Identifikace stafylokoků prostřednictvím sekvenování konzervativních genů
|
|
|
- Arnošt Ovčačík
- před 6 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Identifikace stafylokoků prostřednictvím sekvenování konzervativních genů Roman Pantůček, Pavel Švec, Ivo Sedláček Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity Ústav experimentální biologie M A SA RYKOVA UNIVERZITA BRNO PŘÍ RO D O V ĚD ECK Á FA K U LTA
2 Identifikace stafylokoků založená na DNA Přesná a spolehlivá identifikace prostřednictvím molekulárně biologických metod Nepřímé metody Poskytují zpravidla fingerprint ve formě proužků na gelu nebo membráně Ribotypizace a automatická ribotypizace PCR-RFLP konzervativních genů Amplifikace mezerníků v operonech pro rrna a trna (ITS-PCR) Interrepetitivní PCR (REP-PCR) Přímé metody Stanovení sekvence konzervativních genů o délce bp Moderní vysoce účinné sekvenování celých genomů DNA microarrays
3 Přímé metody pro identifikaci stafylokoků na základě sekvencí DNA Více než 30 ortologních genů vhodných pro diagnostiku a fylogenetické studie Rozdílná úroveň konzervovanosti sekvencí Nejpoužívanější lokusy: geny pro funkční RNA 16S ribosomal RNA (16S rrna) 23S ribosomal RNA (23S rrna) často používané geny, data dostupná pro většinu druhů 60 kda heat shock protein (hsp60, cpn60, groel) RNA polymeráza beta-podjednotka (rpob) 40 kda heat shock protein DnaJ (dnaj/dnak) Shah et al., 2007, IJSEM 57: superoxide dismutase (soda) Poyart et al., 2001, JCM 39: méně často používané geny, data dostupná pro některé druhy glyceraldehyd-3-fosfát dehydrogenáza (gap) Ghebremedhin et al., 2008, JCM: 46: elongační faktor Tu (tuf) Martineau et al., 2001, JCM 39:
4 16S rrna fylogenetická analýza Takahashi et al., IJSB 1999, 49: Spolehlivá identifikace na úrovni rodu a druhových komplexů Stanovení kompletní sekvence genu pro 16S rrna vyžaduje provedení min. 4-6 sekvenačních reakcí Fylogenetická analýza Dosahované podobnosti sekvencí 97 99% Definovány species-groups
5 16S rrna species groups S. aureus S. epidermidis S. saprophyticus S. muscae S. hyicus S. intermedius S. simulans S. sciuri S. hominis (X66101) S. haemolyticus (D83367) S. stepanovicii (GQ222244) S. devrisei (AB009941) S. fleurettii (AB233330) S. lugdunensis S. vitulinus (AB009946) (AB009941) S. lentus (D83370) S. sciuri (S83569) S. delphini (AB009938) S. intermedius (D83369) S. schleiferi (S83568) S. aureus S. simiae (D83357) (AY727530) S. hyicus (D83368) S. chromoges (D83360) S. lutrae (X84731) S. felis (D83364) S. rostri (FM244716) S. microti (EU888122) S. muscae (S83566) S. xylosus (D83374) S. saprophyticus (D83371) S. pasteuri (AB009944) S. warneri (L37603) S. auricularis (D83358) S. massiliensis (EU707796) S. condimenti (Y15750) S. piscifermentans (AB009943) S. carnosus (AB009934) S. pettenkoferi (AF322002) S. kloosii (AB009940) S. nepalensis (AJ517414) S. cohnii (D83361) S. arlettae (AB009933) S. gallinarum (D83366) S.equorum (AB009939) S. succinus (AF004219) 0.01 S. simulans (D83373) Pantůček et al., IJSEM 2005, 55: , doplněno
6 Rychlá identifikace stafylokoků prostřednictvím 5'-konce 16S rrna Stanovení částečné sekvence 5'-konce 16S rrna o délce cca 500 bází Amplifikace téměř celého genu Jedna sekvenační reakce s vnitřním primerem 98,7 % průměrná podobnost mezi druhy Nelze odlišit komplex S. delphini-s. intermedius-s. pseudintermedius Nelze odlišit subspecies
7 5'-konec 16S rrna - metodika Becker et al., 2004, JCM 42: Primery pro PCR amplifikující ~900 bp fragment SSU-bact-27f AGAGTTTGATCMTGGCTCAG SSU-bact-907r CCGTCAATTCMTTTRAGTTT Vnitřní primer pro sekvenování SSU-bact-519r GWATTACCGCGGCKGCTG Doporučená databáze pro identifikaci RIDOM Nováková, et al., 2006, JMM 55: Primery pro PCR amplifikující ~1400 bp fragment 16Sfw AGAGTTTGATCCTGGCTCAG 16Srev GGTTACCTTGTTACGACTT Vnitřní primer pro sekvenování 16S553L CGCTTTACGCCCAATAATTCCG Doporučená databáze pro identifikaci RDP II
8 Získání sekvencí rrna RDP II Release 10 (
