Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled"

Transkript

1 Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN I. Přehled RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci

2 Definice bioinformatiky (Molecular) bio informatics: bioinformatics is conceptualising biology in terms of molecules (in the sense of physical chemistry) and applying "informatics techniques" (derived from disciplines such as applied maths, computer science and statistics) to understand and organise the data and information associated with these molecules, on a large scale. In short, bioinformatics is a management information system for molecular biology and has many practical applications. Oxford English Dictionary

3 Definice bioinformatiky spojení biologických věd s informatikou počítačové zpracování, organizace, ukládání a vizualizalizace biologických dat a jejich aplikace iteulike oblak klíčových slov pro bioinformatics

4 Přehled témat bioinformatiky hledání genů a skládání genomů porovnávání sekvencí (alignment) analýza a predikce struktury proteinů a NA hledání léčiv (drug design a discovery) predikce a analýza interakcí mezi proteiny predikce genové exprese modelování molekulární evoluce Wikipedia

5 Organizace biologických informací biologické informace redundantní a mnohonásobné Genetický kód je redundantní Organismus má mnoho podobných genů Gen může mít více funkcí Rozdílné proteinové sekvence mají stejnou strukturu

6 Příklad systému - kolo

7 Kolo Jak jsou redundantní? Jak jsou flexibilní? Které části jsou sdílené (šroubky, matky, podložky, pružiny, ložiska), nebo unikátní (šlapátka, páčky)? Kde se jednotlivé části nachází? Jakou mají funkci? Dokážeme je vylepšit?

8 Biologická data Zdroj dat Velikost dat Bioinformatika DNA sekvence Proteinová sekvence Makromolekulární struktura Genomy Exprese (genů, proteinů, ) 195 milionů sekvencí ( nukleotidů) 18 milionů sekvencí (~300 AA) struktur (~1500 koordinát) 1000 genomů (~ bp) čipy (obrazové info:tb/den) Introny a exony Predikce produktu genů Forenzní analýza Porovnávání sekvencí (párové, 1:n) Konzervované sekvenční motivy Predikce sekundární a terciární struktury 3D strukturní alignment Geometrie molekuly a její interakce Molekulární simulace (MD, ligand docking) Charakterizace opakování Dohledávání struktur ke genům Fylogenetická analýza Genomic-scale census (obsah proteinů, metabolické dráhy) Identifikace genetických chorob Mapování expresních dat na sekvenční a biochemické data Biol. literatura 20 milionů citací Hledání, digitální knihovny Tvorba znalostních databází data mining

9 Bioinformatika - přístup experimentální data (biologové) strukturovaná data (databáze) hypotézy počítačový program (programátoři)

10 hrubá data sekvence Prostor působení příprava alignment geny struktura funkce hledání genů předpověď 3D struktury databáze organizace metabolismus metabolismus (biologie) fylogenetická analýza

11 Ideální případ

12 Počítačové zpracování Databáze ukládání, hledání Analýza textu sekvenční analýzy, porovnávání sekvencí, hledání klíčových slov Hledání motivů Neuronové sítě, clusterová analýza, data mining, Markovovské řetězce Geometrie 3D grafika, robotika, 2D/3D rozpoznávání obrazu Fyzikální simulace Mechanika, elektrostatika, numerické algoritmy, simulace

13 Přehled témat bioinformatiky hledání genů a skládání genomů porovnávání sekvencí (alignment) analýza a predikce struktury proteinů a NA hledání léčiv (drug design a discovery) predikce a analýza interakcí mezi proteiny predikce genové exprese modelování molekulární evoluce Wikipedia

14 Genom Hledání genů introny, exony, promotory, cizí kusy DNA Charakteristika opakujících se kusů DNA forenzní analýza Hledání duplicit v genomu

15 Velikosti genomů Mycoplasma genitalium Escherichia coli Saccharomyces cerevisiae 16 chr Mbp 4.6 Mbp 11.2 Mbp Caenorhabtitis elegans 6 chr Mbp Arabidopsis thaliana 5 chr Mbp Drosophila melanogaster 5 chr. ~137.0 Mbp Homo sapiens 24 chr. ~ 3.3 Gbp

16 Analýza sekvencí Porovnávání sekvencí 1:1 1:n lokální nebo globální porovnání hledání konsensní sekvence pro třídu proteinů mapování evoluce Hledání vlastností sekundární struktura hydrofobicita transmembránové segmenty

