Moderní metody analýzy genomu
|
|
- Bohumila Havlíčková
- před 5 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 LÉKAŘSKÁ FAKULTA MASARYKOVY UNIVERSITY Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno Centrum molekulární biologie a genové terapie Moderní metody analýzy genomu Aplikace Boris Tichý
2 Aplikace nových technologií Analýza DNA Celogenomový screening Sekvence SNP Strukturní aberace, početní aberace Cílený screening Sekvence SNP
3 Cílený screening Target enrichment Hybridizace na čipu v roztoku PCR běžná mikrofluidní
4 Exome sequencing Všechny exprimované geny Většinou včetně nekódujících Hybridizace (v roztoku) Gene enrichment Jeden gen např. dědičné poruchy PCR, hybridizace multiplexing Skupiny genů např. multifaktoriální nemoci, nádory PCR, hybridizace Úseky genomu strukturní aberace hybridizace
5 Deep sequencing Germinální mutace/snp Heterozygot 1:1 Mozaika variabilní Somatické Různý poměr zdravých/postižených buněk Jednotlivé subpopulace postižených buněk (např. nádorových) => Deep sequencing Sekvenování s vysokým pokrytím! max. senzitivita dána chybovostí enzymů
6 CMBGT - plány a) dědičné poruchy Často velmi dlouhé geny (např. Duchenova muskulární dystrofie dystrofin 79 exonů, 2,4Mb, 14kb mrna) => >150 sekvencí (forward + reverse) => 150*3 /pacient GS Junior reads => 500 reads/amplikon => 4-5 vzorků/běh /běh MiSeq Kapacita ~1 mld. bazí =~ 3 mil. reads Dystrofin bazí => ~150 reads po 100 bazích => 100x pokrytí reads => 200 vzorků/běh /běh + náklady na enrichment!( /vzorek)! Více genů stejná situace
7 CMBGT - plány b) leukemie/lymfomy kontaminace vzorku nenádorovými (zdravými) buňkami klonální evoluce nádoru somatické mutace => hledáme metodiku pro de novo detekci mutací s citlivostí pod 1% buněk s aberací => resequencing microarray => deep sequencing
8 CMBGT - plány b) leukemie/lymfomy resequencing microarray krátké oligonukleotidy (25 bazí) udávaná citlivost až 1 % 9 genů, 120 mirna (~ 40 kb sekvence) 110 long-range PCR potřeba analyzovat desítky vzorků optimalizace algoritmu neanalyzovatelné úseky (GC, homopolymery,...) variabilní sezitivita falešné pozitivní/negativní nálezy problematické ověření
9 CMBGT - plány b) leukemie/lymfomy Deep sequencing Sekvenování s vysokým pokrytím Enrichment? Hybridizace PCR Long-range PCR, multiplex PCR Vyhodnocení Vhodný SW Statistický model? - rozdíly tranzice/transverze, poziční rozdíly
10 RNA-Seq Transcriptome sequencing Single-end kvantifikace Paired-end struktura transkriptů Tag sequencing 3' tagy, kvantifikace, bez informace o struktuře Degradome sequencing 5' tagy, identifikace cílů microrna Small RNA sequencing MicroRNA kvantifikace i de-novo identifikace SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) Konkatemery tagů, původně Sanger sekvenace RIP (RNA ImmunoPrecipitation) Imunoprecipitace, RNA vázající proteiny
11 RNA-Seq Oligo-dT vs. hexamer priming reverzní transkripce 3', 5' end reprezentace PolyA selekce vs. rrna deplece Zastoupení non-polya (non-coding) RNA Vysoce abundantní geny Až 75% transkriptů 5% exprimovaných genů Možnost detekce fúzních genů Speciální algoritmy Mapování readů na exon-exon rozhraní
12 Aplikace nových technologií Epigenomika/epigenetika In biology, and specifically genetics, epigenetics is the study of heritable changes in phenotype (appearance) or gene expression caused by mechanisms other than changes in the underlying DNA sequence, hence the name epi- (Greek: επί- over, above) -genetics. These changes may remain through cell divisions for the remainder of the cell's life and may also last for multiple generations. However, there is no change in the underlying DNA sequence of the organism;[1] instead, non-genetic factors cause the organism's genes to behave (or "express themselves") differently.
