Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta DIPLOMOVÁ PRÁCE. Lenka Miná ová. Katedra fyziky nízkých teplot
|
|
- Jindřich Ševčík
- před 6 lety
- Počet zobrazení:
Transkript
1 Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta DIPLOMOVÁ PRÁCE Lenka Miná ová Experimentální studium vodíkových vazeb Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí diplomové práce: RNDr. Jan Lang, Ph.D. Studijní obor: Biofyzika a chemická fyzika
2 POD KOVÁNÍ D ě kuji RNDr. Janu Langovi, Ph.D. za trp ě livé vedení, Mgr. Kateř in ě Vágnerové za cenné rady, Doc. Ing. Pavlu Lhotákovi za př ípravu a poskytnutí vzorku a Mgr. Jiř ímu Czernekovi, Ph.D. za poskytnutí výsledků výpoč tů ab initio. ě ě Prohlašuji, že jsem svou diplomovou práci napsala samostatn a výhradn s použitím citovaných pramenů. Souhlasím se zapů jč ováním práce. V Praze dne 10. srpna 007 Lenka Minář ová
3 ABSTRAKT Název: Autorka: Katedra: Vedoucí práce: vedoucího: Abstrakt: Klíč ová slova: Title: Author: Department: Supervisor: Supervisor's address: Abstract: Keywords: Experimentální studium vodíkových vazeb Lenka Minář ová Katedra fyziky nízkých teplot RNDr. Jan Lang, Ph.D. Kalix[4]areny jsou skupinou látek č asto využívaných v supramolekulární chemii. Na dolním okraji mohou nést pole až č tyř vodíkových vazeb. Díky predefinované geometrii mohou posloužit jako model pro studium kooperativity rů zn ě dlouhých polí vodíkových vazeb. V této práci studovaný 5,6-dipropoxy- 5,11,17,3-tetra-tert-butylkalix[4]aren nese na dolním okraji kavity ř et ě zec dvou vodíkových vazeb. Jeho dynamické chování v nepolárním rozpoušt ě dle a zejména rychlost př ekláp ě ní pole vodíkových vazeb byly prozkoumány pomocí metod NMR spektroskopie s využitím teplotn ě závislých m ě ř ení jaderné spinové relaxace uhlíku 13 C. Byl stanoven korelač ní č as rotač ního pohybu molekuly a jeho teplotní závislost s arrheniovským tvarem a parametry vnitř ních pohybů molekuly. Byla odhadnuta rychlost a stanovena aktivač ní enthalpie zm ě ny sm ě ru pole vodíkových vazeb. Kalix[4]areny, vodíková vazba, dynamika, jaderná spinová relaxace, spektroskopie NMR vysokého rozlišení Experimental Study on Hydrogen Bonds Lenka Minář ová Department of Low-Temperature Physics RNDr. Jan Lang, Ph.D. jan.lang@mff.cuni.cz Calix[4]arenes are compounds often used in supramolecular chemistry. They may carry an array of up to four hydrogen bonds on the lower rim. Thanks to predefined geometry, they can serve as a model for studying hydrogen bonds cooperativity in arrays of various lengths. 5,6-dipropoxy-5,11,17,3-tetra-tert-butylcalix[4]arene, which is studied in this work, carries an array of two hydrogen bonds on the lower rim. Its dynamic behaviour in a non-polar solvent was examined by high-resolution NMR spectroscopy methods, particularly using temperature-dependent measurement of carbon 13 C nuclear spin relaxation. The correlation time of molecular tumbling, found to follow the Arrhenius temperature dependence, and the parameters of internal molecular movements were determined. The flip-flop motion's rate was estimated, and its activation enthalpy was determined. Calix[4]arenes, hydrogen bond, dynamics, nuclear spin relaxation, high-resolution NMR spectroscopy 3
