L. acidophilus_(psmm _ TIDE):
|
|
|
- Petr Beránek
- před 4 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 L. acidophilus_(psmm _ TIDE): Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, Brno Projekt FI-IM5/205
2 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie -taxonomie založená na kombinaci údajů získaných rozmanitými technikami -obsahuje dostupné genotypové, fenotypové a fylogenetické informace - použití jen jedné metody je nedostatečné a je vyžadován mnohostranný přístup tzv. polyphasic approach Fylogenetická klasifikace v fenotypové vlastnosti doplněné o výsledky metod molekulární biologie a o chemotaxonomické údaje vpopis mnoha nových taxonů X co identifikovat? v identifikace taxonu X mobilní genetické elementy (bakteriofágy, ostrovy patogenity, chromozomové kazety, plazmidy), exoproteiny - genetický polymorfismus
3 problematika taxonomie DNA Celková DNA: % obsah G+C restriční profil (RFLP, PFGE) velikost genomu DNA reasociace Úseky DNA: PCR metody (rep-pcr, RAPD, AFLP) ribotypizace DNA sondy DNA sekvencování RNA RNA sekvencování analýza nízkomolekulárních RNA Polyfázová taxonomie, fylogenetická příbuznost plazmidová DNA Chemotaxonomické znaky mastné kyseliny (FAME) mykolové kyseliny polární lipidy chinony Proteiny elektroforetický profil celobuněčných peoteinů enzymový profil (MLEE) Fenotyp morfologie biochemie a fyziologie (API, Biolog) sérologie
4 Lactobacillus acidophilus komplex Lactobacillus =130 taxonů probiotická mikroflóra;?patogenita? L. acidophilus ústa, trávicí trakt, vagina L. acidophilus sensu stricto L. acidophilus sensu lato (obligátně homofermentativní) v velice rozsáhlá skupina bakterií: L. acidophilus sensu stricto, L. crispatus, L. amylovorus, L. gallinarum, L. gasseri, L. johnsonii (Fujisava et al., 1992); L. jensenii (Gasser et al., 1970) v fylogeneticky příbuzné x fenotypově podobné v L. acidophilus sensu lato - vaginální sliznice?!
5 Lactobacillus acidophilus komplex v externí zadavatel studie; v CCM pouze izolace a typizace v cílená izolace L. acidophilus ze stěrů z cervixu v 34 zdravých žen = 100< izolátů G+ tyček (MRS, CO 2 /anaerobně, 36,5 C) v presumptivní identifikace založena na: rep-pcr (GTG 5 ) spolehlivá identifikace LAB
6 Lactobacillus acidophilus komplex: rep-pcr Shluk I in house databáze > 1600 LAB Shluk II Neprůkazné pro L. acidophilus komplex Shluk IIIa
7 Lactobacillus acidophilus komplex v externí zadavatel studie; v CCM pouze izolace a typizace v cílená izolace L. acidophilus ze stěrů z cervixu v 34 zdravých žen = 100< izolátů G+ tyček (MRS, CO 2 /anaerobně, 36,5 C) v presumptivní identifikace založena na: rep-pcr (GTG 5 ) 24 izolátů L. acidophilus sensulato (20 žen) biotypizace (API 50CH, apiweb; konvenčně) ribotypizace (RiboPrinter) MALDI-TOF MS
8 Lactobacillus acidophilus komplex: biotypizace API Kmen API 50CH ID Fenotypizace RiboPrinter MALDI-TOF MS Finální ID 01A L. acidophilus komplex 03A L. acidophilus 04A L. acidophilus komplex 06A L. acidophilus komplex 10A L. acidophilus 10E/1 L. brevis 11A L. crispatus výborná, dobrá ID: 10 11B L. acidophilus komplex nejistá, nepřijatelná ID: 14 14C/2 L. crispatus 15B L. crispatus 17A L. crispatus 18C L. acidophilus komplex 19A L. acidophilus 19C L. acidophilus 21A L. acidophilus komplex? růst při 45 C? 22A L. acidophilus variabilní bioprofil 28A L. acidophilus komplex 29B L. acidophilus 30B L. acidophilus 30C Lactobacillus sp. 32A L. acidophilus 33A L. acidophilus komplex 34A L. acidophilus 35A L. acidophilus
