Bioinformatika pro PrfUK 2003

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Bioinformatika pro PrfUK 2003"

Transkript

1 Bioinformatika pro PrfUK 2003 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz

2 What is Bioinformatics?---The Tight Definition "Classical" bioinformatics Fredj Tekaia at the Institut Pasteur offers this definition of bioinformatics: "The mathematical, statistical and computing methods that aim to solve biological problems using DNA and amino acid sequences and related information." What is Bioinformatics?---The Loose definition What almost all bioinformatics has in common is the processing of large amounts of biologically-derived information, whether DNA sequences or breast X-rays.

3 Hloubka (detail) Rozsah (vztahy)

4 Cíl: Modely proteinů a nukleových kyselin jako reálných fyzikálních molekul

5 Experimentální metody pro získávání informací spojených se strukturou X-Ray krystalografie -CD Spektroskopie -Nukleární magnetická rezonance (NMR) -Vibrační spektroskopie

6 START Identifikace příbuzné struktury (templát) cílová sekvence templátová struktura Výběr templátu Porovnání cílové sekvence s templátovou strukturou Konstrukce modelu (využití informací z templátové struktury) CÍL TEMPLÁT ALIGNMENT...KLTDGYAAGLRNMTHPKLYNGTCSSVV KLTFRGYAAGILNMTHHLKJPKLYNGTNA.. Kontrola (vyhodnocení) modelu NE Je model vyhovující? KONEC ANO Výsledný model

7 Zařazení studované sekvence do širšího kontextu a hledání příbuznosti genetický kód je degenerovaný = nejednoznačné přiřazení triplet => aminokyselina metody které porovnávají sekvence musí tuto skutečnost zohlednit sekvenční a strukturní alignment -sekvenční zohledňuje některé význačné vlastnosti AA a jejich podobnost, pokud tato existuje -strukturní alignment může a nemusí brát v úvahu sekvenční

8 Predikce prvků sekundární struktury u proteinů motivace pro předpověď prvků sekundární struktury - efektivní konformační vzorek pro 3D protein folding - vylepšení ostatních sekvenčních a strukturně analytických metod : sekvenční alignment : homologické a threading modelování (CASP) : analýza experimentálních dat : protein design

9 Sekundární strukturní prvky formulace problému Daná proteinová sekvence NWVLSTAADMQGVVTDGMASGLDKD... Predikce sekvence sekundární struktury: LLEEEELLLLHHHHHHHHHHLHHHL... 3-state problém: {ARNDCQEGHILKMFPSTWYV} n {L,H,E} n

10 α-šroubovice, 3 typy

11 Sbalování proteinů problém prostorové superpozice Cíle: - vzájemné srovnání všech existujících struktur - klasifikace a organizace struktur podle logických schémat - nalezení obecných sbalovacích motivů a útvarů - výpočet evolučních vzdáleností - studium interakcí mezi strukturami a ostatními molekulami - využití známých struktur k předpovědi struktur ze sekvence - atd...

12 Klasifikace proteinových struktur Třída: -podobný obsah sekundárních struktur -všechny a, a/b, b, ostatní Architektura (Fold) -strukturní podobnost -SS prvky v podobném uspořádání Supertřída (Topologie) -možný stejný předek (ancestor) Homologická SuperTřída -jasná evoluční příbuznost -sekvenční podobnost < 25%

13 Ukázka l Fold Databáze SCOP ( Structural Classification of Proteins FSSP ( Fold classification based on Structure-Structure alignment of Proteins PClass ( l Nástroje strukturních alignmentů LOCK ( 3dSearch ( DALI (

14 The Dali server is a network service for comparing protein structures in 3D. You submit the coordinates of a query protein structure and Dali compares them against those in the Protein Data Bank. A multiple alignment of structural neighbours is mailed back to you.

15 Algoritmy pro strukturální superpozici Distance based methods: DALI (Holm and Sander): Aligning scalar distance plots STRUCTAL (Gerstein and Levitt): Dynamic programming using pair wise inter-molecular distances SSAP (Orengo and Taylor): Dynamic programming using intra-molecular vector distances MINAREA (Falicov and Cohen): Minimizing soap-bubble surface area Vector based methods: VAST (Bryant): Graph theory based secondary structure alignment 3dSearch (Singh and Brutlag): Fast secondary structure index lookup Both LOCK (Singh and Brutlag): Hierarchically uses both secondary structure

16

17 Protein Docking Proč je docking důležitý a jeho postavení v kontextu bioinformatiky Biomolekulární interakce jsou základem všech regulačních a metabolických procesů které společně vytváří životní procesy. Počítačové simulace a analýzy těchto interakcí jsou stále ve větší míře a s větší přesností schopny popsat tyto mechanismy. S rostoucím množstvím experimentálně vyřešených struktur je přesnější i způsob popisu. Vývoj počítačů umožňuje analýzu a predikci molekulárních interakcí více dostupnou. Automatizovaná predikce molekulárních interakcí je klíčem k racionálnímu návrhu léčiv.

