Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Rozměr: px
Začít zobrazení ze stránky:

Download "Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst"

Transkript

1 Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst David Hoksza, Radoslav Krivák SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita v Praze

2 Funkce proteinu Interakce s dalšími molekulami DNA RNA Proteiny Malé molekuly (ligandy) Určena strukturou Distribuce fyzikálně-chemických charakteristik v prostoru princip zámku a klíče 4

3 Protein-ligand interakce Aktivní místa (kapsy) Motivace Predikce funkce neznámého proteinu Identifikace potenciálních cílů pro léčiva Predikce vedlejších účinků léčiv 5

4 P2RANK Počítačová metoda (algoritmus) schopný identifikovat místa na povrchu proteinu, na které se může s vysokou pravděpodobností vázat nespecifikovaný ligand Vstup: počítačová reprezentace proteinové struktury Výstup: seznam míst na povrchu proteinu pravděpodobně schopných vázat ligand 6

5 Informatický pohled na protein Sekvence Řetěz aminokyselin lineární sekvence písmen (slovo) Struktura Pozice jednotlivých atomů v 3D prostoru Písmena reprezentují aminokyseliny (ARNDCEQGHILKMFPSTWYV) 7

6 P2RANK princip Využití informací o existujících aktivních místech pro rozpoznání typově podobných míst na neznámém proteinu Jak popsat rysy povrchu proteinu? Projekce fyzikálně chemických vlastností aminokyselin na povrch proteinu Jak určit kapsu na dosud neviděném proteinu? Strojové učení (s učitelem) Fáze učení: naučení modelu pro rozpoznání rysů bodů aktivních míst Fáze rozpoznávání: aplikace modelu na povrch neznámého proteinu 8

7 Algoritmus učící fáze 1. Získání známých protein-ligand komplexů 2. Potažení povrchů proteinů sítí bodů 3. Extrakce vektoru fyzikálně-chemických vlastností pro každý z bodů každého proteinu 4. Vybudování modelu, který pro daný bod (vektor) bude schopný určit, s jakou pravděpodobnostní je tento součástí kapsy = strojové učení 9

8 P2RANK - extrakce vlastností Okolo 30 atributů popisující fyzikálněchemické vlastnosti aminokyselin a lokálního okolí daného bodu < pc 1, pc 2,, pc n > 10

9 Strojové učení Skupina algoritmů schopných identifikovat (naučit se) vzory v datech a a tuto znalost aplikovat na dosud neviděných příkladech Klasifikace Regrese Shlukování Typy Strojové učení s učitelem (supervised learning) Strojové učení bez učitele (unsupervised learning) 11

10 12

11 Algoritmus fáze rozpoznávání 1. Potažení povrchu neznámého proteinu sítí bodů 2. Aplikace modelu pro každý bod sítě vazebné skóre bodu 3. Vypuštění bodů s nízkým vazebným skórem 4. Identifikace shluků vysoce skórujících bodů kapsa 5. Ohodnocení kapes součtem skór jejich bodů 14

12 Jaké znalosti jsou třeba pro vývoj P2RANKu? Základy biologie, proteomiky Znalost zdrojů biologických dat (PDB) Programování Pokročilá algoritmizace (strojové učení) Statistika 15

13 Bioinformatické projekty na KSI MFF UK Proteiny Podobnostní hledání proteinových struktur P3S Identifikací protein-ligand interakcí P2RANK Identifikace protein-protein interakcí Identifikace proteinových sekvencí ze spektrometrických dat - SIMTANDEM RNA Podobnost RNA struktur SETTER Predikce sekundární struktury RNA - rpredictor Malé molekuly Identifikace biologicky aktivních molekul explorací chemického prostoru - Molpher 16

14 Dotazy 17

VÝUKA studentů celkem 3 000 (bakaláři + magistři + doktorandi); 72 profesorů, 120 docentů

VÝUKA studentů celkem 3 000 (bakaláři + magistři + doktorandi); 72 profesorů, 120 docentů založena roku 1920 centrum výuky a výzkumu rozpočet v roce 2013 cca 1,114 miliardy Kč (zhruba 1:1 státní dotace a grantové prostředky) - z toho biologie má asi 1/3 (i v dalších parametrech) VÝUKA studentů

Více

ZÍSKÁVÁNÍ ZNALOSTÍ Z DATABÁZÍ

ZÍSKÁVÁNÍ ZNALOSTÍ Z DATABÁZÍ metodický list č. 1 Dobývání znalostí z databází Cílem tohoto tematického celku je vysvětlení základních pojmů z oblasti dobývání znalostí z databází i východisek dobývání znalostí z databází inspirovaných

Více

Úvodem Dříve les než stromy 3 Operace s maticemi

Úvodem Dříve les než stromy 3 Operace s maticemi Obsah 1 Úvodem 13 2 Dříve les než stromy 17 2.1 Nejednoznačnost terminologie 17 2.2 Volba metody analýzy dat 23 2.3 Přehled vybraných vícerozměrných metod 25 2.3.1 Metoda hlavních komponent 26 2.3.2 Faktorová

Více

Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B

Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B Doprovodný materiál k práci s přípravným textem Biologické olympiády 2014/2015 pro soutěžící a organizátory kategorie B Níže uvedené komentáře by měly pomoci soutěžícím z kategorie B ke snazší orientaci

Více

Cvičení z matematiky jednoletý volitelný předmět

Cvičení z matematiky jednoletý volitelný předmět Název předmětu: Zařazení v učebním plánu: Cvičení z matematiky O8A, C4A, jednoletý volitelný předmět Cíle předmětu Obsah předmětu je zaměřen na přípravu studentů gymnázia na společnou část maturitní zkoušky

