SYLVIE SKALIČKOVÁ a, PAVEL KOPEL b, ONDŘEJ ZÍTKA b, LIBUŠE TRNKOVÁ b, VOJTĚCH ADAM a,b a RENÉ KIZEK a,b. Experimentální část. Úvod



Podobné dokumenty
Potenciometrie. Obr.1 Schema základního uspořádání elektrochemické cely pro potenciometrická měření

Oxid chloričitý z krystalické chemikálie

BIODEGRADACE POLYCHLOROVANÝCH BIFENYLŮ IMOBILIZOVANÝMI BUŇKAMI PSEUDOMONAS SP2

Protokol o testování systému glukometr měřící proužky Glukometr Contour PLUS

ZATÍŽENÍ SNĚHEM A VĚTREM

SEMESTRÁ LNÍ PRÁ CE. Licenč ní studium STATISTICKÉZPRACOVÁ NÍ DAT PŘ I KONTROLE A Ř ÍZENÍ JAKOSTI

Atomová absorpční spektroskopie (AAS) spektroskopie (AAS) spektroskopie (AAS) r Wolaston pozoroval absorpční čáry ve slunečním spektru

Měření hustoty kapaliny z periody kmitů zkumavky

PROUDĚNÍ V SEPARÁTORU S CYLINDRICKOU GEOMETRIÍ

Laboratoř Metalomiky a Nanotechnologií

Freecooling pro chlazení kapalin

T7TVO05 ODŽELEZOVÁNÍ A ODKYSELOVÁNÍ PODZEMNÍ VODY PROVZDUŠOVÁNÍ A FILTRACÍ

NÁVOD K POUŽITÍ HOŘČÍK 600 A KATALOGOVÉ ČÍSLO 104

Fraktální analýza tiskových struktur

PŘÍBALOVÝ LETÁK. ZAP TM Troponin I Test

I. M E T P R O D E S T

VYR-32 POKYNY PRO SPRÁVNOU VÝROBNÍ PRAXI - DOPLNĚK 6

Tab. 1 Podíl emisí TZL a SO₂ v krajích z celkového objemu ČR v letech 2003 až 2009 (v %)

Vzdělávací program pro obchodní partnery společnosti ROCKWOOL průvodce školením

Makroekonomie I. Přednáška 2. Ekonomický růst. Osnova přednášky: Shrnutí výpočtu výdajové metody HDP. Presentace výpočtu přidané hodnoty na příkladě

Test genotoxicity na cibuli (Allium cepa)

DYNAMICKÉ VÝPOČTY PROGRAMEM ESA PT

ZÁVAZNÉ STANOVISKO. Vyřizuje: Ing. Jana Kučerová tel.: fax:

Vlastnosti vody a její vliv na provoz parních elektrických zvlhčovačů

KOMISE EVROPSKÝCH SPOLEČENSTVÍ

NÚOV Kvalifikační potřeby trhu práce

Stanovení kyseliny mravenčí a citronové v kávě pomocí kapilární izotachoforézy

Metodika testování navazujících evidencí

VLASTNOSTI KANCELÁŘSKÉHO RECYKLOVANÉHO PAPÍRU

Pokyny k vyplnění Průběžné zprávy

- regulátor teploty vratné vody se záznamem teploty

Rozvoj vzdělávání žáků karvinských základních škol v oblasti cizích jazyků Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.1.07/

MODELOVÁNÍ CENOVÉ ELASTICITY POPTÁVKY PO VJEZDU NA AUTOBUSOVÉ NÁDRAŽÍ MODELLING OF PRICE DEMAND ELASTICITY FOR ENTRY TO BUS TERMINAL

Repeatery pro systém GSM

Podrobný postup pro doplnění Žádosti o dotaci prostřednictvím Portálu Farmáře. 1. kolo příjmu žádostí Programu rozvoje venkova ( )

Česká zemědělská univerzita v Praze Fakulta provozně ekonomická. Obor veřejná správa a regionální rozvoj. Diplomová práce

DODATEČNÉ INFORMACE Č. 4

Procesní elektroda pro ph a Redox CeraGel P CPS 71/72

ZPRÁVA O HODNOCENÍ MNOŽSTVÍ A JAKOSTI PODZEMNÍCH VOD V OBLASTI POVODÍ ODRY ZA ROK 2005

Principy normativního rozpisu rozpočtu přímých výdajů RgŠ územních samosprávných celků na rok 2015 Č.j. MSMT-33071/2014

