Taxonomie domén Archaea a Bacteria



Podobné dokumenty
Dr. Carl Woese Archaea (16S rrna) Biologie Archea

TAXONOMIE MIKROORGANISMŮ

základní přehled organismů

základní přehled organismů

Doména Archaea. Tato doména nebyla rozpoznána až do konce 70. let minulého století

Reakce mikroorganismů na změny v prostředí

DYNAMIKA BAKTERIÁLNÍHO RŮSTU

TECHNIKA PRO ZPRACOVÁNÍ ODPADŮ (13)

Biologické čištění odpadních vod - anaerobní procesy

BUŇKA ZÁKLADNÍ JEDNOTKA ORGANISMŮ

DYNAMIKA BAKTERIÁLNÍHO RŮSTU

Úvod do mikrobiologie

prokaryotní Znaky prokaryoty

Hydrolytické a acidogenní mikroorganismy

Taxonomie prokaryot - vědecké studium mikroorganismů (systematika)

Biogeochemické cykly biogenních prvků

Průvodce světem. bakterií. Doc.RNDr. Miroslav Němec, CSc. Ústav experimentální biologie oddělení mikrobiologie Přírodovědecká fakulta MU Brno

BUNĚČ ORGANISMŮ KLÍČOVÁ SLOVA:

- pro učitele - na procvičení a upevnění probírané látky - prezentace

Metabolismus, taxonomie a identifikace bakterií. Karel Holada khola@lf1.cuni.cz

Život ve stojatých vodách : mikrobiální smyčka v potravních sítích

Vliv teploty. Mezofilní mik. Termoofilní mik. Psychrofilní mik. 0 C 10 C 20 C 30 C 40 C 50 C 60 C 70 C teplota

Aplikované vědy. Hraniční obory o ţivotě

PROCARYOTA - úvod. Obecná a buněčná biologie pro gymnázium. Procaryota úvod, pracovní list biologie. I. ročník čtyřletého gymnázia

Nejmenší jednotka živého organismu schopná samostatné existence. Výměnu látek Růst Pohyb Rozmnožování Dědičnost

Zubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra. I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P.

Stavba prokaryotické buňky

Buňka. Buňka (cellula) základní stavební a funkční jednotka organismů, schopná samostatné existence. Cytologie nauka o buňkách

Anaerobní fermentace

Biologické čištění odpadních vod - anaerobní procesy

Stavba dřeva. Základy cytologie. přednáška

Metody sterilní práce. Očkování a uchovávání mikroorganismů.

L. acidophilus_(psmm _ TIDE):

PROKARYOTICKÉ MIKROORGANISMY

Schéma rostlinné buňky

Fyziologie buňky. RNDr. Zdeňka Chocholoušková, Ph.D.

Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/

Exprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie DNA RNA proteinu transkripce DNA mrna translace proteosyntéza

Molekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA

2. Z následujících tvrzení, týkajících se prokaryotické buňky, vyberte správné:

Buňky, tkáně, orgány, soustavy

STAFYLOKOKOVÉ ENTEROTOXINY. Zdravotní nezávadnost potravin. Veronika Talianová, FPBT, kruh: 346 Angelina Anufrieva, FPBT, kruh: 336

Fyziologie průmyslových mikroorganismů

Buňka. Kristýna Obhlídalová 7.A

Prokaryota x Eukaryota. Vibrio cholerae

Využití DNA sekvencování v

Metabolismus příručka pro učitele

Zvyšování konkurenceschopnosti studentů oboru botanika a učitelství biologie CZ.1.07/2.2.00/

OBORU MINERÁLNÍ BIOTECHNOLOGIE

Metabolismus. Source:

Buňka buňka je základní stavební a funkční jednotka živých organismů

Obecná biologie - přednášky

STRUKTURA A FUNKCE MIKROBIÁLNÍ BUŇKY

Typy nukleových kyselin. deoxyribonukleová (DNA); ribonukleová (RNA).

G i r y - nositelé nových virových vlastností. Vladislava Růžičková 2017

Projekt realizovaný na SPŠ Nové Město nad Metují

PSMM _ TIDE

Biologické odstraňování nutrientů

BIOLOGIE BUŇKY. Aplikace nanotechnologií v medicíně zimní semestr 2016/2017. Mgr. Jana Rotková, Ph.D.

