Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/

Transkript

1 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Období řešení projektu: (36 měsíců) Rozpočet projektu: ,60 Kč Příjemce podpory: Univerzita Palackého v Olomouci Partner projektu: Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. Hlavní řešitel: prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, Ph.D.

2 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Vážené kolegyně, vážení kolegové, všichni zainteresovaní, dostává se vám do rukou text, který v hrubých rysech shrnuje dosažené výsledky v rámci řešení projektu Operačního programu vzdělávání pro konkurenceschopnost (OPVK). Systém terciárního vzdělávání v České republice má dlouhodobě řadu neduhů, k nimž patří i chronické podfinancování vysokých škol. Na vysoké školy sice v sumě přichází více než pěkná částka peněz, nicméně prudký nárůst počtu vysokých škol v poslední dekádě vedl k rozmělnění financí mezi mnoho příjemců, a takto se na tradiční kamenné vysoké školy dostává méně financí, než by odpovídalo potřebám těchto škol a jejich postavení ve společnosti. V této situaci přišla jako na zavolanou možnost čerpat prostředky z Evropského sociálního fondu, konkrétně pak z Operačního programu vzděláváni pro konkurenceschopnost. Právě díky těmto prostředkům jsme mohli po dobu tří let rozvíjet studijní obor Molekulární a buněčná biologie (MBB) na Přírodovědecké fakultě UP (PřF UP) v Olomouci, a to nad rámec dotace poskytované UP ze státního rozpočtu. Velkou část finančních prostředků projektu tvořily mzdové prostředky, které umožnily zajistit důstojné podmínky pro stávající zaměstnance PřF UP a zaměstnat řadu externích specialistů. Celkově bylo mzdami podpořeno 33 osob a osobní náklady tvořily cca 69 % finanční dotace. Do projektu byli aktivně zapojeni studenti doktorských studijních programů. Vybavili jsme novým laboratorním nábytkem tři výukové laboratoře pro studenty MBB. Každému zaměstnanci projektu byl pořízen nový počítač. Na UP bylo pozváno 18 zahraničních odborníků z 11 zemí, kteří pro studenty přednášeli o nejnovějších poznatcích v oblasti molekulární a buněčné biologie a příbuzných oborů. S řadou těchto odborníků byla navázána či rozvíjena vědecká spolupráce. Inovováno bylo 17 předmětů a nově byly zavedeny 2 předměty do výuky MBB. Hodnotným přínosem pro studenty MBB bylo vytvoření webového výukového portálu, kde jsou dostupné výukové a studijní materiály. Byla vydána čtyři skripta, která byla distribuována bezplatně mezi studenty MBB. Celkově hodnotím výstupy dosažené v rámci řešení projektu za velmi uspokojivé a prospěšné pro studenty MBB, ale i dalších biologických oborů na PřF. Závěrem bych rád poděkoval všem, kteří se na úspěšném řešení projektu podíleli a popřál hodně úspěchů v další práci na akademické půdě. V Olomouci dne prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, Ph.D. hlavní řešitel projektu 2

3 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ SOUHRNNÉ INFORMACE O PROJEKTU Název projektu: Období řešení projektu: (36 měsíců) Rozpočet projektu: ,60 Kč Příjemce podpory: Univerzita Palackého v Olomouci Partner projektu: Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. Číslo operačního programu: CZ.1.07 Název operačního programu: OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost Číslo prioritní osy: 7.2 Název prioritní osy: Terciární vzdělávání, výzkum a vývoj Číslo oblasti podpory: Název oblasti podpory: Vysokoškolské vzdělávání Číslo výzvy: 07 Název prioritního tématu: Navrhování, zavádění a provádění reforem systémů vzdělávání a odborné přípravy s cílem rozvíjet zaměstnatelnost, zvyšování významu základního a odborného vzdělávání a odborné přípravy na trhu práce a neustálé zlepšování dovedností vzdělávacích pracovníků s ohledem na inovace a znalostní ekonomiku. Stručný obsah projektu: Přírodovědecká fakulta UP v Olomouci vzdělává posluchače bakalářského a magisterského studijního oboru Molekulární a buněčná biologie. Daný studijní obor se zaměřuje na progresivní, rychle se rozvíjející biologické disciplíny a jejich praktickou aplikaci s důrazem na poznávání živých systémů na molekulární a buněčné úrovni. Absolventy připravuje k samostatné odborné práci s využitím moderních instrumentálních prostředků a vede studenty také k samostatné pracovně-organizační činnosti. Cílovou skupinou projektu budou posluchači bakalářského a magisterského studijního programu. Cílem projektu je implementace nejnovějších poznatků do studovaných předmětů, rozšíření spektra volitelných předmětů a inovace sylabů a studijních materiálů. Důraz bude kladen na praktické využití znalostí a získaných dovedností s cílem zvýšit konkurenceschopnost absolventů na trhu práce i v mezinárodním měřítku. Dále vznikne internetový portál s výukovými materiály využívajícím multimediální studijní opory. 3