9 Získání sekvencí rrna SILVIA v104 (
10 hsp60-60 kda chaperonin - metodika Kwok a Chow, IJSEM 2003, 53: bp fragment genu pro 60 kda heat shock protein Degenerované primery pro PCR obsahující řadu inozinových zbytků a restrikční místa na 5 -konci H279 GAATTCGAIIIIGCIGGIGA(TC)GGIACIACIAC H280 CGCGGGATCC(TC)(TG)I(TC)(TG)ITCICC(AG)AAICCIGGIGC(TC)TT Podmínky PCR: nízká stringence navíc nespecifické produkty Nutnost klonovat produkty PCR Sekvenování prostřednictvím univerzálních primerů kompatibilních s klonovacím vektorem
11 hsp60 příklad gelu s produkty PCR 600 bp hsp60
12 hsp60 - výsledky Výborná korelace mezi fylogenetickými stromy založenými na 16S rrna a hsp60 Diverzita sekvencí genů mezi druhy rodu Staphylococcus 74 až 93 % mnohem vyšší diskriminační schopnost pro druhovou identifikaci než u 16S rrna V rámci rodu Staphylococcus rozlišeno 5 druhových skupin: aureus group, epidermidis group, haemolyticus group, saprophyticus group, intermedius group a sciuri group
13 cpndb: A Chaperonin Database
14 hsp60 fylogenetický strom Pantůček et al., IJSEM 2005, 55:
15 hsp60 výhody/nevýhody Přesná druhová identifikace Pro fylogenetickou analýzu mohou být použity dedukované aminokyselinové sekvence Existence specializované databáze pro archea, bakterie a eukaryota možnost automatického přiřazení sekvencí a fylogenetické analýzy Nutnost investovat do degenerovaných primerů Klonování práce s GMO
16 rpob β-podjednotka RNA-polymerázy Gen používaný pro mikrobiologickou identifikaci u řady rodů jednoduchá technika Rozlišovací schopnost závisí na výběru části genu pro identifikaci výběr hypervariabilní oblasti Diverzita sekvencí genů mezi druhy rodu Staphylococcus 72 až 94 % Vnitrodruhová divergence 0,08 0,8 % V rámci rodu Staphylococcus rozlišeno 9 hlavních klastrů
17 rpob - metodika Mellmann et al., Emerg. Infect. Dis : bp fragment genu pro podjednotku beta RNApolymerázy B Primery pro PCR 1418f CAATTCATGGACCAAGC 3554r CCGTCCCAAGTCATGAAAC Podmínky PCR: vysoká stringence Sekvenování prostřednictvím vnitřního degenerovaného primeru 1975r GCIACITGITCCATACCTGT Drancourt a Raoult, JCM : prvotní práce u stafylokoků 751 bp fragment, technicky náročnější
18 rpob fylogenetický strom Švec et al., SAM 2010, in press
19 rpob výhody/nevýhody Univerzální gen přítomný u všech bakterií Výborně koreluje s výsledky DNA-DNA hybridizace - přesná druhová identifikace a popis nových druhů Většina sekvencí získána moderními sekvenačními technikami v současné době bez chyb Fylogenetické stromy vykazují vyšší stabilitu (bootstrapové hodnoty) než stromy založené na 16S rrna nebo hsp60 Neexistuje specializovaná moderovaná databáze - nutnost vyhledávání sekvencí v GenBank
20 Získávání sekvenčních dat Databáze nukleotidových sekvencí GenBank/EMBL/DDBJ Lokální hledání podobností BLAST FASTA Specializované databáze SILVIA, RDP (rrna) cpndb Integrované zdroje StrainInfo Integrované identifikační databáze BIBI database
21
22
23
24 Závěr Srovnání diskriminační schopnosti sekvenování jednotlivých genů u stafylokokových druhů Lokus Podobnost mezi druhy Průměrná podobnost Délka (bp) 16S rrna 97-99,5 % 98 % ~ 1400 rpob % 86 % ~ 480 nebo 750 hsp % 82 % ~ 600 soda % 81 % ~ 430 dnaj % 78 % ~ 880 gap % 65 % ~ 930 Diagnostika: Využití poznatků a analýzy sekvenčních dat pro přípravu DNA microarrays Taxonomie: Rozvoj a využití vysoce účinných metod pro sekvenování celých genomů pro jejich klasifikaci
25 Přímé metody pro vnitrodruhovou typizaci SLST jednolokusová sekvenční typizace MLST multilokusová sekvenční typizace MLSA multilokusová sekvenční analýza
26 Jednolokusová Spa-typizace Sekvenování DNA polymorfního regionu genu pro protein A (spa) Určení kombinace opakovaných jednotek (repetic) v oblasti X dává jedinečný spa-typ reprodukovatelné, jednoznačné a snadno interpretovatelné výsledky postačující pro zkoumání vypuknutí infekce v dlouhodobém časovém horizontu by měla by být doplněna další technikou (PFGE, MLVA, aj.)
