Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled"

Transkript

1 Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN I. Přehled RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci

2 Definice bioinformatiky (Molecular) bio informatics: bioinformatics is conceptualising biology in terms of molecules (in the sense of physical chemistry) and applying "informatics techniques" (derived from disciplines such as applied maths, computer science and statistics) to understand and organise the data and information associated with these molecules, on a large scale. In short, bioinformatics is a management information system for molecular biology and has many practical applications. Oxford English Dictionary

3 Definice bioinformatiky spojení biologických věd s informatikou počítačové zpracování, organizace, ukládání a vizualizalizace biologických dat a jejich aplikace iteulike oblak klíčových slov pro bioinformatics

4 Přehled témat bioinformatiky hledání genů a skládání genomů porovnávání sekvencí (alignment) analýza a predikce struktury proteinů a NA hledání léčiv (drug design a discovery) predikce a analýza interakcí mezi proteiny predikce genové exprese modelování molekulární evoluce Wikipedia

5 Organizace biologických informací biologické informace redundantní a mnohonásobné Genetický kód je redundantní Organismus má mnoho podobných genů Gen může mít více funkcí Rozdílné proteinové sekvence mají stejnou strukturu

6 Příklad systému - kolo

7 Kolo Jak jsou redundantní? Jak jsou flexibilní? Které části jsou sdílené (šroubky, matky, podložky, pružiny, ložiska), nebo unikátní (šlapátka, páčky)? Kde se jednotlivé části nachází? Jakou mají funkci? Dokážeme je vylepšit?

8 Biologická data Zdroj dat Velikost dat Bioinformatika DNA sekvence Proteinová sekvence Makromolekulární struktura Genomy Exprese (genů, proteinů, ) 195 milionů sekvencí ( nukleotidů) 18 milionů sekvencí (~300 AA) struktur (~1500 koordinát) 1000 genomů (~ bp) čipy (obrazové info:tb/den) Introny a exony Predikce produktu genů Forenzní analýza Porovnávání sekvencí (párové, 1:n) Konzervované sekvenční motivy Predikce sekundární a terciární struktury 3D strukturní alignment Geometrie molekuly a její interakce Molekulární simulace (MD, ligand docking) Charakterizace opakování Dohledávání struktur ke genům Fylogenetická analýza Genomic-scale census (obsah proteinů, metabolické dráhy) Identifikace genetických chorob Mapování expresních dat na sekvenční a biochemické data Biol. literatura 20 milionů citací Hledání, digitální knihovny Tvorba znalostních databází data mining

9 Bioinformatika - přístup experimentální data (biologové) strukturovaná data (databáze) hypotézy počítačový program (programátoři)

10 hrubá data sekvence Prostor působení příprava alignment geny struktura funkce hledání genů předpověď 3D struktury databáze organizace metabolismus metabolismus (biologie) fylogenetická analýza

11 Ideální případ

12 Počítačové zpracování Databáze ukládání, hledání Analýza textu sekvenční analýzy, porovnávání sekvencí, hledání klíčových slov Hledání motivů Neuronové sítě, clusterová analýza, data mining, Markovovské řetězce Geometrie 3D grafika, robotika, 2D/3D rozpoznávání obrazu Fyzikální simulace Mechanika, elektrostatika, numerické algoritmy, simulace

13 Přehled témat bioinformatiky hledání genů a skládání genomů porovnávání sekvencí (alignment) analýza a predikce struktury proteinů a NA hledání léčiv (drug design a discovery) predikce a analýza interakcí mezi proteiny predikce genové exprese modelování molekulární evoluce Wikipedia

14 Genom Hledání genů introny, exony, promotory, cizí kusy DNA Charakteristika opakujících se kusů DNA forenzní analýza Hledání duplicit v genomu

15 Velikosti genomů Mycoplasma genitalium Escherichia coli Saccharomyces cerevisiae 16 chr Mbp 4.6 Mbp 11.2 Mbp Caenorhabtitis elegans 6 chr Mbp Arabidopsis thaliana 5 chr Mbp Drosophila melanogaster 5 chr. ~137.0 Mbp Homo sapiens 24 chr. ~ 3.3 Gbp

16 Analýza sekvencí Porovnávání sekvencí 1:1 1:n lokální nebo globální porovnání hledání konsensní sekvence pro třídu proteinů mapování evoluce Hledání vlastností sekundární struktura hydrofobicita transmembránové segmenty

17 Predikce proteinové struktury Terciární struktura rozpoznání foldu homologní modelování strukturní alignment ab initio modelování Predikce funkce hledání aktivních míst a kanálů