4 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ KLÍČOVÉ AKTIVITY PROJEKTU Obecně se u projektů ESF OPVK vytyčují tzv. klíčové aktivity, které tvoří páteřní osu projektu v návaznosti na věcný a časový harmonogram projektu. V případě projektu Inovace studia molekulární a buněčná biologie se jednalo o následující klíčové aktivity: Klíčová aktivita č. 1: Návrh struktury a metodiky tvorby sylabů Popis klíčové aktivity: V rámci této klíčové aktivity jsme zpracovali obsahovou strukturu inovovaných i nově vytvářených kurzů. Navrhli jsme metodiku tvorby jednotlivých komponent sylabů a výukových kurzů (prezentace PowerPoint, klíčová slova, navigační struktura, autokorektivní kontrolní otázky). Vypracovali jsme jednotnou metodiku pro tvorbu video záznamů, jejich zpracování a zálohování. Zpracovali jsme interní harmonogram tvorby vzdělávacích kurzů. Na realizaci této klíčové aktivity se podílel řídící tým projektu, klíčovou roli představoval koordinátor, garanti, lektoři a IT-pracovník projektu. Po vytvoření sylabů jsme zajistili proškolení realizačního týmu lektorů. Výstup klíčové aktivity: Výstupem této klíčové aktivity byla podrobná specifikace struktury výukových sylabů a vytvořená metodika tvorby jednotlivých komponent vzdělávacích kurzů. Metodika byla vypracovaná formou vzorových souborů (šablon) fiktivního výukového modulu. Metodika zahrnuje: metodiku tvorby prezentace PowerPoint, včetně návrhu grafiky v souladu s vizuální identitou OP VK metodiku stanovení klíčových slov pro části prezentace metodiku stanovení navigační struktury webu metodiku natáčení video záznamů, zpracování dat, uložení a zálohování souborů metodiku synchronizace prezentací a videa metodiku tvorby testů zpracování vizuální identity projektu Klíčová aktivita č. 2: Tvorba obsahu vzdělávacích kurzů Popis klíčové aktivity: Na základě vypracované struktury a metodiky tvorby vzdělávacích kurzů a podle vypracovaných šablon lektoři zpracovali jednotlivé vzdělávací moduly. Každý kurz obsahuje: seznam používané literatury elektronické studijní materiály prezentace PowerPoint seznam klíčových slov pro jednotlivé snímky prezentace navigační strukturu jednotlivých kurzů kontrolní otázky 4

5 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ V rámci realizace této klíčové aktivity jsme otevřeli 2 nové vzdělávací kurzy a inovovali celkem 17 vzdělávacích kurzů. Výstupem byly nové sylaby pro jednotlivé vzdělávací kurzy z oboru Molekulární a buněčné biologie. Byly připraveny nové výukové materiály pro účastníky kurzů, dále PowerPoint prezentace pro jednotlivé kurzy a zároveň byly v elektronické podobě tyto materiály umístěny na webových stránkách projektu. V přednáškách i praktických cvičeních byl důraz kladen na zavádění nejnovějších experimentálních metod a technik. Pro realizaci projektu a inovací výuky jsme nakoupili potřebné zařízení a vybavení, a učebny jsme vybavili novým nábytkem. Výstup klíčové aktivity: Výstupem této klíčové aktivity bylo 19 inovovaných odborných vzdělávacích kurzů pokrývajících problematiku Molekulární a buněčné biologie. Inovovali jsme následující kurzy: 1. Cytotaxonomie a cytogenetika 2. Genomika 3. Molekulární biologie rostlin 4. Molekulární biologie 5. Obecná a anorganická chemie (Chemie pro biology I) 6. Organická chemie (Chemie pro biology II) 7. Obecná biologie 8. Obecná genetika 9. Obecná virologie 10. Odborná angličtina 11. Populační genetika 12. Buněčná biologie; 13. Systematická botanika (Biologická klasifikace rostlin) 14. Systematická zoologie (Biologická klasifikace živočichů) 15. Cvičení z buněčné biologie; Cvičení z obecné genetiky 16. Cvičení z molekulární biologie 17. Cvičení z genomiky Nově byly zavedeny do výuky kurzy: 18. Základy toxikologie 19. Humánní virologie PowerPoint prezentace byly zpracovány a umístěny spolu s ostatními výukovými materiály kurzů na webový portál projektu. Klíčová aktivita č. 3: Pilotní ověření výuky nových a inovovaných vzdělávacích kurzů Popis klíčové aktivity: Pracovníci uskutečnili v upravených prostorách školy nebo prostorách partnera stylizované přednášky, semináře a cvičení, pokrývající jednotlivé vzdělávací kurzy. Výuka byla realizována a optimalizovaná přímo v praxi. Průběžně po dobu řešení projektu byla prováděna její evaluace cílovou skupinou. Výsledky evaluace byly zapracovány do vyučovaných předmětů. Tyto informace byly použity i pro řešení stávajících vzdělávacích problémů, a byly uplatněny v budoucích úpravách studijních plánů na PřF UP v Olomouci. V rámci této klíčové aktivity jsme zahájili 5

6 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ a opakovaně ověřili výuku inovovaných a nových kurzů. Ve školním roce 2010/2011 a 2011/2012 jsme uskutečnili pilotní ověření formou prezenční výuky na studentech Přírodovědecké fakulty UP Olomouc v rámci výše vyjmenovaných předmětů. Prezenční výuka byla vedena pedagogy Přírodovědecké fakulty UP, partnera projektu a k výuce byli přizváni zahraniční odborníci, kteří v rámci projektu prezentovali vybrané přednášky. Výstup klíčové aktivity: Výstupem klíčové aktivity byla realizovaná výuka, elektronické výukové materiály na webu projektu a PowerPoint prezentace přednášek. Klíčová aktivita č. 4: Příprava učebních textů skript Popis a výstup klíčové aktivity: Byla připravena následující skripta, která byla a budou využita pro výuku inovovaných předmětů Molekulární a buněčné biologie: Vybrané kapitoly z buněčné biologie Kapitoly z obecné genetiky Základy virologie obecná virologie Chemie pro biology II. Klíčová aktivita č. 5: Revize a úprava vzdělávacích kurzů Popis klíčové aktivity: Na základě zkušeností a zpětné vazby získávaných průběžně při pilotním ověřování projektu prováděli lektoři jednotlivých kurzů pod vedením koordinátora projektu revizi vytvořených vzdělávacích kurzů a materiálů na webovém portálu. Revize zahrnovala odstranění faktických a formálních chyb a nedostatků, které byly v modulech nalezeny. Úpravy se týkaly všech komponent modulů prezentací PowerPoint, klíčových slov a testů. Za pomoci pedagogických pracovníků školy a IT speciality byly znovu připraveny materiály těch přednášek a cvičení, kde pilotní ověření ukázalo nedostatečnou názornost záznamu nebo kde byly objeveny věcné chyby. Revizi obsahu jsme prováděli průběžně po celou dobu pilotního ověřování. Výstup klíčové aktivity: Výstupem realizace klíčové aktivity bylo 19 validovaných modulů jednotlivých kurzů včetně umístění upravených materiálů na webový portál. Prostřednictvím portálu byly, jsou a budou moduly kurzů trvale dostupné studentům fakulty. Klíčová aktivita č. 6: Vyhodnocení a ukončení projektu Popis a výstup klíčové aktivity: Na závěr projektu jsme nechali vypracovat externí odborné hodnocení projektu. Uspořádali jsme a vyhodnotili jsme ankety mezi studenty. Uspořádali jsme odbornou konferenci, kde jsme seznámili účastníky s dosaženými výstupy. 6

7 ŘEŠITELSKÝ TEAM PROJEKTU Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Řešitelský team byl horizontálně i vertikálně strukturovaný, v průběhu řešení projektu docházelo k obměnám na některých pozicích např. odchody zaměstnanců na rodičovskou dovolenou, do starobního důchodu či ukončení pracovního poměru na instituci. Celkem bylo na projektu zaměstnáno 33 osob. Struktura teamu byla následující: Hlavní řešitel projektu: Koordinátor projektu: Projektový manažer: Administrativní pracovníci: IT pracovníci: Garanti řešitelských sekcí: Studenti Ph.D.: Lektoři: prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, Ph.D. Mgr. Dana Šafářová, Ph.D. Ing. Veronika Knichalová-Důjková Zdenka Sladká Mgr. Svatava Bařinová Ing. Ondřej Knichal Mgr. Jan Klapal Mgr. Monika Klapalová, Ph.D. PharmDr. Olga Vohralíková prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. prof. Ing. Miroslav Strnad, DSc. doc. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc. Mgr. Aneta Dořičáková Mgr. Aneta Novotná Mgr. Alžběta Kameníčková Mgr. Eva Řezníčková Mgr. Jan Humplík Mgr. František Brauner, Ph.D. MUDr. Peter Odion Imwensi Ing. Hana Šimková, CSc. doc. RNDr. Martin Fellner, Ph.D. RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D. Mgr. Boris Cvek, Ph.D. doc. Ing. Radim Vrzal, Ph.D. doc. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. doc. RNDr. Petr Hašler, Ph.D. RNDr. Radim Vašut, Ph.D. Mgr. Eva Hényková, Ph.D. Mgr. Radim Simerský, Ph.D. Mgr. Lukáš Spíchal, Ph.D. Mgr. Karel Doležal, Ph.D. Mgr. Lucie Szučová, Ph.D. Ing. Jaromír Mikulík, Ph.D. 7

8 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ ZVANÍ ODBORNÍCI ZE ZAHRANIČÍ V průběhu řešení projektu hostovala v Olomouci řada předních zahraničních odborníků, jejichž pobyt a cestovní náklady byly hrazeny z projektu. Jednalo se o celkem 19 odborníků z 12 zemí. Profesní orientace zvaných přednášejících byla pestrá, zahrnující rostlinnou fyziologii, rostlinné biotechnologie, humánní endokrinologii, farmakologii, toxikologii či epidemiologii. Hosté během svého pobytu vždy proslovili přednášku pro studenty oboru Molekulární a buněčná biologie (bakalářský a magisterský navazující program), a taktéž pro studenty ostatních biologických oborů. S řadou hostů byla navázána nebo prohloubena vědecká spolupráce. Jednalo se o následující odborníky: Prof. RNDr. František BALUŠKA, DrSc. Institute of Cellular and Molecular Botany University of Bonn, GERMANY Pobyt: Přednáška: Effects of Light on Root Behaviour Robert BAROUKI, Ph.D. Unité UMR-S 747 Inserm-Université Paris Descartes Toxicologie Pharmacologie et Signalisation Cellulaire, Paris, FRANCE Pobyt: Přednáška: The toxicological function of the adipose tissue Ing. Július BRTKO, DrSc. Ústav experimentální endokrinologie Slovenská akademie věd, Bratislava, SLOVENSKO Pobyty: Přednášky: Kyselina kojová 5-Hydroxy-2-(hydroxymetyl)-4H-pyran-4-one a jej deriváty ako biologicky aktívne zlúčeniny s potenciaálnym využitím v humánnej a veterinárnej medicíne Chemoprevencia a terapia nadorovych ochoreni vo vztahu k biologicky aktivnym ligandom nuklearnych receptorov Nukleárne receptory a ich biologicky aktívne ligandy vo vzťahu k terapii vybraných nádorových ochorení Selén, selenoenzýmy a selenoproteíny a ich úloha na úrovni bunky a v integrovanom organizme Nukleárne receptory a ich biologicky aktívne ligandy vo vzťahu k regulačným procesom na úrovni bunky a v terapii niektorých nádorových ochorení Úloha selénu, selenoenzýmov a selenoproteínov na úrovni bunky a v integrovanom organizme 8

9 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Nicola CARRARO, Ph.D. Department of Horticulture and Landscape Architecture Purdue University,West Lafayette, IN, USA Pobyt: Přednáška: The auxin transporters of poplar Xavier COUMOUL, PhD, HDR INSERM UMR-S 747 Université Paris Descartes, FRANCE Pobyt: Přednáška: Cell migration : the role of the Ah Receptor Klaus DRAGULL, Ph.D. United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service Western Regional Research Center, Plant Mycotoxin Research, Albany, CA, USA Pobyt: Přednáška: Pharmacognosy of kava (Piper methysticum), a medicinal shrub from the Pacific Islands Juraj GREGAN, Ph.D. Max F. Perutz Laboratories Department of Chromosome Biology University of Vienna, AUSTRIA Pobyt: Přednáška: Proteins required for proper segregation of chromosomes Thomas HAARMANN-STEMMANN, Ph.D. Leibniz Research Institute for Environmental Medicine Duesseldorf, GERMANY Pobyt: Přednáška: The Arylhydrocarbon Receptor A Master Regulator of Drug Metabolism Martin HAJDUCH, Ph.D. Slovak Academy of Sciences Institute of Plant Genetics and Biotechnology, Nitra, SLOVENSKO Pobyt: Přednáška: Proteomics analysis of plant adaptation in radioactive Chernobyl area 9

