Výroční konference ELIXIR CZ

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Výroční konference ELIXIR CZ"

Transkript

1 Výroční konference ELIXIR CZ Praha 2016

2 Výroční konference ELIXIR CZ Konformační prostor DNA Bohdan Schneider za Jiří Černý 1, Paulína Božíková 1, Iva Nečasová 1, Petr Čech 2, Daniel Svozil 2, Bohdan Schneider 1 1 Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., Vestec, 2 Vysoká škola chemicko-technologická, Praha DNA je jednou z nejdůležitějších molekul života. Novější strukturní studie ukazují, že nelze ustrnout na tradičním popisu DNA na úrovni kvalittaivního popisu pravotočivých forem B a A a levotočivé formy Z. Provedli jsme proto podrobnou analýzu konformačního chování DNA na úrovni dinukleotidů a podařilo se nám klasifikovat DNA konformace a vyvinout automatizovaný protokol, který tyto konformace klasifikuje do 44 tříd pro jakoukoli strukturu DNA. Protokol umožňuje snadnou a objektivní analýzu konformací DNA, zavádí rovněž validační skore confal, které kvantifikuje shodu mezi analyzovanou strukturou a známými konformery. Protokol je dostupný na webech dnatco.org a dolbico.org. 2

3 Praha, Strukturně bioinformatické projekty na Univerzitě Karlově David Hoksza Univerzita Karlova, Praha Univerzita Karlova poskytuje v rámci českého uzlu Elixíru několik služeb. V tomto příspěvku představíme stávající a vyvíjené nástroje z oblasti strukutrní bioinformatiky. Stávající nástroje jsou reprezentovány servery SETTER a MultiSETTER pro superpozici terciárních struktur RNA. Dále představíme nástroje vyvíjené pro predikci protein-ligand (p2rank) a protein-protein (INSPiRE) interakčních míst. p2rank je metoda založená na strojovém učení, kdy analýzou protein-ligand komplexů v PDB budujeme klasifikační model k rozpoznání typických fyzikálně-chemických vlastností protein-ligand aktivních míst. p2rank je dostupný jako command line aplikace pod otevřenou licencí a webový server je ve vývoji. INSPiRE je nová metoda pro identifikaci protein-protein interakčních míst, která využívá topologické charakteristiky grafů odvozených z proteinových struktur v PDB. Metoda poskytuje významně vyšší predikční potenciál než stávající přístupy a v současné době vyvíjíme aplikaci, která by tuto metodu zpřístupnila široké bioinformatické veřejnosti. 3

4 Výroční konference ELIXIR CZ Bioinformatické nástroje a metody vyvíjené v Loschmidtových laboratořích David Bednář za Bednář D. 1,2, Brezovský J. 1,2, Bendl J. 1,2,3, Štourač J. 1,2, Musil M. 1,3, Daniel L. 1,2, Hon, J. 1,3, Martínek, T. 1,3, Damborský J. 1,2 1 Loschmidtovy laboratoře, Ústav experimentální biologie a Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, 2 Mezinárodní centrum klinického výzkumu, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, 3 Ústav informačních systémů, Fakulta informačních technologií, Vysoké učení technické v Brně Loschmidtovy laboratoře se zabývají základním i aplikovaným výzkumem, jehož centrálním tématem je proteinové inženýrství enzymů halogenalkandehalogenas. Řada výzkumných projektů je řešena na rozhraní disciplín sekvenční a strukturní bioinformatiky, chemoinformatiky a výpočetní chemie. Výstupy výzkumných projektů jsou validovány ve spolupráci s experimentálními týmy Loschmidtových laboratoří. V rámci přednášky budou představeny následující výstupy probíhajících výzkumných projektů: i) nástroje pro analýzu dynamiky transportních tunelů a kanálů Caver 4.0, Caver Web 1.0 a Caver Analyst 2.0, ii) integrativní platforma poskytující ucelenou podporu pro výběr pozic vhodných k mutagenezi a návrh chytrých knihoven pro proteinové inženýry HotSpot Wizard 2.0, iii) meta-server pro predikce vlivu variací v celém lidském genomu PredictSNP 2.0, iv) metoda pro efektivní stabilizaci proteinů vícebodovými mutacemi FireProt 1.0, v) protokol založený na molekulovém dokování, umožňující identifikaci nových substrátů a inhibitorů u divokých typů a mutantních variant enzymů a vi) nástroj pro identifikaci průmyslově zajímavých proteinů v genomických databázích. 4

5 Praha, Decryptor nástroj pro spolehlivou identifikaci bodových mutací v peptidech Miroslav Hruška Univerzita Palackého v Olomouci Identifikace peptidů z dat hmotnostní spektrometrie je primárně založená na vyhodnocení shody mezi naměřeným spektrem a množinou teoretických spekter. Teoretická spektra z praktických důvodů neodpovídají celé množině peptidů; pro uvedený účel se používají nejčastěji referenční databáze organizmů. Uvedeným způsobem je ale z principu nemožné identifikovat nereferenční peptidy. Z biologického hlediska samozřejmě znalost přítomnosti mutovaných proteinů ve vzorku může nést mnoho informace, proto je o danou znalost přirozený zájem. Při identifikaci mutovaných proteinů jsou však databáze užité k prohledávání významně větší, což přináší problémy nejen výpočetní, ale i statistické. Standardně užitá kritéria filtrace výsledků jsou mnohdy nepostačující, což je zejména způsobenou vysokou homologií na úrovni spekter. Decryptor je online nástroj pro analýzu dat z hmotnostní spektrometrie. Pro interpretaci spekter využívá databází mutovaných peptidů konstruovanou překladem bodových mutací z veřejně dostupných sekvenačních databází (COSMIC, ICGC, TCGA a dbsnp). Systém je určen k identifikaci bodových mutací, které vznikly právě jednou nukleotidovou záměnou v odpovídajícím kodonu referenčního genomu. Z výpočetního hlediska je systém provozován na výpočetním klastru a byl cíleně navržen pro vysokou škálovatelnost. Interpretace spekter jsou bohatě propojeny s biologickými databázemi, které poskytují detailní informace jak o proteinech, tak i o mutaci. V prvním případě se jedná zejména o roli proteinu a jeho asociaci s nemocemi; v případě mutací jsou to informace o jejím zdroji, zásahu do proteinových domén, evoluční konzervaci okolí mutace a predikce její škodlivosti. Výsledky je možné exportovat v tabulární formě a používat pro další aplikačně-specifické analýzy. 5

6 Výroční konference ELIXIR CZ MetaCentrum a aktivity CESNETu pro ELIXIR CZ Miroslav Ruda CESNET, Praha MetaCentrum ( je distribuované výpočetní prostředí zahrnující výpočetní a úložné zdroje e-infrastruktur CESNET a CERIT-SC. Popíšeme klíčové komponenty tvořící tuto e-infrastrukturu a metody použité pro správu a rozvoj takového prostředí a zaměříme se na podobnost s budovanou e-infrastrukturou VI ELIXIR. Představíme nejbližší kroky při budování IT infrastruktury VI ELIXIR a na příkladech aktuální spolupráce CESNETu a CERITu-SC s dalšími partnery budeme demonstrovat dlouhodobé plány v oblasti IT. Budeme se věnovat i mezinárodní spolupráci v projektu ELIXIR EXCELERATE, zejména v oblasti Compute Platform. 6

