Metody studia historie populací. Metody studia historie populací

Podobné dokumenty
Metody studia historie populací. Metody studia historie populací. 1) Metody studiagenetickérozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky.

Mgr. et Mgr. Lenka Falková. Laboratoř agrogenomiky. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat Mendelova univerzita

Genetický polymorfismus

Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin

Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 12. Shrnutí,

Paleogenetika člověka

6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Molekulární genetika II zimní semestr 4. výukový týden ( )

Genetická diverzita masného skotu v ČR

MENDELOVSKÁ DĚDIČNOST

Genetické markery - princip a využití

Využití genetické rozmanitosti při identifikaci člověka

RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA

Crossing-over. over. synaptonemální komplex

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Crossing-over. Synaptonemální komplex. Crossing-over a výměna genetického materiálu. Párování homologních chromosomů

ší šířen VAZEBNÁ ANALÝZA Vazba genů

Genetika kvantitativních znaků. - principy, vlastnosti a aplikace statistiky

Metody studia historie populací

Genetická variabilita v populacích

Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/

Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.

Genetické markery, markery DNA

Mendelova genetika v příkladech. Genetické markery

Analýza DNA. Co zjišťujeme u DNA DNA. PCR polymerase chain reaction. Princip PCR PRINCIP METODY PCR

"Učení nás bude více bavit aneb moderní výuka oboru lesnictví prostřednictvím ICT ". Základy genetiky, základní pojmy

Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK

Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK

polymorfní = vícetvarý, mnohotvárný

Referenční lidský genom. Rozdíly v genomové DNA v lidské populaci. Odchylky od referenčního genomu. Referenční lidský genom.

Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/

Cvičeníč. 9: Dědičnost kvantitativních znaků; Genetika populací. KBI/GENE: Mgr. Zbyněk Houdek

Genetický polymorfismus

Genetické rozdíly mezi populacemi aneb něco o migracích a genovém toku. Genetické rozdíly mezi populacemi

3) Analýza mtdna mitochondriální Eva, kdy a kde žila. 8) Haploskupiny mtdna a chromozomu Y v ČR

Genotypy absolutní frekvence relativní frekvence

Metody studia historie populací

Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/

Genotypování markerů užitkovosti a zdraví u skotu

Analýza DNA. Co zjišťujeme u DNA

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Rozvoj vzdělávání žáků karvinských základních škol v oblasti cizích jazyků Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.1.07/

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

3) Analýza mtdna mitochondriální Eva, kdy a kde žila. 8) Haploskupiny mtdna a chromozomu Y v ČR

Co zjišťujeme u DNA ACGGTCGACTGCGATGAACTCCC ACGGTCGACTGCGATCAACTCCC ACGGTCGACTGCGATTTGAACTCCC

Genová vazba. Obr. č. 1: Thomas Hunt Morgan

Populační genetika II

Genotypování: Využití ve šlechtění a určení identity odrůd

Tok GI v buňce. Genetický polymorfizmus popis struktury populací. Organizace genetického materiálu. Definice polymorfismu

Seminář genotyp, fenotyp, krevní skupiny MONOHYBRIDISMUS

Mendelistická genetika

1. Téma : Genetika shrnutí Název DUMu : VY_32_INOVACE_29_SPSOA_BIO_1_CHAM 2. Vypracovala : Hana Chamulová 3. Vytvořeno v projektu EU peníze středním

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Základní pojmy obecné genetiky, kvalitativní a kvantitativní znaky, vztahy mezi geny

Dědičnost pohlaví Genetické principy základních způsobů rozmnožování

Kameyama Y. et al. (2001): Patterns and levels of gene flow in Rhododendron metternichii var. hondoense revealed by microsatellite analysis.

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

KBI / GENE Mgr. Zbyněk Houdek

Jak měříme genetickou vzdálenost a co nám říká F ST

IMUNOGENETIKA I. Imunologie. nauka o obraných schopnostech organismu. imunitní systém heterogenní populace buněk lymfatické tkáně lymfatické orgány

Genetické markery. pro masnou produkci. Mgr. Jan Říha. Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o.

