BBL Crystal Identification Systems Enteric/Nonfermenter ID Kit

Transkript

1 B ÚÈEL POUŽITÍ Identifikaèní systém BBL Crystal Enteric/Nonfermenter (E/NF) Identification (ID) System slouží k identifikaci aerobních Gram-negativních bakterií kmene Enterobacteriaceae, a nìkterých èastìji izolovaných Gram-negativních bacilù fermentujících a nefermentujících glukózu. SHRNUTÍ A VYSVÌTLENÍ Systém BBL Crystal E/NF ID je miniaturizovanou identifikaèní metodou. Vìtšina používaných testù je modifikací tradièních metod. Mezi nì patøí testy pro fermentaci, oxidaci, degradaci a hydrolýzu rozlièných substrátù. Dále jsou zde chromogennì znaèené substráty schopné detekovat enzymy, které mikroby využívají pro metabolizaci rùzných substrátù. 1-5 Sada BBL Crystal E/NF ID se skládá z (i) panelových víèek BBL Crystal E/NF, (ii) bází BBL Crystal a (iii) inokulaèních zkumavek BBL Crystal Enteric/Stool ID. Víèko obsahuje 30 dehydratovaných substrátù na koncích umìlohmotných hrotù. Báze má 30 reakèních jamek. Testovací inokulum je pøipraveno z tekutiny s inokulem a slouží k naplnìní všech tøiceti jamek v bázi. Po zarovnání víèka s bází a po zaklapnutí víèka testovací inokulum rehydratuje suché substráty, a spustí tak testovací reakce. Po inkubaèním období zkontrolujte, zda se barva jamek zmìnila. Zmìny barvy jsou zpùsobené èinností metabolismu mikroorganismù. Výsledné schéma tìchto 30 reakcí je pøevedeno na desetimístné profilové èíslo, které se použije jako základ pro identifikaci. 6 Biochemická a enzymatická reakèní schémata tìchto 30 substrátù BBL Crystal E/NF ID se širokou škálou mikroorganismù se uloží v databázi BBL Crystal E/NF ID. Identifikace se zakládá na komparativní analýze reakèního schématu testovaného izolátu s výsledky v databázi. Kompletní seznam druhù, které se nacházejí v souèasné databázi E/NF, je uveden v tabulce 1 na stranì 6. ZÁSADY POSTUPU Testy použité v systému BBL Crystal E/NF ID jsou založeny na mikrobiální utilizaci a degradaci specifických substrátù, které byly zjištìny rùznými indikaèními systémy. Fermentaèní reakce zjišt ují schopnost izolátu metabolizovat uhlovodíky bez pøítomnosti vzdušného kyslíku; oxidaèní reakce jsou založeny na schopnosti organismu metabolizovat substrát, kde kyslík funguje jako koneèný akceptor elektronù. Obì reakce jsou obvykle detekovány použitím indikátoru ph v testovacím substrátu. Chromogenní substráty po hydrolýze vytváøejí zmìny barvy, které lze zjistit pohledem. Dále jsou zde testy, které detekují schopnost organismu hydrolyzovat, degradovat, redukovat èi jinak utilizovat substrát v systému BBL Crystal ID. Reakce, které probìhnou u rùzných substrátù, a struèné vysvìtlení zásad uplatòovaných v systému jsou popsány v èásti Reagenty. REAGENTY BBL Crystal Identification Systems Enteric/Nonfermenter ID Kit U JAA 2007/06 Česky U.S. Pat. 5,182,082 Panel systému BBL Crystal E/NF ID obsahuje 30 enzymatických a biochemických substrátù. Ve sloupci Umístìní na panelu je uvedena øada a sloupec, ve kterém se jamka nachází (pøíklad: 1J oznaèuje øadu 1 ve sloupci J). Reagenty a zásady testù uplatòovaných v systému BBL Crystal E/NF ID Pøibližné Umístìní Aktivní Zásada Kód množ. Poz. Neg. na panelu složka (g/10 ml) (odkaz) 4A Arabinóza ARA 3,5 