4 OBSAH ě ř ř ř Úvod 5 Teoretická část 1. Kalixareny 6. Jaderná magnetická resonance Relaxace - fenomenologické zavedení Relaxač ní mechanismy Chemická vým na 1 6. M ení spinových relaxací 3 Experimentální část 7. Nastavení m ení 6 8. Jednodimensionální spektra 8 9. Výsledky relaxač ních m ení Zpracování experimentů Vyhodnocení chemických vým n 5 1. Srovnání 54 Závěr 57 Literatura 58 4
5 ÚVOD Kalix[n]areny jsou cyklické fenolické oligomery. Patř í k základním strukturním jednotkám v supramolekulární chemii. Substitucemi základního skeletu mohou vytvář et rů zné deriváty s př esn ě definovanou prostorovou strukturou, které mají vynikající komplexač ní vlastnosti. Kalix[n]areny se proto využívají k př íprav ě sensorů, receptorů, modelů enzymů apod. 5,6-dipropoxy-5,11,17,3-tetra-tert-butylkalix[4]aren je odvozen od kalix[4]arenu substitucí č tyř tert-butylů na horním a dvou propylů umíst ě ných proximáln ě na spodním okraji. Ze č tyř základních konformací kalix[4]arenů zaujímá jen kónickou. Na spodním okraji je stabilisován ř et ě zcem dvou vodíkových vazeb. Sterické nároky propylových skupin znemožň ují zm ě nu konformace v dů sledku jejich otoč ení. Tato práce navazuje na m ě ř ení dynamiky chování kruhového pole kooperativních vodíkových vazeb na spodním okraji kalix[4]arenu a thiakalix[4]arenu, které obsahují č tyř i vodíkové vazby. Kratší lineární pole by se m ě lo př ekláp ě t rychleji. Cílem práce je stanovit aktivač ní termodynamické parametry tohoto procesu v dipropylovaném kalix[4]arenu a porovnat je s hodnotami pro základní kalix[4]aren. Uvedená pole vodíkových vazeb obsahují stabilizující prvek kooperativity, který by mohl být charakterizován, pokud porovnáme aktivač ní parametry př ekláp ě ní u molekul s velmi blízkou geometrií a rů zným poč tem zř et ě zených vodíkových vazeb. Základní metodikou je jaderná magnetické resonance. Je známo, že jaderná spinová relaxace je ovlivn ě na molekulární rotač ní difusí v piko- až nanosekundové č asové škále. Vedle toho m ě ř ení př íč né relaxace metodou spinového echa umožň uje charakterisaci konformač ních př echodů v č asové škále 100 s 100 ms. Takový proces totiž č asto není charakterisovatelný př ímo ze základního spektra NMR. Tato metodika byla již dř íve použita př i studiu vodíkových vazeb v kalix[4]arenu. Práce se d ě lí na teoretickou a experimentální č ást. Teoretická č ást shrnuje konformač ní chování kalixarenů, vysv ě tluje základy jaderné magnetické resonance, relaxač ní mechanismy a popisuje metodiku m ě ř ení. Experimentální č ást se skládá z bližšího popisu použitých postupů, shrnutí výsledků m ě ř ení a dalších výpoč tů s diskusí a srovnání se známými hodnotami platnými pro kalix[4]aren, ev. thiakalix[4]aren. 5