Více

Pravidla a podmínky k vydání osvědčení o způsobilosti vykonávat aktuárskou činnost

Pravidla a podmínky k vydání osvědčení o způsobilosti vykonávat aktuárskou činnost Pravidla a podmínky k vydání osvědčení o způsobilosti vykonávat aktuárskou činnost (dále jen společnost) stanoví k vydání osvědčení o způsobilosti vykonávat aktuárskou činnost (dále jen osvědčení) následující

Více

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová

Počítačová chemie. výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů. Zora Střelcová Počítačová chemie výpočetně náročné simulace chemických a biomolekulárních systémů Zora Střelcová Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova univerzita, Kotlářská 2, 611 37 Brno, Česká Republika

Více

Fakulta chemicko-technologická

Fakulta chemicko-technologická Fakulta chemicko-technologická Katedra analytické chemie Katedra anorganické technologie

Více

úč úč ž ů ž Č Č č č ů ž úč č úč ť Ň č ú Ý č č Ú Ú ť ú č ď ů ž š úč ž úč úč ž ť ď ť ď ž ú č č úč š ž Ů č č ú úč ž ů ť úč ž ž ž Ů č ž ú č Š úč č Úč Č Č š ď š Š š Ó Ó ž ůč ú Ď ť ž ů ů č ů Č ů ž úč Ý č ž úč

Více

Tabulace učebního plánu

Tabulace učebního plánu Tabulace učebního plánu Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : Informační a výpočetní technika Ročník: 3. - 4. ročník (septima - oktáva) Tématická oblast DIGITÁLNÍ TECHNOLOGIE informatika hardware software

Více

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk MASARYKOVA UNIVERZITA V BRNĚ Přírodovědecká fakulta Ústav experimentální biologie Oddělení genetiky a molekulární biologie Interakce proteinu p53 s genomovou DNA v kontextu chromatinu glioblastoma buněk

Více

Vědecký tutoriál, část I. A Tutorial. Vilém Vychodil (Univerzita Palackého v Olomouci)

Vědecký tutoriál, část I. A Tutorial. Vilém Vychodil (Univerzita Palackého v Olomouci) ..! POSSIBILISTIC Laboratoř pro analýzu INFORMATION: a modelování dat Vědecký tutoriál, část I A Tutorial Vilém Vychodil (Univerzita Palackého v Olomouci) George J. Klir State University of New York (SUNY)

Více

Tabulace učebního plánu. Obecná chemie. Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : Ročník: 1.ročník a kvinta

Tabulace učebního plánu. Obecná chemie. Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : Ročník: 1.ročník a kvinta Tabulace učebního plánu Vzdělávací obsah pro vyučovací předmět : CHEMIE Ročník: 1.ročník a kvinta Obecná Bezpečnost práce Názvosloví anorganických sloučenin Zná pravidla bezpečnosti práce a dodržuje je.

Více

Uživatelská podpora v prostředí WWW

Uživatelská podpora v prostředí WWW Uživatelská podpora v prostředí WWW Jiří Jelínek Katedra managementu informací Fakulta managementu Jindřichův Hradec Vysoká škola ekonomická Praha Úvod WWW obsáhlost obsahová i formátová pestrost dokumenty,

Více

MATEMATICKÁ BIOLOGIE

MATEMATICKÁ BIOLOGIE INSTITUT BIOSTATISTIKY A ANALÝZ Lékařská a Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita MATEMATICKÁ BIOLOGIE Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Brno Studijní obor Matematická biologie Masarykova

Více

Biochemie Ch52 volitelný předmět pro 4. ročník

Biochemie Ch52 volitelný předmět pro 4. ročník Biochemie Ch52 volitelný předmět pro 4. ročník Charakteristika vyučovacího předmětu Vyučovací předmět vychází ze vzdělávací oblasti Člověk a příroda, vzdělávacího oboru Chemie. Mezipředmětové přesahy a

Více

Stanovení forem, termínů a témat profilové části maturitní zkoušky oboru vzdělání 78-42-M/01 Technické lyceum STROJNICTVÍ

Stanovení forem, termínů a témat profilové části maturitní zkoušky oboru vzdělání 78-42-M/01 Technické lyceum STROJNICTVÍ Stanovení forem, termínů a témat profilové části maturitní zkoušky oboru vzdělání 78-42-M/01 Technické lyceum STROJNICTVÍ 1. Mechanické vlastnosti materiálů 2. Technologické vlastnosti materiálů 3. Zjišťování

Více

StatSoft Úvod do neuronových sítí

StatSoft Úvod do neuronových sítí StatSoft Úvod do neuronových sítí Vzhledem k vzrůstající popularitě neuronových sítí jsme se rozhodli Vám je v tomto článku představit a říci si něco o jejich využití. Co si tedy představit pod pojmem

Více

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ

Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ Výuka genetiky na PřF OU K. MALACHOVÁ KATEDRA BIOLOGIE A EKOLOGIE BAKALÁŘSKÉ STUDIJNÍ PROGRAMY Experimentální Systematická Aplikovaná (prezenční, kombinovaná) Jednooborová Dvouoborová KATEDRA BIOLOGIE

Více

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum

Národní centrum pro výzkum biomolekul & MetaCentrum Masarykova Univerzita Národní centrum pro výzkum biomolekul Národní centrum pro výzkum biomolekul & Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Masarykova Univerzita Přírodovědecká

Více

Získávání znalostí z databází. Alois Kužela

Získávání znalostí z databází. Alois Kužela Získávání znalostí z databází Alois Kužela Obsah související pojmy datové sklady, získávání znalostí asocianí pravidla 2/37 Úvod získávání znalostí z dat, dolování (z) dat, data mining proces netriviálního

Více

Big Data a oficiální statistika. Unicorn College Open 24. dubna 2015 Doc. Ing. Marie Bohatá, CSc.