Degenerace genetického kódu

Genetické mapování. v přírodních populacích i v laboratoři

Základy genetiky populací

MENDELOVA ZEMĚDĚLSKÁ A LESNICKÁ UNIVERZITA V BRNĚ Agronomická fakulta

Genetická variabilita. rostlinných populací

Mikrosatelity (STR, SSR, VNTR)

Charakterizace hybridních trav pomocí cytogenetických a molekulárních metod

Základy genetiky 2a. Přípravný kurz Komb.forma studia oboru Všeobecná sestra

Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/

AUG STOP AAAA S S. eukaryontní gen v genomové DNA. promotor exon 1 exon 2 exon 3 exon 4. kódující oblast. introny

Tomimatsu H. &OharaM. (2003): Genetic diversity and local population structure of fragmented populations of Trillium camschatcense (Trilliaceae).

Teorie neutrální evoluce a molekulární hodiny

Sylabus témat ke zkoušce z lékařské biologie a genetiky. Struktura, reprodukce a rekombinace virů (DNA viry, RNA viry), význam v medicíně

Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat

Genetická variabilita v populacích. Genetická variabilita v populacích. Populace. Populace. - je nástrojem studia popula ní (evolu ní) genetiky

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Hardy-Weinbergův zákon - cvičení

Aplikace DNA profilování na adna

MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE. 2. Polymerázová řetězová reakce (PCR)

P1 AA BB CC DD ee ff gg hh x P2 aa bb cc dd EE FF GG HH Aa Bb Cc Dd Ee Ff Gg Hh

Genetika přehled zkouškových otázek:

Chromosomy a karyotyp člověka

Co zjišťujeme u DNA ACGGTCGACTGCGATGAACTCCC ACGGTCGACTGCGATCAACTCCC ACGGTCGACTGCGATTTGAACTCCC

Genetika populací. KBI / GENE Mgr. Zbyněk Houdek

Fisher M. & al. (2000): RAPD variation among and within small and large populations of the rare clonal plant Ranunculus reptans (Ranunculaceae).

Teorie neutrální evoluce a molekulární hodiny

MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE - 4

Evoluce člověka a její modely

"Učení nás bude více bavit aneb moderní výuka oboru lesnictví prostřednictvím ICT ". Molekulární základy genetiky

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám

TEST: GENETIKA, MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE

Deoxyribonukleová kyselina (DNA)

ZÁKLADY BIOLOGIE a GENETIKY ČLOVĚKA

Zesouladení ( sjednocení ) poznatků genetiky a evolucionistických teorií

PŘÍLOHA č. 1 SEZNAM ZKRATEK A MYSLIVECKÝCH A GENETICKÝCH POJMŮ

DNA TECHNIKY IDENTIFIKACE ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ V KRMIVU A POTRAVINÁCH. Michaela Nesvadbová

Výuka genetiky na Přírodovědecké fakultě UK v Praze

Transkript:

1) Metody studia genetické rozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky. 2) Mechanizmy evoluce mutace, přírodní výběr, genový posun a genový tok 3) Anageneze x kladogeneze - co je vlastně druh 4) Dva příklady studia historie populací - historie irské populace - odštěpení člověka od lidoopů 5) Rozšíření zemědělství do Evropy migrace technologie nebo zemědělců (příklad užitečnosti genetických analýz)

řekneme si: - jaké genetická údaje lze získat analýzou žijících populací - co přesně znamenají - co nám říkají o genetické variabilitě (rozmanitosti) existující uvnitř a mezi žijícími populacemi - jak můžeme vysvětlit tuto variabilitu ve vztahu k evoluci ke studiu genetické rozmanitosti a evoluce člověka se používají geneticky podmíněné znaky některé z těchto znaků studujeme na - fenotypové úrovni - genotypové úrovni či dokonce na úrovni DNA sekvence zajímají nás přitom takové znaky, které jsou tzv. polymorfní a mají stupeň polymorfismu co nejvyšší

