Co je vidět v buňkách? Inoue, 50. léta: vláknité struktury (meióza mikrospor Lilium longiflorum)

Transkript

1 Cytoskelet

2 Co je vidět v buňkách? Inoue, 50. léta: vláknité struktury (meióza mikrospor Lilium longiflorum)

3 Aktin a tubulin tubulin (a DNA) v pylové láčce tabáku aktin v pylové láčce tabáku tubulin v epidermis listů tabáku aktin v rhizodermis Arabidopsis

4 Co je vidět v buňkách? kořen Arabidopsis Ledbetter MC, Porter KR (1964): Morphology of Microtubules of Plant Cell.

5 Endosperm, Haemanthus sp.

6 Obecné rysy cytoskeletu vlákna jsou polymery z několika málo typů podjednotek diverzitu a nejrůznější funkce jim udílejí asociované proteiny

7 Obecné funkce cytoskeletu vazba organel a multimolekulárních komplexů

8 Obecné funkce cytoskeletu řízený vnitrobuněčný pohyb proudění cytoplasmy cytoplasmic streaming

9 ER and clathrin-coated vesicles associated with AF and MT řízený vnitrobuněčný pohyb

10 Obecné funkce cytoskeletu buněčná polarita

11 Vznik polárního vlákna z monomerů obecný princip u aktinu i tubulinu

12 Vznik polárního vlákna z monomerů

13 Základní cytoskeletální systémy eukaryot Aktinový (mikrofilamenta) všude (prokaryotní homolog MreB) talin-rfp Tubulinový (mikrotubuly) všude (prokaryotní homolog FtsZ) Intermediální filamenta klasická zatím jen u živočichů keratin, vimentin, neurofilamenta, laminy... MAP4-GFP

14 Metody studia cytoskeletu mikroinjekce nepřímá fluorescence infiltrace agrobakterií do listů tabáku exprese fúzních fluorescenčních proteinů přímá fluorescence (faloidin) farmakologické působení (stabilizující x destabilizující látky) tubulindestabilizing tubulin-stabilizing actin-destabilizing actin-stabilizing oryzalin taxol latrunculin B phalloidin nocodazole propyzamid cytochalasin D

15 Aktinový cytoskelet

16 Vznik polárního vlákna aktinu aktin

17 Vznik polárního vlákna z monomerů (a). S1 (myosin fragment)-decorated actin filament displays a helical rope-like appearance; the thicker part of a turn is directed to the pointed end of a filament (direction of the arrowhead). (b), part of an actin filament bundle from a REF-52 fibroblast after S1 decoration. Bars, 0.1 um T. M. Svitkina and G.G. Borisy, "Methods in Enzymology", volume "Molecular Motors and the Cytoskeleton: Part B", 298: , 1998.

18 Dynamika aktinových vláken: polymerace a treadmilling pointed end barbed end ATP-bound ADP-bound

19 Proteiny ovlivňující dynamiku aktinu

20 Proteiny vázající G-aktin: regulace dostupnosti podjednotek sequestered G-actin here: thymosine β4 may be vertebrate-specific? fosfolipáza C Profilin Tβ4 a profilin vážou přednostně ATP-G-aktin udržují vysokou pohotovostní hladinu aktinu pro rychlou polymeraci

21 Profilin Tradescantia stamen hairs

22 Profilin

23 Injekce profilinu inhibuje růst pylových láček a narušuje strukturu aktinu Pollen tubes injected with increasing doses of native pollen profilin. Leftmost cell - before injection, rightmost 20 min after injection. (A) 10 µm, (B) 16 µm, (C) 22 µm, and (D) 62 µm. Bar, 10 µm. F-actin distribution of profilin-injected cells after chemical fixation and Alexa-phalloidin staining. Twenty minutes after injection cells were chemically fixed and stained with 0.3 µm Alexa-phalloidin. (A) Control cell. (B) Cell injected with a low concentration of profilin (~30 µm). (C) Cell injected with a higher concentration of profilin (>60 µm). Vidali et al. 2001

24 Stříhání mikrofilament: ADF/cofilin cofilin = Actin Depolymerizing Factor (ADF) Condeelis 2001

25 Stříhání mikrofilament: ADF/cofilin Condeelis 2001

26 Změny hladiny ADF1 u Arabidopsis overexprese: vymizení svazků mikrofilament (cables) menší buňky inhibice: více svazků mikrofilament Dong et al sense cdna anti-sense cdna ADF1

27 Změny hladiny ADF1 u Arabidopsis WT AtADF1-O AtADF1-U Dong et al. 2001

28 Změny hladiny ADF1 u Arabidopsis overexprese: omezení růstu buněk/ogánů inhibice: podpora růstu buněk/ogánů Počet listů v růžici před vykvetením (vliv na indukci kvetení): WT: 16,57 ± 0,95 ADF1-O: 16,46 ± 1,10 AtADF1-U: 25,61 ± 1,90 Dong et al ADF je jedním z klíčových regulátorů aktinového cytoskeletu!