Big Data a oficiální statistika. Unicorn College Open 24. dubna 2015 Doc. Ing. Marie Bohatá, CSc. Big Data a oficiální statistika Unicorn College Open 24. dubna 2015 Doc. Ing. Marie Bohatá, CSc. Obsah příspěvku Charakteristiky Big Data Výzvy a úskalí z perspektivy statistiky Výzvy z perspektivy computing

Více

Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění

Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění Biomarkery - diagnostika a prognóza nádorových onemocnění O. Topolčan,M.Pesta, J.Kinkorova, R. Fuchsová Fakultní nemocnice a Lékařská fakulta Plzeň CZ.1.07/2.3.00/20.0040 a IVMZČR Témata přednášky Přepdpoklady

Více

Statistika. Regresní a korelační analýza Úvod do problému. Roman Biskup

Statistika. Regresní a korelační analýza Úvod do problému. Roman Biskup Statistika Regresní a korelační analýza Úvod do problému Roman Biskup Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích Ekonomická fakulta (Zemědělská fakulta) Katedra aplikované matematiky a informatiky 2008/2009

Více

Vícerozměrné metody. PSY117/454 Statistická analýza dat v psychologii Přednáška 12. Schematický úvod

Vícerozměrné metody. PSY117/454 Statistická analýza dat v psychologii Přednáška 12. Schematický úvod PSY117/454 Statistická analýza dat v psychologii Přednáška 12 Vícerozměrné metody Schematický úvod Co je na slově statistika tak divného, že jeho vyslovení tak často způsobuje napjaté ticho? William Kruskal

Více

Data Envelopment Analysis (Analýza obalu dat)

Data Envelopment Analysis (Analýza obalu dat) Data Envelopment Analysis (Analýza obalu dat) Martin Branda Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta Katedra pravděpodobnosti a matematické statistiky Optimalizace s aplikací ve financích

Více

NMR spektroskopie. Úvod

NMR spektroskopie. Úvod NMR spektroskopie Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem umístěným v silném magnetickém poli poskytuje

Více

Aminokyseliny, proteiny, enzymologie

Aminokyseliny, proteiny, enzymologie Aminokyseliny, proteiny, enzymologie Aminokyseliny Co to je? Organické látky karboxylové kyseliny, které mají na sousedním uhlíku navázanou aminoskupinu Jak to vypadá? K čemu je to dobré? AK jsou stavební

Více

Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii

Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii Diagnostické metody v lékařské mikrobiologii Výuková prezentace z: Lékařské mikrobiologie Jan Smíšek ÚLM 3. LF UK 2009 Princip identifikace Soubor znaků s rozdílnou diskriminační hodnotou Základní problémy

Více

Univerzita Hradec Králové Fakulta informatiky a managementu Katedra informačních technologií

Univerzita Hradec Králové Fakulta informatiky a managementu Katedra informačních technologií Univerzita Hradec Králové Fakulta informatiky a managementu Katedra informačních technologií Aplikace strojového učení v oblasti e-komerce Diplomová práce Autor: Pavel Vraný Studijní obor: aplikovaná informatika

Více

Teorie hybridizace. Vysvětluje vznik energeticky rovnocenných kovalentních vazeb a umožňuje předpovědět prostorový tvar molekul.

Teorie hybridizace. Vysvětluje vznik energeticky rovnocenných kovalentních vazeb a umožňuje předpovědět prostorový tvar molekul. Chemická vazba co je chemická vazba charakteristiky chemické vazby jak vzniká vazba znázornění chemické vazby kovalentní a koordinační vazba vazba σ a π jednoduchá, dvojná a trojná vazba polarita vazby

Více

Prezentace školy. 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj. Veřejná vysoká škola

Prezentace školy. 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj. Veřejná vysoká škola Prezentace školy 00216224 Masarykova univerzita Žerotínovo nám. 9, Brno, Jihomoravský kraj Veřejná vysoká škola Spolupráce MU s podniky Spolupráce s podniky Výzkum a vývoj Studenti Další vzdělávání Ostatní

Více

5.1.7 Informatika a výpočetní technika. Časové, obsahové a organizační vymezení. ročník 1. 2. 3. 4. hodinová dotace 2 2 0 0

5.1.7 Informatika a výpočetní technika. Časové, obsahové a organizační vymezení. ročník 1. 2. 3. 4. hodinová dotace 2 2 0 0 5.1.7 Informatika a výpočetní technika Časové, obsahové a organizační vymezení ročník 1. 2. 3. 4. hodinová dotace 2 2 0 0 Realizuje se vzdělávací obor Informatika a výpočetní technika RVP pro gymnázia.

Více

Úloha č.: I Název: Studium relativistických jaderných interakcí. Identifikace částic a určování typu interakce na snímcích z bublinové komory.

