Před samotným testem si ověřte dostupnost nových revizí elektronického značení na adrese

Transkript

1 artus GBS QS-RGQ Kit Charakteristiky chování artus GBS QS-RGQ Kit, Verze 1, Správa verzí Dokument o charakteristikách výkonu soupravy artus GBS QS-RGQ Kit, verze 1, R1. Před samotným testem si ověřte dostupnost nových revizí elektronického značení na adrese Mez detekce Mez detekce (LoD) byla u soupravy artus GBS QS-RGQ hodnocena pomocí dvou sérotypů streptokoka skupiny B (GBS): GBS sérotyp Ia ( BAA-1177) a sérotyp III ( 12403). Každý kmen byl několikrát rozředěn v Lim bujonu a živné půdě (Lim kultury naočkované nálezem z vaginorektálního výtěru a negativní na GBS). Bylo použito dvojího naředění a běhu v replikátech po dvaceti na QIAsymphony RGQ. Mez detekce byla u každého kmene určena zakreslením míry detekce proti vstupnímu bakteriálními titru a provedením probit analýzy (Obrázek 1 a 2). Mez detekce soupravy artus GBS QS-RGQ Kit je 74,07 CFU/ml pro GBS sérotyp Ia a 24,29 CFU/ml pro sérotyp III. To znamená, že existuje 95 % pravděpodobnost, že bude o 74,07 CFU/ml GBS sérotypu Ia a 24,29 CFU/ml sérotypu III. Květen 2014 Sample & Assay Technologies

2 Mez detekce 74,07 95 % CI: (40,29 181,06 CFU/ml) % Detekce ,001 0,01 0, GBS sérotyp Ia log CFU/ml Obrázek 1. Probit analýza: GBS sérotyp Ia. Mez detekce soupravy artus GBS QS-RGQ Kit Mez detekce 24,29 95 % CI: (16,73-64,57 CFU/ml) % Detekce , GBS sérotyp III log CFU/ml Obrázek 2. Probit analýza: GBS sérotyp III. Mez detekce soupravy artus GBS QS-RGQ Kit. Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 2 z 20

3 Analytická reaktivita Cílem hodnocení analytické reaktivity soupravy artus GBS QS-RGQ bylo zjistit, zda by souprava dokázala zaznamenat řadu GBS sérotypů a klinických izolátů. Celkem 21 GBS izolátů představujících různé sérotypy (Tabulka 1) bylo rozpuštěno v Lim bujonu a živné půdě na přibližně 2-3x mez detekce se soupravou artus GBS QS-RGQ Kit. Cíl GBS byl ve všech testovaných kmenech. Tabulka 1. Kmeny GBS testované ve studiích analytické reaktivity Sérotyp ID kmene Hemolýza Ib *: BAA 1174 Hemolytický + + V : BAA 23 Hemolytický + + VI CDC : ABC Hemolytický + + VII CDC: ABC Hemolytický + + VIII CDC: ABC Hemolytický + + IV : Hemolytický + + Ia : BAA1138 Hemolytický + + V : Hemolytický + + III : BAA22 Hemolytický + + V : Hemolytický + + V : Hemolytický + + Ib BEI : MNZ929 Hemolytický + + II BEI: MNZ933 Hemolytický + + III BEI: MNZ938 Hemolytický + + * Americká sbírka mikroorganismů. Centra pro prevenci a kontrolu nemocí. Zdroje BEI. Tabulka pokračuje na další straně Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 3 z 20

