PŘÍKLADY POUŽITÍ ORDINAČNÍCH METOD 1
PŘÍKLAD NA ROZKLAD VARIANCE SPOLEČENSTVA MĚKKÝŠŮ NA PRAMENIŠTÍCH druhové složení společenstev měkkýšů druhové složení slatiništní vegetace ph Ca cond Mg Na měřené proměnné prostředí (ve vodě) Otázka: Je druhové složení společenstev měkkýšů na slatiništích ovlivněno více druhovým složením vegetace, nebo stanovištními podmínkami? Horsák M. & Hájek M. (2003) 2
PŘÍKLAD NA ROZKLAD VARIANCE SPOLEČENSTVA MĚKKÝŠŮ NA PRAMENIŠTÍCH o druhové složení měkkýšů (Hellingerova transformace) -> RDA o druhové složení vegetace > DCA (krátký gradient) -> PCA o postupný výběr proměnných (RDA) na měkkýších mezi PCA osami reprezentujícími vegetaci mezi proměnnými prostředí reprezentujícími stanovištní podmínky o výsledek z vegetačních dat nejlépe vysvětlí měkkýše první dvě osy PCA z proměnných prostředí je nejlepší obsah vápníku a konduktivita slatiništní vody o rozklad variance mezi vegetaci a proměnné prostředí o test marginálních a parciálních frakcí vysvětlené variability 3
PŘÍKLAD NA ROZKLAD VARIANCE SPOLEČENSTVA MĚKKÝŠŮ NA PRAMENIŠTÍCH vegetace [PC1 + PC2] proměnné prostředí [Ca + conduct] 6% p < 0.01 20% 2% p = 0.072 [d] = 72% 4
ROZKLAD VARIANCE MEZI PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ A PROMĚNNÉ POPISUJÍCÍ PROSTOROVÉ VZTAHY 5
ROZKLAD VARIANCE MEZI PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ A PROMĚNNÉ POPISUJÍCÍ PROSTOROVÉ VZTAHY spatial variables (e.g. dbmem) 6
DBMEM DISTANCE-BASED MORAN S EIGENVECTOR MAPS (DŘÍVE PCNM - PRINCIPAL COORDINATES OF NEIGHBOUR MATRICES) 7
ROZKLAD VARIANCE MEZI PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ A PROMĚNNÉ POPISUJÍCÍ PROSTOROVÉ VZTAHY spatial variables (e.g. dbmem) 8
ROZKLAD VARIANCE MEZI PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ A PROMĚNNÉ POPISUJÍCÍ PROSTOROVÉ VZTAHY spatial variables (e.g. dbmem) 9
TŘI ALTERNATIVNÍ PŘÍSTUPY K PŘÍMÉ ORDINAČNÍ ANALÝZE (a) Klasický přístup: RDA zachovává euklidovské distance, CCA chi-kvadrát distance (b) Transformace dat (tb-rda): používá distance vzniklé transformací dat (např. Hellingerova distance) (c) Přes matici nepodobností (db-rda): zachovává distance použité ve vstupní distanční matici Legendre & Legendre (2012) podle Legendre & Gallagher (2001) 10
ROZKLAD VARIANCE, DBRDA Rádková et al. (2014) Freshwater Biology 11
ROZKLAD VARIANCE, DBRDA Rádková et al. (2014) Freshwater Biology 12
ORDINAČNÍ DIAGRAMY KONVENCE o zobrazení vzorků body o zobrazení druhů šipky (lineární metody) body, centroidy (unimodální metody) o zobrazení ordinačních os vodorovná bývá osa vyššího řádu (např. první) orientace os je arbitrární o zobrazení proměnných prostředí šipky (kvantitativní proměnné) centroidy (kategoriální proměnné) o typ ordinačního diagramu: scatterplot - 1 typ dat (vzorky nebo druhy) biplot - 2 typy dat (např. vzorky a druhy) triplot - 3 typy dat (např. vzorky, druhy a proměnné prostředí) Lepš & Šmilauer (2003) Multivariate analysis of... 13
ORDINAČNÍ DIAGRAMY lineární metoda unimodální metoda nepřímá ordinace přímá ordinace Lepš & Šmilauer (2003) Multivariate analysis of... 14
HISTORICKÉ ORDINAČNÍ DIAGRAMY BRAY & CURTIS 1957 - NEPŘÍMÁ GRADIENTOVÁ ANALÝZA Bray & Curtis (1957): An ordination of the upland forest communities of Southern Wisconsin. Ecological Monographs 27: 326-349 15
MODERNÍ ANALOGIE (DCA V KNIHOVNĚ VEGAN) 16
PCA PŘÍKLAD TRENDY V NÁZVECH ČLÁNKŮ V EKOLOGICKÝCH ČASOPISECH Nobis & Wohlgemuth (2004) Oikos 17
Nobis & Wohlgemuth (2004) Oikos 18
DCA PŘÍKLAD FLORISTICKÁ DATA Z NP PODYJÍ skóre pro jednotlivé kvadráty z 1. a 2. osy DCA (na základě jejich floristického složení) byly promítnuty do síťové mapy Chytrý et al. (1999) Preslia 19
NMDS PŘÍKLAD VLIV SUCHA NA SLOŽENÍ SPOLEČENSTEV V EXPERIMENTÁLNÍ STUDII Chase (2007) PNAS 20
NMDS PŘÍKLAD ZMĚNY V DRUHOVÉM SLOŽENÍ KORÁLOVÝCH ÚTESŮ ZASAŽENÝCH DISTURBANCÍ EL NINO Anderson et al. (2011) Ecology Letters 21
CCA PŘÍKLAD STANOVENÍ EKOLOGICKÉHO OPTIMA JEDNOTLIVÝCH DRUHŮ MĚKKÝŠŮ PODÉL EKOLOGICKÝCH GRADIENTŮ Horsák et al. (2007) Acta Oecologica 22