Úloha č.: I Název: Studium relativistických jaderných interakcí. Identifikace částic a určování typu interakce na snímcích z bublinové komory. Oddělení fyzikálních praktik při Kabinetu výuky obecné fyziky MFF UK PRAKTIKUM IV Úloha č.: I Název: Studium relativistických jaderných interakcí. Identifikace částic a určování typu interakce na snímcích

Více

Studium chemie na PřF UPOL. Mgr. Eva Schütznerová Katedra organické chemie

Studium chemie na PřF UPOL. Mgr. Eva Schütznerová Katedra organické chemie Studium chemie na PřF UPOL Mgr. Eva Schütznerová Katedra organické chemie Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého Olomouc Fakulty Město Olomouc 2 Přírodovědecká fakulta 3 Formy studia: prezenční kombinované

Více

SEMESTRÁLNÍ PRÁCE 3.5 Klasifikace analýzou vícerozměrných dat

SEMESTRÁLNÍ PRÁCE 3.5 Klasifikace analýzou vícerozměrných dat UNIVERZITA PARDUBICE FAKULTA CHEMICKO-TECHNOLOGICKÁ KATEDRA ANALYTICKÉ CHEMIE LICENČNÍ STUDIUM - STATISTICKÉ ZPRACOVÁNÍ DAT SEMESTRÁLNÍ PRÁCE Ing. Věra Fialová BIOPHARM VÝZKUMNÝ ÚSTAV BIOFARMACIE A VETERINÁRNÍCH

Více

Studium informatiky: přehled českých vysokých škol

Studium informatiky: přehled českých vysokých škol Živě, 27.02.2012 Studium informatiky: přehled českých vysokých škol [zive.cz; 25/02/2012; David Polesný, Ivan Kvasnica ; Zaradenie: zive.cz] Pokud uvažujete o studiu na vysoké škole, pomalu se vám krátí

Více

Přehled vhodných metod georeferencování starých map

Přehled vhodných metod georeferencování starých map Přehled vhodných metod georeferencování starých map ČVUT v Praze, katedra geomatiky 12. 3. 2015 Praha Georeferencování historická mapa vs. stará mapa georeferencování umístění obrazu mapy do referenčního

Více

Jak si udržet zákazníky a nabídnout jim co nejvíce?

Jak si udržet zákazníky a nabídnout jim co nejvíce? Jak si udržet zákazníky a nabídnout jim co nejvíce? 16. dubna 2010 Presentation title to go here Name of presenter Tradiční produktově orientovaný prodej 1. Produkt 2. Komu ho prodat? 3. Jak? 4. Koupě

Více

SLEDOVÁNÍ VÝSKYTU GENOTOXICKÝCH LÁTEK V POVODÍ ŘEKY SVRATKY V SOUVISLOSTI S URANOVÝM PRŮMYSLEM

SLEDOVÁNÍ VÝSKYTU GENOTOXICKÝCH LÁTEK V POVODÍ ŘEKY SVRATKY V SOUVISLOSTI S URANOVÝM PRŮMYSLEM SLEDOVÁNÍ VÝSKYTU GENOTOXICKÝCH LÁTEK V POVODÍ ŘEKY SVRATKY V SOUVISLOSTI S URANOVÝM PRŮMYSLEM Jana Badurová, Hana Hudcová, Radoslava Funková, Helena Mojžíšková, Jana Svobodová Toxikologická rizika spojená

Více

Informatika jako životní styl Matfyz jako životní názor

Informatika jako životní styl Matfyz jako životní názor Informatika jako životní styl Matfyz jako životní názor studuj-matfyz.cz/ 1 QR kód Proč studovat informatiku na Matfyzu? Příjemné studium Matfyz je výzva. Klíčem k úspěchu je vaše snaha, nikoli jedničky

Více

Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul

Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul Absorpční spektroskopie při biologické analýze molekul Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii Ctirad Hofr 8.11.2007 7 1 UV spektroskopie DNA a proteinů Všechny atomy absorbují v UV oblasti

Více

ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH Projekt ÚSTAV FYZIKÁLNÍ BIOLOGIE JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH PŘIHLÁŠKA STUDENTSKÉHO PROJEKTU Název projektu: Návrh a implementace procesu zpracování dat, formát MzXML Uchazeč Hlavní řešitel

Více

Dobývání znalostí z webu web mining

Dobývání znalostí z webu web mining Dobývání znalostí z webu web mining Web Mining is is the application of data mining techniques to discover patterns from the Web (Wikipedia) Tři oblasti: Web content mining (web jako kolekce dokumentů)

Více

Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto

Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, 566 01 Vysoké Mýto SUBSTITUČNÍ DERIVÁTY KARBOXYLOVÝCH O KYSELIN R C O X karboxylových kyselin - substituce na vedlejším uhlovodíkovém řetězci aminokyseliny - hydroxykyseliny

Více

STATISTIKA LS 2013. Garant předmětu: Ing. Martina Litschmannová, Ph.D. Přednášející: Ing. Martina Litschmannová, Ph.D.

STATISTIKA LS 2013. Garant předmětu: Ing. Martina Litschmannová, Ph.D. Přednášející: Ing. Martina Litschmannová, Ph.D. STATISTIKA LS 2013 Garant předmětu: Ing. Martina Litschmannová, Ph.D. Přednášející: Ing. Martina Litschmannová, Ph.D. Cvičící: Ing. Ondřej Grunt RNDr. Pavel Jahoda, Ph.D. Ing. Kateřina Janurová Mgr. Tereza

Více

MODELOVÁNÍ BONITY OBCÍ POMOCÍ KOHONENOVÝCH SAMOORGANIZUJÍCÍCH SE MAP A LVQ NEURONOVÝCH SÍTÍ

MODELOVÁNÍ BONITY OBCÍ POMOCÍ KOHONENOVÝCH SAMOORGANIZUJÍCÍCH SE MAP A LVQ NEURONOVÝCH SÍTÍ MODELOVÁNÍ BONITY OBCÍ POMOCÍ KOHONENOVÝCH SAMOORGANIZUJÍCÍCH SE MAP A LVQ NEURONOVÝCH SÍTÍ Vladimír Olej, Petr Hájek Univerzita Pardubice, Fakulta ekonomicko-správní, informatiky Ústav systémového inženýrství