7 Praha, ELIXIR Compute Platform a aktivity CERIT-SC/MU pro ELIXIR Aleš Křenek Masarykova Univerzita - CERIT-SC, Brno CERIT-SC a CESNET poskytují uživatelům nezbytné zdroje e-infrastruktury as is včetně kvalifikované podpory a dlouhodobé spolupráce. V příspěvku popíšeme možnosti dostupných nástrojů Galaxy a Chipster. Dále se zaměříme na dva konkrétní případy, kde přidaná informatická expertiza dovolila posunout výzkum v life science nová implementace algoritumu korekce sekvenačních chyb Echo a empirické výpočty atomárních nábojů NEEMP. V závěru se zmíníme o spolupráci s konsorciem EurOPDX a připravovaném projektu H2020 EDIReX, kde CERIT-SC odpovídá za vybudování evropské infrastruktury pro sdílení biobankových a bioinformatických dat konsorcia. 7

8 Výroční konference ELIXIR CZ Cesta k F.A.I.R. Data Marek Suchánek, Robert Pergl České vysoké učení technické v Praze F.A.I.R., neboli Findable - Accesible - Interoperable - Reusable jsou principy směřující k maximální využitelnosti bohatství (nejen) life science dat. V příspěvku představíme tyto principy a co nabízí infrastruktura ELIXIR v tomto ohledu, detailněji se zaměříme na probíhající a připravované projekty ELIXIR-NL a ELIXIR-CZ, především pak připravovaný Data Management & Data Stewardship Planning Portal. 8

9 Praha, RepeatExplorer - principy a příklady použití na analýzu repetitivní DNA v genomech eukaryot Jiří Macas Biologické centrum AV ČR, České Budějovice RepeatExplorer je sada bioinformatických programů vyvinutých za účelem identifikace repetitivních elementů v komplexních genomech eukaryot. Jádrem RepeatExploreru je algoritmus clusterování krátkých sekvencí DNA, díky němuž lze repetitivní elementy identifikovat přímo ze souborů sekvenačních čtení bez nutnosti skládání genomu. V přednášce bude stručně představen princip tohoto algoritmu a budou uvedeny příklady jeho aplikace na analýzu repetitivní DNA v jednotlivých druzích, studium evoluce repetic v rámci širších taxonů a na analýzu složení jednotlivých chromozómů nebo jejich centromer. 9

10 Výroční konference ELIXIR CZ Jak studovat dlouhá časová měřítka z krátkých simulací Vojtěch Spiwok Vysoká škola chemicko-technologická, Praha Simulace molekulové dynamiky umožňuje simulovat mikrosekundy ze života biomolekulárních systémů. Řada zajímavých procesů, jako například sbalování proteinů nebo interakce molekul, trvají podstatně déle. Abychom takovéto procesy mohli simulovat, musíme buď stavět větší a větší počítače nebo vyvíjet metody, které simulace urychlí. V této presentaci budou presentovány urychlující metody a nástroj pro analýzu výsledků těchto metod, které v naší skupině používáme a vyvíjíme. 10

11 Praha, Rekonstrukce nevýznamných hitů sekvenčního vyhledávání nekódujících RNA na základě podobnosti suboptimálních sekundárních struktur RNA Marek Schwarz, Josef Pánek Mikrobiologický ústav AV ČR, Praha Nekódující RNA (ncrna), které mají funkční strukturu, je tato struktura zachovávána napříč homology, ač jejich sekvence se může výrazně měnit. Při sekvenčním vyhledávání nových homologů (např. BLAST), většinou získáme soubor hitů, významné, reprezentující ncrna a dále hity fragmentované, s velkým množstvím insercí, delecí a záměn v sekvenci. O těchto hitech nemůžeme říci, zda jsou či nejsou homologní ncrna, proto jsou ale zajímavé a náš algoritmus se na ně zaměřuje. Agoritmus využívá konzervovanosti struktury mezi homologními ncrna a na základě strukturní podobnosti rekonstruuje nevýznamné hity sekvenčního vyhledávání do plné délky potenciálního ncrna homologu. Vzhledem k netriviálnímu problému predikce korektní sekundární struktury, využíváme energeticky suboptimální struktury, které ji často obsahují. Na genomové oblasti hitu je zkonstruováno množství sekvencí a jsou předpovězeny soubory jejich suboptimálních struktur. Ty jsou párově porovnány se suboptimálními strukturami dotazované sekvence a na základě nejpodobnějšího páru suboptimálních struktur je vybrána prodloužená sekvence. Tímto postupem jsme nalezli nové potenciální homology bakteriální ncrna Ms1. Použitelnost algoritmu je limitována na dobře strukturované ncrna. 11

12 Výroční konference ELIXIR CZ Softwarové nástroje, databáze a klíčové life science aktivity ELIXIR CZ na Masarykově univerzitě Radka Svobodová Vařeková Masarykova Univerzita CEITEC, Brno Hlavní life science doménou, na kterou se zaměřuje ELIXIR CZ v rámci Masarykovy univerzity, je strukturní bioinformatika. V této oblasti vyvíjí a poskytuje softwarové nástroje a databáze, sloužící k analýze strukturních fragmentů biomakromolekul. Konkrétně se specializuje na validaci, detekci, extrakci, porovnávání a charakterizaci těchto fragmentů. V současné době nabízí ELIXIR CZ na MU softwarové nástroje MotiveValidator, PatternQuery, MOLE, SiteBinder, NEEMP a AtomicChargeCalculator a databáze ValidatorDB a ValTrendsDB. Dále je ELIXIR CZ na MU intenzivně zapojen do správy a vývoje databáze BioTools, největšího evropského archivu life science software, a související ontologie EDAM, vytvořené pro anotaci příslušného software. V neposlední řadě, ELIXIR CZ na MU spolupracuje rovněž na procesu formování doporučených praktik pro vývoj life science software v ELIXIRu. 12

13 Praha, Implementace databáze malých molekul Jakub Galgonek, Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, Praha Jednou z klasických cheminformatických úloh je vytvoření databáze malých molekul. Tyto databáze nachází velké uplatnění v chemickém, biologickém i medicínském výzkumu. Našim cílem je vytvořit na našem ústavu velmi rozsáhlou databázi malých molekul, která by neměla obsahovat jen definice samotných molekul, ale rovněž i množství k nim se vztahujících chemických a biologických dat. Databáze by měla umožnit hledání nejen přímo na základě specifikace požadované molekuly, ale rovněž také na základě komplexních kritérií. V tuto chvíli již za sebou máme rozsáhlý průzkum, jaká úskalí přináší spojování databází malých molekul. Aktuálně experimentujeme se systémem obsahující data z databáze PubChem. Tento systém obsahuje přes 200 milionů substancí vázajících se k více než 90 milionům molekul, pro než bylo provedeno přes milion biologických assayí. Informace je možné hledat pomocí dotazovacího jazyka SPARQL, který jsme schopni kombinovat s hledáním molekul podle chemické struktury. To nám umožňuje například řešit typický dotaz, ve kterém jsou hledány molekuly, které obsahují nějaký strukturní fragment a byly pozitivně testovány v nějaké assayi obsahující daná klíčové slova. K plnému nasazení systému je ještě nutné provést celou řadu optimalizací, zahrnout do databáze další zdroje dat a vytvořit přívětivé uživatelské rozhraní pro běžné uživatele z chemické či biologické komunity. 13