A) Studium rozmanitosti pomocí komplexních fenotypových znaků

A) Studium rozmanitosti pomocí komplexních fenotypových znaků antropologové po dlouho dobu používali právě takovéto znaky, především fyzického charakteru např. výška, barva kůže, morfologie lebky apod. využití takových znaků je ale značně problematické u těchto znaků neexistuje totiž jednoduchý vztah mezi fenotypem a genotypem, jsou ovlivněny také prostředím a často se mění v průběhu života jedince např. dva lidé se stejnou barvou kůže - mohou být zcela odlišných genotypů - kombinace genů však dává podobný fenotypový projev - vliv podobného prostředí způsobí podobný fenotyp - podobný fenotyp může být i v odlišném prostředím (tmavá kůže eskymáků) naopak odlišnost v barvě kůže vliv genů, prostředí nebo kombinace obou?

A) Studium rozmanitosti pomocí komplexních fenotypových znaků jiný znak - výška postavy se může velmi rychle měnit z generaci na generaci hlavním problémem těchto znaků je, že jsou extrémně plastické avšak dlouho dobu to byly jediné znaky, které bylo možné analyzovat na kosterních pozůstatcích Období antropometrie

A) Studium rozmanitosti pomocí komplexních fenotypových znaků tyto znaky byly předmětem studií např. Paula Brocy (kraniometrie), Francise Galtona (začal měřit celou řadu znaků, zneužito eugeniky) a dalších antropologů rozvoj antropometrie - zavedeny jsou metodiky pro měření konkrétních znaků lidského těla (výška, váha, distribuce tuku, šíře ramen, těla nebo jeho obvod), lebky a obličeje (craniometrie), kostry (osteometrie)

A) Studium rozmanitosti pomocí komplexních fenotypových znaků tyto znaky byly předmětem studií např. Paula Brocy (kraniometrie), Francise Galtona (začal měřit celou řadu znaků, zneužito eugeniky) a dalších antropologů rozvoj antropometrie - zavedeny jsou metodiky pro měření konkrétních znaků lidského těla (výška, váha, distribuce tuku, šíře ramen, těla nebo jeho obvod), lebky a obličeje (craniometrie), kostry (osteometrie) - další metody využívají měření znaků jako je barva kůže, velikost zubů nebo třeba vzorů otisku prstů

A) Studium rozmanitosti pomocí komplexních fenotypových znaků tyto znaky byly předmětem studií např. Paula Brocy (kraniometrie), Francise Galtona (začal měřit celou řadu znaků, zneužito eugeniky) a dalších antropologů rozvoj antropometrie - zavedeny jsou metodiky pro měření konkrétních znaků lidského těla (výška, váha, distribuce tuku, šíře ramen, těla nebo jeho obvod), lebky a obličeje (craniometrie), kostry (osteometrie) - další metody využívají měření znaků jako je barva kůže, velikost zubů nebo třeba vzorů otisku prstů lidská morfologie je sice závislá na genotypu, ale její variabilitu kontrolují desítky a možná stovky jednotlivých genů, což je druhý problém těchto znaků fyzická antropologie nutně potřebovala soubor proměnlivých znaků polymorfizmů s jednoduchým mendelovským typem dědičnosti

A) Studium rozmanitosti pomocí komplexních fenotypových znaků výhoda: vysoký polymorfizmus, obrovská rozmanitost nevýhoda: vliv prostředí důkazy upravuje = nepřesné závěry fyzická antropologie nutně potřebovala soubor proměnlivých znaků polymorfizmů s jednoduchým mendelovským typem dědičnosti

