Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání



Podobné dokumenty
Struktura proteinů. - testík na procvičení. Vladimíra Kvasnicová

Bílkoviny - proteiny

Proteiny Genová exprese Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.

PROTEINY. Biochemický ústav LF MU (H.P.)

Metabolismus bílkovin. Václav Pelouch

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti URČOVÁNÍ PRIMÁRNÍ STRUKTURY BÍLKOVIN

Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL

Struktura a funkce biomakromolekul KBC/BPOL

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Gymnázium Vysoké Mýto nám. Vaňorného 163, Vysoké Mýto

VÝZNAM FUNKCE PROTEINŮ V MEDICÍNĚ

Přírodní polymery proteiny

strukturní (součástmi buněčných struktur) metabolická (realizují b. metabolizmus) informační (jako signály či receptory signálů)

Testové úlohy aminokyseliny, proteiny. post test

Aminokyseliny, peptidy a bílkoviny

9. Lipidy a biologické membrány

Typy molekul, látek a jejich vazeb v organismech

ÚVOD DO BIOCHEMIE. Dělení : 1)Popisná = složení org., struktura a vlastnosti látek 2)Dynamická = energetické změny

V organismu se bílkoviny nedají nahradit žádnými jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy.

Vazebné interakce protein s DNA

Aminokyseliny. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Zlín. Tematická oblast Datum vytvoření Ročník Stručný obsah Způsob využití

Struktura aminokyselin, peptidů a bílkovin.

Názvosloví cukrů, tuků, bílkovin

Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/

MOLEKULOVÉ MODELOVÁNÍ - STRUKTURA. Monika Pěntáková Katedra Farmaceutické chemie

Aminokyseliny, proteiny, enzymologie

BÍLKOVINY. V organismu se nedají nahradit jinými sloučeninami, jen jako zdroj energie je mohou nahradit sacharidy a lipidy.

Základní vlastnosti proteinů

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Translace, techniky práce s DNA

Eva Benešová. Dýchací řetězec

Biologie buňky. systém schopný udržovat se a rozmnožovat

Bílkoviny. Charakteristika a význam Aminokyseliny Peptidy Struktura bílkovin Významné bílkoviny

Genomické databáze. Shlukování proteinových sekvencí. Ivana Rudolfová. školitel: doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc.

AMINOKYSELINY Substituční deriváty karboxylových kyselin ( -COOH, -NH 2 nebo -NH-) Prolin α-iminokyselina

BIOLOGICKÁ MEMBRÁNA Prokaryontní Eukaryontní KOMPARTMENTŮ


Struktura a funkce biomakromolekul

AMINOKYSELINY Substituční deriváty karboxylových kyselin ( -COOH, -NH 2 nebo -NH-) Prolin α-iminokyselina

Předmět: KBB/BB1P; KBB/BUBIO

Struktura, chemické a biologické vlastnosti aminokyselin, peptidů a proteinů

Bílkoviny a rostlinná buňka

Biopolymery. struktura syntéza

Rychlost chemické reakce je dána změnou Gibbsovy energie a aktivační energií: Tudíž zrychlení reakce pomocí katalýzy může být vyjádřeno:

Biosyntéza a degradace proteinů. Bruno Sopko

Struktura nukleových kyselin Vlastnosti genetického materiálu

Regulace translace REGULACE TRANSLACE LOKALIZACE BÍLKOVIN V BUŇCE. 4. Lokalizace bílkovin v buňce. 1. Translační aparát. 2.

Aminokyseliny. Peptidy. Proteiny.

Molekulární biofyzika

pátek, 24. července 15 BUŇKA

Určení molekulové hmotnosti: ESI a nanoesi

Aminokyseliny příručka pro učitele. Obecné informace: Téma otevírá kapitolu Bílkoviny, která svým rozsahem překračuje rámec jedné vyučovací hodiny.

Struktura a funkce biomakromolekul

Obecná struktura a-aminokyselin

Bp1252 Biochemie. #11 Biochemie svalů

Chemická reaktivita NK.