Více

CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS DIGITAL IMAGE ANALYSIS OF ELECTROPHOEROGRAMS CZECH VERSION

CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS DIGITAL IMAGE ANALYSIS OF ELECTROPHOEROGRAMS CZECH VERSION CLP ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS DIGITAL IMAGE ANALYSIS OF ELECTROPHOEROGRAMS CZECH VERSION DIGITÁLNÍ OBRAZOVÁ ANALÝZA ELEKTROFORETICKÝCH GELŮ *** Vyhodnocování získaných elektroforeogramů: Pro vyhodnocování

Více

DBS Konceptuální modelování

DBS Konceptuální modelování DBS Konceptuální modelování Michal Valenta Katedra softwarového inženýrství FIT České vysoké učení technické v Praze Michal.Valenta@fit.cvut.cz c Michal Valenta, 2010 BIVŠ DBS I, ZS 2010/11 https://users.fit.cvut.cz/

Více

Projekt. Kultivace Seznamu zdravotních výkonů a vytvoření nezávislého SW pro jeho další údržbu a modelace

Projekt. Kultivace Seznamu zdravotních výkonů a vytvoření nezávislého SW pro jeho další údržbu a modelace Projekt Kultivace Seznamu zdravotních výkonů a vytvoření nezávislého SW pro jeho další údržbu a modelace je spolufinancován Evropskou unií z Evropského fondu pro regionální rozvoj. 1 Cíle projektu: zásadní

Více

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi

Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi. Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Metoda Live/Dead aneb využití fluorescenční mikroskopie v bioaugmentační praxi Juraj Grígel Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi Co je to vlastně ta fluorescence? Některé látky (fluorofory)

Více

Student si po a 1. ročníku podle svého osobního zaměření volí kurzy (předměty).

Student si po a 1. ročníku podle svého osobního zaměření volí kurzy (předměty). Aplikovaná informatika Akreditováno do: 31.10.2013 Délka studia: 3 roky Forma studia: Prezenční studium Předpokládaný počet studentů nastupujících do 1. ročníku: 60 Přijímací zkouška: bez přijímacích zkoušek

Více

Co nás učí nádory? Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Ústav patologie FN Brno Přírodovědecká a Lékařská fakulta MU Brno

Co nás učí nádory? Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Ústav patologie FN Brno Přírodovědecká a Lékařská fakulta MU Brno Co nás učí nádory? Prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc. Ústav patologie FN Brno Přírodovědecká a Lékařská fakulta MU Brno Brno, 17.5.2011 Izidor (Easy Door) Osnova přednášky 1. Proč nás rakovina tolik zajímá?

Více

Přínos k rozvoji klíčových kompetencí:

Přínos k rozvoji klíčových kompetencí: Střední škola hospodářská a lesnická, Frýdlant, Bělíkova 1387, příspěvková organizace Název modulu Informační a komunikační Kód modulu ICT-M-4/1-5 technologie Délka modulu 60 hodin Platnost 1.09.2010 Typ

Více

Modely vyhledávání informací 4 podle technologie. 1) Booleovský model. George Boole 1815 1864. Aplikace booleovské logiky

Modely vyhledávání informací 4 podle technologie. 1) Booleovský model. George Boole 1815 1864. Aplikace booleovské logiky Modely vyhledávání informací 4 podle technologie 1) Booleovský model 1) booleovský 2) vektorový 3) strukturní 4) pravděpodobnostní a další 1 dokumenty a dotazy jsou reprezentovány množinou indexových termů

Více

Centrum pro podporu konkurenceschopnosti v biomedicínských technologiích

Centrum pro podporu konkurenceschopnosti v biomedicínských technologiích Centrum pro podporu konkurenceschopnosti v biomedicínských technologiích TENTO PROJEKT JE SPOLUFINANCOVÁN EVROPSKÝM SOCIÁLNÍM FONDEM A STÁTNÍM ROZPOČTEM ČESKÉ REPUBLIKY x Jan Čermák, MEBIS s.r.o. Praha,

Více

Chemická vazba. Příčinou nestability atomů a jejich ochoty tvořit vazbu je jejich elektronový obal.

Chemická vazba. Příčinou nestability atomů a jejich ochoty tvořit vazbu je jejich elektronový obal. Chemická vazba Volné atomy v přírodě jen zcela výjimečně (vzácné plyny). Atomy prvků mají snahu se navzájem slučovat a vytvářet molekuly prvků nebo sloučenin. Atomy jsou v molekulách k sobě poutány chemickou

Více

Úvod do mobilní robotiky AIL028

Úvod do mobilní robotiky AIL028 md at robotika.cz http://robotika.cz/guide/umor07/cs 14. listopadu 2007 1 Diferenciální 2 Motivace Linearizace Metoda Matematický model Global Positioning System - Diferenciální 24 navigačních satelitů

Více

RÁMCOVÝ VZDĚLÁVACÍ PROGRAM PRO ZÍSKÁNÍ SPECIALIZOVANÉ ZPŮSOBILOSTI. v oboru KLINICKÉ INŽENÝRSTVÍ SE ZAMĚŘENÍM NA ANALÝZU A ZPRACOVÁNÍ BIOSIGNÁLŮ.

