PŘEHLED MIKROBIOLOGICKÝCH VYŠETŘENÍ

Transkript

1 PŘEHLED MIKROBIOLOGICKÝCH VYŠETŘENÍ OLM ÚSEK MIKROBIOLOGIE SMN a.s. Nemocnice Prostějov, Mathonova 291/1, Prostějov tel: Vyšetření prováděná v Prostějově: Bakteriologie kultivační metody 1-11 Stolice průkaz virů, klostridia, helikobakter 3 Stolice parazitologie 4 Moč průkaz antigenů. 5 Sérologie Molekulární biologie (PCR) Vyšetření prováděná v externích laboratořích: LAG Šternberk sérologie, mykologie 21 FNOL mykobakteriologie (TBC).. 22 LAG Ostrava VTN sérologie, PCR, mykologie ZÚ Ostrava - sérologie, PCR NRL Praha tkáňové helmintózy.. 27 SZÚ Praha

2 Horní cesty dýchací (HCD) tel , 584 Standardní kultivační Výtěr z krku 24 h při pokojové 2 4 dny krku Standardní kultivační Výtěr z nosu 24 h při pokojové 2 4 dny nosu Stěr na kvasinky Stěr z bukální sliznice nebo cíleně z místa sooru 24 h při pokojové 2 4 dny, resp. min. 10 dnů u plísní Horní cesty dýchací (HCD) - cílená tel , 584 Screening MRSA - kultivace Kultivační průkaz Neisseria gonorrhoeae Kultivační průkaz Bordetella pertussis a parapertussis Kultivační průkaz Corynebacterium diphtheriae Výtěr z nosu Výtěr z krku Výtěr nebo sekret z nosohltanu Výtěr z krku 24 h při pokojové 2 4 dny Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 2 4 dny Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 3 7 dnů Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 2 4 dny Požadavek specifikovat na 1

3 Dolní cesty dýchací (DCD) tel , 584 Semikvantitativní kultivační sputa Kašlané sputum, aspirát z DCD Standardní kultivační sputa Kultivační bronchoalveolární laváže Kašlané sputum, aspirát z DCD, endosekret z OTI nebo TS, odsávací katétr Sekret z DCD, odsávací katétr 2 h při pokojové, 2 h při pokojové, 2 h při pokojové, 3 4 dny Pokud vzorek nemůže být okamžitě zpracován, je vhodné skladovat 2 vzorky při 2 teplotách 3 4 dny Vyšetřeno kvalitativně. Pokud vzorek nemůže být okamžitě zpracován, je vhodné skladovat 2 vzorky při 2 teplotách 3 6 dnů Vyšetřeno kvalitativně. Pokud vzorek nemůže být okamžitě zpracován, je vhodné skladovat 2 vzorky při 2 teplotách Kultivace výtěru z tracheostomie Stěr z tracheostomie 24 h při pokojové 2 4 dny Vyšetřeno kvalitativně Pokud vzorek nemůže být okamžitě zpracován, je vhodné skladovat 2 vzorky při 2 teplotách Dolní cesty dýchací (DCD) cílená tel , 584 Kultivační průkaz aktinomycet či nokardií Kultivační průkaz Legionella species Kultivační průkaz kvasinek a plísní Kašlané sputum, aspirát, BAL, endosekret z OTI nebo TS, odsávací katétr 2 h při pokojové, dnů Požadavek specifikovat na 2 h při pokojové, 4-10 dnů Požadavek specifikovat na 2 4 dny, Požadavek specifikovat na 2

4 Stolice tel , 584 Standardní kultivační stolice Výtěr z rekta 24 h při pokojové 2-4 dny Stolice cílená tel , 584 Kultivační průkaz E. coli O157 Výtěr z rekta 24 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na Kultivační průkaz patogenních vibrií Výtěr z rekta 24 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na Kultivační průkaz tyfu a paratyfu Výtěr z rekta 24 h při pokojové 2-4 dny Podezření je vhodné uvést na +paralelně odebrat HK a WID 24 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na max. do 2 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na Kultivační průkaz Listeria monocytogenes Výtěr z rekta Kulitvační průkaz Yersinia Výtěr z rekta species Průkaz toxigenního Výtěr z rekta Staphylococcus aureus Kultivační průkaz kmenů Výtěr z rekta produkujících MBL a KPC Kultivační průkaz Neisseria Výtěr z rekta gonorrhoeae Kultivační průkaz kvasinek Výtěr z rekta max. do 2 h při pokojové 2-4 dny, resp. min. 10 dnů Požadavek specifikovat na a plísní u plísní Stolice přímý průkaz antigenů tel , 584 Rotaviry/adenoviry Stolice (tekutá i kusová), sterilní kontejner tentýž den, max. do 24 h Požadavek specifikovat na cca 1-2 cm 3 Noroviry Stolice (tekutá i kusová), sterilní kontejner tentýž den, max. do 24 h Požadavek specifikovat na cca 1-2 cm 3 Průkaz antigenu a toxinů Stolice (tekutá i kusová), sterilní kontejner tentýž den, max. do 24 h Požadavek specifikovat na Clostridium difficile cca 1-2 cm 3 Průkaz antigenu H. pylori Stolice (tekutá i kusová), sterilní kontejner tentýž den, max. do 24 h Požadavek specifikovat na cca 1-2 cm 3 3