9 Lactobacillus acidophilus komplex: rozšířená biotypizace Kmen API 50CH ID Fenotypizace RiboPrinter MALDI-TOF MS Finální ID 01A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex 03A L. acidophilus L. gasseri 04A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex 06A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex 10A L. acidophilus L. acidophilus 10E/1 L. brevis Lactobacillus sp. 11A L. crispatus L. gasseri 11B L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex 14C/2 L. crispatus L. gasseri 15B L. crispatus L. gasseri 17A L. crispatus L. acidophilus komplex 18C L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex 19A L. acidophilus L. acidophilus komplex 19C L. acidophilus L. gasseri 21A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex 22A L. acidophilus L. gasseri 28A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex 29B L. acidophilus L. acidophilus komplex 30B L. acidophilus L. acidophilus komplex 30C Lactobacillus sp. Lactobacillus sp. 32A L. acidophilus L. acidophilus komplex 33A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex 34A L. acidophilus L. gasseri 35A L. acidophilus L. acidophilus komplex 4% NaCl
10 Lactobacillus acidophilus komplex: dendrogram biotypizace 01A 06A 28A 04A 18C 32A 11B 21A 29B 35A 19A 10A 30B 17A 33A 03A 22A 14C/2 15B 11A 19C 34A 30C 10E/1 0% 10% 20% 30% Linkage Distance
11 Lactobacillus acidophilus komplex: RiboPrinter profil 1. (a) phes sekvencování profil 2.a L. gasseri profil 2.b
12 Lactobacillus acidophilus komplex: RiboPrinter Kmen API 50CH ID Fenotypizace RiboPrinter MALDI-TOF MS Finální ID 01A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI 03A L. acidophilus L. gasseri L. gasseri 04A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI 06A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI 10A L. acidophilus L. acidophilus NI 10E/1 L. brevis Lactobacillus sp. NI 11A L. crispatus L. gasseri NI 11B L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI 14C/2 L. crispatus L. gasseri NI 15B L. crispatus L. gasseri NI 17A L. crispatus L. acidophilus komplex NI 18C L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI 19A L. acidophilus L. acidophilus komplex NI 19C L. acidophilus L. gasseri NI 21A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI 22A L. acidophilus L. gasseri NI 28A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI 29B L. acidophilus L. acidophilus komplex NI 30B L. acidophilus L. acidophilus komplex NI 30C Lactobacillus sp. Lactobacillus sp. NI 32A L. acidophilus L. acidophilus komplex NI 33A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI 34A L. acidophilus L. gasseri NI 35A L. acidophilus L. acidophilus komplex NI
13 Lactobacillus acidophilus komplex v externí zadavatel studie; v CCM pouze izolace a typizace v cílená izolace L. acidophilus ze stěrů z cervixu v 34 zdravých žen = 100< izolátů G+ tyček (MRS, CO 2 /anaerobně, 36,5 C) v presumptivní identifikace založena na: rep-pcr (GTG 5 ) 24 izolátů L. acidophilus sensu lato (20 žen) biotypizace (API 50CH, apiweb; konvenčně) ribotypizace (RiboPrinter) MALDI-TOF MS 7 izolátů L. acidophilus sensu lato sekvencování phes genu
14 Lactobacillus acidophilus komplex: ribotypizace (a) phes sekvencování
15 Lactobacillus acidophilus komplex: MALDI-TOF MS K`bsna`bhkktr K`bsna`bhkktr A 07B 00A /5@ 18A 10@ 2/ A /3@ 17@ 06@ 08@ /0@ K`bsna`bhkktr 23@ 03B^1 04A 11@ 11@ 11@ 08B 00@ K`bsna`bhkktr /2@ 2/ B K`bsna`bhkktr 0/ D^0 0/ // 8/ / 7/ / 6/ / 5/ / 4/ / Chrs`mbd 3/ / 2/ / 1/ / 0/ / /
16 Lactobacillus mucosae: MALDI-TOF MS x104 Intens. [a.u.] isolate 10E/ x104 Intens. [a.u.] L. mucosae CCDM 690 T m/z Fig. 2: Comparison between MALDI-TOF mass spectra of isolate 10E/1 identified as L. mucosae and the corresponding reference strain L. mucosae CCDM 690 T.