Digitální učební materiál

Název školy: Střední odborná škola stavební Karlovy Vary Sabinovo náměstí 16, Karlovy Vary Autor: Hana Turoňová Název materiálu:

Úvod do biologie rostlin Buňka ROSTLINNÁ BUŇKA

Hořčík. Příjem, metabolismus, funkce, projevy nedostatku

Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ

Enterotoxiny Staphylococcus aureus. Jana Kotschwarová Andrea Koťová

TŘÍDA: TREBOUXIOPHYCEAE Tato třída začala být uznávána teprve nedávno (původně pod názvem Pleurastrophyceae) a neustále se ukazuje, že do ní spadají

Buňka. Autor: Mgr. Jitka Mašková Datum: Gymnázium, Třeboň, Na Sadech 308

Anotace: Materiál je určen k výuce přírodopisu v 6. ročníku ZŠ. Seznamuje žáky se základní stavbou organismů s nepravým buněčným jádrem bakterií a

STAVBA A METABOLISMUS PROKARYOTNÍ BUŇKY - PRACOVNÍ LIST

Biologické odstraňování nutrientů

MYKOTOXINY. Jarmila Vytřasová. Univerzita Pardubice Fakulta chemicko-technologická Katedra biologických a biochemických věd

Vymezení biochemie moderní vědní obor, který chemickými metodami zkoumá biologické děje (bios = řecky život) spojuje chemii s biologií poznatky velmi

Eva Benešová. Dýchací řetězec

GENETIKA dědičností heredita proměnlivostí variabilitu Dědičnost - heredita podobnými znaky genetickou informací Proměnlivost - variabilita

Molekulárn. rní. biologie Struktura DNA a RNA

Biologie I. Buňka II. Campbell, Reece: Biology 6 th edition Pearson Education, Inc, publishing as Benjamin Cummings

Centrální dogma molekulární biologie

MIKROBIOLOGIE POTRAVIN A MIKROBIOLOGICKÉ LABORATORNÍ METODY. OBECNÁ MIKROBIOLOGIE

Energetický metabolizmus buňky

N 2 + 8[H] + 16 ATP 2NH 3 + H ADP + 16P i

Biologie buňky. systém schopný udržovat se a rozmnožovat

Anotace: Materiál je určen k výuce přírodopisu v 6. ročníku ZŠ. Seznamuje žáky se základní stavbou rostlinné a živočišné buňky.

- molekulární nitrobuň. parazité - nemají metabolický aparát ani aparát na syntézu bílkovin

LNÍ VLASTNOSTI ENÍ ANTIMIKROBIÁLN ČESKÁ REPUBLIKA. CHUMCHALOVÁ J. a PLOCKOVÁ M. Ústav technologie mléka a tuků

Vypracovaly: Martina Hejtmánková Michaela Stapajová

10. Minerální výživa rostlin na extrémních půdách

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

HYDROBOTANIKA. CHLOROPHYTA zelené řasy

Základy buněčné biologie

Základní učební text: Elektronické zpracování Biologie člověka; přednášky Učebnice B. Otová, R. Mihalová Základy biologie a genetiky člověka,

N N N* Cyklus a transformace N. Dvě formy: N 2 a N* Mikrobiální ekologie vody. Cyklus uhlíku a dusíku - rozdíly

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství

VY_32_INOVACE_07_B_17.notebook. July 08, Bakterie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

1.Biologie buňky. 1.1.Chemické složení buňky

HYDROBOTANIKA. CHLOROPHYTA zelené řasy

Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia

Transkript:

Taxonomie domén Archaea a Bacteria Prokaryota mohou, a také to dělají, téměř cokoliv.. Základní charakteristika prokaryot z domén Archaea a Bacteria Prokaryota = organismy složené z jednotlivých buněk nebo shluků buněk - nukleoplasma není oddělena jadernou membránou - při buněčném dělení se nevytváří vřeténko - cytoplasmatická membrána má složitou strukturu; vakuoly jsou vzácné - ribozómy rozptýleny v cytoplasmě, není endoplasmatické retikulum - výživa je vyžadována v molekulární formě - buňky mohou být pohyblivé i nepohyblivé - všudypřítomní obyvatelé rozmanitých prostředí - převážně jednobuněčné, vzácně vláknité, mycelární, koloniální prokaryotní organismy X odlišitelnost od eukaryotních mikroorganismů průkaz absence jaderné membrány