5 Stolice parazitologické tel , 584 Prvoci (vývojová stadia), vajíčka červů Stolice (tekutá i kusová), cca 1-2 cm 3 sterilní kontejner 72 h při chladničkové 3-4 dny Požadavek specifikovat na, opakovat odběr 3x obden Vajíčka roupů Průkaz oocyst (cyklosporóza, kryptosporidióza) Lepex - otisk kůže perianálního otvoru Stolice (tekutá i kusová), cca 1-2 cm 3 Páska nalepená na podložním skle sterilní kontejner 24 h při pokojové 3-4 dny Požadavek specifikovat na, opakovat odběr 3x obden 72 h při chladničkové 3-4 dny Požadavek specifikovat na, opakovat odběr 3x obden Určení části susp. parazita Nalezený útvar sterilní kontejner do 24 hod Požadavek specifikovat na, uvést krátkou anamnézu a původ vzorku 4

6 Moč tel , 586 Kvantitativní kultivační moči Střední proud ranní moči nebo moč cévkovaná, z PMK, nefrostomie, epicystostomie, nebo zkumavka s kyselinou boritou 2 h při pokojové, 2-4 dny Přítomnost PMK, jednorázové cévkování a typ odběru uvést na adhezivního sáčku - minimálně 3 ml Moč cílená tel , 586 Moč na urogenitální mykoplasmata a ureaplasmata Kultivační průkaz Neisseria gonorrhoeae První proud první ranní moči, cca 3 ml 2 h při pokojové, max do 2 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na Střední proud ranní moči, minimálně 3 ml 2-4 dny Požadavek specifikovat na Moč přímý průkaz antigenů - původců z respiračního traktu tel , 584 Streptococcus pneumoniae Moč, cca 3 ml Legionella pneumophilla Moč, cca 3 ml 24 h při C chladničkové Kultivační průkaz kvasinek, Moč, cca 3 ml ev. plísní do hodiny v pracovní době do hodiny v pracovní době 2-4 dny, resp. min. 10 dnů u plísní Požadavek specifikovat na Požadavek specifikovat na Požadavek specifikovat na 5

7 Genitál mužský tel , 586 Kultivační uretry Výtěr z uretry 24 h při pokojové 2-4 dny Kultivační průkaz Neisseria gonorrhoeae Výtěr z uretry + nátěr na podložní sklo, prostatický exprimát, ejakulát max. do 2 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na Průkaz urogenitálních mykoplasmat a ureaplasmat Kultivační průkaz kvasinek, ev. plísní Průkaz Chlamydia trachomatis jen PCR Výtěr z uretry Stěr z glans penis+ nátěr na podložní sklo moč, výtěr z uretry Tampon na plastové tyčince zalomený do speciálního odběrového media T-Broth s bílým vrškem (na vyžádání) Výtěr - suchý sterilní tampon (rozdílný pro muže a ženy) 24 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 2-4 dny, resp. min. 10 dnů u plísní Požadavek specifikovat na 2 h při pokojové, 2 6 dnů Požadavek na PCR viz. tepl. tel Genitál ženský tel , 586 Kultivační pochvy Výtěr z pochvy půdou Amies Kultivační vulvy Stěr z vulvy půdou Amies Kultivační průkaz Neisseria Výtěr z děložního hrdla nebo půdou gonorrhoeae z uretry Amies, nátěr na podložní sklo 24 h při pokojové 2-4 dny Na uvést graviditu a požadavek na GBS 24 h při pokojové 2-4 dny Na uvést lokalitu max. do 2 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na Průkaz urogenitálních mykoplasmat a ureaplasmat Kultivační průkaz kvasinek ev. plísní MOP (mikrobiální obraz poševní) Průkaz Chlamydia trachomatis jen PCR Výtěr z pochvy, děložního hrdla nebo z uretry Tampon na plastové tyčince zalomený do speciálního odběrového media T-Broth s bílým vrškem (na vyžádání) půdou Amies 24 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na, uvést místo odběru Výtěr z pochvy, stěr z vulvy 24 h při pokojové 2-4 dny, resp. min. 10 dnů u Požadavek specifikovat na plísní Výtěr z děložního hrdla Podložní sklo 2 ks 24 h při pokojové 2-4 dny Požadavek specifikovat na moč, výtěr z uretry, pochvy, Výtěr - suchý sterilní tampon 2 h při pokojové, 2 6 dnů Požadavek na PCR viz. z hrdla (rozdílný pro muže a ženy) tepl. tel

