Automatizace v klinické mikrobiologii 1Jaroslav Hrabák, 2Pavel Dřevínek 1Ústav mikrobiologie, Biomedicínské centrum, Lékařská fakulta a Fakultní nemocnice v Plzni, Univerzita Karlova 2Ústav lékařské mikrobiologie, 2. lékařská fakulta a Fakultní nemocnice Motol, Univerzita Karlova CHARLES UNIVERSITY
Klinická mikrobiologie a její vývoj Pravěk První pozorování mikrobů Antoni van Leeuwenhoek (1632-1723) Souvislost mikrobů a nemocí - období lovců mikrobů Louis Pasteur (1822-1895) Robert Koch (1843-1910) Joseph Lister (1827-1912)
Klinická mikrobiologie a její vývoj Klasické kultivační a identifikační techniky Molekulární přístup NGS, hmotnostní spektrometrie Objev a zavedení antibiotik Imunologie, serologie Klinická mikrobiologie Alexander Fleming (1881 1955) Virologie a mykologie Rozvoj nových metod
Mikrobiologická diagnostika Virologie Sérologie Molekulární genetika Kultivace Elektronová mikroskopie Parazitologie Mikroskopie Sérologie Molekulární genetika Bakteriologie a mykologie Kultivace Mikroskopie Molekulární genetika Sérologie Hostitel Mikrob Prostředí Infekce
Nové diagnostické metody v mikrobiologii Kultivační metody Automatické systémy Analýza obrazu Molekulárně genetické metody Amplifikační techniky Mikročipy Celogenomová sekvenace Funkční metody Hmotnostní spektrometrie Další spektroskopické metody Speciální mikroskopické techniky Průtoková cytometrie
AUTOMATIZACE V KLINICKÉ MIKROBIOLOGII IN PRAGUE
Automaty a automatizace v klinické mikrobiologii 1. Sérologie Plně automatizovatelné, zajištění standardizace 2. Molekulární genetika Plně automatizovatelné, zajištění standardizace 3. Kultivace včetně testování citlivosti na ATB Automatizovatelné, stále požadavek na odečítajícího pracovníka 4. Mikroskopie Analýzy obrazu?
Koncepce mikrobiologie - Marseilles Velká laboratoř - univerzitní nemocnice Důraz na konzultační službu Priority při zpracování vzorků
Koncepce mikrobiologie - Marseilles Satelitní POCT laboratoře
Jde to dělat i jinak?
Upravený koncept mikrobiologie? Mikrobiologie založená na detekci syndromů onemocnění patogenezi (syndrome/disease based microbiology) Současné technické možnosti umožňují změnit koncept klinické mikrobiologie Klinický vzorek Funkční vyšetření vzorku Identifikace patogena Stanovení citlivosti
Upravený koncept mikrobiologie? Funkční metody Založené na detekci faktorů patogenity pomocí klasických metod Metody sekvenace DNA / RNA
Příklady funkční diagnostiky Průkaz botulotoxinu
Příklady funkční diagnostiky Detekce karbapenemáz
Sekvenování nové generace Aplikace ve virologii Uplatnění v molekulární epidemiologii Dosud poměrně drahé Pomalé (2-5 dní) Naděje v případě sekvenace třetí generace (několik hodin) Zásadní je interpretace dat potřeba BIOINFORMATIKA, případně speciálních bioinformatických nástrojů
Sekvenování nové generace a vyšetření citlivosti Staphylococcus aureus Mycobacterium tuberculosis
Sekvenování nové generace ve virologii RNA DNA viry Odběr materiálu intracelulární paraziti
Závěr
Mikrobiologie budoucnosti? Automatizace je možná v řadě mikrobiologických metodik Kultivační techniky stále zaujímají významnou roli v bakteriologii, ale Koncepce mikrobiologie se bude měnit v souvislosti s rozvojem nových technik, ale především sekvenace DNA/RNA Umožnění detekce faktorů patogenity Identifikace markerů vnímavosti hostitele
Výzkumná laboratoř Klinický mikrobiolog