RÁMCOVÝ VZDĚLÁVACÍ PROGRAM PRO ZÍSKÁNÍ SPECIALIZOVANÉ ZPŮSOBILOSTI. v oboru KLINICKÉ INŽENÝRSTVÍ SE ZAMĚŘENÍM NA ANALÝZU A ZPRACOVÁNÍ BIOSIGNÁLŮ. RÁMCOVÝ VZDĚLÁVACÍ PROGRAM PRO ZÍSKÁNÍ SPECIALIZOVANÉ ZPŮSOBILOSTI v oboru KLINICKÉ INŽENÝRSTVÍ SE ZAMĚŘENÍM NA ANALÝZU A ZPRACOVÁNÍ BIOSIGNÁLŮ pro BIOMEDICÍNSKÉ INŽENÝRY 1. Cíl specializačního vzdělávání

Více

Znalostní báze pro obor organizace informací a znalostí

Znalostní báze pro obor organizace informací a znalostí Znalostní báze pro obor organizace informací a znalostí Představení projektu Programu aplikovaného výzkumu a vývoje národní a kulturní identity (NAKI) DF13P01OVV013 2013 2015 Helena Kučerová ÚISK FF UK

Více

Aktuální seznam nabízených kurzů

Aktuální seznam nabízených kurzů Aktuální seznam nabízených kurzů Název akce číslo akreditace hodinová dotace cena 1 Moodle pro pokročilé 3320/10-25-22 30 2100 2 Lidová řemesla a tradice v práci učitelů a vychovatelů 3320/10-25-22 30

Více

Zaměření IT Podnikání v IT

Zaměření IT Podnikání v IT Zaměření IT Podnikání v IT Nové zaměření Podnikání v IT VOŠ 11. září 2014 Autor: Mgr. Pavel Anderle Zaměření IT Podnikání v IT Nové zaměření Podnikání v IT Předpokládané uplatnění studenta Podnikání v

Více

Fenomén Big Data Pohled technický

Fenomén Big Data Pohled technický Fenomén Big Data Pohled technický Diribet / Q-DAS Konference Homo Digitalis, 2014-10-09 Motivace Běžná situace při rozhodování: Mám více dat, než jsem schopen zpracovat Mám pocit nedostatku informací Více

Více

Vysoká škola finanční a správní, o.p.s. KMK ML Marketing měst a obcí

Vysoká škola finanční a správní, o.p.s. KMK ML Marketing měst a obcí Marketing měst a obcí ZS 2009 Magisterské studium Garant předmětu:. Ing. M Vaňák Vyučující:.. Ing. M Vaňák Ing. V. Kunz, Ph.D. Typ studijního předmětu: povinný roč./sem.:.. 2/3 Rozsah studijního předmětu:..

Více

Vybrané partie z obrácených úloh. obrácených úloh (MG452P73)

Vybrané partie z obrácených úloh. obrácených úloh (MG452P73) Vybrané partie z obrácených úloh obrácených úloh (MG452P73) Obsah přednášky Klasifikace obrácených úloh a základní pojmy Lineární inverzní problém, prostor parametrů a dat Gaussovy transformace, normální

Více

Využití synchrotronového záření pro diagnostiku a vývoj nových léčiv

Využití synchrotronového záření pro diagnostiku a vývoj nových léčiv Využití synchrotronového záření pro diagnostiku a vývoj nových léčiv J.Hašek, ÚMCH AV ČR Zisky farmaceutických společností a společností využívajících biotechnologie činící mnoha miliard dolarů ročně jsou

Více

Biochemie. ochrana životního prostředí analytická chemie chemická technologie Forma vzdělávání: Platnost: od 1. 9. 2009 do 31. 8.

Biochemie. ochrana životního prostředí analytická chemie chemická technologie Forma vzdělávání: Platnost: od 1. 9. 2009 do 31. 8. Studijní obor: Aplikovaná chemie Učební osnova předmětu Biochemie Zaměření: ochrana životního prostředí analytická chemie chemická technologie Forma vzdělávání: denní Celkový počet vyučovacích hodin za

Více

Bioinformatika. hledání významu biologických dat. Marian Novotný. Friday, April 24, 15

Bioinformatika. hledání významu biologických dat. Marian Novotný. Friday, April 24, 15 Bioinformatika hledání významu biologických dat Marian Novotný Bioinformatika sběr biologických dat archivace biologických dat organizace biologických dat interpretace biologických dat 2 Biologové sbírají

Více

Dobývání a vizualizace znalostí

Dobývání a vizualizace znalostí Dobývání a vizualizace znalostí Olga Štěpánková et al. 1 Osnova předmětu 1. Dobývání znalostí - popis a metodika procesu a objasnění základních pojmů 2. Nástroje pro modelování klasifikovaných dat a jejich

Více

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření

Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií Praktický kurz Monitorování hladiny metalothioneinu po působení iontů těžkých kovů Vyhodnocení měření Vyučující: Ing. et Ing. David Hynek, Ph.D., Prof. Ing. René

Více

ú ú ú ú úč Š ú Š ú š Č š ú Š š Ř Ý Č ž Š ú Č ó ú ž š šť ž Š ž ž ž Š ž ú ó ž ú Š š š ú š Š Š Š ú ť ú š Š ú ú ú Ř Ý Á Š É š Č Ó Ó Ť Ě Ť š Ý Ů Č Š Ř Š Ě Ý š Č ó ó ú ď Á ó ž ú ž ú Ó Á Ý Á Á š Ť ť ť ť Ť š

Více

14 Úvod do plánování projektu Řízení projektu

14 Úvod do plánování projektu Řízení projektu 14 Úvod do plánování projektu Řízení projektu Plánování projektu Vývoj - rozbor zadání odhad pracnosti, doby řešení, nákladů,... analýza rizik strategie řešení organizace týmu PLÁN PROJEKTU 14.1 Softwarové

