Biologie. Autorské řešení kvalifikační úlohy

Transkript

1 Biologie Autorské řešení kvalifikační úlohy

2 Přepis sekvence ze sekvenátoru A C G T 5' C G T T C T A T A G A T A C G C G A T G A C G G T A T A C C A T C C G C A A A G T 3'

3 (nebo i BLAST na Uniprot)

4 BLAST vše vyřeší za nás Buď jste mohli zadat rovnou DNA sekvenci ze sekvenátoru blastx search protein database using a translated nucleotide query

5 BLAST vše vyřeší za nás Nebo jste mohli zadat až přeloženou sekvenci aminokyselin (správná: FYRYAMTVYHPQS) protein blast (blastp) search protein database using a protein query VŽDY DOJDETE KE STEJNÉMU VÝSLEDKU: pullulanase

6 Komplementární vlákno 5' C G T T C T A T A G A T A C G C G A T G A C G G T A T A C C A T C C G C A A A G T 3' C G A T 5' C G T T C T A T A G A T A C G C G A T G A C G G T A T A C C A T C C G C A A A G T 3' 3' G C A A G A T A T C T A T G C G C T A C T G C C A T A T G G T A G G C G T T T C A 5' C G A U mrna sekvence (2 ) TRANSKRIPCE

7 Překlad do proteinu (translace) Překlad po trojicích nukleotidů (triplety) jeden triplet -> jedna aminokyselina 6 MOŽNÝCH ČTECÍCH RÁMCŮ: 3 pro jedno vlákno, 3 pro druhé vlákno DNA je dvouřetězcová! Bioinformatické nástroje: ExPASy, Transeq...

8 3' G C A A G A T A T C T A T G C G C T A C T G C C A T A T G G T A G G C G T T T C A 5' Jedna mrna sekvence 5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3' Překlad do proteinu (translace) 5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3' 5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3' 5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3'

9 5' C G T T C T A T A G A T A C G C G A T G A C G G T A T A C C A T C C G C A A A G T 3' Druhá mrna sekvence 3' G C A A G A U A U C U A U G C G C U A C U G C C A U A U G G U A G G C G U U U C A 5' Překlad do proteinu (translace) 3' G C A A G A U A U C U A U G C G C U A C U G C C A U A U G G U A G G C G U U U C A 5' 3' G C A A G A U A U C U A U G C G C U A C U G C C A U A U G G U A G G C G U U U C A 5' 3' G C A A G A U A U C U A U G C G C U A C U G C C A U A U G G U A G G C G U U U C A 5'

10 Správná sekvence aminokyselin je jen jedna (bioinf. databáze) mrna sekvence F Y R Y A M T V Y H P Q S 5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3' SEKVENCE AMINOKYSELIN (část sekvence hledaného proteinu)

11 Časté chyby hodili jsme sekvenci do BLASTU a šmitec zapomínání na komplementární vlákno podivná translace (vezmeme DNA a rovnou ji přeložíme do proteinu, na mrna kašleme) neuvažování více čtecích rámců wikipedické definice translace a transkripce

12 Perličky Po zadání řetězce DNA, jsme zjistili, že se jedná o protein pollunasa. Stručnost popisu je volena záměrně, náš tým je v problematice zběhlý a popis výše odpovídá našemu veškerému uvažování.

13 Perličky Soubor jsme alespoň odeslali, abychom ukázali, jak jsme šikovní, že jsme bez pomocí profesorů, ale pouze s pomocí atlasu proteinů tento protein po několika hodinách našli. A doufali jsme, že jsme výjimeční a že dostaneme stovky bodů aspoň za ten protein.

14 Testování na přítomnost amylázy Pomůcky: - škrob - roztok jódu - želatina

15 Testování na přítomnost amylázy Princip: Škrob + jód výrazné modrofialové zbarvení Jednoduché cukry + jód nic se neděje (důkaz přítomnosti amylázy)

16 Důležité Citlivost metody (používat ředěnější roztoky, ať je důkaz dobře vidět) Nerozložit si škrob při zahřívání Nechat nějakou dobu působit

17 Časté chyby Zahřátí vzorků nad teplotní optimum amylázy (a její rozklad) Zahřátí roztoků se škrobem na teplotu, kdy se škrob rozkládá -> amyláza pak jakoby ve všem (vše rozloženo) Chybějící fotky důkaz!

18 Proč jsme chtěli fotky... amyláza ANO NE % ANO Banánová slupka ,04 ANO Kukuřice ,74 Spíš NE Dětský piškot ,89 Spíš NE Kečup ,85 Sušený banán ,59 Rajče ,58 ANO Chleba ,48 Spíš NE Sliny ,15 ANO Bramborová slupka ,70 Mléko ,52 Spíš ANO

19 Perličky Nakonec si 1 člen skupiny 5 minut vyplachoval trochou destilované vody ústní dutinu, tímto jsme dostali vzorek slin. Fotku týmu při provádění úkolu bohužel nemáme, člen, jež jej nakonec prováděl, měl horečky, vypadal velice bídně (jistě ze stresu z neodevzdání úloh) a nepřál si být focen.

20 Perličky Třeba když jsme zalévali Petriho misky želatinou a poté netrpelivě vyčkávali u ledničky, vypadali jsme jako starostliví rodiče, koukající na své děťátko v inkubátoru. To jste nás měli vidět! Na fotkách nie je velmi vidiet skutočná farba z dôvodu blbého foťáku a tabulka je robená na poslednu chvílu tak vypadá tak ako vypadá.

21