27 Princip spa-typizace 1.stanovení sekvence polymorfní oblasti genu spa TTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCT GGTAAAGAAGACAACAACAAACCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCA ACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACGGAGTACATGTCGT TAAACCTGGTGATACAGTAAATGACAT 2.vyhledání koncových signaturních sekvencí 5'-signature TTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCT GGTAAAGAAGACAACAACAAACCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCA ACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACGGAGTACATGTCGTTACATGTCGT TAAACCTGGTGATACAGTAAATGACAT 3.identifikace repetic dlouhých zpravidla 24 bp 5' GCACCAAAA GAGGAAGACAACAAAAAACCTGGT repetice č. 26 AAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGT repetice č. 17 AAAGAAGACAACAACAAACCTGGC repetice č. 20 AAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGT repetice č. 17 AAAGAAGACAACAACAAGCCTGGT repetice č. 12 AAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGT repetice č. 17 AAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGT repetice č. 17 AAAGAAGACGGCAACAAACCTGGT repetice č. 16 AAAGAAGACGGCAACGGAG 3' TACATGTCGT 4.určení spa typu podle databáze = spa typ t003 3'-signature
28 spa typizace - Staph type software
29 RIDOM Spa Server
30 MLST multilokusová sekvenční typizace Stanovení sekvence 7 genů rozmístěných v různých místech genomu Přiřazení sekvencí do alelových typů Kombinace typů alel tvoří sekvenční typ (ST) Zavedena u celé řady druhů Databáze přístupná na webu S vhodnými statistickými algoritmy umožňuje provádět shlukovou analýzu a dedukci klonálních linií Vhodná pro dlouhodobé a globální epidemiologické analýzy
31 MLST internetová databáze (
32 Rekonstrukce fylogeneze klonů eburst v3 algoritmus pro analýzu MLST typů ( CC8
33 Děkuji za pozornost
IDENTIFIKACE A TYPIZACE STAFYLOKOKŮ METODOU (GTG) 5 -PCR
IDENTIFIKACE A TYPIZACE STAFYLOKOKŮ METODOU (GTG) 5 -PCR Nováková Dana Česká sbírka mikroorganismů, Masarykova universita, Brno ÚVODEM O REP-PCR PCR = mnohonásobné zmnožení úseků obsahujících fragment
Využití DNA sekvencování v
Využití DNA sekvencování v taxonomii prokaryot Mgr. Pavla Holochová, doc. RNDr. Ivo Sedláček, CSc. Česká sbírka mikroorganismů Ústav experimentální biologie Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita,
Identifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph
Identifikace stafylokoků pomocí komerčních souprav STAPHYtest 24 a API Staph Ivo Sedláček 1, Petr Petráš 2, Eva Plíšková 3, Tereza Škapová 4, Jana Jančová 4, Petr Ježek 5 1 Česká sbírka mikroorganismů,
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ S. aureus S. simiae (D83357) (AY727530) S. hominis (X66101) S. haemolyticus (D83367) S. stepanoicii
Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin
Mendelova genetika v příkladech Využití DNA markerů ve studiu fylogeneze rostlin Ing. Petra VESELÁ Ústav lesnické botaniky, dendrologie a geobiocenologie LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován
GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ Staphylococcus intermedius jako Staphylococcus pseudintermedius
Konzultační den NRL pro stafylokoky, SZÚ Praha, 3.11.2010 GENOTYPOVÁ REKLASIFIKACE KMENŮ Staphylococcus intermedius jako Staphylococcus pseudintermedius Pavel Švec 1, Roman Pantůček 2, Petr Petráš 3 1
Ing. Růžena Seydlová. Základní ukazatele z chovu dojnic
JAKÁ JE HYGIENICKÁ KVALITA MLÉKA PRVOTELEK V ČR? Ing. Růžena Seydlová MILCOM a.s. Praha Listopad 2016 Základní ukazatele z chovu dojnic rok stavy dojnic dojnice/stáj průměrná laktace 1. Laktace (% ) mléčná
L. acidophilus_(psmm _ TIDE):
L. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie
Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy
& Molekulárně biologické metody princip, popis, výstupy Klára Labská Evropský program pro mikrobiologii ve veřejném zdravotnictví (EUPHEM), ECDC, Stockholm NRL pro herpetické viry,centrum epidemiologie
ZDRAVOTNÍ STAV MLÉČNÉ ŽLÁZY PRVOTELEK V ČESKÉ REPUBLICE. Ing. Růžena Seydlová, PhD. MILCOM a.s. Praha duben 2015
ZDRAVOTNÍ STAV MLÉČNÉ ŽLÁZY PRVOTELEK V ČESKÉ REPUBLICE Ing. Růžena Seydlová, PhD. MILCOM a.s. Praha duben 2015 Základní ukazatele z chovu dojnic rok stavy dojnic dojnice/stáj průměrná laktace 1. laktace
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII. Martina Nováková, VŠCHT Praha
MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÉ METODY V ENVIRONMENTÁLNÍ MIKROBIOLOGII Martina Nováková, VŠCHT Praha MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE V BIOREMEDIACÍCH enumerace FISH průtoková cytometrie klonování produktů PCR sekvenování
Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek
Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál Jan Komárek Bioinformatika Bioinformatika je vědní disciplína, která se zabývá metodami pro shromážďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických
L. acidophilus_(psmm _ TIDE): 2010-04-06
_(PSMM _ TIDE): 2010-04-06 Ivo Sedláček a Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno Projekt FI-IM5/205 problematika taxonomie Polyfázová taxonomie - taxonomie
Zubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra. I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P.
