Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny

Transkript

1 Aminokyseliny, Peptidy, Proteiny

2 Proteiny jsou nejrozšířenější biologické makromolekuly Proteiny jsou tvořeny kombinací 20 α-aminokyselin Aminokyseliny sdílejí společné základní strukturní vlastnosti α-uhlík váže amino a karboxylovou skupinu

3 Aminokyseliny mohou být rozděleny do několika skupin podle charakteru jejich vedlejšího řetězce Nepolární Polární Nabité Nepolární alifatické Aromatické Polární, nenabité Pozitivně nabité Negativně nabité

4

5

6

7 Cystin je aminokyselina tvořená dvěma cysteiny

8 *

9

10 Fyzikální vlastnosti aminokyselin

11 Aminokyseliny jejich názvosloví a zkratky Alanine Ala A Arginine Arg R Asparagine Asn N Aspartic acid Asp D Cysteine Cys C Glutamic acid Glu E Glutamine Gln Q Glycine Gly G Histidine His H Isoleucine Ile I Leucine Leu L Lysine Lys K Methionine Met M Phenylalanine Phe F Proline Pro P Serine Ser S Threonine Thr T Tryptophan Trp W Tyrosine Tyr Y Valine Val V

12 Aminokyseliny jsou dipolární ionty Za fyziologického ph je amino skupina protonovaná a karboxylová skupina deprotonovaná

13 Iontové formy leucinu Za nízkého ph, karboxyl je protonovaný a amino skupina je kladně nabitá Za neutrálnío ph, karboxyl je deprotonovaný a amono skupina je protonovaná. Výsledný náboj je nulový Za vysokého ph, karboxylová skupina je záporně nabitá a amino skupina je neutrální ( NH 2 )

14 Titrační křivka leucinu

15 Iontové formy glutamové kysleiny Ionizace některých skupin vedlejšího řetězce Titrační křivka je mnohem komlexnější

16 Aminokyseliny jsou chirální molekuly Asymetrický uhlík α-uhlík Biosyntetické procesy produkují čisté stereoizomery Aminokyseliny v proteinech mají L konfiguraci D-aminokyseliny se nacházejí v některých krátkých bakteriálních peptidech

17 Biologicky aktivní deriváty aminokyselin

18 Polypeptidy - Proteiny lineární řetězce aminokyselin spojených peptidovou vazbou Variabilita v délce řetězce a sekvenci aminokyselin klíčový faktor přispívající k diverzitě tvaru a biologické funkce proteinů Vedlejší řetězce aminokyselin určují vlastnosti proteinů slabé nekovalentní interakce

19 Peptidová vazba Polymerace aminokyselin a vznik peptidové vazby - dipetidy, tripeptidy,..., oligopeptidy,..., polypeptidy -

20 Velikost některých proteinů

21 Funkce peptidů Hormony a feromony Neuropeptidy Antibiotika Ochrana, např. toxiny

22 Proteiny jsou tvořeny Polypeptidy (polymery -aminolyselin) + další: kofaktory koenzymy prostetické skupiny další modifikace Kofaktor je obecný termín pro funkční neaminokyselinovou součást Ionty nebo organické molekuly Koenzym je označení pro organický kofaktor NADH Prostetická skupina je kovalentně vázaný kofaktor Hem v hemoglobinu

23 Modifikace proteinů Post-translační modifikace proteinů Štěpení proteinů Kovalntní vazba různých molekul a kofaktorů (konjugované proteiny) Chemická modifikace vedlejších řetězců amoinokyselin

24 Příklady konjugovaných proteinů

25 Modifikace vedlejších řetězců aminokyselin Nezvyklé aminokyseliny nejsou inkorporovány při syntéze na ribozomech Vznikají při post-translační modifikaci proteinů Reversibilní nebo ireverzibilní modifikace, např. fosforylace při signalizaci, hydroxylace prolinu v kolagenu

26 Modifikace vedlejších řetězců aminokyselin

27 Modifikace vedlejších řetězců aminokyselin

28 Separace směsí proteinů Separace závisí na rozdílných fyzikálně chemických vlastnostech Náboj Velikost Afinota k ligandům Rozpustnost Hydrofobicita Tepelná stabilita

29 Chromatografie - iontová - gelová filtrace - affinitní Elektroforéza -nativní -isoelektrická fokusace - SDS Centrifugace - preparativní - analytická

30 Sekvenace proteinů

31 Sekvenace proteinů N-terminální sekvenace Pouze omezeně dlouhé řetězce Delší proteiny musí být napřed naštípány na kratší oligopeptidy Sekvence jsou pak rekonstruovány z překrývajících se částí Identifikace proteinů podle N-terminálních sekvencí Databanka sekvencí