18 Strukturní výpočetní biologie Molekulární grafika vodítko pro hypotézy Simulace Struktura => Energie vývoj v čase Docking hledání jak a kam se látky váží ligandy proteiny mezi sebou Helikáza rozevírající DNA docking do acetyltransferázy v programu GOLD

19 Analýza obrazu s vysokou propustností Analýza genové exprese Analýza proteinové exprese Funkční a toxikologické analýzy

20 Modelování biologických systémů matematická biologie e-cell

21 Sledování molekulární evoluce Fylogenetické stromy hledání společného předka podle podobnosti - změna probíhá v liniích časem - dělení po dvojicích

22 Souhrn

Osekvenované genomy. Pan troglodydes, 2005. Neandrtálec, 2010

Osekvenované genomy. Pan troglodydes, 2005. Neandrtálec, 2010 GENOMOVÉ PROJEKTY Osekvenované genomy Haemophilus influenze, 1995 první osekvenovaná bakterie Saccharomyces cerevisiae, 1996 první osekvenovaný eukaryotický organimus Caenorhabditis elegans, 1998 první

Více

O původu života na Zemi Václav Pačes

O původu života na Zemi Václav Pačes O původu života na Zemi Václav Pačes Ústav molekulární genetiky Akademie věd ČR centrální dogma replikace transkripce DNA RNA protein reverzní transkripce translace informace funkce Exon 1 Intron (413

Více

Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace

Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace Genomika a bioinformatika Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace Jan Pačes, Mgr, Ph.D Ústav molekulární genetiky AVČR, CZECH FOBIA (Free and Open Bioinformatics Association) hpaces@img.cas.cz

Více

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Genomické databáze Shlukování proteinových sekvencí Ivana Rudolfová školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Obsah Proteiny Zdroje dat Predikce struktury proteinů Cíle disertační práce Vstupní data

Více

Bioinformatika pro PrfUK 2003

Bioinformatika pro PrfUK 2003 Bioinformatika pro PrfUK 2003 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz http://bio.img.cas.cz/prfuk2003 What is Bioinformatics?---The

Více

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst David Hoksza, Radoslav Krivák SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita

Více

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu úloha II Jan Komárek, Gabriel Demo Adenin Struktura DNA Thymin 5 konec 3 konec DNA tvořena dvěmi řetězci orientovanými antiparalelně (liší se orientací

Více

Bioinformatika. hledání významu biologických dat. Marian Novotný. Friday, April 24, 15

Bioinformatika. hledání významu biologických dat. Marian Novotný. Friday, April 24, 15 Bioinformatika hledání významu biologických dat Marian Novotný Bioinformatika sběr biologických dat archivace biologických dat organizace biologických dat interpretace biologických dat 2 Biologové sbírají

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

MATEMATICKÁ BIOLOGIE

MATEMATICKÁ BIOLOGIE INSTITUT BIOSTATISTIKY A ANALÝZ Lékařská a Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita MATEMATICKÁ BIOLOGIE Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Brno Studijní obor Matematická biologie Masarykova

Více

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? 6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? Pamatujete na to, co se objevilo v pracích Charlese Darwina a Alfreda Wallace ohledně vývoje druhů? Aby mohl mechanismus přírodního

Více

Student si po a 1. ročníku podle svého osobního zaměření volí kurzy (předměty).

Student si po a 1. ročníku podle svého osobního zaměření volí kurzy (předměty). Aplikovaná informatika Akreditováno do: 31.10.2013 Délka studia: 3 roky Forma studia: Prezenční studium Předpokládaný počet studentů nastupujících do 1. ročníku: 60 Přijímací zkouška: bez přijímacích zkoušek

Více

CEITEC a jeho IT požadavky. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

CEITEC a jeho IT požadavky. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D. CEITEC a jeho IT požadavky RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D. Co je CEITEC? CEITEC je projekt výstavby středoevropského vědecko-výzkumného centra excelence v Brně Zaměření projektu: základní i aplikovaný

Více

Těsně před infarktem. Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod. Jan Kalina, Marie Tomečková

Těsně před infarktem. Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod. Jan Kalina, Marie Tomečková Těsně před infarktem Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod Jan Kalina, Marie Tomečková Program, osnova sdělení 13,30 Úvod 13,35 Stručně o ateroskleróze 14,15 Měření genových expresí 14,00

Více

Biologicky inspirované výpočty. Schématické rozdělení problematiky a výuky

Biologicky inspirované výpočty. Schématické rozdělení problematiky a výuky Biologicky inspirované výpočty Schématické rozdělení problematiky a výuky 1 Biologicky inspirované výpočty - struktura problematiky Evoluční systémy: evoluční algoritmy, evoluční hardware, víceúčelová