29 Profilin versus Cofilin Deeks et al. 2002

30 Nukleace aktinových filament de novo

31 Nukleace aktinových filament de novo Arp2/3 komplex regulátory: WASP SCAR/WAWE Condeelis, 2001

32 Nukleace aktinových filament de novo

33

34 SCAR/WAWE: regulátory Arp2/3 Zhang, X., et al. Plant Cell 2005;17: The evolutionarily conserved Rac-WAVE-Arp2/3 pathway links actin filament nucleation to cell morphogenesis. WAVE translates Rac-GTP signals into Arp2/3 activation by regulating the stability and/or localization of the activator subunit Scar/WAVE. The WAVE complex includes: 1) Sra1/PIR121/CYFIP1, 2) Nap1/NAP125, 3) Abi-1/Abi-2, 4) Brick1(Brk1)/HSPC300, 5) Scar/WAVE Arabidopsis BRICK1/HSPC300 Is an Essential WAVE-Complex Subunit that Selectively Stabilizes the Arp2/3 Activator SCAR2. Current Biology, Volume 16, Issue 9, Pages J. Le, E. Mallery, C. Zhang, S. Brankle, D. Szymanski WT itb1/scar2

35 WAVE-complex stabilizes the Arp2/3 activator SCAR2. WT arp2 arpc5 sra1 brk1 (BRICK) arp2 brk1 arpc5 brk1

36 Podjednotky Arp2/3 komplexu jsou evolučně staré Arabidopsis: ARPC1/Arc40p/p40 (2) ARPC2/Arc35p/p35 (2) ARPC3/Arc18p/p21 (1) ARPC4/Arc19p/p20 (1) ARPC5/Arc15p/p15 (1) McKinney et al. 2002; Mathur 2005

37 Arabidopsis: mutanti třídy distorted1 Podjednotky a regulátory Arp2/3 komplexu! (Mathur, 2005)

38 Arabidopsis: mutanti třídy distorted WT crooked spirrig wurm

39 autofluorescence GFP-mTalin WT wurm

40 hypokotyl GFP-mTalin trichomy Golgi agregáty! WT crooked

41 Další způsoby nukleace: forminy (FH2 proteiny) overexpression of a partial yeast formin causes formation of ectopic actin structures overexpression of formins stimulates filament formation in vitro

42 Doménová struktura forminů Pro-rich, profilin-binding, nukleace Pro A rich FH1 FH2 B FH1 repeat FH2 aktivace Rho GTPázou C FH2 D PTEN FH1 FH2 E FH1 FH2 coiled F FH1 coil FH2 Arabidopsis: 21 genů! FH1-FH11 transmembránová doména (Class I) FH12-FH21 bez tm. domény (Class II) Zigmond, Curr. Opin. Cell Biol. 2003; Cvrčková et al., BMC Genomics 2004

43 Kráčející nukleační komplex dimerizační rozhraní FH1 FH2 leaky cap model - živočišný Otomo et al. Nature 433: , 2005 u rostlin? vazba na MT?

44 Overexprese AtFH1 v pylových láčkách kontrola talin AtFH1 (FH1/2) AtFH1:GFP Membránová lokalizace forminů třídy I typická pro rostliny (Cheung a Wu, 2004)

45 Proč mají rostliny právě tyto geny v tolika kopiích? Kromě funkčního rozrůznění i jemné ladění pro proměnlivé podmínky v čase (rostlina je přisedlá) v (mikro)prostoru buňky obklopené stěnou? Možnosti se nevylučují (viz též Nasmyth, Dirick, Surana, Amon, Cvrčková, 1991)

46 Specifické funkce isoforem forminů AtFH1: bundling AtFH5: cytokineze endospermu AtFH6: zvýšená exprese v hálkách indukovaných hlísticemi, suprimuje mutaci bni1 u kvasinky AtFH4/AtFH8: kořenově specifické, slabý defekt na kořenových vláscích mutant fh5 má zpožděnou celularizaci endospermu (jinde redundantní) (Ingouff et al. 2005) mutace ve forminech u různých organismů často vedou k defektům v cytokinezi

47 Intermediální filamenta

48 Intermediální filamenta: konvergence? regulace např. fosforylací (CDK... jaderná lamina) Výjimka z pravidla: rovnocenné konce!