14 Výroční konference ELIXIR CZ IOM jako cloudová služba přesné interpretace hmoty Jan Fesl, Rudolf Vohnout Jihočeská Univerzita, České Budějovice Interpretace přesné hmoty měřené HR/LCMS spektrometry prostřednictvím cloudové služby slouží ke stanovení pravděpodobného elementárního složení dané látky. Uživatel odesílá data k intepretaci do cloudové služby, jako výsledek obdrží seznam sumárních vzorců nejpravděpodobnějších kandidátů. Platforma je optimalizována i pro velké hmoty molekuly, které je možno interpretovat v relativně krátkém čase. 14

15 Praha, Osobní údaje a klinická data (human data) související s léčbou hematologických onemocnění Lucie Houdová Západočeská Univerzita, Plzeň V současné době je velký potenciál v možnostech integrace genetických a klinických údajů, a tím mají i onkologové možnost se více zaměřit na individualizovanou péči. Náš tým si klade za cíl za účelem plnění specifických klinických cílů vytvářet systematický přístup k zacházení s genetickými daty při plánování léčby. Výzkum a vyvíjené nástroje slouží hlavně v klinické praxi pro podporu rozhodování při transplantaci kostní dřeně. Konkrétně se zaměřujeme na návrh a vývoj flexibilních klinických informačních systémů, včetně způsobu ukládání a organizace klinických dat, zabezpečení dat, analýzy dat a modelování, zpracování a interpretaci dat, které jsou určeny pro konkrétní specialisty. Mezi v současnosti zvažované klinické údaje patří osobní údaje pacienta / dárce a hematologicko-onkologická / imunologická data (např. HLA, KIR, cytokiny a další markery). Výzkum a vývoj je realizován v rámci spolupráce s Českým národním registrem dárců dřeně. Vyvíjené nástroje jsou průběžně implementovány a nasazovány v diagnostické laboratoři, koordinačním centru ČNRDD a národních transplantačních a dárcovských centrech. 15

16 Výroční konference ELIXIR CZ Přednášející Bohdan Schneider Biotechnologický ústav AV ČR, Praha David Hoksza Univerzita Karlova, Praha David Bednář Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně Miroslav Hruška Univerzita Palackého v Olomouci Miroslav Ruda CESNET, Praha Aleš Křenek Masarykova Univerzita - CERIT-SC, Brno Marek Suchánek, Robert Pergl České vysoké učení technické v Praze Jiří Macas Biologické centrum AV ČR, České Budějovice Vojtěch Spiwok Vysoká škola chemicko-technologická, Praha Marek Schwarz, Josef Pánek Mikrobiologický ústav AV ČR, Praha Radka Svobodová Vařeková Masarykova Univerzita CEITEC, Brno Jakub Galgonek, Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, Praha Jan Fesl, Rudolf Vohnout Jihočeská Univerzita, České Budějovice Lucie Houdová Západočeská Univerzita, Plzeň 16

17 Praha, Poznámky 17

18 Výroční konference ELIXIR CZ Poznámky 18

19 Praha, Poznámky 19

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza

Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita v Praze Bioinformatika Biologické inspirace

Více

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst

Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst David Hoksza, Radoslav Krivák SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita

Více

Aplikovaná bioinformatika

Aplikovaná bioinformatika Aplikovaná bioinformatika Číslo aktivity: 2.V Název klíčové aktivity: Na realizaci se podílí: Implementace nových předmětů do daného studijního programu doc. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D., Mgr. Josef

Více

CERIT SCIENTIFIC CLOUD. Centrum CERIT-SC. Luděk Matyska. Praha, Seminář MetaCentra, 15. 10. 2010

CERIT SCIENTIFIC CLOUD. Centrum CERIT-SC. Luděk Matyska. Praha, Seminář MetaCentra, 15. 10. 2010 Centrum CERIT-SC Luděk Matyska Praha, Seminář MetaCentra, 15. 10. 2010 Poslání Centrum CERIT-SC (CERIT Scientific Cloud 1 je národním centrem poskytujícím flexibilní úložné a výpočetní kapacity a související

Více

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled

Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN I. Přehled RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci Definice bioinformatiky (Molecular) bio informatics: bioinformatics is conceptualising biology

Více

Cloudy a gridy v národní einfrastruktuře

Cloudy a gridy v národní einfrastruktuře Cloudy a gridy v národní einfrastruktuře Tomáš Rebok MetaCentrum, CESNET z.s.p.o. CERIT-SC, Masarykova Univerzita (rebok@ics.muni.cz) Ostrava, 5. 4. 2012 PRACE a IT4Innovations Workshop Cestovní mapa národních

Více

MetaCentrum. Miroslav Ruda. březen 2017, Brno CESNET

MetaCentrum. Miroslav Ruda. březen 2017, Brno CESNET MetaCentrum Miroslav Ruda CESNET březen 2017, Brno Osnova krátký úvod o MetaCentru pro nováčky novinky projektové národní projekty VI CESNET a VVV národní projekty ELIXIR a VVV ELIXIR CERIT-SC, podrobnosti

Více

METACENTRUM. Miroslav Ruda CESNET. Seminář MetaCentra, Praha

METACENTRUM. Miroslav Ruda CESNET. Seminář MetaCentra, Praha METACENTRUM Miroslav Ruda CESNET Seminář MetaCentra, Praha 11.5. 2018 Program semináře Dopoledne představení MetaCentra novinky z CESNETu a CERITu SafeDX/Ultimum Odpoledne věnované podrobnějším informacím

Více

CEITEC a jeho IT požadavky. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

CEITEC a jeho IT požadavky. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D. CEITEC a jeho IT požadavky RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D. Co je CEITEC? CEITEC je projekt výstavby středoevropského vědecko-výzkumného centra excelence v Brně Zaměření projektu: základní i aplikovaný

Více

analýzy dat v oboru Matematická biologie

analýzy dat v oboru Matematická biologie INSTITUT BIOSTATISTIKY A ANALÝZ Lékařská a Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita Komplexní přístup k výuce analýzy dat v oboru Matematická biologie Tomáš Pavlík, Daniel Schwarz, Jiří Jarkovský,

