Význam sekvenační analýzy v mikrobiologické diagnostice
|
|
- Michaela Soukupová
- před 9 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Význam sekvenační analýzy v mikrobiologické diagnostice Plíšková L., Kutová R., Bolehovská R., Ryšková L. ÚKBD, ÚKM FN Hradec Králové FONS 2012
2 Široké použití v mikrobiologii Identifikace mikroorganizmů (bakterie, houby) kultivace Vyhledávání mutací spojených s rezistencí a léčbu (antivirotika CMV, HSV, HBV, HCV, HIV ; antibiotika MRSA ) Epidemiologie Identifikace nových virů
3 Identifikace mikroorganizmů Provádění specifických PCR reakcí - cílená diagnostika, využití specifických primerů umožňujících detekci konkrétní bakterie Provádění broad-range širokospektré, panbakteriální, panfungální PCR s následnou sekvenací dle Sangera - primery z oblasti 16S rrna (18S) společné všem bakteriím (houbám) - spektrum obdobné jako při mikroskopii nebo kultivacích!! nahrazuje ji v případech, kdy kultivovat nelze
4 Sekvenační analýza Využití v diagnostice mikroorganizmů - často dlouhodobá ATB terapie PCR diagnostika zásadní pro nalezení původce -biofilmy - dg. endokarditid na chlopenních náhradách - periprotetické infekce - infekce drenážních likvorových systém tkáně, punktáty (kolene), abscesy plodová voda, likvor atd. krev??? moč???, BAL???
5 PCR/sekvenace Extrakce DNA, PCR, gelová elfo Čištění PCR produktu po PCR Sekvenační PCR s forward/reverse primerem Čištění po sekvenační PCR před vlastní sekvenací Sekvenace (ABI 3130) kapilární elektroforéza Sekvence ve FASTA formátu TCTGGTATCCCCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGACCCGGGAACGTATTCACCGCAG TATGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCGACTTCATGCACTCGAGTTGCAGAGTGCAATCCGGACTA CGATCGGTTTTCTGGGATTGGCTCCACCTCGCGGCTTGGCTACCCTCTGTACCGACCATTGTATGACG TGTGAAGCCCTGGTCATAAGGGCCATGAGGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCG GCAGTCTCATTAGAGTGCCCAACTAAATGATGGCAACTAATGACAAGGGTTGCGCTCGTTGCGG Zhodnocení
6
7 Analytické hodnocení výsledku Hledá se shoda s referenčními sekvencemi bakterií FASTA formát získané sekvence se vkládá do 3 databází volně přístupných na internetu - BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) - RDPII (Ribosomal Database Project) - SepsiTest BLAST (Identification by 16S/18S rdna Sequence Analysis) a automaticky se vyhodnocuje Výsledek bakterie se 100% pravděpodobností identifikace ve všech 3 použitých databázích
8
9 Interpretace výsledků Zásadní je rozhodnout, zda určená bakterie je: Patogen (etiologický původce, příčina onem.) Kontaminující nebo kolonizující bakterie (neidentifikovatelný, nekultivovatelný, všudypřítomný nebo bez bez patogenity u lidí a zvířat) Je nutné zvážit: - klinické (anamnestické údaje, imunita pacienta, klinický a biochemický profil, odpověď na ATB) odběr vzorku před/po ATB, místo odběru Nutná spolupráce s mikrobiologem a klinikem!
10 Případ č letý pacient Dg. akutní a subakutní infekční endokarditida Materiál k vyšetření aortální chlopeň PCR + sekvenace výsledek : Enterococcus faecalis Kultivace aerobní negativní anaerobní kmen k dourčení
11 Případ č letý pacient Dg. akutní infekční endokarditida Materiál k vyšetření aortální chlopeň PCR + sekvenace výsledek : Bartonella sp. Kultivace negativní sérologie hraniční protilátky
12 Případ č letý pacient (překlad z Nem. Chrudim) - dg. I339 akutní endokarditida - materiál: aortální chlopeň (2. 9.) - ÚKM- kultivace negativní(atb léčba) - PCR + sekvenace duální infekce nejsme schopni určit překrytí sekvencí specif. PCR SA, + další patogen??? (HK - nem. Chrudim Enterococcus)
13 Případ č letá pacientka Několika měsíční bolesti v laterální části levého stehna bez úrazu, MRI suspekce na tumor zhoršení stavu, sepse, nález abscesů okolo femuru a osteomyelitidy, nasazena ATB kultivace G- vláknité tyče, změna ATB (i na anaeroby), nepotvrzeny zdroj??? - PCR specif. PCR (TBC + atyp.) negat. - PCR + sekvenace Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum změna ATB, zlepšení stavu, postupně se upravil
14 Případ č letý pacient - Přijat na infekční kliniku jako septický stav nejasné etiologie Dg.: susp. IMO?, pneumokoková infekce? Odběr krve na PCR, HK + aglutinace (negat. NM, HI, SP), zahájena ATB léčba - Po 2 dnech. zhoršení stavu, UPV, CRP 322 provedena detekce panbakteriální DNA v krvi, moči pozitivní, sekvenačně Streptococcus suis streptokoková sepse s multiorgánovým selháním, PNC kryst. postupné zlepšení stavu. kultivace obtížná, později po několika dnech narostlo několik kolonií, které nelze dourčit