Příloha k průběžné zprávě za rok 2015

ANALÝZA ZAJIŠTĚNÝCH FONDŮ

Modifikace uhlíkové pastové elektrody pro stanovení stříbrných iontů

STANOVISKO č. STAN/1/2006 ze dne

QRS DETEKTOR V PROSTŘEDÍ SIMULINK

Příprava materiálu byla podpořena projektem OPPA č. CZ.2.17/3.1.00/33253

Jednostupňové hořáky na lehký topný olej

Navařování korozivzdorných trvrdonávarů pro rotační díly plunžrů hydraulických lisů. Zbyněk Bunda

Vliv regionálních rozdílů ve finanční dostupnosti bydlení na migraci za prací

Nukleové kyseliny. Struktura DNA a RNA. Milada Roštejnská. Helena Klímová

Tel/fax: IČO:

téma: Formuláře v MS Access

Ekonomika AOS a vliv nové legislativy

Termostatický směšovací ventil Technický popis. Max. pracovní tlak: 1 MPa = 10 bar

KLÍČE KE KVALITĚ (METODIKA II)

Univerzita Pardubice

269/2015 Sb. VYHLÁŠKA

AXIon NÁVOD K OBSLUZE

Co najdete v ASPI? (pro uživatele SVI FSE UJEP)

SC 61 detektor kovů baterie 9V (PP3) dobíjecí NI Mh baterie (volitelné příslušenství) nabíječka (volitelné příslušenství)

Vyřizuje: Tel.: Fax: Datum: Oznámení o návrhu stanovení místní úpravy provozu na místní komunikaci a silnici

MEMBRÁNY AMPEROMETRICKÝCH SENSORŮ

PRAKTIKUM... Oddělení fyzikálních praktik při Kabinetu výuky obecné fyziky MFF UK. Odevzdal dne: Seznam použité literatury 0 1. Celkem max.

VYUŽITÍ NEURONOVÝCH SÍTÍ PROSTŘEDÍ MATLAB K PREDIKCI HODNOT NÁKLADŮ PRO ELEKTRICKÉ OBLOUKOVÉ PECE

Možnosti zavedení jednotné metodiky m ení korozní rychlosti na kovových úložných za ízeních.

Indoor navigace Assisted GPS

Zpráva o provozu spalovny environmentální profil za rok 2003

ZKOUŠKA SPOLUSPALOVÁNÍ BIOPALIVA A ČERNÉHO UHLÍ

AMC/IEM HLAVA B PŘÍKLAD OZNAČENÍ PŘÍMOČARÉHO POHYBU K OTEVÍRÁNÍ

224 der Beilagen XXIII. GP - Staatsvertrag - 22 Eigenmittelbeschluss tschech. (CS) (Normativer Teil) 1 von 5 ROZHODNUTÍ RADA

EDSTAVENÍ ZÁZNAMNÍKU MEg21

15% ENERGETICKY ÚSPORNÉ otopné těleso. úspora 03/2015

VYUŽITÍ DISPEĆINKU PRO SNIŽOVÁNÍ ZTRÁT VODY

METODIKA PRO NÁVRH TEPELNÉHO ČERPADLA SYSTÉMU VZDUCH-VODA

1 Indikátory pro monitoring a evaluaci

Analytická chemie předběžné zkoušky

Západní město Stodůlky, Administrativní dům A2 plynovod 1.etapa

Analýza oběžného kola

Soli. ph roztoků solí - hydrolýza

Zapojení horního spína e pro dlouhé doby sepnutí III

Kritéria zelených veřejných zakázek v EU pro zdravotnětechnické armatury

STÍRÁNÍ NEČISTOT, OLEJŮ A EMULZÍ Z KOVOVÝCH PÁSŮ VE VÁLCOVNÁCH ZA STUDENA

Návod k instalaci a obsluze

3 nadbytek. 4 bez starostí

Název: Šumivá tableta

Finan ní zpráva 1.Zp sob financování innosti a struktura finan ních zdroj vícezdrojovém 2.Zdroje p íjm CPDM, o.p.s. eský Krumlov v roce 2006 z rozpo

NÁVRHOVÝ PROGRAM VÝMĚNÍKŮ TEPLA FIRMY SECESPOL CAIRO PŘÍRUČKA UŽIVATELE

Role malých pr ojektů pr o udr žitelný rozvoj České rafinérské, a.s.