17 Predikce proteinové struktury Terciární struktura rozpoznání foldu homologní modelování strukturní alignment ab initio modelování Predikce funkce hledání aktivních míst a kanálů

18 Strukturní výpočetní biologie Molekulární grafika vodítko pro hypotézy Simulace Struktura => Energie vývoj v čase Docking hledání jak a kam se látky váží ligandy proteiny mezi sebou Helikáza rozevírající DNA docking do acetyltransferázy v programu GOLD

19 Analýza obrazu s vysokou propustností Analýza genové exprese Analýza proteinové exprese Funkční a toxikologické analýzy

20 Modelování biologických systémů matematická biologie e-cell

21 Sledování molekulární evoluce Fylogenetické stromy hledání společného předka podle podobnosti - změna probíhá v liniích časem - dělení po dvojicích

22 Souhrn

Bioinformatika. Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie Jan Pačes Ústav molekulární genetiky

Bioinformatika. Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie Jan Pačes Ústav molekulární genetiky Bioinformatika pro PrfUK 2006 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz http://bio.img.cas.cz/prfuk2006 syllabus Úterý,

Více

Osekvenované genomy. Pan troglodydes, 2005. Neandrtálec, 2010

Osekvenované genomy. Pan troglodydes, 2005. Neandrtálec, 2010 GENOMOVÉ PROJEKTY Osekvenované genomy Haemophilus influenze, 1995 první osekvenovaná bakterie Saccharomyces cerevisiae, 1996 první osekvenovaný eukaryotický organimus Caenorhabditis elegans, 1998 první

Více

O původu života na Zemi Václav Pačes

O původu života na Zemi Václav Pačes O původu života na Zemi Václav Pačes Ústav molekulární genetiky Akademie věd ČR centrální dogma replikace transkripce DNA RNA protein reverzní transkripce translace informace funkce Exon 1 Intron (413

Více

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál Jan Komárek Bioinformatika Bioinformatika je vědní disciplína, která se zabývá metodami pro shromážďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických

Více

Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace

Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace Genomika a bioinformatika Co se o sobě dovídáme z naší genetické informace Jan Pačes, Mgr, Ph.D Ústav molekulární genetiky AVČR, CZECH FOBIA (Free and Open Bioinformatics Association) hpaces@img.cas.cz

Více

Aplikovaná bioinformatika

Aplikovaná bioinformatika Aplikovaná bioinformatika Číslo aktivity: 2.V Název klíčové aktivity: Na realizaci se podílí: Implementace nových předmětů do daného studijního programu doc. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D., Mgr. Josef

Více

Bioinformatika pro PrfUK 2003

Bioinformatika pro PrfUK 2003 Bioinformatika pro PrfUK 2003 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz http://bio.img.cas.cz/prfuk2003 What is Bioinformatics?---The

Více

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Genomické databáze Shlukování proteinových sekvencí Ivana Rudolfová školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Obsah Proteiny Zdroje dat Predikce struktury proteinů Cíle disertační práce Vstupní data

Více

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst David Hoksza, Radoslav Krivák SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita

Více

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu úloha II Jan Komárek, Gabriel Demo Adenin Struktura DNA Thymin 5 konec 3 konec DNA tvořena dvěmi řetězci orientovanými antiparalelně (liší se orientací

Více

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? 6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? Pamatujete na to, co se objevilo v pracích Charlese Darwina a Alfreda Wallace ohledně vývoje druhů? Aby mohl mechanismus přírodního

Více

Služby pro predikci struktury proteinů. Josef Pihera

Služby pro predikci struktury proteinů. Josef Pihera Služby pro predikci struktury proteinů Josef Pihera Struktura proteinů Primární sekvence aminokyselin Sekundární stáčení a spojování vodíkovými vazbami Supersekundární struktura přechod, opakovaná geometrická

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání

Více

Bioinformatika. hledání významu biologických dat. Marian Novotný. Friday, April 24, 15

Bioinformatika. hledání významu biologických dat. Marian Novotný. Friday, April 24, 15 Bioinformatika hledání významu biologických dat Marian Novotný Bioinformatika sběr biologických dat archivace biologických dat organizace biologických dat interpretace biologických dat 2 Biologové sbírají

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

PRAKTIKUM Z OBECNÉ GENETIKY

PRAKTIKUM Z OBECNÉ GENETIKY RNDr. Pavel Lízal, Ph.D. Přírodovědecká fakulta MU Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie lizal@sci.muni.cz 1) Praktikum z obecné genetiky 2) Praktikum z genetiky rostlin

Více

Student si po a 1. ročníku podle svého osobního zaměření volí kurzy (předměty).