6 TEORETICKÁ ÁST 1. KALIXARENY Kalix[n]aren je cyklický oligomer n fenolických jednotek, spojených methylenovými spojkami. Nejč ast ě jší je kalix[4]aren obsahující č tyř i aromatická jádra (obrázek 1). Základní makrocyklus je možné relativn ě snadno substituovat v poloze para vzhledem k hydroxylu (tzv. horní okraj), na hydroxylu (tzv. dolní okraj) nebo jsou možné substituce na methylenových spojkách, č i jejich úplné nahrazení jinou skupinou (např íklad thiakalix[4]aren). Vhodnou substitucí je možné modifikovat elektrostatický náboj v jednotlivých č ástech molekuly, velikost a tvar kavity, flexibilitu makrocyklu a další vlastnosti. Tak je možné př ipravit látky schopné pů sobit jako specifické receptory pro rů zné druhy substrátů, založené na nekovalentních interakcích. Obrázek 1. Molekula kalix[4]arenu KONFORMACE KALIX[4]AREN Ů Základní kalix[4]aren se vyskytuje v tzv. kónické konformaci, ve které jsou všechny aromatické kruhy orientovány stejným sm ě rem a molekula je stabilizována polem č tyř vodíkových vazeb na dolním okraji. V př ípad ě substituce hydroxylů funkč ními skupinami neschopnými vzájemných vodíkových vazeb, např. methyl, molekula mů že zaujímat č tyř i základní konformace - kónickou, č ásteč n ě kónickou, 1,-stř ídavou a 1,3-stř ídavou (obrázek ). Kónická konformace v takovém př ípad ě nemá č tyř č etnou osovou symetrii, ale je zplošt ě lá (obrázek 3). Síla vodíkových vazeb totiž ovlivň uje odklon ě ní aromatických kruhů od osy symetrie a tvar kavity. Pokud je substituovaná skupina dostateč n ě malá (např. methyl), mohou mezi sebou jednotlivé konformace př echázet. V ě tší substituenty jako propyl kavitou neprojdou. 6
7 Obrázek. Konformace substituovaného kalixarenu tetramethoxykalix[4]arenu: a) kónická; b) částečně kónická; c) 1,-střídavá; d) 1,3-střídavá [1] Obrázek 3. Zploštělý thiakalix[4]aren bez vodíkových vazeb na spodním okraji [] Právě možnost relativně snadné derivatizace kalix[4]arenu př i zachování podobné základní geometrie nás vedla k pokusu použít kalix[4]aren jako modelovou molekulu pro zkoumání vlivu poč tu vodíkových vazeb na stabilitu jejich pole na dolním okraji kalix[4]arenu. 1.. VODÍKOVÉ VAZBY NA SPODNÍM OKRAJI KALIXAREN Ů Charakterisace vodíkových vazeb se dlouho omezovala na mě ř ení chemického posunu ve vodíkovém spektru NMR a frekvence valenč ní vibrace hydroxylové skupiny pomocí infrač ervené absorpč ní spektroskopie. Chemický posun byl namě ř en 10. ppm u p-tert-butylkalix[4]arenu, což je velmi vysoká hodnota. [3] Frekvence valenč ní vibrace i chemický posun jsou ale silně ovlivně ny i dalšími parametry, takže neposkytují jednoznač nou charakteristiku vodíkové vazby. Cirkulární systémy vodíkových vazeb byly pozorovány např. na derivátech p-tertbutylkalix[6]arenu fosforylovaných na dolním okraji [4]. Necyklická pole vodíkových vazeb u tě chto derivátů byla studována pomocí metody EXSY, kterou lze mě ř it pomalé 7
8 chemické výmě ny. Volná aktivač ní energie př ipadající na jednu vazbu byla u monofosfátů urč ena 9 kj/mol, což odpovídá stř edně silné vazbě [5], v difosfátech 7.8 kj/mol, míra kooperativity je př itom nižší, protože jde o dvě pole o dvou vazbách. Kalix[6]areny jsou flexibilně jší než kalix[4]areny, prokazatelně u nich dochází k zásadní optimalisaci vnitř ní energie tvorbou zploště lé konformace (pinched cone), která patrně také optimalisuje geometrii vodíkových vazeb. Tř i kooperativní vodíkové vazby byly detekovány