Zubní kaz v časném dětství a mikrobiální flóra projekt 1M0021622409 I. Sedláček, L. Žáčková, M. Kukletová, L. Klapušová, J. Kuklová, D. Nováková, P. Švec Bakteriální mikroflóra zubů průkaz druhové diverzity
Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza
Využití metod strojového učení v bioinformatice David Hoksza SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita v Praze Bioinformatika Biologické inspirace
6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života?
6. Kde v DNA nalézáme rozdíly, zodpovědné za obrovskou diverzitu života? Pamatujete na to, co se objevilo v pracích Charlese Darwina a Alfreda Wallace ohledně vývoje druhů? Aby mohl mechanismus přírodního
Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia
Polyfázová identifikace kmenů Aeromonas encheleia D. Nováková, A. Vávrová, P. Švec a I. Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Charakterizace aeromonád G-, pohyblivé tyčky, kokotyčky, čeleď Aeromonadaceae
2. Z následujících tvrzení, týkajících se prokaryotické buňky, vyberte správné:
Výběrové otázky: 1. Součástí všech prokaryotických buněk je: a) DNA, plazmidy b) plazmidy, mitochondrie c) plazmidy, ribozomy d) mitochondrie, endoplazmatické retikulum 2. Z následujících tvrzení, týkajících
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 10. Další metody
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin 10. Další metody Další molekulární markery trflp ISSRs (retro)transpozony kombinace a modifikace různých metod real-time PCR trflp
Základy genomiky. I. Úvod do bioinformatiky. Jan Hejátko
Základy genomiky I. Úvod do bioinformatiky Jan Hejátko Masarykova univerzita, Oddělení funkční genomiky a proteomiky Laboratoř molekulární fyziologie rostlin Základy genomiky I. Zdrojová literatura ke
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Poziční klonování Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky - seznámení s metodou pozičního klonování genů
Struktura a funkce biomakromolekul
Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 7. Interakce DNA/RNA - protein Ivo Frébort Interakce DNA/RNA - proteiny v buňce Základní dogma molekulární biologie Replikace DNA v E. coli DNA polymerasa a
Genové knihovny a analýza genomu
Genové knihovny a analýza genomu Klonování genů Problém: genom organismů je komplexní a je proto obtížné v něm najít a klonovat specifický gen Klonování genů Po restrikčním štěpení genomové DNA pocházející
Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE
16.9.2009 Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE Josef Scharfen NRL pro patogenní aktinomycety Oddělení lékařské mikrobiologie a imunologie Oblastní nemocnice Trutnov, a.s. SEMINÁŘ SLM PSMM
Využití rep-pcr v bakteriální taxonomii
Využití rep-pcr v bakteriální taxonomii Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU rep-pcr založeny na shlukové analýze PCR produktů získaných s primery komplementárními k rozptýleným
TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN
TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN Translace - překlad genetické informace z jazyka nukleotidů do jazyka aminokyselin podle pravidel genetického kódu. Genetický kód - způsob zápisu genetické informace Kód Morseovy
Metody molekulární biologie
Metody molekulární biologie 1. Základní metody molekulární biologie A. Izolace nukleových kyselin Metody využívající různé rozpustnosti Metody adsorpční Izolace RNA B. Centrifugační techniky o Princip
SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY
Oddělení funkční genomiky a proteomiky Přírodovědecká fakulta Masarykovy university SYNTETICKÉ OLIGONUKLEOTIDY Hana Konečná CENTRÁLNÍ LABORATOŘ Masarykovy Univerzity v Brně ODDĚLENÍ FUNKČNÍ GENOMIKY A
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
Staphylococcus petrasii, nový druh stafylokoka z České republiky
ZPRÁVY CENTRA EPIDEMIOLOGIE A MIKROBIOLOGIE (SZÚ, PRAHA) 2013; 22(8) Staphylococcus petrasii, nový druh stafylokoka z České republiky Staphylococcus petrasii, a novel staphylococcal species from the Czech
Proteiny Genová exprese. 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.