Student si po a 1. ročníku podle svého osobního zaměření volí kurzy (předměty). Aplikovaná informatika Akreditováno do: 31.10.2013 Délka studia: 3 roky Forma studia: Prezenční studium Předpokládaný počet studentů nastupujících do 1. ročníku: 60 Přijímací zkouška: bez přijímacích zkoušek

Více

Exprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie DNA RNA proteinu transkripce DNA mrna translace proteosyntéza

Exprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie DNA RNA proteinu transkripce DNA mrna translace proteosyntéza Exprese genetického kódu Centrální dogma molekulární biologie - genetická informace v DNA -> RNA -> primárního řetězce proteinu 1) transkripce - přepis z DNA do mrna 2) translace - přeložení z kódu nukleových

Více

Těsně před infarktem. Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod. Jan Kalina, Marie Tomečková

Těsně před infarktem. Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod. Jan Kalina, Marie Tomečková Těsně před infarktem Jak předpovědět infarkt pomocí informatických metod Jan Kalina, Marie Tomečková Program, osnova sdělení 13,30 Úvod 13,35 Stručně o ateroskleróze 14,15 Měření genových expresí 14,00

Více

Biologicky inspirované výpočty. Schématické rozdělení problematiky a výuky

Biologicky inspirované výpočty. Schématické rozdělení problematiky a výuky Biologicky inspirované výpočty Schématické rozdělení problematiky a výuky 1 Biologicky inspirované výpočty - struktura problematiky Evoluční systémy: evoluční algoritmy, evoluční hardware, víceúčelová

Více

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK ové technologie v analýze D A, R A a proteinů Stanislav Kmoch Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK Motto : "The optimal health results from ensuring that the right

Více

Nový obor - počítače v medicíně a biologii

Nový obor - počítače v medicíně a biologii Nový obor - počítače v medicíně a biologii Proč je management informací ústřední otázkou v biomedicínském výzkumu a v klinické praxi? Co jsou integrovaná prostředí managementu informací a jak by mohla

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání

Více

CEITEC a jeho IT požadavky. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

CEITEC a jeho IT požadavky. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D. CEITEC a jeho IT požadavky RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D. Co je CEITEC? CEITEC je projekt výstavby středoevropského vědecko-výzkumného centra excelence v Brně Zaměření projektu: základní i aplikovaný

Více

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.

Více

Globální pohled na průběh replikace dsdna

Globální pohled na průběh replikace dsdna Globální pohled na průběh replikace dsdna 3' 5 3 vedoucí řetězec 5 3 prodlužování vedoucího řetězce (polymerace ) DNA-ligáza směr pohybu enzymů DNA-polymeráza I DNA-polymeráza III primozom 5' 3, 5, hotový

Více

MATEMATICKÁ BIOLOGIE

MATEMATICKÁ BIOLOGIE INSTITUT BIOSTATISTIKY A ANALÝZ Lékařská a Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita MATEMATICKÁ BIOLOGIE Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Brno Studijní obor Matematická biologie Masarykova

Více

Základy molekulární a buněčné biologie. Přípravný kurz Komb.forma studia oboru Všeobecná sestra

Základy molekulární a buněčné biologie. Přípravný kurz Komb.forma studia oboru Všeobecná sestra Základy molekulární a buněčné biologie Přípravný kurz Komb.forma studia oboru Všeobecná sestra Genetický aparát buňky DNA = nositelka genetické informace - dvouvláknová RNA: jednovláknová mrna = messenger

Více

REKOMBINACE Přestavby DNA

REKOMBINACE Přestavby DNA REKOMBINACE Přestavby DNA variace v kombinacích genů v genomu adaptace evoluce 1. Obecná rekombinace ( General recombination ) Genetická výměna mezi jakýmkoli párem homologních DNA sekvencí - často lokalizovaných

Více

Genetické mapování. v přírodních populacích i v laboratoři

Genetické mapování. v přírodních populacích i v laboratoři Genetické mapování v přírodních populacích i v laboratoři Funkční genetika Cílem je propojit konkrétní mutace/geny s fenotypem Vzniklý v laboratoři pomocí mutageneze či vyskytující se v přírodě. Forward

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze Studium biologie na PřF UK v Praze Bakalářské studijní programy / obory Biologie Biologie ( duhový bakalář ) Ekologická a evoluční biologie ( zelený

Více

Bakalářský stupeň studia V odborném studiu lze na Přírodovědecké fakultě JU studovat několik biologicky zaměřených oborů, které mají mnohaletou

Bakalářský stupeň studia V odborném studiu lze na Přírodovědecké fakultě JU studovat několik biologicky zaměřených oborů, které mají mnohaletou Bakalářský stupeň studia V odborném studiu lze na Přírodovědecké fakultě JU studovat několik biologicky zaměřených oborů, které mají mnohaletou historii spojenou s Biologickou fakultou JU: Biofyzika -

Více

Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B

Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B Níže uvedené komentáře by měly pomoci soutěžícím z kategorie B ke snazší orientaci

Více

Od sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR

Od sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR ENBIK 2014 Od sekvencí k chromozómům: výzkum repetitivní DNA rostlin v Laboratoři molekulární cytogenetiky BC AVČR Jiří Macas Biologické centrum AVČR Ústav molekulární biologie rostlin České Budějovice

Více

Evoluční genetika KBI/GENE Mgr. Zbyněk Houdek Evoluční teorie Evoluční teorii vyslovil Ch. Darwin v díle O původu druhů (1859), kde ukazoval, že druhy se postupně měnily v dlouhých časových periodách.

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání

Více

Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů

Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Stavělová M.,* Macháčková J.*, Rídl J.,** Pačes J.** * Earth Tech CZ, s.r.o ** ÚMG AV ČR PROČ METAGENOMIKA?

Více

Centrální dogma molekulární biologie

Centrální dogma molekulární biologie řípravný kurz LF MU 2011/12 Centrální dogma molekulární biologie Nukleové kyseliny 1865 zákony dědičnosti (Johann Gregor Mendel) 1869 objev nukleových kyselin (Miescher) 1944 genetická informace v nukleových

Více

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Více

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce translace

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce translace Nukleové kyseliny Replikace Transkripce translace Figure 4-3 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008) Figure 4-4 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008) Figure 4-5 Molecular

Více

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ KATEDRA BIOLOGIE A EKOLOGIE BAKALÁŘSKÉ STUDIJNÍ PROGRAMY Experimentální Systematická Aplikovaná (prezenční, kombinovaná) Jednooborová Dvouoborová KATEDRA BIOLOGIE

Více

Genetický polymorfismus

Genetický polymorfismus Genetický polymorfismus Za geneticky polymorfní je považován znak s nejméně dvěma geneticky podmíněnými variantami v jedné populaci, které se nachází v takových frekvencích, že i zřídkavá má frekvenci

Více

AUG STOP AAAA S S. eukaryontní gen v genomové DNA. promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4. kódující oblast. introny

AUG STOP AAAA S S. eukaryontní gen v genomové DNA. promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4. kódující oblast. introny eukaryontní gen v genomové DNA promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4 kódující oblast introny primární transkript (hnrna, pre-mrna) postranskripční úpravy (vznik maturované mrna) syntéza čepičky AUG vyštěpení

Více

Struktura a funkce biomakromolekul

Struktura a funkce biomakromolekul Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 7. Interakce DNA/RNA - protein Ivo Frébort Interakce DNA/RNA - proteiny v buňce Základní dogma molekulární biologie Replikace DNA v E. coli DNA polymerasa a

Více

BAKTERIÁLNÍ GENETIKA. Lekce 12 kurzu GENETIKA Doc. RNDr. Jindřich Bříza, CSc.

BAKTERIÁLNÍ GENETIKA. Lekce 12 kurzu GENETIKA Doc. RNDr. Jindřich Bříza, CSc. BAKTERIÁLNÍ GENETIKA Lekce 12 kurzu GENETIKA Doc. RNDr. Jindřich Bříza, CSc. -dědičnost u baktérií principiálně stejná jako u komplexnějších organismů -genom haploidní a značně menší Bakteriální genom

Více

MENDELOVSKÁ DĚDIČNOST

MENDELOVSKÁ DĚDIČNOST MENDELOVSKÁ DĚDIČNOST Gen Část molekuly DNA nesoucí genetickou informaci pro syntézu specifického proteinu (strukturní gen) nebo pro syntézu RNA Různě dlouhá sekvence nukleotidů Jednotka funkce Genotyp

Více

1240/F1MB1 Mikrobiologie

1240/F1MB1 Mikrobiologie 1240/F1MB1 Mikrobiologie Disciplína poskytuje studentovi přehled o farmaceutických a medicínských hlediscích mikrobiologie, mykologie a parazitologie. Získá základní informace o struktuře, funkci, genetice

Více

Metody in silico. stanovení výpočtem

Metody in silico. stanovení výpočtem Metody in silico stanovení výpočtem Inovace a rozšíření výuky zaměřené na problematiku životního prostředí na PřF MU (CZ.1.07/2.2.00/15.0213) spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem

Více

Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014

Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014 Co je to CEITEC? Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014 Pět oborů budoucnosti, které se vyplatí studovat HN 28. 1. 2013 1. Biochemie 2. Biomedicínské inženýrství 3. Průmyslový design 4.

