Enzymové pexeso. L: lactose P: operon

HTML
DOWNLOAD

Rozměr: px

Začít zobrazení ze stránky:

Download "Enzymové pexeso. L: lactose P: operon"

Vendula Slavíková
před 8 lety
Počet zobrazení:

1 Enzymové pexeso L: lactose P: operon

2 Struktura proteinů: Primární:

3 Struktura proteinů: Primární: Sekvenování: - sekvenováním (c)dna - hmotnostní spektrometrií - chemicky (Edmanovo odbourávání)

4 Struktura proteinů: Primární: Stereochemie: Gly není chirální Ostatní (Cα) všechny ostatní aminokyseliny L všechny kromě Cys jsou 2S Thr(Cβ) (2S,3R)-2-amino-3-hydroxybutanová kyselina Ile(Cβ) (2S,3S)-2-amino-3-methylpentanová kyselina

5 Struktura proteinů: Primární: Nábojové vlastnosti: Kyselé - Asp (pka=3.9) Glu (pka=4.1) Basické - His (pka=6.1), tautomery Arg (pka=12.5) Lys (pka=10.5) Ostatní ionizovatelné: Cys (pka=8.0) Ser (např. u katalytické triády) Tyr (pka=10.1)

6 Struktura proteinů: Post-translační modifikace: Disulfidové můstky Fosforylace (Tyr, Ser, Thr) Acylace - navázání mastné kyseliny, acetylace Navázání isoprenoidní struktury Adenylace Navázání proteinu (ubiquitin, SUMO)

7 Struktura proteinů: Sekundární:

8 Struktura proteinů: Sekundární: α-helix

9 Struktura proteinů: Sekundární: β-skládaný list

10 Struktura proteinů: Terciární a kvarterní: karbonáthydrolyasa alkoholdehydrogenasa Abl nitrogenasa adenylátkinasa HIV proteasa β-galaktosidasa ubichinonreduktasa (kotvený komplex I)

11 Struktura proteinů: Terciární a kvarterní: -

12 Struktura proteinů: Terciární a kvarterní:

13 Získávání proteinů: - isolací z přirozeného zdroje precipitace, ultrafiltrace, dialysa, gelová, ionexová nebo hydrofobní chromatografie, elektroforesa - rekombinantní expresí E. coli, Pichia pastoris, Spodoptera frugiperda, tabák, CHO

14 Získávání proteinů: - chemickou synthesou

15 Předpověď struktur proteinů: Homologní modelování - proteiny s podobnou sekvencí mají podobnou strukturu Fold recognition, threading - proteiny mohou mít podobnou strukturu a nemusí mít (moc) podobnou sekvenci Ab initio, de novo - nativní struktura má určité vlastnosti Simulace sbalování - protein se dokáže sbalit do nativní struktury

16 Předpověď struktur proteinů: Homologní modelování - proteiny s podobnou sekvencí mají podobnou strukturu Postup: 1. nalezneme protein(y) se známou prostorovou strukturou a s podobnou sekvencí našemu proteinu 2. vytvoříme zarovnání sekvencí 3. vytvoříme model struktury našeho proteinu

17 Předpověď struktur proteinů: Homologní modelování - proteiny s podobnou sekvencí mají podobnou strukturu Abl (1IEP) Lck (2PL0)

