. Zabezpečení kvality vzorku a způsob ověření jeho požadovaných parametrů...8 9. Označení a odesílání vzorků cílovým pracovištím...9 9.1 Označení vzorků... 9 9.2 Odeslání vzorků... 9 10. Zápis a způsob zaslání výsledků...9 11. Metoda statistického zpracování výsledků a způsob jejich vyhodnocení... 10 12. Dokumentace MPZ... 13 13. Poskytování metodik a konzultace... 13 14. Literatura... 13 15. Přílohy... 14 Příloha 1: Instrukce k vyplnění výsledkového formuláře paternit povinná úloha... 14 Příloha 2: Alelické frekvence (česká populace)... 17 Příloha 3: Alelické frekvence nových lokusů (bělošská populace USA)... 19 Příloha 4: Testované lokusy... 21 Strana: 2
1. Zkratky, termíny a vysvětlivky 4N6gen Cílové pracoviště CLR CPI ČIA ČSSFG Forenzní blok LR Mezilaboratorní porovnávání zkoušek MK MPZ Paternitní blok PI PT STR VL W Zkrácené označení grantového projektu CZ.1.07/2.3.00/09.0080, v rámci kterého je testování organizováno Pracoviště účastnící se MPZ Combined Likelihood Ratio Celkový věrohodnostní poměr Celkový paternitní index Český institut pro akreditaci o.p.s. Československá společnost pro forenzní genetiku Část tohoto MPZ věnovaná analýze vzorků terénních a srovnávacích, analyzovaných většinou za účelem identifikace osoby. Likelihood ratio Věrohodnostní poměr Organizace, provedení a vyhodnocení zkoušek týchž nebo podobných předmětů nebo materiálů dvěma nebo více laboratořemi podle předem stanovených podmínek; zde systém vytvořený ČSSFG za účelem mezilaboratorního porovnání výsledků a interpretace DNA profilování Manažer kvality Mezilaboratorní porovnávání zkoušek Část tohoto MPZ věnovaná určování otcovství, mateřství, sourozenectví a dalších forem příbuznosti Index paternity, paternitní index, obrácená hodnota kritického čísla, věrohodnostní poměr pro jednotlivý marker při určování otcovství. Podíl pravděpodobnosti výsledku genotypizace - důkazního DNA profilu - za předpokladu první hypotézy (otcovství nařčeného) ku pravděpodobnosti důkazního DNA profilu za předpokladu druhé hypotézy Proficiency testing, testování kvality laboratorního vyšetření; většinou prváděno pomocí MPZ Short tandem repeat, krátká tandemová repetice, mikrosatelit Vedoucí laboratoře Aposteriorní pravděpodobnost otcovství (z německého Wahrscheinlichkeit), Strana: 3
Zkoušení způsobilosti W=(apriorní pravděpodobnost otcovství CPI)/(apriorní pravděpodobnost otcovství CPI+1-apriorní pravděpodobnost otcovství); pokud je apriorní pravděpodobnost 50%, tak se vzorec zjednoduší na W=CPI/(CPI+1) Zjišťování schopnosti laboratoře provádět zkoušky, zde pomocí mezilaboratorních porovnávání zkoušek Strana: 4
2. Identifikace organizátora Organizátorem MPZ je Československá společnost pro forenzní genetiku (ČSSFG, www.cssfg.org). 3. Zodpovědné osoby Pro účely MPZ byly ČSSFG jmenovány osoby zodpovědné za průběh a organizaci MPZ. Osobami odpovědnými za paternitní blok jsou Ing. Aleš Hořínek a Mgr. Anastassiya Zidkova (Ústav biologie a lékařské genetiky 1. LF UK, Praha). Schvalovací pravomoc má doc.mgr.jiří Drábek, PhD., řešitel financujícího grantu 4N6gen. V tomto ročníku probíhá protokolární komunikace mezi cílovými pracovišti a organizátory MPZ poštou s doručenkou. Poštovní adresa pro komunikaci je: Paternitní blok: Ing. Aleš Hořínek a Mgr. Anastassiya Zidkova ÚBLG 1. LF UK Albertov 4 Praha 128 00 Pro operativní