49 Epitopy příbuzné IF v rostlinách? interfáze kolokalizace s MT? profáze mitóza a cytokineze wheat root tip, anti-keratin

50 Biochem J July 15; 261(2):

51 Mikroinjekce značených protilátek anti-if DIOC6 - membrány

52 Jaderná IF - laminy Asi jen u živočichů?

53 Jak u rostlin? nacházíme laminové epitopy, ale v genomu A. th. není ortolog rekonstituce jader Xenopus v bezbuněčných extraktech z tabáku (Lu and Zhai 2001) savčí LBR se lokalizuje do jaderné membrány v tabáku (Irons et al. 2003)

54 Cell Biology International Volume 27, Issue 3, 2003, Pages C. de la Torre Fig. 1. Ultrastructural organisation of the plant NM in resinless sections. (A) Portion of the peripheral lamina with a complex structure (lam), connected with the internal matrix (inm). Individual filaments are observed (arrow). (B) A delicate anastomosed network of filaments forms the internal matrix: nm knobbed filaments (arrows) and thicker ones, covered by globular structures (big arrow;dense aggregates (da). (C) Higher magnification of a branched filament of the internal matrix, showing the junction of two filaments and a typical 25 nm knob. Bar in (A), 0.1 µm; in (B), 0.5 µm; and in (C), 0.1 µm. Identification of the IF proteins by Western blot in the onion NM. (D) The anti-numa serum, S2, reveals three onion isoforms, the major one at 220 kd (arrow). (E) Antibodies against chicken B2and A lamins, and a serum against the chicken lamina (Ls) recognise in all cases protein spots at 65 kd with pi varying from 5.65 to 6.8. (F) 2-D blot with serum 288 against LeMFP1. The 90 kd AcMFP1 shows up to 12 basic spots. In situ localisation of the IF proteins in the NM. (G) NuMA is associated with the internal matrix network and accumulates in small foci with a punctate pattern. (H) Lamin-like proteins accumulate not only at the peripheral lamina, but also in internal foci. (I) AcMFP1 accumulation in large replication foci from a late-s phase NM.

55 Rostliny sice nemají laminy, ale...

56 Mikrotubulární cytoskelet

57 Mikrotubulární systémy rostlinné buňky

58 Tradescantia, injected bovine tubulin

59 existuje preference směrů Helikální uspořádání MT

60 Helikální uspořádání MT

61 světlo SPR1, SPR2 (spiral) etiolované Arabidopsis spiral1 (spr1) mutants show a right-handed helical growth in roots and etiolated hypocotyls due to impaired directional growth of rapidly expanding cells.

62 SPR1: malý protein na +koncích MT SPR1 encodes a small protein. Its localization to cortical microtubules (MTs) suggests that SPR1 maintains directional cell expansion by regulating cortical MT functions.

63

64 Točivost orgánů mutantů: směr nemusí souhlasit se směrem mt spirály Pravotočivé: spr1 Levotočivé: inhibitory (taxol) mor1 lefty1, lefty2: mutace tubulinu Točí se rostlina bez mikrotubulů doleva? A jak to dělá??

65 Struktura mikrotubulů

66 Dynamika přestaveb mikrotubulů animace

67 Rodiny tubulinových genů

68

69 tubulinové háčky v isol. fragmoplastech v nadbytku tubulinu

70 Nukleace mikrotubulů γ-tubulin mikrotubulární organizační centra (MTOC) rostliny nemají žádná definovaná MTOC

71 MT recovery after drug-induced disassembly

72 Tobacco cell ghosts; Murata et al., Nat.Cell.Biol. Oct. 2005

73 Nukleace γ-tubulinem - model

74 Modulace dynamiky mikrotubulů - MAPs

75

76 End binding protein (EB1) EB1 váže +konce MT

77 Jak se proteiny mohou dostat na +konec MT?

78 Katanin - p60 a p80 ATPase subunit, which functions to sever microtubules regulates the activity of the ATPase and localizes the protein to the centrosomes, not present in plants Mutace botero, fragile fibre2: brittle swollen semi-dwarf, disordered cortical mt

79 botero1 mutant BOT1 is required for organizing cortical microtubules into transverse arrays in interphase cells, and that this organization is required for consolidating, rather than initiating, changes in the direction of cell expansion.