Více

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK ové technologie v analýze D A, R A a proteinů Stanislav Kmoch Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK Motto : "The optimal health results from ensuring that the right

Více

Nový obor - počítače v medicíně a biologii

Nový obor - počítače v medicíně a biologii Nový obor - počítače v medicíně a biologii Proč je management informací ústřední otázkou v biomedicínském výzkumu a v klinické praxi? Co jsou integrovaná prostředí managementu informací a jak by mohla

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání

Více

Genetické mapování. v přírodních populacích i v laboratoři

Genetické mapování. v přírodních populacích i v laboratoři Genetické mapování v přírodních populacích i v laboratoři Funkční genetika Cílem je propojit konkrétní mutace/geny s fenotypem Vzniklý v laboratoři pomocí mutageneze či vyskytující se v přírodě. Forward

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů

Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Stavělová M.,* Macháčková J.*, Rídl J.,** Pačes J.** * Earth Tech CZ, s.r.o ** ÚMG AV ČR PROČ METAGENOMIKA?

Více

Genetický polymorfismus

Genetický polymorfismus Genetický polymorfismus Za geneticky polymorfní je považován znak s nejméně dvěma geneticky podmíněnými variantami v jedné populaci, které se nachází v takových frekvencích, že i zřídkavá má frekvenci

Více

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze Studium biologie na PřF UK v Praze Bakalářské studijní programy / obory Biologie Biologie ( duhový bakalář ) Ekologická a evoluční biologie ( zelený

Více

Bakalářský stupeň studia V odborném studiu lze na Přírodovědecké fakultě JU studovat několik biologicky zaměřených oborů, které mají mnohaletou

Bakalářský stupeň studia V odborném studiu lze na Přírodovědecké fakultě JU studovat několik biologicky zaměřených oborů, které mají mnohaletou Bakalářský stupeň studia V odborném studiu lze na Přírodovědecké fakultě JU studovat několik biologicky zaměřených oborů, které mají mnohaletou historii spojenou s Biologickou fakultou JU: Biofyzika -

Více

Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B

Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B Níže uvedené komentáře by měly pomoci soutěžícím z kategorie B ke snazší orientaci

Více

Od sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR

Od sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR ENBIK 2014 Od sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR Jiří Macas Biologické centrum AVČR Ústav molekulární biologie rostlin České Budějovice

Více

AUG STOP AAAA S S. eukaryontní gen v genomové DNA. promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4. kódující oblast. introny

AUG STOP AAAA S S. eukaryontní gen v genomové DNA. promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4. kódující oblast. introny eukaryontní gen v genomové DNA promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4 kódující oblast introny primární transkript (hnrna, pre-mrna) postranskripční úpravy (vznik maturované mrna) syntéza čepičky AUG vyštěpení

Více

BAKTERIÁLNÍ GENETIKA. Lekce 12 kurzu GENETIKA Doc. RNDr. Jindřich Bříza, CSc.

BAKTERIÁLNÍ GENETIKA. Lekce 12 kurzu GENETIKA Doc. RNDr. Jindřich Bříza, CSc. BAKTERIÁLNÍ GENETIKA Lekce 12 kurzu GENETIKA Doc. RNDr. Jindřich Bříza, CSc. -dědičnost u baktérií principiálně stejná jako u komplexnějších organismů -genom haploidní a značně menší Bakteriální genom

Více

Centrální dogma molekulární biologie

Centrální dogma molekulární biologie řípravný kurz LF MU 2011/12 Centrální dogma molekulární biologie Nukleové kyseliny 1865 zákony dědičnosti (Johann Gregor Mendel) 1869 objev nukleových kyselin (Miescher) 1944 genetická informace v nukleových

Více

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Více

Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014

Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014 Co je to CEITEC? Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014 Pět oborů budoucnosti, které se vyplatí studovat HN 28. 1. 2013 1. Biochemie 2. Biomedicínské inženýrství 3. Průmyslový design 4.

Více

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ KATEDRA BIOLOGIE A EKOLOGIE BAKALÁŘSKÉ STUDIJNÍ PROGRAMY Experimentální Systematická Aplikovaná (prezenční, kombinovaná) Jednooborová Dvouoborová KATEDRA BIOLOGIE

Více

Evoluční genetika KBI/GENE Mgr. Zbyněk Houdek Evoluční teorie Evoluční teorii vyslovil Ch. Darwin v díle O původu druhů (1859), kde ukazoval, že druhy se postupně měnily v dlouhých časových periodách.