Více

ELIXIR CZ Spolupráce velkých infrastruktur. Jiří Vondrášek, HoN ELIXIR CZ

ELIXIR CZ Spolupráce velkých infrastruktur. Jiří Vondrášek, HoN ELIXIR CZ ELIXIR CZ Spolupráce velkých infrastruktur Jiří Vondrášek, HoN ELIXIR CZ ELIXIR: Evropská infrastruktura pro biologická data Datová infrastruktura pro evropský výzkum ve vědách o živé přírodě: Data Interoperability

Více

MetaCentrum. Miroslav Ruda. listopad 2013 CESNET

MetaCentrum. Miroslav Ruda. listopad 2013 CESNET MetaCentrum Miroslav Ruda CESNET listopad 2013 Národní gridová infrastruktura součást e-infrastruktury spravované CESNETem clustery a výkonné servery, úložné kapacity 12 center - Plzeň, Praha, Brno, Ostrava,

Více

Národní gridová infrastruktura MetaCentrum & související služby pro akademickou obec

Národní gridová infrastruktura MetaCentrum & související služby pro akademickou obec Národní gridová infrastruktura MetaCentrum & související služby pro akademickou obec Tomáš Rebok MetaCentrum, CESNET z.s.p.o. CERIT-SC, Masarykova univerzita (rebok@ics.muni.cz) MetaCentrum @ CESNET aktivita

Více

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Genomické databáze Shlukování proteinových sekvencí Ivana Rudolfová školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. Obsah Proteiny Zdroje dat Predikce struktury proteinů Cíle disertační práce Vstupní data

Více

Datová věda (Data Science) akademický navazující magisterský program

Datová věda (Data Science) akademický navazující magisterský program Datová věda () akademický navazující magisterský program Reaguje na potřebu, kterou vyvolala rychle rostoucí produkce komplexních, obvykle rozsáhlých dat ve vědě, v průmyslu a obecně v hospodářských činnostech.

Více

INDIKATIVNÍ TABULKA SE SEZNAMEM PROJEKTŮ ZAŘAZENÝCH V ZÁSOBNÍKU PROJEKTŮ V RÁMCI OPERAČNÍHO PROGRAMU VZDĚLÁVÁNÍ PRO KONKURENCESCHOPNOST

INDIKATIVNÍ TABULKA SE SEZNAMEM PROJEKTŮ ZAŘAZENÝCH V ZÁSOBNÍKU PROJEKTŮ V RÁMCI OPERAČNÍHO PROGRAMU VZDĚLÁVÁNÍ PRO KONKURENCESCHOPNOST INDIKATIVNÍ TABULKA SE SEZNAMEM PROJEKTŮ ZAŘAZENÝCH V ZÁSOBNÍKU PROJEKTŮ V RÁMCI OPERAČNÍHO PROGRAMU VZDĚLÁVÁNÍ PRO KONKURENCESCHOPNOST Číslo výzvy: Číslo a název Prioritní osy: Číslo a název oblasti podpory:

Více

CERIT-SC. Luděk Matyska, David Antoš, Aleš Křenek 7. 11. 2011

CERIT-SC. Luděk Matyska, David Antoš, Aleš Křenek 7. 11. 2011 CERIT-SC Luděk Matyska, David Antoš, Aleš Křenek 7. 11. 2011 Centrum CERIT-SC Historie a vznik centra CERIT-SC (CERIT Scientific Cloud) Centrum CERIT jako celek Cíle CERIT-SC Možnosti využití centra hardwarové

Více

MetaCentrum. Martin Kuba CESNET

MetaCentrum. Martin Kuba CESNET MetaCentrum Martin Kuba CESNET Vývoj MetaCentra MetaCentrum bylo založeno v roce 1996 jako superpočítačové meta-centrum spojením tří superpočítačových center Superpočítačové Centrum Brno, Masarykova univerzita

Více

Služby ÚVT pro VaV & IT pro CEITEC. David Antoš

Služby ÚVT pro VaV & IT pro CEITEC. David Antoš Služby ÚVT pro VaV & IT pro CEITEC David Antoš Služby ÚVT pro vědce a výzkumníky Trocha historie záznamy přednášek http://www.video.muni.cz/ úložiště dat historikové z FF, dermatopatologický atlas doc.

Více

Czech National e-infrastructure. Projekt MetaCentrum. Jan Kmuníček CESNET. meta.cesnet.cz

Czech National e-infrastructure. Projekt MetaCentrum. Jan Kmuníček CESNET. meta.cesnet.cz Projekt MetaCentrum Jan Kmuníček CESNET meta.cesnet.cz Obsah Struktura MetaCentra Služby MetaCentra výpočetní servis úložné kapacity síťová spojení prostředí pro spolupráci Statistiky využití Související

Více

Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul

Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul Zpracování informací a vizualizace v chemii (C2150) 1. Úvod, databáze molekul Organizační pokyny Přednášející: Martin Prokop Email: martinp@chemi.muni.cz Pracovna: INBIT/2.10 (v dubnu/květnu přesun do

Více

Standard studijního programu Bioinformatika

Standard studijního programu Bioinformatika Standard studijního Bioinformatika A. Specifika a obsah studijního : Typ Navazující magisterský Oblast/oblasti vzdělávání Chemie Základní tematické okruhy Chemické disciplíny: zejména biochemie a chemická

Více

MetaCentrum. Tomáš Rebok MetaCentrum NGI, CESNET z.s.p.o. CERIT-SC, Masarykova Univerzita Olomouc,

MetaCentrum. Tomáš Rebok MetaCentrum NGI, CESNET z.s.p.o. CERIT-SC, Masarykova Univerzita Olomouc, MetaCentrum Tomáš Rebok MetaCentrum NGI, CESNET z.s.p.o. CERIT-SC, Masarykova Univerzita (rebok@ics.muni.cz) Olomouc, 2. 4. 2012 Ústav experimentální botaniky AV ČR, Olomouc MetaCentrum @ CESNET výzkumná

Více

Petrov, v. o. s. Masarykova univerzita. Inovace systému pro správu prodejních automatů

Petrov, v. o. s. Masarykova univerzita. Inovace systému pro správu prodejních automatů Petrov, v. o. s. Masarykova univerzita Inovace systému pro správu prodejních automatů Firma příjemce voucheru Petrov, v. o. s. (http://www.petrov.cz/ ( http://www.petrov.cz/) Sídlo Obor Velikost Profil

Více

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová Počítačová chemie výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů Zora Střelcová Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova univerzita, Kotlářská 2, 611 37 Brno, Česká Republika

Více

Czech National e-infrastructure. Projekt MetaCentrum. Jan Kmuníček CESNET. meta.cesnet.cz

Czech National e-infrastructure. Projekt MetaCentrum. Jan Kmuníček CESNET. meta.cesnet.cz Projekt MetaCentrum Jan Kmuníček CESNET meta.cesnet.cz Obsah Struktura MetaCentra Služby MetaCentra výpočetní servis úložné kapacity síťová spojení prostředí pro spolupráci Statistiky využití Související

Více

Moderní systémy pro získávání znalostí z informací a dat

Moderní systémy pro získávání znalostí z informací a dat Moderní systémy pro získávání znalostí z informací a dat Jan Žižka IBA Institut biostatistiky a analýz PřF & LF, Masarykova universita Kamenice 126/3, 625 00 Brno Email: zizka@iba.muni.cz Bioinformatika:

Více

LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) Použití GC-MS spektrometrie

LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) Použití GC-MS spektrometrie LABORATOŘ OBORU I ÚSTAV ORGANICKÉ TECHNOLOGIE (111) C Použití GC-MS spektrometrie Vedoucí práce: Doc. Ing. Petr Kačer, Ph.D., Ing. Kamila Syslová Umístění práce: laboratoř 79 Použití GC-MS spektrometrie

Více

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál Jan Komárek Bioinformatika Bioinformatika je vědní disciplína, která se zabývá metodami pro shromážďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických

Více

Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky

Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky Tématické okruhy pro státní závěrečné zkoušky Obor Povinný okruh Volitelný okruh (jeden ze dvou) Forenzní biologická Biochemie, pathobiochemie a Toxikologie a bioterorismus analýza genové inženýrství Kriminalistické

Více

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně

1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.