kontakt mohou být využity emailové adresy ahor@lf1.cuni.cz a anastazie.d@gmail.com. 4. Účel, cíl a předmět MPZ Zkoušení způsobilosti pomocí mezilaboratorního porovnávání zkoušek je objektivní způsob, jak zajistit a ověřit spolehlivost a důvěryhodnost výsledků vydávaných laboratoří. Jednotlivé laboratoře mohou svou účastí ve zkoušení způsobilosti prakticky demonstrovat svoji schopnost provádět určité zkoušky, ať už svým zákazníkům, orgánu posuzujícímu technickou způsobilost laboratoře (ČIA) nebo orgánům státní správy. V České republice neexistuje certifikovaný systém mezilaboratorní kontroly pro forenzně genetická vyšetření. ČSSFG v rámci grantu 4N6gen, ve spolupráci s laboratořemi svých členů a na základě potřeby kvalitní mezilaboratorní kontroly vytvořila systém MPZ a převzala nad ním záštitu. Strana: 5
Paternitní blok obsahuje povinnou a nepovinnou část. Jako předmět testování byly zvoleny polymorfismy typu STR. Po účastnících bude vyžadována i biostatistická interpretace výsledků. Předpřipravené výsledkové formuláře pro zápis výsledků včetně návodu budou každému cílovému pracovišti k dispozici ke stažení na webu společnosti ČSSFG www.cssfg.cz a www.4n6gen.org, viz příloha 1. Úkolem cílového pracoviště: a) v povinné úloze je vyloučit nařčeného anebo v případě nevyloučení stanovit pravděpodobnost otcovství nařčeného. Detailní informace týkající se úkolů cílového pracoviště jsou definovány v příloze 1, tj. formuláři pro zápis výsledků paternitního bloku. b) v dobrovolné úloze je spočítat pravděpodobnost příbuznosti a věrohodnostní poměr dvou hypotéz, které budou uvedeny v zadání. Tato úloha je jenom teoretická, součástí zadání jsou výsledky genotypizace vyšetřovaných osob. Pro výpočty použijte populační frekvence z přílohy, nebo z článku SIMKOVA, H., FALTUS, V., MARVAN, R., et al. Allele frequency data for 17 short tandem repeats in a Czech population sample. Forensic Science International: Genetics, 2009, vol. 4, no. 1, p. e15-e17, viz příloha 3. Pro slovní vyjádření nálezu použijte vyjádření z Hummel K, ed. (1981) Beweis der Vaterschaft, Berlin, Springer a Hummel, K (1971) Biostatistical opinion of parentage, Gustav Fischer Verlag, Stuttgart. Strana: 6
Hummelova tabulka slovních vyjádření a odpovídajících hodnot W (při 50% výchozí pravděpodobnosti otcovství) a PI PO 50 (W) PI slovní vyjádření dle Hummela 70,00%-79,00% 2,33 3,76 pouze formálně svědčí pro otcovství 80,00%-89,00% 4,00 8,09 náznak otcovství 90,00%-94,90% 9,00 18,61 otcovství pravděpodobné 95,00%-98,90% 19,00 89,9 otcovství velmi pravděpodobné 99,00%-99,74% 99,00 383,6 otcovství vysoce pravděpodobné 99,75%- >399 otcovství prakticky prokázáno 5. Předpokládaný počet účastníků, způsob jejich informování a komunikace s nimi Indikátorem úspěšnosti grantu 4N6gen, který musí být splněn z pohledu řídícího orgánu MŠMT, je počet proškolených (15 účastníků z cílové skupiny za každý ročník MPZ). Indikátorem úspěšnosti pro jednotlivé účastníky je dosažení 60 bodů v MPZ, viz kapitola 11. Protokolární komunikace mezi organizátorem a cílovými pracovišti v tomto ročníků probíhá poštou s doručenkou a rozhodující je vždy datum uvedené na poštovním razítku. Kopie vyhodnocení účasti v PT bude organizátorům zaslána také emailem. V případě rozdílu mezi elektronickou a papírovou podobou má přednost papírová podoba. 