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená 4B Manóza MNS 3,0 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená 4C Tøtinový cukr SUC 2,8 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená 4D Melibióza MEL 1,0 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená 4E Ramnóza RHA 3,0 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená Utilizace uhlovodíku má za následek snížení ph a zmìnu indikátoru 4F Sorbitol SOR 3,5 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená (fenolová èerveò) G Mannitol MNT 1,8 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená 4H Adonitol ADO 2,5 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená 4I Galaktóza GAL 1,5 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená 4J Inositol INO 1,3 Zlatá/žlutá Oranžová/èervená 2A p-n-p-fosfát PHO 0,025 Žlutý Bezbarvý Enzymatickou hydrolýzou bezbarvého arylem 2B p-n-p-α-β-glukosid BGL 0,025 Žlutý Bezbarvý substituovaného glykosidu nebo fosfátového 2C p-n-p-β-galaktosid NPG 0,06 Žlutý Bezbarvý esteru se uvolní žlutý p-nitrofenol D Prolin nitroanilid PRO 0,07 Žlutý Bezbarvý Enzymatickou hydrolýzou bezbarvého amidového substrátu se uvolní žlutý p-nitroanilin E p-n-p bis-fosfát BPH 0,02 Žlutý Bezbarvý 2F p-n-p-xylosid BXY 0,03 Žlutý Bezbarvý 2G p-n-p-α-arabinosid AAR 0,03 Žlutý Bezbarvý Enzymatickou hydrolýzou bezbarvého arylem 2H p-n-p-fosforylcholin PHC 0,03 Žlutý Bezbarvý substituovaného glykosidu nebo fosfátového esteru se uvolní žlutý p-nitrofenol I p-n-p-β-glukuronid GLR 0,02 Žlutý Bezbarvý 2J p-n-p-n-acetyl glukosaminid NAG 0,04 Žlutý Bezbarvý

2 Reagenty a zásady testù uplatòovaných v systému BBL Crystal E/NF ID (pokraèování) Umístìní na panelu Aktivní složka Pøibližné Kód množ. Poz. Neg. (g/10 ml) 1A γ-l-glutamyl-p-nitroanilid GGL 0,03 Žlutý Bezbarvý 1B Eskulin ESC 0,14 1C p-nitro-dl-fenylalanin PHE 0,1 2 Zásada (odkaz) Enzymatickou hydrolýzou bezbarvého amidového substrátu se uvolní žlutý p-nitroanilin. 1-5 Hnìdý/ Prùzraèný/ Hydrolýzou eskulinu vznikne èerný tmavì hnìdý slámovì žlutý precipitát za pøítomnosti železitých iontù. 11 Zlatý/ tmavì oranžový Žlutý Oxidaèní deaminací fenyalaninu vznikne hnìdá barva za pøítomnosti železitých iontù. 7,11 Hydrolýza moèoviny a vzniklý amoniak 1D Moèovina URE 0,2 Vodová/modrá Žlutá/zelená zmìní barvu indikátoru ph (bromtymolová modø). 7,11,12 Výsledkem degradace glycinu jsou alkalické 1E Glycin GLY 0,7 Vodová/modrá Žlutá/zelená metabolity, které zmìní barvu indikátoru ph (bromtymolová modø). 13 Výsledkem utilizace citrátu jsou alkalické 1F Citrát CIT 0,8 Vodová/modrá Žlutá/zelená metabolity, které zmìní barvu indikátoru ph (bromtymolová modø). 7,14 Výsledkem utilizace malonátu jsou alkalické 1G Kyselina malonová MLO 1,5 Vodová/modrá Žlutá/zelená metabolity, které zmìní barvu indikátoru ph (bromtymolová modø). 11 1H Trifenyl tetrazolium chlorid TTC 0,15 Rùžový/èervený* Prùzraèný 1I Arginin ARG 1,5 Èervený/fialový Žlutý/hnìdý 1J Lysin LYS 0,5 Èervený/fialový Žlutý/hnìdý *Precipitát mùže, ale nemusí být vidìt Bezpeènostní opatøení: Pro diagnostiku in vitro. Výsledkem redukce složek tetrazolia je tvorba èerveného formazanu. 13 Výsledkem anaerobního katabolismu je zvýšení ph a zmìna barvy indikátoru (bromkresolová violet ). 