4 Tabulka 1. Pokračování Sérotyp ID kmene Hemolýza V CDC*: ABC Hemolytický + + II : BAA1175 Hemolytický + + Ib : Hemolytický + + Ic : Hemolytický + + Neznámý York Hosp 130 Neznámý York Hosp 144 Neznámý Evanston 2 Ne hemolytický Ne hemolytický Ne hemolytický * Centra pro prevenci a kontrolu nemocí. Americká sbírka mikroorganismů. Zkřížená reaktivita a mikrobiální interference Byl testován panel mikroorganismů, které mohou být přítomny ve vzorcích pacientů. Cílem bylo určit, zda tyto mikroorganismy ovlivnily detekci GBS nebo projevily zkříženou reaktivitu se soupravou artus GBS QS-RGQ. Za účelem hodnocení mikrobiální interference byl GBS sérotyp III rozpuštěn v Lim bujonu a živné půdě v koncentraci přibližně 2-3x mez detekce. Možné interferující organismy byly rozpuštěny v Lim bujonu a živné půdě. Bakterie a plísně byly rozpuštěny v přibližné předběžné koncentraci 1,0 x 10 6 CFU/ml, viry byly rozpuštěny v přibližné koncentraci 1,0 x 10 5 TCID 50/ml nebo PFU/ml. Bakteriální a nukleové kyseliny byly rozpuštěny ve finální koncentraci 1 x 10 6 kopií genotypu/ml. Lidská genotypová DNA byla rozpuštěna ve finální koncentraci 1 x 10 6 kopií genotypu/ml. Každý potenciálně interferující organismus byl testován soupravou artus GBS QS-RGQ Kit za přítomnosti GBS sérotypu III. Pro zhodnocení zkřížené reaktivity byl každý mikroorganismus z panelu při stejných koncentracích popsaných výše testován bez přítomnosti GBS. Žádný z organismů neprokázal u soupravy artus GBS QS-RGQ Kit zkříženou reaktivitu nebo interferenci s detekcí GBS sérotypu III. Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 4 z 20

5 Tabulka 2. Skupina organismů testovaná na interferenci a zkříženou reaktivitu Interference Zkřížená reaktivita Testované organismy ID zdroje Acinetobacter baumannii Adenovirus 40 * ZMC CF Aeromonas hydrophila 7966 Bacillus cereus Bacteroides fragilis Campylobacter coli Candida albicans ZMC C. glabrata ZMC Z007 C. guilliermondii ZMC Z008 C. krusei ZMC Z009 C. parapsilosis ZMC Z011 * Americká sbírka mikroorganismů. Zeptometrix Corporation. Tabulka pokračuje na další straně Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 5 z 20

6 Tabulka 2. Pokračování Interference Zkřížená reaktivita Testované organismy ID zdroje Candida tropicalis ZMC* Z012 Chlamydia trachomatis Citrobacter amalonaticus VR C. freundii 8090 C. koseri Virus Coxsackie Cytomegalovirus Echovirus Enterobacter aerogenes E. cloacae Enterococcus casseliflavus E. faecalis ZMC CF ZMC CF ZMC CF * Zeptometrix Corporation. Americká sbírka mikroorganismů. Tabulka pokračuje na další straně Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 6 z 20

7 Tabulka 2. Pokračování Interference Zkřížená reaktivita Testované organismy ID zdroje Enterococcus faecium Escherichia coli Enterovirus typu 71 Herpes simplex virus 1 Herpes simplex virus 2 HIV HPV 11 HPV 16 HPV 18 Klebsiella pneumoniae * BAA ZMC CF VR VR- 734 ZMC CF 45151D 45113D Lactobacillus acidophilus 4356 Lactococcus lactis * Americká sbírka mikroorganismů. Zeptometrix Corporation. Tabulka pokračuje na další straně Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 7 z 20

8 Tabulka 2. Pokračování Interference Zkřížená reaktivita Testované organismy ID zdroje Listeria monocytogenes Mobiluncus mulieris BV 64-5 * D-5 Moraxella catarrhalis 8176 Mycoplasma hominis Neisseria gonorrhoeae N. meningitides Proteus mirabilis P. penneri Pseudomonas aeruginosa Rotavirus Serratia marcescens 23114D ZMC CF Streptococcus mutans Z072 ZMC Z072 * Americká sbírka mikroorganismů. Zeptometrix Corporation. Tabulka pokračuje na další straně Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 8 z 20

9 Tabulka 2. Pokračování Interference Zkřížená reaktivita Testované organismy ID zdroje Staphylococcus aureus S. epidermidis Streptococcus dysgalactiae S. mitis S.pneumoniae S.pyogenes Toxoplasma gondii Trichomonas vaginalis Ureaplasma urealyticum Vibrio parahaemolyticus Yersinia enterolitica Lidská gdna * ZMC klinický izolát ZMC CF Promega G304A * Americká sbírka mikroorganismů. Zeptometrix Corporation. Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 9 z 20

