Příloha č.5 Seznam PCR vyšetření

Transkript

1 Příloha č.5 Seznam PCR vyšetření Obsah Virus hepatitidy B - kvalitativní průkaz... 2 Virus hepatitidy B - kvantita... 2 Virus hepatitidy C kvalitativní průkaz... 3 Virus hepatitidy C - kvantita... 3 Virus hepatitidy C - genotypizace... 4 Virus herpes simplex typ 1 a 2 (HSV 1, HSV2)... 4 Cytomegalovirus (CMV)... 5 Epstein-Barr virus (EBV)... 5 Varicella-zoster virus (VZV)... 6 Enteroviry... 6 Lidské papillomaviry nízkého a vysokého rizika (HPV HR/LR)... 7 Chlamydia trachomatis... 8 Chlamydia pneumoniae... 9 Borrelia burgdorferi sensu lato... 9 Mycoplasma pneumoniae Mycobacterium tuberculosis komplex (M. tuberculosis a M. bovis) Stránka 1 z 10

2 SEZNAM MOLEKULÁRNĚ BIOLOGICKÝCH VYŠETŘENÍ - PCR Virus hepatitidy B - kvalitativní průkaz kvalitativní průkaz DNA viru hepatitidy B v séru nebo plazmě Zkumavka/odběrovka: Vacutainer K2E (ref ), Vacutainer SST II Advance (ref ) Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: v mrazáku při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: zamražené při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 ml (tzn. cca 1 ml plasmy či séra) rpm) Plasmu (sérum) je nutné do 4 hodin po odběru separovat centrifugací (10 minut/3500 Virus hepatitidy B - kvantita kvantitativní stanovení DNA viru hepatitidy B v séru nebo plazmě, výsledek udáván jako počet kopií DNA HBV v 1 ml vzorku Zkumavka/odběrovka: Vacutainer K2E (ref ), Vacutainer SST II Advance (ref ) Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: v mrazáku při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: zamražené při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 ml (tzn. cca 1 ml plasmy či séra) rpm) Plasmu (sérum) je nutné do 4 hodin po odběru separovat centrifugací (10 minut/3500 Stránka 2 z 10

3 Virus hepatitidy C kvalitativní průkaz kvalitativní průkaz RNA viru hepatitidy C v plazmě Zkumavka/odběrovka: Vacutainer K2E (ref ), Vacutainer SST II Advance (ref ) Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: v mrazáku při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: zamražené při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 ml (tzn. cca 1 ml plasmy či séra) rpm) Plasmu (sérum) je nutné do 4 hodin po odběru separovat centrifugací (10 minut/3500 Doba odezvy: 7-14 dní Virus hepatitidy C - kvantita kvantitativní stanovení RNA viru hepatitidy C v plazmě nebo séru, výsledek udáván v IU/ml Zkumavka/odběrovka: Vacutainer K2E (ref ), Vacutainer SST II Advance (ref ) Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: v mrazáku při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: zamražené při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 ml (tzn. cca 1 ml plasmy či séra) rpm) Plasmu (sérum) je nutné do 4 hodin po odběru separovat centrifugací (10 minut/3500 Doba odezvy: 7-14 dní Stránka 3 z 10

4 Virus hepatitidy C - genotypizace určení genotypu viru hepatitidy C (1a, 1b, 2, 3a) pro výběr terapie Zkumavka/odběrovka: Vacutainer K2E (ref ), Vacutainer SST II Advance (ref ) Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: v mrazáku při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 8 C (do 4 h po odběru) Plasma, sérum: zamražené při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 1 ml (tzn. cca 0,5 ml plasmy či séra) rpm) Plasmu (sérum) je nutné do 4 hodin po odběru separovat centrifugací (10 minut/3500 Doba odezvy: do 1 měsíce Virus herpes simplex typ 1 a 2 (HSV 1, HSV2) kvalitativní detekce DNA HSV 1, 2 v mozkomíšním moku, výtěrech z ústní dutiny, kožních stěrech a plazmě Zkumavka/odběrovka: Stěry: sterilní tampón (syntetický na plastové tyčince), vymáchat ve zkumavce s 0,5 ml fyziologickým roztokem 2 8 C 2 8 C Mozkomíšní mok: polypropylenová sterilní zkumavka bez úpravy Mozkomíšní mok: 0,5 ml Plná krev: 2 ml (tzn. cca 1 ml plasmy) Plasmu je nutné do 4 hodin po odběru separovat centrifugací (10 minut/3500 rpm) Stránka 4 z 10