18 Návrh inhibitorů HIV-1 Proteázy

19 Formulace problému: Pro dané molekuly je nutno určit: Interagují tyto molekuly vzájemně mezi sebou? - existuje energeticky favorizovaná orientace těchto struktur tak, že mohou vzájemně plnit nějakou funkci? - interagují spolu tyto molekuly výše zmíněným způsobem? Pokud ano, jaká je jejich orientace, která maximalizuje interakci a minimalizuje energii systému? Cíl: nalézt v databázi molekulárních struktur takové, které mohou interagovat se studovaným systémem Komplikace: Obě molekuly jsou flexibilní a mohou během interakce ovlivnit vzájemně svou strukturu. - stovky až tisíce stupňů volnosti - množství konformací je astronomické

20 100 srovnatelné se středním rozlišením NMR % Sekvenční identita Přesný popis specificity Docking malých molekul a proteinů Molekulární nahrazování (replacement) v krystalografii Protein engineering Návrh experimentů pro mutagenezi NMR refinement Hledání a identifikace vazebných míst a 3D motivů Anotace podle sbalovacích znaků

21 Bioinformatika pro PrfUK 2003 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN I. Přehled RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci Definice bioinformatiky (Molecular) bio informatics: bioinformatics is conceptualising biology

Více

P ro te i n o vé d a ta b á ze

P ro te i n o vé d a ta b á ze Proteinové databáze Osnova Základní stavební jednotky proteinů Hierarchie proteinové struktury Stanovení proteinové struktury Důležitost proteinové struktury Proteinové strukturní databáze Proteinové klasifikační

Více

Aplikovaná bioinformatika

Aplikovaná bioinformatika Aplikovaná bioinformatika Číslo aktivity: 2.V Název klíčové aktivity: Na realizaci se podílí: Implementace nových předmětů do daného studijního programu doc. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D., Mgr. Josef

Více

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál Jan Komárek Bioinformatika Bioinformatika je vědní disciplína, která se zabývá metodami pro shromážďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických

Více

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita v Praze Bioinformatika Biologické inspirace

Více

Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul

Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul Organizační pokyny Přednášející: Martin Prokop Email: martinp@chemi.muni.cz Pracovna: INBIT/2.10 (v dubnu/květnu přesun do

Více

Bioinformatika. Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie Jan Pačes Ústav molekulární genetiky

Bioinformatika. Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie Jan Pačes Ústav molekulární genetiky Bioinformatika pro PrfUK 2006 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz http://bio.img.cas.cz/prfuk2006 syllabus Úterý,

Více

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu úloha II Jan Komárek, Gabriel Demo Adenin Struktura DNA Thymin 5 konec 3 konec DNA tvořena dvěmi řetězci orientovanými antiparalelně (liší se orientací

Více

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová Počítačová chemie výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů Zora Střelcová Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova univerzita, Kotlářská 2, 611 37 Brno, Česká Republika

Více

KFC/STBI Strukturní bioinformatika

KFC/STBI Strukturní bioinformatika KFC/STBI Strukturní bioinformatika 06_predikce struktury Karel Berka 1 Predikce minule jsme se snažili najít způsob, jak spolu budou interagovat malé molekuly a proteiny. Ale co dělat, když strukturu proteinu

Více

Služby pro predikci struktury proteinů. Josef Pihera

Služby pro predikci struktury proteinů. Josef Pihera Služby pro predikci struktury proteinů Josef Pihera Struktura proteinů Primární sekvence aminokyselin Sekundární stáčení a spojování vodíkovými vazbami Supersekundární struktura přechod, opakovaná geometrická

Více

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Genomické databáze Shlukování proteinových sekvencí Ivana Rudolfová školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Obsah Proteiny Zdroje dat Predikce struktury proteinů Cíle disertační práce Vstupní data

Více

ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I.

ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I. ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I. setkání třetí prof. Ing. Jiří Holčík, CSc. UKB, pav.a29, RECETOX, dv.č.112 holcik@iba.muni.cz POJĎME SI HRÁT SE SLOVY MATEMATIKA INFORMATIKA BIOLOGIE MEDICÍNA? BIOMEDICÍNA??

Více

MATEMATICKÁ BIOLOGIE

MATEMATICKÁ BIOLOGIE INSTITUT BIOSTATISTIKY A ANALÝZ Lékařská a Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita MATEMATICKÁ BIOLOGIE Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Brno Studijní obor Matematická biologie Masarykova

Více

Základy genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko

Základy genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko Základy genomiky I. Úvod do bioinformatiky Jan Hejátko Masarykova univerzita, Oddělení funkční genomiky a proteomiky Laboratoř molekulární fyziologie rostlin Základy genomiky I. Zdrojová literatura ke

Více

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst David Hoksza, Radoslav Krivák SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita

Více

Algoritmy a struktury neuropočítačů ASN - P10. Aplikace UNS v biomedicíně

Algoritmy a struktury neuropočítačů ASN - P10. Aplikace UNS v biomedicíně Aplikace UNS v biomedicíně aplikace v medicíně postup při zpracování úloh Aplikace UNS v medicíně Důvod: nalezení exaktnějších, levnějších a snadnějších metod určování diagnóz pro lékaře nalezení šetrnějších