32 Protein Data Bank.pdb file format

33 Sekvence proteinů odhalují evoluční příbuznost

34 Fylogenetické stromečky a evoluční historie

35 Změna proteinů během evoluce

36 Struktura proteinů

37 Primární, Sekundární, Terciální, Kvartérní struktura proteinů

38 Primární struktura proteinů Sekvence aminokyselin v polypeptidovém řetězci Struktura proteinů je částečně dána vlastnostmi peptidové vazby

39 Struktura peptidové vazby peptidová vazba je planární díky rezonanci má peptidová vazba částečný (~ 40%) charakter dvojné vazby a proto nedochází k její rotaci peptidová vazba je resonanční hybrid dvou kanonických struktur

40 Struktura peptidové vazby Rezonance způsobuje, že je peptidová vazba: méně reaktivní ve srovnání s např. estery více rigidní a téměř planární vykazuje velký dipólový moment

41 Rigidní peptidová vazba a částečné rotace kolem ní Peptidová vazba nepodléhá rotaci Rotovat mohou vazby kolem alfa uhlíku aminokyseliny

42 Rigidní peptidová vazba a částečné rotace kolem ní Φ (fí): dihedrální úhel mezi - uhlíkem a dusíkem (C-C α -N- C) y (psí): dihedrální úhel mezi -uhlíkem a karbonylem (N-C- C α -N) plně roztažený řetězec má oba úhly y a f 180

43 Distribuce f a y dihedrálních úhlů Některé kombinace f a y úhlů jsou díky stérickým podmínkám vedlejších řetězců aminokyselin velmi problematické Jiné kombinace f a y úhlů jsou preferované i třeba díky tvorbě vodíkových vazeb Ramachandranův plot znázorňuje distribuci možných f a y dihedrálních úhlů v proteinech ukazuje základní sekundární struktury odhaluje oblasti s neobvyklou strukturou

44 Ramachandranův plot

45 Ramachandranův plot

46

47 Sekundární struktura proteinů Sekundární struktura představuje opakující se speciální místní uspořádání peptidového řetězce Základní a nejběžnější sekundární struktury stabilizované vodíkovými vazbami: helix (šroubovice) sheet (skládaný list) turn (ohyb) Náhodné uspořádání polypeptidového řetězce se nazývá random coil (náhodné klubko)

48 helix

49 helix Pravotočivá šroubovice se 3,6 jednotkami na otočku a se stoupáním 5,4 Å Šroubovice je držena vodíkovými vazbami mezi sousedními páteřními aminokyselinami Vedlejší řetězce směřují ven od osy šroubovice a jsou k ní přibližně kolmé

50 helix Vnitřní rozměr šroubovice je přibližně 4 5 Å (příliš malý na to, aby se tam cokoli vešlo) Vnější rozměr šroubovice (s vedlejšími řetězci) je Å (vejde se do velkého žlábku dvoušroubovice DNA)

51 Sekvence a tvorba helixu Ne všechny sekvence mohou nabývat tvaru šroubovice Malá hydrofobní rezidua jako je Ala nebo Leu silně podporují tvorbu šroubovic Pro ruší helikální struktury díky zamezení rotace kolem vazby N-C a Gly ruší helikální struktury díky absenci vedlejšího řetězce, což dovoluje více možných konformací

52 Sheet

53 Sheet Planarita peptidové vazby a geomerie - uhlíku vytváří strukturu podobnou skládanému listu Listová struktura je fixována vodíkovými vazbami mezi jednotlivými vlákny řetězců Vedlejšé řetězce směřují ven kolmo na rovinu listu vždy střídavě nahoru a dolu

54 Paralelní a antiparalelní Sheet U paralelních struktur směřují sousední řetězce spojené vodíkovými vazbami vždy stejným směrem

55

56 Paralelní a antiparalelní Sheet U antiparalelních struktur směřují sousední řetězce spojené vodíkovými vazbami vždy opačným smětem

57

58

59 Turn Ohyb -turn se hojně vyskytuje ve spojení se strukturami skládaného listu v místech, kde se musí řetězec otočit např. do protisměru Ohyb o 180 je zabezpečen čtyřmi aminokyselinami Ohyb je stabilizován vodíkovými vazbami karbonylového kyslíku k protonu amidu aminokyseliny o tři pozice dále v sekvenci Prolin v pozici 2 nebo glycin v pozici 3 jsou charakteristickými znaky struktur -turn

60 Structury β-turn

61

62 Terciální struktura proteinů Molekuly proteinů získávají ve vodném prostředí specifickou 3D konformaci Přesně definovaná struktura je nezbytná pro specifickou biologickou funkci Funkční struktura se nazývá native fold Specifická struktura je zajištěna řadou různých druhů interakcí v rámci samotného proteinu Během sbalování proteinu dochází k poklesu entropie

63 Interakce v proteinech Hydrofobní efekt Vodíkové vazby Elektrostatické interakce Dipól-dipólové interakce Londonovy dispersní síly