80 TON1 (tonneau) defekt PPB a organizace MT homolog LISSENCEPHALY1 (H.s. LIS1) - defekt migrace neuronů LIS1 váže +konce MT, interakce s dyneinem ale rostliny nemají dynein wt ton1 (Traas et al. 1995)

81 MAP65: crosslinking ( rostlinná specialita ) Arabidopsis má 9 homologů MAP65

82 pleiade mutace v MAP65 (Muller et al. 2002) mnohojaderné buňky (kořenově specifické!)

83

84 MOR1 (microtubule organization) (MAP215)

85 Modely funkce MOR1

86 MOR1 Wasteneys 2003/2004: mikrofibrily se uspořádají i samy 2-6-dichlorobenzonitril

87 Asociace mezi kortikálními mt a stěnou onion root

88 Asociace mezi kortikálními MT a stěnou

89 Interakce MT a buněčné stěny Hechtovy provazce cibule

90

91 Chara: jak se to měřilo (aktin)

92 ZWICHEL kóduje kinesin! (jeden z mnoha!)

93

94 Mutant chup1 (chloroplast unusual positioning) CHUP1: actin binding!

95

96 Regulace struktury a funkce Jako všude: proteinkinázy a fosfatázy cytoskeletu kořen A.th. po staurosporinu (mikrotubuly)

97 Aktin: malé GTPázy (Rop, Arf)

98 Příklad: diferenciace epidermálních buněk (Panteris a Galatis 2005)

99 Regulační aspekty: ví se hlavně o aktinu distorted mutace (ARP2/3) BRICK (Z. mays) SPIKE1 (multidomén. adaptor. protein) RICs/ROPs

100 mikrotubuly celulóz. mikrofibrily aktin (Panteris a Galatis 2005)

101 Regulace tvaru epidermálních buněk: RIC/ROP systém Rop Interacting CRIBs: efektory ROP, kontrolující aktin i tubulin! RIC1: MT bundling RIC4: actin polymerization ROP2/4: inhibice RIC1 stimulace RIC4 ROP GTPázy = Rho of plants (Rho GTPázy) CRIB doména = Cdc42/Rac interactive binding domain

102 TON2 kóduje protein fosfatázu A wt ton2 wt ton2-14 ton2-13

103 Cytoskelet kvasinek

104 Aktinový cytoskelet během buněčného cyklu actin patches actin ring actin DNA Saccharomyces cerevisiae Schizosaccharomyces pombe actin

105 Mitotické vřeténko během buněčného cyklu

106 Tubulinový cytoskelet během buněčného cyklu S. cerevisiae TUB3-GFP

107 Spindle pole body (SPB) strukturní proteiny Spc72 Spc72 Cnm67 Spc42 jaderná membrána Spc110 Spc97 Spc98 Tub4 γ-tubulinový komplex cmt vnější plak 1. intermediární vrstva 2. intermediární vrstva centrální plak HB Cmd1 Kar1 cytoplasma regulační proteiny Mps1 satelit vnitřní plak Cdc31 pmt jádro Mps2 Ndc1

108 SPB během buněčného cyklu M G1 G2 S START

109 SPB během buněčného cyklu

110 Molekulové motory

111 Molekulové motory Po aktin. filamentech: až 100 µm/s (Chara), typicky jednotky µm/s proudění cytoplasmy, pohyb organel typický motor - myosin Po mikrotubulech: cca 150 nm/s (řádově pomalejší) pohyby chromosomů a mitotického vřeténka, membr. váčků, organizace mikrotubulů... kinesiny (typicky k +konci) a dyneiny (k -konci)

112 Pohyby organel: plastidy jdou za světlem Mougeotia

113 MOLEKULOVÉ MOTORY DEFINICE Proteiny, které jsou schopné posouvat se na úkor energie ATP po cytoskeletálních vláknech vždy jedním určitým směrem. Hydrolýza ATP vede k cyklickým konformačním změnám jejich molekul, což umožňuje jejich pohyb axonemální dynein (Gibbons) kinezin (Brady, Vale, Scholey) cytoplazmatický dynein (Lye, Scholey, McIntosh)

114 FUNKCE MOLEKULOVÝCH MOTORŮ transport váčků (endocytóza, exocytóza, přenos signálů, atd.) transport molekul nebo komplexů (mrna) pohyb organel proudění cytoplazmy segregace chromosomů v mitóze a meióze splývání jader (karyogamie) buněčná polarita, morfogeneze vliv na dynamiku mikrotubulů komunikace svalový stah

115 Nadrodiny molekulových motorů C-konec myoziny dyneiny kineziny ocas tělo N-konec krček motorová doména mikrofilamenta IF mikrotubuly