Aminokyseliny, struktura a vlastnosti bílkovin. doc. Jana Novotná 2 LF UK Ústav lékařské chemie a klinické biochemie

Chromatofokusace. separace proteinů na základě jejich pi vysoké rozlišení. není potřeba připravovat ph gradient zaostřovací efekt jednoduchost

Obecná biologie - přednášky

Biochemie dusíkatých látek při výrobě vína

Metabolismus aminokyselin. Vladimíra Kvasnicová

Hemoglobin a jemu podobní... Studijní materiál. Jan Komárek

TRANSLACE - SYNTÉZA BÍLKOVIN

Základy molekulární biologie KBC/MBIOZ

Má tajemný clusterin u dětí v septickém stavu aktivitu chaperonu? J. Žurek, P.Košut, M. Fedora

Enzymové pexeso. L: lactose P: operon

Úvod do molekulární biologie

Struktura biomakromolekul

Genetický kód. Jakmile vznikne funkční mrna, informace v ní obsažená může být ihned použita pro syntézu proteinu.

Struktura a funkce biomakromolekul

Struktura a funkce biomakromolekul

2. Z následujících tvrzení, týkajících se prokaryotické buňky, vyberte správné:

BUŇEČNÝ CYKLUS A JEHO KONTROLA

8. Polysacharidy, glykoproteiny a proteoglykany

I N V E S T I C E D O R O Z V O J E V Z D Ě L Á V Á N Í

BÍLKOVINY = PROTEINY Polymery aminokyselin propojených peptidovou vazbou

Nukleové kyseliny Replikace Transkripce, RNA processing Translace

Aminokyseliny. Aminokyseliny. Peptidy & proteiny Enzymy Lipidy COOH H 2 N. Aminokyseliny. Aminokyseliny. Postranní řetězec

TRANSPORT PŘES BUNEČNÉ MEMBRÁNY

5. Lipidy a biomembrány

NUKLEOVÉ KYSELINY. Základ života

STRUKTURA PROTEINŮ

Přírodní polymery. struktura syntéza

Energetický metabolizmus buňky

Interakce buněk s mezibuněčnou hmotou. B. Dvořánková

aminokyseliny a proteiny

CHEMIE. Pracovní list č žákovská verze Téma: Bílkoviny. Mgr. Lenka Horutová

OPVK CZ.1.07/2.2.00/

Toxikologie PřF UK, ZS 2016/ Toxikodynamika I.

TRANSPORT PŘES MEMBRÁNY, MEMBRÁNOVÝ POTENCIÁL, OSMÓZA

9. Lipidy a biologické membrány

Typy nukleových kyselin. deoxyribonukleová (DNA); ribonukleová (RNA).

jedné aminokyseliny v molekule jednoho z polypeptidů hemoglobinu

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Cysteinové adukty globinu jako potenciální biomarkery expozice styrenu

Molekulární základy dědičnosti. Ústřední dogma molekulární biologie Struktura DNA a RNA

Biochemie I. Aminokyseliny a peptidy

Exprese genetické informace

Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti. Vztah struktury a funkce nukleových kyselin. Replikace, transkripce

Molekulární biofyzika

Transkript:

Lodish et al, Molecular Cell Biology, 4-6 vydání Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, 4 vydání http://web.natur.cuni.cz/~zdenap/zdenateachingnf.html

CHEMICKÉ SLOŽENÍ BUŇKY BUŇKA: 99 % C, H, N, O, P, S 70 % H 2 O řada intracelulárních reakcí - ve vodném prostředí C - komponenty - schopnost tvořit dlouhé molekuly - POLYMERIZACE - malý, 4 vazby - velké množství molekul 4 TYPY MALÝCH MOLEKUL - PREKURSORY MAKROMOLEKUL malé organické molekuly Mw 100-1000 Dal 30 C atomů volné v cytosolu zásoba intermediátů pro syntézu makromolekul