8 Stěry z kůže a sliznic tel , 586 Kultivační aerobní Stěr, výtěr z inkriminované lokality - z kůže, sliznice, rány, defektu, vředu apod. 24 h při pokojové 2-4 dny Nutné uvést lokalitu a druh stěru (výtěru). Přesně specifikovat na Kultivační stěru před odběrem hemokultury Stěr z kůže po dokonalé dezinfekci před odběrem hemokultury 24 h při pokojové 2-4 dny Nutné uvést že se jedná o stěr před odběrem hemokultury Stěry z kůže a sliznic cílená tel , 586 Kultivační průkaz kvasinek a plísní Screening MRSA kultivací Kultivační průkaz Corynebacterium diphtheriae Kultivační průkaz Neisseria gonorrhoeae Stěr, výtěr z inkriminované lokality - z kůže, sliznice, rány, defektu, vředu apod. Vhodné doplnit nátěrem na podložní sklo Stěr, výtěr z inkriminované lokality nebo standardně výtěr z nosu či perinea Stěr, výtěr z inkriminované lokality 24 h při pokojové 2-4 dny, resp. min. 10 dnů u plísní Nutné uvést lokalitu a druh stěru (výtěru). Přesně specifikovat na 24 h při pokojové 2 4 dny Požadavek nutné specifikovat na 24 h při pokojové 2 4 dny Požadavek specifikovat na Stěr z různých míst (hrdlo, 24 h při pokojové 2 4 dny Požadavek i lokalitu spojivka, uretra, rektum ) specifikovat na Stěry z ran, dekubitů, píštělí, operačních polí apod. tel , 586 Kultivační průkaz aerobních i anaerobních mikroorganismů Kultivační průkaz ze stěru při pitvě Stěr, výtěr z inkriminované lokality Stěr, výtěr z inkriminované lokality 24 h při pokojové 2 10 dnů Nutné uvést lokalitu a druh stěru (výtěru). Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 2 10 dnů Požadavek specifikovat na, vhodné uvést diagnozy + příčina úmrtí 7

9 Oko tel , 586 Spojivka - kultivace Stěr ze spojivkového vaku tampon s transportní 24 h při pokojové 2 4 dny Kultivační rohovky Seškrab z rohovky Inokulace přímo na tuhé kultivační půdy Bezprostředně po odběru 2-7 dnů Požadavek předem domluvit s laboratoří; Oko cílená tel , 586 Kultivační průkaz Corynebacterium diphtheriae Kultivační průkaz Neisseria gonorrhoeae Kultivace na kvasinky a plísně Průkaz Chlamydia trachomatis - jen PCR Průkaz měňavek (akantamoeby) z rohovky Stěr ze spojivkového vaku 24 h při pokojové 2 4 dny Požadavek specifikovat na Stěr ze spojivkového vaku 24 h při pokojové 2 4 dny Požadavek specifikovat na Stěr ze spojivkového vaku 24 h při pokojové 2-4 dny, resp. min. 10 dnů Požadavek specifikovat na Seškrab z rohovky u plísní Stěr ze spojivkového vaku Výtěr - suchý sterilní 2 h při pokojové, 2 6 dnů Požadavek na PCR viz. tampon tepl. tel Seškrab z rohovky Inokulace přímo na Bezprostředně po odběru 2-7 dnů Požadavek předem polotuhé kultivační půdy domluvit s laboratoří; na akantamoeby specifikovat na Ucho tel , 586 Kultivace ze zevního Stěr ze zevního zvukovodu 24 h při pokojové 2 4 dny zvukovodu Kultivace ze středouší Aspirát při paracentéze, Stříkačka s krytem nebo 24 h při pokojové 2 4 dny stěr ze středoušní tekutiny tampon s transportní Kultivace na kvasinky a plísně Kultivační průkaz Corynebacterium diphtheriae Aspirát při paracentéze, stěr ze středoušní tekutiny nebo zevního zvukovodu Stěr ze zevního zvukovodu, Stříkačka s krytem nebo tampon s transportní 24 h při pokojové 2 4 dny, resp. min. 10 dnů u plísní Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 2 4 dny Požadavek specifikovat na 8