Více

Zaměření bakalářské práce (témata BP)

Zaměření bakalářské práce (témata BP) Zaměření bakalářské práce (témata BP) Obor: Buněčná a molekulární diagnostika - zadává katedra - studenti si témata losují Obor: molekulární biologie a genetika - témata BP vychází z vybraného tématu DP

Více

Lesnická genetika. Dušan Gömöry, Roman Longauer

Lesnická genetika. Dušan Gömöry, Roman Longauer Lesnická genetika Dušan Gömöry, Roman Longauer Brno 2014 1 Tento studijní materiál byl vytvořen v rámci projektu InoBio Inovace biologických a lesnických disciplín pro vyšší konkurence schopnost, registrační

Více

1240/F1MB1 Mikrobiologie

1240/F1MB1 Mikrobiologie 1240/F1MB1 Mikrobiologie Disciplína poskytuje studentovi přehled o farmaceutických a medicínských hlediscích mikrobiologie, mykologie a parazitologie. Získá základní informace o struktuře, funkci, genetice

Více

Exprese genetické informace

Exprese genetické informace Exprese genetické informace Stavební kameny nukleových kyselin Nukleotidy = báze + cukr + fosfát BÁZE FOSFÁT Nukleosid = báze + cukr CUKR Báze Cyklické sloučeniny obsahující dusík puriny nebo pyrimidiny

Více

Dědičnost pohlaví Genetické principy základních způsobů rozmnožování

Dědičnost pohlaví Genetické principy základních způsobů rozmnožování Dědičnost pohlaví Vznik pohlaví (pohlavnost), tj. komplexu znaků, vlastností a funkcí, které vymezují exteriérové i funkční diference mezi příslušníky téhož druhu, je výsledkem velmi komplikované série

Více

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová Počítačová chemie výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů Zora Střelcová Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova univerzita, Kotlářská 2, 611 37 Brno, Česká Republika

Více

Molekulární diagnostika

Molekulární diagnostika Molekulární diagnostika Odry 11. 11. 2010 Michal Pohludka, Ph.D. Buňka základní jednotka živé hmoty Všechny v současnosti známé buňky se vyvinuly ze společného předka, tedy buňky, která žila asi před 3,5-3,8

Více

Na rozdíl od genomiky se funkční genomika zaměřuje na dynamické procesy, jako je transkripce, translace, interakce protein - protein.

Na rozdíl od genomiky se funkční genomika zaměřuje na dynamické procesy, jako je transkripce, translace, interakce protein - protein. FUNKČNÍ GENOMIKA Co to je: Oblast molekulární biologie která se snaží o zpřístupnění a využití ohromného množství dat z genomových projektů. Snaží se popsat geny, a proteiny, jejich funkce a interakce.

Více

DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG

DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG Místo konání: Datum a doba konání: Budova F, Vídeňská 1083, 142 20 Praha 4-Krč 31. 10. 2014 od 9:00 do 16:00 hod. Kontakt pro styk s veřejností: Organizační záležitosti: Leona

Více

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK CZ.1.07/1.5.00/34.0211. Anotace. Biosyntéza nukleových kyselin. VY_32_INOVACE_Ch0219.

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK CZ.1.07/1.5.00/34.0211. Anotace. Biosyntéza nukleových kyselin. VY_32_INOVACE_Ch0219. Vzdělávací materiál vytvořený v projektu OP VK Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí Osvobození 20 Číslo projektu: Název projektu: Číslo a název klíčové aktivity: CZ.1.07/1.5.00/34.0211 Zlepšení podmínek

Více

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum Masarykova Univerzita Národní centrum pro výzkum biomolekul Národní centrum pro výzkum biomolekul & Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova Univerzita Přírodovědecká

Více

DUM č. 10 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika

DUM č. 10 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika projekt GML Brno Docens DUM č. 10 v sadě 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika Autor: Martin Krejčí Datum: 26.06.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: Procesy následující bezprostředně po transkripci.

Více

Schéma průběhu transkripce

Schéma průběhu transkripce Molekulární základy genetiky PROTEOSYNTÉZA A GENETICKÝ KÓD Proteosyntéza je složitý proces tvorby bílkovin, který zahrnuje proces přepisu genetické informace z DNA do kratšího zápisu v informační mrna

Více

Molekulární biotechnologie č.8. Produkce heterologního proteinu v eukaryontních buňkách

Molekulární biotechnologie č.8. Produkce heterologního proteinu v eukaryontních buňkách Molekulární biotechnologie č.8 Produkce heterologního proteinu v eukaryontních buňkách Eukaryontní buňky se využívají v případě, když Eukaryontní proteiny syntetizované v baktériích postrádají biologickou

Více

Genetické markery. pro masnou produkci. Mgr. Jan Říha. Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o.