i v monomethylderivátu kalix[4]arenu podle IR frekvencí. Posuny a amplitudy signálů vodíkového spektra (10.13 ppm a 9.54 ppm) indikují flip-flop proces, kdy silně jší resonance odpovídá vystř edovanému posunu obou krajních vazeb a slabší rezonance u ppm př ísluší prostř ední vodíkové vazbě, u které se kooperativita projevuje nezávisle na smě ru celého pole vodíkových vazeb. Frekvence valenč ních OH vibrací je výrazně vyšší u dimethylovaného derivátu, což odpovídá faktu, že zde patně chybí př íspě vek kooperativity, neboť obsahuje dvě oddě lené vodíkové vazby. Urč itá míra kooperativity by v tomto př ípadě byla možná, jen pokud by jeden kyslík methoxyskupiny byl souč asně akceptorem vodíkových vazeb od obou sousedních hydroxylových skupin. Kruhové pole č tyř vodíkových vazeb bylo studováno na kalix[4]arenu [6] a thiakalix[4]arenu [7]. Zjiště ná volná aktivač ní energie pro kalix[4]aren př ipadající na jednu vazbu byla 11.4 kj/mol, pro thiakalix[4]aren 10.6 kj/mol př i teplotě 43 K ,6-DIPROPOXY-5,11,17,3-TETRA-TERT-BUTYLKALIX[4]AREN Slouč eninou, kterou zkoumám, je 5,6-dipropoxy-5,11,17,3-tetra-tert-butylkalix[4]aren, tedy kalix[4]aren tert-butylovaný na celém horním okraji a proximálně propylovaný na spodním. Obrázek 4. 5,6-dipropoxy-5,11,17,3-tetra-tert-butylkalix[4]aren 8
9 V tomto př ípadě jsou dva vodíky schopné tvoř it mů stky nahrazeny propyly. Vzniká tak ř etízek pouhých dvou vodíkových vazeb. Př edpokládáme, že ty mohou mě nit smě r výrazně rychleji než kruhový ř etě zec č tyř vazeb. Možnost, že by se ř etízek rozpojil a obě vazby smě ř ovaly od sebe", považujeme za nevýhodnou v dů sledku ztráty kooperativity. Propylová skupina také není schopná za normální teploty projít makrocyklem, takže molekula nemů že př ejít do 1, 3 - stř ídavé konformace. Z ab initio výpoč tu [8] vyplývá, že jednotlivé aromatické kruhy jsou od osy rů zně odkloně né v závislosti na uchycení vodíkovými vazbami. Základní skelet molekuly tak nemá ani č tyř č etnou symetrii kalix[4]arenu, ani dvojč etnou symetrii zploště lé konické konformace derivátů substituovaných na spodním okraji [8]. Př edpokládaným pohybem vodíkových vazeb je jejich koordinované otoč ení (obrázek 5). O H H O O Pr Pr O O Pr H O O Pr H O Obrázek 5. Schéma spodního okraje molekuly dvou enantiomerů, lišících se změnou směru pole vodíkových vazeb OZNA Č ENÍ JEDNOTLIVÝCH UHLÍK Ů Pokud bychom neuvažovali orientaci skupin na dolním okraji studovaného derivátu kalix[4]arenu a menší distorzi struktury vlivem vodíkových vazeb, aromatický skelet kalixarenu by mě l rovinu symetrie procházející dvě ma methylenovými spojkami. Označ ení atomů v molekule pro úč ely této práce respektuje tuto př ibližnou symetrii. Aromatické kruhy s nesubstituovanou hydroxylovou skupinou jsme označ ili písmenem A, kruhy s propylovou skupinou písmenem B. Jednotlivá jádra se č íslují od fenolového uhlíku. Smysl č íslování byl stanoven tak, že č íslem jsme označ ili vždy ty uhlíky, které sousedí př es methylenovou spojku s kruhem stejného typu. Uhlíky terciárního butylu označ uji č ísly 7 a 8, propylové uhlíky jako 9, 10 a 11. Methylenové spojky znač ím dvojicí písmen podle toho, jaké kruhy spojují. 9