17 Lactobacillus acidophilus komplex: MALDI-TOF MS Kmen API 50CH ID Fenotypizace RiboPrinter MALDI-TOF MS Finální ID 01A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) 03A L. acidophilus L. gasseri L. gasseri L. gasseri 04A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus 06A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus 10A L. acidophilus L. acidophilus NI L. crispatus 10E/1 L. brevis Lactobacillus sp. NI L. mucosae 11A L. crispatus L. gasseri NI L. jensenii 11B L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus 14C/2 L. crispatus L. gasseri NI L. jensenii 15B L. crispatus L. gasseri NI L. jensenii 17A L. crispatus L. acidophilus komplex NI L. crispatus 18C L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) 19A L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus 19C L. acidophilus L. gasseri NI L. jensenii 21A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) 22A L. acidophilus L. gasseri NI L. jensenii 28A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus 29B L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) 30B L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) 30C Lactobacillus sp. Lactobacillus sp. NI L. frumenti 32A L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) 33A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) 34A L. acidophilus L. gasseri NI L. jensenii 35A L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) (a) profil podobný L. ultunensis
18 Lactobacillus acidophilus komplex: finální identifikace Kmen API 50CH ID Fenotypizace RiboPrinter MALDI-TOF MS Finální ID 01A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) L. crispatus 03A L. acidophilus L. gasseri L. gasseri L. gasseri L. gasseri 04A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus L. crispatus (b) 06A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus L. crispatus 10A L. acidophilus L. acidophilus NI L. crispatus L. crispatus 10E/1 L. brevis Lactobacillus sp. NI L. mucosae L. mucosae 11A L. crispatus L. gasseri NI L. jensenii L. jensenii (b) 11B L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus L. crispatus 14C/2 L. crispatus L. gasseri NI L. jensenii L. jensenii 15B L. crispatus L. gasseri NI L. jensenii L. jensenii 17A L. crispatus L. acidophilus komplex NI L. crispatus L. crispatus (b) 18C L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) L. crispatus (b) 19A L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus L. crispatus 19C L. acidophilus L. gasseri NI L. jensenii L. jensenii 21A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) L. crispatus (b) 22A L. acidophilus L. gasseri NI L. jensenii L. jensenii (b) 28A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus L. crispatus 29B L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) L. crispatus 30B L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) L. crispatus 30C Lactobacillus sp. Lactobacillus sp. NI L. frumenti L. vaginalis (b) 32A L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) L. crispatus 33A L. acidophilus komplex L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) L. crispatus 34A L. acidophilus L. gasseri NI L. jensenii L. jensenii 35A L. acidophilus L. acidophilus komplex NI L. crispatus (a) L. crispatus (a) profil podobný L. ultunensis (b) sekvencování phes Finální ID = fenotypizace + shluková analýza ribotypizace + MALDI-TOF MS
19 Lactobacillus acidophilus komplex 24 studovaných izolátů z cervixu: L. crispatus (63%) L. jensenii (25%) L. gasseri, L. mucosae, L. vaginalis L. acidophilus sensu stricto MALDI-TOF MS ribotypizace biotypizace?databáze?
20 Děkuji za pozornost
L. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06
_(PSMM _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie - taxonomie
PSMM _ TIDE
PSMM _ TIDE 2010-02-19 Ivo Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno mikrobiální biosféra není statická dorozumívací jazyk Prokaryota mohou, a také to dělají,
Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia
Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia D. Nováková, A. Vávrová, P. Švec a I. Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Charakterizace aeromonád G-, pohyblivé tyčky, kokotyčky, čeleď Aeromonadaceae
Zubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra. I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P.
Zubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra projekt 1M0021622409 I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P. Švec Bakteriální mikroflóra zubů průkaz druhové diverzity
Využití DNA sekvencování v
Využití DNA sekvencování v taxonomii prokaryot Mgr. Pavla Holochová, doc. RNDr. Ivo Sedláček, CSc. Česká sbírka mikroorganismů Ústav experimentální biologie Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita,
Polyfázová identifikace enterokoků z prostředí