Peptidická vazba Fosfodiesterová vazba Glykosidická vazba

Peptidická vazba Fosfodiesterová vazba Glykosidická vazba Společné: - odštěpení H 2 O při tvorbě vazby - spotřeba makroergní vazby NTP a uvolnění pyrofosfátu - reversní reakce štěpení polymerů -hydrolysa (+ H 2 O) ORIENTACE SYNTÉZY 1. HEAD -PROTEINY(MASTNÉ KYSELINY) 6 7 Makroergně vázaná 6 skupina se při navázání dalšího monomeru 7 8 odštěpuje z polymeru 2. TAIL - DNA, RNA, POLYSACHARIDY 1 7 Makroergně vázaná skupina se odštěpuje z 7 monomeru během jeho 1 8 vazby k polymeru

AMINOKYSELINY - PROTEINY α Peptidická vazba Karboxylová skupina (COOH) α Amino skupina (NH 2 ) H atom Cα - asymetrický (kromě Gly) -D a L isomery V proteinech většinou = L forma AK

HYDROFILNÍ AMINOKYSELINY Některé při ph 7 (fyziologické podmínky) - nabité, ionizované + imidazol - Polární postranní řetězce - tvorba vodíkových můstků + náboj bez náboje při malých změnách ph prostředí Majoritně zodpovědné za náboj proteinu

HYDROFOBNÍ AMINOKYSELINY MEMBRÁNY Nepolární Postranní řetězce - nesolubilní (nebo jen málo solubilní) ve vodě Cys : SH- skupiny oxidace na -S-S- Aromatické Gly : - H skupina kompaktní domény Pro : - rigidní -ohybna proteinovém řetězci Cys, Trp, Met vzácné AK (celkem cca 5 % běžného proteinu) Leu, Ser, Lys, Glu četné AK (celkem 32 % běžného proteinu) VARIABILITA

POLYPEPTIDY PROTEINY PRIMÁRNÍ SEKVENCE AK SEKUNDÁRNÍ STRUKTURA TERCIÁRNÍ STRUKTURA KVARTERNÍ STRUKTURA VELKÉ PROTEINOVÉ KOMPLEXY

PRIMÁRNÍ SEKVENCE AK H CO NH NH CO NH + 3 H H COO - α-helix Tripeptid SEKUNDÁRNÍ STRUKTURA β-struktura na jednom proteinu nebo více podjednotek H - můstky H - můstky -mezih atomy a O boční pohled

TERCIÁRNÍ STRUKTURA GDP Kompaktní struktura Různé způsoby zobrazení Rozložení všech atomů β -struktura α-helix Monomerní Ras protein - + Rozložení primárních konformací Povrchová strukturapovrchový náboj

HEMAGLUTININ TERCIÁRNÍ STRUKTURA KVARTERNÍ STRUKTURA - trimerní globulární doména fibrilární doména Interakce mezi helixy HA1 podjednotka

Vazba mezi podjednotkami multimerního proteinu nebo mezi proteiny větších komplexů - komplementarita povrchů slabé interakce Přechodné spojení X stabilní spojení

Skládání komplexů

PORUCHY STRUKTURY PROTEINU mohou vést k vážným poškozením Neurodegenerativní poškození Alzheimer tvorba nerozpustných amyloidních plaků Změna struktury proteinu z α-helix na β-strukturu agregace do stabilních filament Amyloidní plak v mozku pacienta spleť filament Struktura filamenta (Atomic force microscopy)

MODIFIKACE A ÚPRAVY PROTEINU většina proteinů upravena chemicky po syntéze na ribosomu změny aktivity, délky života, lokalisace v buňkách.. 1) CHEMICKÉ MODIFIKACE (+/- reversibilní) O R O Acetylace N-konce 80% proteinů CH 3 -C-N-C-C- kontrola poločasu života H H neacetylované proteiny = rychlá degradace proteasami Hydroxylace Prolin Fosforylace SER, THR, TYR HIS Gykosylace ASN, SER, THR Lysin Methylace Histidin Připojení hydrofobních ocásků Karboxylace Glutamát