6. Celkové náklady na PT a předpokládaná cena pro jednotlivé účastníky Náklady na MPZ se skládají z části nákladů laboratoře na řízení kvality, z reagencií pro jednotlivé kroky metody a na kontrolní postupy, z nákladů na organizaci a režie. Ročníky MPZ organizované v rámci grantu 4N6gen jsou pro účastníky zdarma. Po uplynutí grantu 4N6gen bude v organizování MPZ pokračováno pod hlavičkou ČSSFG a za finančních a organizačních podmínek, které budou specifikovány v posledním roce grantu 4N6gen (2012). Cena bude stanovena tak, aby byla přiměřená rozsahu MPZ a nebyla diskriminačním faktorem pro účast laboratoře v MPZ. Strana: 7
7. Časový plán MPZ, podmínky a způsob distribuce vzorků MPZ paternitní část bude probíhat od října do prosince 2011. Pro vlastní vypracování testů je určeno období od 26.09.2011 do 18.11.2011. Byly stanoveny následující termíny: 10.10.2011 byly potencionálním účastníkům rozeslány informace o MPZ, včetně přihlášek 14.10.2011 nejzazší termín pro zaslání vyplněných přihlášek 17.10.2011 termín rozeslání testovacích vzorků včetně základních informací a výsledkových formulářů 18.11.2011 nejzazší termín pro zaslání výsledků 30.11.2011 termín rozeslání správných výsledků a jejich hodnocení na vědomí účastníkům 7.12.2011 nejzazší termín pro podávání případných námitek proti vyhodnocení nebo průběhu MPZ 9.1.2012 nejzazší termín vydání certifikátů a jejich příloh Vzorky jsou rozesílány doporučeným dopisem v DNA-free, DNase-free mikrozkumavkách, které budou vloženy do větší zkumavky, aby nedošlo k vylití, odpaření nebo kontaminaci během transportu. 8. Zabezpečení kvality vzorku a způsob ověření jeho požadovaných parametrů Náplní povinné úlohy paternitní části bude určit status paternity dvou pravděpodobných otců P 1, P 2 k dítěti D z matky M. Cílovému pracovišti budou zaslány čtyři vzorky DNA označené jako pravděpodobný otec P1, pravděpodobný otec P2, dítě D a jeho matka M. Zaslaným biologickým materiálem bude izolovaná DNA. O zaslaném množství a koncentraci vzorků DNA bude každé cílové pracoviště informováno v přiložené dokumentaci. Kvantita, kvalita a stabilita v čase je organizátory MPZ otestována u všech vzorků před jejich rozesláním cílovým pracovištím. Dobrovolná úloha bude teoretická a jejím úkolem bude statistické zpracování nestandardních případu pro určení příbuzenských vztahů. Při výpočtu použijte populační frekvence z přílohy, nebo z publikace SIMKOVA, H., FALTUS, V., MARVAN, R., et al. Allele frequency data for 17 short tandem repeats in a Czech population sample. Forensic Science International: Genetics, 2009, vol. 4, no. 1, p. e15-e17 z české europoidní (bělošské) populace, (v elektronické podobě ke stažení na adrese www.cssfg.org), v sekci Věda a výzkum). Strana: 8
9. Označení a odesílání vzorků cílovým pracovištím 9.1 Označení vzorků Každý vzorek je označen nezaměnitelným kódem, který je uveden na obalu a v případě, že je to možné, i na nosiči, na kterém je biologický materiál umístěn. Tento kód, prosíme, používejte i při označování vzorků ve Vaši laboratoři a při zápisu výsledků. Obecný tvar je následující: F(P)-xx-yy-11, tedy např: P-09-P1-10 (paternitní blok-účastník č.09-vzorek P1-rok 2010) 9.2 Odeslání vzorků Vzorky jsou zasílány pouze přihlášeným cílovým pracovištím v předem stanovených termínech. Jednotlivé vzorky jsou umístěny do prodyšných obálek nebo