Polyfázová identifikace enterokoků z prostředí Ivo Sedláček, Pavel Švec, Marcel Kosina a Pavla Holochová Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Erba Lachema, Mikulov,
Typizace komplexu Aeromonas caviae
Typizace komplexu Aeromonas caviae Ivo Sedláček *, Dana Nováková, Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno VZ: MSM 0021622416 * ivo@sci.muni.cz Aeromonády
Identifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph
Identifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph Ivo Sedláček 1, Petr Petráš 2, Eva Plíšková 3, Tereza Škapová 4, Jana Jančová 4, Petr Ježek 5 1 Česká sbírka mikroorganismů,
Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE
16.9.2009 Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE Josef Scharfen NRL pro patogenní aktinomycety Oddělení lékařské mikrobiologie a imunologie Oblastní nemocnice Trutnov, a.s. SEMINÁŘ SLM PSMM
izolovaných z hemokultur
Identifikace mléčných bakterií izolovaných z hemokultur P. Švec 1, A. Ševčíková 2, M. Vancanneyt 3, I. Sedláček 1 1 Česká sbírka mikroorganismů, PřF MU, Brno 2 Fakultní nemocnice Brno 3 BCCM/LMG Bacteria
IDENTIFIKACE A TYPIZACE STAFYLOKOKŮ METODOU (GTG) 5 -PCR
IDENTIFIKACE A TYPIZACE STAFYLOKOKŮ METODOU (GTG) 5 -PCR Nováková Dana Česká sbírka mikroorganismů, Masarykova universita, Brno ÚVODEM O REP-PCR PCR = mnohonásobné zmnožení úseků obsahujících fragment
Taxonomie prokaryot - vědecké studium mikroorganismů (systematika)
Taxonomie prokaryot - vědecké studium mikroorganismů (systematika) - charakterizovat tyto mikroorganismy - zařadit je určitým způsobem do taxonomických jednotek, tzv. taxonů Taxonomie - teoretické studium
Současná taxonomie některých klinicky významných G- nefermentujících tyček. I. Sedláček, CCM PřF MU
Současná taxonomie některých klinicky významných G- nefermentujících tyček I. Sedláček, CCM PřF MU Taxonomie prokaryot mikrobiální biosféra není statická dorozumívací jazyk Prokaryota mohou, Prokaryota
Využití rep-pcr v bakteriální taxonomii
Využití rep-pcr v bakteriální taxonomii Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU rep-pcr založeny na shlukové analýze PCR produktů získaných s primery komplementárními k rozptýleným
Výskyt a typizace mléčných bakterií v baleném mase
Výskyt a typizace mléčných bakterií v baleném mase 1 Štegnerová, H., 2 Nápravníková, E., 2 Steinhauserová, I., 1 Švec, P. 1 MU PřF, Česká sbírka mikroorganismů (CCM) 2 VFU, FVHE, Ústav hygieny a technologie
Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin
Mendelova genetika v příkladech Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin Ing. Petra VESELÁ Ústav lesnické botaniky, dendrologie a geobiocenologie LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován
Ivo Sedláček Brno
Ivo Sedláček 11. 12. 2008 Brno Mikroorganizmy - rezervoár mikrobiálních genetických zdrojů - všudypřítomné ve většině prostředí -zajištění stability a funkce přírodních ekosystémů - producenti látek -farmaceutický,
Diagnostika moru včelího plodu a epizootologická situace v ČR
Diagnostika moru včelího plodu a epizootologická situace v ČR Zpracoval: MVDr. Jaroslav Bzdil, Ph.D., SVÚ Olomouc, Jakoubka ze Stříbra 1, 779 00 Olomouc Tel.: 585557223, e.mail: vetmed@seznam.cz Původce
Možnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů. Anna Kubesová
Možnosti využití elektromigračních technik při studiu vlastností mikroorganismů Anna Kubesová Osnova Candida Kapilární elektromigrační techniky Výsledky Závěr Planární elektromigrační techniky Výsledky
Pracoviště (1) Oddělení mikrobiologie, Přírodovědecká fakulta Masarykovy, Brno, Česká republika (2)Oddělení funkční genomiky a proteomiky, Přírodověde
MALDI-TOF MS typizace γ-proteobakterií Matrix-assisted assisted laser desorption/ionization time of flight MS (Karas a Hillenkamp, 1987) Andrea Vávrová, 4roč. Oddělení mikrobiologie MU Vedoucí DP: RNDr.
Metody molekulární biologie
Metody molekulární biologie 1. Základní metody molekulární biologie A. Izolace nukleových kyselin Metody využívající různé rozpustnosti Metody adsorpční Izolace RNA B. Centrifugační techniky o Princip
1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně
Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ Mezinárodní organizace sbírek kultur mikroorganizmů VÚRV Ruzyně, 29. 11. 2017 Ivo Sedláček, Monika
OBORU MINERÁLNÍ BIOTECHNOLOGIE
Státní závěrečné zkoušky OBORU MINERÁLNÍ BIOTECHNOLOGIE akademický rok 2016/2017 magisterské studium Moderní metody biotechnologie 1. Základy cytogenetiky stavba a funkce chromozómů, organizace chromozómů
Seminář potravinářské mikrobiologie
Seminář potravinářské mikrobiologie Třešť 16.5.-18.5.2011 program Novinky v potravinářské mikrobiologii (i formou přehledových referátů) Kulatý stůl problémy v praxi a jak na ně Referáty PhD studentů Presentace
Taxonomie rodu Lactobacillus Pavel Švec