10 Přesnost Přesnost soupravy artus GBS QS-RGQ byla hodnocena za použití sedmiprvkového panelu sestávajícího ze dvou sérotypů GBS: Sérotyp Ia ( BAA-1177) a sérotyp III ( 12403). Skupina byla formována v Lim bujonu a živné půdě za přítomnosti jediného sérotypu (Ia nebo III) při třech koncentracích: pozitivní (přibližně 2-3x mez detekce), nízké (1x mez detekce) a vysoce negativní (<1x mez detekce). Sedmý prvek panelu (negativní) byl připraven pouze s použitím Lim bujonu a živné půdy. Získaná data byla použita k vypočítání standardní odchylky C T a koeficientu variace (%CV) pro každý cíl a interní kontrolu. Ve studii opakovatelnosti provedení v rámci laboratoře byl sedmiprvkový panel testován v replikátech po třech jednou denně, celkem po dobu 12 dní. Testování bylo provedeno na dvou střídajících se operátorech za pomoci přístrojového systému (QIAsymphony RGQ) a jednoho lotu soupravy artus GBS QS-RGQ Kit. Tabulka 3. Shrnutí opakovatelnosti v rámci laboratoře u soupravy artus GBS QS-RGQ Kit. GBS Sérotyp Prvek panelu Pozitivní 29,87 0,32 1,08 31,19 0,53 1,71 Ia Mez detekce 29,77 0,30 1,00 32,85 1,04 3,15 Vysoce negativní 29,78 0,31 1,05 35,54 0,88 2,47 Pozitivní 29,72 0,30 1,01 32,16 0,50 1,55 III Mez detekce 29,82 0,27 0,90 33,35 0,82 2,45 Vysoce negativní 29,76 0,29 0,96 35,93 0,62 1,72 Negativní 30,09 0,25 0,84 n.a.* n.a. n.a. * n.a.: není použitelné. Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 10 z 20

11 Reprodukovatelnost v rámci lotů byla hodnocena za použití tří různých lotů soupravy artus GBS QS-RGQ Kit. Na každém ze tří lotů byl proveden jeden běh (celkem tři běhy) pomocí jednoho přístrojového systému (QIAsymphony RGQ) a jednoho operátora. U každého běhu byl každý prvek panelu testován v replikátech po šesti (Tabulka 4). Tabulka 4. Shrnutí reprodukovatelnosti mezi loty u soupravy artus GBS QS-RGQ Kit. GBS Kmen Prvek panelu Lot 1 29,50 0,42 1,41 29,88 0,27 0,90 Pozitivní 2 29,46 0,17 0,59 29,87 0,13 0, ,00 0,50 1,65 30,10 0,32 1,07 Celková 29,65 0,44 1,49 29,95 0,26 0, ,44 0,20 0,69 31,30 0,46 1,46 Ia Mez detekce Vysoce negativní 2 29,39 0,19 0,64 31,19 0,35 1, ,15 0,38 1,28 31,73 0,39 1,24 Celková 29,66 0,44 1,48 31,41 0,44 1, ,65 0,13 0,44 n.a.* n.a. n.a. 2 29,46 0,33 1,13 34,00 0,51 1, ,90 0,35 1,16 36,16 n.a. n.a. Celková 29,67 0,33 1,11 34,72 1,30 3, ,61 0,31 1,06 31,77 0,92 2,89 III Pozitivní 2 29,49 0,35 1,17 32,03 0,45 1, ,05 0,31 1,04 31,91 0,41 1,28 Celková 29,72 0,39 1,33 31,90 0,61 1,90 * n.a.: není použitelné. Tabulka pokračuje na další straně Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 11 z 20

