Laboratorní příručka Laboratoře pro studium mitochondriálních poruch

Transkript

1 Všeobecná fakultní nemocnice v Praze U Nemocnice 499/2, Praha Klinika dětského a dorostového lékařství Diagnostické laboratoře dědičných metabolických poruch Pracoviště: Ke Karlovu 455/2, Praha 2 Řád Strana 1 z 22 Laboratorní příručka Laboratoře pro Obsah: 1. Účel a oblast platnosti dokumentu Zkratky Informace o laboratoři Základní informace o laboratoři Odpovědnosti a pravomoci Správná laboratorní praxe, managemet kvality a stav akreditace Obecné zásady na ochranu osobních údajů Postup (popis činností) Poţadavky pro provedení analýzy Ţádanky (poţadavkové listy) Informovaný souhlas pacienta Materiál pro vyšetření a postup pro odběr primárních vzorků, příprava pacienta před odběrem Označování vzorků odesílaných do laboratoře Dodatečná vyšetření Preanalytické procesy v laboratoři Příjem vzorků a ţádanek, urgentní vzorky Kritéria pro přijetí nebo odmítnutí vzorků Manipulace a skladování vzorků před analýzou Postupy vyšetření Vydávání výsledků a komunikace s laboratoří Formy výsledkových zpráv, způsob vydávání Dostupnost výsledků Hlášení kritických hodnot Opravy vydaných výsledkových zpráv Uvolňování výsledků Konzultační činnost laboratoře Způsob řešení stíţností Zpracovatel: Ing. Kateřina Veselá, Ph.D. Garant: Vedoucí laboratoře Kontroloval: Ing. Kateřina Veselá, Ph.D. Účinnost dokumentu od: První vydání dne: Výtisk č.: Schválil: RNDr. Hana Hansíková, CSc. Dne:

2 Strana 2 z Řízení kvality Odpovědnosti Vnitřní kontrola kvality Externí hodnocení kvality (EHK) Přehled prováděných vyšetření Přehled zpracovávaného biologického materiálu Doba odezvy laboratoře Prováděná diagnostická vyšetření biochemický úsek Prováděná diagnostická vyšetření molekulárně genetický úsek Vznikající dokumenty a údaje Související dokumenty Záznam o změnách v dokumentu Záznam o revizi dokumentu... 22

3 Strana 3 z Účel a oblast platnosti dokumentu Laboratorní příručka obsahuje kompletní informace o nabídce sluţeb Laboratoře pro studium mitochondriálních poruch a prováděných laboratorních činnostech. Poskytuje základní informace o správném odběru biologického materiálu, o zacházení s materiálem před a po provedení vyšetření. V dokumentu jsou definovány postupy pro řízení kvality. Laboratorní příručka je závazná pro všechny pracovníky Laboratoře pro studium mitochondriálních poruch, DMP KDDL VFN a 1. LF UK v Praze. 2. Zkratky LPSMP Laboratoř pro DMP dědičné metabolické poruchy KDDL Klinika dětského a dorostového lékařství 1. LF 1. lékařská fakulta UK Univerzita Karlova v Praze VFN Všeobecná fakultní nemocnice v Praze EHK externí hodnocení kvality IČP identifikační číslo pracoviště

4 Strana 4 z Informace o laboratoři 3.1 ZÁKLADNÍ INFORMACE O LABORATOŘI Název: Laboratoř pro, Diagnostické laboratoře DMP Klinika dětského a dorostového lékařství VFN a 1. LF UK Adresa: Ke Karlovu 455/2, Praha 2 Umístění: Provozní doba: areál E (KDDL), budova E4, 2. patro všední dny h Tel: fax: web: laboratorní vyšetření v klinické biochemii a molekulární genetice (biochemická Zaměření: genetika) RNDr. Hana Hansíková, CSc. vedoucí laboratoře hana.hansikova@lf1.cuni.cz; hana.hansikova@vfn.cz sekretariát centrální příjem materiálu a objednávky vyšetření Vedoucí biochemického úseku Vedoucí molekulárněgenetického úseku Pověřený pracovník molekulárně-genetického úseku Správce dokumentace RNDr. Hana Hansíková, CSc hana.hansikova@lf1.cuni.cz; hana.hansikova@vfn.cz Ing. Markéta Tesařová, Ph.D Marketa.Tesarova@lf1.cuni.cz; marketa.tesarova@vfn.cz Prof. MUDr. Jiří Zeman, DrSc. jzem@lf1.cuni.cz Ing. Kateřina Veselá, Ph.D Katerina.Vesela@lf1.cuni.cz Laboratoř pro je součástí Diagnostických laboratoří dědičných metabolických poruch, Kliniky dětského a dorostového lékařství, Všeobecné fakultní nemocnice a 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze. Laboratoř pro (LPSMP) se nachází ve 2. patře budovy E4 v areálu KDDL, Ke Karlovu 455/2, Praha 2.