Více

BA_EM Electronic Marketing. Pavel

BA_EM Electronic Marketing. Pavel BA_EM Electronic Marketing Pavel Kotyza @VŠFS Agenda Efektivní data mining jako zdroj relevantních dat o potřebách zákazníků Co je data mining? Je absolutní Je předem neznámý Je užitečný Co jsou data?

Více

Uspořádání genomu v jádře buňky a jeho možná funkce. Stanislav Kozubek Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.

Uspořádání genomu v jádře buňky a jeho možná funkce. Stanislav Kozubek Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i. Uspořádání genomu v jádře buňky a jeho možná funkce Stanislav Kozubek Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i. DNA, nukleosomy, chromatin, chromosom a genom Chromosom Genom v jádře Buňka Chromatinové vlákno Nukleosomy

Více

Výskyt MHC molekul. RNDr. Ivana Fellnerová, Ph.D. ajor istocompatibility omplex. Funkce MHC glykoproteinů

Výskyt MHC molekul. RNDr. Ivana Fellnerová, Ph.D. ajor istocompatibility omplex. Funkce MHC glykoproteinů RNDr. Ivana Fellnerová, Ph.D. Katedra zoologie, PřF UP Olomouc = ajor istocompatibility omplex Skupina genů na 6. chromozomu (u člověka) Kódují membránové glykoproteiny, tzv. MHC molekuly, MHC molekuly

Více

Exprese genetické informace

Exprese genetické informace Exprese genetické informace Stavební kameny nukleových kyselin Nukleotidy = báze + cukr + fosfát BÁZE FOSFÁT Nukleosid = báze + cukr CUKR Báze Cyklické sloučeniny obsahující dusík puriny nebo pyrimidiny

Více

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová Počítačová chemie výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů Zora Střelcová Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova univerzita, Kotlářská 2, 611 37 Brno, Česká Republika

Více

Dědičnost pohlaví Genetické principy základních způsobů rozmnožování

Dědičnost pohlaví Genetické principy základních způsobů rozmnožování Dědičnost pohlaví Vznik pohlaví (pohlavnost), tj. komplexu znaků, vlastností a funkcí, které vymezují exteriérové i funkční diference mezi příslušníky téhož druhu, je výsledkem velmi komplikované série

Více

Lesnická genetika. Dušan Gömöry, Roman Longauer

Lesnická genetika. Dušan Gömöry, Roman Longauer Lesnická genetika Dušan Gömöry, Roman Longauer Brno 2014 1 Tento studijní materiál byl vytvořen v rámci projektu InoBio Inovace biologických a lesnických disciplín pro vyšší konkurence schopnost, registrační

Více

Uspělo u přijímací zkoušky bakalářské magisterské magisterské navazující doktorské Celkem

Uspělo u přijímací zkoušky bakalářské magisterské magisterské navazující doktorské Celkem Fakulta Počet uchazečů Dostavilo se Uspělo u přijímací zkoušky Právnická 506 442 442 Lékařská 55 49 378 Přírodovědecká 048 896 603 Filozofická 33 2736 2095 Pedagogická 726 585 585 Ekonomicko-správní 224

Více

Molekulární diagnostika

Molekulární diagnostika Molekulární diagnostika Odry 11. 11. 2010 Michal Pohludka, Ph.D. Buňka základní jednotka živé hmoty Všechny v současnosti známé buňky se vyvinuly ze společného předka, tedy buňky, která žila asi před 3,5-3,8

Více

Biologie - Oktáva, 4. ročník (humanitní větev)

Biologie - Oktáva, 4. ročník (humanitní větev) - Oktáva, 4. ročník (humanitní větev) Biologie Výchovné a vzdělávací strategie Kompetence k řešení problémů Kompetence komunikativní Kompetence sociální a personální Kompetence občanská Kompetence k podnikavosti

Více

Obecná charakteristika živých soustav

Obecná charakteristika živých soustav Obecná charakteristika živých soustav Vypracoval: RNDr. Milan Zimpl, Ph.D. TENTO PROJEKT JE SPOLUFINANCOVÁN EVROPSKÝM SOCIÁLNÍM FONDEM A STÁTNÍM ROZPOČTEM ČESKÉ REPUBLIKY Kategorie živých soustav Existují

Více

Na rozdíl od genomiky se funkční genomika zaměřuje na dynamické procesy, jako je transkripce, translace, interakce protein - protein.