jiných vhodných obalů samostatně a jsou označeny svými kódy. Všechny vzorky jsou zasílány v jedné poštovní obálce. Vzorky jsou zasílány ve formě uvedené v podmínkách paternitního bloku. Vzhledem ke stabilitě a charakteru vzorků není třeba zajišťovat speciální dodací podmínky. Spolu se vzorky je cílovým pracovištím případně zaslán doprovodný dopis či doplňující informace ke vzorkům. Je proveden zápis o odeslání vzorku do složky Evidence MPZ. Zápis obsahuje kód pracoviště, kterému byly vzorky zaslány, datum odeslání a parafu pracovníka, který vzorky odeslal. 10. Zápis a způsob zaslání výsledků Mezilaboratorní porovnávání zkoušek je organizováno jako anonymní. Veškeré údaje o účastnícím se pracovišti jsou přísně důvěrné a přístupné (včetně Evidence MPZ) pouze pro nezbytný počet pracovníků. Pracovišti, které se účastní systému kontroly, bude přiřazen kód, pod kterým bude probíhat veškeré hodnocení výsledků dalšími organizátory mimo odpovědné osoby a evidence jeho výstupů. Pro zápis výsledků bude účastníkům sloužit odpovídající formulář ve formátu.xls, který si každé pracoviště označí jim přiděleným kódem a který si stáhne z internetových stránek www.cssfg.org a www.4n6gen.org. Účastníci formulář vyplní a zašlou zpět v elektronické podobě. Jednu vytištěnou a verifikovanou kopii zašlou poštou. V případě nesrovnalostí bude tato verifikovaná kopie považována za rozhodující. U povinné úlohy je povinně vyžadováno vyplnění analýzou detekovaných alel v příslušných STR polymorfních oblastech, určení otcovské alely/alel, vzorec a výpočet paternitního indexu/věrohodnostního poměru pro jednotlivé systémy, celkového paternitního indexu/celkového věrohodnostního poměru a pravděpodobnosti otcovství. Nedílnou součástí Strana: 9
závěru by mělo být slovní vyjádření celkového paternitního indexu/celkového věrohodnostního poměru a pravděpodobnosti otcovství/pravděpodobnost příbuzenství. U dobrovolné úlohy je vyžadován výpočet věrohodnostního poměru uvedených hypotéz, nikoliv standardní výpočet paternitního indexu. Součástí vyplněné tabulky musí být dílčí výsledky věrohodnostního poměru u jednotlivých lokusů (vzorec a hodnota). Účastníci formuláře vyplní a zašlou zpět na adresu organizátora. Spolu s výsledky zapsanými do formuláře pro povinnou úlohu může účastník zaslat i tzv. raw data z genetického analyzátoru získaná analýzou. Tato data je nutno poslat zároveň v elektronické podobě (např. soubor formátu.fsa ). Data budou sloužit jako základ při řešení rozporů vzniklých například z důvodu nečitelného nebo nejasného zápisu výsledků do formuláře. Data zaslaná po termínu nebudou akceptována. Rozhodující je datum uvedené na poštovním razítku. 11. Metoda statistického zpracování výsledků a způsob jejich vyhodnocení Po obdržení výsledků z cílového pracoviště zodpovědná osoba provede porovnání výsledků s údaji, získanými opakovaným vyšetřením v laboratoři organizátora MPZ. Po zhodnocení je vyhotoven zápis ve 2 kopiích. Jedna kopie je odeslána cílovému pracovišti k odsouhlasení a druhá je archivována ve složce MPZ. V případě nejasností a na žádost cílového pracoviště podané v řádném termínu, bude zřízena komise k posouzení výsledků. Členy komise jsou zástupce cílového pracoviště, zástupce organizátora a nezávislý odborník, na kterém se první dva jmenovaní zástupci dohodnou. Pokud se dva jmenovaní zástupci na třetí osobě nedohodnou, bude třetím členem komise řešitel grantu 4N6gen. Komise má pro své jednání k dispozici veškerou dokumentaci (s výjimkou přehledu kódů, které byly přiděleny jednotlivým laboratořím) a pro případ opakované analýzy i zbývající druhou polovinu materiálu, který byl cílovému pracovišti zaslán jako testovací vzorky. Z tohoto důvodu doporučujeme všem účastníkům zachovat si jednu polovinu z každého ze zaslaných vzorků. Zápis o složení komise, jednání a jeho závěry jsou dokumentovány v složce MPZ. Závěry jsou konečné. Certifikát o účasti v povinné úloze bude vydán každému cílovému pracovišti, které splní formální zadání MPZ, a to bez ohledu na jeho úspěšnost. Konkrétní dosažené výsledky budou pro dané pracoviště uvedeny pouze v příloze k certifikátu o účasti. Certifikát o účasti v dobrovolné úloze bude vydán cílovému pracovišti v případě jejího úspěšného vyřešení spolu s přílohou s dosaženým počtem bodů. Strana: 10
11.1 Kritéria hodnocení (povinná úloha) Typ výpočtu max počet bodů (100) a) správně určena otcovská alela/alely 16 bodů - špatné určení alely/alel v lokusu - 1 bod - správné určení alely/alel v lokusu + 1 bod při správném určení otcovských alel u všech 16 (a více lokusů) = max 16 bodů b) správný vzorec pro výpočet PI (LR) 16 bodů - za použití špatného vzorce 1 bod, - za použití správného vzorce + 1 bod, při správném použití vzorců u všech 16 (a více lokusů) = max 16 bodů c) správně vypočtená hodnota PI (LR) 16 bodů - za každou špatně vypočtenou hodnotu PI 1 bod, - za každou správně vypočtenou hodnotu PI + 1 bod, při správném vypočtení PI u všech 16 (a více lokusů) = max 16 bodů d) správně vypočtená hodnota CPI (CLR) 6 bodů - hodnota CPI (CLR) je špatně spočítána (postup výpočtu je však správný), ale hodnota všech PI je v pořádku: 2 body - hodnota CPI (CLR) je špatně spočítána (postup výpočtu je však správný), ale již hodnota některého z PI (LR) je nesprávná: 2 body a za každý špatný PI (LR, viz b) navíc: 1 bod, (např. při 3 špatných PI (LR): celkově 5 bodů = konečná hodnota 1 bod ) - pokud je hodnota CPI (CLR) špatně spočítána (postup výpočtu je nesprávný) : 6 bodů e) správně vypočtená hodnota W 6 bodů - pokud je hodnota W špatně spočítána (postup výpočtu je však správný) a hodnota CPI (CLR) je v pořádku: 2 body - pokud je hodnota W špatně spočítána (postup výpočtu je však správný), ale již hodnota CPI (CLR) je nesprávná: 4 body - pokud je hodnota W špatně spočítána (postup výpočtu je nesprávný) : 6 bodů f) správné slovní hodnocení po 5 bodech(celkem 10 bodů) - špatné slovní hodnocení W: 5 bodů - špatné slovní hodnocení CPI/CLR: 5 bodů g) správné určení otcovství - vybrání správného biologického otce Px: 15 bodů - nesprávné vybrání biologického otce Px: 15 bodů h) správné vyloučení otcovství - vybrání správného nebiologického otce Py: 15 bodů - nesprávné vybrání biologického otce Py: 15 bodů CELKEM: maximální počet 100 bodů Strana: 11
Závěrečné vyhodnocení, které bude použito i jako text ve vystaveném certifikátu o účasti: A) laboratoř se zúčastnila úspěšně: 60 bodů a více B) laboratoře se zúčastnila neúspěšně: méně než 60 bodů 11.2 Kritéria hodnocení (nepovinná úloha) Typ výpočtu max počet bodů (100) a) správně určena otcovská alela/alely 15 bodů - špatné určení alely/alel v lokusu - 1 bod - správné určení alely/alel v lokusu + 1 bod při správném určení otcovských alel u všech 15 = max 15 bodů b) správný vzorec pro výpočet LR 30 bodů - za použití špatného vzorce 2 body, - za použití správného vzorce + 2 body c) správně vypočtená hodnota LR 30 bodů - za každou špatně vypočtenou hodnotu PI 2 body, - za každou správně vypočtenou hodnotu PI + 2 body, d) správně vypočtená hodnota CLR 10 bodů - hodnota CLR je špatně spočítána (postup výpočtu je však správný), ale hodnota všech LR je v pořádku: 2 body - hodnota CLR je špatně spočítána (postup výpočtu je však správný), ale již hodnota některého z PI (LR) je nesprávná: 2 body - pokud je hodnota CPI (CLR) špatně spočítána (postup výpočtu je nesprávný) : 10 bodů e) správně vypočtená hodnota posteriorní pravděpodobnosti 5 bodů - pokud je hodnota posteriorní pravděpodobnosti špatně spočítána a hodnota CLR je v pořádku: 2 body - pokud je hodnota posteriorní pravděpodobnosti špatně spočítána, ale již hodnota CLR je nesprávná: 5 bodů f) správné slovní hodnocení po 5 bodech(celkem 10 bodů) - špatné slovní hodnocení posteriorní pravděpodobnosti: 5 bodů - špatné slovní hodnocení CLR: 5 bodů CELKEM: maximální počet 100 bodů Závěrečné vyhodnocení, které bude použito i jako text ve vystaveném certifikátu o účasti: A) laboratoř se zúčastnila úspěšně: 60 bodů a více B) laboratoře se zúčastnila neúspěšně: méně než 60 bodů Strana: 12
12. Dokumentace MPZ Veškeré údaje týkající se přípravy, průběhu a vyhodnocení DNA jsou evidovány ve složce MPZ. Jedná se zejména zejména o: Tento SOP pro organizování MPZ, včetně příloh Seznam subjektů, kterým byla zaslána přihláška, včetně data rozeslání přihlášek Seznam účastníků a jim přidělené kódy (tato část je důvěrná!) Seznam a popis vzorků použitých k testování, včetně detailního postupu jejich přípravy, množství připravených vzorků, jejich označení a uvedení jména osoby, která vzorky připravila Informovaný souhlas podepsaný poskytovateli biologického materiálu, ze kterých byly připraveny vzorky Výsledky kontrolní analýzy testovacích vzorků provedené před jejich rozesláním Vyplněné výsledkové formuláře a RAW data zasílaná účastníky, včetně data, kdy byly doručeny Výsledek kontroly zaslaných dat, včetně výčtu a kategorizace případných nalezených chyb a uvedení jména osoby, která kontrolu provedla Dokumentace týkající se případného řešení nesrovnalostí Případně zápis o jednání komise řešící rozpory Veškerá ostatní korespondence s účastníky MPZ Shrnutí výsledků, které bude v anonymizované podobě prezentováno účastníkům na plánovaném pracovním setkání Kopie vydaných certifikátů a příloh k těmto certifikátům Veškeré materiály budou archivovány po dobu nejméně 5 let. 13. Poskytování metodik a konzultace SOP bude k dispozici ke stažení na webu společnosti ČSSFG www.cssfg.cz a www.4n6gen.org všem účastníkům MPZ. V případě nejasností může každý účastník testů kontaktovat některého z garantů, viz výše, a žádat o vysvětlení nebo doplnění chybějících údajů. Po skončení MPZ mohou být pracovištím, která metodiku zavádějí a nemají s ní dostatečné zkušenosti, poskytnuty již otypované vzorky. 14. Literatura MPA 30-01-04 Zkoušení způsobilosti, ČIA 2004 MPA 20-01-08 Požadavky na způsobilost organizátorů programů zkoušení způsobilosti, ČIA 2008 ISO/IEC Guide 43-1:1997, ISO/REMCO-N 231 a ISO 5725. MPA 20-01-11 K aplikaci ČSN EN ISO/IEC 17043 Posuzování shody - Všeobecné požadavky na zkoušení způsobilosti Strana: 13
15. Přílohy Příloha 1: Instrukce k vyplnění výsledkového formuláře paternit povinná úloha Instrukce k vyplnění výsledkového formuláře - část paternity A) Instrukce k provedení MPZ: Úkol 1: Prokázat, či vyloučit otcovství pravděpodobného otce P1 k dítěti D z matky M. Úkol 2: Prokázat, či vyloučit otcovství pravděpodobného otce P2 k dítěti D z matky M Úkol 3: V případě nevyloučení paternity spočítat pravděpodobnost otcovství W označeného biologického otce (P1 nebo P2). k dítěti D z matky M při 50% výchozí pravděpodobnosti otcovství cestou započtení příslušných paternitních indexů (PI) a celkového paternitního indexu (CPI) - (při srovnání hypotéz H1: biologickým otcem je nařčený a H2: biologickým otcem je neznámý nepříbuzný muž z české europoidní populace). B) Výsledky: 1) Získané výsledky zapsat do příslušné tabulky (Identifiler, nebo Pw16) dle vzoru (viz list "vzor vyplněného formuláře"). 2) Připojit závěr ve formě slovního vyjádření (potvrzení otcovství P1/P2, vyloučení otcovství P1/P2 k dítěti D z matky M) s využitím slovního vyjádření dle Hummela (viz SOP 4.2). 3) Připojit: "jméno a parafu (případně název a razítko) subjektu stvrzujícího správnost výsledků". 4) Nezapomenout dopsat kód laboratoře a kódy testovaných vzorků. 5) Formulář vytisknout a poslat poštou organizátorům. Zároveň prosíme odeslat vyplněný formulář zpět i v elektronické podobě. C) Poznámky: Strana: 14
1) Vyplňují se políčka tabulky se žlutým pozadím (buď Identifiler nebo Pw16). 1) V případě nutnosti je v nezbytné míře povoleno dělat změny ve formátu tabulky (velikost písma, výška a šířka řádku, formát čísla). 2) Je možno připojit další řádek/ky (pokud se vše vejde na stránku formuláře). Ideový obsah tabulek však nesmí být změněn (tabulka musí obsahovat všechny předepsané buňky). 3) Datum vyplnění formuláře je již nastaveno automaticky v záhlaví tabulky (listu) Vzor vyplněného výsledkového formuláře - část paternity kód testovaných vzorků: P-23-P1-10 Kód laboratoře: 23 P-23-P2-10 P-23-D-10 P-23-M-10 vzorek P1 P2 D M otcovství otcovská použitý PI* lokus alela 1 alela 2 alela 1 alela 2 alela 1 alela 2 alela 1 alela 2 P1 P2 alela vzorec D8S1179* 10 12 11 12 10 16 10 16 možné vyloučen é 10, 16 1/(2p(10)+2p(16) ) 3,9 D21S11 D7S820 CSF1PO D3S1358 TH01 Strana: 15
D13S317 D16S539 D2S1338 D19S433 vwa TPOX D18S51 Amelogenin X Y X X D5S818 FGA CPI 5,56E+09 W % 99,9999 Závěr 1: Závěr 2: Jméno a parafa (přípaně název a razítko) subjektu stvrzujícího správnost výsledků: * Pozn: Předvyplněné údaje v této tabulce jsou naprosto náhodné * Pozn: Formát sloupce PI je nastaven automaticky Strana: 16
Příloha 2: Alelické frekvence (česká populace) Allele D2S133 D3S135 D5S818 D7S820 D8S117 D13S31 D16S53 D18S51 D19S43 D21S11 CSF1P FGA Penta D Penta E TH01 TPOX vwa 8 8 9 7 9 3 O N: 282 N: 1411 N: 1410 N: 1411 N: 1411 N: 1410 N: 1411 N: 1411 N: 282 N: 1407 N: 1411 N: 1410 N: 1128 N: 1126 N: 1411 N: 1410 N: 1411 4 0,0004 5 0,0657 0,0025 6 0,0004 0,0009 0,225 0,0004 7 0,0025 0,0159 0,0004 0,0027 0,1559 0,1545 0,0004 8 0,005 0,1641 0,0117 0,1305 0,0096 0,0004 0,0025 0,0066 0,0075 0,1013 0,5493 9 0,0468 0,1534 0,0078 0,0812 0,1017 0,0415 0,2402 0,0195 0,1857 0,1032 9.3 0,321 10 0,0621 0,2789 0,0716 0,055 0,0528 0,0071 0,2764 0,1113 0,1319 0,0082 0,0621 10.3 0,0004 11 0,0021 0,3255 