Pravděpodobnost v genetické analýze a předpovědi

Podobné dokumenty
Cvičeníč. 9: Dědičnost kvantitativních znaků; Genetika populací. KBI/GENE: Mgr. Zbyněk Houdek

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Mendelistická genetika

Základy genetiky populací

Konzervační genetika INBREEDING. Dana Šafářová Katedra buněčné biologie a genetiky Univerzita Palackého, Olomouc OPVK (CZ.1.07/2.2.00/28.

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Hardy-Weinbergův zákon - cvičení

GENETIKA POPULACÍ ŘEŠENÉ PŘÍKLADY

Chromosomy a karyotyp člověka

Genotypy absolutní frekvence relativní frekvence

MENDELOVSKÁ DĚDIČNOST

Důsledky selekce v populaci - cvičení

a) Sledovaný znak (nemoc) je podmíněn vždy jen jedním genem se dvěma alelami, mezi kterými je vztah úplné dominance.

Selekce v populaci a její důsledky

12. Mendelistická genetika

Základy genetiky 2a. Přípravný kurz Komb.forma studia oboru Všeobecná sestra

Genetika kvantitativních znaků

Schopnost organismů UCHOVÁVAT a PŘEDÁVAT soubor informací o fyziologických a morfologických (částečně i psychických) vlastnostech daného jedince

Příbuznost a inbreeding

Mendelistická genetika

Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/

Cvičení č. 8. KBI/GENE Mgr. Zbyněk Houdek

Genetika BIOLOGICKÉ VĚDY EVA ZÁVODNÁ

Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/

Crossing-over. over. synaptonemální komplex

VYBRANÉ GENETICKÉ ÚLOHY II.

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Cvičeníč. 10 Dědičnost a pohlaví. Mgr. Zbyněk Houdek

Nauka o dědičnosti a proměnlivosti

Genetika zvířat - MENDELU

Geny p řevážně nepůsobí izolovan ě izolovan ale, v kontextu s okolním prostředím (vnitřním i vnějším) ě a v souladu souladu s ostatními g eny geny.

Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/

HLAVNÍ KREVNÍ SKUPINY ( AB0 SYSTÉM A RH FAKTOR) A JEJICH DĚDIČNOST

PRAKTIKUM Z OBECNÉ GENETIKY

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám

Barevné formy zebřiček a jejich genetika - část II. příklady

Základní genetické pojmy

Vazba genů I. I. ročník, 2. semestr, 11. týden Aleš Panczak, ÚBLG 1. LF a VFN

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Genetika mnohobuněčných organismů

ANALÝZA DAT V R 7. KONTINGENČNÍ TABULKA. Mgr. Markéta Pavlíková Katedra pravděpodobnosti a matematické statistiky MFF UK.

Genetické určení pohlaví

Tento výukový materiál vznikl za přispění Evropské unie, státního rozpočtu ČR a Středočeského kraje

Obecná genetika a zákonitosti dědičnosti. KBI / GENE Mgr. Zbyněk Houdek

Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/

Tomáš Karel LS 2012/2013

Molekulární genetika, mutace. Mendelismus

GENETICKÁ INFORMACE - U buněčných organismů je genetická informace uložena na CHROMOZOMECH v buněčném jádře - Chromozom je tvořen stočeným vláknem chr

( ) ( ) Nezávislé jevy I. Předpoklady: 9204

Genetika populací. KBI / GENE Mgr. Zbyněk Houdek

Základní pravidla dědičnosti - Mendelovy a Morganovy zákony

Kurz genetiky a molekulární biologie pro učitele středních škol

Deoxyribonukleová kyselina (DNA)


Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Varovné signály (Red flags) pro klinickou praxi vodítko pro zvýšené riziko genetické příčiny onemocnění u pacienta

Náhodný jev a definice pravděpodobnosti

GENETIKA Monogenní dědičnost (Mendelovská) Polygenní dědičnost Multifaktoriální dědičnost

Nondisjunkce v II. meiotickém dělení zygota

Mutace genu pro Connexin 26 jako významná příčina nedoslýchavosti

PRAVDĚPODOBNOST A JEJÍ UŽITÍ

Propojení výuky oborů Molekulární a buněčné biologie a Ochrany a tvorby životního prostředí. Reg. č.: CZ.1.07/2.2.00/

III/2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT

INTERAKCE NEALELNÍCH GENŮ POLYGENNÍ DĚDIČNOST

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám

a) 7! 5! b) 12! b) 6! 2! d) 3! Kombinatorika

V F 2. generaci vznikají rozdílné fenotypy. Stejné zabarvení značí stejný fenotyp.

