Eukaryota: Rostlinněživočišná dichotomie

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Eukaryota: Rostlinněživočišná dichotomie"

Vít Hruda
před 8 lety
Počet zobrazení:

1 Eukaryota: Rostlinněživočišná dichotomie

2 Jak se vyznat v diverzitě eukaryot? Herbert Copeland, 1938 Gordon F. Leedale, 1974

3 Konec milénia: 71 taxonů s definovanou ultrastrukturní identitou, ovšem bez zjevných sesterských skupin Acantharea Pseudospora Luffisphaera Discocelis Ancyromonas Reticulomyxa Multicilia Entamoebidae Caecitellus Spironemidae Opisthokonta Glaucophyta Cercomonadida Sticholonche Paramyxea Gymnosphaerida Collodictyon Thaumatomonadida Phagodinium Heterolobosea Cryptomonadida Viridaeplantae Polycistinea Kathablepharida Diphylleia Komokiacea Actinophryida Diplomonadida Ramicristata Alveolata Microsporidia Rhodophyta Ebriida Ministeria Apusomonadida Ellobiopsida Retortamonadida Biomyxa Nephridiophagidae Rosette agent Euglenozoa Nucleariidae Carpediemonas Fonticula Spongomonadida Centroheliozoa Oxymonadida Stephanopogon Granuloreticulosa Parabasalida Chlorarachniophyta Gymnophrea Stramenopiles Coelosporidium Pelobiontida Telonema Haplosporida Phaeodarea Copromyxida Haptophyta Trimastix Cryothecomonas Phalansterium Vampyrellida Hyperamoeba Plasmodiophorida Desmothoracida Jakobida Xenophyophora Dimorphida Pseudodendromonadida...plus mnoho rodů s nejasnou ultrastrukturní identitou! David J. Patterson: The diversity of eukaryotes. American Naturalist 1999

Polycistinea Kathablepharida Diphylleia Komokiacea Actinophryida Diplomonadida Ramicristata Alveolata Microsporidia Rhodophyta Ebriida Ministeria Apusomonadida Ellobiopsida Retortamonadida Biomyxa

4 Koncept říše Archezoa - metodologický artefakt kombinovaný se špatnou znalostí buněčné biologie SSU rrna Archamoebae (říše) Archezoa Sogin ML (1991) Curr Opin Genet Dev 14:

5 Koncept eukaryotických superskupin Simpson AG and Roger AJ, Curr Biol 2004: The real 'kingdoms' of eukaryotes.

6 Rhizaria jen další skupina chromalveolát? Centrohelidi, telonemidi taky jen další skupiny chromalveolát? ML analýza, 127 proteinů Burki et al., 2009

7 Globální fylogeneze eukaryot dnes Adl et al., 2012

8 Opisthokonta Filasterea Ichthyosporea Metazoa Choanoflagellata Fungi Microsporidia Nuclearia

9 Synapomorfie opisthokont: Unikátní inzerce v EF1α Steenkamp et al., Mol Biol Evol 2006

10 Amoebozoa Phalansterium Arcellinida Myxogastria Amoeba proteus Mastigamoebida Entamoeba Dictyostelida Multicilia

11 Trimastix Excavata Oxymonadida Diplomonadida Heterolobosea Tsukubamonas globosa Carpediemonas Malawimonas Parabasala Euglenozoa Jakobida

12 suspension-feeding groove: morfologická synapomorfie exkavát Dysnectes brevis (Yubuki et al. 2007) Carpediemonas membranifera (Simpson 2003)

13 Synapomorfie spojující diplomonády a parabasalidy: horizontální transfer prolyl-trna synthetasy z archebakterií Andersson et al., 2005

14 Archaeplastida (Plantae) Glaucophyta Chlorophyta Chloroplastida nebo Viridiplantae Streptophyta Rhodophyta

15 Superskupina SAR Chlorarachniophyta Oomycota Actinophryidae Cercomonadida Apicomplexa Foraminifera Dinoflagellata Ciliophora Phaeophyceae

16 Zbylé linie eukaryot Collodictionida Breviatea Apusomonadida Ancyromonadida Mantamonas Rigifilida Hemimastigophora

17 Zbylé linie eukaryot Cryptophyta Microhelida Kathablepharida Haptophyta Palpitomonas bilix Picozoa Telonema Centrohelida

18 Putting orphan eukaryotic lineages in place 159 proteinů, PhyloBayes, CATGTR+Γ4 model Brown et al., 2013

19 Sekvenování environmentálních knihoven 18S rdna a dalších markerů neznámé taxony eukaryot na všech úrovních Příklad: Takishita et al diversita eukaryot v anoxickém mořském sedimentu Fylogeneze 18S rdna Str a m en op ile s

20 Kde leží kořen eukaryotické fylogeneze? Adl et al., 2012

21 Kořen eukaryot mezi Unikonta a Bikonta? Stechmann & Cavalier-Smith, Curr Biol 2003: The root of the eukaryote tree pinpointed...ale apusomonády sesterské k opistokontům, CS-DHO-ACT fůze i v některých bikontech

22 Myosiny třídy II: možná synapomorfie unikont...?...ale Naegleria je má taky!! Richards & Cavalier-Smith, Nature 2005 Odronitz & Kollmar, 2007

23 Kořen eukaryot mezi archeplastidy a zbytkem? RGC - rare genomic changes (A) RGC_CAM (B)- RGC_CA (C)- RGC_DEL (D)- RGC_INS Rogozin et al., 2009

24 Kořen eukaryot mezi Euglenozoa a zbytkem? CavalierSmith, 2010

25 Kořen mezi opistokonty a ostatními eukaryoty? Topologie minimalizující počet duplikací a ztrát genů v rámci 20 vybraných genových rodin Katz et al., Systematic Biology 2012

26 Ressurection of unikonts and bikonts? Phylogenomic analysis of 42 mitochondrial proteins Outgroup (sequences from αproteobacteria) not shown PhyloBayes, CAT model Derelle & Lang, 2012

27 Kořen mezi skupinou Excavata a zbytkem? He et al., Current Biology 2014: 37 proteinů, maximum likelihood Romain Derelle (osobní sdělení): tahle analýza je insane!

28 Solidification of the eukaryotic root Phylogenomic analysis of 54 mitochondrial proteins (15,227 aligned positions) α-proteobacterial outgroup (not shown) PhyloBayes, GTR model (plus bootstrap support values from a ML analysis) Derelle et al., unpublished

29 Implications of the new root: was the LECA an excavate flagellate?

30 Hypotetické megaskupiny eukarot DIAPHORETICKES (Corticata) AMORPHEA (Podiata) Adl et al., 2012

31 Tři domény živého...fajn, ale opravdu jsou všechny monofyletické? A kde je kořen? Ciccarelli et al., Science 2006

Podobné dokumenty

Evoluce (nejen) rostlinné buňky Martin Potocký laboratoř buněčné biologie ÚEB AV ČR, v.v.i. potocky@ueb.cas.cz http://www.ueb.cas.cz Evoluce rostlinné buňky Vznik a evoluce eukaryotních organismů strom