5 Cytomegalovirus (CMV) kvalitativní detekce DNA CMV v mozkomíšním moku, plazmě, moči a výtěru z krku Zkumavka/odběrovka: Výtěry: sterilní tampón (syntetický na plastové tyčince), vymáchat ve zkumavce s 0,5 ml fyziologickým roztokem 2 8 C 2 8 C Moč, mozkomíšní mok: polypropylenová sterilní zkumavka bez úpravy Mozkomíšní mok: 0,5 ml Plná krev: 2 ml (tzn. cca 1 ml plasmy) Plasmu je nutné do 4 hodin po odběru separovat centrifugací (10 minut/3500 rpm) Epstein-Barr virus (EBV) kvalitativní detekce DNA EBV v mozkomíšním moku, plné krvi a výtěru z krku Zkumavka/odběrovka: Výtěry: sterilní tampón (syntetický na plastové tyčince), vymáchat ve zkumavce s 0,5 ml fyziologickým roztokem 2 8 C 2 8 C Mozkomíšní mok: polypropylenová sterilní zkumavka bez úpravy Mozkomíšní mok: minimálně 0,5 ml Plná krev: 2 ml Stránka 5 z 10

6 Varicella-zoster virus (VZV) kvalitativní detekce DNA varicella-zoster viru v mozkomíšním moku, ve stěrech z puchýřků a plazmě Zkumavka/odběrovka: Stěry: sterilní tampón (syntetický na plastové tyčince), vymáchat ve zkumavce s 0,5 ml fyziologickým roztokem 2 8 C 2 8 C Mozkomíšní mok: polypropylenová sterilní zkumavka bez úpravy Mozkomíšní mok: minimálně 0,5 ml Plná krev: 2 ml (tzn. cca 1 ml plasmy) Plasmu je nutné do 4 hodin po odběru separovat centrifugací (10 minut/3500 rpm) Enteroviry kvalitativní detekce RNA enterovirů v plazmě a mozkomíšním moku a výtěrech z krku Zkumavka/odběrovka: výtěry: sterilní tampón (syntetický na plastové tyčince), vymáchat ve zkumavce s 0,5 ml fyziologickým roztokem Mozkomíšní mok: polypropylenová sterilní zkumavka bez úpravy Plná krev: 2 8 C (do 24 h po odběru) Plasma: v mrazáku při teplotě nižší než -20 C Plná krev: 2 8 C Plasma: zamražené při teplotě nižší než -20 C Mozkomíšní mok: minimálně 0,5 ml Plná krev: 2 ml (tzn. cca 1 ml plasmy) Plasmu je nutné do 4 hodin po odběru separovat centrifugací (10 minut/3500 rpm) Stránka 6 z 10

7 Lidské papillomaviry nízkého a vysokého rizika (HPV HR/LR) kvalitativní detekce DNA HPV high risk (HR) a low risk (LR) kmenů v cervikálních stěrech a bioptátech, detekce celkem 18-ti kmenů HPV s vysokým a nízkým rizikem pro vznik karcinomu cervixu Zkumavka/odběrovka: digene HC2 DNA Collection Device (Cat. No ) Stěr cervix: dva týdny při pokojové teplotě, příp. 2-8 C Biopsie: do transportního média STM (součástí odběrové soupravy) - zamrazit při -20 C Stěr cervix: pokojová teplota, příp. 2-8 C Biopsie: zamražené při teplotě nižší než -20 C - Odběrovou soupravu dodává laboratoř lékařům na požádání. Doba odezvy: Do 1 měsíce Stránka 7 z 10