Více

Struktura biomakromolekul

Struktura biomakromolekul Struktura biomakromolekul ejvýznamnější biomolekuly proteiny nukleové kyseliny polysacharidy lipidy... měli bychom znát stavební kameny života Proteiny Aminokyseliny tvořeny aminokyselinami L-α-aminokyselinami

Více

Dynamické procesy & Pokročilé aplikace NMR. chemická výměna, translační difuze, gradientní pulsy, potlačení rozpouštědla, NMR proteinů

Dynamické procesy & Pokročilé aplikace NMR. chemická výměna, translační difuze, gradientní pulsy, potlačení rozpouštědla, NMR proteinů Dynamické procesy & Pokročilé aplikace NMR chemická výměna, translační difuze, gradientní pulsy, potlačení rozpouštědla, NMR proteinů Chemická výměna jakýkoli proces při kterém dané jádro mění svůj stav

Více

Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky

Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky Obor Povinný okruh Volitelný okruh (jeden ze dvou) Forenzní biologická Biochemie, pathobiochemie a Toxikologie a bioterorismus analýza genové inženýrství Kriminalistické

Více

Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014

Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014 Co je to CEITEC? Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014 Pět oborů budoucnosti, které se vyplatí studovat HN 28. 1. 2013 1. Biochemie 2. Biomedicínské inženýrství 3. Průmyslový design 4.

Více

analýzy dat v oboru Matematická biologie

analýzy dat v oboru Matematická biologie INSTITUT BIOSTATISTIKY A ANALÝZ Lékařská a Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita Komplexní přístup k výuce analýzy dat v oboru Matematická biologie Tomáš Pavlík, Daniel Schwarz, Jiří Jarkovský,

Více

Struktura a funkce biomakromolekul

Struktura a funkce biomakromolekul Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 5. Metody určování struktury proteinů Ivo Frébort 3D struktury Smysl určování 3D struktur Pochopení funkce proteinů, mechanismu enzymových reakcí, design nových

Více

Struktura biomakromolekul

Struktura biomakromolekul Struktura biomakromolekul ejvýznamnější biomakromolekuly l proteiny l nukleové kyseliny l polysacharidy l lipidy... měli bychom znát stavební kameny života Biomolekuly l proteiny l A DA, RA l lipidy l

Více

Využití NMR spektroskopie pro studium biomakromolekul RCSB PDB

Využití NMR spektroskopie pro studium biomakromolekul RCSB PDB Využití NMR spektroskopie pro studium biomakromolekul RCSB PDB Uplatnění NMR spektroskopie chemická struktura kovalentní struktura konformace, geometrie molekul dynamické procesy chemické a konformační

Více

Molekulární krystal vazebné poměry. Bohumil Kratochvíl

Molekulární krystal vazebné poměry. Bohumil Kratochvíl Molekulární krystal vazebné poměry Bohumil Kratochvíl Předmět: Chemie a fyzika pevných léčiv, 2017 Složení farmaceutických substancí - API Z celkového portfolia API tvoří asi 90 % organické sloučeniny,

Více

COSY + - podmínky měření a zpracování dat ztráta rozlišení ve spektru. inphase dublet, disperzní. antiphase dublet, absorpční

COSY + - podmínky měření a zpracování dat ztráta rozlišení ve spektru. inphase dublet, disperzní. antiphase dublet, absorpční y x COSY 90 y chem. posuv J vazba 90 x : : inphase dublet, disperzní inphase dublet, disperzní antiphase dublet, absorpční antiphase dublet, absorpční diagonální pík krospík + - - + podmínky měření a zpracování

Více

Metody in silico. stanovení výpočtem

Metody in silico. stanovení výpočtem Metody in silico stanovení výpočtem Inovace a rozšíření výuky zaměřené na problematiku životního prostředí na PřF MU (CZ.1.07/2.2.00/15.0213) spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem

Více

Tento rámcový přehled je určen všem studentům zajímajícím se o aktivní vědeckou práci.

Tento rámcový přehled je určen všem studentům zajímajícím se o aktivní vědeckou práci. Tento rámcový přehled je určen všem studentům zajímajícím se o aktivní vědeckou práci. Konkrétní témata bakalářských a diplomových prací se odvíjejí od jednotlivých projektů uvedených dále. Ústav analytické

Více

Nukleární Overhauserův efekt (NOE)

Nukleární Overhauserův efekt (NOE) Nukleární Overhauserův efekt (NOE) NOE je důsledek dipolární interakce mezi dvěma jádry. Vzniká přímou interakcí volně přes prostor, tudíž není ovlivněn chemickými vazbami jako nepřímá spin-spinová interakce.