Proteiny Genová exprese 2013 Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D. Bílkoviny (proteiny), 15% 1g = 17 kj Monomer = aminokyseliny aminová skupina karboxylová skupina α -uhlík postranní řetězec Znát obecný vzorec
ORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků verze 2010
INFORMACE Z NRL A ODBORNÝCH PRACOVIŠŤ SZÚ ORIDES orientační identifikace koaguláza negativních stafylokoků verze 2010 ORIDES presumptive identification of coagulase-negative staphylococci version 2010
Úloha protein-nekódujících transkriptů ve virulenci patogenních bakterií
Téma bakalářské práce: Úloha protein-nekódujících transkriptů ve virulenci patogenních bakterií Nové odvětví molekulární biologie se zabývá RNA molekulami, které se nepřekládají do proteinů, ale slouží
Aplikace DNA markerů v mykologii a molekulárni taxonomii
Mendelova genetika v příkladech Aplikace DNA markerů v mykologii a molekulárni taxonomii doc. RNDr. Michal Tomšovský, Ph.D., Ústav ochrany lesů a myslivosti, LDF MENDELU, Brno Tento projekt je spolufinancován
Genetická diverzita masného skotu v ČR
Genetická diverzita masného skotu v ČR Mgr. Jan Říha Výzkumný ústav pro chov skotu, s.r.o. Ing. Irena Vrtková 26. listopadu 2009 Genetická diverzita skotu pojem diverzity Genom skotu 30 chromozomu, genetická
MOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ METODY V SURVEILLANCE A ŠETŘENÍ EPIDEMIÍ
Využití molekulárně epidemiologických metod v praxi epidemiologa KHS P. Pazdiora Konference MOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ METODY V SURVEILLANCE A ŠETŘENÍ EPIDEMIÍ Praha, 28.3.2019 Prokázané sekvenační typy legionel
RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA
RIGORÓZNÍ OTÁZKY - BIOLOGIE ČLOVĚKA 1. Genotyp a jeho variabilita, mutace a rekombinace Specifická imunitní odpověď Prevence a časná diagnostika vrozených vad 2. Genotyp a prostředí Regulace buněčného
PSMM _ TIDE
PSMM _ TIDE 2010-02-19 Ivo Sedláček Česká sbírka mikroorganismů Přírodovědecká fakulta MU Tvrdého 14, 602 00 Brno mikrobiální biosféra není statická dorozumívací jazyk Prokaryota mohou, a také to dělají,
PCR IN DETECTION OF FUNGAL CONTAMINATIONS IN POWDERED PEPPER
PCR IN DETECTION OF FUNGAL CONTAMINATIONS IN POWDERED PEPPER Trojan V., Hanáček P., Havel L. Department of Plant Biology, Faculty of Agronomy, Mendel University of Agriculture and Forestry in Brno, Zemedelska
Počítačové vyhledávání genů a funkčních oblastí na DNA
Počítačové vyhledávání genů a funkčních oblastí na DNA Hodnota genomových sekvencí záleží na kvalitě anotace Anotace Charakterizace genomových vlastností s použitím výpočetních a experimentálních metod
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin. 12. Shrnutí,
Využití molekulárních markerů v systematice a populační biologii rostlin 12. Shrnutí, Přehled molekulárních markerů 1. proteiny isozymy 2. DNA markery RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) založené
Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin
Mendelova univerzita v Brně Agronomická fakulta Ústav biologie rostlin Inovace praktických cvičení molekulárně-biologických předmětů o sekvenční úlohy PRACOVNÍ PROTOKOL PRO PŘEDMĚT GENETCKÁ DIVERZITA Vypracováno
"Učení nás bude více bavit aneb moderní výuka oboru lesnictví prostřednictvím ICT ". Základy genetiky, základní pojmy
"Učení nás bude více bavit aneb moderní výuka oboru lesnictví prostřednictvím ICT ". Základy genetiky, základní pojmy 1/75 Genetika = věda o dědičnosti Studuje biologickou informaci. Organizmy uchovávají,
Genetický polymorfismus
Genetický polymorfismus Za geneticky polymorfní je považován znak s nejméně dvěma geneticky podmíněnými variantami v jedné populaci, které se nachází v takových frekvencích, že i zřídkavá má frekvenci
Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu. úloha II. Jan Komárek, Gabriel Demo
Studijní materiály pro bioinformatickou část ViBuChu úloha II Jan Komárek, Gabriel Demo Adenin Struktura DNA Thymin 5 konec 3 konec DNA tvořena dvěmi řetězci orientovanými antiparalelně (liší se orientací
NOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ SBÍRKY MIKROORGANISMŮ
M. Laichmanová a S. Karpíšková Česká sbírka mikroorganismů, Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Tvrdého 14, 602 00 Brno NOVINKY V NABÍDCE KONTROLNÍCH KMENŮ ČESKÉ
Biotechnologický kurz. II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 17. - 21. 6. 2013
Biotechnologický kurz Biotechnologický kurz II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 17. - 21. 6. 2013 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU v Brně Zemědělská
Predikce epidemií listerióz molekulárně biologickými metodami
Predikce epidemií listerióz molekulárně biologickými metodami Renáta Karpíšková Tereza Gelbíčová Molekulárně-biologické metody v surveillance a šetření epidemií, SZÚ Praha, 28. 3. 2019 Listerióza invazivní
Základy praktické Bioinformatiky
Základy praktické Bioinformatiky PETRA MATOUŠKOVÁ 2018/2019 8/10 Základy praktické bioinformatiky Téma 8/10 Nukleotidová bioinformatika IV Cíle: Student bude schopen navrhnout primery pro kvantitativní
Vyhledávání podobných sekvencí BLAST
Vyhledávání podobných sekvencí BLAST Základní informace Následující text je součástí učebních textů předmětu Analýza sekvencí DNA a je určen hlavně pro studenty Matematické biologie. Může být ovšem přínosný
Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské. doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc.