12 Tabulka 4. Pokračování GBS Kmen Prvek panelu Lot 1 29,49 0,12 0,42 33,28 0,49 1,47 III Mez detekce Vysoce negativní 2 29,54 0,26 0,87 32,56 0,44 1, ,96 0,36 1,20 33,62 0,69 2,04 Celková 29,66 0,33 1,12 33,15 0,69 2, ,46 0,25 0,83 35,72 0,12 0, ,40 0,32 1,10 36,69 0,60 1, ,99 0,39 1,29 36,05 n.a. n.a. Celková 29,62 0,41 1,38 36,32 0,64 1, ,79 0,27 0,89 36,01 n.a. n.a. Negativní 2 29,69 0,18 0,59 n.a.* n.a. n.a. 3 30,20 0,22 0,73 n.a. n.a. n.a. Celková 29,90 0,31 1,04 36,01 n.a. n.a. * n.a.: není použitelné. K měření reprodukovatelnosti přístroje byl sedmiprvkový panel testován na třech různých přístrojových systémech QIAsymphony RGQ. Prvky panelu byly testovány v replikátech po šesti na jednom operátoru s jedním lotem soupravy artus GBS QS-RGQ Kit (viz Tabulka 5). Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 12 z 20

13 Tabulka 5. Shrnutí reprodukovatelnosti v rámci přístrojů soupravy artus GBS QS-RGQ Kit. GBS Kmen Prvek panelu Přístroj 1 29,63 0,24 0,80 30,11 0,20 0,66 Pozitivní 2 29,89 0,20 0,68 29,96 0,19 0, ,63 0,20 0,68 30,03 0,22 0,72 Celková 29,72 0,24 0,80 30,04 0,20 0, ,49 0,19 0,65 31,81 0,72 2,26 Ia Mez detekce Vysoce negativní 2 29,87 0,17 0,58 31,66 0,37 1, ,57 0,35 1,19 30,90 0,17 0,56 Celková 29,64 0,29 0,99 31,46 0,61 1, ,66 0,36 1,22 36,37 0,01 0, ,00 0,30 1,00 35,88 n.a.* n.a. 3 29,55 0,29 0,98 34,68 1,74 5,02 Celková 29,74 0,36 1,21 35,59 1,22 3, ,83 0,20 0,67 32,55 0,31 0,95 III Pozitivní 2 29,93 0,37 1,23 32,77 0,55 1, ,47 0,22 0,74 31,99 0,26 0,82 Celková 29,74 0,33 1,10 32,44 0,50 1,54 * n.a.: není použitelné. Tabulka pokračuje na další straně Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 13 z 20

14 Tabulka 5. Pokračování GBS Kmen Prvek panelu Přístroj 1 29,56 0,22 0,76 33,41 0,72 2,16 III Mez detekce Vysoce negativní 2 30,10 0,32 1,05 34,17 1,24 3, ,63 0,24 0,81 33,16 0,57 1,73 Celková 29,76 0,35 1,17 33,58 0,95 2, ,51 0,26 0,88 36,22 0,82 2, ,10 0,24 0,81 36,12 1,44 3, ,56 0,27 0,92 35,65 0,77 2,16 Celková 29,72 0,37 1,23 36,04 1,12 3, ,07 0,16 0,53 n.a.* n.a. n.a. Negativní 2 30,95 0,48 1,54 n.a. n.a. n.a. 3 30,15 0,40 1,31 n.a. n.a. n.a. Celková 30,39 0,54 1,77 n.a. n.a. n.a. * n.a.: není použitelné. Pro změření reprodukovatelnosti v rámci pracovišť byl sedmiprvkový panel testován dvěma uživateli na třech pracovištích. Každý ze dvou uživatelů provedl 5 běhů v různých testovacích dnech. Prvky panelu byly testovány v replikátech po třech, randomizovaných a pro uživatele skrytých. Ve studii byl na každém pracovišti použit jeden přístrojový systém QIAsymphony RGQ a jeden lot soupravy artus GBS QS-RGQ KIT (Tabulka 6). Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 14 z 20