Více

Základy genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko

Základy genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko Základy genomiky I. Úvod do bioinformatiky Jan Hejátko Masarykova univerzita, Oddělení funkční genomiky a proteomiky Laboratoř molekulární fyziologie rostlin Základy genomiky I. Zdrojová literatura ke

Více

Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů

Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Stavělová M.,* Macháčková J.*, Rídl J.,** Pačes J.** * Earth Tech CZ, s.r.o ** ÚMG AV ČR PROČ METAGENOMIKA?

Více

Komunikační plán projektu ReStEP pro cílové skupiny (mimo veřejnou správu)

Komunikační plán projektu ReStEP pro cílové skupiny (mimo veřejnou správu) Komunikační plán projektu ReStEP pro cílové skupiny (mimo veřejnou správu) Regional Sustainable Energy Policy based on the Interactive Map of Sources (ReStEP) (LIFE10 ENV/CZ/000649) Praha, červen 2013

Více

Prezentace školy. 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj. Veřejná vysoká škola

Prezentace školy. 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj. Veřejná vysoká škola Prezentace školy 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj Veřejná vysoká škola Spolupráce MU s podniky Spolupráce s podniky Výzkum a vývoj Studenti Další vzdělávání Ostatní

Více

PRODUKTY. Tovek Tools

PRODUKTY. Tovek Tools Analyst Pack je desktopovou aplikací určenou k vyhledávání informací, tvorbě různých typů analýz a vytváření přehledů a rešerší. Jsou vhodné pro práci i s velkým objemem textových dat z různorodých informačních

Více

PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu

PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu PowerOPTI Řízení účinnosti tepelného cyklu VIZE Zvýšit konkurenceschopnost provozovatelů elektráren a tepláren. Základní funkce: Spolehlivé hodnocení a řízení účinnosti tepelného cyklu, včasná diagnostika

Více

Biomedicínská informatika a její úloha v personalizované medicíně. Petr Lesný

Biomedicínská informatika a její úloha v personalizované medicíně. Petr Lesný Biomedicínská informatika a její úloha v personalizované medicíně Petr Lesný Co student medicíny ve škole nezíská Praktické dovednosti Empatii Schopnost práce s informacemi Lékařská informatika Schopnost

Více

CHEMICKO-INŽENÝRSKÉ VZDĚLÁVÁNÍ VE STRUKTUROVANÉM STUDIU

CHEMICKO-INŽENÝRSKÉ VZDĚLÁVÁNÍ VE STRUKTUROVANÉM STUDIU CHEMICKO-INŽENÝRSKÉ VZDĚLÁVÁNÍ VE STRUKTUROVANÉM STUDIU Milan Jahoda Zdroj Peter Hamersma, Martin Molzahn, Eric Schaer: Recommendations for Chemical Engineering Education in a Bologna Three Cycle Degree

Více

MetaCentrum. Martin Kuba CESNET

MetaCentrum. Martin Kuba CESNET MetaCentrum Martin Kuba CESNET Vývoj MetaCentra MetaCentrum bylo založeno v roce 1996 jako superpočítačové meta-centrum spojením tří center Superpočítačové Centrum Brno, Masarykova univerzita v Brně Superpočítačové

Více

SK01-KA O1 Analýza potřeb. Shrnutí. tým BCIME

SK01-KA O1 Analýza potřeb. Shrnutí. tým BCIME 2018-1-SK01-KA203-046318 O1 Analýza potřeb Shrnutí tým BCIME Vyloučení odpovědnosti: Podpora Evropské komise pro vydání této publikace nepředstavuje její souhlas s obsahem, který odráží pouze názory autorů.

Více

Algoritmy a struktury neuropočítačů ASN - P10. Aplikace UNS v biomedicíně

Algoritmy a struktury neuropočítačů ASN - P10. Aplikace UNS v biomedicíně Aplikace UNS v biomedicíně aplikace v medicíně postup při zpracování úloh Aplikace UNS v medicíně Důvod: nalezení exaktnějších, levnějších a snadnějších metod určování diagnóz pro lékaře nalezení šetrnějších

Více

Libor Hájek, , Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, Přírodovědecká fakulta, Šlechtitelů 27, Olomouc

Libor Hájek, , Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, Přírodovědecká fakulta, Šlechtitelů 27, Olomouc Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum Setkání ředitelů fakultních škol Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum polní pokusy OP Výzkum a vývoj pro inovace:

Více

Integrace datových služeb vědecko-výukové skupiny

Integrace datových služeb vědecko-výukové skupiny České vysoké učení technické v Praze Fakulta elektrotechnická Software Engineering & Networking Projekt Fondu rozvoje sdružení CESNET-513/2014/1 HS: 13144 / 830 / 8301442C Integrace datových služeb vědecko-výukové

Více

Studijní program: Analytická a forenzní chemie

Studijní program: Analytická a forenzní chemie Studijní program: Analytická a forenzní chemie Studijní program: Analytická a forenzní chemie První rok je studium společné a dělí se až od druhého roku na specializace Specializace 1: Analytická chemie,

Více

Automatizace v klinické mikrobiologii

Automatizace v klinické mikrobiologii Automatizace v klinické mikrobiologii 1Jaroslav Hrabák, 2Pavel Dřevínek 1Ústav mikrobiologie, Biomedicínské centrum, Lékařská fakulta a Fakultní nemocnice v Plzni, Univerzita Karlova 2Ústav lékařské mikrobiologie,

Více

PRODUKTY. Tovek Tools

PRODUKTY. Tovek Tools jsou desktopovou aplikací určenou k vyhledávání informací, tvorbě různých typů analýz a vytváření přehledů a rešerší. Jsou vhodné pro práci i s velkým objemem textových dat z různorodých informačních zdrojů.

Více

ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH Projekt ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH PŘIHLÁŠKA STUDENTSKÉHO PROJEKTU Název projektu: Návrh a implementace procesu zpracování dat, formát MzXML Uchazeč Hlavní řešitel

Více

1 Úvod 1.1 Vlastnosti programového vybavení (SW)

1 Úvod 1.1 Vlastnosti programového vybavení (SW) 1 Úvod 1.1 Vlastnosti programového vybavení (SW) - dávkové zpracování - omezená distribuce - zakázkový SW - distribuované systémy - vestavěná inteligence - laciný HW - vliv zákazníka 1950 1960 1970 1980

Více

Informace o studiu. Životní prostředí a zdraví Matematická biologie a biomedicína. studijní programy pro zdravou budoucnost

Informace o studiu. Životní prostředí a zdraví Matematická biologie a biomedicína. studijní programy pro zdravou budoucnost Informace o studiu Životní prostředí a zdraví Matematická biologie a biomedicína studijní programy pro zdravou budoucnost Proč RECETOX? Výzkumné centrum RECETOX poskytuje vzdělání v zajímavých oborech

Více

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo

Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu úloha II Jan Komárek, Gabriel Demo Adenin Struktura DNA Thymin 5 konec 3 konec DNA tvořena dvěmi řetězci orientovanými antiparalelně (liší se orientací

Více

INOVATIVNÍ KURZY IMUNOANALÝZY A ENDOKRINOLOGIE PRO VĚDECKÉ PRACOVNÍKY- PILOTNÍ ZKUŠENOSTI LÉKAŘSKÉ FAKULTY V PLZNI

INOVATIVNÍ KURZY IMUNOANALÝZY A ENDOKRINOLOGIE PRO VĚDECKÉ PRACOVNÍKY- PILOTNÍ ZKUŠENOSTI LÉKAŘSKÉ FAKULTY V PLZNI INOVATIVNÍ KURZY IMUNOANALÝZY A ENDOKRINOLOGIE PRO VĚDECKÉ PRACOVNÍKY- PILOTNÍ ZKUŠENOSTI LÉKAŘSKÉ FAKULTY V PLZNI RNDr. Marie Karlíková, PhD. Prof. MUDr. Ondřej Topolčan, CSc. Univerzita Karlova - Lékařská

Více

Zkušební okruhy k přijímací zkoušce do magisterského studijního oboru:

Zkušební okruhy k přijímací zkoušce do magisterského studijního oboru: Biotechnologie interakce, polarita molekul. Hydrofilní, hydrofobní a amfifilní molekuly. Stavba a struktura prokaryotní a eukaryotní buňky. Viry a reprodukce virů. Biologické membrány. Mikrobiologie -

Více

Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči

Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY IN PRAGUE Obsah prezentace ČSIM 2016 Mikrobiologická

Více

Tovek Tools. Tovek Tools jsou standardně dodávány ve dvou variantách: Tovek Tools Search Pack Tovek Tools Analyst Pack. Připojené informační zdroje

Tovek Tools. Tovek Tools jsou standardně dodávány ve dvou variantách: Tovek Tools Search Pack Tovek Tools Analyst Pack. Připojené informační zdroje jsou souborem klientských desktopových aplikací určených k indexování dat, vyhledávání informací, tvorbě různých typů analýz a vytváření přehledů a rešerší. Jsou vhodné pro práci s velkým objemem textových

Více

E-infrastruktura CESNET - partner výzkumné infrastruktury pro biologická data ELIXIR CZ

E-infrastruktura CESNET - partner výzkumné infrastruktury pro biologická data ELIXIR CZ E-infrastruktura CESNET - partner výzkumné infrastruktury pro biologická data ELIXIR CZ Life Science - od molekul k systému Slovník komponent Gramatika (interakce) Souvislosti a sítě (diagramy ) Atlas

Více

Systémy pro tvorbu digitálních knihoven

Systémy pro tvorbu digitálních knihoven Systémy pro tvorbu digitálních knihoven Vlastimil Krejčíř, krejcir@ics.muni.cz Ústav výpočetní techniky, Masarykova univerzita, Brno INFORUM 2006, Praha Obsah přednášky Úvod Fedora DSpace EPrints CDSware

Více

RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D. Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie

RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D. Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie RNDr. Ivo Rudolf, Ph.D. Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie Zaměření oboru: Oddělení mikrobiologie a molekulární biotechnologie výchova erudovaných mikrobiologů se širokou perspektivou

Více

Experimentální systém pro WEB IR

Experimentální systém pro WEB IR Experimentální systém pro WEB IR Jiří Vraný Školitel: Doc. RNDr. Pavel Satrapa PhD. Problematika disertační práce velmi stručný úvod WEB IR information retrieval from WWW, vyhledávání na webu Vzhledem

Více

ČESKÉ VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V PRAZE FAKULTA BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ STUDIJNÍ OBORY. přehled.

ČESKÉ VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V PRAZE FAKULTA BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ STUDIJNÍ OBORY. přehled. ČESKÉ VYSOKÉ UČENÍ TECHNICKÉ V PRAZE FAKULTA BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ STUDIJNÍ OBORY přehled www.fbmi.cvut.cz OBORY BAKALÁŘSKÉHO STUDIA PROGRAM: BIOMEDICÍNSKÁ A KLINICKÁ TECHNIKA Biomedicínský technik

Více

INDIKATIVNÍ TABULKA SE SEZNAMEM PŘÍJEMCŮ V RÁMCI OPERAČNÍHO PROGRAMU VZDĚLÁVÁNÍ PRO KONKURENCESCHOPNOST

INDIKATIVNÍ TABULKA SE SEZNAMEM PŘÍJEMCŮ V RÁMCI OPERAČNÍHO PROGRAMU VZDĚLÁVÁNÍ PRO KONKURENCESCHOPNOST INDIKATIVNÍ TABULKA SE SEZNAMEM PŘÍJEMCŮ V RÁMCI OPERAČNÍHO PROGRAMU VZDĚLÁVÁNÍ PRO KONKURENCESCHOPNOST ČÍSLO VÝZVY: 35 ČÍSLO A NÁZEV PRIORITNÍ OSY: 2 - TERCIÁRNÍ VZDĚLÁVÁNÍ, VÝZKUM A VÝVOJ ČÍSLO A NÁZEV

Více

Bioinformatika pro PrfUK 2003

Bioinformatika pro PrfUK 2003 Bioinformatika pro PrfUK 2003 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz http://bio.img.cas.cz/prfuk2003 What is Bioinformatics?---The

Více

Jakub Klímek Zlín

Jakub Klímek Zlín Jakub Klímek 16.3.2011 Zlín Hlavní zbraň SoSiReČR To, čím se portál odlišuje od tradičních sociálních sítí Facebook LinkedIn 16.3.2011 Jakub Klímek - Odborné profily SoSiReČR 2 Popis entit v rámci portálu

Více

Nové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku

Nové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY Obsah prezentace Historie, vývoj a trendy

Více

Představení e-infrastruktury CESNET Ing. Jan Gruntorád, CSc. ředitel CESNET, z.s.p.o. jan.gruntorad@cesnet.cz