Genetický polymorfismus jako nástroj identifikace osob v kriminalistické a soudnělékařské praxi doc. RNDr. Ivan Mazura, CSc. Historie forenzní genetiky 1985-1986 Alec Jeffreys a satelitní DNA 1980 Ray
V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014. Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU
V. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 16. - 20. 6. 2014 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU Zemědělská 1, Budova A, 4. patro (učebny dle programu)
Hybridizace nukleových kyselin
Hybridizace nukleových kyselin tvorba dvouřetězcových hybridů ze dvou jednořetězcových a alespoň částečně komplementárních molekul nukleových kyselin založena na schopnosti denaturace a renaturace DNA
Biotechnologický kurz. III. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky
Biotechnologický kurz Biotechnologický kurz III. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 18. - 22. 6. 2012 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU v Brně
Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK
ové technologie v analýze D A, R A a proteinů Stanislav Kmoch Centrum aplikované genomiky, Ústav dědičných metabolických poruch, 1.LFUK Motto : "The optimal health results from ensuring that the right
Dezinfekce rukou a přehled výskytu mikrobiální flory na rukou nemocničního personálu
Dezinfekce rukou a přehled výskytu mikrobiální flory na rukou nemocničního personálu Eva Padevětová MVDr. Petr Ježek Mikrobiologické oddělení E-mail: micvrch@onp.cz 30..2006 Úvod průzkum proběhl v Oblastní
Molekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA
Molekulární základy dědičnosti Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA Ústřední dogma molekulární genetiky - vztah mezi nukleovými kyselinami a proteiny proteosyntéza replikace DNA RNA
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ Mária Čudejková 2. Transkripce genu a její regulace Transkripce genetické informace z DNA na RNA Transkripce dvou genů zachycená na snímku z elektronového mikroskopu.
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. Investice do rozvoje vzdělávání
CVIČENÍ II. IZOLACE DNA, DETEKCE GENŮ METODOU PCR, STANOVENÍ PŘÍBUZNOSTI IZOLÁTŮ METODOU ERIC PCR
CVIČENÍ II. PŘEDMĚT ANTIBIOTICKÁ REZISTENCE IZOLACE DNA, DETEKCE GENŮ METODOU PCR, STANOVENÍ PŘÍBUZNOSTI IZOLÁTŮ METODOU ERIC PCR Bakterie řadíme mezi prokaryotické organizmy, které nesou genetickou informaci
Ivo Papoušek. Biologie 8, 2015/16
Ivo Papoušek Biologie 8, 2015/16 Doporučená literatura: Metody molekulární biologie (2005) Autoři: Jan Šmarda, Jiří Doškař, Roman Pantůček, Vladislava Růžičková, Jana Koptíková Izolace nukleových kyselin
Metody používané v MB. analýza proteinů, nukleových kyselin
Metody používané v MB analýza proteinů, nukleových kyselin Nukleové kyseliny analýza a manipulace Elektroforéza (délka fragmentů, čistota, kvantifikace) Restrikční štěpení (manipulace s DNA, identifikace
Analýza DNA. Co zjišťujeme u DNA DNA. PCR polymerase chain reaction. Princip PCR PRINCIP METODY PCR
o zjišťujeme u DN nalýza DN enetickou podstatu konkrétních proteinů Mutace bodové (sekvenční delece nebo inzerce nukleotidů), chromosomové aberace (numerické, strukturální) Polymorfismy konkrétní mutace,
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE. Mikroskopické houby - rod Aspergillus
MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE Mikroskopické houby - rod Aspergillus zástupci rodu Aspergillus - popsáno 339 druhů, cca 40 druhů popsáno jako původci mykotických
Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN. I. Přehled
Bioinformatika a výpočetní biologie KFC/BIN I. Přehled RNDr. Karel Berka, Ph.D. Univerzita Palackého v Olomouci Definice bioinformatiky (Molecular) bio informatics: bioinformatics is conceptualising biology
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ
Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ Mária Majeská Čudejková 3. Proteosyntéza Centrální dogma molekulární biologie Rozluštění genetického kódu in vitro Marshall Nirenberg a Heinrich Matthaei zjistili,
Kameyama Y. et al. (2001): Patterns and levels of gene flow in Rhododendron metternichii var. hondoense revealed by microsatellite analysis.