5 Strana 5 z 22 Jako součást zdravotnického zařízení (VFN) laboratoř zajišťuje diagnostiku mitochondriálních a jiných dědičných poruch na úrovni biochemické, enzymatické a molekulárně genetické. Zároveň se jako pracoviště 1. LF UK věnuje výzkumné činnosti a výuce pre- a postgraduálních studentů. Laboratoř má v souladu se svým přístrojovým vybavením a odbornými moţnostmi stanoven soubor metod laboratorních vyšetření, která můţe realizovat. Zaměstnanci laboratoře splňují svým vzděláním podmínky odborné způsobilosti. Laboratoř se připravuje na akreditaci Českým institutem pro akreditaci, dle normy ČSN EN ISO a spolu s VFN je akreditována dle norem SAK ( 3.2 ODPOVĚDNOSTI A PRAVOMOCI Vedoucí laboratoře: odpovídá za dodrţování Laboratorní příručky a systému managementu kvality odpovídá za odbornost provozu laboratoře a poskytovaných sluţeb odpovídá za administrativní dohled řízení programů kvality provádí průběţnou kontrolu provozu laboratoře Pověřený pracovník: odpovídá za uvolňování výsledků vyšetření (pouze u molekulárně-genetických vyšetření) odpovídá za interpretaci výsledků vyšetření Všichni zaměstnanci oddělení: jsou povinni dodrţovat postupy definované v Laboratorní příručce a další záleţitosti vyplývající z ostatní dokumentace LPSMP a VFN. 3.3 SPRÁVNÁ LABORATORNÍ PRAXE, MANAGEMET KVALITY A STAV AKREDITACE Laboratoř má v souladu se svým přístrojovým vybavením a odbornými moţnostmi stanoven soubor metod laboratorních vyšetření, která můţe realizovat. Zaměstnanci laboratoře splňují svým vzděláním podmínky odborné způsobilosti. Laboratoř uplatňuje zásady správné laboratorní praxe. Laboratoř má zaveden systém vnitřní kontroly kvality a pravidelně se účastní systémů externího hodnocení kvality. Laboratoř je akreditována Českým institutem pro akreditaci, dle normy ČSN EN ISO a spolu s VFN je akreditována dle norem SAK. 3.4 OBECNÉ ZÁSADY NA OCHRANU OSOBNÍCH ÚDAJŮ Všichni pracovníci, kteří přicházejí do styku s osobními údaji pacientů, jsou povinni dodrţovat mlčenlivost a to i po skončení pracovního poměru, v souladu se směrnicí SM-VFN-33 Ochrana osobních údajů, která vychází z platné legislativy (zejména ze zákonů č. 372/2011 Sb. a 101/2000 Sb.).

6 Strana 6 z Postup (popis činností) 4.1 POŢADAVKY PRO PROVEDENÍ ANALÝZY Cílem této kapitoly je seznámení s obecnými poţadavky pro provedení analýzy včetně poţadavků pro odběr a zacházení s primárními vzorky určenými k analýzám v naší laboratoři Ţádanky (poţadavkové listy) Základními poţadavkovými listy jsou řádně vyplněné ţádanky o biochemické či molekulárně genetické vyšetření, které jsou přílohou této příručky, či dostupné na internetových stránkách laboratoře ( sekce Ţádanky a dokumenty ke staţení ). Poţadavek na vyšetření lze poslat na jakémkoliv typu ţádanky, pokud bude splňovat všechny formální náleţitosti, tedy obsahovat: jednoznačnou identifikaci pacienta číslo pojištěnce (u novorozenců datum narození) jméno a příjmení pacienta datum narození a pohlaví pacienta v případě, ţe tato data nejsou jednoznačně určena číslem pojištěnce kód pojišťovny identifikaci objednavatele vyšetření (můţe být uvedeno na razítku) čitelně jméno lékaře název zdravotnického zařízení či oddělení IČP a odbornost lékaře (u ţadatelů z VFN případně nákladové středisko oddělení) kontakt na objednavatele (adresa, telefon, fax) podpis lékaře datum (a je-li to relevantní i čas) odběru primárního vzorku, identifikace pracovníka provádějícího odběr, datum odeslání vzorku do laboratoře poţadovaná vyšetření k danému vzorku základní diagnózu pacienta (číselně) druh primárního vzorku či tkáňový původ vzorku (odeslaný materiál k vyšetření) Bez výše uvedených údajů na ţádance nelze vyšetření provést Informovaný souhlas pacienta Nedílnou součástí ţádanek o molekulárně genetická vyšetření je řádně vyplněný a podepsaný Informovaný souhlas pacienta s poţadovaným vyšetřením. Informovaný souhlas slouţí mimo jiné jako doplňující informace pro laboratoř o nakládání se zbylým biologickým materiálem po skončení vyšetření. Formulář Informovaného souhlasu je přílohou tohoto dokumentu a zároveň je dostupný na internetových stránkách laboratoře ( sekce Ţádanky a dokumenty ke staţení). Bez přiloţeného vyplněného formuláře, či jeho kopie nelze vyšetření provést. Informované souhlasy spojené s invazivními metodami odběru nejsou v kompetenci laboratoře, nicméně na internetových stránkách laboratoře jsou k dispozici pro výzkumné účely Informovaný souhlas s budoucím vyšetřením bioptických tkání s informačním listem a Informovaný souhlas s odběrem vzorků autoptických tkání s informačním listem.

7 Strana 7 z Materiál pro vyšetření a postup pro odběr primárních vzorků, příprava pacienta před odběrem Laboratoř nedisponuje odběrovým centrem. Odběr primárních vzorků zajišťují indikující strany. Laboratoř nenese odpovědnost za odběr a transport vzorků do laboratoře. Indikující strana svým podpisem na ţádance pro dané vyšetření stvrzuje, ţe vzorek byl odebrán a transportován dle pokynů této Laboratorní příručky. Instrukce pro odběr nestandardních, specifických vzorků jsou uvedeny také na webových stránkách laboratoře ( sekce Vyšetření/Odběr a transport materiálu ).