Na rozdíl od genomiky se funkční genomika zaměřuje na dynamické procesy, jako je transkripce, translace, interakce protein - protein. FUNKČNÍ GENOMIKA Co to je: Oblast molekulární biologie která se snaží o zpřístupnění a využití ohromného množství dat z genomových projektů. Snaží se popsat geny, a proteiny, jejich funkce a interakce.

Více

Použití EGEE. v dalších vědeckých disciplínách. Jan Kmuníček podpora uživatelů a aplikací. Úvodní seminář EGEE, 26. října

Použití EGEE. v dalších vědeckých disciplínách. Jan Kmuníček podpora uživatelů a aplikací. Úvodní seminář EGEE, 26. října Úvodní seminář EGEE, 26. října 2004 Použití EGEE www.eu-egee.org v dalších vědeckých disciplínách Jan Kmuníček podpora uživatelů a aplikací EGEE je projekt financován Evropskou Unií (smlouva IST-2003-508833)

Více

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK CZ.1.07/1.5.00/34.0211. Anotace. Biosyntéza nukleových kyselin. VY_32_INOVACE_Ch0219.

Vzdělávací materiál. vytvořený v projektu OP VK CZ.1.07/1.5.00/34.0211. Anotace. Biosyntéza nukleových kyselin. VY_32_INOVACE_Ch0219. Vzdělávací materiál vytvořený v projektu OP VK Název školy: Gymnázium, Zábřeh, náměstí Osvobození 20 Číslo projektu: Název projektu: Číslo a název klíčové aktivity: CZ.1.07/1.5.00/34.0211 Zlepšení podmínek

Více

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum Masarykova Univerzita Národní centrum pro výzkum biomolekul Národní centrum pro výzkum biomolekul & Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova Univerzita Přírodovědecká

Více

Moderní systémy pro získávání znalostí z informací a dat

Moderní systémy pro získávání znalostí z informací a dat Moderní systémy pro získávání znalostí z informací a dat Jan Žižka IBA Institut biostatistiky a analýz PřF & LF, Masarykova universita Kamenice 126/3, 625 00 Brno Email: zizka@iba.muni.cz Bioinformatika:

Více

Genetické markery. pro masnou produkci. Mgr. Jan Říha. Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o.

Genetické markery. pro masnou produkci. Mgr. Jan Říha. Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Genetické markery ve šlechtění skotu pro masnou produkci Mgr. Jan Říha Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Genetické markery Polymorfní místa v DNA, které vykazují asociaci na sledované znaky Příčinné

Více

Příspěvky odvysílané na stanici Český rozhlas 3 Vltava od do

Příspěvky odvysílané na stanici Český rozhlas 3 Vltava od do Příspěvky odvysílané na stanici Český rozhlas 3 Vltava od 11. 5. 2008 do 24. 8. 2009 Většinu z nich lze nalézt podle data a vyposlechnout na internetové adrese http://www.rozhlas.cz/mozaika/veda/. Pořady:

Více

DUM č. 10 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika

DUM č. 10 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika projekt GML Brno Docens DUM č. 10 v sadě 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika Autor: Martin Krejčí Datum: 26.06.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: Procesy následující bezprostředně po transkripci.

Více

Schéma průběhu transkripce

Schéma průběhu transkripce Molekulární základy genetiky PROTEOSYNTÉZA A GENETICKÝ KÓD Proteosyntéza je složitý proces tvorby bílkovin, který zahrnuje proces přepisu genetické informace z DNA do kratšího zápisu v informační mrna

Více

Počítačová chemie: Laboratoř za monitorem

Počítačová chemie: Laboratoř za monitorem T-Report Počítačová chemie: Laboratoř za monitorem Lektorka: Zora Střelcová Vypracovala: Eva Vojáčková Tématem T-Exkurze, kterou jsme absolvovala, byla počítačová/výpočetní chemie. Tento obor stojí na

Více

Struktura a funkce biomakromolekul

Struktura a funkce biomakromolekul Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 10. Struktury signálních komplexů Ivo Frébort Typy hormonů Steroidní hormony deriváty cholesterolu, regulují metabolismus, osmotickou rovnováhu, sexuální funkce