Doména Archaea Doména Archaea = suchozemské a vodní mikroorganismy (anaerobní, hyperslané nebo hydrotermálně či geotermálně vyhřívané prostředí) - extremofilové. - odlišují se od ostatních prokaryot složením fosfolipidů v membráně, které se skládají z dlouhých řetězců alkoholů navázaných éterovou vazbou na glycerol - postrádají v buněčné stěně murein, tvar buněk je rozmanitý Některé znaky mají archaea shodné s doménou Eucarya: - elongační faktor 2 (EF2) obsahuje dvojitou aminokyselinu difthamid - první aminokyselina proteosyntézy není formylována - některé trna geny obsahují introny - RNA polymerázy jsou vícesložkové enzymy - syntéza proteinů je inhibována anisomycinem, ale ne chloramfenikolem Hlavní skupiny archaeí - methanogenní archaea - sírany redukující archaea - extrémně halofilní archaea - archaea postrádající buněčnou stěnu - extrémně termofilní a síru metabolizující archaea G+ mají v buněčné stěně pseudomurein, methanochondroitin a heteropolysacharid G- mají povrchové vrstvy z (glyko) proteinů. Buňky rozmanitého tvaru (kulaté, spirální, miskovité nebo tyčkovité formy) Taxonomicky je doména Archaea členěna do: - kmene Crenarchaeota - kmene Euryarchaeota (tučně jsou uvedeny ty taxonomické jednotky, které jsou dále v textu stručně zmíněny)

Kmen: Crenarchaeota - morfologicky rozmanité - obligátně termofilní - aerobní, fakultativně anaerobní, striktně anaerobní - skládá se z jedné třídy Thermoprotei, která je členěna do čtyř řádů Třída Thermoprotei - tyčkovité, diskovité, kulovité - obligátně anaerobní, fakultativně aerobní, obligátně aerobní - chemolitoautotrofní nebo organotrofní - celosvětově rozšířené: kyselé termální prameny, bahenní sopky a jámy, podmořské termální prostředí - skládá se z řádů: Thermoptoteales, Caldisphaerales, Desulfurococcales, Sulfolobales Řád Thermoproteales - tyčky až vlákna, ztluštělé kulaté výčnělky - hypertermofilní (75 100 C), mírně acidofilní (ph 4,5 7) - aerobní až fakultativně anaerobní - chemolitoautotrofní nebo sirná respirace - stěna z proteinových nebo glykoproteinových podjednotek - široce rozšířené v solfatárních horkých pramenech a podmořských hydrotermálních systémech - řád obsahuje dvě čeledě

Čeleď Thermoproteaceae Doména Archaea, kmen Crenarchaeota, třída Thermoprotei, řád Thermoproteales. - chemolitoautotrofní x organotrofní (sirná respirace) - čtyři rody Rody: Thermoproteus, Caldivirga, Pyrobaculum, Thermocladium, Vulcanisaeta Thermoproteus - tyčky (neměnný tvar), obligátně anaerobní - sirná respirace - teplotní rozmezí 85 90 C, ph 1,7 6,5 - kyselé horké prameny a vodní napajedla Caldivirga - rovné, zakřivené tyčky, kulaté výčnělky - anaerobní, mikroaerofilní - optimum růstu při 85 C, ph 3,7 4,2 - kyselé horké prameny Pyrobaculum - tyčky s pravoúhlými konci, V, X, palisády - jednoduchá nebo dvojitá S-vrstva - hypertermofilní (optimum 100 C) - fakultativně nebo obligátně heterotrofní - izolovány z pevninských solfatár Thermocladium - rovné, zakřivené tyčky, kulaté ztlušťující výčnělky na koncích - heterotrofně termofilní - termální prameny, solfatarické půdy a bahno Čeleď Thermofilaceae Doména Archaea, kmen Crenarchaeota, třída Thermoprotei, řád Thermoproteales. - štíhlé tyčky, obligátně anaerobní - optimum 85 90 C, sirná oxidace Rod: Thermofilum Thermofilum - buňky rozmanité délky, terminální sférické výstupky - termoacidofilní (ph 2,8 6,7; teplota do 100 C) - osídlují solfatárové horké prameny