Více

Blok 2 Sekundární struktura proteinů

Blok 2 Sekundární struktura proteinů Blok 2 Sekundární struktura proteinů C3211 Aplikovaná bioinformatika Přednášející: Josef Houser Struktura proteinů ADSQTSSNRAGEFSIPPNTDFRAIFFANAAE QQHIKLFIGDSQEPAAYHKLTTRDGPREATL NSGNGKIRFEVSVNGKPSATDARLAPINGKK

Více

LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) Použití GC-MS spektrometrie

LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) Použití GC-MS spektrometrie LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) C Použití GC-MS spektrometrie Vedoucí práce: Doc. Ing. Petr Kačer, Ph.D., Ing. Kamila Syslová Umístění práce: laboratoř 79 Použití GC-MS spektrometrie

Více

Využití synchrotronového záření pro diagnostiku a vývoj nových léčiv

Využití synchrotronového záření pro diagnostiku a vývoj nových léčiv Využití synchrotronového záření pro diagnostiku a vývoj nových léčiv J.Hašek, ÚMCH AV ČR Zisky farmaceutických společností a společností využívajících biotechnologie činící mnoha miliard dolarů ročně jsou

Více

OPVK CZ.1.07/2.2.00/28.0184

OPVK CZ.1.07/2.2.00/28.0184 OPVK CZ.1.07/2.2.00/28.0184 Drug-design - racionální návrh léčiv KFC/DD 03 molekulární cíl RNDr. Karel Berka, Ph.D. ZS 2012/2013 Motto Bez cíle se ani Robin Hood netrefí. Nejmenovaný autor tohoto kurzu

Více

Standard studijního programu Bioinformatika

Standard studijního programu Bioinformatika Standard studijního Bioinformatika A. Specifika a obsah studijního : Typ Navazující magisterský Oblast/oblasti vzdělávání Chemie Základní tematické okruhy Chemické disciplíny: zejména biochemie a chemická

Více

Soulad studijního programu

Soulad studijního programu Standard studijního Fyzikální chemie A. Specifika a obsah studijního : Typ Oblast vzdělávání Základní tematické okruhy Kód Rozlišení Profil studijního Propojení studijního s tvůrčí činností či praxí Forma

Více

NUKLEOVÉ KYSELINY. Základ života

NUKLEOVÉ KYSELINY. Základ života NUKLEOVÉ KYSELINY Základ života HISTORIE 1. H. Braconnot (30. léta 19. století) - Strassburg vinné kvasinky izolace matiére animale. 2. J.F. Meischer - experimenty z hnisem štěpení trypsinem odstředěním

Více

Postup při interpretaci NMR spekter neznámého vzorku

Postup při interpretaci NMR spekter neznámého vzorku Postup při interpretaci NMR spekter neznámého vzorku VŠCT 2017, Bohumil Dolenský, dolenskb@vscht.cz Tento text byl vypracován pro projekt Inovace předmětu Semestrální práce oboru analytická chemie I. Slouží

Více

OPTIMALIZACE A MULTIKRITERIÁLNÍ HODNOCENÍ FUNKČNÍ ZPŮSOBILOSTI POZEMNÍCH STAVEB D24FZS

OPTIMALIZACE A MULTIKRITERIÁLNÍ HODNOCENÍ FUNKČNÍ ZPŮSOBILOSTI POZEMNÍCH STAVEB D24FZS OPTIMALIZACE A MULTIKRITERIÁLNÍ HODNOCENÍ FUNKČNÍ ZPŮSOBILOSTI POZEMNÍCH STAVEB Optimalizace a multikriteriální hodnocení funkční způsobilosti pozemních staveb Anotace: Optimalizace objektů pozemních staveb

Více

Nekovalentní interakce

Nekovalentní interakce Nekovalentní interakce Jan Řezáč UOCHB AV ČR 3. listopadu 2016 Jan Řezáč (UOCHB AV ČR) Nekovalentní interakce 3. listopadu 2016 1 / 28 Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentních interakcí 3 Projevy v chemii

Více

Zkušební okruhy k přijímací zkoušce do magisterského studijního oboru:

Zkušební okruhy k přijímací zkoušce do magisterského studijního oboru: Biotechnologie interakce, polarita molekul. Hydrofilní, hydrofobní a amfifilní molekuly. Stavba a struktura prokaryotní a eukaryotní buňky. Viry a reprodukce virů. Biologické membrány. Mikrobiologie -

Více

Student si po a 1. ročníku podle svého osobního zaměření volí kurzy (předměty).

Student si po a 1. ročníku podle svého osobního zaměření volí kurzy (předměty). Aplikovaná informatika Akreditováno do: 31.10.2013 Délka studia: 3 roky Forma studia: Prezenční studium Předpokládaný počet studentů nastupujících do 1. ročníku: 60 Přijímací zkouška: bez přijímacích zkoušek

Více

Nekovalentní interakce

Nekovalentní interakce Nekovalentní interakce Jan Řezáč UOCHB AV ČR 31. října 2017 Jan Řezáč (UOCHB AV ČR) Nekovalentní interakce 31. října 2017 1 / 28 Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentních interakcí 3 Projevy v chemii 4 Výpočty

Více

Enzymové pexeso. L: lactose P: operon

Enzymové pexeso.  L: lactose P: operon Enzymové pexeso http://web.vscht.cz/~spiwokv/enzymologie/pexeso/ L: lactose P: operon Struktura proteinů: Primární: Struktura proteinů: Primární: Sekvenování: - sekvenováním (c)dna - hmotnostní spektrometrií

Více

METODY DOLOVÁNÍ V DATECH DATOVÉ SKLADY TEREZA HYNČICOVÁ H2IGE1

METODY DOLOVÁNÍ V DATECH DATOVÉ SKLADY TEREZA HYNČICOVÁ H2IGE1 METODY DOLOVÁNÍ V DATECH DATOVÉ SKLADY TEREZA HYNČICOVÁ H2IGE1 DOLOVÁNÍ V DATECH (DATA MINING) OBJEVUJE SE JIŽ OD 60. LET 20. ST. S ROZVOJEM POČÍTAČOVÉ TECHNIKY DEFINICE PROCES VÝBĚRU, PROHLEDÁVÁNÍ A MODELOVÁNÍ

Více

Thursday, February 27, 14

Thursday, February 27, 14 DATABÁZE A VYHLEDÁVÁNÍ SEKVENCÍ MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE 2014 MARIAN NOVOTNÝ PŘEDNÁŠEJÍCÍ Mgr. Marian NOVOTNÝ, PhD. vystudoval odbornou biologii na PřF UK, diplomka v laboratoři doc. Folka doktorát na Uppsalské

Více

Fragment based drug design

Fragment based drug design Fragment based drug design O E115 H114 K91 S161 R93 Q173 D171 OH NH 2 NH 2 O Cdk6 FGFR HGF N BRCA2 Proteiny buňkových regulačních systémů, ve kterých léčiva zasahují do interakcí protein-protein Fragmenty

Více

Použití EGEE. v dalších vědeckých disciplínách. Jan Kmuníček podpora uživatelů a aplikací. Úvodní seminář EGEE, 26. října

Použití EGEE. v dalších vědeckých disciplínách. Jan Kmuníček podpora uživatelů a aplikací. Úvodní seminář EGEE, 26. října Úvodní seminář EGEE, 26. října 2004 Použití EGEE www.eu-egee.org v dalších vědeckých disciplínách Jan Kmuníček podpora uživatelů a aplikací EGEE je projekt financován Evropskou Unií (smlouva IST-2003-508833)

Více

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství Molekulární biotechnologie č.9 Cílená mutageneze a proteinové inženýrství Gen kódující jakýkoliv protein lze izolovat z přírody, klonovat, exprimovat v hostitelském organismu. rekombinantní protein purifikovat

Více

Biochemie Ch52 volitelný předmět pro 4. ročník

Biochemie Ch52 volitelný předmět pro 4. ročník Biochemie Ch52 volitelný předmět pro 4. ročník Charakteristika vyučovacího předmětu Vyučovací předmět vychází ze vzdělávací oblasti Člověk a příroda, vzdělávacího oboru Chemie. Mezipředmětové přesahy a

Více

Modelov an ı biologick ych syst em u Radek Pel anek

Modelov an ı biologick ych syst em u Radek Pel anek Modelování biologických systémů Radek Pelánek Modelování v biologických vědách typický cíl: pomocí modelů se snažíme pochopit, jak biologické systémy fungují model zahrnuje naše chápání simulace ukazuje,

Více

"Učení nás bude více bavit aneb moderní výuka oboru lesnictví prostřednictvím ICT ". Základy genetiky, základní pojmy

Učení nás bude více bavit aneb moderní výuka oboru lesnictví prostřednictvím ICT . Základy genetiky, základní pojmy "Učení nás bude více bavit aneb moderní výuka oboru lesnictví prostřednictvím ICT ". Základy genetiky, základní pojmy 1/75 Genetika = věda o dědičnosti Studuje biologickou informaci. Organizmy uchovávají,

Více

Bakalářský stupeň studia V odborném studiu lze na Přírodovědecké fakultě JU studovat několik biologicky zaměřených oborů, které mají mnohaletou

Bakalářský stupeň studia V odborném studiu lze na Přírodovědecké fakultě JU studovat několik biologicky zaměřených oborů, které mají mnohaletou Bakalářský stupeň studia V odborném studiu lze na Přírodovědecké fakultě JU studovat několik biologicky zaměřených oborů, které mají mnohaletou historii spojenou s Biologickou fakultou JU: Biofyzika -

Více

SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY

SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY Oddělení funkční genomiky a proteomiky Přírodovědecká fakulta Masarykovy university SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY Hana Konečná CENTRÁLNÍ LABORATOŘ Masarykovy Univerzity v Brně ODDĚLENÍ FUNKČNÍ GENOMIKY A

Více

Nukleární Overhauserův efekt (NOE)

Nukleární Overhauserův efekt (NOE) LEKCE 8 Nukleární verhauserův efekt (NE) určení prostorové struktury molekul využití REY spektroskopie projevy NE a chemické výměny v jednom systému Nukleární verhauserův efekt (NE) důsledek dipolární

Více

Biofyzika základné pojmy a definície

Biofyzika základné pojmy a definície Biofyzika základné pojmy a definície Definícia biofyziky Biofyzika je interdisciplinárna vedná disciplína, v ktorej sa využívajú fyzikálne postupy a metódy na štúdium funkcií, štruktúr a energetiky biologických

Více

KFC/STBI Strukturní bioinformatika

KFC/STBI Strukturní bioinformatika KFC/STBI Strukturní bioinformatika 04_databáze Karel Berka Databáze není jich málo htttp://www.rcsb.org/pdb/ Primární strukturní databáze PDBe: Protein Data Bank in Europe doplnění PDB z BMRB (NMR) a EMDB