7,15 Po použití je nutné veškerý infekèní materiál, vèetnì misek, bavlnìných tampónù, inokulaèních zkumavek a filtrovacích papírù, který byl použit pro indolové testy a panely BBL Crystal, nejprve sterilizovat v autoklávu a teprve poté zlikvidovat nebo spálit. SKLADOVÁNÍ A MANIPULACE / ŽIVOTNOST Po pøevzetí skladujte sadu BBL Crystal E/NF pøi teplotì 2 25 C. NEZMRAZUJTE. Pokud sadu nebo nìkteré její souèásti skladujete v chladu, mìli byste je pøed použitím pøivést na pokojovou teplotu. Víèka: Víèka jsou balena jednotlivì a je nutné je skladovat neotevøené. Prohlédnìte balení a zkontrolujte, zda není fóliový obal protržený. Nepoužívejte, pokud se balení jeví poškozené. Víèka, která jsou v originálním balení a která byla skladována dle doporuèení, si udrží oèekávanou reaktivitu do data expirace. Báze: Báze jsou zabaleny ve dvou sadách po deseti (v inkubaèních nádobách BBL Crystal). Báze jsou naskládány svrchní stranou dolù, aby se minimalizovalo riziko kontaminace vzduchem. Nepoužívané báze skladujte v nádobì a v umìlohmotném obalu. Prázdné nádoby použijte pro inkubaci inokulaèních panelù. Tekutina s inokulem: Tekutina s inokulem BBL Crystal Enteric/Stool ID je zabalena ve dvou sadách po deseti zkumavkách. Pohledem zkontrolujte, zda zkumavky nejsou prasknuté, zda neprosakují apod. Pokud objevíte známky netìsnosti, poškození zkumavky nebo uzávìru nebo viditelné známky kontaminace (napø. zamlžení nebo zakalení), zkumavky nepoužívejte. Datum expirace je uvedeno na štítku zkumavky. Tekutinu s inokulem BBL Crystal Enteric/Stool ID lze použít s panely BBL Crystal E/NF nebo RS/E. ODBÌR A ZPRACOVÁNÍ VZORKÙ Identifikaèní systémy BBL Crystal ID nejsou urèeny k pøímému použití s klinickými vzorky. Používejte izoláty z misky s krevním agarem, napø. se sójovým agarem Trypticase s 5 % ovèí krve. Použití misky s agarem MacConkey je také možné. Izolát pro test musí být èistá kultura, ne starší než 24 hodin. Pro pøípravu inokula používejte pouze aplikátory zakonèené bavlnìným tampónem, jelikož nìkteré polyesterové tampóny mohou zpùsobovat problémy pøi inokulaci na panely. (Viz èást Omezení postupu.) Po vyjmutí víèek z utìsnìných obalù je nutné je použít nejpozdìji do jedné hodiny, aby byla zachována odpovídající úèinnost. Umìlohmotný kryt by mìl zùstat na víèku do té doby, než víèko použijete. Používaný inkubátor zvlhèete, èímž pøedejdete vypaøování tekutiny z jamek bìhem inkubace. Doporuèená vlhkost je %. Úèinnost identifikaèních systémù BBL Crystal ID èi jiných diagnostických postupù provádìných na klinických vzorcích je pøímo ovlivnìna kvalitou samotných vzorkù. Silnì doporuèujeme, aby laboratoøe pro odbìr vzorkù, jejich pøenos a inokulaci na primární izolaèní média používaly metody uvedené v návodu pro klinickou mikrobiologii Manual of Clinical Microbiology. 16 PROVEDENÍ TESTU Dodané materiály: sada BBL Crystal Enteric/NF: 20 panelových víèek BBL Crystal Enteric /NF, 20 bází BBL Crystal, 20 zkumavek s tekutým inokulem BBL Crystal Enteric/Stool ID; každá zkumavka obsahuje pøibližnì 2,2 ± 0,1 ml tekutiny s inokulem obsahující: 8,50 g NaCl, 0,8372 g kyseliny 3-morfolinopropansulfonové, ml deionizované vody. 2 inkubaèní nádoby, 1 záznamový blok BBL Crystal E/NF.