Genetické markery. pro masnou produkci. Mgr. Jan Říha. Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Genetické markery ve šlechtění skotu pro masnou produkci Mgr. Jan Říha Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Genetické markery Polymorfní místa v DNA, které vykazují asociaci na sledované znaky Příčinné

Více

Genetika. Genetika. Nauka o dědid. dičnosti a proměnlivosti. molekulárn. rní buněk organismů populací

Genetika. Genetika. Nauka o dědid. dičnosti a proměnlivosti. molekulárn. rní buněk organismů populací Genetika Nauka o dědid dičnosti a proměnlivosti Genetika molekulárn rní buněk organismů populací Dědičnost na úrovni nukleových kyselin Předávání vloh z buňky na buňku Předávání vlastností mezi jednotlivci

Více

Koordinuje: Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. LIV. Akademické fórum, 18. 9. 2014

Koordinuje: Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. LIV. Akademické fórum, 18. 9. 2014 Koordinuje: Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. 1 Ústav fyziky materiálů, AV ČR, v. v. i. Zkoumat a objasňovat vztah mezi chováním a vlastnostmi materiálů a jejich strukturními charakteristikami Dlouholetá

Více

Interakce viru klíšťové encefalitidy s hostitelským organismem a patogeneze infekce

Interakce viru klíšťové encefalitidy s hostitelským organismem a patogeneze infekce Parazitologický ústav, Akademie věd České republiky Laboratoř interakcí vektor-hostitel České Budějovice Interakce viru klíšťové encefalitidy s hostitelským organismem a patogeneze infekce Daniel Růžek,

Více

Počítačová chemie: Laboratoř za monitorem

Počítačová chemie: Laboratoř za monitorem T-Report Počítačová chemie: Laboratoř za monitorem Lektorka: Zora Střelcová Vypracovala: Eva Vojáčková Tématem T-Exkurze, kterou jsme absolvovala, byla počítačová/výpočetní chemie. Tento obor stojí na

Více

Interakce látek s membránami z pohledu výpočetní chemie

Interakce látek s membránami z pohledu výpočetní chemie Interakce látek s membránami z pohledu výpočetní chemie Karel Berka Regionální centrum pro pokročilé technologie a materiály a Katedra fyzikální chemie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého, Olomouc,

Více

Uznávání předmětů ze zahraničních studijních pobytů

Uznávání předmětů ze zahraničních studijních pobytů Uznávání předmětů ze zahraničních studijních pobytů Podnikání a administrativa 7 Mezinárodní obchod Ekonometrie Obecná ekonomie III 8 Velkoobchod a maloobchod Management 9 Marketingové řízení Strategický

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Superpočítač včera, dnes a zítra; v Ostravě a mimo ni

Superpočítač včera, dnes a zítra; v Ostravě a mimo ni Superpočítač včera, dnes a zítra; v Ostravě a mimo ni Co je superpočítač? Velmi výkonný počítač, který má řádově vyšší výpočetní výkon než běžný počítač. Umožňuje výpočty, které by klasickému počítači

Více

MetaCentrum. Aktuální stav anové služby

MetaCentrum. Aktuální stav anové služby MetaCentrum. Aktuální stav anové služby Jan Kmuníček CESNET meta.cesnet.cz Obsah Infrastruktura Služby výpočetní servis úložné kapacity síťová spojení prostředí pro spolupráci Aplikace Projekty Další vývoj

Více

Okruhy otázek ke zkoušce

Okruhy otázek ke zkoušce Okruhy otázek ke zkoušce 1. Úvod do biologie. Vznik života na Zemi. Evoluční vývoj organizmů. Taxonomie organizmů. Původ a vývoj člověka, průběh hominizace a sapientace u předků člověka vyšších primátů.

Více

Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu

Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu Srovnal J. 1, Cincibuch J. 2, Cwierkta K. 2, Melichar B. 2, Aujeský R. 3, Vrba R.

Více

RNA interference (RNAi)

RNA interference (RNAi) Liběchov, 29. 11. 2013 RNA interference (RNAi) post-transkripční umlčení genové exprese přirozený mechanismus regulace genové exprese a genomové stability obranný antivirový mechanismus konzervovaný mechanismus

Více

PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu

PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu VIZE Zvýšit konkurenceschopnost provozovatelů elektráren a tepláren. Základní funkce: Spolehlivé hodnocení a řízení účinnosti tepelného cyklu, včasná diagnostika

Více

Nukleové kyseliny. Nukleové kyseliny. Genetická informace. Gen a genom. Složení nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie

Nukleové kyseliny. Nukleové kyseliny. Genetická informace. Gen a genom. Složení nukleových kyselin. Centrální dogma molekulární biologie Centrální dogma molekulární biologie ukleové kyseliny 1865 zákony dědičnosti (Johann Gregor Transkripce D R Translace rotein Mendel) Replikace 1869 objev nukleových kyselin (Miescher) 1944 nukleové kyseliny

Více

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. Konference Klonování a geneticky modifikované organismy Parlament České republiky, Poslanecká sněmovna 7. května 2015, Praha Výroba léků rekombinantních léčiv Výroba diagnostických

Více

Moderní systémy pro získávání znalostí z informací a dat

Moderní systémy pro získávání znalostí z informací a dat Moderní systémy pro získávání znalostí z informací a dat Jan Žižka IBA Institut biostatistiky a analýz PřF & LF, Masarykova universita Kamenice 126/3, 625 00 Brno Email: zizka@iba.muni.cz Bioinformatika:

Více

Populační genetika II

Populační genetika II Populační genetika II 4. Mechanismy měnící frekvence alel v populaci Genetický draft (genetické svezení se) Genetický draft = zvýšení frekvence alely díky genetické vazbě s výhodnou mutací. Selekční vymetení

Více

Počítačová geometrie I

Počítačová geometrie I 0 I RNDr., Ph.D. Katedra didaktiky matematiky Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta petra.surynkova@mff.cuni.cz http://surynkova.info Osnova předmětu Pojem výpočetní geometrie, oblasti

Více

Genetická diverzita masného skotu v ČR

Genetická diverzita masného skotu v ČR Genetická diverzita masného skotu v ČR Mgr. Jan Říha Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Ing. Irena Vrtková 26. listopadu 2009 Genetická diverzita skotu pojem diverzity Genom skotu 30 chromozomu, genetická

Více

Potřebné genetické testy pro výzkum a jejich dostupnost, spolupráce s neurology Taťána Maříková. Parent projekt. Praha 19.2.2009

Potřebné genetické testy pro výzkum a jejich dostupnost, spolupráce s neurology Taťána Maříková. Parent projekt. Praha 19.2.2009 Potřebné genetické testy pro výzkum a jejich dostupnost, spolupráce s neurology Taťána Maříková Parent projekt Praha 19.2.2009 Diagnostika MD její vývoj 1981-1986: zdokonalování diferenciální diagnostiky

Více

(GENO)TOXICITA PRACHOVÝCH ČÁSTIC

(GENO)TOXICITA PRACHOVÝCH ČÁSTIC (GENO)TOXICITA PRACHOVÝCH ČÁSTIC Jan Topinka Oddělení genetické ekotoxikologie Ústav experimentální medicíny AV ČR jtopinka@biomed.cas.cz Úvod Respirabilní (PM2.5) prachové částice ve vnějším ovzduší obsahují

Více

KONTAKT. Ústav chemie přírodních látek. Fakulta potravinářské a biochemické technologie VŠCHT Praha, Technická 5, 166 28 Praha 6 Budova A, 2.

KONTAKT. Ústav chemie přírodních látek. Fakulta potravinářské a biochemické technologie VŠCHT Praha, Technická 5, 166 28 Praha 6 Budova A, 2. KONTAKT Fakulta potravinářské a biochemické technologie VŠCHT Praha, Technická 5, 166 28 Praha 6 Budova A, 2. patro Vedoucí ústavu: prof. Dr. RNDr. Oldřich Lapčík Sekretariát: Irena Dražilová Kontakt:

Více

Strom života. Cíle. Stručná anotace

Strom života. Cíle. Stručná anotace Předmět: Doporučený ročník: Vazba na ŠVP: Biologie 1. ročník Úvod do taxonomie Cíle Studenti zařadí člověka do příslušných taxonů taxonomického systému. Studenti se seznámí s principem fylogenetického

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Počítačová analýza lokálních podobností mezi biologickými sekvencemi

Počítačová analýza lokálních podobností mezi biologickými sekvencemi MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Fakulta informatiky Michal VAVERKA Počítačová analýza lokálních podobností mezi biologickými sekvencemi Bakalářská práce Vedoucí práce: Ing. Matej Lexa, Ph.D. Brno 2006 Prohlašuji,

Více

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec

Více

MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha

MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE V BIOREMEDIACÍCH enumerace FISH průtoková cytometrie klonování produktů PCR sekvenování

Více

Digitální učební materiál

Digitální učební materiál Digitální učební materiál Projekt CZ.1.07/1.5.00/34.0415 Inovujeme, inovujeme Šablona III/2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT (DUM) Tematická Odborná biologie, část biologie Společná pro

Více

Genomika rostlin. Jaroslav Doležel Laboratoř molekulární cytogenetiky a cytometrie, Ústav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i., Sokolovská 6, Olomouc