Oblastní stavební bytové družstvo, Jeronýmova 425/15, Děčín IV

Technické podmínky a návod k použití detektoru GC20R

KOMISE EVROPSKÝCH SPOLEČENSTVÍ. Návrh ROZHODNUTÍ RADY

Inovace bakalářského studijního oboru Aplikovaná chemie CZ.1.07/2.2.00/

MOŽNOSTI VÝROBY SOCHORŮ MALÝCH KRUHOVÝCH PRŮMĚRŮ V ArcelorMittal Ostrava a.s. Ladislav VÁLEK, Radim PACHLOPNÍK, Jan PASTOREK, Aleš MAREK

usnesení o nařízení elektronického dražebního jednání (dražební vyhláška)

Koncepce rozvoje Polytematického strukturovaného hesláře (PSH)

Platné znění části zákona s vyznačením navrhovaných změn

EURO-ŠARM SPOL. S R.O. Přehled produktů s návody k použití

Dodávka a montáž výměníkové stanice tepla objektu F na akci Obytný soubor Beranových, Praha 18 Letňany

Číslicová technika 3 učební texty (SPŠ Zlín) str.: - 1 -

Transkript:

NANOČÁSTICEMI MODIFIKOVANÁ ELEKTRODA ZE SKELNÉHO UHLÍKU V MIKROPRŮTOKOVÉM USPOŘÁDÁNÍ PRO ANALÝZU NUKLEOVÝCH KYSELIN OBSAHUJÍCÍCH OPAKOVANÉ SEKVENCE ADENINU SYLVIE SKALIČKOVÁ a, PAVEL KOPEL b, ONDŘEJ ZÍTKA b, LIBUŠE TRNKOVÁ b, VOJTĚCH ADAM a,b a RENÉ KIZEK a,b a Ústav chemie a biochemie, Agronomická fakulta, Mendelova univerzita v Brně, Zemědělská 1, 613 00 Brno, b Středoevropský technologický institut, Vysoké učení technické v Brně, Technická 10, 616 00 Brno vojtech.adam@mendelu.cz Došlo 15.4.13, přepracováno 25.3.14, přijato 9.10.14. Klíčová slova: adenin, elektrochemická detekce, elektroda ze skelného uhlíku, nanočástice, mikroprůtokový systém Nukleové kyseliny jsou složeny z purinových (adenin, guanin) a pyrimidinových bází (cytosin, tymin, uracil), které jsou v primárním řetězci vázány fosfodiesterovou vazbou a mezi řetězci jsou navzájem spojeny vodíkovými můstky na základě jejich komplementarity 1. Změny v jejich řetězci jako mutace či ztráta některých z vnitřních oblastí chromosomu mohou být asociovány s onemocněními způsobenými oxidativním stresem 2,3. Elektrochemické metody patří mezi vhodné nástroje pro sledování těchto strukturálních změn 4,5, které vynikají jednoduchou instrumentací, manipulací se vzorkem, možností miniaturizace 6,7, a v neposlední řadě se vyznačují vysokou citlivostí a selektivitou v oblasti detekce nukleových kyselin. Pro dosažení ještě vyšší citlivosti a selektivity mohou být elektrody modifikovány různými materiály včetně pokročilých nanomateriálů 8 11. V literatuře je popsána modifikace uhlíkové elektrody uhlíkovými nanotrubičkami 12, multistěnnými uhlíkovými nanotrubičkami, zlatými nanočásticemi i měďnými ionty 13, kdy všechny zmíněné modifikace snížily meze detekce nukleových kyselin a zvětšily lineární dynamický rozsah. V roce 2012 byla publikována studie modifikace uhlíkové elektrody oxidem měďnatým pro analýzu guaninu a adeninu. Imobilizovaný film oxidu mědi usnadňuje elektronovou výměnu mezi purinovými bázemi a povrchem elektrody a tak usnadňuje oxidaci purinových bází 14. Tato práce je zaměřena na optimalizaci elektrochemické detekce a modifikace pracovní elektrody ze skelného uhlíku (GC) nanočásticemi sulfidu měďnatého (CuS) pro detekci adeninu pomocí injekční analýzy v zastaveném průtoku (SFIA). Experimentální část Chemikálie Adenin byl zakoupen od firmy MP Biomedicals (Německo). Oligonukleotidy (A 3, A 5, A 8), CuCl 2, NaH 2 PO 4, Na 2 HPO 4, KCl, NaOH, Cu(CH 3 COO) 2 H 2 O, C 4 H 6 O 4 S, NH 4 OH, Na 2 S 9H 2 O, methanol a voda byly zakoupeny v ACS čistotě od firmy Sigma-Aldrich s r.o. (Česká republika). Příprava CuS nanočástic CuS nanočástice byly připraveny rozpuštěním octanu měďnatého Cu(CH 3 COO) 2 H 2 O (0,02 g; 0,1 mm) v ACS vodě. Následně byla přidána merkaptojantarová kyselina (0,08 g; 0,53 mm). Poté byla směs míchána 30 min při laboratorní teplotě až do rozpuštění merkaptojantarové kyseliny. Ke vzniklému roztoku bylo přidáno 0,5 ml 1 M NH 4 OH za vzniku žlutého roztoku. Dále byl přidán Na 2 S 9H 2 O (0,012 g, 0,05 mm) v 24,5 ml ACS vody. Tak- Úvod Obr. 1. Mikroprůtokový systém injekční analýzy v zastaveném průtoku. Tento systém byl složen z (a) nástřikové pumpy, (b) nástřikového ventilu, (c) elektrochemické cely, (d) dvoupozičního tříkanálového ventilu a (e) minipotenciostatu 298