Více

Sylabus pro předmět Biochemie pro jakost

Sylabus pro předmět Biochemie pro jakost Sylabus pro předmět Biochemie pro jakost Kód předmětu: BCHJ Název v jazyce výuky: Biochemie pro Jakost Název česky: Biochemie pro Jakost Název anglicky: Biochemistry Počet přidělených ECTS kreditů: 6 Forma

Více

Obchodní akademie a Střední odborná škola generála Františka Fajtla, Louny, příspěvková organizace

Obchodní akademie a Střední odborná škola generála Františka Fajtla, Louny, příspěvková organizace školní vzdělávací program Obchodní akademie a Střední odborná škola generála Františka Fajtla, Louny, příspěvková organizace PLACE HERE Škola Název ŠVP, Osvoboditelů 380, 440 58 Louny Platnost ver.1 od

Více

Bankovní institut vysoká škola, a.s. Praha Karlovy Vary Písek Teplice Břeclav

Bankovní institut vysoká škola, a.s. Praha Karlovy Vary Písek Teplice Břeclav Bankovní institut vysoká škola, a.s. Kdo jsme? První soukromá vysoká škola Atraktivní studijní obory Univerzitní informační systém Skvělé zázemí a nejnovější technika Moderní bezbariérová budova Jsme součástí

Více

Univerzita Pardubice Chemicko-technologická fakulta Katedra analytické chemie

Univerzita Pardubice Chemicko-technologická fakulta Katedra analytické chemie Univerzita Pardubice Chemicko-technologická fakulta Katedra analytické chemie 12. licenční studium PYTHAGORAS Statistické zpracování dat 3.1 Matematické principy vícerozměrných metod statistické analýzy

Více

Portál IT komunity v ČR Kamil Matoušek, Jiří Kubalík ČVUT Praha

Portál IT komunity v ČR Kamil Matoušek, Jiří Kubalík ČVUT Praha Portál IT komunity v ČR Kamil Matoušek, Jiří Kubalík ČVUT Praha Projekt SoSIReČR SoSIReČR = Sociální síť informatiků v regionech České republiky Projekt je hrazen z rozpočtu Evropského sociálního fondu

Více

š ó ř ú ÚČ Í ř ČÍ ř š Č ř ú ú ž ž ó ž ř ů ž ř ž ř ž ů ž ů ň ž ů ů ů ů ů ž ř ů ř ú ú ž ž ř ž ž ž ň ř ů ř ň ň ř š ú ú ů ú ů ž ů ú ž ó ž ú ř ž ňš ř řš ž ř ú ú ž ž ň ř ů ř ž ř ř ř ž ž ú ř ú ú ž ú ř ů ů ř š

Více

ROZPOZNÁVÁNÍ S MARKOVSKÝMI MODELY

ROZPOZNÁVÁNÍ S MARKOVSKÝMI MODELY ROZPOZNÁVÁNÍ S MARKOVSKÝMI MODELY Václav Hlaváč Fakulta elektrotechnická ČVUT v Praze katedra kybernetiky, Centrum strojového vnímání hlavac@fel.cvut.cz, http://cmp.felk.cvut.cz/ hlavac 1/31 PLÁN PŘEDNÁŠKY

Více

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332

ZŠ ÚnO, Bratří Čapků 1332 Animovaná chemie Top-Hit Analytická chemie Analýza anorganických látek Důkaz aniontů Důkaz kationtů Důkaz kyslíku Důkaz vody Gravimetrická analýza Hmotnostní spektroskopie Chemická analýza Nukleární magnetická

Více

ď ž Č č č ě Ů š ž Ů Ů Ů ě Ů Ů ě ů Úč ě ě š Š ů Ů ú Ů ěž Ů ě ě Ů č ě Ů ÚČ Č ě č Úč č č š ě Ů ě ě úč č š č Č č Ů č č ÚČ ž š č ů č č Ž ň ž č ě ž ÚČ Č č č č š č ě Ú úč Ů ž ě š Ů ě Ů č š Ů č Í Ů č Ů ě č č ů

Více

Tomáš Karel LS 2012/2013

Tomáš Karel LS 2012/2013 Tomáš Karel LS 2012/2013 Doplňkový materiál ke cvičení z předmětu 4ST201. Na případné faktické chyby v této presentaci mě prosím upozorněte. Děkuji. Tyto slidy berte pouze jako doplňkový materiál není

Více

Ing. Pavel Reich, PA Consulting Group 31. října 2001

Ing. Pavel Reich, PA Consulting Group 31. října 2001 Řízení rizik v rozsáhlých projektech Ing. Pavel Reich, PA Consulting Group 31. října 2001 Riziko je vlastní každému snažení o úspěch Zisk bez rizika neexistuje Délka projektu Znalosti & zkušenosti Složitost

Více

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním

Více

KONTAKT. Ústav chemie přírodních látek. Fakulta potravinářské a biochemické technologie VŠCHT Praha, Technická 5, 166 28 Praha 6 Budova A, 2.