Představení e-infrastruktury CESNET Ing. Jan Gruntorád, CSc. ředitel CESNET, z.s.p.o. jan.gruntorad@cesnet.cz Představení e-infrastruktury CESNET Ing. Jan Gruntorád, CSc. ředitel CESNET, z.s.p.o. jan.gruntorad@cesnet.cz Obsah 1. Cestovní mapa (Roadmap) České republiky velkých infrastruktur pro VaVaI 2. Projekty

Více

Tekuté biopsie u mnohočetného myelomu

Tekuté biopsie u mnohočetného myelomu Tekuté biopsie u mnohočetného myelomu Mgr. Veronika Kubaczková Babákova myelomová skupina ÚPF LF MU Pacientský seminář 11. května 2016, Brno Co jsou tekuté biopsie? Představují méně zatěžující vyšetření

Více

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství

Molekulární biotechnologie č.9. Cílená mutageneze a proteinové inženýrství Molekulární biotechnologie č.9 Cílená mutageneze a proteinové inženýrství Gen kódující jakýkoliv protein lze izolovat z přírody, klonovat, exprimovat v hostitelském organismu. rekombinantní protein purifikovat

Více

Synergické efekty VaVpI projektů na VŠB-TU Ostrava

Synergické efekty VaVpI projektů na VŠB-TU Ostrava Synergické efekty VaVpI projektů na VŠB-TU Ostrava Prof. Ing. Ivo Vondrák, CSc. VŠB - Technická univerzita Ostrava Fakulta elektrotechniky a informatiky www.it4innovations.eu 1 Obsah 1. Projekty VaVpI

Více

Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014

Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014 Co je to CEITEC? Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. Brno, 20. března 2014 Pět oborů budoucnosti, které se vyplatí studovat HN 28. 1. 2013 1. Biochemie 2. Biomedicínské inženýrství 3. Průmyslový design 4.

Více

Koncept odborného vzdělávání

Koncept odborného vzdělávání Koncept odborného vzdělávání Škola SPŠCH Pardubice (CZ) Oblast vzdělávání Odborné vzdělávání Zaměření (ŠVP) 1. Analytická chemie 2. Farmaceutické substance 3. Chemicko-farmaceutická výroba 4. Analýza chemických

Více

Genetická diverzita masného skotu v ČR

Genetická diverzita masného skotu v ČR Genetická diverzita masného skotu v ČR Mgr. Jan Říha Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Ing. Irena Vrtková 26. listopadu 2009 Genetická diverzita skotu pojem diverzity Genom skotu 30 chromozomu, genetická

Více

Řešení multicentrických klinických registrů

Řešení multicentrických klinických registrů Řešení multicentrických klinických registrů Daniel Klimeš, Petr Brabec, Vít Kandrnal Institut biostatistiky a analýz Masarykova univerzita, Brno 1 Obsah přednášky Definice pojmů Cíle klinických registrů

Více

Chytřejší Moravskoslezský kraj Strategie pro roky Akční plán pro roky

Chytřejší Moravskoslezský kraj Strategie pro roky Akční plán pro roky Chytřejší Moravskoslezský kraj Strategie pro roky 2017 2023 Akční plán pro roky 2017 2019 Expertní týmy Zpracoval: Ing. Jakub Unucka, MBA Datum: Náměstek hejtmana kraje 17. 8. 2017 Program setkání expertních

Více

Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok A) Molekulární genetika

Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok A) Molekulární genetika Atestace z lékařské genetiky inovované otázky pro rok 2017 A) Molekulární genetika 1. Struktura lidského genu, nomenklatura genů, databáze týkající se klinického dopadu variace v jednotlivých genech. 2.

Více

MetaCentrum Aplikace a jejich další podpora

MetaCentrum Aplikace a jejich další podpora MetaCentrum Aplikace a jejich další podpora Jan Kmuníček CESNET & ÚVT MU meta.cesnet.cz Obsah Obecná charakteristika Dostupné programy Licence Aplikační podpora Nové služby 2 Charakteristika Aplikace v

Více

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum Masarykova Univerzita Národní centrum pro výzkum biomolekul Národní centrum pro výzkum biomolekul & Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova Univerzita Přírodovědecká

Více

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? 6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? Pamatujete na to, co se objevilo v pracích Charlese Darwina a Alfreda Wallace ohledně vývoje druhů? Aby mohl mechanismus přírodního

Více

PŘÍLOHA C Požadavky na Dokumentaci

PŘÍLOHA C Požadavky na Dokumentaci PŘÍLOHA C Požadavky na Dokumentaci Příloha C Požadavky na Dokumentaci Stránka 1 z 5 1. Obecné požadavky Dodavatel dokumentaci zpracuje a bude dokumentaci v celém rozsahu průběžně aktualizovat při každé

Více

CERIT-SC reloaded. už se všichni těšíme. Seminář gridového počítání,

CERIT-SC reloaded. už se všichni těšíme. Seminář gridového počítání, CERIT-SC reloaded už se všichni těšíme Aleš Křenek Seminář gridového počítání, 30.3.2017 Bylo nebylo... 1994 založení Superpočítačového centra Brno 1996 superpočítač SGI Power Challenge 12 MIPS R10000

Více

Studium enzymatické reakce metodami výpočetní chemie

Studium enzymatické reakce metodami výpočetní chemie Studium enzymatické reakce metodami výpočetní chemie 2. kolo Petr Kulhánek, Zora Střelcová kulhanek@chemi.muni.cz CEITEC - Středoevropský technologický institut Masarykova univerzita, Kamenice 5, 625 00

Více

Možnosti spolupráce Masarykovy univerzity s aplikační sférou. prof. MUDr. Martin Bareš, Ph.D. prorektor pro rozvoj Masarykovy univerzity

Možnosti spolupráce Masarykovy univerzity s aplikační sférou. prof. MUDr. Martin Bareš, Ph.D. prorektor pro rozvoj Masarykovy univerzity Možnosti spolupráce Masarykovy univerzity s aplikační sférou prof. MUDr. Martin Bareš, Ph.D. prorektor pro rozvoj Masarykovy univerzity 1 Spolupráce univerzit s aplikační sférou TT (na bázi DV) + tzv.

Více

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ KATEDRA BIOLOGIE A EKOLOGIE BAKALÁŘSKÉ STUDIJNÍ PROGRAMY Experimentální Systematická Aplikovaná (prezenční, kombinovaná) Jednooborová Dvouoborová KATEDRA BIOLOGIE

Více

Kdo jsme. Centrum strukturní a funkční genomiky rostlin Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.