to připravená směs byla přes noc míchána při laboratorní teplotě a následně uchována v temnu při 4 C. Mikroprůtokový systém Pro elektrochemickou detekci adeninu byl použit mikrofluidní systém SFIA. Tento systém byl složen z programovatelné nástřikové pumpy (Model evol, SGE Analytical Science Pty Ltd, Austrálie), tříkanálového dvoupozičního ventilu (Valco, Instruments Co. Inc, USA), dávkovací kapiláry, která přímo vstupovala do elektrochemické průtokové cely (CH Instruments, Inc., USA) a prototyp miniaturizovaného potenciostatu (910 PSTAT mini (Metrohm, Švýcarsko). Celý systém je zobrazen na obr. 1. Elektrochemický detektor byl složen z uhlíkové pracovní elektrody, platinové pomocné elektrody a Ag/AgCl 3 M KCl referentní elektrody. Pomocí automatické pipety byl do průtokové elektrochemické cely o objemu 500 nl dávkován vzorek. Elektrochemická cela byla vždy po každé analýze promyta 200 l 50% methanolu a stabilizována 200 l elektrolytu 0,5 M PBS, ph 7 (Na 2 HPO 4 12H 2 O, NaH 2 PO 4 2H 2 O, NaCl). Elektrochemická detekce byla provedena pomocí diferenční pulzní voltametrie (DPV). Data byla zpracována programem PSTAT 1,0 (Metrohm, Švýcarsko). Parametry DPV analýzy byly: počáteční potenciál 0 V; konečný potenciál 1,8 V; potenciálový krok 0,015 V; amplituda 0,1 V; rychlost skenu 0,07 V/s; perioda pulsu 200 s a čas klidu 20 s. Stacionární systém Pro porovnání výsledků získaných pomocí SFIA systému (obr. 1) byla elektrochemická analýza provedena pomocí klasického stacionárního elektrochemického systému, který obsahoval standardní elektrochemickou celu s tříelektrodovým zapojením a minipotenciostat 910 PSTAT mini (Metrohm, Švýcarsko). Jako referentní elektroda byla použita Ag/AgCl/3 M KCl, jako pracovní elektroda ze skelného uhlíku a jako pomocná elektroda rovněž ze skelného uhlíku. Pro vyhodnocení dat byl použit program PSTAT 1.0 (Metrohm). 0,5 M PBS pufr (Phosphate buffer saline, fosfátový pufr s přídavkem NaCl) byl použit jako elektrolyt, který byl po každé analýze vyměněn. Parametry DPV byly: počáteční potenciál 0 V; konečný potenciál 1,8 V; potenciálový krok 0,015 V; amplituda 0,1 V; rychlost skenu 0,07 V/s; perioda pulsu 200 s a čas ekvilibrace 20 s. Modifikace pracovní elektrody Pro modifikaci uhlíkové pracovní elektrody byl do elektrochemické cely dávkován 0,1 mm KCl s přídavkem 200 M CuS nanočástic. Následně bylo provedeno elektrochemické pokrytí (deponace) při 0,4 V po dobu 200 s. Pro vytvoření oxidu byl do elektrochemické cely nadávkován 0,1 M NaOH a bylo provedeno 20 skenů cyklické voltametrie od 2 do 0,4 V s rychlostí skenu 0,1 V/s. Hydrolýza pomocí mikrovlnného rozkladu Hydrolýza oligonukleotidů tvořených řetězci adeninu (délka řetězce 3, 5 a 8 molekul) byla provedena pomocí 50 l 1mM HCl, která byla smíchána s 50 l vzorku. Směs byla poté zahřívána 80 min při 800 W v mikrovlnném reakčním systému (Multiwave 3000, Anton Paar, Rakousko). Následně byly vzorky neutralizovány 1mM NaOH Obr. 2. Optimalizace elektrochemické detekce (DPV) adeninu (100 ng/objem cely) v 0,05M PBS (ph 7), bez modifikace elektrody. Závislost výšky DPV píku na (A) vloženém potenciálu (0,01 0,05 V) a (B) periodě pulsu (0,05 0,045 V). Experimentální podmínky: počáteční potenciál 0 V; konečný potenciál 1,8 V; potenciálový krok 0,015 V; amplituda 0,1 V; rychlost skenu 0,07 V/s; perioda pulsu 200 s a čas ekvilibrace 20 s 299