18 Předpověď struktur proteinů: Homologní modelování - proteiny s podobnou sekvencí mají podobnou strukturu >Lck GSHMQTQKPQKPWWEDEWEVPRETLKLVERLGAGQFGEVWMGYYNGHTKVAVKSLKQGSMSPDAFLAEANLMKQLQHQRL VRLYAVVTQEPIYIITEYMENGSLVDFLKTPSGIKLTINKLLDMAAQIAEGMAFIEERNYIHRDLRAANILVSDTLSCKI ADFGLARLIEDNEYTAREGAKFPIKWTAPEAINYGTFTIKSDVWSFGILLTEIVTHGRIPYPGMTNPEVIQNLERGYRMV RPDNCPEELYQLMRLCWKERPEDRPTFDYLRSVLEDFFTATEGQYQPQP Identita 48 % Query 16 Sbjct 6 Query 75 Sbjct 66 Query 134 Sbjct 126 Query 194 Sbjct 186 Query 254 Sbjct 246 DEWEVPRETLKLVERLGAGQFGEVWMGYYNGHT-KVAVKSLKQGSMSPDAFLAEANLMKQ D+WE+ R + + +LG GQ+GEV+ G + ++ VAVK+LK+ +M + FL EA +MK+ DKWEMERTDITMKHKLGGGQYGEVYEGVWKKYSLTVAVKTLKEDTMEVEEFLKEAAVMKE 74 LQHQRLVRLYAVVTQEP-IYIITEYMENGSLVDFLKTPSGIKLTINKLLDMAAQIAEGMA ++H LV+L V T+EP YIITE+M G+L+D+L LL MA QI+ M IKHPNLVQLLGVCTREPPFYIITEFMTYGNLLDYLRECNRQEVNAVVLLYMATQISSAME 133 FIEERNYIHRDLRAANILVSDTLSCKIADFGLARLIEDNEYTAREGAKFPIKWTAPEAIN ++E++N+IHRDL A N LV + K+ADFGL+RL+ + YTA GAKFPIKWTAPE++ YLEKKNFIHRDLAARNCLVGENHLVKVADFGLSRLMTGDTYTAHAGAKFPIKWTAPESLA 193 YGTFTIKSDVWSFGILLTEIVTHGRIPYPGMTNPEVIQNLERGYRMVRPDNCPEELYQLM Y F+IKSDVW+FG+LL EI T+G PYPG+ +V + LE+ YRM RP+ CPE++Y+LM YNKFSIKSDVWAFGVLLWEIATYGMSPYPGIDLSQVYELLEKDYRMERPEGCPEKVYELM 253 RLCWKERPEDRPTFDYLRSVLEDFF R CW+ P DRP+F + E F RACWQWNPSDRPSFAEIHQAFETMF

19 Předpověď struktur proteinů: Homologní modelování - proteiny s podobnou sekvencí mají podobnou strukturu Lck Abl AVVTQEP-IYIITEY V T+EP YIITE+ GVCTREPPFYIITEF

20 Předpověď struktur proteinů: Homologní modelování - proteiny s podobnou sekvencí mají podobnou strukturu C; A sample alignment in the PIR format; used in tutorial >P1;1IEP structurex:1iep:233 :A:498 :A:::: DKWEMERTDITMKHKLGGGQYGEVYEGVWKKYSLTVAVKTLKEDT MEVEEFLKEAAVMKEIKHPNLVQLLGVCTREPPFYIITEFMTYGNLLDYLRECNRQEVSA VVLLYMATQISSAMEYLEKKNFIHRDLAARNCLVGENHLVKVADFGLSRLMTGDTYTAHA GAKFPIKWTAPESLAYNKFSIKSDVWAFGVLLWEIATYGMSPYPGIDLSQVYELLEKDYR MERPEGCPEKVYELMRACWQWNPSDRPSFAEIHQAFETMFQ* >P1;lck sequence:lck:1 : :@ : :::: DEWEVPRETLKLVERLGAGQFGEVWMGYYNGHT-KVAVKSLKQGS MSPDAFLAEANLMKQLQHQRLVRLYAVVTQEP-IYIITEYMENGSLVDFLKTPSGIKLTI NKLLDMAAQIAEGMAFIEERNYIHRDLRAANILVSDTLSCKIADFGLARLIEDNEYTARE GAKFPIKWTAPEAINYGTFTIKSDVWSFGILLTEIVTHGRIPYPGMTNPEVIQNLERGYR MVRPDNCPEELYQLMRLCWKERPEDRPTFDYLRSVLEDFFT*

21 Předpověď struktur proteinů: Homologní modelování - proteiny s podobnou sekvencí mají podobnou strukturu Abl (1IEP) Lck (model) Lck (2PL0)

22 Předpověď struktur proteinů: Homologní modelování - proteiny s podobnou sekvencí mají podobnou strukturu ProsaII Abl (1IEP) Lck (model) Lck (2PL0)

23 Předpověď struktur proteinů: Fold recognition, threading - proteiny mohou mít podobnou strukturu a nemusí mít (moc) podobnou sekvenci TIM barel

24 Předpověď struktur proteinů: Ab initio, de novo - nativní struktura má určité vlastnosti

25 Předpověď struktur proteinů: Critical Assessment of protein Structure Prediction (CASP)

Podobné dokumenty

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

Inovace studia molekulární a buněčné biologie Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. MBIO1/Molekulární biologie 1 Tento projekt je spolufinancován