10 Tekutý biologický materiál tel , 586 Standardní kultivační max. do 2 h při pokojové 2 10 dnů Tekutý biologický materiál - hnis, punktát, aspirát, výpotek, exprimát, sekret apod. Naplněná stříkačka, zbavena vzduchu, opatřena sterilním krytem na konus nebo plná sterilní zkumavka 10 ml Průkaz kvasinek a plísní Tekutý biologický materiál Stříkačka nebo sterilní max. do 2 h při pokojové 2 4 dny, resp. min. 10 dnů Požadavek specifikovat na - hnis, punktát, aspirát, výpotek, exprimát, sekret zkumavka 10 ml u plísní Tekutý biologický materiál cílená a speciální tel , 586 Průkaz Neisseria gonorrhoeae Tekutý materiál inokulovaný do HK lahvičky Tekutý biologický materiál hnis, punktát, aspirát, výpotek, exprimát, sekret Tekutý biologický materiál hnis, punktát, aspirát, výpotek, exprimát, sekret Stříkačka s krytem nebo sterilní zkumavka 10 ml +vhodný nátěr na podložní sklo Inokulace vzorku do: Bact/Alert FA PLUS (zelená) + anaerobní Bact/Alert FN PLUS oranžová; výjimečně při malém množství vzorku pediatrická Bact/Alert PF PLUS (žlutá) max. do 2 h při pokojové 2 4 dny Požadavek specifikovat na 24 h při pokojové 2 4 dny Nutné sdělit na. Paralelně poslat vzorek i ve stříkačce či zkumavce Tkáně tel , 586 Tkáň z excize Excize kousku patologicky změněné tkáně dle možností max. do 2 h při pokojové 2-10 dnů Požadavek specifikovat na Pitevní materiál Excize kousku patologicky změněné tkáně dle možností max. do 2 h při pokojové 2-10 dnů Požadavek specifikovat na 9

11 Likvor tel , 586 *Standardní kultivační Likvor z lumbální punkce Čirá sterilní zkumavka 10 ml max. do 2 h při pokojové 2 4 dny Nutné předem volat na mikrobiologii a odebrat paralelně HK a další biologické materiály Rychlý průkaz antigenů pomocí aglutinace Likvor z lumbální punkce Čirá sterilní zkumavka 10 ml Průkaz kvasinek a plísní Likvor z lumbální punkce Čirá sterilní zkumavka 10 ml max. do 2 h při pokojové max. do 2 h při pokojové tentýž den (cca do 2 h) Požadavek specifikovat na. Nutné předem volat na mikrobiologii 2 4 dny Požadavek specifikovat na. Nutné předem volat na mikrobiologii Likvor v uzavřeném systému (HK lahvička) Likvor z lumbální punkce Inokulace min 1 ml vzorku do Bact/Alert PF PLUS (žlutá) 24 h při pokojové 2 4 dny Nutné sdělit na. Paralelně poslat i likvor ve zkumavce* Hemokultury tel , 586 Kultivace krve v uzavřeném systému Krev z aseptické venepunkce, výjimečně odběr z cévního katétru 8-10 ml do každé lahvičky (aerobní + anaerobní) 1-4 ml do dětské lahvičky Bact/Alert FA PLUS (zelená) Bact/Alert FN PLUS (oranžová) Bact/Alert PF PLUS (žlutá) nejlépe ihned nebo 24 h při pokojové 7-10 dnů Na i na lahvičce uvést čas odběru, případně pořadí odběru a místo odběru (cžk, pžk). Paralelně provést stěr před odběrem viz Stěry. Katétr, kanyla z krevního řečiště tel , 586 Základní mikrobiologické aseptické odstřižení distálního konce cévního katétru 4-5 cm do 2h při pokojové 2 6 dnů Specifikovat lokalitu a místo vynětí Základní mikrobiologické aseptické odstřižení distálního konce cévního katétru 4-5 cm s bujónu (na vyžádání v laboratoři) do následujícího dne od odběru 2 6 dnů Při extrakci po pracovní době a nemožnosti doručit do 2 h od vynětí. Specifikovat lokalitu a místo vynětí. 10