15 Tabulka 6. Shrnutí reprodukovatelnosti soupravy artus GBS QS-RGQ Kit v rámci pracovišť GBS Kmen Prvek panelu Pracoviště 1 29,51 0,31 1,05 30,25 0,34 1,14 Pozitivní 2 29,15 0,35 1,19 30,21 0,78 2, ,47 0,27 0,90 30,30 0,28 0,94 Celková 29,38 0,34 1,17 30,25 0,51 1, ,49 0,39 1,33 31,63 0,47 1,49 Ia Mez detekce Vysoce negativní 2 29,21 0,41 1,39 31,40 0,93 2, ,43 0,32 1,07 31,40 0,39 1,26 Celková 29,38 0,39 1,32 31,48 0,65 2, ,47 0,35 1,17 35,32 0,95 2, ,24 0,67 2,28 34,66 0,77 2, ,51 0,37 1,26 35,39 1,41 4,00 Celková 29,40 0,49 1,68 35,13 1,07 3, ,37 0,33 1,14 31,45 0,33 1,06 III Pozitivní 2 29,14 0,47 1,60 31,35 0,90 2, ,55 0,34 1,14 31,92 0,45 1,40 Celková 29,36 0,41 1,41% 31,57 0,65 2,07 Tabulka pokračuje na další straně Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 15 z 20

16 Tabulka 6. Pokračování GBS Kmen Prvek panelu Pracoviště 1 29,48 0,33 1,14 31,67 0,52 1,65 III Mez detekce Vysoce negativní 2 29,19 0,41 1,42 31,79 0,74 2, ,40 0,33 1,13 32,50 0,54 1,67 Celková 29,36 0,38 1,29 31,99 0,70 2, ,38 0,35 1,20 35,29 0,82 2, ,06 0,29 0,99 35,59 1,19 3, ,46 0,25 0,84 35,89 0,99 2,75 Celková 29,30 0,34 1,17 35,57 1,03 2, ,81 0,32 1,08 36,70 0,23 0,62 Negativní 2 29,44 0,33 1,12 n.a.* n.a. n.a. 3 29,73 0,39 1,30 36,77 n.a. n.a. Celková 29,66 0,38 1,28 36,72 0,17 0,45 * n.a.: není použitelné. Přenos Správnou detekcí více než 99 % vysoce pozitivních a negativních vzorků v různých umístěních byl prokázán méně než 1 % přenos (zkřížená kontaminace) mezi vzorky. Uměle vytvořené pozitivní a negativní vzorky GBS byl připraveny v Lim bujonu a živné půdě. Vysoce pozitivní vzorky byly vytvořeny při koncentraci CFU/ml. Tyto vzorky byly zpracovány v úplném procesu artus GBS QS-RGQ. Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 16 z 20

17 Interferující substance Bylo testováno 34 substancí, které mohou být přítomny ve vzorcích pacientů. Cílem bylo určit, zda tyto substance ovlivnily výkon soupravy artus GBS QS-RGQ Kit. Ve studii byl použit GBS sérotyp III, který se v Lim bujonu a živné půdě rozpustil na přibližně 2-3x mez detekce. GBS byly individuálně naočkovány každou potenciálně inhibiční substancí a testovány na soupravě artus GBS QS-RGQ Kit. Vzorky a značky jsou uvedené v tabulce 7. Žádná ze substancí neprokázala inhibiční vliv na signály interní kontroly a GBS. Tabulka 7. Substance testované na možnou interferenci Substance Potenciálně interferující substance Testovaná koncentrace* Aleve Naproxen sodný 0,5 mg/ml Anti-hemoroidální krém/gel Fenylefedrin HCL 0,25 % Amniotická tekutina Amniotická tekutina 10 % v/v Adstringent Vilín jarní 50 % Barium sulfát Barium sulfát 12 mg/ml Kondomy Nonoxynol-9 7 % v/v Ethanol Ethanol 0,05 % v/v ex-lax Sennosidy 0,6 % v/v Výkaly Výkaly 100 % Gaviscon Hydroxid hlinitý 42 µg/ml Baktericidní mýdlo Triklosan 0,015 % v/v Lidský hemoglobin Hemoglobin 0,025 mg/ml Imodium Loperamid HCL 0,8 µg/ml Isopropylalkohol Isopropylalkohol 0,05 % v/v Leukocyty Leukocyty 2,5 % v/v * Představuje fyziologicky relevantní koncentrace substancí Tabulka pokračuje na další straně Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 17 z 20

