Analýza proliferace pomocí průtokové cytometrie

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Analýza proliferace pomocí průtokové cytometrie"

Eva Slavíková
před 8 lety
Počet zobrazení:

1 Analýza proliferace pomocí průtokové cytometrie Karel Souček Oddělení cytokinetiky Biofyzikální ústav AVČR, v.v.i. Královopolská Brno tel.:

3 Přístupy analýza buněčného cyklu analýza syntézy DNA analýza počtu buněčných dělení

4 Co je důležité při přípravě vzorku a značení Postup přípravy vzorku a značení nelze zobecnit závisí na typu buněk a konkrétní analýze suspenze jednotlivých buněk vitální značení fixace (etanol, formaldehyd) permeabilizace (detergenty) difúze aktivní transport

analýze suspenze jednotlivých buněk vitální značení fixace

5 Analýza buněčného cyklu jedna z nejstarších aplikací flow cytometrie, stanovení fáze buněčného cyklu podle množství DNA průtoková cytometrie je vhodná metoda pro rychlou a přesnou determinaci buněčného cyklu jednoduchým způsobem je DNA obarvena fluorescenční barvou specifickou pro DNA. Propidium iodide 4,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) - dramaticky zvyšují fluorescenci po vazbě na DNA. Je nutná permeabilizace cytoplasmatické membrány. Hoechst Vybrant DyeCycle DRAQ5 Quaternary benzo[c]phenanthridine alkaloids (QBAs) I. Slaninova, J. Slanina and E. Taborska, "Quaternary benzo[c]phenanthridine alkaloids--novel cell permeant and red fluorescing DNA probes," Cytometry A, vol. 71, no. 9, pp , mohou být používány pro značení viabilních buněk (možná toxicita)

Propidium iodide 4,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) - dramaticky zvyšují fluorescenci po vazbě na DNA. Je nutná permeabilizace cytoplasmatické membrány.

6 Normal Cell Cycle G 2 M G 0 DNA Analysis G 1 s C o u n t G 0 G 1 s G 2 M - propidium iodide - DAPI - Hoechst AAD N 4N DNA content Purdue University Cytometry Laboratories

Hoechst 33342-7-AAD 0 200 400 600 800 1000 2N 4N

7 Analýza histogramu buněčného cyklu nepoužívá se běžná analýza pomocí úseček (regionů) v histogramu je nutné používat speciální software pro modelovaní analýzu distribuce jednotlivých fází

9 Software Model References Notes ModFit LT C. Bruce Bagwell C. B. Bagwell et al., DNA histogram debris theory and compensation. Cytometry 12, 107 (1991). Gaussian, rectangle, trapezoid, polynomial, exponential,weibull, AutoDebris, AutoAgregates, apoptosis, ploidity Multicycle Dean and Jett (cycle) Phillip N. Dean and; James H. Jett. J Cell Biol : doi: /jcb Debris, ploidity, apoptosis, up to three cycling populations FCS Express Dean & Jett Rabinovitch & Bagwell (debris) R. P. Wersto, M. Stetler-Stevenson, Debris compensation of Dna histograms and its effect on S-phase analysis. Cytometry 20, 43 (1995). Debris, ploidity, apoptosis, up to three cycling populations R. P. Wersto, M. Stetler-Stevenson, Debris compensation of Dna histograms and its effect on S-phase analysis. Cytometry 20, 43 (1995). FlowJo Watson Fox Watson, Chambers, & Smith: A Pragmatic Approach to the Analysis of DNA Histograms with a Definable G1 Peak [Cytometry 8:1-8 (1987)] Fox: A Model for the Computer Analysis of Synchronous DNA Distributions Obtained by Flow Cytometry [Cytometry 1:71-80 (1980)] w/o apoptosis model & ploidity analysis

doi:10.1083/jcb.60.2.523 Debris, ploidity, apoptosis, up to three cycling populations FCS Express Dean & Jett Rabinovitch & Bagwell (debris) R. P. Wersto, M.

11 FL-W vs. FL-A (BD) FL vs. AUX (Beckman Coulter) doublets Analýza histogramu buněčného cyklu R1 AND R2 Debris Aggregates Dip G1 Dip G2 Dip S File analyzed: LNCaP/- Date analyzed: 16-Oct-2006 Model: 1DA0n_DSD Analysis type: Manual analysis Diploid: % Dip G1: % at Dip G2: 0.15 % at Dip S: % G2/G1: 2.00 %CV: 4.90 Total S-Phase: % Total B.A.D.: 3.32 % Debris: % Aggregates: 0.06 % Modeled events: 3970 All cycle events: 3517 Cycle events per channel: 73 RCS: 1.038

analyzed: LNCaP/- Date analyzed: 16-Oct-2006 Model: 1DA0n_DSD Analysis type: Manual analysis Diploid: 100.00 % Dip G1: 79.