10 t B u 8 7 t B u t B u O O O H H O Pr Obrázek 6. Číslování uhlíků používané při popisu NMR spekter 5,6-dipropoxy- 5,11,17,3-tetra-tert-butylkalix[4]arenu. Atomy vodíku jsou číslovány podle uhlíku, ke kterému jsou vázány. 10
11 . JADERNÁ MAGNETICKÁ RESONANCE Jaderná magnetická resonance je jev, př i kterém dochází k resonanč nímu chování atomových jader s nenulovým spinovým kvantovým č íslem I, a tedy nenulovým magnetickým momentem µ r, v magnetickém poli. Jádra, která mají nulový spin, jako je např íklad nejč astě jší isotop uhlíku 1 C, jsou pro metody NMR neviditelná..1. ZÁKLADNÍ POJMY Má-li č ástice nenulový moment hybnosti dipólový moment h I r, má i jemu úmě rný magnetický r µ = γhi r, (1) kde γ je gyromagnetický pomě r. Vložíme-li takovou č ástici do statického magnetického pole B r 0, interaguje magnetický moment č ástice s vně jším polem. Tato tzv. Zeemanova interakce má hamiltonián Hˆ r r ˆ µ Β 0 =. Mezi nejč astě ji studovaná jádra patř í vodík 1 H a uhlík 13 C. Tyto isotopy mají spin I = 1/, takže jejich magnetické kvantové č íslo mů že nabývat hodnot +1/ (stav α) nebo -1/ (stav β). V poli B 0 se mezi tě mito dvě ma stavy vytvoř í energetický rozdíl 0. () E = γhb 0. (3) Klasicky se dá soubor spinů popsat vektorem celkové magnetisace M r, který je vektorovým souč tem všech magnetických momentů v souboru. V rovnováze bude smě r magnetisace M r souhlasit se smě rem pole B r 0. Podle konvence klademe do smě ru pole B r 0 kladný smě r osy z. Př echody jednotlivých spinů mezi energetickými hladinami lze indukovat stř ídavým polem B r 1 kolmým na osu z, splň uje-li jeho frekvence resonanč ní podmínku [9] ω 0 = γb 0, (4) kde ω 0 je úhlová frekvence Larmorovy precese. Pro bě žně používaná pole B 0 leží v radiové oblasti. Kromě laboratorní souř adné soustavy se zavádí také soustava rotující. Osa z zů stává ve smě ru pole B r 0, osy x a y rotují rychlostí ω 0. Radiofrekvenč ním pulsem vhodné délky totiž lze magnetisaci v rotující soustavě souř adné sklopit o libovolný úhel od osy z. Sklopením se zmenší složka magnetisace v ose z a objeví se složky v rovině xy. 11
12 δ.. INTERAKCE P Ů SOBÍCÍ NA JADERNÝ SPIN Na spin mů že pů sobit elektromagnetické pole pocházející z aparatury (tzv. vně jší, externí pole) a také od ostatních spinů ve vzorku (tzv. vnitř ní, interní). Vně jší interakci uvažujeme jen ryze magnetickou. Pomocí ní manipulujeme s jadernými spiny. Spektrometr vytvář í dvě pole: Silné stálé pole B r 0 a k ně mu kolmé oscilující pole B r 1. Vnitř ních interakcí se pro spiny vě tší než 1/ mů že úč astnit také elektrická kvadrupólová interakce. Tato práce se ale zabývá pouze jádry se spinem 1/, kde se i mezi vnitř ními interakcemi uplatň ují pouze ty magnetické. Chemický posun Vně jší magnetické pole polarizuje elektrony okolo jádra a tedy velikost pole, které na jádro pů sobí, je mírně odlišná od velikosti vně jšího pole. Spolu s tím se mírně posouvá i resonanč ní frekvence, a proto se tato interakce nazývá chemický posun. Tato interakce mezi vně jším polem a elektronovým obalem je obecně anisotropní a popisuje se tensorem chemického