15 Pyrosekvenování Využití hdna, mikroby, zvířecí a rostlinná DNA Začíná se objevovat v klinickém použití zejména hdna Pro rutinní v mikrobiologii použití chybí protokoly, validace, programy pro zpracovávání výsledků výzkum, studie, granty Sekvenátory vyšší generace (NGS) (Roche454 FLX, Illumina, Solid Helicos, IonTorrent, GS Junior )
16 Pyrosekvenování v mikrobiologii Hlavní rozdíl: více pacientů současně více sekvencí (nevýhoda naplnění kapacity přístroje) Citlivost detekuje minimální množství mikroorganizmů i na pozadí jiných Umožní analyzovat spektrum mikroorganizmů v jakémkoli materiálu či prostředí
17 Rozdíly mezi Sangerem a NGS Sangerovo sekvenování vznik fragmentů DNA o různé délce, kapilární elektroforéza, seřazení dle velikosti, detekce značených nukleotidů, přečtení kolem 500 bazí, vždy 1 sekvence NGS syntetická reakce v pyrosekvenátoru syntéza celého vlákna přímo v jamkách destičky
18 Princip sekvenování podle Sangera Rozdělení podle velikosti jednotlivých sekvencí DNA pomocí kapilární elektroforézy (v 1 kapiláře), automatizováno
19 Princip pyrosekvenování
20 Pyrosekvenování Výstup dat ze sekvenátorů změť sekvencí, soubor různých sekvencí Zhodnocení -rozdělení dat pro jednotlivé vzorky (rozlišení pacientů) - clustely konsensuálních sekvencí různé skupiny sekvencí, různý počet čtení důležité zvolit citlivost (dle počet čtení) - vkládání do BLASTu identifikace - interpretace dat
21 Mikrobiom recta rectum počet čtení celkem 2000 mikroorganismy počet čtení zastoupení v % Streptococcus anginosus ,12% Parasutterella excrementihominis 167 8,38% Streptococcus agalactiae 108 5,42% Lactobacillus acidophilus 97 4,86% Dialister micraerophilus 57 2,86% Bilophila wadsworthia 40 2,01% Parvimonas micra 40 2,01% Celkem 78 mikroorganizmů Mikrobiom cervixu cervix počet čtení celekm 1600 mikroorganismy počet čtení zastoupení v % Lactobacillus iners ,18% Gardnerella vaginalis ,08% Atopobium vaginae 23 1,36% Aerococcus christensenii 16 0,94% Parvimonas micra 2 0,12% Lactobacillus iners Gardnerella vaginalis Atopobium vaginae Aerococcus christensenii Parvimonas micra
22 Pyrosekvenování v mikrobiologii Zkoumání spektra bakterií, ochranná role některých, změna poměru zastoupení hledání příčin onemocnění (postantibiotické kolitidy CD, mykózy u žen, infekční příčina předčasných porodů ) Viry celogenomové sekvenování, genomová variabilita, možné zachytit změny u starých agens, mutace identifikace nových virových patogenů Dále?????
23 Děkuji za pozornost
v diagnostice infekčních onemocnění
Postavení sekvenační analýzy v diagnostice infekčních onemocnění Bolehovská R., Plíš íšková L., Ryškov ková L. ÚKBD a ÚKM LF a FN Hradec Králov lové FONS 2010 20. - 21. 9. 2010 Význam určen ení původce
VíceExterní kontrola kvality sekvenačních analýz
Externí kontrola kvality sekvenačních analýz Radka Bolehovská 1, Lenka Plíšková 2, Kateřina Hrochová 2 Úsek molekulární biologie, 1 Ústav klinické mikrobiologie 2 Ústav klinické biochemie a diagnostiky
VíceVÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII
VÝZNAM NĚKTERÝCH FAKTORŮ PREANALYTICKÉ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII Plíšková L., Hrochová K., Kutová R. Ústav klinické biochemie a diagnostiky FN Hradec Králové PREANALYTICKÁ FÁZE V MOLEKULÁRNÍ BIOLOGII
VíceZkušenosti s diagnostikou sepse pomocí testu SeptiFast Test M GRADE. Zdeňka Doubková Klinická mikrobiologie a ATB centrum VFN Praha
Zkušenosti s diagnostikou sepse pomocí testu SeptiFast Test M GRADE Zdeňka Doubková Klinická mikrobiologie a ATB centrum VFN Praha Definice: Sepse je definována jako syndrom systémové zánětlivé odpovědi
VíceImplementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci. reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/
Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0088 KLINICKÁ MIKROBIOLOGIE Klinická mikrobiologie je medicínský obor - pojítko mezi
VíceAKTUÁLNÍ DOPORUČENÍ MIKROBIOLOGICKÉ DIAGNOSTIKY A ANTIBIOTICKÉ LÉČBY INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY 21ST COLOURS OF SEPSIS, OSTRAVA
AKTUÁLNÍ DOPORUČENÍ MIKROBIOLOGICKÉ DIAGNOSTIKY A ANTIBIOTICKÉ LÉČBY INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY 21ST COLOURS OF SEPSIS, OSTRAVA Jiří Sagan Klinika infekčního lékařství FN Ostrava a LF OU Aktuální doporučení
VíceSekvenace aplikace ve virologické diagnostice. Plíšková Lenka FN Hradec Králové