Populační studie Kameyama Y. et al. (2001): Patterns and levels of gene flow in Rhododendron metternichii var. hondoense revealed by microsatellite analysis. Molecular Ecology 10:205 216 Proč to studovali?
Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie.
Návrh směrnic pro správnou laboratorní diagnostiku Friedreichovy ataxie. Připravila L.Fajkusová Online Mendelian Inheritance in Man: #229300 FRIEDREICH ATAXIA 1; FRDA *606829 FRDA GENE; FRDA Popis onemocnění
EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů Klonování a sekvenování přírodní DNA základ pro fylogenetickou analýzu společenstva
EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů Klonování a sekvenování přírodní DNA základ pro fylogenetickou analýzu společenstva Iva Buriánková Katedra ekologie PřF UP KLONOVÁNÍ GENŮ KLONOVÁNÍ GENŮ Klonování
Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst
Využití strojového učení k identifikaci protein-ligand aktivních míst David Hoksza, Radoslav Krivák SIRET Research Group Katedra softwarového inženýrství, Matematicko-fyzikální fakulta Karlova Univerzita
Biotechnologický kurz. II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky
Biotechnologický kurz Biotechnologický kurz II. letní škola metod molekulární biologie nukleových kyselin a genomiky 20. - 24. 6. 2011 Ústav morfologie, fyziologie a genetiky zvířat AF MENDELU v Brně Zemědělská
Bakteriální meningitidy úloha NRL a doporučení NRL pro praxi Pavla Křížová Centrum epidemiologie a mikrobiologie Státní zdravotní ústav Praha Seminář SLM, Lékařský dům, 7.10.2014 Spolupráce laboratoří
Metody studia historie populací. Metody studia historie populací
1) Metody studia genetické rozmanitosti komplexní fenotypové znaky, molekulární znaky. 2) Mechanizmy evoluce mutace, přírodní výběr, genový posun a genový tok 3) Anageneze x kladogeneze - co je vlastně
Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů
Využití metagenomiky při hodnocení sanace chlorovaných ethylenů in situ Výsledky pilotních testů Stavělová M.,* Macháčková J.*, Rídl J.,** Pačes J.** * Earth Tech CZ, s.r.o ** ÚMG AV ČR PROČ METAGENOMIKA?
Fingerprinting mikrobiálního společenstva (DGGE/TGGE, RFLP,T-RFLP, AFLA, ARDRA, (A)RISA)
EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů Fingerprinting mikrobiálního společenstva (DGGE/TGGE, RFLP,T-RFLP, AFLA, ARDRA, (A)RISA) EKO/MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů DNA fingerprinting genetická
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu. Terminologie Klonování je proces tvorby klonů Klon je soubor identických buněk (příp. organismů) odvozených ze společného předka dělením (např. jedna bakteriální
Využití rekombinantní DNA při studiu mikroorganismů
Využití rekombinantní DNA při studiu mikroorganismů doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2014 1 2 Obsah přednášky 1) Celogenomové metody sekvenování 2) Sekvenování H.
Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK
MODULARIZACE VÝUKY EVOLUČNÍ A EKOLOGICKÉ BIOLOGIE CZ.1.07/2.2.00/15.0204 Molecular Ecology J. Bryja, M. Macholán MU, P. Munclinger - UK Co je molekulární ekologie? Uměle vytvořený obor vymezený technickým
Hybridizace. doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz
Hybridizace doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2013 Obsah přednášky 1) Způsoby provedení hybridizace 2) Hybridizace v roztoku 3) Příprava značených sond 4) Hybridizace
KLASIFIKACE A IDENTIFIKACE BAKTERIÍ
Úvod KLASIFIKACE A IDENTIFIKACE BAKTERIÍ Taxonomie Věda o klasifikaci, identifikaci a nomenklatuře organismů Dva podobory Identifikace Nomenklatura Účelem klasifikace je uspořádání organismů do příbuzných
APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY
APLIKACE METAGENOMIKY PRO HODNOCENÍ PRŮBĚHU SANAČNÍHO ZÁSAHU NA LOKALITÁCH KONTAMINOVANÝCH CHLOROVANÝMI ETHYLÉNY Monika Stavělová 1, Jakub Rídl 2, Maria Brennerová 3, Hana Kosinová 1, Jan Pačes 2 1 AECOM
Struktura a funkce biomakromolekul
Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL 6. Struktura nukleových kyselin Ivo Frébort Struktura nukleových kyselin Primární struktura: sekvence nukleotidů Sekundární struktura: vzájemná poloha nukleotidů
DUM č. 11 v sadě. 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika
projekt GML Brno Docens DUM č. 11 v sadě 37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika Autor: Martin Krejčí Datum: 30.06.2014 Ročník: 6AF, 6BF Anotace DUMu: Princip genové exprese, intenzita překladu
MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE - 4
MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE - 4 V této přednášce si představíme metody, které získávají molekulární znaky bez použití sekvenace. Všechny tyto metody je teoreticky možné sekvenací nahradit. Oproti sekvenaci celých
Crossing-over. over. synaptonemální komplex
Genetické mapy Crossing-over over v průběhu profáze I meiózy princip rekombinace genetického materiálu mezi maternálním a paternálním chromosomem synaptonemální komplex zlomy a nová spojení chromatinových
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Genomika (KBB/GENOM) Fyzické mapování Fyzické cytogenetické a fyzické molekulární mapy Ing. Hana Šimková, CSc. Cíl přednášky
Malcomber S.T. (2000): Phylogeny of Gaertnera Lam. (Rubiaceae) based on multiple DNA markers: evidence of a rapid radiation in a widespread,
Malcomber S.T. (2000): Phylogeny of Gaertnera Lam. (Rubiaceae) based on multiple DNA markers: evidence of a rapid radiation in a widespread, morphologically diverse genus. Evolution 56(1):42-57 Proč to
Genetické markery - princip a využití
Genetika a šlechtění lesních dřevin Genetické markery - princip a využití Doc. Ing. RNDr. Eva Palátová, PhD. Ing. R. Longauer, CSc. Ústav zakládání a pěstění lesů LDF MENDELU Brno Tento projekt je spolufinancován
ORIDES orientační identifikace koaguláza-negativních stafylokoků verze 2018
INFORMACE Z NRL A ODBORNÝCH PRACOVIŠŤ SZÚ ORIDES orientační identifikace koaguláza-negativních stafylokoků verze 2018 ORIDES presumptive identification of coagulase-negative staphylococci version 2018
Příprava rekombinantních molekul pro diagnostické účely
1 Příprava rekombinantních molekul pro diagnostické účely doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. bartosm@vfu.cz Přírodovědecká fakulta MU, 2014 2 Obsah přednášky 1) Pojem rekombinantní DNA 2) Historické milníky
1. Definice a historie oboru molekulární medicína. 3. Základní laboratorní techniky v molekulární medicíně
Obsah Předmluvy 1. Definice a historie oboru molekulární medicína 1.1. Historie molekulární medicíny 2. Základní principy molekulární biologie 2.1. Historie molekulární biologie 2.2. DNA a chromozomy 2.3.
Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/
I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í Inovace studia molekulární a buněčné biologie reg. č. CZ.1.07/2.2.00/07.0354 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním
Bakalářská práce. Zdravotní problematika rodu Staphylococcus
JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH ZEMĚDĚLSKÁ FAKULTA Katedra veterinárních disciplín a kvality produktů Studijní program: B4131 Zemědělství Studijní obor: Trvale udržitelné systémy hospodaření
Nové přístupy v modifikaci funkce genů: CRISPR/Cas9 systém
Nové přístupy v modifikaci funkce genů: CRISPR/Cas9 systém Lesk a bída GM plodin Lesk a bída GM plodin Problémy konstrukce GM plodin: 1) nízká efektivita 2) náhodnost integrace transgenu 3) legislativa
Nové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku
B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické laboratoři, aneb jak ovlivnit čas k získání klinicky relevantního výsledku Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY Obsah prezentace Historie, vývoj a trendy
Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči
B I O M E D I C AL Nové technologie v mikrobiologické diagnostice a jejich přínos pro pacienty v intenzivní péči Jaroslav Hrabák CHARLES UNIVERSITY IN PRAGUE Obsah prezentace ČSIM 2016 Mikrobiologická
Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/
Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a Státním rozpočtem ČR InoBio CZ.1.07/2.2.00/28.0018 Genetické markery Genetické markery = znaky, které informují o genotypu - vhodné jsou znaky,
Externí kontrola kvality sekvenačních analýz
Externí kontrola kvality sekvenačních analýz Radka Bolehovská 1, Lenka Plíšková 2, Kateřina Hrochová 2 Úsek molekulární biologie, 1 Ústav klinické mikrobiologie 2 Ústav klinické biochemie a diagnostiky
Dědičnost pohlaví Genetické principy základních způsobů rozmnožování
Dědičnost pohlaví Vznik pohlaví (pohlavnost), tj. komplexu znaků, vlastností a funkcí, které vymezují exteriérové i funkční diference mezi příslušníky téhož druhu, je výsledkem velmi komplikované série