Taxonomie rodu Lactobacillus Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14 602 00 Brno rod Lactobacillus charakteristika Beijerinck 1901 Beijerinck, M. W. (1901). Anhäufungsversuche
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Poziční klonování Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s metodou pozičního klonování genů
Bakteriální meningitidy úloha NRL a doporučení NRL pro praxi Pavla Křížová Centrum epidemiologie a mikrobiologie Státní zdravotní ústav Praha Seminář SLM, Lékařský dům, 7.10.2014 Spolupráce laboratoří
GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ Staphylococcus intermedius jako Staphylococcus pseudintermedius
Konzultační den NRL pro stafylokoky, SZÚ Praha, 3.11.2010 GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ Staphylococcus intermedius jako Staphylococcus pseudintermedius Pavel Švec 1, Roman Pantůček 2, Petr Petráš 3 1
Hmotn mot o n s o t s n t í n sp sp kt k r t ometr t ie
MALDI-TOF MS typizace rodu Aeromonas Andrea Teshim (Vávrová) 1,2 PřF MU, Brno Spoluautoři: RNDr. Ludmila Tvrzová, Ph.D. 1 RNDr. Ivo Sedláček, CSc. 2 RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. 3 Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Identifikace a klasifikace mikroorganismů založená na shlukové analýze MALDI-MS protein/peptidových profilů
Identifikace a klasifikace mikroorganismů založená na shlukové analýze MALDI-MS protein/peptidových profilů 4000 6000 8000 10000 m /z MALDI-TOF MS = Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - - Time
Málo obvyklé nemocniční nákazy
Málo obvyklé nemocniční nákazy MUDr Věra Kůrková Ambulance v terénu Zubní ordinace Léčebny dlouhodobě nemocných Hospic Priony Virové NN Bakteriální NN Mykotické NN Parazitární NN Priony Jacob-Creutzfeldt
Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze
Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze Studium biologie na PřF UK v Praze Bakalářské studijní programy / obory Biologie Biologie ( duhový bakalář ) Ekologická a evoluční biologie ( zelený
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 12. Shrnutí,
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin 12. Shrnutí, Přehled molekulárních markerů 1. proteiny isozymy 2. DNA markery RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) založené
1Aplikace metod molekulární genetiky v klinické mikrobiologii zpráva z jednání 2Pracovní skupiny molekulární mikrobiologie TIDE 3 4Jaroslav Hrabák
1Aplikace metod molekulární genetiky v klinické mikrobiologii zpráva z jednání 2Pracovní skupiny molekulární mikrobiologie TIDE 3 4Jaroslav Hrabák 1*, Martin Bunček 2, Miloš Dendis 3, Radek Horváth 3,9,
RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D. Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie
RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D. Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie Zaměření oboru: Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie výchova erudovaných mikrobiologů se širokou perspektivou
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE V BIOREMEDIACÍCH enumerace FISH průtoková cytometrie klonování produktů PCR sekvenování
OBORU MINERÁLNÍ BIOTECHNOLOGIE
Státní závěrečné zkoušky OBORU MINERÁLNÍ BIOTECHNOLOGIE akademický rok 2018/2019 magisterské studium Moderní metody biotechnologie 1. Základy cytogenetiky stavba a funkce chromozómů, organizace chromozómů
Lactobacillus brevis kazit pivo
Genetický základ schopnosti Lactobacillus brevis kazit pivo Mgr. Dagmar Matoulková, Mikrobiologie VÚPS Ing. Karel Sigler, DrSc., Mikrobiologický ústav AVČR 23. pivovarskosladařské dny, České Budějovice,
Metody studia historie populací. Metody studia historie populací
1) Metody studia genetické rozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky. 2) Mechanizmy evoluce mutace, přírodní výběr, genový posun a genový tok 3) Anageneze x kladogeneze - co je vlastně
Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK
MODULARIZACE VÝUKY EVOLUČNÍ A EKOLOGICKÉ BIOLOGIE CZ.1.07/2.2.00/15.0204 Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK Co je molekulární ekologie? Uměle vytvořený obor vymezený technickým
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním
Fakultní nemocnice Brno Laboratoře Oddělení klinické mikrobiologie Jihlavská 20, Brno
Vyšetření: 802 - Lékařská mikrobiologie, 804 Lékařská parazitologie, 805 Lékařská virologie, 822 Lékařská mykologie 1. Vyšetření mikroorganismů z klinického materiálu a z kultur mikroskopicky - barvený
FAKULTA CHEMICKÁ ÚSTAV CHEMIE POTRAVIN A BIOTECHNOLOGIÍ
VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA CHEMICKÁ ÚSTAV CHEMIE POTRAVIN A BIOTECHNOLOGIÍ FACULTY OF CHEMISTRY INSTITUTE OF FOOD SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY MOLEKULÁRNÍ TYPIZACE
synlab czech s.r.o. Laboratoř České Budějovice, Vrbenská 197/23 sekce mikrobiologie Vrbenská 197/23, České Budějovice SOP A.