12 Drény, katétry jiné než cévní tel , 586 Základní mikrobiologické aseptické odstřižení distálního konce drénu či katétru 4-5 cm do 2h při pokojové 2 6 dnů Uvést lokalitu, ze které byl drén vyňat; konce PMK je nevhodné! Základní mikrobiologické aseptické odstřižení distálního konce drénu či katétru 4-5 cm s bujónem Do následujícího dne od odběru 2 6 dnů Při extrakci po pracovní době a nemožnosti doručit do 2 h od vynětí Specifikovat lokalitu a místo vynětí Jiný cizorodý materiál tel , 586 Nitroděložní tělísko - IUD IUD sterilní kontejner 30 ml (sputovka) do 2h při pokojové 2 15 dnů Specifikovat na Ortopedické implantáty Kardio implantáty Hlavice, jamka, dřík, šrouby, dlažky apod. Umělá chlopeň či bioprotéza, elektrody, kardiostimulátor, port, cévní implantát apod. Speciální plastová sterilní nádoba (na vyžádání) Speciální plastová sterilní nádoba (na vyžádání), sterilní kontejner do 2h při pokojové 2 15 dnů Předem ohlásit na mikrobiologii. Uvést lokalitu a typ materiálu na žádanku do 2h při pokojové 2 15 dnů Uvést lokalitu a typ materiálu na žádanku 11

13 Sérologie tel Virové hepatitidy protilátky, antigeny VHA sérum do 2 dnů Lze provést i STATIM a-hav total v pracovní dobu a-hav IgM VHB a-hbc total a-hbc IgM HBsAg a-hbs HBeAg a-hbe sérum do 2 dnů Lze provést STATIM v pracovní dobu Konfirmaci provést pomocí PCR, případně NRL Praha VHC VHE a-hcv a-hev total sérum sérum a-hev IgM Lues -protilátky Nespecifický test RRR sérum Specifický test a-treponema sérum HIV průkaz antigenu p24 a protilátek proti HIV 1,2,0 HIV Combo Ag/Ab sérum do 2 dnů 1x týdně do 2 dnů do 2 dnů do 2 dnů Lze provést STATIM v pracovní dobu Konfirmaci provést pomocí PCR, případně NRL Praha Lze provést STATIM v pracovní dobu Reaktivní vzorek je nutné konfirmovat v NRL Praha Lze provést STATIM v pracovní dobu Reaktivní vzorek je nutné konfirmovat v NRL Praha Lze provést STATIM v pracovní dobu Reaktivní vzorek je nutné konfirmovat v NRL Praha 12

14 Herpetické viry - protilátky HSV1+2 ELISA sérum IgG likvor IgM VZV ELISA sérum IgA likvor IgG IgM 1x za 2 týdny 1x za 2 týdny CMV ELISA IgG IgM avidita EBV ELISA VCA IgG VCA IgM EBNA IgG EA heterofilní Ab - aglutinace sérum sérum 2x týdně 2x týdně Provádíme 2x týdně Provádíme 2x týdně 13

15 Borelie protilátky (ELISA) B. afzelii ELISA sérum IgG IgM 2x týdně Provádíme 2x týdně B. burgdorferi s.s. ELISA IgG IgM sérum B. garinii ELISA sérum, likvor (jen u B. IgG garinii) IgM intratekální synéza Ab Borelie WB (konfirmační metoda průkazu protilátek) B. afzelii WB sérum IgG IgM 2x týdně Při požadavku na intratekální syntézu je nutné provést v 1 den (paralelně odebrat jak sérum tak likvor!) B. burgdorferi s.s. WB IgG IgM B. garinii WB IgG IgM sérum sérum, likvor (jen u B. garinii) 14

16 Chlamydie protilátky (ELISA) Ch.trachomatis ELISA sérum IgA IgG IgM Ch. pneumoniae ELISA IgA IgG IgM Chlamydie BL (blot-line) konfirmační metoda průkazu protilátek Ch.trachomatis BL sérum IgA IgG Ch. pneumoniae BL IgA IgG 1x týdně 1x za 2 týdny 15

17 Další respirační infekce - protilátky Mycoplasma pneumoniae ELISA sérum IgA IgG IgM Bordetella pertusis ELISA sérum IgA IgG IgM Bordetella parapertusis sérum ELISA IgA IgG IgM Coxsackie viry sérum IgA IgG IgM 1x týdně 1x za 2 týdny 1x za 2 týdny 1x za 2 týdny V období respiračních epidemií provádíme častěji V období respiračních epidemií provádíme častěji V období respiračních epidemií provádíme častěji 16