18 Tabulka 7. Pokračování Substance Potenciálně interferující substance Testovaná koncentrace* Meticilin Meticilin 0,5 mg/ml Minerální olej Minerální olej 1,5 % v/v Vlhčené ubrousky Benzalkoniumchlorid 0,30 % Monistat Derm Krém obsahující mikonazolnitrát 2 % Mukus Mucin 1 % v/v Kyselina palmitová Kyselina palmitová 0,025 mg/ml Pepto Bismol Subsalicylát vizmutu 1 % v/v Deodorant ve spreji Deodorant ve spreji 100 % Preparation H Hydrokortison 1 % Prilosec Omeprazol magnesium 8 µg/ml Chlornan sodný Chlornan sodný 0,05 % v/v Kyselina stearová Kyselina stearová 0,025 mg/ml Tagamet Cimetidin 80 µg /ml Tums Uhličitan vápenatý 200 µg/ml Moč Moč 10 % v/v Vancomycin Vancomycin 0,5 mg/ml Vaseline Vazelína 100 % Plná krev Vzorky plné krve s EDTA 5 % v/v Oxid zinečnatý Oxid zinečnatý 20 % w/w * Představuje fyziologicky relevantní koncentrace substancí Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 18 z 20

19 Hodnocení diagnostického výkonu Výkon soupravy artus GBS QS-RGQ byl hodnocen za použití klinických vzorků ze čtyř různých geografických lokalit ve Spojených státech v roce Hodnoceno bylo celkem 369 kultur v Lim bujonu a výsledky ze soupravy artus GBS Kit byly porovnávány s výsledky získanými z referenční kultury a dvousměrných sekvencí. Klinické vzorky byly pokládány za pozitivní, pokud byly hodnoty C T 39,7. U testovaných klinických vzorků ukázala souprava artus GBS QS-RGQ Kit celkovou diagnostickou senzitivitu 95 % (s pozitivní prediktivní hodnotou 87 %) a specificitu 95 % (s negativní prediktivní hodnotou 98 %) u GBS v porovnání s obohacenou kulturou a dvousměrnou sekvencí (Tabulka 8 a 9). Tabulka 8. Výsledky studie klinické shody GBS Kultura + dvousměrná sekvence + Celkem artus GBS QS-RGQ Kit Celkem Tabulka 9. Výsledky studie klinické shody GBS 95 % CI Citlivost 95 % % Specificita 95 % % Pozitivní prediktivní Negativní prediktivní 87 % % 98 % % Prevalence 26 % % Shoda 95 % Neuvedeno Charakteristiky chování: artus GBS QS-RGQ Kit strana 19 z 20

20 Aktuální licenční informace a odmítnutí odpovědnosti specifická pro výrobek jsou uvedeny v příručce pro sadu QIAGEN nebo příručce uživatele. Manuály k produktům QIAGEN jsou dostupné na nebo na požádání u technického servisu QIAGEN nebo lokálního distributora. Ochranné známky: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (Skupina QIAGEN); Aleve (Bayer HealthCare LLC); (American Type Culture Collection Corporation); ex-lax (Sandoz Pharmaceuticals Corporation); Gaviscon (Aventis Holdings Inc); Imodium (Johnson & Johnson Corporation); Preparation H (American Home Products Corporation); Prilosec (AstraZeneca AB Corporation); Tagamet, Tums (SmithKline Beecham Pharmaceuticals Co.); Vaseline (Unilever Supply Chain, Inc.). Registrované názvy, ochranné známky atd. použité v tomto dokumentu, a to i v případě, že takto nejsou výslovně označeny, nejsou považovány za zákonem nechráněné. 14. května 2014 QIAGEN, všechna práva vyhrazena. Denmark Italy Singapore Australia Finland Japan Spain Austria France Korea (South) Sweden Belgium Germany Luxembourg Switzerland Brazil Hong Kong Mexico Taiwan Canada India The Netherlands UK China Ireland Norway USA Sample & Assay Technologies