Více

12. Predikce polymorfů. Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253

12. Predikce polymorfů. Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 12. Predikce polymorfů Příprava předmětu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253 1 Výpočetní chemie Predikce polymorfů rychle se vyvíjející se oblast růst výkonu počítačů možnost vypočítat

Více

Kvantová informatika pro komunikace v budoucnosti

Kvantová informatika pro komunikace v budoucnosti Kvantová informatika pro komunikace v budoucnosti Antonín Černoch Regionální centrum pokročilých technologií a materiálů Společná laboratoř optiky University Palackého a Fyzikálního ústavu Akademie věd

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta

Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta Zpráva o výsledcích přijímacího řízení v roce 2017 Informace o studijních programech a oborech Studijní program / studijní obor biochemie biochemie fyzika Forma

Více

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN I. Přehled RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci KFC/BIN - Podmínky Seminární práce: http://rosalind.info/ - alespoň 10 vyřešených problémů

Více

NMR spektroskopie. Úvod

NMR spektroskopie. Úvod NMR spektroskopie Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem umístěným v silném magnetickém poli poskytuje

Více

CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS DIGITAL IMAGE ANALYSIS OF ELECTROPHOEROGRAMS CZECH VERSION

CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS DIGITAL IMAGE ANALYSIS OF ELECTROPHOEROGRAMS CZECH VERSION CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS DIGITAL IMAGE ANALYSIS OF ELECTROPHOEROGRAMS CZECH VERSION DIGITÁLNÍ OBRAZOVÁ ANALÝZA ELEKTROFORETICKÝCH GELŮ *** Vyhodnocování získaných elektroforeogramů: Pro vyhodnocování

Více

Karta předmětu prezenční studium

Karta předmětu prezenční studium Karta předmětu prezenční studium Název předmětu: Číslo předmětu: 545-0259 Garantující institut: Garant předmětu: Exaktní metody rozhodování Institut ekonomiky a systémů řízení RNDr. Radmila Sousedíková,

Více

Experimentální systém pro WEB IR

Experimentální systém pro WEB IR Experimentální systém pro WEB IR Jiří Vraný Školitel: Doc. RNDr. Pavel Satrapa PhD. Problematika disertační práce velmi stručný úvod WEB IR information retrieval from WWW, vyhledávání na webu Vzhledem

Více

Studium enzymatické reakce metodami výpočetní chemie

Studium enzymatické reakce metodami výpočetní chemie Studium enzymatické reakce metodami výpočetní chemie 2. kolo Petr Kulhánek, Zora Střelcová kulhanek@chemi.muni.cz CEITEC - Středoevropský technologický institut Masarykova univerzita, Kamenice 5, 625 00

Více

ANALÝZA NÁSTROJŮ PRO ZJIŠŤOVÁNÍ PODOBNOSTI TERCIÁRNÍCH STRUKTUR PROTEINŮ

ANALÝZA NÁSTROJŮ PRO ZJIŠŤOVÁNÍ PODOBNOSTI TERCIÁRNÍCH STRUKTUR PROTEINŮ VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA INFORMAČNÍCH TECHNOLOGIÍ ÚSTAV INFORMAČNÍCH SYSTÉMŮ FACULTY OF INFORMATION TECHNOLOGY DEPARTMENT OF INFORMATION SYSTEMS ANALÝZA NÁSTROJŮ

Více

Moderní aplikace statistické fyziky II - TMF050

Moderní aplikace statistické fyziky II - TMF050 Moderní aplikace statistické fyziky II - TMF050 Body 2, E-Kredity 3, 2/0 Zk - LS Miroslav Kotrla a František Slanina kotrla@fzu.cz slanina@fzu fzu.cz kmenově: externě: ÚTF UK FZÚ AV ČR, v.v.i. oddělení

Více

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK ové technologie v analýze D A, R A a proteinů Stanislav Kmoch Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK Motto : "The optimal health results from ensuring that the right

Více

Nukleární magnetická rezonance (NMR)

Nukleární magnetická rezonance (NMR) Nukleární magnetická rezonance (NMR) Mgr. Zdeněk Moravec, Ph.D. Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem

Více

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum Masarykova Univerzita Národní centrum pro výzkum biomolekul Národní centrum pro výzkum biomolekul & Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova Univerzita Přírodovědecká

Více

BIOINFORMATICKÝ NÁSTROJ PRO PREDIKCI STRUKTURY PROTEINŮ BIOINFORMATICS TOOL FOR PROTEIN STRUCTURE PREDICTION

BIOINFORMATICKÝ NÁSTROJ PRO PREDIKCI STRUKTURY PROTEINŮ BIOINFORMATICS TOOL FOR PROTEIN STRUCTURE PREDICTION VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA INFORMAČNÍCH TECHNOLOGIÍ ÚSTAV POČÍTAČOVÝCH SYSTÉMŮ FACULTY OF INFORMATION TECHNOLOGY DEPARTMENT OF COMPUTER SYSTEMS BIOINFORMATICKÝ

Více

Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii

Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 1/1 Proč biofyzikální metody? Biofyzikální metody využívají fyzikální principy ke studiu biologických systémů Poskytují kvantitativní

Více

Nukleové kyseliny. Nukleové kyseliny. Genetická informace. Gen a genom. Složení nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie

Nukleové kyseliny. Nukleové kyseliny. Genetická informace. Gen a genom. Složení nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie Centrální dogma molekulární biologie ukleové kyseliny 1865 zákony dědičnosti (Johann Gregor Transkripce D R Translace rotein Mendel) Replikace 1869 objev nukleových kyselin (Miescher) 1944 nukleové kyseliny

Více

Stereochemie 7. Přednáška 7

Stereochemie 7. Přednáška 7 Stereochemie 7 Přednáška 7 1 ptická čistota p = [ ]poz [ ]max x 100 = ee = [R] - [S] [R] + [S] x 100 p optická čistota [R], [S] molární frakce R a S enantiomerů ee + 100 %R = ee + %S = ee + 100 - %R =

Více

Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.

Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s. Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s. Nové technologie přelomové období principy technologií klinická použitelnost chips (arrays) sekvenační technologie Důležitost genetických informací i další

Více

Content management: organizace informací na webových stránkách. Petr Boldiš Studijní a informační centrum Česká zemědělská univerzita v Praze

Content management: organizace informací na webových stránkách. Petr Boldiš Studijní a informační centrum Česká zemědělská univerzita v Praze Content management: organizace informací na webových stránkách Petr Boldiš Studijní a informační centrum Česká zemědělská univerzita v Praze Obsah příspěvku 1. význam organizace informací na webových stránkách

Více

Kartografické modelování. VIII Modelování vzdálenosti

Kartografické modelování. VIII Modelování vzdálenosti VIII Modelování vzdálenosti jaro 2015 Petr Kubíček kubicek@geogr.muni.cz Laboratory on Geoinformatics and Cartography (LGC) Institute of Geography Masaryk University Czech Republic Vzdálenostní funkce

Více

STANOVENÍ STRUKTURY LÁTEK

STANOVENÍ STRUKTURY LÁTEK STANOVENÍ STRUKTURY LÁTEK 1nm 10 10 2 10 3 10 4 10 5 10 6 10 7 (the wave) X-ray UV/VIS Infrared Microwave Radio Frequency (the transition) electronic Vibration Rotation Nuclear (spectrometer) X-ray UV/VIS

Více

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.

Více

OPVK CZ.1.07/2.2.00/

OPVK CZ.1.07/2.2.00/ OPVK CZ.1.07/2.2.00/28.0184 Základní principy vývoje nových léčiv OCH/ZPVNL Mgr. Radim Nencka, Ph.D. ZS 2012/2013 První kroky k objevu léčiva Nobelova cena za chemii 2013 Martin Karplus Michael Levitt

Více

Gymnázium Jiřího Ortena, Kutná Hora

Gymnázium Jiřího Ortena, Kutná Hora Předmět: Náplň: Třída: Počet hodin: Pomůcky: Chemie (CHE) Organická chemie, biochemie 3. ročník a septima 2 hodiny týdně Školní tabule, interaktivní tabule, tyčinkové a kalotové modely molekul, zpětný

Více

VÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV)

VÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV) VÝBĚROVÁ ŘÍZENÍ CENTRUM REGIONU HANÁ PROJEKT EXCELENTNÍ VÝZKUM (OP VVV) Oddělení biofyziky - absolvování magisterského studia v oboru biofyzika, biochemie nebo v biologickém oboru - prezenční Ph.D. studium

Více

Strojové učení se zaměřením na vliv vstupních dat

Strojové učení se zaměřením na vliv vstupních dat Strojové učení se zaměřením na vliv vstupních dat Irina Perfilieva, Petr Hurtík, Marek Vajgl Centre of excellence IT4Innovations Division of the University of Ostrava Institute for Research and Applications

Více

Ing. Tomáš MAUDER prof. Ing. František KAVIČKA, CSc. doc. Ing. Josef ŠTĚTINA, Ph.D.

Ing. Tomáš MAUDER prof. Ing. František KAVIČKA, CSc. doc. Ing. Josef ŠTĚTINA, Ph.D. OPTIMALIZACE BRAMOVÉHO PLYNULÉHO ODLÉVÁNÍ OCELI ZA POMOCI NUMERICKÉHO MODELU TEPLOTNÍHO POLE Ing. Tomáš MAUDER prof. Ing. František KAVIČKA, CSc. doc. Ing. Josef ŠTĚTINA, Ph.D. Fakulta strojního inženýrství

Více

INOVACE ODBORNÉHO VZDĚLÁVÁNÍ NA STŘEDNÍCH ŠKOLÁCH ZAMĚŘENÉ NA VYUŽÍVÁNÍ ENERGETICKÝCH ZDROJŮ PRO 21. STOLETÍ A NA JEJICH DOPAD NA ŽIVOTNÍ PROSTŘEDÍ