Sekvenace aplikace ve virologické diagnostice Plíšková Lenka FN Hradec Králové Vývoj sekvenačních technik 2.generace sekvenování až tisíců molekul najednou 1.generace detekce DNA bazí za sebou Stratton
VíceAutomatizace v klinické mikrobiologii
Automatizace v klinické mikrobiologii 1Jaroslav Hrabák, 2Pavel Dřevínek 1Ústav mikrobiologie, Biomedicínské centrum, Lékařská fakulta a Fakultní nemocnice v Plzni, Univerzita Karlova 2Ústav lékařské mikrobiologie,
VíceNové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči
B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY IN PRAGUE Obsah prezentace ČSIM 2016 Mikrobiologická
VíceNové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku
B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY Obsah prezentace Historie, vývoj a trendy
VíceAplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse
Aplikace molekulárně biologických postupů v časné detekci sepse Mgr. Jana Ždychová, Ph.D. IKEM PLM - LLG Sepse je častou příčinou úmrtí během hospitalizace. Včasné nasazení odpovídající ATB terapie je
VíceMikrobiologické vyšetření jako podklad pro racionální cílenou antibiotickou terapii. Význam správné indikace vyšetření a dodržování
Mikrobiologické vyšetření jako podklad pro racionální cílenou antibiotickou terapii. Význam správné indikace vyšetření a dodržování preanalytické fáze Tamara Bergerová Ústav mikrobiologie FN Plzeň Mikrobiologické
VíceVyužití molekulárně-biologických postupů a multimarkerových strategií v intenzívní péči. Marek Protuš
Využití molekulárně-biologických postupů a multimarkerových strategií v intenzívní péči Marek Protuš Sepsis - 3 Sepse je definovaná jako život ohrožující orgánová dysfunkce způsobená dysregulovanou odpovědí
VíceVyužití molekulárně-biologických postupů a multimarkerových strategií v intenzívní péči. Marek Protuš
Využití molekulárně-biologických postupů a multimarkerových strategií v intenzívní péči Marek Protuš Sepsis - 3 Sepse je definovaná jako život ohrožující orgánová dysfunkce způsobená dysregulovanou odpovědí
VíceSeptiFast. rychlá detekce sepse. Olga Bálková Roche s.r.o., Diagnostics Division
SeptiFast rychlá detekce sepse Olga Bálková Roche s.r.o., Diagnostics Division Požadavky kliniků Rychlá detekce a identifikace patogenů způsobujících sepsi Rychlé výsledky Výsledky do několika hodin Jednoznačné
VíceCitlivost a rezistence mikroorganismů na antimikrobiální léčiva
Citlivost a rezistence mikroorganismů na antimikrobiální léčiva Sylva Janovská Univerzita Pardubice Fakulta chemicko-technologická Katedra biologických a biochemických věd Centralizovaný rozvojový projekt
VícePracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE
16.9.2009 Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE Josef Scharfen NRL pro patogenní aktinomycety Oddělení lékařské mikrobiologie a imunologie Oblastní nemocnice Trutnov, a.s. SEMINÁŘ SLM PSMM
VíceInterpretace výsledků bakteriologických vyšetření
Interpretace výsledků bakteriologických vyšetření Veškeré nálezy vyšetření je nutno hodnotit vzhledem k diagnóze, věku, zánětlivým parametrům, klinickému stavu pacienta, ev. k dalším důležitým anamnestickým
VíceLékařská mikrobiologie II
Publikováno z 2. lékařská fakulta Univerzity Karlovy (https://www.lf2.cuni.cz) LF2 > Lékařská mikrobiologie II Lékařská mikrobiologie II Napsal uživatel Marie Havlová dne 8. Březen 2013-0:00. Sylabus praktických
VíceLÉČBA VENTILÁTOROVÉ PNEUMONIE SPOLUPRÁCE INTENZIVISTY A MIKROBIOLOGA
LÉČBA VENTILÁTOROVÉ PNEUMONIE SPOLUPRÁCE INTENZIVISTY A MIKROBIOLOGA Chytra I 1., Bergerová T 2. ARK FN v Plzeň 1 Ústav mikrobiologie, FN Plzeň 2 VAP definice, rozdělení spolupráce intenzivisty a mikrobiologa
VíceZubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra. I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P.
Zubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra projekt 1M0021622409 I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P. Švec Bakteriální mikroflóra zubů průkaz druhové diverzity
VíceMet e o t d o y d m ol o ek e ul u ár á n r í n í g e g n e e n t e i t ky v m ikro r b o i b ol o og o i g i Pavel Dřevínek
Metody molekulární genetiky v mikrobiologii Pavel Dřevínek Plán semináře: rozdíly mezi klasickou a molekulární mikrobiologií výhody a nevýhody molekulárního přístupu jak funguje detekce a identifikace
VíceLABORATOŘE EUROMEDIC s.r.o. Oddělení klinické mikrobiologie a autovakcín
Přehledy nejčastějších původců komunitních infekcí a jejich rezistence k antimikrobiálním látkám dle materiálů vyšetřených v mikrobiologické laboratoři v roce 2012. MUDr. Alžbeta Ouertani Říjen 2013 Respirační
VíceImplementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci. reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/
Implementace laboratorní medicíny do systému vzdělávání na Univerzitě Palackého v Olomouci reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/28.0088 PROBLEMATIKA INFEKCÍ HORNÍCH CEST DÝCHACÍCH DIAGNOSTIKA A LÉČBA TONSILITID, SINUSITID
VíceDiagnostické metody v lékařské mikrobiologii
Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii Výuková prezentace z: Lékařské mikrobiologie Jan Smíšek ÚLM 3. LF UK 2009 Princip identifikace Soubor znaků s rozdílnou diskriminační hodnotou Základní problémy
VícePREGRADUÁLNÍ VZDĚLÁVÁNÍ V LÉKAŘSKÉ MIKROBIOLOGII
PREGRADUÁLNÍ VZDĚLÁVÁNÍ V LÉKAŘSKÉ MIKROBIOLOGII Milan Kolář Lékařská fakulta UP v Olomouci ZÁVĚRY Z PŘEDCHÁZEJÍCÍCH SETKÁNÍ Výuka lékařské mikrobiologie patří k nezbytným předpokladům pro výuku klinických
VíceLÉČBA A ATB PROFYLAXE INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY (nové doporučené postupy) Jiří Beneš Infekční klinika 3. LF UK Nemocnice Na Bulovce, Praha
LÉČBA A ATB PROFYLAXE INFEKČNÍ ENDOKARDITIDY (nové doporučené postupy) Jiří Beneš Infekční klinika 3. LF UK Nemocnice Na Bulovce, Praha Hradec Králové, 25.2.2016 Patogeneze IE, důsledky pro léčbu bakteriémie
VícePAROTITIDA VRACEJÍCÍ SE ONEMOCNĚNÍ. Vlasta Štěpánová 1, Miroslav Fajfr 1,2, Lenka Plíšková 3
PAROTITIDA VRACEJÍCÍ SE ONEMOCNĚNÍ Vlasta Štěpánová 1, Miroslav Fajfr 1,2, Lenka Plíšková 3 Ústav klinické mikrobiologie 1, Ústav klinické biochemie a diagnostiky 3, Fakultní nemocnice Hradec Králové,
VíceRESPIRAČNÍ INFEKCE. Milan Kolář
RESPIRAČNÍ INFEKCE Milan Kolář Ústav mikrobiologie FNOL a LF UP v Olomouci Nejčastějšími bakteriálními původci infekcí horních a dolních cest dýchacích v komunitním prostředí jsou kmeny: Streptococcus
VíceBakteriální meningitidy úloha NRL a doporučení NRL pro praxi Pavla Křížová Centrum epidemiologie a mikrobiologie Státní zdravotní ústav Praha Seminář SLM, Lékařský dům, 7.10.2014 Spolupráce laboratoří
VíceANTIBIOTICKÉ LÉČBY V INTENZIVNÍ MEDICÍNĚ
PRINCIPY ANTIBIOTICKÉ LÉČBY V INTENZIVNÍ MEDICÍNĚ Milan Kolář Ústav mikrobiologie Fakultní nemocnice Olomouc Lékařská fakulta Univerzity Palackého v Olomouci Bakteriální infekce byly, jsou a s velkou pravděpodobností
VíceLékařská mikrobiologie současné možnosti oboru v AČR
Lékařská mikrobiologie současné možnosti oboru v AČR podplukovník MUDr. Petr DOUDA Ředitel Centra preventivní péče Ústřední vojenský zdravotní ústav České Budějovice Hlavní odborník Lékařské mikrobiologie
VíceDiagnostická laboratoř Praha. Laboratorní příručka Příloha č.1. Přehled vyšetření prováděných v Laboratoři klinické mikrobiologie
Strana č: 1 Kultivační vyšetření výtěrů z horních cest dýchacích Kultivační vyšetření materiálu z dolních cest dýchacích (mimo TBC) B01/LKM B06/LKM B02/LKM Kultivační semikvantitativní vyšetření moče Typ
VíceNovorozenecká sepse a její diagnostická úskalí. Jan Hálek, Anna Medková Novorozenecké oddělení a Dětská klinika FNO
Novorozenecká sepse a její diagnostická úskalí Jan Hálek, Anna Medková Novorozenecké oddělení a Dětská klinika FNO Diagnostické problémy Klasická definice SIRS + průkaz původce (hemokultura) SIRS kritéria
VíceUrogenitální infekce. Infekce močových cest. Genitouretrální infekce u muže. Infekce reprodukčních orgánů ženy. MUDr. Drahomíra Rottenbornová
Urogenitální infekce Infekce močových cest Genitouretrální infekce u muže Infekce reprodukčních orgánů ženy MUDr. Drahomíra Rottenbornová ZDZ-1 Infekce močových cest 2 Infekce močových cest Výskyt: výrazně
VíceMikroskopie versus kultivace, kdy, komu a proč? Jan Kestřánek PGK, FNHK
Mikroskopie versus kultivace, kdy, komu a proč? Jan Kestřánek PGK, FNHK Vulvovaginální dyskomfort Akutní vulvovaginální dyskomfort (AVD): obtíže v oblasti zevního genitálu a pochvy jako je výtok, svědění
VíceOdběr a transport biologického materiálu do mikrobiologické laboratoře. Jana Juránková OKM FN Brno
Odběr a transport biologického materiálu do mikrobiologické laboratoře Jana Juránková OKM FN Brno Správný výsledek mikrobiologického vyšetření začíná správným odběrem biologického materiálu a jeho správným
VíceMikrobiologické vyšetření moči
Provádění, možnosti a interpretace mikrobiologických vyšetření Mikrobiologické vyšetření moči Zpracoval: prim. RNDr. Roman Jirsa, MVDr. Zdeněk Brož, Oddělení klinické mikrobiologie ONMB Oponoval: MUDr.