12 Debris Aggregates Dip G1 Dip G2 Dip S Detekce buněk v synchronizovaném buněčném cyklu

14 Analýza inkorporace BrdU bromodeoxyuridin se inkorporuje do DNA namísto tymidinu během S-fáze po fixaci a částečné denaturaci DNA je možné BrdU detekovat pomocí specifické protilátky značené fluorochromem v posledním kroku můžeme obarvit DNA

denaturaci DNA je možné BrdU detekovat pomocí specifické

15 Analýza inkorporace BrdU R4 R2 R5 R3 File: HL60 K/24h Region % Gated R R R R R5 1.32

17 Click azide/alkyne reaction

18 Aplikace Click-IT (Invitrogen) Multiplex imaging with Click-iT RNA assays. NIH3T3 cells were incubated with 1 mm EU, formaldehyde-fixed, and permeabilized with Triton X-100. EU incorporated into newly synthesized RNA (red) in some cells was detectied using the Click-iT RNA Alexa Fluor 594 Imaging Kit. Tubulin (green) was detected with anti-tubulin mouse IgG9 and visualized with Alexa Fluor 488 goat anti-mouse IgG. Nuclei (blue) were stained with Hoechst

EU incorporated into newly synthesized RNA (red) in some cells was detectied using the Click-iT RNA Alexa Fluor 594

19 Aplikace Click-IT (Invitrogen) analýza syntézy DNA (EdU - 5- Ethynyl-2'-deoxyuridine)

20 3 H-thymidine Tritiated (3H) thymidine

21 3 H-thymidine Original method for measuring cell proliferation Radioactive Not compatible for multiplexed analyses

22 BrdU Br Br Br BrdU (5-bromo-2'-deoxyuridine) Br

23 BrdU Br Br Br Br

24 BrdU Br Br Br Br

25 BrdU Br Br Br Br

26 BrdU Br Br Non-radioactive Multiplex compatible but, strand separation requirement for anti-brdu access, can affect: Br Ability for other antibodies to bind Morphology Ability for dyes that require dsdna to bind efficiently, i.e., cell cycle dyes Br

27 Click-iT EdU EdU (5-ethynyl-2'-deoxyuridine)

28 Click-iT EdU

29 Click-iT Edu Non-radioactive No DNA denaturation required Simplified protocol Small molecule detection Multiplex compatible, including Other antibodies Dyes for cell cycle analysis

30 Click-iT EdU - limitace

32 Detekce intracelulárních proteinů v kombinaci s detekcí DNA

33 Detekce mitotických buněk Histon H3 je specificky fosforylován během mitózy (Ser10, Ser28, Thr11) dvojité značení DNA vs. H3-P identifikuje populaci buněk v M-fázi

34 Detekce počtu buněčného dělení Nespecifické fluorescenční označení proteinů pomocí carboxyfluorescein diacetate succinimidyl ester (CFDA-SE nebo CFSE, CellTrace Violet, CellTrace Far Red DDAO-SEt)

35 Detekce počtu buněčného dělení

37 The Nobel Prize in Chemistry 2008 "for the discovery and development of the green fluorescent protein, GFP"

38 Fluorescenční proteiny bioluminescence resonance energy transfer (BRET) Aequorea victoria - medúza žijící ve vodách na pobřeží Severní Ameriky. je schopna modře světélkovat (bioluminescence). Ca 2+ interaguje s fotoproteinem aequorinem. modré světlo excituje green fluorescent protein. Renilla reniformis korál žijící ve vodách na severním pobřeží Floridy. luminescence vzniká degradací coelenterazinu za katalytického působení luciferázy. modré světlo excituje green fluorescent protein. Aequorea victoria Crystal jelly Renilla reniformis "Sea Pansy"

39 Fluorescenční proteiny Osamu Shimomura 1961 objevil GFP a aequorin

40 Fluorescenční proteiny Douglas Prasher Martin Chalfie Science Feb 11;263(5148): Green fluorescent protein as a marker for gene expression. Chalfie M, Tu Y, Euskirchen G, Ward WW, Prasher DC. Department of Biological Sciences, Columbia University, New York, NY A complementary DNA for the Aequorea victoria green fluorescent protein (GFP) produces a fluorescent product when expressed in prokaryotic (Escherichia coli) or eukaryotic (Caenorhabditis elegans) cells. Because exogenous substrates and cofactors are not required for this fluorescence, GFP expression can be used to monitor gene expression and protein localization in living organisms.

41 Fluorescenční proteiny

42 Roger Tsien ~ 2002 mutace FP = barevné spektrum

43 Debris Aggregates Dip G1 Dip G2 Dip S Detekce buněk v synchronizovaném buněčném cyklu

44 Fucci (fluorescent ubiquitination-based cell cycle indicator) cells Ubiquitin E3 ligase complexes G1 - APC Cdh1 Nature Methods - 5, 283 (2008) S, G2, M- SCF Skp2

46 Fucci

47 Shrnutí přednášky analýza DNA Vyžaduje kvalitní přípravu vzorku, eliminaci debris a vhodný software pro analýzu histogramů lze doplnit o analýzu syntézy DNA (BrdU, Click-IT EDU) analýza počtu buněčných dělení Vhodná pro synchronizované populace fluorescenční proteiny Fucci - elegantní nástroj pro in vitro a in vivo experimenty

Podobné dokumenty

Bi9393 Analytická cytometrie Lekce 5

Bi9393 Analytická cytometrie Lekce 5 Karel Souček, Ph.D. Oddělení cytokinetiky Biofyzikální ústav AVČR, v.v.i. Královopolská 135 612 65 Brno e-mail: ksoucek@ibp.cz tel.: 541 517 166 K. Souček Bi9393 Analytická