Aplikovaná bioinformatika

Transkript

1 Aplikovaná bioinformatika Číslo aktivity: 2.V Název klíčové aktivity: Na realizaci se podílí: Implementace nových předmětů do daného studijního programu doc. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D., Mgr. Josef Houser, Mgr. Petra Sýkorová

2 Realizace klíčové aktivity: Bude zaveden nový předmět Aplikovaná bioinformatika, jehož náplní bude přiblížení teoretických přístupů při analýze a využití proteinových a DNA sekvencí a praktická realizace získaných dat. Cíl: Aplikovaná bioinformatika Zaměření se na praktické potřeby rekombinantních technologií. Prohloubení znalostí studentů v oblasti efektivního využití bioinformatických přístupů v biochemii a příbuzných oblastech. Vyhledávání sekvencí zájmu Analýza sekvencí Výběr expresního systému, klonování in silico

3 Postup práce Příprava sylabu předmětu. Vytvořen s ohledem na hlavní cílovou skupinu (studenti oboru Chemoinformatika a bioinformatika) - menší molekulárně-biologické znalosti. Rovněž zohledněna další cílová skupina (studenti oboru Molekulární biologie a Biochemie) - přesah do laboratorní praxe. Příprava studijních materiálů a úloh. Vytvořeny prezentace a další studijní materiály pro výuku předmětu Po konzultaci se studenty oboru Chemoinformatika a bioinformatika byly přidány obecnější teoretické úvody. Do předmětu byly zařazeny exkurze do laboratoří a demonstrace přístrojů.

4 Postup práce Testovací výuka předmětu. Předmět vyučován v období Jaro 2013 C3211 Aplikovaná bioinformatika Předmět úspěšně dokončilo 10 studentů. Hodnocení výuky. Všichni studenti, kteří absolvovali předmět, vyplnili anonymní anketu hodnotící probíranou látku, kvalitu a množství studijních materiálů a předmět celkově. Úprava studijních materiálů a úloh.

5 Studijní materiály Základní vlastnosti proteinů: teoretický úvod, predikce základních fyzikálněchemických vlastností proteinů, iniciační methionin a jeho odštěpování, predikce lokalizace proteinu, signální sekvence, zisk informací o známých proteinech, vyhledávání v databázích, sekvenční přiložení. Příprava rekombinantních proteinů: teoretický úvod, predikce posttranslačních modifikací, predikce disulfidových můstků, predikce glykosylace, obsah vzácných kodonů v genu, návrh syntetického genu. Sekundární struktura a funkce proteinů: predikce sekundární struktury proteinů, predikce CD spektra proteinů, predikce funkce proteinů pomocí sekvenčního přiložení, identifikace a porovnání aktivního místa proteinů, význam aminokyselinových záměn v aktivním místě, identifikace strukturních a funkčních motivů v sekvencích. Terciární struktura a oligomerizace proteinů: teoretický úvod, vizualizace 3D struktury proteinu, typy zobrazení, porovnání homologních proteinů, analýza aktivního místa proteinu, ukázka predikčních programů, validace struktury, predikce oligomerního stavu proteinů, analýza repetic.

6 Studijní materiály

7 Studijní materiály

8 Studijní materiály Celkem 465 slidů

9 Exkurze na experimentální pracoviště Biochemické a molekulárně biologické laboratoře tvorba expresních systémů kultivace buněk izolace proteinů Laboratoře strukturní biologie CD spektrofotometr proteinová krystalizace Národní NMR centrum Josefa Dadoka nukleární magnetická rezonance Název prezentace v zápatí 9

10 Exkurze do laboratoří produkce proteinů

11 Exkurze do laboratoří CD spektroskopie Po úspěšném experimentu zde uvidíte spektrum svého proteinu

12 Exkurze do laboratoří NMR a krystalografie

13 C3211 Aplikovaná bioinformatika kolokvium

14 C3211 Aplikovaná bioinformatika program hodnocení obor B-BCH BCHM P BCHM 2 5 CHI 3 D-BCH4 P GEPR D-BI4 P PARA N-AP P BIO N-BCH P CHI předměty hodnocení C3211 P nehodnoceno 1 ročník program 1 B-BCH 1 3 D-BCH4 1 D-BI4 1 2 B-BCH 1 3 N-BCH 2 3 B-BCH 3 4 N-AP 1 4 B-BCH 1 1 pohlaví M 5 Ž 6

15 Přítomnost a budoucnost projektu Přednášky a doplňkové studijní materiály byly připraveny a je možno je použít pro běžnou výuku. Testovací výuka proběhla úspěšně a poskytla cennou zpětnou vazbu. Doplňkové exkurze na experimentální pracoviště jsou vítaným zpestřením a budou zařazeny i v budoucnu. Předmět C3211 Aplikovaná bioinformatika bude vyučován rovněž v budoucnu (semestr Jaro 2014) jako volitelný. Název prezentace v zápatí 15

16 Děkuji za pozornost. Název prezentace v zápatí 16