Řád Desulfurococcales - kokovitý až diskovitý tvar - hypertermofilní (optimum 85 106 C) - růst chemolitoautotrofní nebo organotrofní - S-vrstva - široce rozšířené: podmořské hydrotermální soustavy, solfatarické horké prameny - dvě čeledě Čeleď Desulfurococcaceae Doména Archaea, kmen Crenarchaeota, třída Thermoprotei, řád Desulfurococcales. - optimum růstu mezi 85 95 C - anaerobní nebo aerobní - růst chemolitoautotrofní nebo heterotrofní Rody: Desulfurococcus, Acidilobus, Aeropyrum, Ignicoccus, Staphylothermus, Stetteria, Sulfophobococcus, Thermodiscus, Thermosphaera Desulfurococcus - koky, obligátně anaerobní - pružná buněčná stěna - teplotní optimum 85 90 C - pevninské solfatarické oblasti Aeropyrum - kokovité buňky nepravidelného tvaru, silně pohyblivé - striktně aerobní - hypertermoneutrofilní - mořské prostředí Ignicoccus - nepravidelné koky, bičíky - striktně anaerobní - chemolitoautotrofní růst (produkují H 2 S) - izolovány z horkých sedimentů a z aktivních sopečných vyvřelin

Staphylothermus - nepravidelné koky, striktně anaerobní - heterotrofní růst - hypertermofilní - mořské prostředí Desulfurococcaceae - pokračování Stetteria - koky diskovitého tvaru, pohyblivé - S-vrstva - heterotrofní růst - teplotní rozmezí 68 102 C; ph 1,0 5,8 - sedimenty mělkých podmořských hydrotermálních pramenů Sulfophobococcus - koky, chomáč vláken - heterotrofní anaeroby - odlišná chemotaxonomie - pevninské horké alkalické prameny Thermodiscus - koky diskovitého tvaru, nepohyblivé - striktně anaerobní - optimální teplota je 90 C - heterotrofní růst - horké mořské sedimenty (po sopečné činnosti) Thermosphaera - kokoidní buňky, cytopl. membrána překryta amorfní vrstvou - obligátně anaerobní, hypertermofilní - heterotrofní růst - pevninský horký pramen

Čeleď Pyrodictiaceae Doména Archaea, kmen Crenarchaeota, třída Thermoprotei, řád Desulfurococcales. - buňky kokovité až diskovité - hypertermofilní - rostou chemolitoautotrofně nebo fermentativně Rody: Pyrodictium, Hyperthermus, Pyrolobus Pyrodictium - buňky nepravidelné, variabilní průměr - chemolitotrofní, opt. teplota 97 105 C - obal z proteinových podjednotek - anaerobní sedimenty, hlubinné prostředí Hyperthermus - nepravidelné koky, S-vrstva - obligátně anaerobní, hypertermofilní (72 108 C), heterotrofní - vyžadují NaCl - hydrotermálně zahřáté mořské dno Pyrolobus - pravidelné až laločnaté koky - S-vrstva (proteiny v mřížce) - hypertermofilní (růst v rozmezí 90 113 C), koncentrace NaCl: 1 4% - obligátně chemolitoautotrofní - hydrotermální systémy v podmořských oblastech

Řád Sulfolobales - kokoidní, laločnaté - extrémně termoacidofilní, chemolitoautotrofní využívání síry - aerobní, fakultativně anaerobní, obligátně anaerobní Čeleď Sulfolobaceae Doména Archaea, kmen Crenarchaeota, třída Thermoprotei, řád Sulfolobales. Charakteristika čeledě viz popis řádu. Rody: Sulfolobus, Acidianus, Metallosphaera, Stygiolobus, Sulfurisphaera, Sulfurococcus Sulfolobus - buňky kokovité, vysoce nepravidelné, obligátně aerobní, fakultativně chemolitoautotrofní (oxidace sirných rud, síry, tetrathionátu) - rozmezí 65 85 C, ph 1 až 5,5; stěna z glykoproteinových podjednotek - kyselá kontinentální solfatarová pole, horké úložky na venkovních haldách Acidianus - buňky kokoidní, velice nepravidelné, termoacidofilní - stěna z proteinových podjednotek, fakultativně anaerobní - S 0 ----- H 2 SO 4 x S 0 ------ H 2 S - kyselá solfatarová zřídla a bahení sopky, geotermální mořské prostředí Metallosphaera - pravidelné až nepravidelné koky, pohyblivé, aerobní - fakultativně chemolitoautotrofní, růstová teplota okolo 75 C, ph 1 až 4,5 - buněčný obal z proteinových podjednotek - kyselá solfatarová zřídla a bahení sopky, horké úložky na haldách Stygiolobus - pravidelné až nepravidelné koky, pohyblivé, anaerobní - chemolitoautotrofní, teplota okolo 80 C, ph 1 až 5,5 - obal z proteinových jednotek - horká kyselá solfatární zřídla, bláto a půda Sulfurisphaera - nepravidelné koky, fakultativně anaerobní - složkou lipidu je caldarchaeol, růst při 63 92 C, ph 1 až 5 - vyskytují se v kyselých solfatarách Sulfurococcus - kokoidní nepravidelné buňky, S-vrstva (není murein) - fakultativně litotrofní, termoacidofilní (40 85 C, ph 1 až 5,8) - kyselé pevninské geotermální prameny, sopečný kráter