B) Studium rozmanitosti pomocí jednoduchých mendelovských znaků

B) Studium rozmanitosti pomocí jednoduchých mendelovských znaků antropologové při rekonstrukci historie populací postupem času začali využívat variabilitu dalších znaků (klasické markery), např.: - krevní skupiny - krevní proteiny a enzymy nejpoužívanější jsou asi skupiny AB0 systému 3 alely, jedna recesivní a dvě kodominantní dalšími jsou např. RH systém alela D = pozitivita, d = negativita další skupiny jako MN, Diego, Duffy, Lutheran, P, Lewis a další u krevních skupin s kodominantními alelami fenotyp = genotyp sledujeme variabilitu na genotypové úrovni - od roku 1960 hlavní roli přebírají krevní proteiny a enzymy identifikace polymorfizmů pomocí metodiky elektroforézy sledování genotypu jedince bylo mnohem snazší Nelze však použít při studiu vymřelých populací, jen u současných.

B) Studium rozmanitosti pomocí jednoduchých mendelovských znaků antropologové při rekonstrukci historie populací postupem času začali využívat variabilitu dalších znaků (klasické markery), např.: - krevní skupiny - krevní proteiny a enzymy výhoda: není vliv prostředí na projev znaku nevýhoda: nízký polymorfizmus, omezené množství těchto znaků

C) Studium rozmanitosti pomocí variability v DNA

C) Studium rozmanitosti pomocí variability v DNA DNA markery - odráží rozmanitost v sekvenci nukleotidů - RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphism) - polymorfizmus délky restrikčních fragmentů - vzniká v důsledku mutace ve štěpném místě restrikčního enzymu Štěpení restrikčními enzymy Zviditelnění pomocí sondy výhoda: vysoký polymorfizmus, obrovská rozmanitost nevýhoda: metoda je pracná a časově náročná

C) Studium rozmanitosti pomocí variability v DNA DNA markery - odráží rozmanitost v sekvenci nukleotidů Mikrosatelity - krátká několikanukleotidová opakování, polymorfizmus spočívá v počtu opakování, která se dědí jako mendelistický znak zviditelnění pomocí techniky PCR Namnožení pomocí PCR Zviditelnění pomocí elektroforézy výhoda: vysoký polymorfizmus, obrovská rozmanitost nevýhoda: rozmanitost jen v nekódujících opakujících se sekvencích

C) Studium rozmanitosti pomocí variability v DNA DNA markery - odráží rozmanitost v sekvenci nukleotidů Alu inzerce - polymorfizmus v Alu inzercích - asi 300 párů bazí dlouhá opakování, vyskytují se po celém genomu - u člověka je jich více než milion (asi 10 % genomu) - některé z nich jsou typické jen pro člověka (nevyskytují se u blízkých žijících příbuzných jako třeba u afrických opic)

C) Studium rozmanitosti pomocí variability v DNA DNA markery - odráží rozmanitost v sekvenci nukleotidů SNP - Single Nucleotide Polymorphism - jednonukleotidový polymorfizmus - pravděpodobně nejvariabilnější znak - v současnosti nejpoužívanější typ genetického znaku pro studium variability - v lidském genomu existuje již více než 200 000 SNP v genech a 10x více v nekódujících oblastech (potencionálně přes 10 milionů v genomu člověka; v NCBI v roce 2011 přes 60 milionů záznamů)

C) Studium rozmanitosti pomocí variability v DNA DNA markery - odráží rozmanitost v sekvenci nukleotidů Výhodou DNA markerů je možnost analyzovat rozmanitost nejen u současné DNA, ale i u adna. všechny tyto markery umožňují hledat malé rozdíly v sekvenci jednotlivých jedinců Budoucnost? dnes je snaha charakterizovat těchto sekvencí co možná nejvíce v budoucnu při studiu rozmanitosti analyzovat rozsáhlé sekvence až nakonec analyzovat celé genomy (maximální popis rozmanitosti)