13 Epigenetika DNA metylace C Met-C, snížená exprese Modifikace histonů Aktivní I neaktivní chromatin
14 Chromatinová imunoprecipitace Modifikované histony Acetylované, metylované Další DNA vázající proteiny Transkripční faktory RNA polymerázy Metylovaná DNA Kvalita protilátky Změna epitopu formaldehyd
15 Metylace DNA MeDIP - Imunoprecipitace metylované DNA Protilátka rozpoznávající Met-C Pozice metylovaných úseků DNA Bisulfite treatment Konverze C U, Met-C se nemění Přesná identifikace jednotlivých metylovaných bazí Některé dědičné choroby, nádory
16 Metagenomika Sekvenace mikrobiálních populací Informace I o nekultivovatelných organismech Identifikace nových genů, nových vlastností Půdní, vodní, střevní bakterie apod.
17 Analýza NGS dat Assembling vytvoření kontigů De-novo Mapování na referenční sekvenci Identifikace variant SNP (SNV) In/del Strukturní aberace chromosomy, transkripty Kvantifikace DNA amplifikace/delece, místa vazby transkripčních faktorů RNA tagy, exony, transkripty
18 Analýza NGS dat Integrace dat Databáze Protein-protein interakce Ontologie GO (GeneOntology), MeSH terms Transkripční faktory, microrna targets Expresní profily GSEA, profily chemických látek Různé typy dat ChIP + RNA + metylace + DNA copy number
19 Analýza NGS dat Statistická analýza klasické statistické metody T-test, ANOVA, neparametrické testy Vícerozměrné analýzy Clustering (HCL, k-means), PCA Klasifikační algoritmy Lineární (LDA), nelineární (KNN) Vazba s dalšími informacemi (analýza anotací) Over-reprezentace Sítě
20 Aplikace nových technologií Analýza RNA Protein kódující RNA Nekódující RNA mirna, snorna, lincrna Počet = digitální genová exprese Sekvence, struktura mutace, sestřihové varianty
21 Microarrays vs. NGS Pro NGS není bezpodmínečně nutné znát sekvenci RNA (microrna) Expresní profily Soubor exprese všech/vybraných genů v určité tkáni (orgán, nádor,...) Porovnání vzorků navzájem Posouzení vlivu externího faktoru
22 Reálné využití expresních profilů v medicíně Omezené Technické i interpretační problémy MammaPrint (70 genů) Breast Cancer OncotypeDX (21 genů) už > pacientek GC vs. ABC DLBCL Lymfomy
23 Využití výzkum Integrace s dalšími metodami Chromatinová imunoprecipitace (ChIP) Bioinformatika (motivy, protein-protein interakce) Interpretace dat UP/DOWN geny Asociace mezi geny (transkripční faktory, mirna, protein-protein,...)
24 Příklad Gen TP53 protein p53 Transkripční faktor, buněčný cyklus, apoptóza, DNA repair Otázka: Rozdíl mezi wt a mut TP53
Masivně paralelní sekvenování
Boris Tichý Sdílená laboratoř Genomika Brno, 4. 12. 2014 Informace je uložená v DNA Informace uložená jako sekvence bazí A, C, G, T V každé lidské buňce je ~ 3 miliardy bazí = ~ 3 metry = ~ 6.6 pikogramů
VíceMasivně paralelní sekvenování
Boris Tichý Sdílená laboratoř Genomika Brno, 9.10.2015 Informace je uložená v DNA Informace uložená jako sekvence bazí A, C, G, T V každé lidské buňce je ~ 3 miliardy bazí = ~ 3 metry = ~ 6.6 pikogramů
VíceNGS analýza dat. kroužek, Alena Musilová
NGS analýza dat kroužek, 16.12.2016 Alena Musilová Typy NGS experimentů Název Materiál Cílí na..? Cíl experimentu? amplikon DNA malý počet vybraných genů hledání variant exom DNA všechny geny hledání
Více1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně
Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.
VíceCentrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK
ové technologie v analýze D A, R A a proteinů Stanislav Kmoch Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK Motto : "The optimal health results from ensuring that the right
VíceAUG STOP AAAA S S. eukaryontní gen v genomové DNA. promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4. kódující oblast. introny
eukaryontní gen v genomové DNA promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4 kódující oblast introny primární transkript (hnrna, pre-mrna) postranskripční úpravy (vznik maturované mrna) syntéza čepičky AUG vyštěpení
VíceMgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno
Retinoblastom Mgr. Veronika Peňásová vpenasova@fnbrno.cz Laboratoř molekulární diagnostiky, OLG FN Brno Klinika dětské onkologie, FN Brno Retinoblastom (RBL) zhoubný nádor oka, pocházející z primitivních
VíceModerní metody analýzy genomu NGS aplikace
Středoevropský technologický institut (MU) a Interní hematologická a onkologická klinika (FN Brno) Moderní metody analýzy genomu NGS aplikace Veronika Navrkalová Obsah Obecné využití NGS Aplikace v různých
VíceSekvenování nové generace. Radka Reifová
Sekvenování nové generace Radka Reifová Prezentace ke stažení www.natur.cuni.cz/zoologie/biodiversity v záložce Přednášky 1. Přehled sekvenačních metod nové generace 2. Využití sekvenačních metod nové
VícePŘEHLED SEKVENAČNÍCH METOD
PŘEHLED SEKVENAČNÍCH METOD Letní škola bioinformatiky 2014, Brno Ing.Matej Lexa, Phd (FI MU Brno) CO JE TO SEKVENACE A CO SE BUDE SEKVENOVAT? POŘADÍ NUKLEOTIDU V DNA SEKVENOVÁNÍ DNA od manuálních metod
VíceEKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP
EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP Lékařská genetika Lékařský obor zabývající se diagnostikou a managementem dědičných onemocnění Genetická prevence
VíceAtestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok A) Molekulární genetika
Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok 2017 A) Molekulární genetika 1. Struktura lidského genu, nomenklatura genů, databáze týkající se klinického dopadu variace v jednotlivých genech. 2.
VíceOndřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.
Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s. Nové technologie přelomové období principy technologií klinická použitelnost chips (arrays) sekvenační technologie Důležitost genetických informací i další
Více7. Regulace genové exprese, diferenciace buněk a epigenetika
7. Regulace genové exprese, diferenciace buněk a epigenetika Aby mohl mnohobuněčný organismus efektivně fungovat, je třeba, aby se jednotlivé buňky specializovaly na určité funkce. Nový jedinec přitom
VíceSylabus témat ke zkoušce z lékařské biologie a genetiky. Struktura, reprodukce a rekombinace virů (DNA viry, RNA viry), význam v medicíně
Sylabus témat ke zkoušce z lékařské biologie a genetiky Buněčná podstata reprodukce a dědičnosti Struktura a funkce prokaryot Struktura, reprodukce a rekombinace virů (DNA viry, RNA viry), význam v medicíně
VíceVýzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.
Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Systém pro sekvenování Systém pro čipovou analýzu Systém pro proteinovou analýzu Automatický sběrač buněk Systém pro sekvenování
VíceSekvenování nové generace. Radka Reifová
Sekvenování nové generace Radka Reifová Prezentace ke stažení www.natur.cuni.cz/zoologie/biodiversity v záložce Přednášky 1. Přehled sekvenačních metod nové generace 2. Využití sekvenačních metod nové
VíceMetody studia exprese mrna. jádro a genová exprese 2007
Metody studia exprese mrna Buněčné jádro a genová exprese 2007 Aktivita genu je primárn ě vyjád ř ena jeho transkripcí-prvním krokem vedoucím k syntéze kódovaného proteinu. Cíle metod Ur č ení mno ž ství
VíceBioinformatika. hledání významu biologických dat. Marian Novotný. Friday, April 24, 15
Bioinformatika hledání významu biologických dat Marian Novotný Bioinformatika sběr biologických dat archivace biologických dat organizace biologických dat interpretace biologických dat 2 Biologové sbírají
VíceStudium genetické predispozice ke vzniku karcinomu prsu
Univerzita Karlova v Praze 1. lékařská fakulta Studium genetické predispozice ke vzniku karcinomu prsu Petra Kleiblová Ústav biochemie a experimentální onkologie, 1. LF UK - skupina molekulární biologie
VícePřínos molekulární genetiky pro diagnostiku a terapii malignit GIT v posledních 10 letech
Přínos molekulární genetiky pro diagnostiku a terapii malignit GIT v posledních 10 letech Minárik M. Centrum aplikované genomiky solidních nádorů (CEGES), Genomac výzkumný ústav, Praha XXIV. JARNÍ SETKÁNÍ
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
VíceVyužití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů
Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Stavělová M.,* Macháčková J.*, Rídl J.,** Pačes J.** * Earth Tech CZ, s.r.o ** ÚMG AV ČR PROČ METAGENOMIKA?
