Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia

Transkript

1 Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia D. Nováková, A. Vávrová, P. Švec a I. Sedláček Česká sbírka mikroorganismů

2 Charakterizace aeromonád G-, pohyblivé tyčky, kokotyčky, čeleď Aeromonadaceae Fermentující, OXI +, DNáza+, ureáza-, inositol- Výskyt ve vodním ekosystému (tropy, subtropy, mírné pásmo) Kontaminovaná voda nejčastější zdroj nákazy člověka Intestinální (vodnaté průjmy) a extraintestinální (ranné infekce měkkých tkání, septikémie, infekce dýchacího traktu, vzácně infekce oka) Onemocnění ryb a vodních živočichů Nejčastější A. hydrophila, A. caviae, A. sobria a další řídce identifikovaný druh, výskyt na rybách, ve vodách, klinika velmi výjimečně

3 Analyzované kmeny Analyzováno 8 kmenů Vzorky z -tekoucích vod -studánky (okolí Brna) -jeskyní Moravského Krasu

4 Polyfázová identifikace Selektivní médium Aeromonas agar Biochemické vlastnosti (ENTEROtest 24, PLIVA-Lachema a konvenční testy) Ribotypizace (restrikční endonukleáza EcoRI a sonda komplementární k 16S a 23S rrna), polymorfismus bakteriálního genomu Analýza celkových buněčných proteinů (diskontinuální elektroforéza v polyakrylamidovém gelu s přídavkem SDS), migrace proteinů v závislosti na molekulární hmotnosti Analýza repetitivních úseků genomu (ERIC-PCR) MALDI-TOF (analýza molekulárních spekter) 16S rrna sekvencování, obraz primární struktury genetické informace

5 Biotypizace Izoláty identifikovány jako Shoda ve většině biochemických testů Atypické reakce: hydrolýza eskulinu, produkce kyselin ze sacharózy, produkce arginin dihydrolázy a indolu (komerční souprava)

6 Analýza repetitivních sekvencí (ERIC-PCR) Orientační identifikace 8 kmenů Rychlá, levná a spolehlivá metoda Vnitrodruhově poměrně variabilní Přesto druhově dobře odlišitelné Velká podobnost profilů kmenů P 1767 a P 1769, identický kmen? Pearson correlation [5.0%-90.0%] ERIC-PCR ERIC-PCR P1292. P1669. P1290. P1767. P1769. P1753. P1688. CCM 4582T. P1700

7 Ribotypizace Kmeny zařazeny do shluku Velká vnitrodruhová podobnost kmenů (> 82%) Identita kmenů P 1767 a P 1769 shoda s rep-pcr Vhodná metoda pro identifikace kmenů Dice (Opt:1.00%) (Tol 2.0%-2.0%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%] Ribotyping Ribotyping P 1290 P 1669 P 1700 P 1769 P 1767 P 1753 CCM 4582T P 1688 P 1292

8 Analýza celkových buněčných proteinů Rovněž identifikováno 8 kmenů Vnitrodruhové podobnost 72% a výše Kmeny uspořádány do 2 shluků nezávisle na zdroji izolace V rámci rodu dobře odlišené profily proteinů Pearson correlation (Opt:0.20%) [0.0%-100.0%] page page CCM 4582T P 1700 P 1292 P 1688 P 1767 P 1290 P 1753 P 1669 P 1769

9 Další použité metody Sekvencování: Sekvence 16S rrna 3 vybraných kmenů odpovídaly sekvenci typové kultury fi potvrzení výsledků ostatních metod MALDI-TOF: velká podobnost molekulárních spekter 5 kmenů s typovou kulturou P 1292 a P 1700 větší shoda se spektry typové kultury A. schubertii fi rozpor s ostatními výsledky

10 Závěry Potvrzena identifikace kmenů z různých zdrojů vod průkaz v tekoucích i stojatých vodách Běžnější výskyt než dodnes popisováno Typizací bylo mezi 8 izoláty prokázáno 7 různých kmenů Uvedené metody jsou vhodné jak k identifikaci, tak typizaci kmenů Rep-PCR za použití primerů ERIC vhodná metoda pro rychlou a levnou orientační identifikaci

11 Děkuji za pozornost Práce byla podporována projektem MSM