a odpařeny na vakuové odparce (Ultravap, Porvair, Velká Británie) při 60 C. Dále byly vzorky zředěny 0,05M PBS pufrem (ph 7) a analyzovány. Popisná statistika Statistická data byla zpracována programem STATIS- TICA.CZ Verze 10.0 (Česká republika). Výsledky byly vyjádřeny jako průměr ± směrodatná odchylka, pokud není uvedeno jinak. Pro výpočet regresních rovnic byla použita jednoduchá lineární regresní analýza a Pearsonova korelační analýza. Jako statisticky významný jev byl označen takový, jehož hladina alfa (P) byla menší než 0,05. Výsledky a diskuse Optimalizace elektrochemické detekce adeninu Adenin na uhlíkové elektrodě poskytuje oxidační signál při potenciálu +0,9 V. Pro zvýšení citlivosti elektrochemické detekce adeninu na 100 ng/objem cely (objem cely 0,5 l) byly optimalizovány parametry DPV, kde byla sledována výška a potenciál píku. Závislost potenciálového kroku (0,005 0,05 V) na výšce píku ukazuje, že nejcitlivější detekce adeninu je dosaženo při potenciálovém kroku 15 mv (obr. 2A). Potenciál píku se v tomto případě posouvá od 0,84±0,01 do 0,93±0,02 V a poté dochází opět k poklesu na 0,85±0,01 V. Vliv na elektrochemickou odezvu detektoru má také perioda pulsu (0,05 0,45 s), kterou jsme optimalizovali (obr. 2B). Ze získaných výsledků je zřejmé, že do 0,25 s periody pulsu dochází ke zvýšení elektrochemického signálu. Avšak při 0,34 a 0,45 s byl zaznamenán 46% pokles odezvy detektoru. V tomto případě se zaznamenaný potenciál snižuje z 0,94±0,01 na 0,91±0,01 V. Optimalizace modifikace elektrody ze skelného uhlíku Je známo, že adenin se na elektrodě oxiduje snáze za přítomnosti iontů mědi 13. Proto bylo cílem této práce vytvořit na uhlíkové elektrodě film, který by umožnil citlivější detekci adeninu. Z tohoto důvodu bylo optimalizováno Obr. 3. Optimalizace modifikace uhlíkové elektrody (GCE) CuS nanočásticemi, které byly deponovány v 0,1M KCl na GCE a následně byla provedena cyklická voltametrie v 0,1M NaOH ( 0,4 1,6 V). Závislost elektrochemického signálu adeninu (100 ng/ objem cely) na (A) deponačním potenciálu, (B) čase pokrytí, (C) koncentraci CuS nanočástic a (D) počtu skenů v NaOH. Další podrobnosti jsou uvedeny na obr. 2 300