3 Potøebný materiál, který není souèástí dodávky: sterilní bavlnìné tampóny (nepoužívejte polyesterové tampóny); inkubátor (35 37 C) bez CO 2 (40 60% vlhkost); ètecí zaøízení pro panel BBL Crystal (vèetnì barevných reakèních schémat BBL Crystal) s pøíruèkou elektronického kódování BBL Crystal ID nebo pøíruèkou ruèního kódování BBL E/NF (viz èást Dostupnost ) nebo automatické ètecí zaøízení BBL Crystal AutoReader; miska s neselektivní kulturou (napø. se sójovým agarem Trypticase s 5 % ovèí krve); kapátka pro reagenty indolu BBL DMACA; kapátka pro reagenty oxidázy BBL (viz èást Dostupnost ). Dále jsou zapotøebí nezbytná zaøízení a laboratorní potøeby používané pro pøípravu, skladování a zpracování klinických vzorkù. Provedení testu: Identifikaèní systém BBL Crystal E/NF ID vyžaduje Gramovo barvení, katalázu a výsledky indolového testu. Pøed inokulací panelu systému BBL Crystal E/NF byste mìli z misky s neselektivním izolátem, který není starší než 24 hodin, provést oxidázu a indolové testy. Oxidázu a indolové testy proveïte dle pokynù uvedených v pøíbalovém letáku. Viz obrázky znázoròující postup na stranì Vyjmìte víèka z obalu. Odstraòte vysoušeè. Po vyjmutí z obalu je nutné zakrytá víèka použít do jedné hodiny. Pokud v obalu nebyl žádný vysoušeè, panel nepoužívejte. Viz obrázek A. 2. Oznaète inokulaèní zkumavku štítkem s èíslem pacientova vzorku. Za použití aseptické techniky odeberte z misky s krevním agarem, napø. sójovým agarem Trypticase s 5 % ovèí krve, špièkou sterilního bavlnìného tampónu (nepoužívejte polyesterové tampóny) nebo pomocí døevìného aplikátoru èi jednorázové umìlohmotné smyèky jednu øádnì izolovanou, velké (o prùmìru 2 3 mm nebo vìtší) kolonii (nebo 4 5 menších kolonií stejné morfologie). Použití misky s agarem MacConkey je také možné. 3. Suspendujte kolonie ve zkumavce s tekutým inokulem BBL Crystal Enteric/Stool. 4. Znovu uzavøete zkumavku a míchejte pøibližnì sekund. 5. Oznaète bázi na boèní stìnì èíslem pacientova vzorku. 6. Pøelijte veškerý obsah inokulaèní tekutiny do cílové obalsti na bázi. Viz obrázek B. 7. Držte bázi obìma rukama a jemnì pøelévejte inokulum po drážkách, dokud se všechny jamky nenaplní. Pøelijte veškerou pøebyteènou tekutinu zpìt do cílové oblasti a umístìte bázi na stùl. Viz obrázek C. 8. Pøiložte víèko tak, aby èást se štítkem pøiléhala nad cílové místo na bázi. Viz obrázek D. 9. Zatlaète dolù, dokud neucítíte jemný odpor. Na každé stranì umístìte palec na okraj víèka smìrem ke støedu panelu a zatlaète souèasnì smìrem dolù, dokud víèko nezaklapne (uslyšíte dvì zaklapnutí). Viz obrázek E. Destièka pro kontrolu èistoty: Za použití sterilní smyèky odeberte pøed inokulací báze nebo po ní malou kapku ze zkumavky s tekutým inokulem a inokulujte ji na agarovou destièku (jakékoliv odpovídající médium) za úèelem kontroly èistoty vzorku. Zlikvidujte zkumavku s inokulaèní tekutinou a její uzávìr do odpadního kontejneru pro biologicky nebezpeèný odpad. Inkubujte destièku po dobu hodin pøi teplotì C v inkubátoru bez CO 2. Destièku pro kontrolu èistoty lze podle potøeby použít také pro pøídatné testy a sérologii. Inkubace: Inokulované panely umístìte do inkubaèních nádob. Do jedné nádoby lze umístit 10 panelù (5 øad po dvou panelech). Všechny panely inkubujte svrchní stranou smìrem dolù (vìtší okna smìrem nahoru; štítky smìrem dolù) v inkubátoru bez CO 2 s vlhkostí %. Bìhem inkubace nesmí být na sebe navršeny více než dvì nádoby. Inkubaèní doba pro panely E/NF je hodin pøi teplotì C. Viz obrázek F. Odeèet: Po doporuèené dobì inkubace vyjmìte panely z inkubátoru. Všechny panely