INOVACE ODBORNÉHO VZDĚLÁVÁNÍ NA STŘEDNÍCH ŠKOLÁCH ZAMĚŘENÉ NA VYUŽÍVÁNÍ ENERGETICKÝCH ZDROJŮ PRO 21. STOLETÍ A NA JEJICH DOPAD NA ŽIVOTNÍ PROSTŘEDÍ INOVACE ODBORNÉHO VZDĚLÁVÁNÍ NA STŘEDNÍCH ŠKOLÁCH ZAMĚŘENÉ NA VYUŽÍVÁNÍ ENERGETICKÝCH ZDROJŮ PRO 21. STOLETÍ A NA JEJICH DOPAD NA ŽIVOTNÍ PROSTŘEDÍ CZ.1.07/1.1.00/08.0010 NUMERICKÉ SIMULACE ING. KATEŘINA

Více

VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY

VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V BRNĚ BRNO UNIVERSITY OF TECHNOLOGY FAKULTA INFORMAČNÍCH TECHNOLOGIÍ ÚSTAV INFORMAČNÍCH SYSTÉMŮ FACULTY OF INFORMATION TECHNOLOGY DEPARTMENT OF INFORMATION SYSTEMS PREDIKCE ŠKODLIVOSTI

Více

jako modelové látky pro studium elektronických vlivů při katalytických hydrogenacích

jako modelové látky pro studium elektronických vlivů při katalytických hydrogenacích Pt(0) komplexy jako modelové látky pro studium elektronických vlivů při katalytických hydrogenacích David Karhánek Školitelé: Ing. Petr Kačer, PhD.; Ing. Marek Kuzma Katalytické hydrogenace eterogenní

Více

Struktura a funkce nukleových kyselin

Struktura a funkce nukleových kyselin Struktura a funkce nukleových kyselin ukleové kyseliny Deoxyribonukleová kyselina - DA - uchovává genetickou informaci Ribonukleová kyselina RA - genová exprese a biosyntéza proteinů Složení A stavební

Více

CEITEC a jeho IT požadavky. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

CEITEC a jeho IT požadavky. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D. CEITEC a jeho IT požadavky RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D. Co je CEITEC? CEITEC je projekt výstavby středoevropského vědecko-výzkumného centra excelence v Brně Zaměření projektu: základní i aplikovaný

Více

Možnosti využití databáze Scopus pro hodnocení vědeckého výkonu. Iva Prochásková Univerzita Pardubice

Možnosti využití databáze Scopus pro hodnocení vědeckého výkonu. Iva Prochásková Univerzita Pardubice Možnosti využití databáze Scopus pro hodnocení vědeckého výkonu Iva Prochásková Univerzita Pardubice 27. 5. 2010 INFORUM 2010 O čem bude řeč Scopus v Česku Význam zařazení primárního zdroje do databáze

Více

PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu

PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu VIZE Zvýšit konkurenceschopnost provozovatelů elektráren a tepláren. Základní funkce: Spolehlivé hodnocení a řízení účinnosti tepelného cyklu, včasná diagnostika

Více

Význam interakční konstanty, Karplusova rovnice. konfigurace na dvojné vazbě a na šestičlenných kruzích konformace furanosového kruhu TOCSY

Význam interakční konstanty, Karplusova rovnice. konfigurace na dvojné vazbě a na šestičlenných kruzích konformace furanosového kruhu TOCSY Význam interakční konstanty, Karplusova rovnice konfigurace na dvojné vazbě a na šestičlenných kruzích konformace furanosového kruhu TOCSY Karplusova rovnice ve strukturní analýze J(H,H) = A + B cos f

Více

Podmínky pro přijímací řízení

Podmínky pro přijímací řízení Podmínky pro přijímací řízení pro akademický rok 2014/2015 Pro akademický rok 2014/2015 jsou přijímány přihlášky ke studiu na níže uvedené akreditované studijní obory. Bakalářské studijní programy: Bez

Více

Naše NMR spektrometry

Naše NMR spektrometry Naše NMR spektrometry Varian NMR System 300 MHz Varian INOVA 400 MHz Bruker Avance III 600 MHz NMR spektrometr magnet průřez supravodičem NMR spektrometr sonda Tvar spektra reálná část imaginární část

Více

LEKCE 1b. Základní parametry 1 H NMR spekter. Symetrie v NMR spektrech: homotopické, enantiotopické, diastereotopické protony (skupiny)*

LEKCE 1b. Základní parametry 1 H NMR spekter. Symetrie v NMR spektrech: homotopické, enantiotopické, diastereotopické protony (skupiny)* Základní parametry 1 NMR spekter LEKCE 1b Symetrie v NMR spektrech: homotopické, enantiotopické, diastereotopické protony (skupiny)* 3.5 3.0 2.5 2.0 1.5 Základní parametry 1 NMR spekter Počet signálů ve

Více

Libor Hájek, , Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, Přírodovědecká fakulta, Šlechtitelů 27, Olomouc

Libor Hájek, , Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, Přírodovědecká fakulta, Šlechtitelů 27, Olomouc Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum Setkání ředitelů fakultních škol Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum polní pokusy OP Výzkum a vývoj pro inovace:

Více

GIS Geografické informační systémy

GIS Geografické informační systémy GIS Geografické informační systémy Obsah přednášky Prostorové vektorové modely Špagetový model Topologický model Převody geometrií Vektorový model Reprezentuje reálný svět po jednotlivých složkách popisu

Více