navázání CuS nanočástic na uhlíkovou elektrodu. Byl sledován vliv potenciálu elektrochemického pokrytí (od 0,1 do 0,8 V) na výšku píku adeninu (100 ng/objem cely), a získaná závislost je zobrazena na obr. 3A. Od potenciálu elektrochemického pokrytí v rozmezí 0,1 do 0,4 V dochází k 15% nárůstu odezvy detektoru, avšak při nižším aplikovaném potenciálu od 0,6 se elektrochemický signál snižuje o 11 %. Je zde také zřejmá změna potenciálu píku adeninu při aplikovaných potenciálech elektrochemického pokrytí 0,1 až 0,6 V z 0,50 ± 0,06 do 0,60 ± 0,07 V. S vyšším deponačním potenciálem (od 0,6 do 0,8 V) dochází ke zpětnému posunu potenciálu píku adeninu k 0,54±0,02 V. Dalším sledovaným parametrem při modifikaci uhlíkové elektrody CuS nanočásticemi byl čas akumulace studovaný v rozmezí od 100 do 500 s (obr. 3B). Na základě získaných výsledků je optimální čas akumulace 200 s, protože při 100 a 500 s času akumulace dochází k 20% poklesu elektrochemického signálu adeninu ve srovnání s maximální odezvou detektoru při času akumulace 200 s. Potenciál píku adeninu se posouvá při času akumulace 100 200 s z 0,55 ± 0,01 V do 0,60 ± 0,01 V a zpět při času akumulace 500 s do 0,58 ± 0,01 V. Pro určení ideální koncentrace částic k úplnému nasycení povrchu pracovní elektrody jsme provedli přídavky různých koncentrací CuS nanočástic (20 400 M) a sledovali závislost elektrochemického signálu adeninu na na koncentraci CuS nanočástic (20 400 M) (obr. 3C). Od 20 do 200 M CuS dochází ke zvyšování elektrochemické odezvy detektoru pro adenin o 16 %. U koncentrace 400 M CuS nanočástic se elektrochemický signál mírně o 4 % snižuje. Při sledování potenciálu adeninu dochází k posunu píku do negativnějších potenciálů (z 0,67±0,02 do 0,54±0,02 V). Dále byl sledován vliv počtu cyklů cyklické voltametrie (n = 10 až 50) na vytvoření CuO na povrchu elektrody (obr. 3D). Z výsledků je patrné zvýšení odezvy elektrochemického detektoru při 20 cyklech, avšak s vyšším počtem cyklů (n = 40 50) dochází k poklesu signálu adeninu o 11 %. Při větším počtu cyklů pravděpodobně dochází ke spojování nanočástic oxidu měďnatého za tvorby filmu, který má menší plochu povrchu. Potenciál píku adeninu se s větším počtem skenů mění nepatrně a to od 0,57±0,01 do 0,54±0,01 V. Elektroanalytické parametry detekce adeninu pomocí SFIA Optimalizovanou metodou byla analyzována závislost proudového signálu ve voltametrickém záznamu adeninu na jeho koncentraci v rozmezí 0,36 až 187,50 ng/objem cely. Data byla vyhodnocena jednoduchou lineární regresí y = ax + b, kde jako nezávislá proměnná x byla zvolena koncentrace adeninu (ng/objem cely) a jako závislá proměnná y byl elektrochemický signál (na). Získaná kalibrační křivka byla lineární ve dvou částech, a to v rozmezí od 23,43 do 187,50 ng/objem cely s rovnicí regrese y = 0,23x + 69,10, korelačním koeficientem = 0,99 (0,79 až 1,20) a s P = 0,002 (obr. 4A). V rozmezí 0,36 11,72 ng/ objem cely byla získána rovnice regrese y = 4,93x, korelační koeficient 0,99 a P < 0,001 (obr. 4B). V tab. I jsou uvedeny konfidenční intervaly spolehlivosti ke každému členu rovnice regrese. RSD byla 0,13 % (n = 6). Mez detekce (3 S/N) byla vypočítána na 70 pg/objem cely a mez kvantifikace na 240 pg/objem cely. Obr. 4. Graf závislosti výšky píku na koncentraci adeninu. Kalibrace byla lineární ve dvou částech a to v rozsahu (A) 23,4 187,5, (B) 0,3 11,7 ng/objem cely. Další podrobnosti jsou uvedeny na obr. 2 301

Tabulka I Konfidenční intervaly spolehlivosti pro rovnice regrese kalibrační křivky adeninu, která vykazuje linearitu ve dvou částech 23,43 187,50 a 0,36 11,72 ng/objem cely (0,5 µl). Pro výpočet regresních rovnic byla použita jednoduchá lineární regresní analýza a Pearsonova korelační analýza. Jako statisticky významný jev byl označen takový, jehož hladina alfa (P) byla menší než 0,05 Rozmezí kalibrační křivky Rovnice regrese Interval spolehlivosti (ng/objem cely) y = ax + b a b 23,43 187,50 y = 0,23x + 69,10 0,18 0,28 63,88 74,33 0,36 11,72 y = 4,93x 4,43 5,42 Obr. 5. (A) Záznam teploty mikrovlnného zařízení při kyselé hydrolýze oligonukleotidů při výkonu 400, 600, 800 a 900 W. (B) Vliv výkonu (400 900 W) mikrovlnného zařízení na výtěžek hydrolýzy oligonukleotidů obsahující opakované sekvence adeninu v prostředí 1mM HCl. Pro analýzy byl použit oligonukleotid A 3 o koncentraci 100 ng/ml. Doba přípravy vzorku byla 80 min. (C) Závislost výšky píku na počtu molekul adeninu v oligonukleotidovém řetězci (A 3, A 5, A 8). (D) Záznam elektrochemické analýzy hydrolyzátů oligonukleotidu obsahující opakující se sekvence adeninu (A 3, A 5, A 8). Parametry analýzy jsou popsány na obr. 2 302

Optimalizace analýzy nukleových kyselin obsahující opakované sekvence adeninu Pro analýzu adeninu z oligonukleotidového řetězce bylo třeba tento řetězec rozštěpit pomocí kyselé hydrolýzy, kdy se selektivně štěpí -glykosidová vazba purinových nukleotidů. Pro kyselou hydrolýzu nebyl dosud publikován univerzální postup, avšak v mnoha experimentech se pro hydrolýzu nejvíce využívá zředěných anorganických kyselin, jako je HClO 4, H 2 SO 4 a HCl a působení vysokých teplot buď přímým ohřevem, nebo pomocí mikrovln 15. V našem experimentu jsme využili kyselou hydrolýzu pomocí 1mM HCl po dobu 80 min s následnou neutralizací 1mM NaOH (cit. 10 ). Vzorky byly následně odpařeny a doplněny na původní objem elektrolytem (0,05M PBS, ph 7). Hydrolýza byla provedena mikrovlnným rozkladem, kde byl optimalizován výkon mikrovln. Vzhledem k tomu, že mikrovlnné zařízení neumožňuje nastavení přesné teploty a tlaku, byla také sledována průměrná teplota uvnitř skleněných vialek během mikrovlnného rozkladu (obr. 5A). Na obr. 5B je znázorněna závislost výtěžku hydrolýzy na výkonu při 400, 600, 800 a 900 W. Je zřejmé, že zvýšením výkonu a tím i teploty na 800 W a 99 C dochází k výrazně vyššímu štěpení oligonukleotidů na jednotlivé báze, jak dokládají další studie 10,16. Avšak při dalším zvýšení výkonu na 900 W a teplotě 105 C dochází jen k nepatrnému zvýšení výtěžnosti adeninu. Je známo, že při vyšších teplotách hydrolýzy může docházet ke vzniku degradačních produktů, které mohou zkreslovat elektrochemickou analýzu 17. Analýza oligonukleotidů obsahujících opakované sekvence adeninu Plně funkční analytický systém byl aplikován pro analýzu oligonukleotidů obsahujících 3, 5 a 8 opakovaných sekvencí molekul adeninu v řetězci. Pro rozštěpení repetic adeninu na jednotlivé molekuly byla provedena optimalizovaná kyselá hydrolýza oligonukleotidů. Připravené vzorky byly podrobeny analýze metodou SFIA s pracovní elektrodou modifikovanou nanočásticemi CuS. Ze získaných výsledků je patrné, že elektrochemický signál adeninu se úměrně zvyšuje s počtem molekul adeninu v oligonukleotidu (obr. 5C, D). Potenciál adeninu pro analyzované oligonukleotidy je shodně 0,69 ± 0,01 V. Získané výsledky potvrzují aplikovatelnost metody pro rozlišení sekvencí nukleových kyselin na základě zastoupení adeninu v řetězci bází. Díky možné miniaturizaci detekčních zařízení může být tato metoda využita v biosenzorech pro rychlou a dostatečně senzitivní analýzu nukleových kyselin, které jsou založeny na bázi elektrochemické detekce. Závěr Byla navržena nová metoda založená na elektrochemické detekci adeninu, která je vhodná pro stanovení sekvencí nukleových kyselin. Oligonukleotidy tvořené řetězci adeninu (A 3, A 5, A 8) byly hydrolyzovány optimalizovanou procedurou mikrovlnného rozkladu a následně byly analyzovány metodou SFIA na elektrodě ze skelného uhlíku modifikovanou CuS nanočásticemi. Díky miniaturizaci systému SFIA, citlivé detekci a nízké spotřebě vzorku je tato technika zejména vhodná v oblasti biosenzorů pro rychlou a robustní analýzu nukleových kyselin. Tato práce byla financována ze zdrojů NanoBioTECell P102/11/1068 a LH 13053 KONTAKT II. LITERATURA 1. Watson J. D., Crick F. H. C.: Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 18, 123 (1953). 2. Schon E. A., DiMauro S., Hirano M.: Nat. Rev. Genet. 13, 878 (2012). 3. Tzortzaki E. G., Dimakou K., Neofytou E., Tsikritsaki K., Samara K., Avgousti M., Amargianitakis V., Gousiou A., Menikou S., Siafakas N. M.: Chest 141, 1243 (2012). 4. Palecek E.: Nature 188, 656 (1960). 5. Palecek E., Bartosik M.: Chem. Rev. 112, 3427 (2012). 6. Hall D. B., Holmlin R. E., Barton J. K.: Nature 382, 731 (1996). 7. Huska D., Hubalek J., Adam V., Vajtr D., Horna A., Trnkova L., Havel L., Kizek R.: Talanta 79, 402 (2009). 8. Hubalek J., Prasek J., Huska D., Adamek M., Jasek O., Adam V., Trnkova L., Horna A., Kizek R.: Proceedings of the Eurosensors XXIII Conference 1, 1011 (2009). 9. Petrlova J., Krizkova S., Supalkova V., Masarik M., Adam V., Havel L., Kramer K. J., Kizek R.: Plant Soil Environ. 53, 345 (2007). 10. Wang H. S., Ju H. X., Chen H. Y.: Anal. Chim. Acta 461, 243 (2002). 11. Boon E. M., Ceres D. M., Drummond T. G., Hill M. G., Barton J. K.: Nat. Biotechnol. 18, 1096 (2000). 12. Prasek J., Huska D., Jasek O., Zajickova L., Trnkova L., Adam V., Kizek R., Hubalek J.: Nanoscale Res. Lett. 6, 1 (2011). 13. Aladag N., Trnkova L., Kourilova A, Ozsoz M., Jelen F.: Electroanalysis 22, 1675 (2010). 14. Zhang X. Y., Liang X., Xu M., Bao X., Wang F. W., Yang Z. S.: J. Appl. Electrochem. 42, 375 (2012). 15. Marrubini G., Fattorini P., Previdere C., Goi S., Cigliero S. S., Grignani P., Serra M., Biesuz R., Massolini G.: J. Chromatogr. A 1249, 8 (2012). 16. Zen J. M., Chang M. R., Ilangovan G.: Analyst 124, 679 (1999). 17. Marrubini G., Fattorini P., Previdere C., Goi S., Cigliero S. S., Grignani P., Serra M., Biesuz R., Massolini G.: J. Chromatogr. A 1249, 8 (2012). 303

S. Skaličková a, P. Kopel b, O. Zítka b, L. Trnková b, V. Adam a,b, and R. Kizek a,b ( a Department of Chemistry and Biochemistry, Mendel University, Brno, b Central European Institute of Technology, Brno University of Technology): Nanoparticles-Modified Glassy Carbon Electrode in Microflow Arrangement for Analysis of Nucleic Acids Containing Repeated Adenine Sequences In this study we have used the microfluidic tool with a glassy carbon electrode modified with CuS nanoparticles for adenine determination using differential pulse voltammetry. The optimal parameters for adenine detection were the initial potential 0 V, and potential 1.8 V, step potential 0.015 V, amplitude 0.1 V, scan rate 0.07 V/s, pulse period 200 s and equilibration time 20 s. Prior the analysis the glassy carbon electrode (GCE) was modified by CuS nanoparticles. The optimal conditions for GCE modification were estimated as deposition potential 0.4 V for 200 s in the presence of 0.1M KCl solution containing 200 mm CuS nanoparticles. Subsequently the cyclic voltammetry was carried out in 0.1M NaOH solution repetitively for 20 cycles under potentials ranging from 0.5 to 0.3 V at 100 mv/s. The limit of detection (3 S/N) was estimated as 70 pg/cell volume. The method was applied for the analysis of oligonucleotides containing repetitions of adenine. We have found the dependence between number of adenine molecules in oligonucleotide and the electrochemical signal. This method might be useful for analysis of DNA sequences. 18. 21. 5. 2015 Ostrava, aula VŠB-TU Ostrava NanoOstrava 2015-4 th Nanomaterials and Nanotechnology Meeting Centrum nanotechnologií, VŠB-TU Ostrava Vás srdečně zve na čtvrtý ročník mezinárodní vědecké konference NanoOstrava 2015, jež bude opět místem pro setkání a rozhovory mezi vědci, studenty a zástupci firem se zájmem o rozvoj v oblastech nanomateriálů a nanotechnologií. Konference se zaměří na nejnovější pokroky a výsledky výzkumu týkající se nanomateriálů pro medicínu, pokročilých nanomateriálů, nanomateriálů pro elektronická zařízení, nanokompozitů či nanouhlíkatých materiálů. V rámci vědeckého programu vystoupí s plenárními přednáškami zvané osobnosti z významných světových vědeckých pracovišť. Účastníci konference budou mít možnost publikovat své příspěvky v některém z renomovaných vědeckých časopisů. Stejně jako v minulých ročnících se můžete těšit na bohatý doprovodný a sociální program. Příjem abstraktů přednášek a posterů bude probíhat do 20. dubna 2015, registrace do 17. května 2015 a zaslání konferenčního příspěvku do 20. června 2015. Pro více informací, prosím, navštivte stránky www.nanoostrava.cz Za organizační tým: Gražyna Simha Martynková, Sylva Holešová, Daniela Plachá, Karla Čech Barabaszová, Vladimíra Plačková 304