8 Strana 8 z 22 Materiál Odběr Transport Poznámky Srážlivá krev 2 ml žilní krve odebrat do zkumavky bez úpravy (např. BD Vacutainer s červeným víčkem); na zkumavku uvést identifikační údaje pacienta nemrazit Sérum 2 ml plné žilní krve odebrat do zkumavky bez úpravy (viz výše), stočit 10 min při 2000g, separovat sérum do čisté zkumavky; zkumavku označit sérum a identifikační údaje pacienta ihned doručit do laboratoře, při transportu nad 4h od odběru ihned zamrazit na -20 C a transportovat v termosce na ledu, u některých vyšetření je nutné chránit sérum proti světlu zabalením zkumavky do alobalu Krev do EDTA 3-7 ml žilní krve do zkumavky s EDTA (např. BD Vacutainer K3EDTA s fialovým víčkem); na zkumavku uvést identifikační údaje pacienta nemrazit, je-li vzorek odebírán na biochemické vyšetření je nutné jej do laboratoře doručit do 12:00 a vyšetření je nutné objednat předem, pro molekulárně-genetická vyšetření je možné vzorek dodat kdykoliv během pracovní doby Krev do NaCitrátu 2 x 4,5 ml žilní krve do zkumavky s citrátem sodným (např. BD Vacutainer Plus se světle modrým víčkem); na zkumavku uvést identifikační údaje pacienta nechladit, nemrazit, do laboratoře doručit do 1 hodiny po odběru, vyšetření je nutné předem objednat Krev do Li/Heparinu 5 ml žilní krve do zkumavky s heparinátem lithným (např. BD Vacutainer s lithium heparinem se zeleným víčkem); na zkumavku uvést identifikační údaje pacienta nechladit, nemrazit Plodová voda minimálně 1 ml plodové vody ve sterilní zkumavce bez úpravy; zkumavku označit - plodová voda a identifikační údaje pacienta 0-8 C nejlépe v termosce na ledu, při transportu nad 4h od odběru ihned zamrazit na -20 C a transportovat v termosce na ledu, vzorek je nutné chránit proti světlu zabalením zkumavky do alobalu Moč ml, nejlépe ranní moči do čistých močových zkumavek (např. Sarstedt močový kontejner 25 ml), nepoužívat nádobky od léčiv!!!; na zkumavku uvést identifikační údaje pacienta nemrazit, nechladit, doručit do laboratoře do 4 hodin Bukální stěr speciální stěrový tampon (např. Whatman Omniswab) a čistá mikrozkumavka (vše může dodat laboratoř), podrobný postup je popsán pod tabulkou nebo na na zkumavku uvést identifikační údaje pacienta doručit co nejdříve do laboratoře, při transportu nad 4h od odběru ihned zamrazit na -20 C a transportovat v termosce na ledu; postup odběru a transportu do laboratoře podrobně popsán na

9 Strana 9 z 22 Materiál Odběr Transport Poznámky Vlasové folikuly vytrhnout 3-5 vlasů včetně kořínku, kořínek a část vlasu (cca 1,5 cm) umístit do čisté mikrozkumavky (může dodat laboratoř); na zkumavku uvést identifikační údaje pacienta nechladit, nemrazit Svalová biopsie odebrat min 150 mg, odběr včetně bezprostředního zpracování vzorku a podmínek transportu je popsán pod tabulkou nebo na na zkumavku se vzorky uvést typ tkáně, místo odběru a identifikační údaje pacienta 0-8 C na ledu (při cca 4 C), doručit do 1 hodiny po odběru; vyšetření je nutné předem objednat Autoptické tkáně autoptických tkání včetně jejich bezprostředního zpracování a transportu je popsán podrobně pod tabulkou nebo na na zkumavku se vzorky uvést typ tkáně a identifikační údaje pacienta viz příloha vyšetření je nutné předem objednat Kultivované fibroblasty postup při kožní biopsii je popsán podrobně v příloze laboratorní příručky nebo na založení primární kultury kožních fibroblastů je možné zajistit na pracovišti Tkáňových kultur, Diagnostických laboratoří DMP, KDDL VFN a 1. LF UK; kultivované fibroblasty v požadovaném množství jsou zasílány přímo v kultivačních lahvičkách s kultivačním médiem; na zkumavku/kultivační lahvičky uvést identifikační údaje pacienta během transportu kultivovaných fibroblastů je nutné, aby byly buňky neustále pokryty kultivačním médiem, při transportu na delší vzdálenost doporučujeme kultivační lahvičky zcela naplnit médiem, vyšetření je nutné předem objednat Choriové klky laboratoř přijímá vzorky choriových klků až po jejich primárním zpracování na specializovaných pracovištích (např. ÚBLG 2. LF UK a FN Motol nebo ÚBLG 1. LF UK a VFN), transportovat ve sterilní zkumavce s transportním médiem; na zkumavku uvést identifikační údaje pacienta transport v kultivačním médiu, vyšetření je nutné předem objednat Izolovaná DNA na zkumavku doplnit typ tkáně, ze které byla DNA izolovaná, a uvést identifikační údaje pacienta poslat dostatečné množství DNA podle požadovaných vyšetření Sperma vzorek ejakulátu (minimálně 1ml) se odebírá do čisté suché nádobky, nechat stát cca 30 min při pokojové teplotě (22-25 C); na zkumavku uvést identifikační údaje pacienta pouze pro výzkumné účely; transportu se musí dodržovat, aby nedošlo k teplotnímu šoku (transport vzorku v termosce chráněné proti chladu), doručit do laboratoře do dvou hodin

