Podklady k habilitačnímu řízení. David Staněk, PhD.

Transkript

1 PUBLIKAČNÍ ČINNOST 1 kapitola v monografii 19 původních vědeckých prací v mezinárodních recenzovaných časopisech s impakt faktorem, z toho 12 jako hlavní autor (5 poslední/korespondující a 7 první) 2 přehledné články jako korespondující autor v mezinárodních recenzovaných časopisech z toho jeden s impakt faktorem 1. Kapitoly v monografiích Neugebauer, K.M., Geiger, J.A., Kotovic, K.M. & Staněk, D. (2005) Pre-mRNA processing in the nuclear landscape. In Visions of the Cell Nucleus Eukaryotic DNA. American Scientific Publishers. P. Hemmerich and S. Diekmann, eds. pp Původní vědecké práce publikované v zahraničních rezenzovaných časopisech Hnilicová J., Hozeifi S., Dušková E., Icha J., Tománková T. & Staněk D. (2011) Histone deacetylase activity modulates alternative splicing. PloS ONE, 6(2): e (IF 2009 =4,531) Novotný I., Blažíková M., Staněk D., Heřman P. & Malínský J. (2011) In vivo kinetics of U4/U6 U5 tri-snrnp formation in Cajal Bodies. Mol. Biol. Cell. 22: (IF 2009 =5,979) Huranová M, Ivani I, Benda A, Poser I, Brody Y, Hof M, Shav-Tal Y, Neugebauer KM & Staněk D (2010) The differential interaction of snrnps with pre-mrna reveals splicing kinetics in living cells. J. Cell Biol. 191: (IF 2009 =9,575) Huranová M, Jablonski JA, Benda A, Hof M, Staněk D & Caputi M. (2009) In vivo detection of RNA-binding protein interactions with cognate RNA sequences by fluorescence resonance energy transfer. RNA. 15: (IF 2009 =5,198) Huranová, M., Hnilicová, J., Fleischer, B., Cvačková, Z. & Staněk, D. (2009) A mutation linked to retinitis pigmentosa in HPRP31 causes protein instability and impairs its interactions with spliceosomal snrnps. Hum. Mol. Gen. 18: (IF 2009 =7,386) Cvačková, Z., Mašata, M., Staněk, D., Fidlerová, H. & Raška, I. (2009) Chromatin position in human HepG2 cells: Although being non-random, significantly changed in daughter cells. J. Struct. Biol. 165: (IF 2009 =3,673) Cvačková, Z., Albring, K.F., Koberna, K., Ligasová, A., Huber, O., Raška, I. & Staněk, D. (2008) Pontin is localized in nucleolar fibrillar centers. Chromosoma 117: (IF 2009 =4,979) Staněk, D., Přidalová, J., Novotný, I., Huranová, J., Blažíková, M., Wen, X., Sapra, A.K., & Neugebauer, K.M. (2008) Spliceosomal snrnps repeatedly cycle through Cajal bodies. Mol. Biol. Cell 19: (IF 2009 =5,979) 1

