B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY IN PRAGUE
Obsah prezentace ČSIM 2016 Mikrobiologická diagnostika současnosti Rychlé diagnostické metody Molekulárně-genetický přístup Závěr
Mikrobiologická diagnostika současnosti
Historie klinické mikrobiologie Pravěk První pozorování mikrobů Antoni van Leeuwenhoek (1632-1723) Souvislost mikrobů a nemocí - období lovců mikrobů Louis Pasteur (1822-1895) Robert Koch (1843-1910) Joseph Lister (1827-1912)
Historie klinické mikrobiologie Objev a zavedení antibiotik Imunologie, serologie Klinická mikrobiologie Alexander Fleming (1881 1955) Virologie a mykologie
Problém laboratorních oborů Robustní a reprodukovatelné výsledky Individualita pacienta In vitro data Expertní Pacient systém
Požadavky na rychlost Problém narůstající rezistence k ATB
Včasné nasazení správné antibiotické terapie Pediatrická JIP 2012-2013 ČSIM 2016
Koncepce mikrobiologie - Marseilles Velká laboratoř - univerzitní nemocnice Důraz na konzultační službu Priority při zpracování vzorků
Koncepce mikrobiologie - Marseilles Satelitní POCT laboratoře
Diagnostické metody v mikrobiologii Kultivační metody ČSIM 2016 Automatické systémy Analýza obrazu Funkční metody Hmotnostní spektrometrie Další spektroskopické metody Speciální mikroskopické techniky Průtoková cytometrie Molekulárně genetické metody Amplifikační techniky Mikročipy Celogenomová sekvenace
Rychlé diagnostické metody
Rychlé diagnostické metody MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie Ramanova spektroskopie Další fyzikální techniky Automatické linky
Hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie Identifikace mikrobů Detekce ATB rezistence Typizace mikrobů
Detekce ATB rezistence Mikrofluidní systémy Mikroskopická detekce lýzy buňky ČSIM 2016
Ramanova spektroskopie Využití Ramanova jevu (studium struktury molekul) Použito k typizaci bakterií Detekce ATB rezistence? ČSIM 2016 meropenem
Molekulárně-genetické metody
Molekulárně-genetické metody Amplifikační metody (PCR, sekvenace amplikonu) Důležité pro rychlou diagnostiku, nekultivovatelná agens, virologii Identifikace neznámých mikrobů (geny pro 16S a 18S rrna) Mikročipy Pouze známé sekvence
Celogenomová sekvenace Dosud poměrně drahé Pomalé (3-5 dní) ČSIM 2016 Naděje v případě sekvenace třetí generace (několik hodin) Zásadní je interpretace dat potřeba BIOINFORMATIKA, případně speciálních bioinformatických nástrojů
PCR s analýzou produktu pomocí ESI/MS
PCR s analýzou produktu pomocí ESI/MS Využití PCR/ESI-MS Detekce >800 potenciálních patogenů během 6 hodin
PCR s analýzou produktu pomocí ESI/MS
PCR s analýzou produktu pomocí ESI/MS Přináší benefity pro rychlou diagnostiku Při optimálním odběru vzorků lze eliminovat kontaminaci Při studiích se obtížně hledá metoda zlatého standardu
Celogenomová sekvenace
Celogenomová sekvenace Staphylococcus aureus Mycobacterium tuberculosis
Závěr
Pokročilé diagnostické metody používané v ČR Amplifikační metody (PCR, sekvenace amplikonu) Celogenomová sekvenace (výzkumné aplikace molekulární epidemiologie) MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie (rychlá identifikace bakterií a hub, výzkumné aplikace detekce ATB rezistence) Rychlá detekce antibiotické rezistence
Děkuji za pozornost!