10 Strana 10 z Odběr bukálního stěru pro molekulárně-genetická vyšetření Pacient by cca 1 hod před odběrem vzorku bukálního stěru neměl nic jíst (popř. ţvýkat), pít a provádět ústní hygienu. Pokud pacient jedl nebo pil je nezbytné, aby si před odběrem vypláchl ústa vodou. Pracovník, který provádí odběr, si připraví jeden odběrový tampon (např. Whatman s Sterile Omni Swab) a 1 mikrozkumavku (1,5 ml), která je označena identifikačními údaji pacienta. Odběr je nutné provádět v rukavicích. Pracovník se dotýká odběrové tyčinky pouze na konci, který neobsahuje stěrový tampon. Stěrový tampón vloţí do úst pacienta a důkladně jím otírá (5-6x, cca 10 sec) bukální sliznici dutiny ústní (vnitřní strany tváří) a záhyby mezi dásněmi pohybem dopředu a dozadu. Je vhodné vyvíjet odběrovým tampónem mírný tlak na povrch sliznice. Ihned po odběru se odběrový tampon vloţí do připravené mikrozkumavky a uvolní se z odběrové tyčinky (v případě Whatman s Sterile Omni Swab stlačením konce odběrové tyčinky, který je mimo mikrozkumavku). Poté je zkumavka uzavřena a ihned doručena do laboratoře. V případě, ţe není moţné doručit vzorek do laboratoře v den odběru (ideálně do 4 hodin po odběru), je nutné jej skladovat při -20 C Odběr kůže pro založení kultury fibroblastů Odběr kůţe se provádí sterilně (bez lokálního anestetika) z vhodného místa (obvykle vnitřní strana levé paţe, u velmi malých dětí je moţno odběr provést z místa nad řezem pro odběr svalu) a povrch se před odběrem desinfikuje pouze 70% ethanolem (2x20ml) a nechá se odpařit. Poté místo odběru opláchneme aqua pro injectione (2x20ml) a necháme uschnout. Optimální velikost odebrané tkáně pro napěstování dostatečného mnoţství koţních fibroblastů je 5x3x1-2 mm zasahující do škáry (v pokoţce fibroblasty nejsou). Odebraný preparát se přemístí do nádobky se sterilním médiem. Zkumavku se sterilně odebranou tkání dopravujeme chráněnou před vniknutím prachu překrytím víčka (aluminiovou fólií, sáčky). Je-li přepravována na větší vzdálenost, chraňte ji také vhodným obalem před mechanickým poškozením a poškozením vlivem extrémních teplot (nesmí zmrznout!) Odběr svalové biopsie Naše laboratoř dává přednost biopsii otevřenou metodou v celkové anestézii, místo odběru m.tibialis anterior. Na všechna vyšetření je třeba odebrat mg tkáně (coţ jsou asi 2 kousky o rozměru 10x6x5mm). V případě, ţe je patrné, ţe svalovina je prorostlá nebo fibrózní, je třeba odebrat tkáně více. Odebraný sval poloţíme na gázu zvlhčenou fyziologickýcm roztokem, aby nedošlo k vysychání tkáně. Vzorek pokud moţno ihned pinzetou přemístíme do suché plastové nádobky (zkumavka, eppendorfka) označené štítkem se jménem pacienta, číslem pojištěnce, datem odběru a typem tkáně. Zkumavku ihned umístíme do termosky, která byla naplněna ledem a termosku transportujeme k nám do laboratoře (transport by neměl trvat déle neţ 1 hodinu). V případě, ţe by transport materiálu trval déle neţ 1 hodinu, biopsii lze domluvit na Klinice dětského a dorostového lékařství VFN a 1.LF UK na tel. čísle (doc. MUDr. Martin Magner, Ph.D.) Odběr tkání po úmrtí Pitvu pacienta s podezřením na mitochondriální onemocnění je třeba provést do 2 hod. po úmrtí z důvodu odběru tkání pro biochemická a molekulární vyšetření. Doporučujeme odebrat tyto tkáně: sval (a m.tibialis anterior, m.deltoideus, bránice - v případě, ţe je patrné, ţe svalovina je prorostlá nebo fibrózní, je třeba odebrat tkáně více) srdce z apikální části játra mozek (frontální kůra a bazální ganglia)

11 Strana 11 z 22 Z kaţdé tkáně je třeba odebrat minimálně 500 mg ve více kouscích (cca 3-5kousků á 0,5cm x0,5cm x0,5 cm). Odebrané kousky tkáně poloţíme na gázu zvlhčenou fyziologickým roztokem, aby nedošlo k vysychání tkáně. Vzorek pokud moţno ihned zamrazíme v tekutém dusíku (tzn. samotný kousek tkáně hodíme do termosky s tekutým dusíkem, cca po 1 min zbělá). Poté tkáň pinzetou umístíme do suché plastové nádobky (zkumavka, mikrozkumavka) označené štítkem se jménem pacienta, číslem pojištěnce, datem a hodinou odběru a typem tkáně. Zkumavku ihned umístíme do jiné termosky, která byla naplněna suchým ledem (zmraţený CO 2 ). Termosku transportujeme do laboratoře. Pokud by se transport neuskutečnil ihned po odběru, je třeba vzorek zmraţené svalové tkáně umístit do mrazáku 80 C. Důleţité je, aby jiţ jednou zmraţená tkáň při další manipulaci nerozmrzla. V případě, ţe není k dispozici tekutý dusík, postupujeme následovně: Nejdříve si připravíme mrazící směs: do termosky umístíme několik větších kousků suchého ledu a ty zalejeme ethanolem/lihobenzinem (začne bublat a kouřit). Odebrané tkáně umístíme do suché plastové nádobky (zkumavky, mikrozkumavky, tabletovky) označené štítkem se jménem pacienta, číslem pojištěnce, datem a hodinou odběru a typem tkáně (štítek je nejlépe nadepisovat obyčejnou tuţkou, lihové a inkoustové tuţky se v chladící směsi smaţou). Nádobku s tkání vloţíme do mrazící směsi. Aţ tkáně zmrznou (cca 5 min), umístíme nádobky do nového suchého ledu a ihned transportujeme, nebo do doby transportu umístíme do mrazáku -80 C. V případě, ţe nelze zajistit pitvu do 2 hod od úmrtí dítěte, je třeba odebrat do 2 hod alespoň vzorek kůţe na kultivaci fibroblastů (viz výše), a vzorky svalu a jater přímo na oddělení. Zamraţení vzorků je stejné (viz výše). V den transportu nás, prosím, kontaktujte ráno na tel.čísle: , Označování vzorků odesílaných do laboratoře Kaţdý vzorek (odběrová nádobka) musí být označena štítkem s uvedením minimálně jméno a příjmení pacienta číslo pojištěnce (pokud je to moţné), případně jiný kód (datum, rok narození apod.) pokud je to vhodné typ, původ materiálů (vzorky z biopsií, autopsií apod.) V případě odběru vzorků jedinců stejného či snadno zaměnitelného jména je nutné dbát na jednoznačnost označení materiálu (uvádět vţdy číslo pojištěnce či datum narození). 4.2 DODATEČNÁ VYŠETŘENÍ Moţnost dodatečných vyšetření je limitována vlastnostmi, mnoţstvím a uchováváním zpracovávaného biologického materiálu. Dodatečná vyšetření jsou moţná po domluvě s vedoucím laboratoře nebo úseku a následném dodání ţádanky k poţadovanému dodatečnému vyšetření. V případě molekulárně-genetických vyšetření i nového informovaného souhlasu, pokud je nově poţadované vyšetření mimo rozsah původního informovaného souhlasu. 4.3 PREANALYTICKÉ PROCESY V LABORATOŘI Příjem vzorků a ţádanek, urgentní vzorky Všechny vzorky přijímá sluţba na Centrálním příjmu vzorků, který se nachází v prostoru vstupu do laboratoře. Podrobné postupy týkající se příjmu a evidence ţádanek a biologického materiálu jsou shrnuty v interním dokumentu Příjem a zpracování biologického materiálu na Centrálním příjmu (PP-KDDL-DMP-M-1).

12 Strana 12 z 22 Vzhledem k charakteru prováděných vyšetření laboratoř nepřijímá statimové vzorky Kritéria pro přijetí nebo odmítnutí vzorků K analýzám jsou přijímány vzorky s náleţitě vyplněnou ţádankou a informovaným souhlasem pacienta (u molekulárně genetických analýz), které nenesou zjevné známky nedodrţení pravidel pro odběr a transport vzorků. Kritéria pro nepřijetí materiálu: neoprávněný poţadavek, laboratoř neprovádí poţadované vyšetření ţádanka s biologickým materiálem, na které chybí nebo jsou nečitelné základní údaje (identifikace pacienta, zdravotní pojišťovny, odesílajícího lékaře) a není moţné chybějící údaje doplnit nesrovnalosti mezi údaji na ţádance (jméno, číslo pojištěnce) a označením vzorku vzorek není odebrán v souladu s poţadavky pro odběr vzorku a tím je znemoţněno vzorek zpracovat a analyzovat (nevhodná odběrová nádoba či médium, nevhodný typ vzorku apod.) vzorek je znehodnocen (rozlití, nevhodné zmraţení či rozmraţení) Ve všech případech je ţadatel (pokud je znám) o situaci informován. Neshody při příjmu vzorků: neúplnost údajů na ţádance či v informovaném souhlasu vzorek bez ţádanky nedostatečné mnoţství vzorku kvalita vzorku U těchto neshod je zaloţeno chybové hlášení (dle PP-KDDL-DMP-M-1). Pokud je to moţné, jsou podniknuty okamţité kroky v komunikaci s objednavatelem vyšetření (pokud je znám apod.) pro doplnění všech potřebných informací a náleţitostí. Vzhledem k tomu, ţe kaţdý biologický materiál je cenný a mnohdy nenahraditelný, je-li to moţné, je vzorek primárně zpracován do podoby vhodné ke skladování. Analýzy a vydávání výsledků jsou ovšem moţné aţ po odstranění nalezených neshod Manipulace a skladování vzorků před analýzou a) před přijetím do laboratoře: Kritéria pro manipulaci, skladování a transport materiálu se mohou lišit v závislosti na poţadovaném vyšetření. Doporučení jsou uvedena v kapitole 4.1.3Materiál pro vyšetření a postup pro odběr primárních vzorků, příprava pacienta před odběrem. b) po přijetí vzorku do laboratoře: Po přijetí vzorku do laboratoře je s ním zacházeno v souladu s vypracovanými postupy pro jednotlivé analýzy. 4.4 POSTUPY VYŠETŘENÍ Seznam prováděných vyšetření včetně podrobnějších informací a doby odezvy je uveden v kapitole 4.9 této příručky.

13 Strana 13 z 22 Konkrétní analýzy probíhají dle speciálních pracovních postupů (SOP), která jsou pro daná vyšetření v laboratoři vypracována. 4.5 VYDÁVÁNÍ VÝSLEDKŮ A KOMUNIKACE S LABORATOŘÍ Formy výsledkových zpráv, způsob vydávání Výsledky jsou vydávány v souladu s poţadavky VFN a to přes informační systém Medea a zároveň jsou tyto záznamy tištěny a dodávány v papírové formě ţadateli, objednateli (vnitřní pošta VFN či externím ţadatelům zasílány Českou poštou). Výsledky nejsou sdělovány telefonicky. Výsledky jsou odesílány (sdělovány) pouze lékaři, který vyšetření indikoval Dostupnost výsledků Ţadatelé s přístupem k informačnímu systému Medea mají biochemický výsledek přístupný on-line. Vzhledem k moţnostem systému Medea a snaze zachovat etická hlediska sdělování molekulárněgenetických vyšetření, nejsou výsledky těchto vyšetření přístupny on-line. Kopie papírové formy výsledku můţe být opětovně zaslána ţadateli na vyţádání Hlášení kritických hodnot Naše vyšetření a výsledky z nich vyplývající nemají charakter kritických hodnot. Telefonicky výsledky nejsou sdělovány. Sdělování výsledků pacientům není dovoleno Opravy vydaných výsledkových zpráv V případě, ţe je vydán nesprávný výsledek, kontaktuje pracovník pověřený vedoucím laboratoře objednavatele, který je seznámen s nastalou skutečností. Je vydán nový výsledek. Nový výsledek je zaslán objednavateli a jeho kopie spolu se záznamem o předchozí komunikaci s objednavatelem (datum, čas, osoba) je archivována dle pravidel ukládání výsledků v laboratoři (N-KDDL-DMP-M- 13) Uvolňování výsledků Před vydáním jsou všechny výsledky kontrolovány a podepsány oprávněným VŠ pracovníkem za danou analýzu a pověřenou osobou v závislosti na typu analýz, pro molekulárně-genetická vyšetření i lékařem genetikem, kteří zároveň odpovídají za interpretaci vydávaných výsledků. 4.6 KONZULTAČNÍ ČINNOST LABORATOŘE Lékařům a ţadatelům o vyšetření jsou poskytovány odborné konzultace a oblasti související s nabízenými laboratorními vyšetřeními. Kontakty jsou uvedeny v kapitole 3 Laboratorní příručky. 4.7 ZPŮSOB ŘEŠENÍ STÍŢNOSTÍ Stíţnost lékaře, pacienta a ostatních účastníků je podnětem pro zlepšení práce na našem pracovišti a zabýváme se prošetřením kaţdé uplatněné stíţnosti. Při vyřizování stíţností se postupuje v souladu se směrnicí SM-VFN-25 Šetření stíţností (podání).

14 Strana 14 z 22 Stíţnost lze podávat na: výsledky laboratorních vyšetření způsob jednání pracovníků nedodrţení ujednání vyplývajících z uzavřené dohody o provedení vyšetření a nedodrţení dohodnuté lhůty Způsob podání stíţnosti: písemně (poštou, faxem, em) ústně (telefonicky, při osobním jednání) Termíny pro vyřízení stíţností: Pokud stíţnost není řešena ihned, je termín na vyřízení stíţnosti 30 dnů. Vedoucí laboratoře nebo jím pověřený pracovník zákazníkovi telefonicky sdělí výsledek šetření. 4.8 ŘÍZENÍ KVALITY Odpovědnosti Za řízení kvality v laboratoři odpovídá vedoucí laboratoře. Manaţer kvality odpovídá za praktické provádění procesů spojených s řízením kvality. Úzce spolupracuje s interními auditory Vnitřní kontrola kvality Vnitřní kontrola kvality probíhá na několika úrovních. Kontrolu kvality v rámci celého procesu prověřuje interní auditor při pravidelných auditech. Kontrola kvality na úrovni přístrojového vybavení je ověřována v souladu s doporučeními výrobců při pravidelných validacích pouţívaných přístrojů. Za kontrolu kvality na této úrovni odpovídá metrolog. Kontrola kvality na úrovni konkrétních metod je průběţně ověřovaná pouţíváním kontrolních a slepých vzorků při jednotlivých stanoveních a prováděním validací a verifikací pouţívaných stanovení a metod. Provádění těchto činností se řídí interními dokumenty LPSMP a DMP. Za kontrolu kvality a vyhodnocování výstupů odpovídají vedoucí příslušných úseků, kterých se dané metody týkají Externí hodnocení kvality (EHK) Onemocnění, která jsou v LPSMP vyšetřována patří v naprosté většině mezi vzácné poruchy, proto i prováděná vyšetření mohou být vysoce specifická. EHK je proto omezená, daná dostupností nabízených EHK. Za zjišťování dostupnosti a následné provádění EHK odpovídají vedoucí příslušných úseků, kterých se dané metody týkají. Mezi pravidelné EHK, kterých se laboratoř účastní, patří hodnocení DNA sekvenování v rámci programu EMQN, detekce mutací v mtdna v programu EMQN a GENQA (dříve UK NEQAS), Rettův syndrom GENQA (dříve UK NEQAS) a skríning kongenitálních poruch glykosylace (CDG) v programu ERNDIM.

