Biotechnologický kurz. III. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky

Podobné dokumenty
Biotechnologický kurz. II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky

V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU

Biotechnologický kurz. II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky

Vzdělávání zdravotních laborantek v oblasti molekulární biologie

Izolace RNA. doc. RNDr. Jan Vondráček, PhD..

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně

MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha

Soulad studijního programu. Molekulární a buněčná biologie

Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin

Laboratorní workshop s teoreticko praktickou ukázkou molekulárně biologických technik ve spolupráci s firmou ROCHE

Základy genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko

Aplikovaná bioinformatika

Mgr. et Mgr. Lenka Falková. Laboratoř agrogenomiky. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita

Metody analýzy DNA využívané ve Výzkumném a šlechtitelském ústavu Holovousy RNDr. Jana Čmejlová, Ph.D.

Využití DNA sekvencování v

DY D NE N X Hana Vlastníková

Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy

Vykazování pro zdravotní pojišťovny a zákonné požadavky pro genetická vyšetření

MagPurix Blood DNA Extraction Kit 200

Standard studijního programu Bioinformatika

Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin

PCR IN DETECTION OF FUNGAL CONTAMINATIONS IN POWDERED PEPPER

Výzkumné centrum genomiky a proteomiky. Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.

INTRODUCING OF SNAPSHOT METHOD FOR POLYMORPHISM DETECTION ZAVEDENÍ SNAPSHOT METODIKY PRO DETEKCI POLYMORFISMŮ

Bi5130 Základy práce s lidskou adna

DYNEX nabízí komplexní řešení v oblasti zpracování a analýzy biologických materiálů pomocí molekulárně biologických metod.

Sekvenování nové generace. Radka Reifová

Metody molekulární biologie

EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti NUKLEOVÉ KYSELINY

Determinanty lokalizace nukleosomů

Projekt FR-TI2/075 MPO příklad spolupráce farmaceutů s komerčním sektorem. Milan Bartoš. Forum veterinarium, Brno 2010

Aplikace DNA markerů v mykologii a molekulárni taxonomii

Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK

Kdo jsme. Centrum strukturní a funkční genomiky rostlin Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.

Libor Hájek, , Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, Přírodovědecká fakulta, Šlechtitelů 27, Olomouc

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě MU

SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY

Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii

Laboratoř sekvenace DNA Servisní laboratoř biologické sekce PřF UK

Genetická diverzita masného skotu v ČR

Sekvenování nové generace. Radka Reifová

DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.

Genotypování: Využití ve šlechtění a určení identity odrůd

NAT testování dárců krve v ÚVN Praha

Písemná zpráva zadavatele

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK

Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.

PRAKTIKUM Z OBECNÉ GENETIKY

Standard studijního programu Experimentální biologie rostlin

1. seznámení s on-line databázemi, nástroji a softwarem (databáze, vyhledání sekvencí, základní manipulace se sekvencemi, navržení primerů)

Osekvenované genomy. Pan troglodydes, Neandrtálec, 2010

INOVATIVNÍ KURZY IMUNOANALÝZY A ENDOKRINOLOGIE PRO VĚDECKÉ PRACOVNÍKY- PILOTNÍ ZKUŠENOSTI LÉKAŘSKÉ FAKULTY V PLZNI

TAČR GAMA VÚŢV, v.v.i. Projekt TG Závěrečná zpráva za dílčí projekt TGP006. Metodika pro rutinní stanovování genotypu zbarvení koní

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY

Písemná zpráva zadavatele pro část 4. - Fluorometr pro testování proteinů, RNA, DNA

Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů

Filozofie validace. Je validace potřebná? Mezinárodní doporučení pro provádění validací ve forenzně genetických laboratořích

Diagnostika infekce Chlamydia trachomatis pomocí molekulárně genetické metody real time PCR nejen u pacientek z gynekologických zařízení

Metody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin

Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE

Sekvenace aplikace ve virologické diagnostice. Plíšková Lenka FN Hradec Králové

Prezentace školy Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj. Veřejná vysoká škola

Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 12. Shrnutí,

Diagnostika retrovirů Lentiviry - HIV. Vladislava Růžičková

DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová

Molekulární metody ve studiích kořenových systémů. Jiří Košnar, 2016

Seminář izolačních technologií

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

J09 Průkaz nukleové kyseliny

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze

Analýza DNA. Co zjišťujeme u DNA DNA. PCR polymerase chain reaction. Princip PCR PRINCIP METODY PCR

LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) Použití GC-MS spektrometrie

THE CHOICE OF THE MOST SUITABLE TECHNIQUE FOR ISOLATION OF NUCLEIC ACIDS AT DEPARTMENT OF ANIMAL MORPHOLOGY, PHYSIOLOGY AND GENETICS

Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace

Vývoj vykazování a úhrad metod molekulárněgenetické diagnostiky a PGT ze zdravotního pojištění

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

MATEMATICKÁ BIOLOGIE

Jana Krejčová MOLEKULÁRNÍ PATOLOGIE ZAČÁTKU III. TISÍCILETÍ: VYUŽITÍ BIOPTICKÝCH VZORKŮ PRO MOLEKULÁRNÍ ANALÝZU. Workshop dubna 2005 Olomouc

Molekulárně biologické metody v mikrobiologii. Mgr. Martina Sittová Jaro 2014

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?

PhD. České Budějovice

Genetické markery - princip a využití

Metody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin

Základy praktické Bioinformatiky

MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE. 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR)

Výzkumný a šlechtitelský ústav ovocnářský Holovousy, s.r.o.

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza

Studijní obor: Bioanalytik odborný pracovník v laboratorních metodách

Izolace nukleových kyselin

Obhajoba IP 2014 Zemědělská fakulta JU FOTO

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ

Excelence doktorského studia na AF MENDELU pro navazující evropskou vědecko výzkumnou kariéru CZ.1.07/2.3.00/ Klíčová aktivita č.

VÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV)

Cvičení z cytogene/ky

Genetické metody v zoologii

Transkript:

Biotechnologický kurz Biotechnologický kurz III. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 18. - 22. 6. 2012 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU v Brně Zemědělská 1, Budova A, 4. patro (učebny dle programu) PROGRAM Projekt CZ.1.07/2.3.00/09.0037: Další odborné vzdělávání jako cesta ke zkvalitnění personálního zabezpečení pracovníků pro biotechnologický výzkum a vývoj Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. 1

18. 6. 2011 Izolace a PCR amplifikace nukleových kyselin, separace DNA, identifikace polymorfismů Učebny: N4102 (Posluchárna J. Taufera) a N4104 (Výuková laboratoř molekulární genetiky) 4. patro 8:00 8:05 Úvodní slovo prof. RNDr. Aleš Knoll, Ph.D. ; učebna N4102 8:05 12:00 dopolední blok; lektor: Ing. Pavla Chalupová (ÚMFGZ AF MENDELU, Brno) 8:05 10:00 - přednáška - IZOLACE NUKLEOVÝCH KYSELIN; učebna N4102 Typy metod izolace NK (fenol-chloroform, adsorbční metody, magnetické kity, automatické izolátory), izolace DNA, RNA, plazmidová DNA, si a mirna, enzymy používané k úpravám NK (DNázy, RNázy, proteázy), stabilita a uchování NK. 10:00 10:30 - praktická část - Izolace genomové DNA pomocí automatické izolační stanice QIAcube; učebna N4104 10:30 11:30 - přednáška - DETEKCE A KVANTIFIKACE NUKLEOVÝCH KYSELIN; učebna N4102 Gelová elektroforéza, faktory ovlivňující gelovou elektroforézu, varianty a modifikace elektroforézy, spektrofotometrické stanovení koncentrace a kvality NK. 11:30 12:00 - praktická část Příprava gelu pro elektroforetickou kontrolu izolované DNA; Určení koncentrace izolované DNA pomocí spektrofotometru NanoDrop 2000; učebna N4104 12:00 12:30 - přestávka na oběd 12:30-17:30 odpolední blok; lektor: Ing. Pavla Chalupová (ÚMFGZ AF MENDELU, Brno) 12:30 13:00 - praktická část - Elektroforetické ověření izolované DNA; učebna N4104 13:00 14:00 - přednáška - POLYMERÁZOVÁ ŘETĚZOVÁ REAKCE (PCR); učebna N4102 Princip PCR, složení reakční směsi, kontaminace při PCR, PCR troubleshooting, modifikace a využití PCR. 14:00 17:30 - praktická část Příprava PCR reakce; Návrh primerů pro PCR; Demonstrace automatické pipetovaní stanice QIAgility; Ověření výsledku PCR reakce pomocí gelové agarózové elektroforézy; učebna N4104 2

19. 6. 2011 SEKVENOVÁNÍ NUKLEOVÝCH KYSELIN A FRAGMENTAČNÍ ANALÝZA Učebny: N4102 (Posluchárna J.Taufera) a N4104 (Výuková laboratoř molekulární genetiky) 4. patro 8:00 12:00 dopolední blok; lektor: Mgr. Kristína Civáňová, Ph.D. (Ústav botaniky a zoologie PřF MU v Brně); učebna: N4102 8:00 9:30 - přednáška Technologie sekvenování Historie metodických přístupů (radioaktivita vs. fluorescence) a jejich vývoj (Maxam-Gilbert, Sanger, 454 pyrosekvenování); Historie a vývoj přístrojového vybavení a typy sekvenátorů, popis genetického analyzátoru ABI 3100-Avant a jeho funkcí; Princip metodiky (Sanger), popis vybavení přístroje a reakční chemie (sestavy kapilár, separační medium, reagencie), příklady hodnocení (software) a výstupů; Aplikace a využití metody sekvenování. 9:30 11:00 - přednáška Technologie fragmentační analýzy Historie metodiky hodnocení (rodokmen-gel-píky); Mikrosatelity (MS), definice a využití; Typy MS panelů; Možnosti kvantitativní analýzy množství DNA; Princip metodiky (CE) reagencie, PCR a analýza; Příklady hodnocení (software) a výstupů; Využití fragmentační analýzy. 11:00 12:00 - přednáška Možnosti genetických analyzátorů a přehled dalších aplikací - Minisekvenování (aplikace SNaPshot); SSCP; AFLP; CSCE, LOH, MLPA; Příklady specializovaných aplikací 12:00 12:30 - přestávka na oběd 12:30 17:30 odpolední blok; lektor: Mgr. Kristína Civáňová, Ph.D. (Ústav botaniky a zoologie PřF MU v Brně); učebna: N4104 Praktická část 1 Sekvenování PCR produktu a fragmentační analýza) Příprava PCR produktu pro sekvenování - teoretický úvod purifikace templátu (typy templátů pro sekvenování, proč templát purifikovat, typy postupů přečištění + princip QIAcube a kolonové purifikace) a kvantifikace templátu (možné způsoby kvantifikace, možné aplikace a princip postupu kvantifikace, výpočty množství templátu v reakci), příprava sekvenační reakce (typy sekvenačních kitů, popis reagencií, přístrojového vybavení a postupu přípravy reakční směsi, teplotní profil reakce, možnosti modifikací); Purifikace a kvantifikace PCR produktu připraveného předchozí den, míchání a spuštění sekvenační reakce. V mezičase praktické ukázky k fragmentační analýze (příprava vzorků, možnosti hodnocení výstupů FA); Exkurze do laboratoře sekvenování - detailní představení přístrojů dle zájmu účastníků; V případě zájmu diskuze k probíraným aplikacím (např. ukázka práce s analytickými softwary ). Seznámení s metodami purifikace sekvenační reakce (způsoby purifikace sekvenačních směsí (výhody a nevýhody), možné modifikace), způsoby přípravy vzorků pro analýzu v sekvenátoru, přípravou přístroje před runem, přehled postupu; Purifikace vlastní sekvenační směsi, příprava vzorků k analýze pomocí kapilárního sekvenátoru (poběží přes noc, výsledky budou vyhodnoceny den následující). 3

20. 6. 2011 REAL-TIME PCR Učebny: N4102 (Posluchárna J.Taufera) a N4104 (Výuková laboratoř molekulární genetiky) 4. patro 8:00 13:00 přednáška Real-Time PCR; Ing. Karel Bílek, Ph.D. (SÚJCHBO, v.v.i., Milín); učebna N4102 Úvod (princip metody, terminologie, chemismy); Výběr a příprava assay (preanalytická příprava vzorků, výběr vhodné assay); Optimalizace metody (pravidla designu primerů a sond, výpočet efektivity reakce, úpravy podmínek reakce); Validace assay (požadavky, normy, standardy, správná laboratorní praxe, matorlologie, akreditace); Zpracování dat (workflow dat, interpretace dat, využití výsledků); Závěr a diskuse. 13:00 13:30 přestávka na oběd 13:30 17:30 praktická část Real-Time PCR; Ing. Karel Bílek, Ph.D. (SÚJCHBO, v.v.i., Milín); učebna N4104 Úvod do cvičení (seznámení se zadáním); Rozdělení úkolů (dle uvážení budou účastníci kurzu provádět AQ, RQ a AD); Praktické provedení úkolů (nastavení přístroje atd.); Diskuse; Vyhodnocení výsledků; Závěr. 4