2 Klingauf, M., Staněk, D. & Neugebauer, K.M. (2006) Enhancement of U4/U6 snrnp Association in Cajal Bodies Predicted by Mathematical Modeling. Mol. Biol. Cell 17: (IF 2009 =5,979) Staněk. D., & Neugebauer, K.M. (2004) Detection of snrnp assembly intermediates in Cajal bodies by FRET. J. Cell Biol. 166: (IF 2009 =9,575) Dundr. M, Hebert, M.D., Karpova, T.S., Staněk, D., Xu, H., Shpargel, K.B., Meier, T.U., Neugebauer, K.M., Matera, A.G., & Misteli, T. (2004) In vivo kinetics of Cajal body components. J. Cell Biol. 164: (IF 2009 =9,575) Staněk, D., Rader, S.D., Klingauf, M., & Neugebauer, K.M. (2003) Targeting of U4/U6 small nuclear RNP assembly factor SART3/p110 to Cajal Bodies. J. Cell Biol. 160: (IF 2009 =9,575) Staněk, D., Koberna, K., Pliss, A., Malínský, J., Mašata, M., Večeřová, J., Risueño, M.C. & Raška, I. (2001) Non-isotopic mapping of ribosomal RNA synthesis and processing in the nucleolus. Chromosoma 110: (IF 2009 =4,979) Malínský, J., Koberna, K., Staněk, D., Mašata, M., Votruba, I., & Raška, I. (2001) The supply of exogenous deoxyribonucleotides accelerates the speed of the replication fork in early S-phase. J. Cell Sci. 114: (IF 2009 =6,144) Staněk, D., Kiss, T. & Raška, I. (2000). Pre-ribosomal RNA is processed in permeabilised cells at the site of transcription. Eur. J. Cell Biol. 79: (IF 2009 =3,314) Koberna, K., Staněk, D., Malínský, J., Čtrnactá, V., Cermanová, Š., Novotná, J., Kopský, V. & Raška I. (2000). In situ fluorescence visualization of bromouridine incorporated into newly transcribed nucleolar RNA. Acta Histochem. 102: (IF 2009 =1,234) Koberna, K., Staněk, D., Malínský, J., Eltsov, M., Pliss, A., Čtrnactá, V., Cermanová, Š. & Raška I. (1999). Nuclear organization studied with the help of a hypotonic shift: its use permits hydrophilic molecules to enter into living cells. Chromosoma 108, (IF 2009 =4,979) Koberna, K., Landa, V., Kaňka, J., Pliss, A., Eltsov, M., Staněk, D. & Raška I. (1998). Non-isotopic detection of nucleolar transcription in pre-implantation mouse embryos. Reprod. Nutr. Dev. 38: (IF 2000 =1.351) Staněk, D., Vencovský, J., Kafková, J. & Raška, I. (1997). Heterogenous Nuclear RNP C1 and C2 Core Proteins are Targets for an Autoantibody Found in the Serum of a Patient with Systemic Sclerosis and Psoriatic Arthritis. Arthr. Rheum. 40: (IF 2009 =7,332) 3. Přehledné články publikované v zahraničních rezenzovaných časopisech Hnilicová J, & Staněk D. (2011) Where splicing joins chromatin. Nucleus. 2: (nový časopis bez IF) Staněk. D., & Neugebauer, K.M. (2006) Cajal bodies: a meeting place for snrnp in the nuclear maze. Chromosoma 115: (IF 2009 =4,979) 2

3 4. Dizertační práce Staněk D. (1999) Nucleolar organization of ribosomal RNA synthesis and processing. 5. Přednášky typu invited speaker Staněk D. (2010) Spliceosome formation and splicing kinetics in living cells. EURASNET meeting "Splicing Regulation: from molecules to organisms", Berlin, Německo Staněk D. (2010) Spliceosome formation and splicing kinetics in living cells. Institut de Génétique Moléculaire, CNRS, Montpellier, Francie Staněk D. (2009) Spliceosome snrnp assembly and recycling in the cell nucleus. University of Lausanne, Lausanne, Švýcarsko Staněk D. (2009) snrnp dynamics and spliceosome assembly in the cell nucleus. MPI workshop on "Optical Techniques in Cell and Developmental Biology", Dresden, Německo Staněk D. (2009) snrnp targeting to Cajal bodies. Forschergruppen Meeting (FOR855). Dresden, Německo Staněk D. (2008) Live cell imaging in biomedicine. Výroční konference Československé mikroskopické společnosti. Nové Město na Moravě, ČR Staněk D. (2008) Spliceosome assembly and recycling in the cell nucleus. Seminář na Katedře molekulární biologie a biochemie, přírodovědecké fakultu JČU, České Budějovice, ČR Staněk D. (2007) Využití FRET v buněčné biologii. Mikroskopický seminář: Fluorescenční cytometrie buněk. Plzeň, ČR Staněk D. (2007) Cajalovo tělísko - recyklační centrum sestřihovýh komplexů. Seminář na Katedře Buněčné biologie, přírodovědecké fakulty Karlovy univerzity, Praha, ČR Staněk D. (2006) Traffic and recycling of spliceosomal snrnps in the cell nucleus. Trilateral workshop on "Cell Biology of Intracellular Transport Processes", Warsaw, Polsko Staněk D. (2005) Recycling of spliceosomal snrnps in the cell nucleus. Symposium on Science and Art in Europe, Dresden, Německo 6. Přednášky na konferencích Staněk D. (2011) HDAC activity modulates alternative splicing. EMBO workshop Chromatin structure, organization and dynamics. Praha, ČR Staněk D. (2010) Dynamics of spliceosome assembly in living cells. 15th RNA annual meeting, Seattle, USA Staněk D. (2010) Spliceosome formation and splicing kinetics in living cells. 52nd Symposium of the Society for Histochemistry, Praha, ČR Staněk D. (2007) Regeneration of spliceosomal snrnps in Cajal bodies. ELSO annual meeting, Dresden, Německo 3