posunu. U molekuly rychle rotující v isotropní kapalině se př íspě vky rů zných smě rů stř edují a stíně ní je možné vyjádř it jedinou skalární hodnotou, Anisotropní č ást chemického posunu se však stále projevuje v relaxacích. Stíně ní způ sobuje, že lokální pole B loc v místě jádra je menší o hodnotu σb 0, kde σ je konstanta stíně ní, a platí [10]: B loc ( 1 σ ) B 0 = (5) Resonanč ní frekvence jádra bude posunuta: r ω = γ ( 1 σ ) B r. (6) Posun se dá uvádě t v jednotkách frekvence, ale tato hodnota závisí na velikosti vně jšího pole B 0. Úč elně jší je udávat velikost chemického posunu jako relativní vzhledem k ně jakému zvolenému standardu: δ ω ω ω standard 0 standard 6 = 10 (7) označ uje relativní chemický posun, jednotkou je ppm (part per million). Jako frekvenč ní standard se v př ípadě jader 1 H a 13 C používá tetramethylsilan (TMS). Dipól-dipólová interakce Dipól-dipólová interakce je př ímá vzájemná interakce dvou jaderných spinů mezi sebou navzájem. Každý spin vytvář í magnetické pole, které ovlivň uje ostatní. Dipóldipólově mohou spiny interagovat bez ohledu na to, jestli jsou spojeny chemickými vazbami v jedné molekule, nebo ne. 1
13 Velikost interakce závisí na vzdálenosti obou spinů a orientaci spojnice vů č i poli B r 0. Dipól-dipolární interakč ní konstanta je DCC µ γ γ h 0 C H 3 = r 4π. (8) V isotropních kapalinách se dipól-dipolární interakce stř eduje k nule a neprojeví se tak ve spektru, hraje ale významnou roli v relaxač ních mechanismech. J-interakce J-interakce je nepř ímá magnetická interakce mezi jádry zprostř edkovaná vazebnými elektrony. Mě ř itelný vliv má pouze př es malý poč et vazeb. Obvykle pů sobí uvnitř molekuly, intermolekulární J-interakce je možná např. u vodíkových vazeb, je ovšem mnohem slabší než u vazeb kovalentních. Ve spektru se J-interakce projevuje ště pením č ar na multiplety. Ně kdy je toto ště pení nežádoucí, a tak se pro zjednodušení spektra a zlepšení pomě ru signál/šum J-interakce potlač uje tzv. decouplingem. Jde o radiofrekvenč ní pole v př íč né rovině, které dostateč ně rychle invertuje obsazení hladin α a β na jednom z interagujících jader. Druhé, mě ř ené jádro pak vnímá pouze nulovou stř ední hodnotu. Spin-rotační interakce Jde o interakci jaderných spinů s magnetickým polem, které vytvář í molekula - soubor č ástic - svým vlastním otáč ením. Spin-rotač ní interakce má v NMR význam u plynů, v kapalinách jen pro velmi malé molekuly. V isotropní kapalině se stř eduje k nule. 13
14 3. RELAXACE FENOMENOLOGICKÉ ZAVEDENÍ Sklopíme-li pulsem vektor magnetisace z osy z do jiného smě ru, bude se kromě precesního pohybu postupně navracet zpě t do rovnovážného stavu. Tento proces se nazývá relaxace. Molekula v roztoku koná náhodný tepelný pohyb, př ič emž interaguje s okolními molekulami a lokální magnetické pole fluktuuje [11]. Fluktuace magnetického pole je pro spiny 1/ př íč inou relaxací. Pro NMR je významný hlavně pohyb rotač ní, zatímco vliv translač ního pohybu na relaxaci je zpravidla malý. Rozlišujeme relaxaci dvojího typu - podélnou (spin-mř ížkovou) a př íč nou (spinspinovou) PODÉLNÁ RELAXACE Podélná relaxace se týká