18 Antropozoonózy - protilátky Toxoplasmóza ELISA sérum IgA IgE IgG IgM avidita Toxokaróza ELISA sérum IgA IgG avidita Brucelóza ELISA sérum IgA IgG IgM Tularémie ELISA sérum IgG IgM Listerióza-aglutinace sérum L. monocytogenes L.ivanovii 1x týdně 1x za 2 týdny 1x za 2 týdny 1x za 2 týdny 1x za 2 týdny 17

19 Nezařazené metody průkaz protilátek Klíšťová encefalitida ELISA Sérum, likvor IgG IgM 1x týdně Tetanus kvalitativně ELISA IgG Helicobacter pylori ELISA IgG IgM IgA sérum sérum 1x měsíčně 1x za 2 týdny 18

20 Metody molekulární biologie (PCR) extrahumánní genom OLM Prostějov tel Borrelia burgdorferi plazma, sérum, likvor, moč, punktát zkumavka s EDTA 2 h při pokojové, 2 6 dnů Dostupnost výsledků likvoru do 48 hodin Clostridium difficile gen pro toxin stolice sterilní odběrová zkumavka 72 hod při chladničkové tentýž den CMV EBV EV (Enterovirus) HAV plazma likvor moč stěr plazma sérum sérum likvor plazma sérum zkumavka s EDTA sterilní zkumavka zkumavka na moč suchý sterilní tampon zkumavka s EDTA, zkumavka bez antikoagulancia zkumavka bez antikoagulancia zkumavka na likvor zkumavka s EDTA, zkumavka bez antikoagulancia 2 h při pokojové, 2 h při pokojové, 2 h při pokojové, 2 h při pokojové, HBV plazma zkumavka s EDTA 2 h při pokojové, HCV HCV genotypizace HPV (Human papilomavirus) HSV plazma zkumavka s EDTA 2 h při pokojové, výtěr z hrdla plazma likvor Speciální sterilní nádobka s transportním médiem (na vyžádání) zkumavka s EDTA sterilní zkumavka 72 hod při chladničkové 2 h při pokojové, 2 6 dnů Kvantitativní metoda Dostupnost výsledků likvoru do 48 hodin 2 6 dnů 2 6 dnů Kvantitativní metoda Dostupnost výsledků likvoru do 48 hodin 2 6 dnů 2 6 dnů Kvantitativní metoda 7-10 dnů Kvantitativní metoda 2 6 dnů 2 6 dnů Dostupnost výsledků likvoru do 48 hodin 19

21 pokračování Metody molekulární biologie (PCR) extrahum. genom OLM Prostějov tel Chlamydia pneumoniae výtěr nasofaryngeální suchý sterilní tampon 2 h při pokojové, 2 6 dnů Chlamydia trachomatis moč výtěr z uretry,pochvy, hrdla 2 6 dnů zkumavka suchý sterilní tampon (rozdílný pro muže a ženy) suchý sterilní tampon výtěr ze spojivky Influenza A, B, H1N1 výtěr nasofaryngeální speciální sterilní zkumavka s transportním médiem (na vyžádání v laboratoři) Mycoplasma genitalium Mycoplasma homins Neisseria gonorrhoeae Ureaplasma urealyticum moč výtěr z uretry, pochvy, hrdla zkumavka suchý sterilní tampon (rozdílný pro muže a ženy) 2 h při pokojové, 72 hod při chladničkové 2 h při pokojové, tentýž den 2 6 dnů Virostatickou terapii je nutné zahájit do 48 h od rozvoje infekce VZV plazma sérum likvor zkumavka s EDTA, zkumavka bez antikoagulancia zkumavka na likvor 2 h při pokojové, 24 h při chladničkové 2 6 dnů 20