0,2069 0,0726 0,345 0,2736 0,0135 0,0035 0,2725 0,1609 0,1119 0,0004 0,2535 0,0007 12 0,0007 0,3858 0,1396 0,1545 0,255 0,3196 0,1095 0,0691 0,3292 0,195 0,1625 0,0309 0,0007 13 0,0028 0,1571 0,0358 0,3278 0,0979 0,2052 0,1159 0,2482 0,0627 0,2012 0,1052 0,0004 0,0025 13.2 0,0004 0,016 14 0,1247 0,0121 0,0046 0,2268 0,034 0,0358 0,1513 0,3617 0,0113 0,0594 0,0586 0,106 14.2 0,023 15 0,2364 0,0025 0,0007 0,1031 0,0014 0,0018 0,1687 0,172 0,0032 0,0151 0,0488 0,1109 15.2 0,0004 0,0301 16 0,0443 0,2427 0,0198 0,1534 0,0408 0,0004 0,0062 0,0409 0,0004 0,1821 16.2 0,0213 17 0,1809 0,2197 0,0032 0,1194 0,0011 0,0004 0,0364 0,2693 17.2 0,0089 18 0,1152 0,1552 0,0011 0,0811 0,0007 0,0121 0,0293 0,0004 0,2289 18.2 0,0053 19 0,1312 0,0145 0,039 0,0004 0,077 0,0138 0,0836 19.2 0,0004 20 0,1294 0,0007 0,0209 0,1436 0,0084 0,0135 20.2 0,0004 Strana: 17
21 0,0284 0,0124 0,1826 0,0018 0,0018 21.2 0,0007 22 0,023 0,0057 0,1947 0,0004 22.2 0,0121 23 0,1117 0,0011 0,0004 0,1266 0,0013 23.1 0,0007 23.2 0,0092 24 0,1117 0,1411 24.2 0,0004 0,0011 25 0,1046 0,0004 0,0681 25.2 0,0004 0,0004 26 0,0195 0,0039 0,023 27 0,0316 0,0057 28 0,1645 28.2 0,0018 29 0,1951 29.2 0,0036 30 0,2274 30.2 0,0625 31 0,0668 31.2 0,0807 32 0,0171 32.2 0,0981 33 0,0032 33.2 0,0355 34 0,0007 34.1 0,0004 34.2 0,0043 35 0,0004 Strana: 18
Příloha 3: Alelické frekvence nových lokusů (bělošská populace USA) Alela SE33 D1S1656 D2S441 D10S1248 D12S391 D22S1045 9 0,0022 9,1 0,0011 10 0,0022 0,213 11 0,0001 0,0815 0,3337 0,0022 0,138 11,3 0,0609 12 0,0054 0,1098 0,0446 0,0304 0,012 12,3 0,0054 13 0,0152 0,0663 0,0293 0,2913 0,0054 14 0,025 0,0783 0,2522 0,3076 0,0522 14,2 0,0043 14,3 0,0033 15 0,0391 0,1489 0,0554 0,1957 0,0348 0,3207 15,3 0,0587 16 0,0402 0,1478 0,0022 0,1391 0,0228 0,388 16,2 0,0011 16,3 0,0554 17 0,062 0,0478 0,0304 0,125 0,0772 17,3 0,0022 0,1293 0,0196 18 0,0717 0,0054 0,0011 0,1728 0,0065 18,3 0,0011 0,0511 0,0239 19 0,0663 0,0011 0,0022 0,1239 19,2 0,0043 19,3 0,013 0,0054 20 0,0543 0,1109 20,2 0,0109 21 0,0239 0,1261 21,2 0,0239 22 0,0152 0,1 22,2 0,038 23 0,0022 0,0674 23,2 0,0435 24 0,0011 0,0489 24,2 0,0217 25 0,0152 25,2 0,0402 26 0,0022 26,2 0,0435 27 0,0011 27,2 0,0946 28,2 0,0739 28,3 0,0011 29.2 0,063 30.2 0,0576 31 0,0022 31.2 0,0217 32 0,0011 Strana: 19
32.2 0,013 33 0,0011 33.2 0,0054 34 0,0065 34.2 0,0011 Strana: 20
Příloha 4: Testované lokusy A) lokusy obsažené v kitu PowerPlex 16 Identifiler ESI-17 NGM 1) D3S1358 (chromozóm 3p) x x x x 2) TH01 (chromozóm 11p15.5) x x x x 3) D21S11 (chromozóm 21q11-q21) x x x x 4) D18S51 (chromozóm 18q21.3) x x x x 5) Penta E (chromozóm 15q) x 6) AMXY (chromozóm Xp22.1-22.3 a x x x x chromozómyp11.2) 7) vwa (chromozóm 12p12-pter) x x x x 8) D8S1179 (chromozóm 8q24.13) x x x x 9) TPOX (chromozóm 2p23-2pter) x x 10) FGA (chromozóm 4q28) x x x x 11) D5S818 (chromozóm 5q23.3-32) x x Strana: 21
12) D13S317 (chromozóm 13q22-q31) x x 13) D7S820 (chromozóm 7q11.21-q22) x x 14) D16S539 (chromozóm 16q24-qter) x x x x 15) CSF1PO (chromozóm 5q33.3-34) x x 16) Penta D (chromozóm 21q) x 17) D2S1338 (chromozóm 2q35-37.1) x x x 18) D19S433 (chromozóm 19q12-13.1) x x x 19) D1S1656 (chromozóm 1q42) x x 20) D2S441 (chromozóm 2p14) x x 20) D10S1248 (chromozóm 10q26.3) x x 21) D12S391 (chromozóm 12p) x x 22) D22S1045 (chromozóm 22q12.3) x x 23) SE33 (chromozóm 6q14) x Strana: 22