Vyšetření: 1 Kultivační vyšetření výtěrů z horních cest dýchacích včetně izolace a identifikace Bordetella pertussis a parapertussis 2 Kultivační vyšetření výtěrů z rekta 3 Kultivační vyšetření moče ke
Identifikace bakterií pomocí MALDI MS
Identifikace akterií pomocí MALDI MS Ondrej Šedo Centrální laoratoř speciálníc tecnik, Oddělení funkční genomiky a proteomiky Ústav experimentální iologie, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita
DY D NE N X Hana Vlastníková
DYNEX Hana Vlastníková Molekulární biologie: Vybavení laboratoře na klíč Přístrojová technika Kompatibilní diagnostické soupravy Profesionální přístup SOP Technická podpora Servis Přístrojové vybavení:
Zaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie
Zaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie 1) Zadávání témat dle studovaného oboru 2) Přehled řešených témat v minulosti 3) Vědecko-výzkumné zaměření OGMB 4) Přehled externích
Zaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie
Zaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie 1) Zadávání témat dle studovaného oboru 2) Přehled řešených témat v minulosti 3) 4) Přehled externích školících pracovišť Zaměření
Skupina bakterií se společnou vlastností tvorby kyseliny mléčné při fermentaci cukrů Součást mikroflóry DÚ, GIT, vaginy Potraviny, prostředí
Klinický význam mléčných bakterií izolovaných z hemokultur Alena Ševčíková OKM, FN Brno Pavel Švec CCM MU Brno Mléčné bakterie (LAB - lactic acid bacteria) Skupina bakterií se společnou vlastností tvorby
MOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ METODY V SURVEILLANCE A ŠETŘENÍ EPIDEMIÍ
Využití molekulárně epidemiologických metod v praxi epidemiologa KHS P. Pazdiora Konference MOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ METODY V SURVEILLANCE A ŠETŘENÍ EPIDEMIÍ Praha, 28.3.2019 Prokázané sekvenační typy legionel
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován
Externí kontrola kvality sekvenačních analýz
Externí kontrola kvality sekvenačních analýz Radka Bolehovská 1, Lenka Plíšková 2, Kateřina Hrochová 2 Úsek molekulární biologie, 1 Ústav klinické mikrobiologie 2 Ústav klinické biochemie a diagnostiky
Mgr. et Mgr. Lenka Falková. Laboratoř agrogenomiky. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita
Mgr. et Mgr. Lenka Falková Laboratoř agrogenomiky Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita 9. 9. 2015 Šlechtění Užitek hospodářská zvířata X zájmová zvířata Zemědělství X chovatelství
NOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ SBÍRKY MIKROORGANISMŮ
M. Laichmanová a S. Karpíšková Česká sbírka mikroorganismů, Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Tvrdého 14, 602 00 Brno NOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ
VÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV)
VÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV) Oddělení biofyziky - absolvování magisterského studia v oboru biofyzika, biochemie nebo v biologickém oboru - prezenční Ph.D. studium
OBORU MINERÁLNÍ BIOTECHNOLOGIE
Státní závěrečné zkoušky OBORU MINERÁLNÍ BIOTECHNOLOGIE akademický rok 2016/2017 magisterské studium Moderní metody biotechnologie 1. Základy cytogenetiky stavba a funkce chromozómů, organizace chromozómů
Met e o t d o y d m ol o ek e ul u ár á n r í n í g e g n e e n t e i t ky v m ikro r b o i b ol o og o i g i Pavel Dřevínek
Metody molekulární genetiky v mikrobiologii Pavel Dřevínek Plán semináře: rozdíly mezi klasickou a molekulární mikrobiologií výhody a nevýhody molekulárního přístupu jak funguje detekce a identifikace
Genotypování markerů užitkovosti a zdraví u skotu
Mezinárodní odborný seminář Využití chovatelských dat onemocnění skotu pro management stád, šlechtění a pro racionální užívání antimikrobik. Genotypování markerů užitkovosti a zdraví u skotu Jitka Kyseľová
Genetický polymorfismus
Genetický polymorfismus Za geneticky polymorfní je považován znak s nejméně dvěma geneticky podmíněnými variantami v jedné populaci, které se nachází v takových frekvencích, že i zřídkavá má frekvenci
KLASIFIKACE A IDENTIFIKACE BAKTERIÍ
Úvod KLASIFIKACE A IDENTIFIKACE BAKTERIÍ Taxonomie Věda o klasifikaci, identifikaci a nomenklatuře organismů Dva podobory Identifikace Nomenklatura Účelem klasifikace je uspořádání organismů do příbuzných
Zkušební okruhy k přijímací zkoušce do magisterského studijního oboru:
Biotechnologie interakce, polarita molekul. Hydrofilní, hydrofobní a amfifilní molekuly. Stavba a struktura prokaryotní a eukaryotní buňky. Viry a reprodukce virů. Biologické membrány. Mikrobiologie -
Surveillance invazivního meningokokového onemocnění a doporučená vakcinační strategie v České republice
Surveillance invazivního meningokokového onemocnění a doporučená vakcinační strategie v České republice 24. Pečenkovy enkovy epidemiologické dny České Budějovice, záříz 2010 Pavla Křížová NRL pro meningokokové
Digitální učební materiál
Digitální učební materiál Projekt CZ.1.07/1.5.00/34.0415 Inovujeme, inovujeme Šablona III/2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT (DUM) Tematická Odborná biologie, část biologie Společná pro
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze. Ing. Iva Pacovská Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze Ing. Iva Pacovská Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha dichlordifenyltrichlormethylmethan Insekticid Bílý krystalický prášek Poprvé syntetizován v roce