Kdo jsme. Centrum strukturní a funkční genomiky rostlin Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v.v.i. Kdo jsme Centrum strukturní a funkční genomiky rostlin Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v.v.i. Partner Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum v Olomouci (projekt OP VaVpI) Centrum

Více

WIDE AREA MONITORING SYSTEM (WAMS) METEL

WIDE AREA MONITORING SYSTEM (WAMS) METEL Synchronní měření Podpora pro Smart Grids AIS spol. s r.o. Brno WIDE AREA MONITORING SYSTEM (WAMS) METEL Profil společnosti AIS spol. s r.o.: Společnost AIS byla založena v roce 1990. Zaměstnanci společnosti

Více

SUPERPOČÍTAČOVÉ CENTRUM. Luděk Matyska

SUPERPOČÍTAČOVÉ CENTRUM. Luděk Matyska SUPERPOČÍTAČOVÉ CENTRUM Luděk Matyska Personální obsazení vedoucí zaměstnanci studenti Luděk Matyska ÚVT MU FI MU Laboratoř pokročilých síťových technologií Miroslav Ruda Aleš Křenek Zdeněk Salvet Ladislav

Více

Použití EGEE. v dalších vědeckých disciplínách. Jan Kmuníček podpora uživatelů a aplikací. Úvodní seminář EGEE, 26. října

Použití EGEE. v dalších vědeckých disciplínách. Jan Kmuníček podpora uživatelů a aplikací. Úvodní seminář EGEE, 26. října Úvodní seminář EGEE, 26. října 2004 Použití EGEE www.eu-egee.org v dalších vědeckých disciplínách Jan Kmuníček podpora uživatelů a aplikací EGEE je projekt financován Evropskou Unií (smlouva IST-2003-508833)

Více

Prostředky z projektu SPRINGER. Vklad členů časopisy a knihy (Computer Science Library)

Prostředky z projektu SPRINGER. Vklad členů časopisy a knihy (Computer Science Library) SPRINGER Prostředky z projektu Vklad členů časopisy a knihy (Computer Science Library) Projekt + členové bez DPH v měně měna v Kč s DPH Projekt měna v Kč s DPH členové mena v Kč s DPH 2009 864 887 EUR

Více

SMART GRID SYSTEM TECHNOLOGIE PRO ANALYTIKU A SPRÁVU ENERGETICKÝCH SÍTÍ. Představení společnosti Analyzátor sítě

SMART GRID SYSTEM TECHNOLOGIE PRO ANALYTIKU A SPRÁVU ENERGETICKÝCH SÍTÍ. Představení společnosti Analyzátor sítě ENERTIG SMART GRID SYSTEM TECHNOLOGIE PRO ANALYTIKU A SPRÁVU ENERGETICKÝCH SÍTÍ Představení společnosti Analyzátor sítě www.enertig.cz Kdo jsme Jsme česká společnost dodávající na trhy v České, Polské

Více

METACENTRUM. Miroslav Ruda CESNET. Konference CESNET, Praha

METACENTRUM. Miroslav Ruda CESNET. Konference CESNET, Praha METACENTRUM Miroslav Ruda CESNET Konference CESNET, Praha 29.1. 2019 MetaCentrum Dnes obecná přednáška představení, služby příklady spolupráce Zítra celodenní uživatelský seminář MetaCentra technické podrobnosti,

Více

Externí kontrola kvality sekvenačních analýz

Externí kontrola kvality sekvenačních analýz Externí kontrola kvality sekvenačních analýz Radka Bolehovská 1, Lenka Plíšková 2, Kateřina Hrochová 2 Úsek molekulární biologie, 1 Ústav klinické mikrobiologie 2 Ústav klinické biochemie a diagnostiky

Více

Koordinuje: Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. LIV. Akademické fórum, 18. 9. 2014

Koordinuje: Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. LIV. Akademické fórum, 18. 9. 2014 Koordinuje: Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. 1 Ústav fyziky materiálů, AV ČR, v. v. i. Zkoumat a objasňovat vztah mezi chováním a vlastnostmi materiálů a jejich strukturními charakteristikami Dlouholetá

Více

MetaCentrum. Aktuální stav anové služby

MetaCentrum. Aktuální stav anové služby MetaCentrum. Aktuální stav anové služby Jan Kmuníček CESNET meta.cesnet.cz Obsah Infrastruktura Služby výpočetní servis úložné kapacity síťová spojení prostředí pro spolupráci Aplikace Projekty Další vývoj

Více

Projekt DRG Restart Vývoj, aktuální stav a harmonogram projektu

Projekt DRG Restart Vývoj, aktuální stav a harmonogram projektu Projekt DRG Restart Vývoj, aktuální stav a harmonogram projektu Ing. Jan Linda 11. 10. 2017 DRG Restart vývoj Proč DRG Restart? DRG ano IR-DRG několik let v úhradách každý rok zásadní změny (DRG α, β,

Více

Srovnání implementace a využití systému Microsoft Project v rozdílném produkčním prostředí případová studie

Srovnání implementace a využití systému Microsoft Project v rozdílném produkčním prostředí případová studie Srovnání implementace a využití systému Microsoft Project v rozdílném produkčním prostředí případová studie 11.9.2012 Kateřina Rubišarová Martin Malčík Rožnov pod Radhoštěm Agenda Případová studie obecně

Více

Vývoj moderních technologií při vyhledávání. Patrik Plachý SEFIRA spol. s.r.o. plachy@sefira.cz

Vývoj moderních technologií při vyhledávání. Patrik Plachý SEFIRA spol. s.r.o. plachy@sefira.cz Vývoj moderních technologií při vyhledávání Patrik Plachý SEFIRA spol. s.r.o. plachy@sefira.cz INFORUM 2007: 13. konference o profesionálních informačních zdrojích Praha, 22. - 24.5. 2007 Abstrakt Vzhledem

Více

Modelov an ı biologick ych syst em u Radek Pel anek

Modelov an ı biologick ych syst em u Radek Pel anek Modelování biologických systémů Radek Pelánek Modelování v biologických vědách typický cíl: pomocí modelů se snažíme pochopit, jak biologické systémy fungují model zahrnuje naše chápání simulace ukazuje,

Více

Služby e-infrastruktury CESNET

Služby e-infrastruktury CESNET Služby e-infrastruktury CESNET CESNET Day Universita Karlova, 26. 5. 2016 Radovan Igliar, Tomáš Košňar CESNET z. s. p. o. Sdružení CESNET 1996 Založení veřejnými VŠ a AV ČR; od ČVUT převzalo provoz sítě

Více

MATEMATICKÁ BIOLOGIE

MATEMATICKÁ BIOLOGIE INSTITUT BIOSTATISTIKY A ANALÝZ Lékařská a Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita MATEMATICKÁ BIOLOGIE Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Brno Studijní obor Matematická biologie Masarykova

Více

Výpočetní zdroje v MetaCentru a jejich využití

Výpočetní zdroje v MetaCentru a jejich využití Výpočetní zdroje v MetaCentru a jejich využití Miroslav Ruda Cesnet a Masarykova Univerzita Praha, 2008 Miroslav Ruda (MetaCentrum) Výpočetní zdroje v MetaCentru Praha, 2008 1 / 9 Hardware I. jádro tvoří

Více

BMII. B i o m e d i c a l D a t a P r o c e s s i n g G r o u p

BMII. B i o m e d i c a l D a t a P r o c e s s i n g G r o u p BMII České vysoké učení technické v Praze Fakulta elektrotechnická Magisterský program Biomedicínské inženýrství a informatika na ČVUT FEL Praha Olga Štěpánková (Kat.kybernetiky), step@labe.felk.cvut.cz

Více