15 Strana 15 z PŘEHLED PROVÁDĚNÝCH VYŠETŘENÍ Přehled zpracovávaného biologického materiálu LPSMP provádí specializovaná biochemická a molekulárně-genetická vyšetření. Přesný poţadavek na typ, odběr a kvalitu materiálů je specifikován v kapitole a typ vyšetřovaného materiálu je uveden i u jednotlivých vyšetření Doba odezvy laboratoře Standardní maximální doba odezvy (délka provedení vyšetření) pro prováděná diagnostická vyšetření je 12 týdnů. Odlišnosti od standardu jsou uvedeny u jednotlivých vyšetření. Individuální úprava doby odezvy je moţná po předchozí domluvě s vedoucím laboratoře a závisí na typu metody a vytíţenosti laboratoře Prováděná diagnostická vyšetření biochemický úsek Název Materiál Biochemická vyšetření 7-dehydrocholesterol (7-DCH) 1 2 ml srážlivé krve sérum 1ml plodové vody hladina koenzymu Q 10 (CoQ 10 ) 2 ml krve v Li/heparinu 7ml krve do EDTA sval z biopsie autoptické tkáně hladina nízkosialovaných isoforem Transferinu (TRF) AKR a Apolipoproteinu CIII (Apo CIII) 2 ml srážlivé krve sérum Enzymatická vyšetření specifické aktivity enzymů Komplexy dýchacího řetězce: - NADH:ubichinon reduktáza (komplex I) - Sukcinát:ubichinon reduktáza (komplex II) - Ubichinon:cytochrom c reduktáza (komplex III) - NADH:cytochrom c reduktáza (komplex I+III) - Sukcinát:cytochrom c reduktáza (komplex II+III) - Cytochrom c oxidáza (komplex IV) Citrátsyntáza ATPása Pyruvátdehydrogenáza (PDH) sval z biopsie kultivované fibroblasty 2x 4,5ml krve v citrátu sodném autoptické tkáně 7ml krve do EDTA sval z biopsie 7ml krve do EDTA

16 Strana 16 z 22 Fumaráthydratáza (FH) Dihydrolipoamiddehydrogenáza (E3) 2-oxoglutarátdehydrogenáza (OGDH) Fosfomanomutáza (PMM2) Fosfomanoizomeráza (PMI) Fosfoglukomutáza (PGM) Thymidinfosforyláza (TP) Další mitochondriální enzymy (např. dehydrogenázy větvených aminokyselin apod.) Proteinové analýzy Proteinové množství a složení komplexů dýchacího řetězce, ATPázy (systém OXPHOS) a PDH Vysvětlivky k tabulce: 1 maximální doba odezvy 2 týdny AKR akreditovaná metoda sval z biopsie autoptické tkáně autoptické tkáně kultivované fibroblasty 7ml krve do EDTA sval z biopsie autoptické tkáně kultivované fibroblasty 7ml krve do EDTA 7ml krve do EDTA kultivované fibroblasty 7ml krve do EDTA 7ml krve do EDTA kultivované fibroblasty 7ml krve do EDTA sval z biopsie nebo autoptické tkáně kultivované fibroblasty Prováděná diagnostická vyšetření molekulárně genetický úsek V tabulce jsou uvedena veškerá molekulárně-genetická vyšetření dostupná v laboratoři. Protoţe některá vyšetření jsou indikovaná extrémně vzácně, nejsou všechna uvedena na Ţádance o molekulárně genetické vyšetření. V případě zájmu o takové vyšetření je moţné doplnit název genu do poloţky Jiné na straně 2 ţádanky. Některá nabízená vyšetření mají indikační omezení ( pro-poskytovatele-hrazenych-sluzeb-laborator-lekarske-genetiky-a-sdilene-odbornosti-pro-rok- 2018).

17 Strana 17 z 22 Onemocnění, syndrom, projekt izolace DNA pro uchování či zaslání izolace RNA (lymfocytů) pro uchování či zaslání analýza mutací v mitochondriální DNA (mtdna) sy MELAS (m.3243a>g, m.3271t>c, m.13513g>a) sy MERRF (m.8344a>g, m.8363g>a) sy NARP (m.8993t>g,c) sy LHON (m.3460g>a, m.11778g>a, m.14484t>c) AKR delece v mtdna hluchota (maternálně děděná, nesyndromová) deplece mtdna 1 sekvenování celé mtdna analýza genů lokalizovaných na jaderné DNA deficit cytochrom c oxidázy (COX ; komplex IV) deficit pyruvátdehydrogenázy (PDH) geny pro stabilitu a replikaci mtdna Alpersův syndrom helikáza Twinkle adeninnukleotidový přenašeč syndrom MNGIE thymidinkináza 2 deoxyguanosinkináza sukcinyl-koenzym A ligáza Vyšetřovaný gen MTTL1 MTTK MTATP6 MTRNR1, MTTS1 SURF1 AKR SCO1 SCO2 AKR COX10 COX15 DLD PDHA1 PDHX PDHB DLAT POLG1 PEO1 (TWNK) ANT1 TYMP TK2 DGUOK SUCLA2 Materiál C; D; R C; D A; B; 1xC nebo 1xD; R R; 1xC nebo 1xD

18 Strana 18 z 22 optická atrofie OPA1 optická atrofie 3 OPA3 deplece mtdna RRM2B deplece mtdna MPV17 deficit produkce ATP nenonatální encefalo-kardiomyopatie, protein Tmem70 TMEM70 asemblační faktor ATP12 ATPAF2 podjednotka e ATP syntázy ATP5E mitochondriální přenašeč fosfátu Pi SLC25A3 další geny systému OXPHOS Barthův syndrom TAZ syndrom MLASA PUS1 syndrom MLASA YARS2 sukcinátdehydrogenáza, podjednotka A, komplex II SDHA deficit komplexu I, podjednotka Ndufa1 NDUFA1 mitochondriální tryptofanyl-trna transferáza WARS2 pontocerebelární hypoplázie RARS2 leukoencefalopatie, syndrom LBSL DARS2 2xD poruchy glykosylace (CDG syndromy) (CDG Ia) PMM2 (CDG Ib) MPI (CDG Id) ALG3 (CDG Ic) ALG6 (CDG Ih) ALG8 (CDG In) RTF1 (CDG Ie) DPM1 (CDG If) MPDU1 (CDG It) PGM1 (CDG IIe) COG7 mnohočetné exostózy, typ 1 EXT1 mnohočetné exostózy, typ 2 EXT2