by mìly být odeèteny svrchní stranou smìrem dolù (vìtší okna smìrem nahoru; štítek smìrem dolù) za použití ètecího zaøízení panelu BBL Crystal. Viz obrázek G. Pøi interpretaci reakcí se øiïte barevnou reakèní stupnicí a/nebo tabulkou v èásti Reagenty. Pro zaznamenání výsledkù reakcí použijte záznamový blok BBL Crystal E/NF. Pro odeèet panelù lze použít také automatické ètecí zaøízení BBL Crystal AutoReader. Výpoèet profilového èísla BBL Crystal: Ke každému výsledku testu, který je oznaèen za pozitivní, je pøiøazena hodnota 4, 2 nebo 1 podle øady, v níž je test umístìn. Hodnota 0 (nula) se pøiøazuje ke všem negativním výsledkùm. Hodnoty získané z každé pozitivní reakce v každém sloupci se poté seètou. Vznikne d esetimístné èíslo; jedná se o profilové èíslo. Pøíklad: A B C D E F G H I J Profil Výsledné profilové èíslo a výsledky vedlejších testù (Gramovo barvení, kataláza a indolový test) zapište do poèítaèe, v nìmž je nainstalovaná pøíruèka elektronického kódování pro identifikaèní systém BBL Crystal ID. Obdržíte identifikaci. K dispozici je také pøíruèka ruèního kódování. Pokud nemáte k dispozici poèítaè, obrat te se na technickou podporu spoleènosti BD, která vám s identifikací pomùže. Použijete-li automatické ètecí zaøízení BBL Crystal, poèítaè organismy identifikuje automaticky. Kontrola kvality uživatelem: Testování kontroly kvality se doporuèuje pro panely každé šarže a to následujícím zpùsobem: 1. Inokulujte panel BBL Crystal E/NF druhem Klebsiella pneumoniae ATCC dle doporuèených pokynù (viz èást Provedení testu ). 2. Inkubujte panel po dobu hodin pøi teplotì C. 3. Odeètìte panel pomocí ètecího zaøízení panelu BBL Crystal a barevné reakèní stupnice BBL Crystal E/NF a zaznamenejte reakce do záznamového bloku BBL Crystal E/NF. Pro odeèet panelu mùžete použít také automatické ètecí zaøízení BBL Crystal AutoReader. 3

4 4. Porovnejte zaznamenané výsledky reakcí s výsledky uvedenými v tabulce 2 na stranì 7. Pokud se výsledky rozcházejí, potvrïte nejprve èistotu kmene kontroly kvality a teprve poté se obrat te na technickou podporu spoleènosti BD. Oèekávané výsledky testu pro další kmeny testu kontroly kvality jsou uvedeny v tabulce 2 na stranì 7. OMEZENÍ POSTUPU Identifikaèní systém BBL Crystal E/NF je urèen pro použití s uvedenými druhy. Druhy, které nejsou uvedeny v tabulce 1, nejsou urèeny k použití s tímto systémem. Identifikaèní systémy BBL Crystal využívají modifikované mikroprostøedí, proto se oèekávané hodnoty pro jednotlivé testy mohou odlišovat od hodnot získaných ve standardních testovacích reakcích. Pøesnost identifikaèního systému BBL Crystal E/NF spoèívá ve statistickém použití speciálnì vyvinutých testù a exkluzivní databáze. Máte-li k dispozici protilátky, je možné biochemickou identifikaci vybraných organismù, napø. Salmonella, Salmonella podskupina 3, Shigella, enteropatogenní Escherichia coli A-D a Vibrio cholerae, rozšíøit analýzou s použitím antigenù. 9,16 Pro pøípravu suspenze inokula používejte pouze aplikátory zakonèené bavlnìným tampónem, jelikož nìkteré polyesterové tampóny mohou zvyšovat viskozitu inokulaèní tekutiny. To mùže mít za následek nedostateèné naplnìní jamek inokulaèní tekutinou. Po sejmutí víèek z utìsnìných obalù je nutné je použít nejpozdìji do jedné hodiny, aby byla zachována odpovídající úèinnost. Umìlohmotný kryt by mìl zùstat na víèku do té doby, než víèko použijete. Inkubátor, do nìhož umíst ujete panely, zvlhèete, èímž pøedejdete vypaøování inokulaèní tekutiny z jamek bìhem inkubace. Doporuèená vlhkost je %. Panely po inokulaci inkubujte svrchní stranou smìrem