INTERAKCE NEALELNÍCH GENŮ POLYGENNÍ DĚDIČNOST

Seminář genotyp, fenotyp, krevní skupiny MONOHYBRIDISMUS

Základní škola a Mateřská škola G.A.Lindnera Rožďalovice. Za vše mohou geny

Genetika populací. kvalitativních znaků

Projekt OPVK - CZ.1.07/1.1.00/ Matematika pro všechny. Univerzita Palackého v Olomouci

= oplození mezi biologicky příbuznými jedinci

MATEMATIKA III V PŘÍKLADECH

Pravděpodobnost a statistika (BI-PST) Cvičení č. 2

Informační a znalostní systémy

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

Degenerace genetického kódu

RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA

Genetika přehled zkouškových otázek:

- Zákl. metodou studia organismů je křížení (hybridizace)- rozmn. dvou vybraných jedinců, umožnuje vytváření nových odrůd rostlin a živočichů

II. ročník, zimní semestr 1. týden OPAKOVÁNÍ. Úvod do POPULAČNÍ GENETIKY

Počet chromosomů v buňkách. Genom

Crossing-over. Synaptonemální komplex. Crossing-over a výměna genetického materiálu. Párování homologních chromosomů

Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/

MONOHYBRIDISMUS a DIHYBRIDISMUS

Genetika kvantitativních znaků. - principy, vlastnosti a aplikace statistiky

Genetická determinace zbarvení vlasů u člověka. Genetická determinace zbarvení očí u člověka

Rozhodnutí / Skutečnost platí neplatí Nezamítáme správně chyba 2. druhu Zamítáme chyba 1. druhu správně

Dědičnost na úrovni organismu

Souhrnný test - genetika

VÝBĚR A JEHO REPREZENTATIVNOST

MONOHYBRIDISMUS a DIHYBRIDISMUS

BIO: Genetika. Mgr. Zbyněk Houdek

Glosář - Cestina. Odchylka počtu chromozomů v jádře buňky od normy. Např. 45 nebo 47 chromozomů místo obvyklých 46. Příkladem je trizomie 21

Základní pravidla dědičnosti

21. ČLOVĚK A DĚDIČNOST, GENETICKÁ PROMĚNLIVOST

Transkript:

Součástí genetického poradenství - rodokmen, rodinná anamnéza - výpočet pravděpodobnosti rizika - cytogenetické vyšetření sestavení karyotypu - dva pohledy na pravděpodobnost např.. pravděpodobnost 25 % - riziko narození postiženého potomka jeví se jako vysoká - riziko onemocnění zdá se nám relativně nízká zbývá přece ještě 75 %

Pravděpodobnost jevu A = p(a) Pravděpodobnost jevu B = p(b) např. vznik genotypu s určitou pravděpodobností, narození chlapce apod. 1) Jev A vylučuje jev B - vzájemně se vylučující jevy (narodí se buď chlapec nebo dívka) - pravděpodobnost, že nastane jeden nebo druhý jev je součtem jejich jednotlivých pravděpodobností p(a nebo B) = p(a) + p(b) pravidlo adice 2) Jev A nemá vliv na výskyt jevu B a naopak - jevy jsou nezávislé (v zygotě bude alela A i alela B) - pravděpodobnost jejich současného výskytu je násobkem jejich jednotlivých pravděpodobností p(a a B) = p(a) x p(b) pravidlo multiplikace

Vzorové příklady: 1) Pravděpodobnost shody dvou lidí v krevně-skupinovém systému AB0 Zastoupení krevních skupin AB0 v naší populaci: A: 41,5 % 0: 37,8 % B: 14,1 % AB: 6,6 % a) Pravděpodobnost shody v jednotlivých skupinách u dvou náhodně vybraných jedinců: A a A: 0,415 x 0,415 = 0,172 0 a 0: = 0,143 B a B: = 0,0199 AB a AB: = 0,0044 b) Pravděpodobnost shody v celém krevněskupinovém systému AB0: P = 0,172 + 0,143 + 0,0199 + 0,0044 = 0,339 asi 34 %, tedy každý 3. člověk má shodu

2) Předpokládejte, že jste genetický poradce. Rodiče se standardním fenotypem mají albinotické dítě a plánují, že budou mít další děti. Jestliže předpokládáme, že albinismus je autozomálně recesivní, co byste řekli rodičům o pravděpodobnosti, že: a) jedno dítě bude bez poruchy a druhé albinotické, jestliže se narodí v uvedeném pořadí. b) jedno dítě bude albinotické a druhé bez poruchy, bez ohledu na pořadí, v němž se narodí. a) Pravděpodobnost (NA): NA = 3/4 x 1/4 = 3/16 18,75 % b) Pravděpodobnost, že ze dvou dětí bude jedno albinotické a jedno zdravé: NA = 3/4 x 1/4 = 3/16 AN = 1/4 x 3/4 = 3/16 P = 3/16 + 3/16 = 6/16 = 3/8 37,5 %

3) Křížíme AaBbCc s AaBbCc, kde alely A, B, C jsou dominantní vůči a, b,c. Všechny tři geny vykazují volnou kombinaci. Jaký podíl potomstva bude heterozygotní pro všechny tři geny? P: AaBbCc x AaBbCc F 1 : jaký je podíl (AaBbCc) P: Aa x Aa P: Bb x Bb P: Cc x Cc F 1 : Aa F 1 : Bb F 1 : Cc p (Aa) = 1/2 p (Bb) = 1/2 p (Cc) = 1/2 p (AaBbCc) = 1/2 x 1/2 x 1/2 = 1/8