10 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Jørn A. HOLME, DSc, PhD Department of Air Pollution and Noise Division of Environmental Medicine Norwegian Institute of Public Health, Oslo, NORWAY Pobyt: Přednáška: Cell death induced by PAHs and nitro-pahs: a role of DNA DR Gordon M. KIRBY, DVM, MSc, PhD Department of Biomedical Sciences, Ontario Veterinary College University of Guelph, Guelph, Ontario, CANADA Pobyt: Přednášky: Drug Metabolizing Enzymes and Responses to Cellular Stress Discovery and Validation of a Biomarker of Canine Hemangiosarcoma Robert KONIECZNY, Ph.D. Department of Plant Cytology and Embryology Jagiollenian University, Cracow, POLAND Pobyt: Přednáška: Morphogenesis of common ice plant current studies and perspectives Dominique LAGADIC-GOSSMANN, Ph.D. Institute of Research in Environmental and Occupational Health (IRSET) University of Rennes 1, Faculty of Pharmacy, Rennes, FRANCE Pobyt: Přednáška: What role for plasma membrane in cell responses towards xenobiotics? Katalin MONOSTORY, Ph.D. Chemical Research Center Hungarian Academy of Sciences, Budapest, HUNGARY Pobyt: Přednáška: Diagnostic approaches of drug-metabolizing capacity for personalized medication of transplant patients Kamil RŮŽIČKA, Ph.D. Wood Development Group Institute of Biotechnology, University of Helsinky, FINLAND Pobyt: Přednáška: PX1 regulates protoxylem cell fate 10

11 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Assoc. Prof. Theresia THALHAMMER, Ph.D. Deparment of Pathophysiology and Allergy Research Medical University of Vienna, Vienna, AUSTRIA Pobyt: Přednáška: OATP transport proteins in liver, hepatic and extrahepatic tumors Michael W. BAIRU, Ph.D. Research Centre for Plant Growth and Development School of Biological and Conservation Sciences University of KwaZulu-Natal, Pietermaritzburg, SOUTH AFRICA Pobyt: Přednáška: Plant biotechnology in the production and conservation of plants commonly used in African traditional medicine Assoc. Prof. Wolfgang MIKULITS, Ph.D. Department of Medicine I Institute of Cancer Research Medical University of Vienna, Vienna, AUSTRIA Pobyt: Přednáška: The TGF-beta/Wnt-beta catenin axin in epithelial to mesenchymal transition (EMT) and hepatocellular carcinoma progression Assoc. Prof. Georg KRUPITZA, Ph.D. Department of Medicine I Institute of Clinical Pathology Medical University of Vienna, Vienna, AUSTRIA Pobyt: Přednáška: Invasion of the lymphatic vasculature; Inducers and Inhibitors Gordon M. KIRBY, DVM, MSc., Ph.D. Associate Dean, Research & Innovation Professor, Department of Biomedical Sciences Ontario Veterinary College, University of Guelph Pracovní setkání s vedením PřF UP. Na fotografii zleva: prof. Zdeněk Dvořák, prof. Gordon Kirby, prof. Tomáš Opatrný, prof. Ivo Frébort 11

12 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ VYDANÉ UČEBNÍ TEXTY SKRIPTA Za finančního přispění projektu byla vydavatelstvím UP vydána čtvera skripta pro studenty oborů Molekulární a buněčná biologie a Experimentální biologie, jakož i dalších studijních kombinací, majících ve studijních plánech předměty Buněčná biologie a Obecná genetika. Každé ze skript bylo vydáno v nákladu 250 kusů. Skripta byla (a budou) distribuována studentům bezplatně. Jedná se o následující učební texty: Milan NAVRÁTIL: Základy virologie Obecná virologie. ISBN Dana ŠAFÁŘOVÁ: Kapitoly z obecné genetiky. ISBN Lucie SZUČOVÁ: Chemie pro biology II. ISBN Zdeněk DVOŘÁK, Boris CVEK: Vybrané kapitoly z buněčné biologie. ISBN

13 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ UČEBNY PRO PRAKTICKOU VÝUKU LABORATORNÍ NÁBYTEK Studijní obor Molekulární a buněčná biologie představuje z velké části výuku experimentálních disciplín, a to formou pravidelných praktických cvičení a blokových praktických cvičení. Řešení kvalifikačních prací bakalářských a diplomových probíhá rovněž v laboratořích. Z tohoto důvodu bylo velkým přínosem, že z prostředků projektu mohly být vybaveny na Katedře buněčné biologie a genetiky laboratoře pro výuku studentů novým laboratorním nábytkem. Finanční částka, kterou bylo z projektu vybavení dotováno, činila celkem ,- Kč, z čehož ,Kč tvořila položka nábytek a ,- Kč laboratorní židle. Fotodokumentace níže ukazuje vybavení tří učeben nábytkem: 13