VíceLaboratorní di agnostik HBV HCV a Vratislav Němeček Státní zdravotní stav ústav
Laboratorní diagnostika HBV a HCV Vratislav Němeček Státní zdravotní ústav Rozdílná role sexuálního 30 přenosu HBV a HCV 25 Rozdíly v četnosti virové nálože 20 15 10 HCV RNA HBV DNA HBV 5 hlavní způsoby
VíceZměny sazebníku výkonů pro mikrobiologické obory
Změny sazebníku výkonů pro mikrobiologické obory Ing. Hana Hrbáčková LTK CEM SZÚ 2011 - Původní návrh MZ Grant Evropského fondu pro regionální rozvoj Vítěznou nabídku na řešení Kultivace Seznamu zdravotních
VíceV. Adámková Klinická mikrobiologie a ATB centrum 1.LF UK a VFN, Praha. Colours of Sepsis; ATB STEWARDSHIP V INTENZIVNÍ MEDICÍNĚ, 30.1.
V. Adámková Klinická mikrobiologie a ATB centrum 1.LF UK a VFN, Praha Colours of Sepsis; ATB STEWARDSHIP V INTENZIVNÍ MEDICÍNĚ, 30.1.2018 A) ANO B) NE C) nevím, co přesně znamená deeskalace V rámci ABS
VíceCZ.1.07/1.5.00/34.0527
Projekt: Příjemce: Digitální učební materiály ve škole, registrační číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/34.0527 Střední zdravotnická škola a Vyšší odborná škola zdravotnická, Husova 3, 371 60 České Budějovice
VíceVyužití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů
Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Stavělová M.,* Macháčková J.*, Rídl J.,** Pačes J.** * Earth Tech CZ, s.r.o ** ÚMG AV ČR PROČ METAGENOMIKA?
VíceAtestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok A) Molekulární genetika
Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok 2017 A) Molekulární genetika 1. Struktura lidského genu, nomenklatura genů, databáze týkající se klinického dopadu variace v jednotlivých genech. 2.
VíceAPLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY
APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY Monika Stavělová 1, Jakub Rídl 2, Maria Brennerová 3, Hana Kosinová 1, Jan Pačes 2 1 AECOM
VíceANTIBIOTICKÁ LÉČBA OFF-LABEL Z POHLEDU MIKROBIOLOGA. Milan Kolář Ústav mikrobiologie FNOL a LF UP v Olomouci
ANTIBIOTICKÁ LÉČBA OFF-LABEL Z POHLEDU MIKROBIOLOGA Milan Kolář Ústav mikrobiologie FNOL a LF UP v Olomouci Septický pacient s nozokomiální pneumonií Endosekret: KLPN + ESCO Terapie: PPT + GEN INTERPRETACE?
Vícesynlab czech s.r.o. Laboratoř České Budějovice, Vrbenská 197/23 sekce mikrobiologie Vrbenská 197/23, České Budějovice SOP A.
Vyšetření: 1 Kultivační vyšetření výtěrů z horních cest dýchacích včetně izolace a identifikace Bordetella pertussis a parapertussis 2 Kultivační vyšetření výtěrů z rekta 3 Kultivační vyšetření moče ke
VíceJak může laboratoř zvýšit relevanci výsledku? V. Adámková Ústav lékařské mikrobiologie FNKV, Praha
Jak může laboratoř zvýšit relevanci výsledku? V. Adámková Ústav lékařské mikrobiologie FNKV, Praha Mikrobiologická diagnostika v éře narůstající rezistence k antibiotikům obtížný odhad citlivosti původce
VíceFakultní nemocnice Brno Laboratoře Oddělení klinické mikrobiologie Jihlavská 20, Brno
Vyšetření: 802 - Lékařská mikrobiologie, 804 Lékařská parazitologie, 805 Lékařská virologie, 822 Lékařská mykologie 1. Vyšetření mikroorganismů z klinického materiálu a z kultur mikroskopicky - barvený
VícePOH O L H E L D E U D U M
SEPSE Z POHLEDU MIKROBIOLOGA Milan Kolář Ústav mikrobiologie FNOL a LF UP v Olomouci K významným problémům současné medicíny patří bezesporu septické stavy z důvodu vysoké morbidity, mortality a současně
VícePOH O L H E L D E U D U M
SEPSE Z POHLEDU MIKROBIOLOGA Milan Kolář Ústav mikrobiologie FNOL a LF UP v Olomouci K významným problémům současné medicíny patří bezesporu septické stavy z důvodu vysoké morbidity, mortality a současně
VíceAntibiotická profylaxe v gynekologické operativě
Antibiotická profylaxe v gynekologické operativě J. MAŠATA Gynekologicko porodnická klinika VFN a 1. LF UK, Praha Definice infekce Kolonizace (colonisation) běžná přítomnost bakterie Kontaminace (contamination)
VíceStafylokoky v současné době patří mezi důležité bakteriální patogeny. Např. u nozokomiálních infekcí krevního řečiště jsou spolu s enterokoky
Grampozitivní bakterie Rod Staphylococcus Stafylokoky v současné době patří mezi důležité bakteriální patogeny. Např. u nozokomiálních infekcí krevního řečiště jsou spolu s enterokoky etiologickým agens
VíceInfekce močových cest (IMC) Kurs Modulu IIC Horečnaté stavy Jan Smíšek ÚLM 3. LF UK 2008
Infekce močových cest (IMC) Kurs Modulu IIC Horečnaté stavy Jan Smíšek ÚLM 3. LF UK 2008 Infekce močových cest Vznikajíz: Přítomnosti infekčních agens v moči Pomnožování infekčních agens v jednom či více
VíceVýzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.
Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. Systém pro sekvenování Systém pro čipovou analýzu Systém pro proteinovou analýzu Automatický sběrač buněk Systém pro sekvenování
Vícelaboratorní technologie
Využití real-time PCR v urgentní diagnostice bakteriálních meningitid J. Mrázek Bakteriální meningitidy Bakteriální meningitidy patří k nejzávažnějším akutním infekčním onemocněním. Průběh bakteriální
VíceVzdělávání zdravotních laborantek v oblasti molekulární biologie
Vzdělávání zdravotních laborantek v oblasti molekulární biologie Beránek M., Drastíková M. Ústav klinické biochemie a diagnostiky, Lékařská fakulta UK a Fakultní nemocnice Hradec Králové beranek@lfhk.cuni.cz
VíceEnterotoxiny Staphylococcus aureus. Jana Kotschwarová Andrea Koťová
Enterotoxiny Staphylococcus aureus Jana Kotschwarová Andrea Koťová Obsah Charakteristika Staphylococcus aureus Vlastnosti Faktory virulence Enterotoxiny Patogeneze Výskyt Metody stanovení Prevence výskytu
Více18.11.2011. 23.11.2011 prezentace OKMP 1
18.11.2011 23.11.2011 prezentace OKMP 1 Zasílání vzorků na mikrobiologické vyšetření Zásady,chyby a využití MVDr.Petr Ježek Organizační členění OKMP. OKMP MVDr.Petr Ježek ATB středisko MUDr.Romana Filová
VíceVěstník OBSAH: o dotaci ze státního rozpočtu na rezidenční místo nelékařské obory pro rok 2016... 20
Věstník Ročník 2016 MINISTERSTVA ZDRAVOTNICTVÍ ČESKÉ REPUBLIKY Částka 1 Vydáno: 8. LEDNA 2016 Cena: 120 Kč OBSAH: 1. Vzdělávací program specializačního vzdělávání v oboru MIKROBIOLOGIE... 2 2. Dotační
VíceMolekulárně biologické metody v mikrobiologii. Mgr. Martina Sittová Jaro 2014
Molekulárně biologické metody v mikrobiologii Mgr. Martina Sittová Jaro 2014 Harmonogram 1. den Izolace DNA 2. den Měření koncentrace DNA spektrofotometricky, real-time PCR 3. den Elektroforéza Molekulární
VíceMolekulárně biologické metody princip, popis, výstupy
& Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy Klára Labská Evropský program pro mikrobiologii ve veřejném zdravotnictví (EUPHEM), ECDC, Stockholm NRL pro herpetické viry,centrum epidemiologie
VíceVÝVOJ REZISTENCE BAKTERIÁLNÍCH PATOGENŮ
LABORATORNÍ LISTY Srpen č.27/2015 2015 Vážené kolegyně a kolegové, v tomto čísle našich Laboratorních listů Vám předkládáme statistiku rezistencí hlavních bakteriálních patogenů. Kmeny jsme testovali standardní
VíceNové technologie v diagnostice septických pacientů. Franeková J., Hrouda M., Ročeň M., Kieslichová E., Jabor A.,
Nové technologie v diagnostice septických pacientů Franeková J., Hrouda M., Ročeň M., Kieslichová E., Jabor A., Revize definice sepse z roku 1991 Diagnostika sepse: 1. Není zlatý standard pro diagnostiku
VíceSérologická diagnostika chřipky možnosti a diagnostická úskalí
Sérologická diagnostika chřipky možnosti a diagnostická úskalí Martina Havlíčková, Radka Limberková, Pavla Růžičková, Helena Jiřincová NRL pro chřipku, Státní zdravotní ústav K historii vyšetřování sér
VíceEpidemiologie spály. MUDr. František BEŇA
Epidemiologie spály MUDr. František BEŇA Klinický obraz a diagnostika infekce Charakteristickým příznakem - exantém, pokud streptokok skupiny A produkuje pyrogenní exotoxin (erytrogenní toxin). Dif.dg.
VíceZÁNĚTLIVÁ ONEMOCNĚNÍ CNS. Markéta Vojtová VOŠZ a SZŠ Hradec Králové
ZÁNĚTLIVÁ ONEMOCNĚNÍ CNS Markéta Vojtová VOŠZ a SZŠ Hradec Králové Neuroinfekce 1 Dle toho, co postihují: Meningitidy Encefalitidy Myelitidy Kombinovaná postižení Meningoencefalitidy Encefalomyelitidy
VíceK čemu slouží záznam provedených výkonů logbook?
K čemu slouží záznam provedených výkonů logbook? Předkládaný Záznam provedených výkonů ve specializačním vzdělávání neboli logbook je součástí vzdělávacího programu a slouží k evidenci průběhu odborné
VíceMetamorfózy SIRS pohled mikrobiologa. Dana Němcová Oddělení klinické mikrobiologie PLM IKEM Ostrava
Metamorfózy SIRS pohled mikrobiologa Dana Němcová Oddělení klinické mikrobiologie PLM IKEM Ostrava 2.2.2018 Jaké pacienty řeší mikrobiolog v IKEM Infekce pacientů s chronickým srdečním selháním Infekční
VíceElektroforéza Sekvenování
Elektroforéza Sekvenování Výsledek PCR Elektroforéza V molekulární biologii se používá k separaci nukleových kyselin a bílkovin Principem je pohyb nabitých molekul v elektrickém poli Gelová, polyakrylamidová
VíceM KR K O R BI B OLO L GA
SEPSE Z POHLEDU MIKROBIOLOGA Milan Kolář Ústav mikrobiologie LF UP a FNOL Sepse patří k nejzávažnějším infekčním onemocněním a nadále představuje velký terapeutický problém. Sepsi lze definovat jako systémovou
VícePřínos metody ELISPOT v diagnostice lymeské boreliózy
Přínos metody ELISPOT v diagnostice lymeské boreliózy A. Ondrejková, I. Špačková, H. Švandová Laboratoř klinické imunologie a alergologie, Laboratoře AGEL a.s., Nový Jičín Lymeská borelióza - LB Epidemiologie:
VíceVÝVOJ REZISTENCE BAKTERIÁLNÍCH PATOGENŮ
LABORATORNÍ LISTY Listopad č.29/2016 2016 Vážené kolegyně a kolegové, v tomto čísle našich Laboratorních listů Vám předkládáme statistiku rezistencí hlavních bakteriálních patogenů. Kmeny jsme testovali
VíceVarovné meze a jejich hlášení. Nahrazuje dokument I-ÚLBLD-1 Varovné meze a jejich hlášení vyd.5, zm.1 ze dne
Všeobecná fakultní nemocnice v Praze Ústav lékařské biochemie a laboratorní diagnostiky U Nemocnice 499/2, 128 08 Praha 2 http://www.vfn.cz http://intranet.vfn.cz Strana 1 z 5 Varovné meze a jejich hlášení
VíceVÍME VŠE O PREVENCI NEMOCNIČNÍ INFEKCÍ SPOJENÝCH S KATETRIZACÍ CENTRÁLNÍ ŽÍLY?
