S P E K T R O M E T R I E 2. roník listopadu 2009

Transkript

1 M I N I Š K O L A H M O T N O S T N Í S P E K T R O M E T R I E 2. roník listopadu 2009

2 Pro Miniškola a MS? Informace pro uživatele» o službách poskytovaných skupinou MS» o tom, jaká data a jak míme» o tom, jak spektra správn interpretovat spektra Ukázková mení» Orbitrap HR & proteomika» MALDI malé i velké molekuly» ESI MS n tandemová MS pro strukturní analýzu Školení GC/MS» Mení s open-access GC/MS

3 Pro Miniškola a MS? Zvané pednášky Trendy v MS» Iontová mobilita v MS. (M. Procházka, Waters)» MALDI imaging. (M. Bohá, Bruker)» Využití TOF/TOF instrumentace v MS. (T. Korba, Applied Biosystems)» ECD, ETD a IRMPD v proteomice. (P. Verner, Thermo) Diskuse budoucí podoba MS servisu, námty, pipomínky

4 Program Miniškoly

5 Vdecko-servisní skupina MS Výzkum: strukturní charakterizace a identifikace organických slouenin - pírodní látky, lipidy, peptidy, proteiny, syntetické produkty vývoj nových LC/MS a GC/MS metod, matrice pro MALDI analýzu, MALDI imaging, DESI vývoj software pro automatickou interpretaci MS spekter Servis: rutinní mení spekter zakázkovým zpsobem zajištní provozu pístroj pro samoobslužná mení

6 Servisní služby malé molekuly Mení MS spekter pi nízkém rozlišení molekulová hmotnost fragmentace molekuly (elektronová ionizace) Mení MS spekter pi vysokém rozlišení pesná hmotnost - elementární složení cíl analýzy: potvrzení / vyvrácení oekávané struktury návrh struktury (alespoástený)

7 Servisní služby malé molekuly GC/MS analýza smsných vzork (nízké rozlišení) molekulové hmotnosti složek smsi fragmentace molekul, srovnání spekter s knihovnou LC/MS analýza smsných vzork (nízké rozlišení) (provádíme v omezené míe kvli asové náronosti,vyžadujeme optimalizované HPLC podmínky a vlastní kolonu) molekulové hmotnosti složek smsi cíl analýzy: charakterizace složek smsi

8 Servisní služby bio(makro) molekuly Mení MS spekter pi nízkém rozlišení urení molekulové hmotnosti protein, oligonukleotid Peptidové mapování pomocí MALDI (po domluv, vyžadujemeistý protein, izolovaný pomocí PAGE, HPLC apod) urení molekulové hmotnosti peptid po tryptickém štpení, prohledávání databází cíl analýzy: identifikace proteinu, urení molekulové hmotnosti

9 Servisní služby bio(makro) molekuly Identifikace protein pomocí ESI-MS/MS (po domluv, provádíme v omezené míe, vyžadujemeistý protein, izolovaný pomocí PAGE, HPLC apod) urení molekulové hmotnosti peptid po tryptickém štpení, MS/MS fragmentace cíl analýzy: identifikace proteinu

10 Samoobslužný servis Dostupnost pístroj: pokud nejsou obsazeny standardním MS servisem GC/MS samostatná místnost, pístup 24 hodin denn LC/MS bžná laborato, pístup jen v pracovních hodinách Oprávnné osoby: - kdokoliv po zaškolení pracovníkem MS - pi hrubém porušení pravidel používání pístroje mže být právo odejmuto Dležitá upozornní: - každý mený vzorek musí být zaevidován (sešit u pístroje) - uživatel odpovídá za škody zpsobené chybným zacházením s pístrojem - vysoké koncentrace vzork zpsobují kontaminaci pístroj, která se musíešit odstávkou pístroj. Zpsobují poškození detektor a souástí iontového zdroje! edit, edit, edit...