4) Křížíme AaBbCCDdEE s AabbCcDdee, kde všechny geny vykazují navzájem nezávislou kombinaci. Jaký bude podíl jedinců genotypu aabbccddee a kolik různých genotypů bude přítomno v potomstvu? P: AaBbCCDdEE x AabbCcDdee F 1 : p (aabbccddee) P: Aa x Aa Bb x bb CC x Cc Dd x Dd EE x ee F 1 : aa bb Cc dd Ee 1/4 1/2 1/2 1/4 1 p (aabbccddee) = 1/4 x 1/2 x 1/2 x 1/4 x 1 = 1/64 1,56 % Počet různých genotypů: 3 2 2 3 1 = 3 x 2 x 2 x 3 x 1 = 36

5) Jaká je pravděpodobnost, že v rodině se třemi dětmi budou všechny stejného pohlaví? p(ddd) = ½ x ½ x ½ = 1/8 p(ccc) = ½ x ½ x ½ = 1/8 Oba jevy se vzájemně vylučují, tedy pravděpodobnost že se narodí tři děti stejného pohlaví je 1/8 + 1/8 = 2/8 = 1/4??? P 2D + 1C p(ddc) = ½ x ½ x ½ = 1/8 p(dcd) = ½ x ½ x ½ = 1/8 p(cdd) = ½ x ½ x ½ = 1/8 p = 3/8

Celkově je distribuce pravděpodobností zastoupení pohlaví v rodině se 3 dětmi následující: DDD = (1/2) 3 = 1/8 DDC, DCD, CDD = 3 x (1/2) 2 x 1/2 = 3/8 CCD, CDC, DCC = 3 x (1/2) 2 x 1/2 = 3/8 CCC = (1/2) 3 = 1/8 celkem = 1,0 Obecně lze výpočet pro konkrétní kombinace zjednodušit, zobecnit pomocí rozvoje binomického výrazu (p + q) n, kde p pravděpodobnost narození děvčete = 1/2 q - pravděpodobnost narození chlapce = 1/2 n počet dětí tedy např. pro rodinu se 3 dětmi: (p + q) 3 = p 3 + 3p 2 q + 3pq 2 + q 3 3 děvčata 2D + 1C

Pro rodinu s 5 dětmi: (p + q) 5 = p 5 + 5p 4 q + 10p 3 q 2 + 10p 2 q 3 + 5pq 4 + q 5 3D + 2C 1D + 4C Např. vypočítej pravděpodobnost 2D + 3C a) v uvedeném pořadím jako p 2 q 3 = (1/2) 2 x (1/2) 3 = 1/32 (3,1 %) b) v jakémkoliv pořadí, zajímá nás jen poměr pohlaví 2:3 10p 2 q 3 = 10 (1/2) 2 x (1/2) 3 = 10/32 = 5/16 (31,25 %)??? Jak zjistím počet kombinací??? a) z Pascalova trojúhelníku b) pomocí faktoriálu

Zobecnění Je-li pravděpodobnost výskytu jevu (A) p a pravděpodobnost výskytu alternativního jevu (B) q, pak pravděpodobnost, že se v n-pokusech bude jev (A) vyskytovat s-krát a jev (B) t-krát, je: a) v určitém pořadí p s q t s + t = n p + q = 1 b) bez ohledu na pořadí (n!/s!t!)(p s q t ) např. 4A + 2B n = 6 Počet různých kombinací je: 6!/4!2! = 15 tedy p(4a a 2B) = 15p 4 q 2

6) Manželé heterozygotní v genu pro albinismus plánují čtyři děti. Jaká je pravděpodobnost, že tyto děti budou dvě albinotické a dvě zdravé bez ohledu na pořadí, v němž se narodí. P: Aa x Aa plánují 4 děti? 2A : 2N p (A) = 1/4 p (N) = 3/4 n = 4 s = 2 t = 2 (4! / 2! 2!) (1/4) 2 (3/4) 2 = 27/128 21 %

7) Vypočítejte pravděpodobnost, že křížení mezi dvěma heterozygoty dá přesně očekávaný fenotypový poměr dominantních fenotypů k recesivním 3:1. Předpokládejme, že chceme vědět, jak často by rodiny s osmi dětmi měly šest dětí s dominantním fenotypem a dvě děti s recesivním. 3A : 1a v rodinách s osmi dětmi 6A : 2a p (A) = 3/4 p (a) = 1/4 n = 8 s = 6 t = 2 (8! / 6! 2!) (3/4) 6 (1/4) 2 = 0,31 31 %

8) Pravděpodobnosti u dvojčat. A) Jaká je pravděpodobnost, že dvě dizygotická dvojčata budou mít stejné pohlaví? p (CC) = 1/2 x 1/2 =1/4 p (DD) = 1/2 x 1/2 =1/4 p = 1/4 + 1/4 = 2/4 = 1/2 B) Jaká je pravděpodobnost, že dvě monozygotická dvojčata budou mít stejné pohlaví?