dolù (vìtší okna smìrem nahoru; štítek smìrem dolù), aby se zvýšila efektivita substrátù. Kolonie odeberte z misky s krevním agarem, napø. se sójovým agarem Trypticase s 5 % ovèí krve. Použití misky s agarem MacConkey je také možné. Identifikaèní systémy BBL Crystal NEJSOU urèeny k pøímému použití s klinickými vzorky. specifické vlastnosti ÚÈINNOSTI Možnost reprodukce: V externí studii zahrnující tøi klinické laboratoøe byla možnost reprodukce reakcí (30) substrátù E/NF studována testováním replikovaného vzorku. Možnost reprodukce jednotlivých reakcí substrátù byla v rozmezí od 96,3 100 %. Celková možnost reprodukce panelu BBL Crystal E/NF byla stanovena jako 99,6 %. Pøesnost identifikace: Úèinnost identifikaèního systému BBL Crystal E/NF byla porovnána se souèasnì dostupnými komerèními systémy za použití klinických izolátù a kmenových kultur. V interní studii byla vyhodnocena úèinnost systému BBL Crystal E/NF. Byly analyzovány výsledky ze 169 testovaných enterických a neenterických izolátù (zastupujících 45 druhù). Rozcházející se identifikace byly vyøešeny pomocí jiných komerèních systémù. Tyto výsledky jsou uvedeny níže: N =169 ID bez pøídatného ID s pøídatným ŽÁDNÝ ID nebo testování testováním nesprávná identifikace BBLCrystal E/NF 163 (96.4%) 167 (98.8%) 2 (1.2%) Úèinnost testu BBL Crystal Enteric/Nonfermenter ID byla vyhodnocena tøemi nezávislými klinickými laboratoøemi. 13 Pro stanovení úèinnosti byly použity bìžné izoláty zaslané do klinické laboratoøe a již døíve identifikované izoláty z rùzných klinických testù. Z celkového poètu 299 èerstvých klinických izolátù otestovaných aktuálními identifikaèními metodami laboratoøí urèil identifikaèní systém BBL Crystal ID správnì 96,7 % (289), vèetnì 16 pøípadù, kdy byly nahlášeny dva nebo tøi organismy, u nichž bylo zapotøebí provést další testování. Z celkového poètu 291 døíve identifikovaných provokaèních kmenù potvrzených aktuálními identifikaèními metodami laboratoøí urèil identifikaèní systém BBL Crystal ID správnì 96,9 % (282), vèetnì 8 pøípadù, kdy byly nahlášeny dva nebo tøi organismy, u nichž bylo zapotøebí provést další testování. 13 DOSTUPNOST Kat. èíslo Popis BBL Crystal Enteric/Nonfermenter ID Kit, obsahuje 20 kusù: BBL Crystal Enteric/NF Panel Lids, BBL Crystal Bases, BBL Crystal Enteric/Stool ID Inoculum Fluid zkumavek BBL Crystal Panel Viewer, domácí model, 110 V, 60 Hz BBL Crystal Panel Viewer, evropský model, 220 V, 50 Hz BBL Crystal Panel Viewer, japonský model, 100 V, 50/60 Hz BBL Crystal Panel Viewer Longwave UV Tube BBL Crystal Panel Viewer White Light Tube. Kat. èíslo Popis BBL Crystal Identification Systems Enteric/ Non-fermenter Manual Codebook BBL Crystal Enteric/Stool ID Inoculum Fluid, balení po 10 kusech BBL Crystal AutoReader Trypticase Soy Agar with 5% Sheep Blood, balení po 20 miskách Trypticase Soy Agar with 5% Sheep Blood, balení po 100 miskách BBL DMACA Indole Reagent Droppers, balení po 50 kusech BBL Oxidase Reagent Droppers, balení po 50 kusech. 4

5 ODKAZY 1. Edberg, S.C., and C.M. Kontnick Comparison of b-glucuronidase-based substrate systems for identification of Escherichia coli. J. Clin. Microbiol. 24: Kampfer, P., O. Rauhoff, and W. Dott Glycosidase profiles of members of the family Enterobacteriaceae. J. Clin. Microbiol. 29: Kilian, M., and P. Bulow Rapid diagnosis of Enterobacteriaceae 1: detection of bacterial glycosidases. Acta Pathol. Microbiol. Scand. Sect. B. 84: Manafi, M., W. Kneifel, and S. Bascomb Fluorogenic and chromogenic substrates used in bacterial diagnostics. Microbiol. Rev. 55: Muytjens, H. L., J. van der Ros-van de Repe, and H. A. M. van Druten Enzymatic profiles of Enterobacter sakazakii and related species with special reference to the -glucosidase reactions and reproducibility of the test system. J. Clin. Microbiol. 