Akreditované zkoušky prováděné v Laboratořích CEM
Strana č.: 1 Nahrazuje stranu: 1 Akreditované zkoušky prováděné v Laboratořích CEM EIA - stanovení protilátek HIV-1/2, HIV-1 p24 antigenu a současné stanovení protilátek HIV-1/2 a HIV-1 p24 antigenu SOP-NRL/AIDS-01-01
Předoperační vaginální příprava. Jiří Špaček Porodnická a gynekologická klinika FN a LF v Hradci Králové
Předoperační vaginální příprava Jiří Špaček Porodnická a gynekologická klinika FN a LF v Hradci Králové Pochva Pochva Významná estrogendependentní oblast! Kvalita poševního prostředí je důležitým ukazatelem
Dědičnost pohlaví Genetické principy základních způsobů rozmnožování
Dědičnost pohlaví Vznik pohlaví (pohlavnost), tj. komplexu znaků, vlastností a funkcí, které vymezují exteriérové i funkční diference mezi příslušníky téhož druhu, je výsledkem velmi komplikované série
KBI / GENE Mgr. Zbyněk Houdek
Dědičnost komplexních a kvantitativních znaků KBI / GENE Mgr. Zbyněk Houdek Komplexní znaky Komplexní fenotypy mohou být ovlivněny genetickými faktory a faktory prostředí. Mezi komplexní znaky patří např.
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Genetické metody v zoologii
Genetické metody v zoologii M. Macholán J. Bryja M. Vyskočilová Sylabus 1. Analýza fenotypu (signální fenotypy, epigenetické znaky, kvantitativní znaky, analýza landmarků) MM 2. Cytogenetika (analýza karyotypu,
V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU
V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU Zemědělská 1, Budova A, 4. patro (učebny dle programu)
Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy
& Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy Klára Labská Evropský program pro mikrobiologii ve veřejném zdravotnictví (EUPHEM), ECDC, Stockholm NRL pro herpetické viry,centrum epidemiologie
Molekulární genetika II zimní semestr 4. výukový týden ( )
Ústav biologie a lékařské genetiky 1.LF UK a VFN, Praha Molekulární genetika II zimní semestr 4. výukový týden (27.10. 31.10.2008) prenatální DNA diagnostika presymptomatická Potvrzení diagnózy Diagnostika
Biotechnologický kurz. II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 17. - 21. 6. 2013
Biotechnologický kurz Biotechnologický kurz II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 17. - 21. 6. 2013 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU v Brně Zemědělská
EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP
EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP Lékařská genetika Lékařský obor zabývající se diagnostikou a managementem dědičných onemocnění Genetická prevence
SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY
Oddělení funkční genomiky a proteomiky Přírodovědecká fakulta Masarykovy university SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY Hana Konečná CENTRÁLNÍ LABORATOŘ Masarykovy Univerzity v Brně ODDĚLENÍ FUNKČNÍ GENOMIKY A
Molekulárně biologické metody v mikrobiologii. Mgr. Martina Sittová Jaro 2014
Molekulárně biologické metody v mikrobiologii Mgr. Martina Sittová Jaro 2014 Harmonogram 1. den Izolace DNA 2. den Měření koncentrace DNA spektrofotometricky, real-time PCR 3. den Elektroforéza Molekulární
1. Téma : Genetika shrnutí Název DUMu : VY_32_INOVACE_29_SPSOA_BIO_1_CHAM 2. Vypracovala : Hana Chamulová 3. Vytvořeno v projektu EU peníze středním
1. Téma : Genetika shrnutí Název DUMu : VY_32_INOVACE_29_SPSOA_BIO_1_CHAM 2. Vypracovala : Hana Chamulová 3. Vytvořeno v projektu EU peníze středním školám Genetika - shrnutí TL2 1. Doplň: heterozygot,
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky Populační genetika (KBB/PG)
Využití analýzy celkových buněčných proteinů pomocí SDS-PAGE při charakterizaci fluorescentních pseudomonád izolovaných ze speleotém
Využití analýzy celkových buněčných proteinů pomocí SDS-PAGE při charakterizaci fluorescentních pseudomonád izolovaných ze speleotém Mgr. Marcel Kosina Česká sbírka mikroorganismů Masarykova univerzita,
Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči
B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY IN PRAGUE Obsah prezentace ČSIM 2016 Mikrobiologická
MALDI-TOF MS typizace rodu Aeromonas Andrea Teshim 1,4
MALDI-TOF MS typizace rodu Aeromonas Andrea Teshim 1,4 Spoluautoři: RNDr. Ludmila Tvrzová, Ph.D. 1 RNDr. Ivo Sedláček, CSc. 4 Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D. 2 RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. 2 Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Staphylococcus petrasii, nový druh stafylokoka z České republiky
ZPRÁVY CENTRA EPIDEMIOLOGIE A MIKROBIOLOGIE (SZÚ, PRAHA) 2013; 22(8) Staphylococcus petrasii, nový druh stafylokoka z České republiky Staphylococcus petrasii, a novel staphylococcal species from the Czech
MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE - 4
MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE - 4 V této přednášce si představíme metody, které získávají molekulární znaky bez použití sekvenace. Všechny tyto metody je teoreticky možné sekvenací nahradit. Oproti sekvenaci celých
Metody studia historie populací. Metody studia historie populací. 1) Metody studiagenetickérozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky.