KONTAKT. Ústav chemie přírodních látek. Fakulta potravinářské a biochemické technologie VŠCHT Praha, Technická 5, 166 28 Praha 6 Budova A, 2. KONTAKT Fakulta potravinářské a biochemické technologie VŠCHT Praha, Technická 5, 166 28 Praha 6 Budova A, 2. patro Vedoucí ústavu: prof. Dr. RNDr. Oldřich Lapčík Sekretariát: Irena Dražilová Kontakt:

Více

Problematika ochrany KI vodné hospodárstvo v ČR

Problematika ochrany KI vodné hospodárstvo v ČR Faculty of Safety Engineering Fakulta bezpečnostního inženýrství Problematika ochrany KI vodné hospodárstvo v ČR Šárka Kročová Technická univerzita v Košiciach Strojnícka fakulta Březen 2014 Systémové

Více

Školní vzdělávací program pro gymnázium 79-41-K/81 GYMNÁZIUM 1/1

Školní vzdělávací program pro gymnázium 79-41-K/81 GYMNÁZIUM 1/1 79-41-K/81 GYMNÁZIUM 1/1 OBSAH 1.IDENTIFIKAČNÍ ÚDAJE 2.ZMĚNY 3.DODATKY 1/2 1. IDENTIFIKAČNÍ ÚDAJE Název ŠVP Školní vzdělávací program pro osmileté gymnázium 1) 1)Školní vzdělávací program pro osmileté

Více

Protokoly z projektových dnů na vysokých školách

Protokoly z projektových dnů na vysokých školách Podpora technického a přírodovědného vzdělávání v Pardubickém kraji reg. č. CZ.1.07/1.1.00/44.0012 KA11 (KA7) Dlouhodobá spolupráce středních škol a vysokých škol vedoucí k udržení/zvýšení zájmu žáků SŠ

Více

Tento materiál byl vytvořen v rámci projektu Operačního programu

Tento materiál byl vytvořen v rámci projektu Operačního programu Tento materiál byl vytvořen v rámci projektu Operačního programu Projekt MŠMT ČR Číslo projektu Název projektu Klíčová aktivita Vzdělávání pro konkurenceschopnost EU PENÍZE ŠKOLÁM CZ.1.07/1.4.00/21.3349

Více

Stanovení forem, termínů a témat profilové části maturitní zkoušky oboru vzdělání 23-41-M/01 Strojírenství STROJÍRENSKÁ TECHNOLOGIE

Stanovení forem, termínů a témat profilové části maturitní zkoušky oboru vzdělání 23-41-M/01 Strojírenství STROJÍRENSKÁ TECHNOLOGIE Stanovení forem, termínů a témat profilové části maturitní zkoušky oboru vzdělání 23-41-M/01 Strojírenství STROJÍRENSKÁ TECHNOLOGIE 1. Mechanické vlastnosti materiálů, zkouška pevnosti v tahu 2. Mechanické

Více

Numerické řešení variačních úloh v Excelu

Numerické řešení variačních úloh v Excelu Numerické řešení variačních úloh v Excelu Miroslav Hanzelka, Lenka Stará, Dominik Tělupil Gymnázium Česká Lípa, Gymnázium Jírovcova 8, Gymnázium Brno MirdaHanzelka@seznam.cz, lenka.stara1@seznam.cz, dtelupil@gmail.com

Více

Chemie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze. www.natur.cuni.cz/chemie

Chemie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze. www.natur.cuni.cz/chemie Chemie Chemie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze www.natur.cuni.cz/chemie 3 4 Jaká je moderní chemie? Chemie je už od dob svého vzniku jako vědního oboru nesmírně poutavá věda, která

Více

Návod pro programovatelný ovladač

Návod pro programovatelný ovladač Návod pro programovatelný ovladač Dálkáč General 4 Stars Začínáme Pro programování ovladače je nutné mít připojený IR převodník (programátor) do USB portu počítače a spustit software IR Programmable remote

Více

Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu

Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu Možnosti využití technologie DNA microarrays v predikci odpovědi na neoadjuvantní terapii u pacientů s karcinomem jícnu Srovnal J. 1, Cincibuch J. 2, Cwierkta K. 2, Melichar B. 2, Aujeský R. 3, Vrba R.

Více

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP

FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP FLUORESCENČNÍ MIKROSKOP na gymnáziu Pierra de Coubertina v Táboře Pavla Trčková, kabinet Biologie, GPdC Tábor Co je fluorescence Fluorescence je jev spočívající v tom, že některé látky (fluorofory) po

Více

Molekulární diagnostika

Molekulární diagnostika Molekulární diagnostika Odry 11. 11. 2010 Michal Pohludka, Ph.D. Buňka základní jednotka živé hmoty Všechny v současnosti známé buňky se vyvinuly ze společného předka, tedy buňky, která žila asi před 3,5-3,8

Více

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/34.0996 Šablona: III/2 č. materiálu: VY_32_INOVACE_CHE_412 Jméno autora: Třída/ročník: Mgr. Alena

Více

Určení předmětů, jejich formy a témata pro profilovou část maturitní zkoušky v roce 2011/12 v jarním i podzimním termínu

Určení předmětů, jejich formy a témata pro profilovou část maturitní zkoušky v roce 2011/12 v jarním i podzimním termínu Pokyn ředitele č. 9/2011 č. j. 495/2011/SSUP Určení předmětů, jejich formy a témata pro profilovou část maturitní zkoušky v roce 2011/12 v jarním i podzimním termínu Ředitel Střední školy uměleckoprůmyslové

Více

Přínos molekulární genetiky pro diagnostiku a terapii malignit GIT v posledních 10 letech

Přínos molekulární genetiky pro diagnostiku a terapii malignit GIT v posledních 10 letech Přínos molekulární genetiky pro diagnostiku a terapii malignit GIT v posledních 10 letech Minárik M. Centrum aplikované genomiky solidních nádorů (CEGES), Genomac výzkumný ústav, Praha XXIV. JARNÍ SETKÁNÍ

Více