Genomika rostlin. Jaroslav Doležel Laboratoř molekulární cytogenetiky a cytometrie, Ústav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i., Sokolovská 6, Olomouc Genomika rostlin Jaroslav Doležel Laboratoř molekulární cytogenetiky a cytometrie, Ústav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i., Sokolovská 6, Olomouc Ústav experimentální botaniky v Olomouci Pracoviště

Více

MetaCentrum. Martin Kuba CESNET

MetaCentrum. Martin Kuba CESNET MetaCentrum Martin Kuba CESNET Vývoj MetaCentra MetaCentrum bylo založeno v roce 1996 jako superpočítačové meta-centrum spojením tří superpočítačových center Superpočítačové Centrum Brno, Masarykova univerzita

Více

Prostředky z projektu SPRINGER. Vklad členů časopisy a knihy (Computer Science Library)

Prostředky z projektu SPRINGER. Vklad členů časopisy a knihy (Computer Science Library) SPRINGER Prostředky z projektu Vklad členů časopisy a knihy (Computer Science Library) Projekt + členové bez DPH v měně měna v Kč s DPH Projekt měna v Kč s DPH členové mena v Kč s DPH 2009 864 887 EUR

Více

Molekulárn. rní. biologie Struktura DNA a RNA

Molekulárn. rní. biologie Struktura DNA a RNA Molekulárn rní základy dědičnosti Ústřední dogma molekulárn rní biologie Struktura DNA a RNA Ústřední dogma molekulárn rní genetiky - vztah mezi nukleovými kyselinami a proteiny proteosyntéza replikace

Více

4. Centrální dogma, rozluštění genetického kódu a zrod molekulární biologie.

4. Centrální dogma, rozluštění genetického kódu a zrod molekulární biologie. 4. Centrální dogma, rozluštění genetického kódu a zrod molekulární biologie. Od genu k proteinu - centrální dogma biologie Geny jsou zakódovány v DNA - Jakým způsobem? - Jak se projevují? Již v roce 1902

Více

-dědičnost= schopnost rodičů předat vlastnosti v podobě vloh potomkům

-dědičnost= schopnost rodičů předat vlastnosti v podobě vloh potomkům Otázka: Molekulární základy dědičnosti Předmět: Biologie Přidal(a): KatkaS GENETIKA =dědičnost, proměnlivost organismu -dědičnost= schopnost rodičů předat vlastnosti v podobě vloh potomkům -umožní zachovat

Více

Kapitoly z fyzikální chemie KFC/KFCH. I. Základní pojmy FCH a kinetická teorie plynů

Kapitoly z fyzikální chemie KFC/KFCH. I. Základní pojmy FCH a kinetická teorie plynů Kapitoly z fyzikální chemie KFC/KFCH I. Základní pojmy FCH a kinetická teorie plynů RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci Zkouška a doporučená literatura Ústní kolokvium Doporučená literatura

Více

Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů

Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů Ústav experimentální medicíny AV ČR úspěšně rozšířil přístrojové vybavení pro vědce z peněz evropských fondů Ústav úspěšně dokončil realizaci dvou investičních projektů s využitím prostředků z Operačního

Více

Rektor Univerzity Palackého v Olomouci vyhlašuje 2. ročník studentské grantové soutěže na UP

Rektor Univerzity Palackého v Olomouci vyhlašuje 2. ročník studentské grantové soutěže na UP Rektor Univerzity Palackého v Olomouci vyhlašuje 2. ročník studentské grantové soutěže na UP Cílem studentské grantové soutěže je podpora projektů realizovaných studenty doktorského nebo magisterského

Více

MetaCentrum Aplikace a jejich další podpora

MetaCentrum Aplikace a jejich další podpora MetaCentrum Aplikace a jejich další podpora Jan Kmuníček CESNET & ÚVT MU meta.cesnet.cz Obsah Obecná charakteristika Dostupné programy Licence Aplikační podpora Nové služby 2 Charakteristika Aplikace v

Více

Dolování dat z multimediálních databází. Ing. Igor Szöke Speech group ÚPGM, FIT, VUT

Dolování dat z multimediálních databází. Ing. Igor Szöke Speech group ÚPGM, FIT, VUT Dolování dat z multimediálních databází Ing. Igor Szöke Speech group ÚPGM, FIT, VUT Obsah prezentace Co jsou multimediální databáze Možnosti dolování dat v multimediálních databázích Vyhledávání fotografií

Více

Zřízení studijního oboru HPC (High performance computing)

Zřízení studijního oboru HPC (High performance computing) Zřízení studijního oboru HPC (High performance computing) Návrh oboru je koncipován tak, aby byl zajímavý pro široký okruh zájemců, kteří pak mohou později pracovat při využití HPC v projekčních a výzkumných