Více

Zaměření bakalářské práce (témata BP)

Zaměření bakalářské práce (témata BP) Zaměření bakalářské práce (témata BP) Obor: Buněčná a molekulární diagnostika - zadává katedra - studenti si témata losují Obor: molekulární biologie a genetika - témata BP vychází z vybraného tématu DP

Více

GENETIKA. Joalis s.r.o. Všechna práva vyhrazena

GENETIKA. Joalis s.r.o. Všechna práva vyhrazena GENETIKA 1 Z HISTORIE GENETIKY Zakladatel genetiky Gregor Mendel (1822-1884) Zdroj: Kronika medicíny, Fortuna Press 1994 Mendelovi nástupci v roce 1910 T. H. Morgan vyslovil hypotézu, že geny jsou uloženy

Více

Strom života. Cíle. Stručná anotace

Strom života. Cíle. Stručná anotace Předmět: Doporučený ročník: Vazba na ŠVP: Biologie 1. ročník Úvod do taxonomie Cíle Studenti zařadí člověka do příslušných taxonů taxonomického systému. Studenti se seznámí s principem fylogenetického

Více

Molekulární biotechnologie č.8. Produkce heterologního proteinu v eukaryontních buňkách

Molekulární biotechnologie č.8. Produkce heterologního proteinu v eukaryontních buňkách Molekulární biotechnologie č.8 Produkce heterologního proteinu v eukaryontních buňkách Eukaryontní buňky se využívají v případě, když Eukaryontní proteiny syntetizované v baktériích postrádají biologickou

Více

Zaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie

Zaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie Zaměření bakalářské práce na Oddělení genetiky a molekulární biologie 1) Zadávání témat dle studovaného oboru 2) Přehled řešených témat v minulosti 3) 4) Přehled externích školících pracovišť Zaměření

Více

Interakce viru klíšťové encefalitidy s hostitelským organismem a patogeneze infekce

Interakce viru klíšťové encefalitidy s hostitelským organismem a patogeneze infekce Parazitologický ústav, Akademie věd České republiky Laboratoř interakcí vektor-hostitel České Budějovice Interakce viru klíšťové encefalitidy s hostitelským organismem a patogeneze infekce Daniel Růžek,

Více

Koordinuje: Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. LIV. Akademické fórum, 18. 9. 2014

Koordinuje: Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. LIV. Akademické fórum, 18. 9. 2014 Koordinuje: Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. 1 Ústav fyziky materiálů, AV ČR, v. v. i. Zkoumat a objasňovat vztah mezi chováním a vlastnostmi materiálů a jejich strukturními charakteristikami Dlouholetá

Více

Uznávání předmětů ze zahraničních studijních pobytů

Uznávání předmětů ze zahraničních studijních pobytů Uznávání předmětů ze zahraničních studijních pobytů Podnikání a administrativa 7 Mezinárodní obchod Ekonometrie Obecná ekonomie III 8 Velkoobchod a maloobchod Management 9 Marketingové řízení Strategický

Více

Interakce látek s membránami z pohledu výpočetní chemie

Interakce látek s membránami z pohledu výpočetní chemie Interakce látek s membránami z pohledu výpočetní chemie Karel Berka Regionální centrum pro pokročilé technologie a materiály a Katedra fyzikální chemie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého, Olomouc,

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním

Více

Studijní programy akreditované na Univerzitě J. E. Purkyně v Ústí nad Labem. poslední aktualizace:

Studijní programy akreditované na Univerzitě J. E. Purkyně v Ústí nad Labem. poslední aktualizace: Studijní programy akreditované na Univerzitě J. E. Purkyně v Ústí nad Labem poslední aktualizace: 24. 08. 2016 Kód programu Fakulta sociálně ekonomická UJEP B 6202 B 6208 B 6731 N 6202 N 6208 N 6731 P

Více

Genetika. Genetika. Nauka o dědid. dičnosti a proměnlivosti. molekulárn. rní buněk organismů populací

Genetika. Genetika. Nauka o dědid. dičnosti a proměnlivosti. molekulárn. rní buněk organismů populací Genetika Nauka o dědid dičnosti a proměnlivosti Genetika molekulárn rní buněk organismů populací Dědičnost na úrovni nukleových kyselin Předávání vloh z buňky na buňku Předávání vlastností mezi jednotlivci

Více

Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok A) Molekulární genetika

Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok A) Molekulární genetika Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok 2017 A) Molekulární genetika 1. Struktura lidského genu, nomenklatura genů, databáze týkající se klinického dopadu variace v jednotlivých genech. 2.