116 Nadrodiny molekulových motorů S. cer. A. th. počet tříd myoziny kineziny nezař. dyneiny 1 0 funkční redundance

117 Kineziny Arabidopsis má 61 kinezinů pohyb po mikrotubulech oběma směry (zajišťován různými proteiny), směr určuje krček většina (živočišné a 40 u A.th.) + end-directed často role v cytokinezi (PAKPs phragmoplast-associated kinesin proteins) zbytek (21) end-directed ATK1 funkce vřeténka ZWI regulace calmodulinem KCH calponin homology domain

118 náklad Kineziny a dyneiny kinezin + náklad dynein - β α (+) konec (-) konec

119 mechanismus pohybu kinezinu

120 mechanismus pohybu kinezinu

121 mechanismus pohybu kinezinu

122 mechanismus pohybu kinezinu

123 mechanismus pohybu kinezinu ANIMACE 1

124 Myoziny myozin I náklad + aktinové filamentum (+) konec (-) konec 70 nm

125 mechanismus pohybu myozinu

126 mechanismus pohybu myozinu

127 mechanismus pohybu myozinu

128 mechanismus pohybu myozinu

129 mechanismus pohybu myozinu ANIMACE 2

130 funkce myozinů

131 M y o z i n y některé třídy specifické jen pro určité skupiny organismů Arabidopsis má 17 myosinů (class VIII, XI, XIII)

132 Regulace molekulových motorů regulace přes Ca 2+ a calmodulin IQ motivy myozinů KCBP kinezin injekce Ca 2+ urychluje pohyb chromosomů fosforylace

133 Interakce motorů operujících na mikrotubulech a mikrofinamentech interakce obou skupin motorů koordinace buněčného transportu (MT long-distance, MF short-distance) SMY1 suprimuje mutaci v MYO2 (fyzická interakce jejich ocasových domén) S. cer. KCBP je z části kinezin, z části myozin - A. th. přímá interakce MyoVa s KhcU - savci

134 Cytoplasmic streaming Pohyb organel, váčků a různého materiálu podél aktinového cytoskeletu (~ 70 µm/s), které provádějí motorové proteiny operující na aktinových filamentech. kolokalizace mikrofilament a proudů cytoplasmy depolymerizace mikrofilament inhibuje streaming depolymerizace mikrotubulů neinhibuje streaming kosedimentace myozinu s váčky imunolokalizace myozinů: - myozin I kolem jádra, mitochondrií, chloroplastů - myozin II kolem mitochondrií, chloroplastů - myozin V kolem malých organel (váčky)

135 Buněčné dělení kortikální mikrotubuly preprofázový prstenec vytváření dělicího vřeténka segregace chromosomů tvorba plazmatické destičky ANIMACE 3

136 segregace chromosomů cytoplazma S. cerevisiae jádro + dynein _ MTOC + Kar3 Kar3 + + Cin8 Kar3 kmt pmt _ + MTOC JM cmt (Kip1) aktinové vlákno Kar3 Cin8 Kip1 dynein

137 segregace chromosomů cytoplazma S. cerevisiae jádro JM + dynein _ + _ MTOC Kar3 Cin8 pmt + MTOC cmt (Kip1) aktinové vlákno Kar3 Cin8 Kip1 dynein

138 segregace chromosomů S. cerevisiae cytoplazma jádro JM dynein _ + _ MTOC Kar3 Cin8 pmt + MTOC cmt (Kip1) aktinové vlákno Kar3 Cin8 Kip1 dynein

139 segregace chromosomů rostliny motorové proteiny operující na mikrotubulech zvýšená hladina exprese kinezinů během mitózy (KatB/C, KCBP, TKRP125) lokalizace některých kinezinů podél mikrotubulů vřeténka (N- i C-koncové) injekce KCBP-protilátky zablokuje mitózu v metafázi

140 tvorba plazmatické destičky motorové proteiny operující na mikrotubulech asociace váčků s mikrotubuly fragmoplastu depolymerizace mikrotubulů inhibuje tvorbu destičky depolymerizace mikrofilament neinhibuje tvorbu destičky (vede pouze k abnormální pozici destičky) lokalizace některých motorů u fragmoplastu; N-koncové kineziny (TKRP125) i C-koncové (KatA a KCBP) injekce KCBP-protilátky po anafázi blokuje tvorbu destičky

141 buněčná komunikace MyoVIII funguje v plasmodesmech mikrotubuly a mikrofilamenta jsou nezbytné pro regulovaný transport makromolekul přes plazmodesmy pravděpodobná účast molekulových motorů mikrovilus naruby? Baluška et al. 2001

142 náklad tělo motorová doména