19 Strana 19 z 22 transferin deficit koenzymu Q10 spinocerebellární ataxie, typ 9 hereditární fruktózová intolerance (HFI) fumarová acidúrie, leiomyomatóza kongenitální myasténie (acetylcholinový receptor, podjednotka ε) tyrosinémie I Segawa syndrom AR (tyrosinhydroxyláza, def. neurotransmiterů) cystinóza hypofosfatázie mukopolysacharidóza IVa mukopolysacharidóza VII metabolismus glukózy a glykogenu glykogenóza IV GLUT1 deficit glykogenóza XI (Fanconi-Bickel syndrom) ACTH (adrenokortikotropinová) rezistence deficit glukokortikoidů 2 deficit glukokortikoidů 1 hyperlipidémie hyperlipoproteinemie, typ 1D lipoproteinová lipáza apolipoprotein A-V TF CABC1 PDSS1 COQ2 COQ6 COQ9 APTX ALDOB FH CHRNE FAH TH CTNS ALPL GALNS GUSB GBE1 SLC2A1 GLUT2 MRAP MC2R GPIHBP1 LPL APOA5 hypertriglyceridémie GPD1 periodická horečka (hyper IgG syndrom) syndrom TRAPS TNFRSF1A

20 Strana 20 z 22 syndrom FMF syndrom CIAS deficit myoadenylátdeaminázy diabetes insipidus Porfyrie akutní intermitentní porfyrie porfyria variegata hereditární koproporfyrie kongenitální erytropoetická porfyrie porfyria cutanea tarda erytropoetická protoporfyrie Hyperbilirubinémie Gilbertův syndrom (analýza promotoru genu stanovení počtu TA repetice) Poruchy metabolismu železa a mědi hereditární hemochromatóza 1 (p.c282y, p.h63d, p.s65c) Wilsonova nemoc Menkesova nemoc Mentální retardace Rettův syndrom a MECP2-vázaná onemocnění AKR atypický Rettův syndrom a CDKL5-vázaná onemocnění kongenitální Rettův syndrom, FOXG1 syndrom MECP2 duplikační syndrom (MLPA analýza) X-vázaná mentální retardace (MLPA analýza) glycinová encefalopatie (neketotická hyperglycinémie) glycinová encefalopatie (neketotická hyperglycinémie) POR deficience, Antley-Bixlerův syndrom Diagnostické panely (NGS postupy) Mitochondriální onemocnění Dědičné poruchy glykosylace MEFV NLRP3 AMPD1 AVP HMBS PPOX CPOX UROS UROD FECH UGT1A1 HFE ATP7B ATP7A MECP2 CDKL5 FOXG1 MECP2 X chromozom(vyb rané geny) AMT GLDC POR 2 A; 2xC nebo 1xD A; 2xC nebo 1xD A; 2xC nebo 1xD A; 2xC nebo 1xD A; 2xC nebo 1xD (po dohodě)

21 Strana 21 z 22 Autoinflamatorní onemocnění Leukodystrofie Celý exom (pouze pro výzkumné účely) Vysvětlivky k tabulce: 1 maximální doba odezvy po dohodě AKR akreditovaná metoda A izolovaná DNA B moč a/nebo bukální stěr a/nebo vlasové folikuly C 3ml krve do EDTA D 7ml krve do EDTA R různé tkáně (bioptické tkáně, autoptické tkáně, kultivované fibroblasty) 5. Vznikající dokumenty a údaje název uchovává doba uchování Ţádanka o molekulárně-genetické vyšetření Ţádanka o biochemické a enzymatické vyšetření Informovaný souhlas 6. Související dokumenty Databáze vyšetření VFN Standardní ošetřovatelský postup č. 74 Správná manipulace a transport vzorků (SOP-UOP-74) Standardní ošetřovatelský postup č Pokyny pro správný odběr biologického materiálu (krev, moč) (SOP-UOP-80) PP-VFN-006 Odběr biologického materiálu pro mikrobiologická vyšetření Příjem a zpracování biologického materiálu (PP-KDDL-DMP-M-1). Návod na zakládání výsledků (kopií výsledků) do kartotéky (N-KDDL-DMP-M-13) 7. Záznam o změnách v dokumentu Datum Kapitola/ změny č.strany Popis změny Změnu provedl Doplněna provozní doba laboratoře Manaţer kvality Přepracován text kapitoly Manaţer kvality a Aktualizována tabulka M. Tesařová , Vloţena tabulka pro odběr a transport M. Tesařová vzorku, následná úprava tabulek v a 3.4 Přidání kapitol Manaţer kvality Zrušení telefonického poskytování Manaţer kvality všechny Celková aktualizace informací v příručce, změna formátu M. Tesařová

22 Strana 22 z Záznam o revizi dokumentu Datum revize Jméno/Podpis Ing. K.Veselá, Ph.D Ing. K.Veselá, Ph.D Ing. M.Tesařová, Ph.D. Datum revize Jméno/Podpis