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Analýza transkriptomu Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s moderními metodami komplexní
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
VíceVÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII
VÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII Plíšková L., Hrochová K., Kutová R. Ústav klinické biochemie a diagnostiky FN Hradec Králové PREANALYTICKÁ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII
VíceRIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA
RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA 1. Genotyp a jeho variabilita, mutace a rekombinace Specifická imunitní odpověď Prevence a časná diagnostika vrozených vad 2. Genotyp a prostředí Regulace buněčného
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Více2. Z následujících tvrzení, týkajících se prokaryotické buňky, vyberte správné:
Výběrové otázky: 1. Součástí všech prokaryotických buněk je: a) DNA, plazmidy b) plazmidy, mitochondrie c) plazmidy, ribozomy d) mitochondrie, endoplazmatické retikulum 2. Z následujících tvrzení, týkajících
VíceNa rozdíl od genomiky se funkční genomika zaměřuje na dynamické procesy, jako je transkripce, translace, interakce protein - protein.
FUNKČNÍ GENOMIKA Co to je: Oblast molekulární biologie která se snaží o zpřístupnění a využití ohromného množství dat z genomových projektů. Snaží se popsat geny, a proteiny, jejich funkce a interakce.
VíceVýuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ
Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ KATEDRA BIOLOGIE A EKOLOGIE BAKALÁŘSKÉ STUDIJNÍ PROGRAMY Experimentální Systematická Aplikovaná (prezenční, kombinovaná) Jednooborová Dvouoborová KATEDRA BIOLOGIE
VíceSekvenování příští generace (Next Generation Sequencing, NGS)
Sekvenování příští generace (Next Generation Sequencing, NGS) Přednáška 6, 2013/14 Ivo Papoušek Next generation sequencing poptávka po nízkonákladovém sekvenování vyvolala tlak na vývoj high-throughput
VíceZáklady molekulární biologie KBC/MBIOZ
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ Mária Čudejková 2. Transkripce genu a její regulace Transkripce genetické informace z DNA na RNA Transkripce dvou genů zachycená na snímku z elektronového mikroskopu.
VíceMolekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA
Molekulární základy dědičnosti Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA Ústřední dogma molekulární genetiky - vztah mezi nukleovými kyselinami a proteiny proteosyntéza replikace DNA RNA
Vícevelké fragmenty střední fragmenty malé fragmenty
velké fragmenty střední fragmenty malé fragmenty Southern 1975 Northern Western denaturace DNA hybridizace primerů (annealing) (mají délku kolem 20 bází) syntéza nové DNA termostabilní polymerázou vstup
VíceGENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI
GENOTOXICITA A ZMĚNY V GENOVÉ EXPRESI INDUKOVANÉ PŮSOBENÍM ORGANICKÝCH LÁTEK Z PRACHOVÝCH ČÁSTIC V OVZDUŠÍ Kateřina Hanzalová Oddělení genetické ekotoxikologie Ústav experimentální medicíny AV ČR v.v.i.
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním
VíceRNA molekuly. Analýza genové exprese pomocí cytometrických (a jiných) metod. Analýza exprese a funkce microrna. Úrovně regulace genové exprese
Analýza genové exprese pomocí cytometrických (a jiných) metod Studium exprese a funkce microrna Eva Slabáková, Ph.D. Bi9393 Analytická cytometrie 12.11.2013 Oddělení cytokinetiky Biofyzikální ústav AVČR,
VíceVyužití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza
Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita v Praze Bioinformatika Biologické inspirace
VíceLekce z analýz genových expresních profilů u MM a návrh panelu genů pro ČR. Mgr. Silvie Dudová
Lekce z analýz genových expresních profilů u MM a návrh panelu genů pro ČR Mgr. Silvie Dudová Centrum základního výzkumu pro monoklonální gamapatie a mnohočetný myelom, ILBIT LF MU Brno Laboratoř experimentální
VíceMgr. et Mgr. Lenka Falková. Laboratoř agrogenomiky. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita
Mgr. et Mgr. Lenka Falková Laboratoř agrogenomiky Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita 9. 9. 2015 Šlechtění Užitek hospodářská zvířata X zájmová zvířata Zemědělství X chovatelství
VíceVyužití Sequence Capture v diagnostice svalových onemocnění
Využití Sequence Capture v diagnostice svalových onemocnění Kristýna Stehlíková Daniela Skálová Lenka Fajkusová Centrum molekulární biologie a genové terapie IHOK, FN Brno Sekce vrozených genetických poruch
VíceAplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse
Aplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse Mgr. Jana Ždychová, Ph.D. IKEM PLM - LLG Sepse je častou příčinou úmrtí během hospitalizace. Včasné nasazení odpovídající ATB terapie je
VíceMetody molekulární biologie
Metody molekulární biologie 1. Základní metody molekulární biologie A. Izolace nukleových kyselin Metody využívající různé rozpustnosti Metody adsorpční Izolace RNA B. Centrifugační techniky o Princip
VíceAPLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY
APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY Monika Stavělová 1, Jakub Rídl 2, Maria Brennerová 3, Hana Kosinová 1, Jan Pačes 2 1 AECOM
VíceP1 AA BB CC DD ee ff gg hh x P2 aa bb cc dd EE FF GG HH Aa Bb Cc Dd Ee Ff Gg Hh
Heteroze jev, kdy v F1 po křížení geneticky rozdílných genotypů lze pozorovat zvětšení a mohutnost orgánů, zvýšení výnosu, životnosti, ranosti, odolnosti ve srovnání s lepším rodičem = heterózní efekt
VíceTěsně před infarktem. Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod. Jan Kalina, Marie Tomečková
Těsně před infarktem Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod Jan Kalina, Marie Tomečková Program, osnova sdělení 13,30 Úvod 13,35 Stručně o ateroskleróze 14,15 Měření genových expresí 14,00
VíceVYUŽITÍ CYTOLOGICKÝCH A MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÝCH METOD PŘI DETEKCI NÁDORŮ Definice problematiky Profil přístupů Nádorová heterogenita
VYUŽITÍ CYTOLOGICKÝCH A MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÝCH METOD PŘI DETEKCI NÁDORŮ Definice problematiky Profil přístupů Nádorová heterogenita Všechny nádory mají genetický podtext, ale některé mají tento podtext
VíceAKTUÁLNÍ KONTROVERZE A NOVÉ SMĚRY V PREIMPLANTAČNÍM GENETICKÉM TESTOVÁNÍ EMBRYÍ. Mgr. Jakub Horák, Ph.D.
AKTUÁLNÍ KONTROVERZE A NOVÉ SMĚRY V PREIMPLANTAČNÍM GENETICKÉM TESTOVÁNÍ EMBRYÍ Mgr. Jakub Horák, Ph.D. PGD/PGS - JAK TO BYLO? Preimplantační genetická diagnostika (PGD) cíleně zaměřené vyšetření k detekci
VíceLaboratoř sekvenace DNA Servisní laboratoř biologické sekce PřF UK
Laboratoř sekvenace DNA Založena 2003, momentálně jsme 2 zaměstnankyně, máme dvě spolupracovnice na DPP a jsme finančně soběstačné, včetně platů. Rok Počet sekvenací Počet fragmentací 2009 10 700 8 100
VíceÚstav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů
Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů Ústav úspěšně dokončil realizaci dvou investičních projektů s využitím prostředků z Operačního
VíceTématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky
Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky Obor Povinný okruh Volitelný okruh (jeden ze dvou) Forenzní biologická Biochemie, pathobiochemie a Toxikologie a bioterorismus analýza genové inženýrství Kriminalistické
VíceMolekulárně biologické metody princip, popis, výstupy
& Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy Klára Labská Evropský program pro mikrobiologii ve veřejném zdravotnictví (EUPHEM), ECDC, Stockholm NRL pro herpetické viry,centrum epidemiologie
VíceMolekulární diagnostika pletencové svalové dystrofie typu 2A
Molekulární diagnostika pletencové svalové dystrofie typu 2A Lenka Fajkusová Centrum molekulární biologie a genové terapie Fakultní nemocnice Brno Pletencové svalové dystrofie (Limb Girdle Muscular Dystrophy
VíceStruktura a funkce biomakromolekul
Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 7. Interakce DNA/RNA - protein Ivo Frébort Interakce DNA/RNA - proteiny v buňce Základní dogma molekulární biologie Replikace DNA v E. coli DNA polymerasa a
VíceRekombinantní protilátky, bakteriofágy, aptamery a peptidové scaffoldy pro analytické a terapeutické účely Luděk Eyer
Rekombinantní protilátky, bakteriofágy, aptamery a peptidové scaffoldy pro analytické a terapeutické účely Luděk Eyer Virologie a diagnostika Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i., Brno Alternativní
VícePotřebné genetické testy pro výzkum a jejich dostupnost, spolupráce s neurology Taťána Maříková. Parent projekt. Praha 19.2.2009
Potřebné genetické testy pro výzkum a jejich dostupnost, spolupráce s neurology Taťána Maříková Parent projekt Praha 19.2.2009 Diagnostika MD její vývoj 1981-1986: zdokonalování diferenciální diagnostiky
Více5 hodin praktických cvičení
Studijní program : Všeobecné lékařství Název předmětu : Lékařská genetika Rozvrhová zkratka : LGE/VC0 Rozvrh výuky : 5 hodin seminářů 5 hodin praktických cvičení Zařazení výuky : 4. ročník, 7., 8. semestr
Vícev oboru KLINICKÁ GENETIKA PRO ODBORNÉ PRACOVNÍKY V LABORATORNÍCH METODÁCH
RÁMCOVÝ VZDĚLÁVACÍ PROGRAM PRO ZÍSKÁNÍ SPECIALIZOVANÉ ZPŮSOBILOSTI v oboru KLINICKÁ GENETIKA PRO ODBORNÉ PRACOVNÍKY V LABORATORNÍCH METODÁCH 1. Cíl specializačního vzdělávání Cílem specializačního vzdělávání
VíceDNA microarrays Josef Srovnal, Michaela Špenerová, Lenka Radová, Marián Hajdúch, Vladimír Mihál
DNA microarrays Josef Srovnal, Michaela Špenerová, Lenka Radová, Marián Hajdúch, Vladimír Mihál Laboratoř experimentální medicíny při Dětské klinice LF UP a FN Olomouc Cíle Seznámit posluchače s: 1. Technologií
VíceLaboratoř molekulární patologie
Laboratoř molekulární patologie Ústav patologie FN Brno Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. 19.11.2014 Složení laboratoře stálí členové Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Mgr. Květa Lišková Mgr. Lenka Pitrová
VíceImplementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci. reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/
Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0088 Hybridizační metody v diagnostice Mgr. Gabriela Kořínková, Ph.D. Laboratoř molekulární
VíceTypy nukleových kyselin. deoxyribonukleová (DNA); ribonukleová (RNA).
Typy nukleových kyselin Existují dva typy nukleových kyselin (NA, z anglických slov nucleic acid): deoxyribonukleová (DNA); ribonukleová (RNA). DNA je lokalizována v buněčném jádře, RNA v cytoplasmě a
VíceSeznam vyšetření. Nesrážlivá periferní krev nebo kostní dřeň
VD.PCE 08 Laboratorní příručka Příloha č. 1: Seznam vyšetření Molekulární hematologie a hematoonkologie Vyšetření mutačního stavu IgV H u CLL Detekce přestavby IgV H u jiných B lymfoproliferací RNA nebo
VícePRO MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII REAGENCIE. SLEVA 10 % na nákup nad , bez DPH. Polymerázy a mastermixy GENEDIREX Nejlepší poměr cena/výkon
REAGENCIE PRO MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII 092018 SLEVA 10 % na nákup nad 20 000, bez DPH Polymerázy a mastermixy GENEDIREX Nejlepší poměr cena/výkon Taq DNA polymeráza a mastermix skladování a tepelná odolnost:
VíceGenetické mapování. v přírodních populacích i v laboratoři
Genetické mapování v přírodních populacích i v laboratoři Funkční genetika Cílem je propojit konkrétní mutace/geny s fenotypem Vzniklý v laboratoři pomocí mutageneze či vyskytující se v přírodě. Forward
VíceÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR. VI. Aplikace qrt-pcr
ÚVOD DO KVANTITATIVNÍ REAL-TIME PCR VI. Aplikace qrt-pcr 1. Detekce DNA - Diagnóza infekčních onemocnění (přítomnost patogenů v krvi, séru, plazmě ) - Sledování minimální reziduální nemoci - Detekce patogenů
VíceNěkteré vlastnosti DNA důležité pro analýzu
Některé vlastnosti DNA důležité pro analýzu Spiralizace Denaturace Záporný náboj Syntéza Ligace Rekombinace Mutabilita Despiralizace Reasociace Štěpení Metody používané k analýze DNA Southern blotting
VíceOd sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR
ENBIK 2014 Od sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR Jiří Macas Biologické centrum AVČR Ústav molekulární biologie rostlin České Budějovice
VíceKlonování DNA a fyzikální mapování genomu
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu. Terminologie Klonování je proces tvorby klonů Klon je soubor identických buněk (příp. organismů) odvozených ze společného předka dělením (např. jedna bakteriální
VíceKAM KRÁČÍŠ DĚTSKÁ NEUROLOGIE? Prof. MUDr. Pavel Kršek, Ph.D. Klinika dětské neurologie 2. LF UK a FN Motol
KAM KRÁČÍŠ DĚTSKÁ NEUROLOGIE? Prof. MUDr. Pavel Kršek, Ph.D. Klinika dětské neurologie 2. LF UK a FN Motol 70. LÉTA SOUČASNOST 70. LÉTA SOUČASNOST EPILEPTOLOGIE SPÁNKOVÁ MEDICÍNA NEUROGENETIKA NERVOSVALOVÁ
VíceExprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie DNA RNA proteinu transkripce DNA mrna translace proteosyntéza
Exprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie - genetická informace v DNA -> RNA -> primárního řetězce proteinu 1) transkripce - přepis z DNA do mrna 2) translace - přeložení z kódu nukleových
VíceBioinformatika. Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie Jan Pačes Ústav molekulární genetiky
Bioinformatika pro PrfUK 2006 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz http://bio.img.cas.cz/prfuk2006 syllabus Úterý,
VíceMolekulární hematologie a hematoonkologie
VD.PCE 02 Laboratorní příručka Příloha č. 2: Seznam vyšetření GENETIKA Molekulární hematologie a hematoonkologie Detekce markerů: F2 (protrombin) G20210A, F5 Leiden (G1691A F2 (protrombin) G20210A, F5
VíceMETODY MOLEKULÁRNÍ PATOLOGIE. Mgr. Jana Slováčková, Ph.D. Ústav patologie FN Brno
METODY MOLEKULÁRNÍ PATOLOGIE Mgr. Jana Slováčková, Ph.D. Ústav patologie FN Brno Molekulární patologie Využívá molekulární a genetický přístup k určení diagnózy a klasifikaci onemocnění Rutinně využívá
VíceDuchenneova/Beckerova svalová dystrofie a Parent Project
Duchenneova/Beckerova svalová dystrofie a Parent Project Oddělení lékařské genetiky FN Brno Renata Gaillyová Vzácné nemoci V EU se nemoc považuje za vzácnou, jestliže postihuje méně než 5 osob z každých
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
VíceÚVOD DO TRANSPLANTAČNÍ IMUNOLOGIE
ÚVOD DO TRANSPLANTAČNÍ IMUNOLOGIE Základní funkce imunitního systému Chrání integritu organizmu proti škodlivinám zevního a vnitřního původu: chrání organizmus proti patogenním mikroorganizmům a jejich
VíceÚloha protein-nekódujících transkriptů ve virulenci patogenních bakterií
Téma bakalářské práce: Úloha protein-nekódujících transkriptů ve virulenci patogenních bakterií Nové odvětví molekulární biologie se zabývá RNA molekulami, které se nepřekládají do proteinů, ale slouží
VíceEpigenetika mění paradigma současné medicíny i její budoucnost
Epigenetika mění paradigma současné medicíny i její budoucnost pokračování z čísla 1 a 2 /2014 Epigenetika v onkologii MUDr. Jozef Čupka Společnost všeobecného lékařství ČLS JEP, Sekce preventivní onkologie
VíceTerapeutické klonování, náhrada tkání a orgánů
Transfekce, elektroporace, retrovirová infekce Vnesení genů Vrstva fibroblastů, LIF Terapeutické klonování, náhrada tkání a orgánů Selekce ES buněk, v nichž došlo k začlenění vneseného genu homologní rekombinací
VíceSeznam vyšetření. Detekce markerů: F2 (protrombin) G20210A, F5 Leiden (G1691A), MTHFR C677T, MTHFR A1298C, PAI-1 4G/5G, F5 Cambridge a Hong Kong
VD.PCE 02 Laboratorní příručka Příloha č. 2: Seznam vyšetření Molekulární hematologie a hematoonkologie Detekce markerů: F2 (protrombin) G20210A, F5 Leiden (G1691A), MTHFR C677T, MTHFR A1298C, PAI-1 4G/5G,
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceMikročipy v mikrobiologii
Mikročipy v mikrobiologii doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2014 Obsah přednášky 1) Charakteristika biočipů, DNA microarrays a DNA chip 2) Výroba čipů, charakteristika
VíceMetody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
VíceModerní metody analýzy genomu
Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno Centrum molekulární biologie a genové terapie CEITEC MU Moderní metody analýzy genomu Jitka Malčíková 25.9.2015 Trocha historie - Kompletní diploidní sekvence
VíceGenová etiologie nemocí
Genová etiologie nemocí 1. Obecná etiologie nemocí 1. Obecná etiologie nemocí 2. Mutace genů v germinativních a somatických buňkách 3. Molekulární fyziologie genu 4. Regulace aktivity genu (genové exprese)
Více6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?