64 Terciální struktura proteinů Terciální struktura představuje celkové prostorové uspořádání atomů (funkčních skupin, aminokyslein) v proteinu Existují dvě základní skupiny proteinů: vláknité proteiny typicky nerozpustné, tvořené většinou jednou sekundární strukturou globulární proteiny ve vodě rozpustné proteiny membránové protein mohou být tvořeny více sekundárními strukturami

65 Struktura kolagenu vláknitý protein

66 Struktura velrybího myoglobinu globulární protein

67 ABC transportér E. coli globulární membránový protein

68 Motif a fold ve struktuře proteinů motif - propojení více sekundárních struktur fold - uspořádání sekundárních struktur do vyšších strukturních motivů

69 Kolik je strukturních foldů? Počet unikátních foldů je v přírodě omezen a poměrně nízký (pravděpodobě několik tisíc) 90% nových proteinových struktur v PDB databázi za posledních deset let má podebné strukturní foldy, za poslední tři roky se prakticky neobjevují nové foldy

70 Kvartérní struktura Kvartérní struktura popisuje seskupení jednotlivých proteinových podjednotek tvořících větší funkční strukturní celek

71 Dimer homodimer, heterodimer Cro protein z bacteriofága lambda Tetramer lidský hemoglobin

72 Primární Sekundární Terciální Kvartérní struktura Shrnutí (a) Lineární sekvence aminokyselin (b) Specifické lokální uspořádání peptidového řetězce stabilizované vodíkovými vazbami mezi aminokyselinami tvořícími řetězce (c) Finální 3D struktura jednoho polypeptidového řetězce stabilizovaná nevazebnými interakcemi mezi aminokyselinami peptidového řetězce (d) Specifické prostorové uspořádání více polypeptidových podjednotek tvořící jeden funkční celek proteinového komplexu

73 Sbalování a stabilita proteinů

74 Sbalování a stabilita proteinů Funkce proteinů závisí na jejich 3D struktuře Ztráta struktury je spojena se ztrátou aktivity - denaturace Proteiny mohou být denaturovány teplo nebo chlad ph extrémy organická rozpouštědla chaotropní látky: močovina, guanidinium hydrochlorid, litium perchlorát redukce disulfidických vazeb merkaptoethanolem

75 Renaturace rozbaleného a denaturovaného proteinu ribonukleázy

76 Refolding ribonukleázy Ribonukleáza je malý protein s 8 cysteiny, které tvoří 4 disulfidické vazby Močovina v přítomnosti 2-merkaptoethanolu plně denaturuje ribonukleázu Pokud je močovina a 2-merkaptoethanol odstraněn, protein spontánně refolduje do původní nativní struktury Nativní konformace je determinována samotnou sekvencí Jednoduchý eperiment, Nobelova cena za chemii z roku 1972 pro Chrise Anfinsena

77 Jak se protein sbalí tak rychle? Proteiny se sbalují do energeticky nejnižšího stavu během mikrosekund až sekund. Jak může být tento proces tak rychlý? Je matematicky nemožné, aby se protein sbalil do své nativní formy náhodným zkoušením všech možných konformací než doputuje do energeticky nejnižšího stavu (Levinthalův paradox)

78 Levinthalův paradox: U typického proteinu (~125 AK) existuje přibližně možných konformací. I kdyby trvalo jen vteřiny vyzkoušení každé konformace trvalo by to let vyzkoušet většinu z nich. je tedy zřejmé sbalování neprobíhá náhodně sbalování nativní struktury je určováno termodinamicky výhodnou cestou

79 Termodynamika sbalování preteinů energetická nálevka

80 Chaperoniny Speciální proteiny, které pomáhají sbalovat nově syntetizované proteiny Přibližně 10 až 15% proteinů v E. coli vyžadují chaperoniny ke sbalení Potřeba ATP

81

82 Další příklady asistovanných molekulárních procesů při sbalování proteinů a posttranslační modifikaci Disulfidické vazby napříč proteinem disulfid izomeráza cis trans izomerizace prolinu prolyl cis-trans izomeráza Hydroxylace prolinu v kolagenu prolyl 4- hydroxyláza (vyžaduje askorbát)

83 Co musím znát Struktura 20 základních aminokyselin Vlastnosti a důležitost vedlejších řetězců aminokyselin Optická aktivita (chiralita) aminokyselin Aminokyseliny v proteinech mají L konfiguraci Peptidová vazba základní vlastnosti Vedlejší řetězce aminokyselin mohou být v proteinech modifikovány Některé aminokyseliny a jejich deriváty jsou biologicky aktivní Metody na separaci a identifikaci proteinů Sekvenační data odhalují evoluční historii proteinů Primární, sekundární, terciální a kvartérní struktura proteinů Sbalování proteinů, Chaperoniny a asistované sbalování