1) Metody studiagenetickérozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky. 2)Mechanizmy evoluce mutace, p írodnívýb r, genový posun a genový tok 3) Anagenezex kladogeneze-co je vlastn druh 4)Dva
Úloha protein-nekódujících transkriptů ve virulenci patogenních bakterií
Téma bakalářské práce: Úloha protein-nekódujících transkriptů ve virulenci patogenních bakterií Nové odvětví molekulární biologie se zabývá RNA molekulami, které se nepřekládají do proteinů, ale slouží
DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová
DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH Michaela Nesvadbová Význam identifikace živočišných druhů v krmivu a potravinách povinností každého výrobce je řádně a pravdivě označit
Biologie - Oktáva, 4. ročník (humanitní větev)
- Oktáva, 4. ročník (humanitní větev) Biologie Výchovné a vzdělávací strategie Kompetence k řešení problémů Kompetence komunikativní Kompetence sociální a personální Kompetence občanská Kompetence k podnikavosti
RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA
RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA 1. Genotyp a jeho variabilita, mutace a rekombinace Specifická imunitní odpověď Prevence a časná diagnostika vrozených vad 2. Genotyp a prostředí Regulace buněčného
Úvod ženské pohlavní orgány. Pochva 7. Faktory ovlivňující rovnováhu poševního prostředí 12
Úvod ženské pohlavní orgány. Pochva 7 Estrogeny a vaginální sliznice 10 Faktory ovlivňující rovnováhu poševního prostředí 12 Co to je vaginální dyskomfort? 13 Vaginální dysmikrobie 14 Základní dělení poševních
SYLABUS PRO VÝUKU BAKTERIOLOGIE NA ZF JU V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH OBECNÁ ČÁST
SYLABUS PRO VÝUKU BAKTERIOLOGIE NA ZF JU V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH OBECNÁ ČÁST 1) NÁPLŇ, VÝZNAM A HISTORIE ROSTLINOLÉKAŘSKÉ BAKTERIOLOGIE 2) VÝZNAM OBORU Škodlivost bakterióz, fytoplazmóz a spiroplazmóz,
1 Biochemické animace na internetu
1 Biochemické animace na internetu V dnešní době patří internet mezi nejužívanější zdroje informací. Velmi často lze pomocí internetu legálně stáhnout řadu již vytvořených výukových materiálů sloužících
6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?
6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? Pamatujete na to, co se objevilo v pracích Charlese Darwina a Alfreda Wallace ohledně vývoje druhů? Aby mohl mechanismus přírodního
Aplikované vědy. Hraniční obory o ţivotě
BIOLOGICKÉ VĚDY Podle zkoumaného organismu Mikrobiologie (viry, bakterie) Mykologie (houby) Botanika (rostliny) Zoologie (zvířata) Antropologie (člověk) Hydrobiologie (vodní organismy) Pedologie (půda)
Jak může laboratoř zvýšit relevanci výsledku? V. Adámková Ústav lékařské mikrobiologie FNKV, Praha
Jak může laboratoř zvýšit relevanci výsledku? V. Adámková Ústav lékařské mikrobiologie FNKV, Praha Mikrobiologická diagnostika v éře narůstající rezistence k antibiotikům obtížný odhad citlivosti původce
Genetika bakterií. KBI/MIKP Mgr. Zbyněk Houdek
Genetika bakterií KBI/MIKP Mgr. Zbyněk Houdek Bakteriofágy jako extrachromozomální genomy Genom bakteriofága uvnitř bakterie profág. Byly objeveny v bakteriích už v r. 1915 Twortem. Parazitické org. nemají
Genetická diverzita masného skotu v ČR
Genetická diverzita masného skotu v ČR Mgr. Jan Říha Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Ing. Irena Vrtková 26. listopadu 2009 Genetická diverzita skotu pojem diverzity Genom skotu 30 chromozomu, genetická