20: Sneath, P.H.A The application of computers to taxonomy. J. Gen. Microbiol. 17: Forbes, B.A., D.F. Sahm, and A.S. Weissfeld Bailey and Scott s diagnostic microbiology, 10th ed. Mosby, Inc., St. Louis. 8. Cowan, S.T., and K.J. Steel Manual for the identification of medical bacteria. 2nd ed. Cambridge University Press, Cambridge, U.K. 9. Ewing, W.H Edwards and Ewing s identification of Enterobacteriaceae, 4th ed. Elsevier Science Publishing Co., Inc., New York. 10. Le Minor, L Le Diagnostic de Laboratorie des Bacilles a Gram Negatif Enterobacteries. Tom. 1, 4th ed. Editions de La Tourelle, St. Mande-94, France. 11. MacFaddin, J.F Biochemical tests for identification of medical bacteria, 3rd Ed. Lippincott, Williams & Wilkins, Baltimore. 12. Ferguson, W.W., and A.E. Hook Urease activity of Proteus and Salmonella organisms. J. Lab. Clin. Med. 28: Data on file at BD Diagnostics. 14. Simmons, J.S A culture medium for differentiating organisms of typhoid-colon-aerogenes groups and for isolation of certain fungi. J. Infect. Dis. 39: Moeller, V Simplified tests for amino acid decarboxylases and for arginine dihydrolase system. Acta Pathol. Microbiol. Scand. 36: Murray, P.R., E.J. Baron, M.A. Pfaller, F.C. Tenover, and R.H. Yolken Manual of clinical microbiology, 7th ed. American Society for Microbiology, Washington, D.C. 5

6 Schéma rùzných Gram-negativních bacilù è. 1 (pohyblivých díky peritrechálnímu bièíku) fluorescens putida MOÈOVINA REDUKCE DUSIÈNANU REDUKCE DUSIÈNANU + GLUKÓZA CDC skupina IVc-2 XYLÓZA + Ochrobactrum anthropi Bordetella bronchiseptica OFBM = bazální médium pro oxidaci a fermentaci Alcaligenes faecalis Alcaligenes xylosoxidans subsp. PLYN Z DUSIÈNANU xylosoxidans Schéma rùzných Gram-negativních bacilù è. 2 (pohyblivých díky polárnímu bièíku) Alcaligenes xylosoxidans poddr. denitrificans GLUKÓZA + MANÓZA FRUKTÓZA Alcaligenes piechaudii + + ARGININ RÙST PØI Burkholderia 42 C picketti mendocina ŽELATINA MOÈOVINA Poddruhy Methylobacterium pseudoalcaligenes MANNITOL Comamonas RÙST NA AGARU acidovorans MACCONKEY pseudoalcaligenes Schéma rùzných Gram-negativních bacilù è. 3 (nepohyblivé) Moraxella lacunata Poddruhy Methylobacterium KATALÁZA ŽELATINA FENYLALANIN DEAMINASA Oligella urethralis Moraxella osloensis RÙST NA AGARU MACCONKEY POÈET BIÈÍKÙ 1 >1 alcaligenes Poddruhy Methylobacterium Comamonas testosteroni OFBM = bazální médium pro oxidaci a fermentaci Eikenella corrodens Odkazy: 1. Gilardi, G.L., Identification of Glucose-Nonfermenting Gram-Negative Rods, 1/90 2. Manual of Clinical Microbiology, 5th Edition, American Society for Microbiology, Washington, D.C.,

7 Tabulka 1 Druhy v systému BBLCrystal E/NF ID Acinetobacter baumannii Flavobacterium breve Salmonella arizone Acinetobacter lwoffii Flavobacterium gleum Salmonella choleraesuis Flavobacterium indologenes Salmonella paratyphi A Aeromonas caviae Flavobacterium meningosepticum Salmonella druhy Aeromonas hydrophila Flavobacterium odoratum Salmonella typhi Aeromonas sobria Aeromonas veronii Hafnia alvei Serratia ficaria Serratia fonticola Agrobacterium tumefaciens Klebsiella ornithinolytica Serratia liquefaciens Klebsiella oxytoca Serratia marcescens Burkholderia cepacia Klebsiella ozaenae Serratia odorifera 1 Burkholderia pseudomallei Klebsiella pneumoniae Serratia odorifera 2 Klebsiella rhinoscleromatis Serratia