21. 6. 2011 Celogenomové sekvenování, microarrays, bioinformatika: 1. část Učebny: N4102 (Posluchárna J.Taufera, 4. patro) a N5008 (A416), 5. patro 8:00 10:00 přednáška Pokroky v celogenomovém sekvenování; Helena Pětrošová (Biologický ústav LF MU v Brně), učebna N4102 Nové sekvenační metody (454 Pyrosekvenace, Solexa, SOLiD, CGS Comparative Genome Sequencing) charakteristika, výhody a nevýhody; srovnání nových metod přesnost, dostupné modifikace (barcoding, pairedend library), doba trvání sekvenace, vstupní materiál; základní aplikace nových metod sekvenace de novo, resekvenace, detekce strukturálních změn, analýza transkriptomu; vyhodnocení přesnosti sekvenačních metod 454, Solexa a CGS; sekvenace de novo sestavování celogenomové sekvence Treponema pallidum kmene Mexico A pomocí metody Solexa; budoucnost sekvenačních metod. 10:00-12:00 přednáška Základy microarray technik; Ing. Pavla Chalupová (ÚMFGZ AF MENDELU, Brno); učebna N4102 12:00-12:30 přestávka 12:30-14:00 přednáška Praktická bioinformatika; Mgr. Jan Mendel, Ph.D. (Ústav biologie obratlovců AV ČR), učebna N5008 (A416) Práce se sekvenčními daty volba vhodného molek. markeru, vyhledávání a vkládání sekvencí do databáze GenBank, identifikace organizmu podle podobnosti (algoritmus BLAST), uchovávání sekvenčních dat různé formáty (.fas,.nex.,.phy,.mas, atd.) a konverze formátů (sw, on-line nástroje), tvorba alignmentu (Clustal, specializovaný sw: MEGA, BioEdit, SeqMan) a jeho interpretace. 14:00 17:30 Bioinformatika praktická část; Mgr. Zuzana Vykoukalová, Ph.D. (ÚMFGZ AF MENDELU v Brně), učebna N5008 (A416), 5. patro Práce s genomickými databázemi (EMBL; DDBJ; NCBI Gene, Genome, OMIM; Ensembl aj.). Vyhodnocení sekvenace z předchozího dne (Sequence Scanner v1.0), sestavení kompletní sekvence PCR produktu (ClustalW), identifikace sekvence gen, organismus (BLAST, GenBank, Ensembl), vyhledání sekvence genu u jiných organismů a určení mezidruhové homologie (GenBank, ClustalW), detekce polymorfismů (ClustalW), nalezení vhodných restrikčních endonukleáz (RE) pro testování nalezených polymorfismů (Webcutter), grafické znázornění elektroforetické analýzy výsledku štěpení daného PCR produktu vybranými RE. 5

22. 6. 2011 MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE, BIOINFORMATIKA 2. ČÁST Učebna: N5008 (A416), 5. patro 8:00-9:00 přednáška Úvod do molekulární taxonomie; Doc. RNDr. Michal Tomšovský (ÚOLM LDF MENDELU, Brno) 9:00 10:30 přednáška Fylogenetika; Mgr. Jan Mendel, Ph.D. (Ústav biologie obratlovců AV ČR) Fylogenetický strom a veškerá terminologie (kořen, větev, uzel, topologie, typy stromů, atd.), evoluční modely (Modeltest, ProtTest), metody konstrukce fylog. stromu dle kritéria optimality (MP, ML, BI) a dle výpočetního algoritmu (NJ), hodnocení kvality stromu (bootstrapping), ukázky formátu výstupních dat s ohledem na prezentaci výsledků na konferencích a v časopisech (stromy, haplotypové sítě, atd.). 10:30 11:00 přestávka na oběd 11:00 14:00 - Praktická ukázka a seznámení se s vybraným spektrem vyhodnocovacích programů; Mgr. Jan Mendel, Ph.D. (Ústav biologie obratlovců AV ČR) MEGA, TCS, DnaSP, ModelTest, ProtTest, PAUP, MrBayes, PhyML, FigTree; demonstrace samotného sw i konkrétní ukázky příkladů. 14:00 16:00 přednáška Příklady aplikace molekulární taxonomie u hub a oomycetů; Doc. RNDr. Michal Tomšovský (ÚOLM LDF MENDELU v Brně) 16:00 17:00 závěrečný test a předávání certifikátů Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. 6