Více

Czech National e-infrastructure. Projekt MetaCentrum. Jan Kmuníček CESNET. meta.cesnet.cz

Czech National e-infrastructure. Projekt MetaCentrum. Jan Kmuníček CESNET. meta.cesnet.cz Projekt MetaCentrum Jan Kmuníček CESNET meta.cesnet.cz Obsah Struktura MetaCentra Služby MetaCentra výpočetní servis úložné kapacity síťová spojení prostředí pro spolupráci Statistiky využití Související

Více

EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP

EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ. I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP EKONOMICKÉ ASPEKTY GENETICKÝCH VYŠETŘENÍ I. Šubrt Společnost lékařské genetiky ČLS JEP Lékařská genetika Lékařský obor zabývající se diagnostikou a managementem dědičných onemocnění Genetická prevence

Více

Genetika - maturitní otázka z biologie (2)

Genetika - maturitní otázka z biologie (2) Genetika - maturitní otázka z biologie (2) by jx.mail@centrum.cz - Ned?le, B?ezen 01, 2015 http://biologie-chemie.cz/genetika-maturitni-otazka-z-biologie-2/ Otázka: Genetika I P?edm?t: Biologie P?idal(a):

Více

4. Genové inženýrství ve farmaceutické biotechnologii

4. Genové inženýrství ve farmaceutické biotechnologii 4. Genové inženýrství ve farmaceutické biotechnologii Hlavními produkty rekombinantních technologií ve farmacii jsou rekombinantní proteiny, které budeme označovat spíše jako terapeutické proteiny, protože

Více

Služby ÚVT pro VaV & IT pro CEITEC. David Antoš

Služby ÚVT pro VaV & IT pro CEITEC. David Antoš Služby ÚVT pro VaV & IT pro CEITEC David Antoš Služby ÚVT pro vědce a výzkumníky Trocha historie záznamy přednášek http://www.video.muni.cz/ úložiště dat historikové z FF, dermatopatologický atlas doc.

Více

Projekt fondu rozvoje vysokých škol 1809/2007 "Příprava kurzu - Simulace jednoduchých fyzikálních dějů"

Projekt fondu rozvoje vysokých škol 1809/2007 Příprava kurzu - Simulace jednoduchých fyzikálních dějů Cíle projektu: Projekt fondu rozvoje vysokých škol 1809/2007 "Příprava kurzu - Simulace jednoduchých fyzikálních dějů" Cílem projektu bylo vytvoření nového předmětu (výběrové kurzy Simulace jednoduchých

Více

562 VESMÍR 79, říjen 2000 http://www.cts.cuni.cz/vesmir. 1. Nově replikovaná DNA lidské buňky HeLa značená modifikovaným

562 VESMÍR 79, říjen 2000 http://www.cts.cuni.cz/vesmir. 1. Nově replikovaná DNA lidské buňky HeLa značená modifikovaným 1 1. Nově replikovaná DNA lidské buňky HeLa značená modifikovaným nukleotidem. Buněčné jádro v pozdní fázi S buněčného cyklu je narušeno působením detergentu. Z obrázku je patrná původní akumulace DNA

Více

ANOTACE vytvořených/inovovaných materiálů

ANOTACE vytvořených/inovovaných materiálů ANOTACE vytvořených/inovovaných materiálů Číslo projektu Číslo a název šablony klíčové aktivity Tematická oblast Formát Druh učebního materiálu Druh interaktivity CZ.1.07/1.5.00/34.0722 III/2 Inovace a

Více

Degenerace genetického kódu

Degenerace genetického kódu AJ: degeneracy x degeneration CJ: degenerace x degenerace Degenerace genetického kódu Genetický kód je degenerovaný, resp. redundantní, což znamená, že dva či více kodonů může kódovat jednu a tutéž aminokyselinu.

Více

Dobývání znalostí z webu web mining

Dobývání znalostí z webu web mining Dobývání znalostí z webu web mining Web Mining is is the application of data mining techniques to discover patterns from the Web (Wikipedia) Tři oblasti: Web content mining (web jako kolekce dokumentů)

Více

01MDS. http://www.krbalek.cz/for_students/mds/mds.html

01MDS. http://www.krbalek.cz/for_students/mds/mds.html 01MDS http://www.krbalek.cz/for_students/mds/mds.html 01MDS Modely dopravních systémů (úvodní přednáška) Milan Krbálek Katedra matematiky Fakulty jaderné a fyzikálně inženýrské, ČVUT v Praze http://www.krbalek.cz/for_students/mds/mds.html

Více