VÍME VŠE O PREVENCI NEMOCNIČNÍ INFEKCÍ SPOJENÝCH S KATETRIZACÍ CENTRÁLNÍ ŽÍLY? Jarmila Kohoutová Oddělení nemocniční hygieny FNOL VI. Markův den, Korunní pevnůstka Olomouc, 12.11.2015 KRITÉRIA CDC laboratorně
VíceMikrobiologická diagnostika v intenzivní medicíně
Mikrobiologická diagnostika v intenzivní medicíně Pavel Dřevínek Ústav lékařské mikrobiologie 2. LF UK FN Motol Požadavky na mikrobiologickou dg. včasná (okamžitá). a servis nejlépe 24/7 Co je (relativně)
VíceOdběry vzorků u pacientů s podezřením na infekci krevního řečiště
Odběry vzorků u pacientů s podezřením na infekci krevního řečiště Eva Krejčí Centrum klinických laboratoří, Zdravotní ústav se sídlem v Ostravě Lékařská fakulta Ostravské univerzity Infekce krevního řečiště
VíceSepse a infekční endokarditida Michal Holub
Sepse a infekční endokarditida Michal Holub Klinika infekčních nemocí 1.LF UK a ÚVN Definice sepse a septického šoku (Sepsis-3) sepse = život ohrožující orgánová dysfunkce způsobená aberantní odpovědí
Více1.Nevycházející zkouška kompatibility 2.Pozitivní screening antierys.protilátek 3.Nevycházející vyšetření krevní skupimy Coombs přímý - pozitivní -
Hlášení výsledků v kritických intervalech Jeli nalezena významně patologická hodnota výsledku vyšetření, bez návaznosti na výsledky předchozích vyšetření konkrétního pacienta, je tento výsledek neprodleně
VícePlán programů zkoušení způsobilosti/externího hodnocení kvality (PT/EHK) na rok 2015
Plán programů zkoušení způsobilosti/externího hodnocení kvality (PT/EHK) na rok 2015 Organizátor: Státní zdravotní ústav, Expertní skupina pro zkoušení způsobilosti internet - http://www.szu.cz/espt Ing.
VíceK čemu slouží záznam provedených výkonů logbook?
K čemu slouží záznam provedených výkonů logbook? Předkládaný Záznam provedených výkonů ve specializačním vzdělávání neboli logbook je součástí vzdělávacího programu a slouží k evidenci průběhu odborné
VíceLABORATOŘ MIKROBIOLOGIE II ROD STREPTOCOCCUS ROD ENTEROCOCCUS
LABORATOŘ MIKROBIOLOGIE II ROD STREPTOCOCCUS ROD ENTEROCOCCUS Petra Lysková STREPTOCOCCUS PYOGENES antigenní struktura a faktory virulence vázané na buňku [1] STREPTOCOCCUS PYOGENES mimobuněčné produkty
VícePlíšková L. Ústav klinické biochemie a diagnostiky LF a FN Hradec Králové
PCR v diagnostice Lymeské boreliózy Plíšková L. Ústav klinické biochemie a diagnostiky LF a FN Hradec Králové obtížná Diagnostika lymeské boreliózy klinický obraz velmi rozmanitý anamnestické údaje (přisátí
VíceNabídka služeb. Mikrobiologie a serologie. RNDr.Zdeněk Čecháček s.r.o. Člen klinických laboratoří IFCOR-99. 4. Spektrum nabízených služeb
Nabídka služeb Mikrobiologie a serologie RNDr.Zdeněk Čecháček s.r.o. Člen klinických laboratoří IFCOR-99 4. pektrum nabízených služeb Bratislavská 2 604 70 Brno Platí od: 1.6.2013 1 DLP1-6/2013 4.3. Mikrobiologická
VícePavel Čermák. Thomayerova nemocnice Praha - Krč. 14.2.2013 výroční zasedání SLM
Pavel Čermák Thomayerova nemocnice Praha - Krč Úkoly na rok 2012 Vytvoření seznamu přístrojů Doplnění podkladů pro kalkulaci Možná úprava některých stávajících výkonů?? Revize pracovních časů u všech výkonů
VíceOdůvodnění veřejné zakázky podle 156 odst. 1 zákona č. 137/2006 Sb., o zadávání veřejných zakázek pro veřejnou zakázku na dodávky
K Čj.: 440/2013/DP/ÚVN Odůvodnění veřejné zakázky podle 156 odst. 1 zákona č. 137/2006 Sb., o zadávání veřejných zakázek pro veřejnou zakázku na dodávky Hmotnostní spektrometr ZADAVATEL: Ústřední vojenská
VíceMikrobiologická diagnostika v intenzivní medicíně
Mikrobiologická diagnostika v intenzivní medicíně Pavel Dřevínek Ústav lékařské mikrobiologie 2. LF UK FN Motol Požadavky na mikrobiologickou dg. včasná (okamžitá). a servis nejlépe 24/7 přesná s intepretací,