Kmen se skládá z osmi tříd: Methanobacteria Methanococci Methanomicrobia Halobacteria Thermoplasmata Thermococci Archaeoglobi Methanopyri - morfologicky rozmanité - grampozitivní i gramnegativní - pět hlavních fyziologických skupin Kmen Euryarchaeota Metanogenní archaea - fylogenetická diverzita - DNA reasociace, podobnost sekvencování 16S rrna, fenotyp - 4 třídy s 5 řády metanogenních archaeí Třída Methanobacteria - pseudomurein v buněčném obalu - lipidy složeny z kaldarchaeolu a myo-inositolu - CO 2 je hlavní substrát pro metanogenezi Řád Methanobacteriales - buňky variabilního tvaru, grampozitivní - pseudomurein je převládajícím polymerem - striktně anaerobní (oxidace H 2, akceptorem elektronů je CO 2 ) - vysoce specializovaná fyziologická skupina - široce rozšířené v anaerobním prostředí - dvě čeledě

Čeleď Methanobacteriaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanobacteria, řád Methanobacteriales. - charakteristika shodná s řádem; oxidují vodík, mravenčan nebo CO - akceptorem elektronů je CO 2, redukují metanol, síru; nerostou nad 70 C Rody: Methanobacterium, Methanobrevibacter, Methanosphaera, Methanothermobacter Methanobacterium - rovné, zakřivené, zkroucené, krátké i vlákna, grampozitivní - striktně anaerobní, redukce CO 2 na CH 4 - metanogenní prostředí Methanobrevibacter - koky, krátké tyčky, grampozitivní, pseudomurein - striktně anaerobní, redukce CO 2 na CH 4 - vyžadují vitamíny skupiny B - gastrointestinální trakt člověka i zvířat, ústní dutina člověka, odpadní vody, rozkládající se rostlinný materiál, půda (rýžová pole) Methanosphaera - buňky kulaté, grampozitivní - strtiktně anaerobní, pseudomurein - chemoorganotrofní - střevní trakt a feces člověka i zvířat Methanothermobacter - zakřivené, zkroucené štíhlé tyčky, grampozitivní (pseudomurein) - striktně anaerobní, redukce CO 2 na CH 4 - fylogeneticky jednotný rod - anaerobní reaktory čistíren odpadních vod, říční sedimenty Čeleď Methanothermaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanobacteria, řád Methanobacteriales. - tyčky, pseudomurein i S-vrstva - striktně anaerobní, chemolitotrofní, nerostou pod 60 C - horké anaerobní prostředí solfatarových polí Rod: Methanothermus Methanothermus - rovné až zakřivené tyčky, obal ze dvou vrstev - striktně anaerobní, teplota 80 88 C, chemolitotrofní - izolovány ze solfatarových polí