plymuthica Cedecea davisae Serratia rubidaea Cedecea lapagei Kluyvera ascorbata Cedecea neteri Kluyvera cryocrescens Shewanella putrefaciens Chromobacterium violaceum Leclercia adecarboxylata Shigella dysenteriae Shigella druhy (S. boydii, S. flexneri) Chryseomonas luteola Moellerella wisconsensis Shigella sonnei Citrobacter amalonaticus Morganella morganii Sphingobacterium multivorum Citrobacter freundii Citrobacter koseri Pantoea agglomerans Stenotrophomonas maltophilia Edwardsiella hoshinae Pasteurella aerogenes Tatumella ptyseos Edwardsiella tarda Pasteurella haemolytica Pasteurella multocida Vibrio alginolyticus Enterobacter aerogenes Vibrio cholerae Enterobacter asburiae Plesiomonas shigelloides Vibrio damsela Enterobacter cloacae Vibrio fluvialis Enterobacter gergoviae Proteus mirabilis Vibrio hollisae Enterobacter sakazakii Proteus penneri Vibrio metschnikovii Enterobacter taylorae Proteus vulgaris Vibrio mimicus Vibrio parahaemolyticus Escherichia coli Providencia alcalifaciens Vibrio vulnificus Escherichia coli sérologická skupina Providencia rettgeri O111 Providencia rustigianii Escherichia coli sérologická skupina Providencia stuartii O157 Weeksella virosa/zoohelcum Escherichia coli AD aeruginosa Escherichia fergusonii diminuta Yersinia enterocolitica skupina Escherichia hermanii fluorescens (Y. enterocolitica, Y. frederiksenii, Escherichia vulneris gladioli Y. intermedia, Y. kristensenii) paucimobilis Ewingella americana putida Yersinia pseudotuberculosis stutzeri Flavimonas oryzihabitans vesicularis Yokenella regensburgei Rahnella aquatilis Tabulka rùzných Gram-negativních bakterií 1 1 Rùzné Gram-negativní bakterie jsou skupinou druhù pozitivních na oxidázu, které jsou relativnì inaktivní a v rámci skupiny v systému BBL Crystal Enteric/Nonfermenter ID System nerozlišitelné. Pokud je v prvním kroku mikroorganismus identifikován jako rùzné Gramnegativní bakterie, další identifikaci proveïte podle tabulek 1 a 2 uvedených v tomto letáku. Mezi rùzné Gram-negativní bakterie patøí Alcaligenes faecalis Methylobacterium druhy Alcaligenes piechaudii Moraxella lacunata Alcaligenes xylosoxidans subsp. denitrificans Moraxella osloensis Alcaligenes xylosoxidans subsp. xylosoxidans Ochrobactrum anthropi Bordetella bronchiseptica Oligella urethralis Burkholderia pickettii alcaligenes CDC skupina IV C-2 fluorescens 2 Comamonas acidovorans mendocina Comamonas testosteroni pseudoalcaligenes Eikenella corrodens putida 2 2 Lze také identifikovat zvlášt pomocí databáze 7

8 Tabulka 2 Tabulka pro kontrolu kvality pro systém BBLCrystal E/NF ID Klebsiella Escherichia Acinetobacter Proteus Enterobacter Poloha Kód pneumoniae coli lwoffii vulgaris cloacae aeruginosa ATCC ATCC ATCC ATCC 8427 ATCC ATCC A ARA + V 4B MNS + + V 4C SUC + 4D MEL V V 4E RHA + 4F SOR + 4G MNT V 4H ADO 4I GAL J INO 2A PHO V V + V V 2B BGL + V 2C NPG + 2D PRO V + 2E BPH V V + V 2F BXY 2G AAR (+) ( ) (+) 2H PHC V 2I GLR 2J NAG 1A GGL V + + 1B ESC + V 1C PHE 1D URE V V + V + 1E GLY V V + 1F CIT (+) + + 1G MLO + + 1H TTC + (+) V + + 1I ARG V V V (+) + 1J LYS + V V + = pozitivní reakce - = negativní reakce: V = variabilní reakce (+) = Obvykle pozitivní, ale obèas negativní 8

9 Fig. A Fig. B Fig. C Fig. D Fig. E Fig. F Fig. G 9

10 10

11 B m A Becton, Dickinson and Company 7 Loveton Circle Sparks, Maryland USA BENEX Limited Bay K 1a/d, Shannon Industrial Estate Shannon, County Clare, Ireland Tel: Fax: ATCC is a trademark of the American Type Culture Collection. BBL, BD, BD Logo, BBL Crystal and Trypticase are trademarks of Becton, Dickinson and Company BD. 11