Více

Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.

Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc. Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské praxi doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc. Historie forenzní genetiky 1985-1986 Alec Jeffreys a satelitní DNA 1980 Ray

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován

Více

Biologie - Oktáva, 4. ročník (přírodovědná větev)

Biologie - Oktáva, 4. ročník (přírodovědná větev) - Oktáva, 4. ročník (přírodovědná větev) Biologie Výchovné a vzdělávací strategie Kompetence k řešení problémů Kompetence komunikativní Kompetence sociální a personální Kompetence občanská Kompetence k

Více

Matematika a management

Matematika a management Nový studijní obor na FAV ZČU v Plzni ng. Jan Pospíšil, Ph.D. Katedra matematiky, Fakulta aplikovaných věd, Západočeská univerzita v Plzni Konference T & Management 19. února 2009, Praha 19. února 2009

Více

DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG

DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG DEN OTEVŘENÝCH DVEŘÍ NA ÚMG Místo konání: Datum a doba konání: Budova F, Vídeňská 1083, 142 20 Praha 4-Krč 31. 10. 2014 od 9:00 do 16:00 hod. Kontakt pro styk s veřejností: Organizační záležitosti: Leona

Více

MetaCentrum. Aktuální stav anové služby

MetaCentrum. Aktuální stav anové služby MetaCentrum. Aktuální stav anové služby Jan Kmuníček CESNET meta.cesnet.cz Obsah Infrastruktura Služby výpočetní servis úložné kapacity síťová spojení prostředí pro spolupráci Aplikace Projekty Další vývoj

Více

Okruhy otázek ke zkoušce

Okruhy otázek ke zkoušce Okruhy otázek ke zkoušce 1. Úvod do biologie. Vznik života na Zemi. Evoluční vývoj organizmů. Taxonomie organizmů. Původ a vývoj člověka, průběh hominizace a sapientace u předků člověka vyšších primátů.

Více

Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu

Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu Srovnal J. 1, Cincibuch J. 2, Cwierkta K. 2, Melichar B. 2, Aujeský R. 3, Vrba R.

Více

RNA interference (RNAi)

RNA interference (RNAi) Liběchov, 29. 11. 2013 RNA interference (RNAi) post-transkripční umlčení genové exprese přirozený mechanismus regulace genové exprese a genomové stability obranný antivirový mechanismus konzervovaný mechanismus

Více

MIKROBIOLOGIE V BIOTECHNOLOGII

MIKROBIOLOGIE V BIOTECHNOLOGII Biotechnologie MIKROBIOLOGIE V BIOTECHNOLOGII Termín biotechnologie byl poprvé použit v roce 1917 Procesy, při kterých se na tvorbě výsledného produktu podílejí živé organismy Širší definice: biotechnologie

Více

Příprava rekombinantních molekul pro diagnostické účely

Příprava rekombinantních molekul pro diagnostické účely 1 Příprava rekombinantních molekul pro diagnostické účely doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2014 2 Obsah přednášky 1) Pojem rekombinantní DNA 2) Historické milníky

Více

KFC/COM Vědecká komunikace

KFC/COM Vědecká komunikace KFC/COM Vědecká komunikace doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D. Katedra fyzikální chemie, Regionální centrum pokročilých technologií a materiálů, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci Požadavky

Více

7. Regulace genové exprese, diferenciace buněk a epigenetika

7. Regulace genové exprese, diferenciace buněk a epigenetika 7. Regulace genové exprese, diferenciace buněk a epigenetika Aby mohl mnohobuněčný organismus efektivně fungovat, je třeba, aby se jednotlivé buňky specializovaly na určité funkce. Nový jedinec přitom

Více

Seznam akreditovaných studijních programů Kód studijního oboru (KKOV)

Seznam akreditovaných studijních programů Kód studijního oboru (KKOV) Název Seznam akreditovaných studijních programů Název Ekonomická fakulta B 1103 Aplikovaná matematika 1103R008 Finanční a pojistná matematika K Fakulta rybářství a ochrany vod B 6202 Hospodářská politika

Více

Počítačová geometrie I

Počítačová geometrie I 0 I RNDr., Ph.D. Katedra didaktiky matematiky Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta petra.surynkova@mff.cuni.cz http://surynkova.info Osnova předmětu Pojem výpočetní geometrie, oblasti

Více