8 Chlamydia trachomatis kvalitativní detekce DNA C. trachomatis v cervikálních stěrech, výtěrech z uretry, moči, stěrech z oční spojivky, punktátu z dutiny břišní Zkumavka/odběrovka: moč, punktát: do sterilní polypropylenové zkumavky bez konzervačních látek Stěr cervixu, uretry či spojivkového vaku: MicroTestTM M4RT (remel) (cat. No , ) Moč: do 24 h od odběru pokojová teplota, poté 2-8 C Punktát: 2-8 C Stěr cervixu, uretry či spojivkového vaku: 14 dní při pokojové teplotě, příp. 2-8 C Moč: do 24 h od odběru pokojová teplota, příp. 2-8 C Punktát: 2-8 C Stěr cervixu, uretry či spojivkového vaku: pokojová teplota, příp. 2-8 C Moč: 5 až 10 ml Punktát: 0,5 až 2 ml Moč: Vzhledem k povaze bakterie nutné odebrat první proud ranní moče pacient by před odběrem neměl 3 hodiny močit. Stěr cervixu, uretry či spojivkového vaku: Provést stěr, tampón zalomit a nechat v mediu - zkumavku uzavřít. Odběrové soupravy MicroTestTM M4RT (remel) dodá laboratoř lékařům na požádání. Stránka 8 z 10

9 Chlamydia pneumoniae kvalitativní detekce DNA C. pneumoniae v plicním aspirátu, BAL, sputu, ve stěrech z oční spojivky a nasopharyngu, v kloubním punktátu Zkumavka/odběrovka: Sputum, plicní aspirát, BAL, punktát: sterilní zkumavka nebo sputovka 2-8 C 2-8 C Výtěry: sterilní tampón (na drátě), vymáchat ve zkumavce s 0,5 ml fyziologickým roztokem Sputum: 10 až 30 ml Plicní aspirát, BAL: 5-10 ml Punktát: 0,5 až 2 ml Výtěr z nasopharyngu a spojivkového vaku je nutné provést razantně zabezpečit tak získání dostatečného množství buněk pro analýzu. Borrelia burgdorferi sensu lato kvalitativní detekce DNA B. burgdorferi s. l. v mozkomíšním moku, kloubním punktátu, kožním bioptátu, moči, krvi i klíštěti Zkumavka/odběrovka: Mozkomíšní mok, punktát,kožní bioptát, moč: sterilní zkumavka Klíště: Sterilní zkumavka, jiná uzavřená nádoba 2-8 C, klíště i při pokojové teplotě 2-8 C, klíště i při pokojové teplotě Mozkomíšní mok, kloubní punktát: 0,5 2 ml Plná krev: 2 ml Moč: 5-10 ml Kožní bioptát: terčík do průměru max 4 mm V krvi nízká pravděpodobnost záchytu. V primárním akutním stádiu onemocnění lze borelie prokázat v kožních bioptátech. Ve fázi hematogenního rozsevu (druhém stádiu) mohou být přítomny po krátkou dobu v periferní krvi - vyšetření by mělo být požadováno pouze v případě teplot a akutní fáze onemocnění, v pozdním stádiu onemocnění v mozkomíšním moku (neuroborelióza) a kloubním punktátu. Stránka 9 z 10

10 Mycoplasma pneumoniae kvalitativní detekce DNA M. pneumoniae ve sputu, bronchiálním výplachu, aspirátu, BAL, hrudním punktátu Zkumavka/odběrovka: Sputum, bronchiální výplach, BAL, punktát: sterilní zkumavka nebo sputovka 2-8 C 2-8 C Výtěr: sterilní tampón (na drátě), vymáchat ve zkumavce s 0,5 ml fyziologickým roztokem Sputum: ml Bronchiální výplach, BAL, aspirát: 5 10 ml Punktát: 1-2 ml Výtěr z nasopharyngu je nutné provést razantně zabezpečit tak získání dostatečného množství buněk pro analýzu. Mycobacterium tuberculosis komplex (M. tuberculosis a M. bovis) kvalitativní detekce DNA M. tuberculosis komplex ve sputu, BAL, punktátech, likvoru, biopsiích, moči Zkumavka/odběrovka: Mozkomíšní mok, punktát, bioptát, moč, bronchiální výplach, BAL, punktát: sterilní zkumavka nebo sputovka 2-8 C 2-8 C Sputum: ml Bronchiální výplach, BAL, aspirát: 5 10 ml Mozkomíšní mok, punktát: 0,5 2 ml Moč: 5 10 ml Bioptát: terčík do průměru max 4 mm Stránka 10 z 10