změ n složky magnetisace ve smě ru osy z. Nazývá se také spin-mř ížková, neboť se př i ní vymě ň uje energie mezi spiny a tzv. mř ížkou. Mř ížkou se rozumě jí všechny ostatní stupně volnosti. Č asový vývoj je dán rovnicí dm dt z M M z 0 =, (9) T 1 kde M 0 je rovnovážná hodnota magnetisace. T 1 je podélná relaxač ní doba. Namísto relaxač ní doby mů že být podélná relaxace charakterisována relaxač ní rychlostí R 1, R 1 = Ř 1/T 1. ešením této rovnice je exponenciální č asový nárů st magnetisace v ose z, M z t / T1 ( M M (0 ) e ( t) = M. (10) 0 0 z ) V př ípadě M z (0) = - M 0, což se používá př i mě ř ení, př echází rovnice 10 na M z t / T1 ( 1 e ) ( t) = M. (11) P Ř Í Č NÁ RELAXACE Př íč ná neboli spin-spinová relaxace je vymizení magnetisace v rovině xy. V rotující souř adné soustavě se ř ídí se rovnicemi dm dt dm dt x y M x =, T M y =. T (1) Tyto rovnice mají ř ešení 14
15 ř M xy ( t) t / T = M xy (0) e (13) Př íč ná relaxace je charakterisována př íč nou relaxač ní dobou T nebo př íč nou relaxač ní rychlostí R = 1/T. Kromě interakcí s okolím k ní př ispívá rozfázování př íč ných složek vlivem interakcí mezi spiny navzájem. Také se zde projevuje nehomogenita magnetického pole. Pro pološíř ku č áry ve spektru ν platí 1 ν =. (14) πt * P ř íspě vek nehomogenity pole B 0 k p ř í č né relaxaci se nazývá nehomogenní rozší ř ení. Pro hodnotu relaxa č ní doby T * namě enou z pološí ř ky č áry platí 1 * 1 1 = +, (15) T T Tn kde T n je nehomogenní rozší ř ení č áry. 15
16 4. RELAXAČNÍ MECHANISMY Nástin odvození závislosti relaxačních dob na vlastnostech fluktuujícího magnetického pole provedeme pro nejjednodušší případ pole fluktuujícího náhodně kolem nulové hodnoty. Složku pole B ve směru například x rozdělíme na střední hodnotu a fluktuaci B' x. Střední hodnota fluktuace je nulová. Podle ergodické hypotézy přitom nezáleží na tom, zda středujeme podle času, nebo přes soubor spinů. Střední kvadratická odchylka je nenulová a stejná pro všechny spiny. Zavedeme korelační funkci G(τ): G( τ ) = B' x ( t) B' x ( t + τ ) (16) Pro τ = 0 je korelační funkce rovná střední kvadratické odchylce, pro velká τ klesá k nule. Pro náhodné fluktuace je pokles exponenciální G( τ ) x τ / τ c = B' e. (17) Korelační čas τ c udává rychlost fluktuace. Korelační funkce ve tvaru exponenciály, případně součtu exponenciál se používá k popisu fluktuací i ve složitějších případech. Fourierovou transformací korelační funkce je spektrální hustota J(ω): J i ( ω) = G( τ ) e ωτ dτ 0. (18) Pro korelační funkci podle vztahu 17 má spektrální hustota tvar absorpční Lorentzovy funkce τ J ( ω) = B' x. (19) 1+ ω c τ c Pro rychlé fluktuace pole je korelační čas krátký a spektrální hustota široká. Pomalým fluktuacím odpovídá dlouhý korelační čas a spektrální hustota ve tvaru úzké čáry (obrázky 7, 8). 16