22 EXTERNÍ ZPRACOVÁNÍ VZORKŮ Odběr Materiál Odběrová Influenza A, B Morbili Parotitis Yersinie Průkaz protilátek externí zpracování LAG AGEL Šternberk tel , sérum Bezprostředně po odběru Dle harmonogramu doručit do naší laboratoře. laboratoře Svoz ve všední dny zajištěn Vyšetření se provádí v LAG AGEL, Nemocnice Šternberk cz/odbornici/dokument y/zadanky/zadankamikrobiologie.pdf Mykologická vláknitých hub - externí zpracování LAG AGEL Šternberk tel , Dermatofyta Vláknité houby nehty, vlasy, šupiny stěr, sputum, BAL, hnis apod. zkumavka nebo sterilní tuhá agarová půda tampon s transportní, sterilní Bezprostředně po odběru doručit do naší laboratoře. Svoz ve všední dny zajištěn Dle harmonogramu laboratoře Vyšetření se provádí v LAG AGEL, Nemocnice Šternberk cz/odbornici/dokument zkumavka, stříkačka, y/zadanky/zadankamikrobiologie.pdf sputovka plísňová kultura čistá kultura na půdě izolát zajistí naše laboratoř 21

23 EXTERNÍ ZPRACOVÁNÍ VZORKŮ Odběr Materiál Odběrová Mykobakteriologie (TBC) externí zpracování FN Olomouc tel Kultivace z dolních cest dýchací materiál z DCD aspirát, sputum, BAL apod týdnů Kultivace z močového traktu Kultivace tekutého klinického materiálu Průkaz DNA Mycobacterium tuberculosis komplex metodou PCR ve vzorku materiálu moč, aspirát punktát, aspirát, hnis, materiál z preformovaných tělních dutin, likvor apod. materiál z DCD, moč, tekutý vzorek (viz výše) sterilní zkumavka 10 ml sterilní zkumavka 10 ml sterilní zkumavka 10 ml sterilní zkumavka 10 ml vhodné do 2h při PT nebo max. Svoz vzorku naše laboratoř zajistí. vhodné do 2h při PT nebo max. Svoz vzorku naše laboratoř zajistí. vhodné do 2h při PT nebo max. Svoz vzorku naše laboratoř zajistí. vhodné do 2h při PT nebo max. Svoz vzorku naše laboratoř zajistí týdnů 9-12 týdnů do týdne Vyšetření se provádí ve FN Olomouc, Ústav mikrobiologie, Hněvotínská 5 Žádanka: nebo v IKIS. Veškeré požadavky je nutné vyznačit na. Svoz vzorku naše laboratoř zajistí. Mikroskopický průkaz acidorezistentních tyčinek barvením dle Ziehl- Neelsena materiál z DCD, moč, tekutý vzorek, nátěr na sklíčku podložní sklo, případně vzorek vhodný k nátěru vhodné do 2h při PT nebo následující den. Svoz vzorku naše laboratoř zajistí. do následujícího dne po doručení 22

24 EXTERNÍ ZPRACOVÁNÍ VZORKŮ Odběr Materiál Odběrová Molekulární biologie (PCR) externí zpracování LAG AGEL - Vítkovická nemocnice Ostrava tel: Přímý průkaz DNA: Adenovirus Anaplasma/Ehrlichia Bocavirus Bordetella sp. Cryptosporidium parvum H. pylori HHV 6 (exantema subitum) HHV7 Listeria monocytogenes Mycoplasma pneumoniae Parvovirus B19 původci hnisavých bakteriálních meningitid Přímý průkaz RNA: Astrovirus Coronavirus Metapneumovirus Parainfluenza 1-4 Parechoviry Parotitis Rhinovirus RS virus Rubeola Virus klíšťové encefalitidy sérum, výpotek, sputum, moč, likvor, punktát, stěr, BAL, stolice Viz seznam uvedený v! sterilní zkumavka 10 ml, Dle typu bezprostředně po odběru doručit do laboratoře. Svoz přes NJ v 9:00 h ve všední dny dle harmonogramu laboratoře Vyšetření se provádí v LAG AGEL Mikrobiologická laboratoř Ostrava-Vítkovice, Zálužánského 15: dbornici/dokumenty/zadan ky/zadankamikrobiologie.pdf 23

25 EXTERNÍ ZPRACOVÁNÍ VZORKŮ Odběr Materiál Odběrová Speciální mykologická - externí zpracování LAG AGEL - Vítkovická nemocnice Ostrava tel: Průkaz galaktomananu (Ag Aspergillus sp.) Viz seznam uvedený v! Vyšetření se provádí v LAG AGEL Mikrobiologická sérum sérum, BAL laboratoř Ostrava-Vítkovice, BAL Dle typu Zálužánského 15 bezprostředně po odběru doručit do naší laboratoře, dle harmonogramu laboratoře Viz seznam zkumavka 10 ml, sérum, plazma nebo vzorek uvedený v! Přímý průkaz DNA: Cryptococcus neoformans Pneumocystis jirovecii sputum, likvor zkumavka s EDTA na PCR lze zmrazit. Svoz přes NJ v 9:00 h ve všední dny Protilátky proti Aspergillus fumigatus sérum, plazma IgA, IgG a IgM Candida albicans IgA, IgG a IgM Dermatofyta nehty, vlasy, šupiny zkumavka nebo sterilní tuhá agarová půda Vláknité houby stěr, sputum, BAL, hnis tampon s transportní apod., sterilní zkumavka, stříkačka, sputovka bezprostředně po odběru doručit do naší laboratoře, Svoz přes NJ v 9:00 h ve všední dny dbornici/dokumenty/zadan ky/zadankamikrobiologie.pdf 24