6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? Pamatujete na to, co se objevilo v pracích Charlese Darwina a Alfreda Wallace ohledně vývoje druhů? Aby mohl mechanismus přírodního
VíceBioptická laboratoř s.r.o. a Šiklův ústav patologie Lékařské fakulty UK v Plzni
Genové fúze NCOA4-RET a TRIM27- RETdiferencují intraduktální karcinom slinných žláz na duktální a apokrinní podtyp: analýza 18 případů pomocí sekvenování nové generace (NGS) Skálová A, Baněčková M, Martínek
VíceNové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči
B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY IN PRAGUE Obsah prezentace ČSIM 2016 Mikrobiologická
VíceZákladní pojmy obecné genetiky, kvalitativní a kvantitativní znaky, vztahy mezi geny
Obecná genetika Základní pojmy obecné genetiky, kvalitativní a kvantitativní znaky, vztahy mezi geny Doc. RNDr. Ing. Eva PALÁTOVÁ, PhD. Ing. Roman LONGAUER, CSc. Ústav zakládání a pěstění lesů LDF MENDELU
VíceDEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG
DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG Místo konání: Datum a doba konání: Budova F, Vídeňská 1083, 142 20 Praha 4-Krč 23. 11. 2015 od 9:00 do 15:00 hod. Kontakt pro styk s veřejností: Organizační záležitosti: Odborné
VíceMůj život s genetikou
Můj život s genetikou Aneta Mikulášová Molekulární biologie a genetika Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Univerzitní vzdělávání genetiky 150 roků po Mendelovi Brno, 29. 5. 2015 Studium Molekulární
VíceGenové knihovny a analýza genomu
Genové knihovny a analýza genomu Klonování genů Problém: genom organismů je komplexní a je proto obtížné v něm najít a klonovat specifický gen Klonování genů Po restrikčním štěpení genomové DNA pocházející
VíceStruktura a analýza rostlinných genomů Jan Šafář
Struktura a analýza rostlinných genomů Jan Šafář Ústav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum Proč rostliny? Proč genom? Norman E. Borlaug Zelená
VíceInovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Poziční klonování Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s metodou pozičního klonování genů
VíceVyužití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 12. Shrnutí,
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin 12. Shrnutí, Přehled molekulárních markerů 1. proteiny isozymy 2. DNA markery RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) založené
VíceFUNKČNÍ VARIANTA GENU ANXA11 SNIŽUJE RIZIKO ONEMOCNĚNÍ
FUNKČNÍ VARIANTA GENU ANXA11 SNIŽUJE RIZIKO ONEMOCNĚNÍ SARKOIDÓZOU: POTVRZENÍ VÝSLEDKŮ CELOGENOMOVÉ ASOCIAČNÍ STUDIE. Sťahelová A. 1, Mrázek F. 1, Kriegová E. 1, Hutyrová B. 2, Kubištová Z. 1, Kolek V.
VíceBioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled
Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN I. Přehled RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci Definice bioinformatiky (Molecular) bio informatics: bioinformatics is conceptualising biology
Více