11 Pístrojové vybavení LTQ Orbitrap XL (HR malé molekuly; proteomika) MALDI-TOF Reflex IV (LR, velké molekuly; MALDI) Q-TOF micro (LR, (HR) malé molekuly; ESI, APCI) LC/MS - past LCQ FLEET (LR malé molekuly; ESI, APCI) GC/MS kvadrupól 5975B MSD (LR malé molekuly; EI)

12 Statistika vzork CELKOVÉ POTY SERVISNÍCH VZORK MALÉ MOLEKULY

13 Mení vzork podání vzorku vzorek vyplnná žádanka Požadavky na vzorek: - ve sklenné vialce (plastové mikrozkumavce) -ádn oznaené (papírový štítek, isolepa...) -co nejvíce informací o vzorku (rozpustnost, stabilita, koncentrace...) -dostatené množství vzorku -jen vzorky související s vdeckou inností ÚOCHB suterén, chodba ped lab. 33 registrace vzorku -neradioaktivní

14 Mení vzork zpracování,, pedp edání výsledk OPERÁTOR MS analýza vzorku zpracování dat, pevod do formátu.pdf UŽIVATEL pevzetí výsledk uložení dat (pdf formát) na sí do adresáe uživatele

15 Plány Instrumentace Pístroj(e) urený pro proteomiku proteomika v souasnosti na Orbitrapu a Reflexu Orbitrap hlavní pístroj pro HR malých molekul, velmi vytížený, problémy s kontaminací po HR analýzách, chybí ECD/ETD fragmentace Reflex technicky i moráln zastaralý, poruchový Pístroj urený pro rutinní mení proteomických vzork: rutinní identifikace protein, posttranslaní modifikace, kvantifikace (Q-TOF, TOF/TOF, Orbitrap nebo ICR)

16 Plány Instrumentace Pístroj pro MALDI s možností MS/MS a pesnou hmotou MALDI - v souasnosti na Reflexu MALDI v mnoha pípadech ideální metoda ionizace, zejména pro výšemolekulární syntetické organické slueniny - Reflex neumožuje HR analýzu ani fragmentace - Reflex technicky pekonaný (pomalý laser, citlivost, pesnost hmoty), poruchový Pístroj urený pro rutinní mení MALDI: (MALDI oa-tof, TOF/TOF)

17 Plány Vylepšen ení systému zpracování vzork Souasný systém: výsledná data (spektrum) jen ve formátu.pdf; s daty nelze pohodln pracovat (zvtšovat/zmenšovat oblasti spekter, zjistit m/z neoznaených iont apod.) surová data nejsou archivována uživatel není upozornn (nap. em), že jsou vzorky zmeny Uvažujeme o elektronickém systému který by tyto nedostatky odstranil

18 Plány Vylepšen ení systému zpracování vzork ešení.. 1 (vlastními silami / na zakázku zku) Vývoj vlastní databázové aplikace s webovským rozhraním Strana uživatele formulá pro zadání analýzy vetn možnosti nakreslit strukturní vzorec. Aplikace pro prohlížení dat Strana MS servisu rozhraní pro prohlížení požadavk a pro upload dat Databázová aplikace automatické zaazení dat do adresáe uživatele, odeslání upozornní uživateli, automatická archivace dat + : pravdpodobn nejlevnjšíešení, možnost šití systému na míru, administrativní náronost na stran servisu - : nutný konvertor pro MS data do jednotného formátu a prohlíže dat v tomto formátu.

19 Plány ny Vylepšen ení systému zpracování vzork ešení.. 2 (komerní systém) Sofistikovaný systém, který by umožnil to, co v ešení. 1 + nco navíc PRO: na systém je možno napojit nejen všechny MS instrumenty, ale i další servisní pístroje (NMR, spektrometry apod.) kompletníešení, implementace, podpora, jednotný formát dat (.JCAMP) archivace dat, rychlý pístup ke starým analýzám PROTI: cena nejen za vlastní systém, ale i za licence pro jednotlivé uživatele píliš sofistikovaný systém

20 Servis MS je tut pro Vás V s... Sdlte nám n m prosím m Vaše e pipomp ipomínky, pedstavy p a návrhy týkající se MS servisu.