4 Staněk D. (2007) Regeneration of spliceosomal snrnps in Cajal bodies. 20th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus, St. Andrews, Scotland Staněk D. (2007) Regeneration of spliceosomal snrnps in Cajal bodies. 8th Multinational Congress on Microscopy, Praha, ČR Staněk D. (2006) Recycling of spliceosomal snrnp in the cell nucleus. 4th RNA club, Praha, ČR Staněk D. (2005) Spliceosomal snrnp assembly in the cell nucleus. 3rd RNA club, České Budějovice, ČR Staněk D. (2004) Cajal body targeting and snrnp assembly. CSHL conference Dynamic Organization of Nuclear Function, Cold Spring Harbor, USA Staněk D. (2003) The U4/U6 snrnp in complex with U4/U6 snrnp annealing factor SART3/p110 in Cajal bodies. ELSO annual meeting, Dresden, Německo 7. Vybraná abstrakta na konferencích Hnilicová J., Dušková E., Tománková T. & Staněk D. (2010) Histone acetylation regulates alternative splicing 15th RNA annual meeting, Seattle, USA Huranová M., Hnilicová J., Fleischer B., Cvačková Z. & Staněk D. (2009) A mutation linked to retinitis pigmentosa in HPRP31 causes protein instability and impairs its interactions with spliceosomal snrnps. EMBO conference on Nuclear Structure and Dynamics, L Isle sur la Sorgue, Francie Hnilicová J., Tománková T. & Staněk D. (2009) HDAC1 activity regulates alternative splicing. CSHL conference Eukaryotic mrna processing, Cold Spring Harbor, USA M. Huranová, I. Novotný, J. Humpolíčková, M. Hof, M. Blažíčková, J. Malínský. D. Staněk (2008) Dynamics of the spliceosomal cycle in the cell nucleus. CSHL conference Dynamic Organization of Nuclear Function, Cold Spring Harbor, USA M. Huranová, I. Novotný, J. Humpolíčková, M. Hof, M. Blažíčková, J. Malínský. D. Staněk (2008) Spliceosomal snrnp Dynamics in the Cell Nucleus. 13th RNA annual meeting, Seattle, USA Staněk D. & Neugebauer K. (2006) Cycling of spliceosomal snrnps through Cajal bodies. 11th RNA annual meeting, Seattle, USA Staněk D. & Neugebauer K. (2006) Cycling of spliceosomal snrnps through Cajal bodies. ELSO annual meeting, Dresden, Německo Staněk D., Rader S. & Neugebauer K. (2002) SART3, a protein involved in U4/U6 snrnp assembly, is localized in Cajal bodies. International Symposium Structure of the Nucleus and Trafficking of RNPs in the Cell, Göttingen, Německo 8. Účast na řešení grantů GAČR č. P302/11/1910; : Formation of splicing machinery in the context of the cell nucleus. (řešitel) 4

5 GAČR č. P305/10/0424; : Regulation of alternative splicing via chromatin acetylation. (řešitel) GAAV č. KAN ; : Targeted expression and transport of bioactive molecules. (řešitel) GAČR č. GA204/07/0133; : Self-organization principles of non-membranebound organelles in eukaryotic cells. (spoluřešitel) Max Planck Gesellschaft program Partnerská skupina; : Spliceosome assembly and regeneration in the cell nucleus. (řešitel) GAČR č. 301/05/0601; : Assembly of small ribonucleoprotein particles in the cell nucleus. (řešitel) MŠMT program 1K, grant č. 1K05009; : Analýza mutací sestřihových faktorů spojených s dědičnou retinitis pigmentosa. (klíčová osoba) American Cancer Society; : c-myc dynamics and target gene identification by high resolution microscopy. (člen řešitelského týmu) GAČR č. 304/00/P025; 2000: Biogeneze malých jadérkových RNA v rámci jaderné architektury (postdoktorandský grant - řešitel) 9. Ostatní publikace - populárně vzdělávací články Staněk D. (2010) Za vším hledej RNA. Vesmír 05/2010 Staněk D. (2009) Překvapivé spojení: degenerace oční sítnice a pre-mrna sestřih. Academic bulletin 9/2009 Bednár, J., Staněk D., Malínský, J., Koberna, K. & Raška, I. (2004) Dnešní mikroskopie v biomedicíně. Vesmír 83: