Daniel Beneš Slezská univerzita v Opavě Filozoficko-přírodovědecká fakulta Ústav informatiky
Charakteristika projektu On-line aplikace pro analýzu mikrosatelitů révy vinné
Charakteristika projektu On-line aplikace pro analýzu mikrosatelitů révy vinné http://virtual.fpf.slu.cz/~daniel.benes
Charakteristika projektu On-line aplikace pro analýzu mikrosatelitů révy vinné http://virtual.fpf.slu.cz/~daniel.benes Navržena pro rozpoznávání směsí vín a jejich původu na základě jejich genetické struktury
Charakteristika projektu On-line aplikace pro analýzu mikrosatelitů révy vinné http://virtual.fpf.slu.cz/~daniel.benes Navržena pro rozpoznávání směsí vín a jejich původu na základě jejich genetické struktury Využitelná například k detekci pančovaných směsí vín
Charakteristika projektu On-line aplikace pro analýzu mikrosatelitů révy vinné http://virtual.fpf.slu.cz/~daniel.benes Navržena pro rozpoznávání směsí vín a jejich původu na základě jejich genetické struktury Využitelná například k detekci pančovaných směsí vín Použitelná i pro analýzu obdobných biodat
Charakteristika projektu On-line aplikace pro analýzu mikrosatelitů révy vinné http://virtual.fpf.slu.cz/~daniel.benes Navržena pro rozpoznávání směsí vín a jejich původu na základě jejich genetické struktury Využitelná například k detekci pančovaných směsí vín Použitelná i pro analýzu obdobných biodat Absence podobné aplikace = důvod vzniku VITIS
Srovnání aplikací: VITIS vs. Swiss Microsatellite Database VITIS Deskriptivní hledání, regulární výrazy SVMD Hledání podle názvu nebo abecedy
Srovnání aplikací: VITIS vs. Swiss Microsatellite Database VITIS Deskriptivní hledání, regulární výrazy Mikrosatelitní hledání, volba hodnot (stačí zadat jen ty hodnoty, které znáte) SVMD Hledání podle názvu nebo abecedy Hledání přednastavenými 6 mikrosatelity (je třeba znát zcela všechny hodnoty)
Srovnání aplikací: VITIS vs. Swiss Microsatellite Database VITIS Deskriptivní hledání, regulární výrazy Mikrosatelitní hledání, volba hodnot Hledání směsí + odchylkové hledání SVMD Hledání podle názvu nebo abecedy Hledání přednastavenými 6 mikrosatelity Absence vyhledávače směsí
Srovnání aplikací: VITIS vs. Swiss Microsatellite Database VITIS Deskriptivní hledání, regulární výrazy Mikrosatelitní hledání, volba hodnot Hledání směsí + odchylkové hledání Univerzální databáze SVMD Hledání podle názvu nebo abecedy Hledání přednastavenými 6 mikrosatelity Absence vyhledávače směsí Celkem 130 kultivarů (Švýcarsko)
Srovnání aplikací: VITIS vs. Swiss Microsatellite Database VITIS Deskriptivní hledání, regulární výrazy Mikrosatelitní hledání, volba hodnot Hledání směsí + odchylkové hledání Univerzální databáze Vícejazyčná podpora (Cz, En...) SVMD Hledání podle názvu nebo abecedy Hledání přednastavenými 6 mikrosatelity Absence vyhledávače směsí Celkem 130 kultivarů (Švýcarsko) Jazyk: angličtina
Srovnání aplikací: VITIS vs. Swiss Microsatellite Database VITIS Deskriptivní hledání, regulární výrazy Mikrosatelitní hledání, volba hodnot Hledání směsí + odchylkové hledání Univerzální databáze Vícejazyčná podpora (Cz, En...) SVMD Hledání podle názvu nebo abecedy Hledání přednastavenými 6 mikrosatelity Absence vyhledávače směsí Celkem 130 kultivarů (Švýcarsko) Jazyk: angličtina Úprava citlivosti hledání
Srovnání aplikací: VITIS vs. Swiss Microsatellite Database VITIS Deskriptivní hledání, regulární výrazy Mikrosatelitní hledání, volba hodnot Hledání směsí + odchylkové hledání Univerzální databáze Vícejazyčná podpora (Cz, En...) SVMD Hledání podle názvu nebo abecedy Hledání přednastavenými 6 mikrosatelity Absence vyhledávače směsí Celkem 130 kultivarů (Švýcarsko) Jazyk: angličtina Úprava citlivosti hledání DB administrační prostředí
Srovnání aplikací: VITIS vs. Swiss Microsatellite Database VITIS Deskriptivní hledání, regulární výrazy Mikrosatelitní hledání, volba hodnot Hledání směsí + odchylkové hledání Univerzální databáze Vícejazyčná podpora (Cz, En...) SVMD Hledání podle názvu nebo abecedy Hledání přednastavenými 6 mikrosatelity Absence vyhledávače směsí Celkem 130 kultivarů (Švýcarsko) Jazyk: angličtina Úprava citlivosti hledání DB administrační prostředí Definovatelné úrovně práv
Mikrosatelitně-alelní hledací algoritmus Hledá v databázi všechny možné permutace vstupu
Mikrosatelitně-alelní hledací algoritmus Hledá v databázi všechny možné permutace vstupu Provádí přesné množinové pokrytí
Mikrosatelitně-alelní hledací algoritmus Hledá v databázi všechny možné permutace vstupu Provádí přesné množinové pokrytí Nežádoucí efekty: extrémní výkonová zátěž exponenciální závislost na velikosti databáze
Mikrosatelitně-alelní hledací algoritmus Hledá v databázi všechny možné permutace vstupu Provádí přesné množinové pokrytí Nežádoucí efekty: extrémní výkonová zátěž exponenciální závislost na velikosti databáze Problém řešen prořezáním vyhledávacího stromu
Prořezávání vyhledávacího stromu Jedná se o vstupní filtr řazený před vyhledávací algoritmy Minimalizuje závislost na databázi (exponenciální lineární) Spočívá v předběžném odhadu možných kandidátů Eliminuje šumová data Po tomto předzpracování již k výpočtu není třeba DB
Prořezávání vyhledávacího stromu Jedná se o vstupní filtr řazený před vyhledávací algoritmy Minimalizuje závislost na databázi (exponenciální lineární) Spočívá v předběžném odhadu možných kandidátů Eliminuje šumová data Po tomto předzpracování již k výpočtu není třeba DB Výsledky Původně: více jak 75 miliard mezivýsledků, desítky vteřin Nyní: tisíce mezivýsledků, časy v milisekundách
Odchylkový hledací algoritmus Zavádí do hledacího algoritmu definovanou chybu, tzv. odchylku Umožňuje rozšířit hledání o 1 2 alely Hledá kombinace odhadnutých kandidátů, které se liší od vstupního požadavku v 1 resp. 2 alelách
Odchylkový hledací algoritmus Zavádí do hledacího algoritmu definovanou chybu, tzv. odchylku Umožňuje rozšířit hledání o 1 2 alely Hledá kombinace odhadnutých kandidátů, které se liší od vstupního požadavku v 1 resp. 2 alelách Důsledek Algoritmus je schopen identifikovat směs i za předpokladu, že vstup obsahuje nepřesná data Je šance, že se podaří identifikovat kultivar, který vlivem evoluce či nějaké mutace změnil svou genetickou strukturu (např. nalezené vzorky při archeologických vykopávkách)
Konec. (děkuji za pozornost)