14 PUBLICITA PROJEKTU Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Zajištění publicity projektu bylo prováděno řadou prostředků, které byly nadefinovány v návrhu projektu. Na tomto místě jsou zmíněny některé prostředky publicity projektu: Propagační leták formátu A5 po celou dobu řešení projektu byl distribuován ve veřejných prostorách PřF UP, a při návštěvách spolupracujících pracovišť v rámci ČR, např. Biofyzikální ústav AV ČR Brno, Farmaceutická fakulta UK Hradec Králové atd. Název projektu: INOVACE STUDIA MOLEKULÁRNÍ A BUNĚČNÉ BIOLOGIE Registrační číslo projektu: CZ.1.07/2.2.00/ Program podpory: Operační program Vzdělávání pro konkurenceschopnost Partner projektu: Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. Termín realizace: Kontakt: hlavní řešitel projektu: prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, Ph.D., zdenek.dvorak@upol.cz projektový manažer: Ing. Veronika Důjková, veronika.dujkova@upol.cz webové stránky projektu: Anotace: Cílem projektu je implementace nejnovějších poznatků do studovaných předmětů, rozšíření spektra volitelných předmětů a inovace sylabů a studijních materiálů. Důraz bude kladen na praktické využití znalostí a získaných dovedností s cílem zvýšit konkurenceschopnost absolventů na trhu práce i v mezinárodním měřítku. Dále vznikne internetový portál s výukovými materiály využívající multimediální studijní opory. Konkrétně bude inovováno 17 předmětů a budou připraveny 2 nové kurzy. Dále se předpokládá: vytvářet multimediální studijní opory (inovace elektronických studijních materiálů, týkající se všech povinných a volitelných (kategorie1) předmětů; aktivní zapojování studentů do výzkumných a vzdělávacích projektů; podporovat možnosti výuky vybraných předmětů v angličtině i v magisterských programech jako předpoklad pro případné budoucí rozšíření akreditace vybraných programů o výuku v angličtině; zvýšení úrovně vybraných přednášek přednášejícími zvanými ze zahraničí; zajistit krátkodobé stáže maximálního počtu studentů, zejména magisterského programu, ve spolupracujících zahraničních laboratořích; reagovat na potřeby rozvoje oboru a potřeby praxe, kde se absolventi uplatňují, a inovovat jednotlivé kurzy na základě těchto potřeb; upravit a zefektivnit základní strukturu (vybrané kurzy) bakalářského a magisterského studijního programu Molekulární a buněčná biologie, aby mohla být v blízké době podána žádost o akreditaci nového studijního oboru Experimentální biologie. TENTO PROJEKT JE SPOLUFINANCOVÁN EVROPSKÝM SOCIÁLNÍM FONDEM A STÁTNÍM ROZPOČTEM ČESKÉ REPUBLIKY 14

15 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Projekt byl 2 propagován v lokálním univerzitním periodiku Žurnál UP: 15

16 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Byl publikován příspěvek v Bulletinu impaktovaného časopisu Chemické listy: 16

17 Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ V souvislosti s vydanými skripty Vybrané kapitoly z buněčné biologie, byl publikován na webové stránce internetového deníku Britské listy ( text propagující projekt: 17