2) PROCESSING = ÚPRAVY SESTŘIHEM (irreversibilní) C nebo N konec proteinu, nebo i vnitřní vystřižení (insulin) proteasy endoproteasy = štěpí uvnitř (např. Kex2 proteasa) exopeptidasy = postupně odstraňují AK od N-konce = aminopeptidasy C-konce = karboxypeptidasy Protein self-splicing bakterie, nižší EB INTEIN Sestřih podobný jako RNA autokatalytický, bez enzymů Savčí buňky = některé proteiny upravovány pomocí self-splicing X není religace

FOSFORYLACE (protein kinasy) = camp dependentní protein kinasa (capk) Fosfátová skupina z ATP na Ser proteinu 1) vazba obou substrátů (ATP a protein) na capk ATP Ser 2) Přechodný stav Přerušení vazby mezi β a γ fosfátem 3) Přenos fosfátu Konformační změny capk Alosterická transice Protein fosfatasy ADP Fosfoserin

ALOSTERICKÁ TRANSICE Změny terciální nebo kvartérní struktury proteinů indukované vazbou malé molekuly (především multimerní enzymy) camp dependentní protein kinasa (capk) Konformační změny Pseudosubstrátová sekvence vazba do aktivního místa katalytické podjednotky

SKLÁDÁNÍ PROTEINU denaturovaný Molekulární chaperon Hsp70 (heat shock protein, konzervativní) -ATP Většina sekundární struktury uspořádána ATP hydrolysa 3-dimens konformace > 95 % proteinů v buňkách = v nativním stavu i když je vysoká koncentrace proteinů (100 mg/ml) = in vitro precipitace CHAPERONY - ve všech buněčných kompartmentech - vazba proteinů folding Molekulární chaperony vazba a stabilisace nesbalených proteinů zabrání jejich degradaci Chaperoniny přímo způsobí uspořádání proteinu ( folding ) ATPásová aktivita Chaperonin Komplex Hsp60 podjednotek bez ATP vazba ATP změna struktury otevření uvolnění proteinu GroEL = bakteriální homolog TCiP (14 podjedn, 60 KDal)

MEMBRÁNOVÉ PROTEINY integrální membránové proteiny - domény v membráně (1 a více segmentů), α-helixy nebo mnohonásobné β-řetězce - domény ven a dovnitř buňky periferní membránové proteiny Hydrofilní polární hlavy - neinteragují s hydrofobní oblastí fosfolipidové dvojvrstvy - často interakce s integrálními proteiny - nebo interakce s polárními hlavičkami (např. cytoskeletární proteiny - spectrin, actin)

membránové proteiny vázané do membrány lipidickou kotvou (vně nebo uvnitř buňky) nemají domény na obou stranách membrány.

Glycophorin - majoritní membránový protein erythrocytů integrální membránový protein - doména v membráně - α-helix - hydrofobní interakce s ocásky fosfolipidů Hydrofobní řetězec - van der Waalsovy interakce s ocásky mastných kyselin + polární interakce s polárními hlavičkami Positivně nabité AK (Arg, Lys) interakce s - nabitými hlavičkami brání klouzání v membráně v membráně ve formě dimeru stabilisace interakcí Predikce struktury proteinů

EUKARYOTICKÉ BUŇKY Některé integrální membránové proteiny ukotveny v membráně lipidickou kotvou 1) Glycosyl phosphatidyl inositolová kotva (GPI) některé povrchové proteiny ukotveny na vnější straně buňky GPI kotvou (glykosylovaný fosfolipid) -2 řetězce mastných kyselin, N-acetyl glukosamin manosa a inositol Např. alkalická fosfatasa Vazba k C-konci 2) Prenyl, farnesyl, Geranylgeranyl skupiny C- konec = Cystein N- konec = Glycin

Membránové proteiny s více transmembránovými doménami 7 transmembránových α-helixů > 150 proteinů Bakteriorhodopsin - světlo konformační změna transport protonů ven Periferní proteiny - některé - asociace s polárními skupinami hlaviček fosfolipidů Fosfolipasy: hydrolysa vazeb v hlavičkách - degradace poškozených (starých) membrán Různá specifita fosfolipas