26 EXTERNÍ ZPRACOVÁNÍ VZORKŮ Odběr Materiál Odběrová Metody molekulární biologie (PCR) externí zpracování ZÚ Ostrava tel: Přímý průkaz DNA sérum, výpotek, sputum, sterilní zkumavka 10 ml Bezprostředně po odběru Dle harmonogramu BK virus moč, likvor, punktát, stěr, doručit do naší laboratoře laboratoře Corynebacterium BAL, nebo zmrazit. diphtheriae Viz seznam Svoz přes NJ v 9:00 h ve JC virus uvedený v! všední dny Dle typu Vyšetření se provádí ve Zdravotním ústavu Ostrava, Partyzánské náměstí 2633/7, Moravská Ostrava es/zadanka-o-virologickevysetreni-ostrava.pdf Přímý průkaz RNA virů: Alphaviry Astroviry Dengue Hantaviry Noroviry Rotaviry Sapoviry West Nile virus Zika virus sérum, výpotek, sputum, moč, likvor, punktát, stěr, BAL Viz seznam uvedený v! sterilní zkumavka 10 ml, Dle typu Bezprostředně po odběru doručit do naší laboratoře nebo zmrazit. Svoz přes NJ v 9:0 h ve všední dny Dle harmonogramu laboratoře 25

27 EXTERNÍ ZPRACOVÁNÍ VZORKŮ Odběr Materiál Odběrová Bartonella sp. Coxiella Burneti (Q-horečka) Dengue virus Enteroviry Hantaviry Haemophillus infl. b Chikungunya Japonská encefalitida Leptospira sp. Parvovirus B19 Ricketsie Sandlfy fever (papataci) Ťahyňa West Nile virus Widalova reakce Zika virus Žlutá zimnice Sérologie - stanovení protilátek - externí zpracování ZÚ Ostrava tel: sérum zkumavka 5-10 ml Bezprostředně po odběru dle harmonogramu doručit do naší laboratoře laboratoře nebo zmrazit. Svoz přes NJ v 9:00 h ve všední dny Vyšetření se provádí ve Zdravotním ústavu Ostrava, Partyzánské náměstí 2633/7, Moravská Ostrava: es/zadanka-o-virologickevysetreni-ostrava.pdf 26

28 EXTERNÍ ZPRACOVÁNÍ VZORKŮ Odběr Materiál Odběrová Parazitologie - průkaz tkáňových helmintóz externí zpracování NRL Praha tel: Mikroskopické Stanovení protilátek krevní nátěr, moč, stolice -viz seznam uvedený na stránkách NRL sérum - viz seznam uvedený na stránkách NRL: 2f08ad3c678/seznam- laboratornich-vysetreni pdf podložní sklo nebo sterilní zkumavka 10 ml nebo sterilní kontejner Bezprostředně po odběru zkumavka 5-10 ml, zmražené sérum 2f08ad3c678/pokyny-kodberu-2017.pdf doručit do laboratoře. Svoz zajištěn přes NJ v 9:00 h ve všední dny dle harmonogramu laboratoře Vyšetření se provádí na Ústavu imunologie a mikrobiologie VFN a 1. LF UK, NRL pro tkáňové helmintózy; Studničkova 7 kliniky-a-oddeleni/ustavimunologie-amikrobiologie/nrl-pro-tkanovehelmintozy/ 27

29 EXTERNÍ ZPRACOVÁNÍ VZORKŮ Odběr Materiál Odběrová Další spolupracující laboratoře pro konfirmace či bližší specifikaci bakteriální či virové noxy tel: SZÚ Praha Národní referenční pracoviště dle harmonogramu laboratoře zasílané vzorky dle situace dle typu Bezprostředně po odběru doručit do naší laboratoře nebo materiál pro PCR zmrazit. Svoz přes NJ v 9:00 h ve všední dny Vyšetření provádí příslušná NRL v Praze, Šrobárova