18 Ing. Hana Šimková, CSc. Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Ústav experimentální botaniky AV ČR, Olomouc Role v projektu: Lektor Předmět: Genomika Genomika je moderním vědeckým oborem se značnou dynamikou vývoje. Zabývá se zejména metodologií studia genomů, v níž je více než v jiných vědeckých oborech patrná masivní expanze nových technologií. V časovém horizontu trvání projektu OPVK tak došlo v této oblasti k převratným změnám, které zásadním způsobem ovlivnily přístup ke studiu genomů. Cílem inovace studijního oboru Genomika se tak stalo podchycení těchto nových trendů a jejich promítnutí do výuky. Nové poznatky lektorka čerpala v prvé řadě účastí na mezinárodních i domácích konferencích, zejména na celosvětově největší genomické konferenci Plant and Animal Genome, pořádané každoročně v kalifornském San Diegu za účasti více než dvou tisíc vědců a desítek firem z oboru. Zejména díky této akci, ale i řadě mezinárodních kontaktů se špičkami v oboru rostlinné genomiky, navázaných díky aktivní činnosti v rámci Mezinárodního konsorcia pro sekvenování genomu pšenice (IWGSC), lektorka získala přístup k unikátním studijním materiálům a prezentacím, které byly využity pro inovaci výuky. Změny v přednáškách odrážely zejména nástup sekvenčních technologií nové generace (technologie 454, Illumina, Solid aj.) a jejich dopad na sekvenování složitých genomů, na analýzu transkriptomu a na zcela nový přístup k charakterizaci genotypu, v níž analýzu jednotlivých lokusů nahrazuje komplexní přístup označovaný jako genotyping by sequencing. V přednáškách byly nově popsány i další moderní genotypovací technologie (Illumina, KASPar, HRM analýza) a vysvětleny nové markerové systémy (DArTseq, SFP markery). Na základě aktuálních poznatků byly doplněny informace o optickém mapování a radiačním hybridním mapování, integraci genetických a fyzických map a využití komparativní genomiky pro mapování genomů a poziční klonování. Byly prezentovány aktualizované informace o stavu sekvenování významných genomů (kukuřice, mamut, neandrtálec aj.) a de novo syntéze prvního funkčního umělého genomu Mycoplasma mycoides. V rámci cvičení byly do výuky nově začleněny ukázky konstrukce fyzické mapy a témata seminárních prací (prezentací) byla doplněna o další sekvenační technologie nové generace (Helicos, Pacific Biosciences, Iontorrent) a metodu sequence capture, používanou ve spojitosti s novými sekvenčními technologiemi. Věříme, že díky těmto inovacím ve výuce bude absolvent oboru Molekulární a buněčná biologie odcházet do praxe s nejaktuálnějšími informacemi z oboru. 18

19 Mgr. Boris Cvek, Ph.D. Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Katedra buněčné biologie a genetiky PřF UP Olomouc Role v projektu: Lektor Předmět: Buněčná biologie I. V rámci projektu CZ.1.07/2.2.00/ ; jsem byl zodpovědný za vytvoření nových přednášek z Buněčné biologie I pro studenty biologických oborů na Přírodovědecké fakultě UP (cca lidí). Nastoupil jsem na Katedru buněčné biologie a genetiky se začátkem projektu a převzal od zimního semestru 2009 přednášky z Buněčné biologie I po mé předchůdkyni. Vytvořil jsem svou vlastní sérii powerpointových prezentací ke každé z přednášek (12 prezentací), přičemž jsem striktně vycházel z české a anglické verze standardní světové učebnice Albertse a kol. Základy buněčné biologie (Molecular Biology of the Cell). Přednášky jsem postupně upravoval a obohacoval o nejnovější poznatky např. z oblasti degradace proteinů v buňkách, vývoje nového léku bortezomibu (celá poslední přednáška je věnována této převratné aplikaci poznatků z buněčné biologie v medicíně) nebo o moderní teorie vysvětlující původ pohlavního rozmnožování. První přednášku jsem věnoval nikoli jenom historii buněčné biologie, nýbrž i jejímu filozofickému pozadí, v němž jsem spojil problém teleologie v živém světě, darwinismus a Prigoginovskou termodynamiku s důrazem na základní rozdíl mezi živým a neživým chováním hmoty. Buněčná biologie představuje naprosto stěžejní obor v moderní biologii, který skládá do jednoho celku chemismus buňky ve vysvětlení jejího složení, jejího metabolismu a dědičnosti a jejího rozmnožování buněčným dělením. Mezi základní témata proto patří konformace biomakromolekul a jejich funkčnost, chemické složení buněčných membrán s jeho biologickými důsledky, mechanismy genové exprese atd. Důraz v přednáškách je kladen na komplexnost a široký přehled, na pochopení základních myšlenkových obratů a na roli evolučního procesu ve vzniku složitých buněčných struktur. Buňka je chápána jako nános různých sedimentů, jež různě vznikaly během evoluce, nikoli jako přísně účelný konstrukt nějakého designéra (v souladu s knihou D. Braye Wetware, Yale University Press 2009). Další významnou částí mé práce byla příprava nových zkouškových testů a nové definování formy i kritérií absolvování zkoušky z Buněčné biologie I. Vytvořil jsem testy s odečítáním bodů za nesprávné odpovědi, aby nebylo možno získat žádné body pouhým tipováním. Každý test obsahuje 50 otázek, které jsou zaměřené mimo ověření základních znalostí na to, aby student prokázal, že rozumí kontextu buněčné biologie a nechápe pojmy pouze povrchně v jakémsi chaosu. Během vyhodnocování testů se ukázalo (všechny testy opravuji já, posuzuje je pak v případě druhého opravného termínu pro ten účel jmenovaná komise), že připravené testy jsou pro studenty náročné a prověřují úroveň pochopení látky. Vzhledem ke zcela klíčovému postavení buněčné biologie v moderní biologii a vzhledem k tomu, že zkouška z Buněčné biologie I se koná v prvním ročníku, na konci zimního semestru, je zcela logické, že jde o zkoušku, v níž si studenti mohou a mají prověřit svou schopnost stát se biology a případně přehodnotit své rozhodnutí mířící tímto směrem. Kromě přednášek z Buněčné biologie I a zkoušení tohoto předmětu jsem vedl také cvičení pro studenty oboru molekulární a buněčné biologie z buněčné biologie. Tato cvičení jsem inovoval ve srovnání s minulou praxí jejich obohacením o teoretické semináře, zaměřené na pokročilejší tematiku např. nové metody v mikroskopování (podle série článků v časopise Nature Magnifying power ) apod. 19