Třída Methanococci - pleomorfní (kokovitý) tvar buněk - buněčná stěna z proteinů (ne peptidoglykan ani pseudomurein) - striktně anaerobní, energii získávají při tvorbě CH 4 - osídlují široké rozmezí bezkyslíkatých prostředí - jeden řád (dva řády třída Methanomicrobia) Řád Methanococcales - charakteristika viz třída; kokovité,mořské prostředí; dvě čeledě Čeleď Methanococcaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanococci, řád Methanococcales. - nepravidelné koky, stěna z proteinů, pohyblivé - mezofilní i termofilní - donorem elektronů je H 2 a mravenčan; akceptorem je CO 2 Rody: Methanococcus, Methanothermococcus Methanococcus - koky po dvou, mezofilní, obligátně anaerobní - obligátně metanogenní - slaniska, mořské sedimenty, sedimenty ústí řek Methanothermococcus - pravidelné i nepravidelné, pohyblivé - obligátně anaerobní, termofilní, obligátně metanogenní - písečné geotermální mořské sedimenty, voda na ropných polích Čeleď Methanocaldococcaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanococci, řád Methanococcales. - charakteristika viz třída; hypertermofilní Rody: Methanocaldococcus, Methanotorris Methanocaldococcus - pravidelné i nepravidelné koky, pohyblivé - obligátně anaerobní, hypertermofilní, obligátně metanogenní - hlubokomořské hydrotermální průduchy, sedimenty Methanotorris - pravidelné až neporavidelné koky, nepohyblivé - hypertermofilní, obligátně metanogenní - hlubokomořské i mělké hydrotermální systémy

Třída Methanomicrobia - původně v třídě Methanococci; methanogenní archaea (2 řády a 5 čeledí) Řád Methanomicrobiales - kokovité, tyčkovité, šroubovice; proteinová buněčná stěna (pochva) - striktně anaerobní, energii získávají při tvorbě metanu - široké rozmezí bezkyslíkatých prostředí - tři čeledě Čeleď Methanomicrobiaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanomicrobia, řád Methanomicrobiales. - charakteristika viz řád; většinou mořské druhy Rody: Methanomicrobium, Methanoculleus, Methanofollis, Methanogenium, Methanolacinia, Methanoplanus Methanomicrobium - rovné až mírně zakřivené tyčky, pohyblivé i nepohyblivé - striktně anaerobní, pomalu rostoucí - CO 2, H 2 a mravenčan metanogeneze; bachor krav Methanoculleus - nepravidelné, kokovité, S-vrstva, termofilní i mezofilní - striktně anaerobní, chemolitotrofní, H 2 /CO 2 CH 4 - anaerobní bioreaktory, sedimenty Methanofollis - nepravidelné koky, S-vrstva - obligátně anaerobní, chemolitotrofní, H 2 /CO 2 CH 4 - anaerobní bioreaktory, solfatarová pole Methanogenium - nepravidelné koky, nepohyblivé - striktně anaerobní, chemolitotrofní, H 2 /CO 2 CH 4 - psychrofilní, mezofilní, termofilní; anaerobní sedimenty Methanolacinia - malé, nepravidelné tyčky, nepohyblivé, S-vrstva - striktně anaerobní, mezofilní, H 2 /CO 2 CH 4 - mořské sedimenty v mangrovech Methanoplanus - buňky hranaté, tvar krystalů, disků - striktně anaerobní, chemolitotrofní, metanogenní - anaerobní prostředí bažin, ropné vrty

Čeleď Methanocorpusculaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanomicrobia, řád Methanomicrobiales. - charakteristika shodná s rodem Rod: Methanocorpusculum Methanocorpusculum - nepravidelné koky, nepohyblivé i pohyblivé - striktně anaerobní, CO 2 redukují na CH 4 - anaerobní bioreaktory, jezerní sedimenty Čeleď Methanospirillaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanomicrobia, řád Methanomicrobiales. - charakteristika shodná s rodem Rod: Methanospirillum Methanospirillum - zakřivené tyčky, vlákna, pohyblivé - striktně anaerobní, CO 2 redukují na CH 4 - obal buňky je dvouvrstevný - odpadní vody, bioreaktory, mořské sedimenty Nezařazený rod řádu Methanomicrobiales: Methanocalculus - nepravidelné koky, peritrichální - striktně anaerobní, CO 2 redukují na CH 4 - ropný vrt