VíceÚloha nemocniční epidemiologie v prevenci infekcí v intenzivní péči. MUDr. Eva Míčková
Úloha nemocniční epidemiologie v prevenci infekcí v intenzivní péči MUDr. Eva Míčková Intenzivní péče a infekce spojené se zdravotní péčí Jednotka intenzivní péče (JIP), anglicky intensive care unit (ICU),
VíceŽIVOT OHROŽUJÍCÍ INFEKCE V DĚTSKÉM VĚKU COLOURS OF SEPSIS, AKTUALITY V DĚTSKÉ INTENZIVNÍ PÉČI,
ŽIVOT OHROŽUJÍCÍ INFEKCE V DĚTSKÉM VĚKU COLOURS OF SEPSIS, AKTUALITY V DĚTSKÉ INTENZIVNÍ PÉČI, 7. -10. 2. 2017 Jiří Sagan Klinika infekčního lékařství, FN Ostrava Management péče o dětského pacienta s
VíceInvazivní meningokokové onemocnění u dětí
Zdravotnická záchranná služba Plzeňského kraje Invazivní meningokokové onemocnění u dětí Sviták R. 1,2, BosmanR. 2, Ondra V. 1 1 ZZS Plzeňského kraje 2 ARK FN Plzeň Charakteristika standardu PNP úvodní
VícePrenatální diagnostika kongenitální toxoplasmózy a její úskalí
Prenatální diagnostika kongenitální toxoplasmózy a její úskalí Markéta Geleneky Klinika infekčních, parazitárních a tropických nemocí.lfuk a Nemocnice Na Bulovce Praha Toxoplasmóza v graviditě Původce:
VícePCR diagnostika lymeské borreliózy. Mgr. D. Berenová, J. Hořejší, Ing. A. Lukavská, RNDr. P. Kodym, CSc. Národní referenční laboratoř pro lymeskou borreliózu Centrum epidemiologie a mikrobiologie Státní
VíceMikrobiologické diagnostické metody. MUDr. Pavel Čermák, CSc.
Mikrobiologické diagnostické metody MUDr. Pavel Čermák, CSc. Princip identifikace soubor ZNAKŮ s rozdílnou separační hodnotou S HODNOTA S: S 1 S 2 S 3 Základní problémy Minimum morfologických znaků Podobná
VíceDIAGNOSTIKA INFEKČNÍCH CHOROB KULTIVACE V LABORATORNÍCH PODMÍNKÁCH
STŘEDNÍ ZDRAVOTNICKÁ ŠKOLA A VYŠŠÍ ODBORNÁ ŠKOLA ZDRAVOTNICKÁ ŽĎÁR NAD SÁZAVOU DIAGNOSTIKA INFEKČNÍCH CHOROB KULTIVACE V LABORATORNÍCH PODMÍNKÁCH MGR. IVA COUFALOVÁ DIAGNOSTIKA INFEKČNÍCH CHOROB KULTIVACE
VíceProblematika epidemiologicky závažných bakteriálních kmenů ve FNUSA
Problematika epidemiologicky závažných bakteriálních kmenů ve FNUSA Jaromíra Kratochvílová XXII. mezinárodní konference Nemocniční epidemiologie a hygieny Brno, Hotel Slovan 22. 23.9. září 2015 Epidemiologicky
VíceInfekční endokarditida pravého srdce - endokarditida na trikuspidální chlopni. H. Línková III.interní kardiologická klinika FNKV a 3.
Infekční endokarditida pravého srdce - endokarditida na trikuspidální chlopni H. Línková III.interní kardiologická klinika FNKV a 3. LF UK Praha Infekční endokarditida pravého srdce vrozené vady, stimulační
VíceDekontaminační rohože rozbor složení a jejich použití
Název: S.A.B. Impex s.r.o. Dekontaminační rohože rozbor složení a jejich použití Školitel: Mgr. Petr Jašek 8:00-8:30 Denní rozvrh školení 8:30-10:00 Složení dekontaminačních rohoží vývoj; proč tyhle látky?
VíceMOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ METODY V SURVEILLANCE A ŠETŘENÍ EPIDEMIÍ
Využití molekulárně epidemiologických metod v praxi epidemiologa KHS P. Pazdiora Konference MOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ METODY V SURVEILLANCE A ŠETŘENÍ EPIDEMIÍ Praha, 28.3.2019 Prokázané sekvenační typy legionel
VícePCT kontrolovaná ATB terapie nosokomiální pneumonie ventilovaných nemocných
PCT kontrolovaná ATB terapie nosokomiální pneumonie ventilovaných nemocných Pavel Dostál Klinika anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny Univerzita Karlova v Praze, Lékařská fakulta v Hradci
VíceOndřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.
Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s. Nové technologie přelomové období principy technologií klinická použitelnost chips (arrays) sekvenační technologie Důležitost genetických informací i další
Více