20 Doc. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc. Zpráva o realizaci projektu OPVK CZ.1.07/2.2.00/ Ústav experimentální botaniky AV ČR, Olomouc Role v projektu: Garant za ÚEB; Lektor Předměty: Anatomie genomu Cytometrické techniky Cytotaxonomie a cytogenetika V průběhu projektu byla zásadním způsobem inovovaná výuka tří předmětů: Cytotaxonomie a cytogenetika, Anatomie genomu a Cytometrické techniky. Ve všech třech případech se jednalo o přenášky, pro které byly připraveny nové PowerPointové prezentace. Při jejich přípravě byla zúročena dlouholetá praxe přednášejícího v těchto vědních oborech a metodách. Díky aktivní vědecké práci je doc. Doležel v kontaktu s vědeckými špičkami v oboru a získává nové poznatky s minimálním zpožděním a dlouho před tím než jsou publikovávány ve vědeckých knihách či dokonce učebnicích. Tento kontakt je podporován služebními cestami na spolupracující pracoviště a účastí na prestižních mezinárodních konferencích. Dlouhodobá praktická zkušenost v oboru pak usnadňuje nadhled a zobecňování poznatků a jejich zasazení do širších souvislostí, zpestření přednášené látky konkrétními příklady vědecké práce, vylíčením okolností, které vedly k získání nových poznatků a konečně zdůvodnění jejich významu jak pro základní a aplikovaný výzkum, tak pro praxi. Inovace obsahu přednášek předmětu Cytotaxonomie a cytogenetika spočívala v aktualizaci popisu metod používaných v cytogenetice, zejména metod molekulární cytogenetiky, průtokové cytometrie a metod využívajících genomiku při studiu molekulární struktury chromosomů a jejich změn charakteristických pro genetické choroby a nádorové bujení. Byly rovněž přepracovány části přednášky věnované změnám karyotypu doprovázejících vznik reprodukčních bariér a evoluci nových druhů. Zde byly rovněž uplatněny výsledky získané sekvenováním genomů, které odhalují polyploidizační události a přestavby chromosomů v průběhu evoluce. Inovace obsahu přednášek předmětu Anatomie genomu spočívala v doplňování poznatků o struktuře jaderného genomu a plastomu, které se dynamicky vyvíjejí díky pokroku sekvenačních technologií a nárůstu počtu eukaryot, jejichž genomy byly přečteny. Vedle podrobnější charakterizaci komponent genomu prokaryot a jaderného genomu eukaryot byla přednáška obohacena o komplexní popis mechanismů regulace genové exprese jak na úrovni DNA, tak chromatinu (histonový kód a epigenetické regulace). V reakci na nové poznatky o struktuře buněčného jádra je v inovované přednášce věnována pozornost jaderným tělískům stejně tak jako uspořádání chromosomů v interfázním jádře a interakce chromatinu chromosomů které ovlivňují regulaci genové exprese a podílejí se na vzniku inter-chromosomových translokací. Inovace přednášky Cytometrické techniky pak zahrnovala výstižnější popis základních principů průtokové cytometrie včetně využití on-line prezentací. Byly rovněž přepracovány části věnované aplikacím průtokové cytometrie v genetice a genomice rostlin a především v biomedicínském výzkumu a praxi. V reakci na rozvoj nových technik průtokové cytometrie byla přednáška obohacena o část věnovanou mikrofluidice a metodám tzv. průtokové cytometrie na čipu. Všechny tři přednášky byly studenty hojně navštěvovány a studenti projevovali zvýšený zájem o přednášenou látku. To se projevilo také dobrým prospěchem u zkoušek. 20