Řád Methanosarcinales - buňky kokovité, v balíčcích, pochvaté tyčky; stěna z proteinů - striktně anaerobní, energii získávají za tvorby metanu - bezkyslíkaté prostředí - dvě čeledě Čeleď Methanosarcinaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanomicrobia, řád Methanosarcinales. - charakteristika viz řád Rody: Methanosarcina, Methanococcoides, Methanohalobium, Methanohalophilus, Methanolobus, Methanomethylovorans, Methanimicrococcus, Methanosalsum Methanosarcina - buňky nepravidelné, sférické, gramvariabilní - striktně anaerobní, mezofilní i termofilní - energii získávají za tvorby metanu - sladkovodní i mořské prostředí, bioreaktory, bachor krav a ovcí Methanococcoides - nepravidelné koky, pohyblivé - striktně anaerobní, mírně halofilní, energii získávají za tvorby metanu - bezkyslíkaté mořské prostředí Methanohalobium - buňky ploché, nepravidelné, nepohyblivé - striktně anaerobní, extrémně halofilní, mírně termofilní, metylotrofní - sedimenty v solných lagunách Methanohalophilus - nepravidelné koky, nepohyblivé - metylované substráty tvorba metanu - striktně anaerobní, mírně halofilní - sedimenty solných jezer a odpařovacích nádrží Methanolobus - nepravidelné koky, S-vrstva - striktně anaerobní, metanogeneze - anaerobní mořské sedimenty Methanosalsum - nepravidelné hranaté koky, S-vrstva, pohyblivé - striktně anaerobní, metanogeneze - alkalické jezerní sedimenty

Čeleď Methanosaetaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanomicrobia, řád Methanosarcinales. - pochvaté tyčky - acetát metan a CO 2 Rod: Methanosaeta Methanosaeta - tyčky, pochva, termofilní i mezofilní - metanogeneze - odpadní vody, bioreaktory, horká zřídla, termální jezera Třída Methanopyri - tyčky, G+ struktura (pseudomurein) - H 2 /CO 2 je přeměňován na metan - hypertermofilní - jeden řád s jednou čeledí Řád Methanopyrales - charakteristika viz třída Čeleď Methanopyraceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Methanopyri, řád Methanopyrales. - charakteristika viz třída Rod: Methanopyrus Methanopyrus - tyčky, S-vrstva - obligátně anaerobní, hypertermofilní - chemolitoautotrofní - hydrotermální sedimenty a horké hluboké průduchy

Třída Halobacteria - tyčky i koky, pleomorfní, halocysty, nepohyblivé nebo pohyblivé - vyžadují NaCl k růstu (3,5 4,5 M NaCl) - kolonie pigmentované, chemoorganotrofní - solná jezera, sodná jezera, solivary, sůl, solné doly, nasolené kůže a ryby - chemotaxonomie odlišuje Halobacteria od jiných halofilních prokaryot Řád Halobacteriales - charakteristika viz třída Čeleď Halobacteriaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Halobacteria, řád Halobacteriales. - charakteristika viz třída,?!?!?! předpona rodového jména Halo- Rody: Halobacterium, Halalkalicoccus, Haloarcula, Halobaculum, Halobiforma, Halococcus, Haloferax, Halogeometricum, Halomicrobium, Halorhabdus, Halorubrum, Halosimplex, Haloterrigena, Natrialba, Natrinema, Natronobacterium, Natronococcus, Natronolimnobius, Natronomonas, Natronorubrum Halobacterium - buňky tyčkovité, pleomorfní, gramnegativní - striktně aerobní, extrémně halofilní, chemoorganotrofní - solná jezera, slunešní solivary, solná ložiska, solené fermentované produkty (kažení bílkovinných produktů) Haloarcula - pleomorfní tyčky, gramnegativní, aerobní nebo fakultativně anaerobní - extrémně halofilní, chemoorganotrofní - pigmentující - slaná jezera, solivary, slané tůně Halobaculum - tyčky rozmanité délky, gramnegativní - extrémně halofilní, chemoorganotrofní, aerobní - oranžovo-červené - taxonomie: charakterizace polárních lipidů a 16S rrna sekvencování - prostředí Mrtvého moře Halococcus - gramnegativní koky, striktně aerobní - extrémně halofilní, chemoorganotrofní - slaná jezera, solivary, mořská voda, kazící se nasolené ryby a kůže

Čeleď Halobacteriaceae - pokračování Haloferax - pleomorfní buňky, striktně aerobní, kolonie - mukózní vzhled - extrémně halofilní, vyžaduje Mg 2+, chemoorganotrofní - mikrobiální populace Mrtvého moře, solivary Halogeometricum - gramnegativní pleomorfní tyčky, extrémně halofilní, chemoorganotrofní - sluneční solivary Halorubrum - pleomorfní tyčky, gramnegativní, chemoorganotrofní, neutrofilní - solivary, solné doly, solná jezera, slaná půda Haloterrigena - gramnegativní tyčky, nepohyblivé; aerobní, extrémně halofilní - kolonie pigmentované, chemoorganotrofní; slaná půda, solivary Natrialba - gramnegativní tyčky, pohyblivé, striktně aerobní - pigmentované, neutrofilní i alkalifilní Natrinema - pleomorfní tyčky, gramnegativní, striktně aerobní - chemoorganotrofní, kolonie pigmentované, extrémně halofilní - kazící se nasolené ryby, solná jezera, solivary Natronobacterium - tyčky, zkracují se, gramnegativní, aerobní, alkalifilní, halofilní - sluneční solivar Natronococcus - gramvariabilní koky, nepohyblivé, aerobní, alkalifilní, halofilní - alkalické a vysoce slané jezero Magadi Natronomonas - krátké tyčky, gramnegativní, pohyblivé, pigmentované - chemoorganotrofní, striktně aerobní, halofilní, alkalifilní - alkalické a vysoce slané jezero Magadi Natronorubrum - pleomorfní tyčky, gramnegativní, nepohyblivé - extrémně halofilní a alkalifilní, aerobní, chemoorganotrofní - sedimenty hyperslaného alkalického jezera

Třída Thermoplasmata - postrádají buněčnou stěnu - extrémně acidofilní a termofilní Řád Thermoplasmatales - charakteristika viz třída Čeleď Thermoplasmataceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Thermoplasmata, řád Thermoplasmatales. - pleomorfní, postrádají buněčnou stěnu - obligátně heterotrofní - samozápalné uhelné haldy, pevninské solfatary Rod: Thermoplasma Thermoplasma - buňky pleomorfní, obklopeny trojvrstevnou membránou - fakultativně anaerobní, S se redukuje na H 2 S - obligátně termoacidofilní, obligátně heterotrofní - uhelné haldy (samovznícení), kyselá solfatarová pole Čeleď Picrophilaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Thermoplasmata, řád Thermoplasmatales. - nepravidelné koky, aerobní heterotrofní - extrémně termoacidofilní - mají buněčnou stěnu Rod: Picrophilus Picrophilus - termofilní, hyperacidofilní, obligátně aerobní - jemná tetragonální vnější S-vrstva - NaCl inhibuje růst - horké solfatarové půdy a zřídla

Třída Thermococci - hypertermofilní, heterotrofní - mořské průduchy, pevninské termální prameny Řád Thermococcales - buňky sférické, pleomorfní - striktně anaerobní, rozmanité zdroje uhlíku, tvoří H 2 S (merkaptany) - hydrotermální prostředí Čeleď Thermococcaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Thermococci, řád Thermococcales. - charakteristika viz řád Rody: Thermococcus, Palaeococcus, Pyrococcus Thermococcus - pravidelné až nepravidelné koky, nepohyblivé i pohyblivé - striktně anaerobní, extrémně termofilní - obligátně heterotrofní, vyžadují NaCl - pobřežní a podmořské solfatary, hydrotermální průduchy, pevninské termální prameny Pyrococcus - nepravidelné koky, monopolárně peritrichální - striktně anaerobní, heterotrofní růst, teplotní rozmezí 67 103 C - vyžadují NaCl - hydrotermální průduchy, sedimenty solfatar, horké vývěry v aktivních sopečných komínech

Třída Archaeoglobi - pravidelné i nepravidelné koky - striktně anaerobní, hypertermofilní, neutrofilní Řád Archaeoglobales - charakteristika viz třída Čeleď Archaeoglobaceae Doména Archaea, kmen Euryarchaeota, třída Archaeoglobi, řád Archaeoglobales. - charakteristika viz třída Rody: Archaeoglobus, Ferroglobus, Geoglobus Archaeoglobus - kokovité buňky, pravidelné i nepravidelné - striktně anaerobní, termofilní - chemolitotrofní i chemoorganotrofní růst, tvorba H 2 S - stěna složena z S-vrstvy - mořské sedimenty, hydretermální systémy, krátery podmořských vulkánů, pod povrchem permafrostu Ferroglobus - buňky nepravidelné, kokovité - striktně anaerobní, termofilní, fakultativně chemolitoautotrofní - stěna složena z S-vrstvy - mělké mořské hydrotermální systémy