17 Obrázek 7. Rychlá fluktuace magnetického pole ve směru x příčné roviny (a) odpovídá rychlému poklesu korelační funkce (b). Spektrální hustota má široký tvar (c). Obrázek 8. Pomalá fluktuace magnetického pole ve směru x příčné roviny (a) způsobuje pomalý pokles korelační funkce (b), spektrální hustota má pak úzký tvar (c). Pro uvedený model exponenciální korelační funkce má příčná relaxační doba tvar 1 T γ τ =. (0) + ω τ B x 1 1 Uvažujeme-li molekulu v roztoku, zapřičiňuje fluktuaci pole v místě spinu rotace molekuly nebo pohyb jejích částí. S orientací spojnice mezi dvěma jádry vůči vnějšímu poli se mění velikost dipól-dipólové interakce a s tím i velikost a směr magnetického pole, kterým na sebe spiny navzájem působí. Vlivem anisotropie chemického posunu dochází při rotačním pohybu molekuly ke změnám lokálního stínícího pole. Tyto změny pak vedou k relaxaci vlivem anisotropie chemického posunu. V kapalných roztocích je korelační čas fluktuace pole svázán s korelačním časem rotačního pohybu molekuly. Pohyb molekuly je ovlivněn viskositou kapaliny a teplotou. Korelační čas molekuly v ideálním případě závisí na teplotě podle Arrheniovy rovnice [1] τ = τ 0 c 0 RT e E A / kde E A je aktivační energie, R je plynová konstanta. c Μ, (1) 17
18 Ο α β 4.1. RELAXACE VLIVEM DIPÓL-DIPÓLOVÉ INTERAKCE Na obrázku 9 je znázorněno schéma energetických hladin pro spiny I a S, které dipóldipólově interagují, s vyznačením pravděpodobnosti přechodů. W 1I a W 1S jsou pravděpodobnosti jednokvantových přechodů, W 0 pravděpodobnost nulkvantového přechodu a W pravděpodobnost dvoukvantového přechodu. β β () (**) W 1I W IS W 1S W 0IS β α (**) W 1S W 1I brázek 9. Diagram energetických hladin dvou spinů I a S, mezi nimiž působí dipóldipólová interakce. W 1I a W 1S jsou pravděpodobnosti jednokvantových přechodů, W je pravděpodobnost dvoukvantového přechodu, W 0 je pravděpodobnost nulkvantového přechodu. Jelikož pravděpodobnost přechodu je úměrná hodnotě spektrální hustoty na příslušné frekvenci, dochází k němu jen tehdy, když magnetické pole fluktuuje s frekvencí ω 0I či ω 0S pro jednokvantové přechody, (ω 0I + ω 0S ) pro dvoukvantový přechod a (ω 0I - ω 0S ) pro nulkvantový přechod. Rychlost změn populací hladin je tak dána lineární kombinaci všech relevantních pravděpodobností přechodů. Časový vývoj podélné magnetizace je potom popsán Solomonovými rovnicemi. Vývoj příčných složek lze odvodit až s použitím Redfieldovy- Wangsnessovy-Blochovy teorie, založené na řešení Liouvileovy rovnice pomocí poruchového počtu. Pro případ dipolární relaxace páru spinů 1 H a 13 C pak platí rovnice [13]: R α α (****) 1 DD 1 C [ J ( ω ω ) + 3J ( ω ) + 6J ( ω + ω )] = N H ( DCC) H C C H, () 4 R 1 DD ( ) H DCC H C C H H C = N 8 [ 4J (0) + J ( ω ω ) + 3J ( ω ) + 6J ( ω ) + 6J ( ω + ω )]. (3) Kvalitativně je závislost relaxačních dob T 1, T zobrazena na obrázku 10. Pro dostatečně krátké korelační časy jsou obě relaxační doby stejné (oblast extrémního zúžení). Mimo tuto oblast má podélná relaxační doba T 1 minimum a pro delší korelační časy zase roste, na rozdíl od příčné relaxační doby T, která monotónně klesá. 18
19 Obrázek 10. Závislost podélné a příčné relaxační doby (T1, resp. T) na korelačním čase τ c [11] 4.. JADERNÝ OVERHAUSERŮV JEV (NOE) NOE je projev dipól-dipólové interakce. Jde o přenos energie mezi jádry, tzv. křížovou relaxaci, která vyplývá se Solomonových rovnic. [11] V našem případě jsou to jádra 1 H a 13 C. Při změně obsazení hladin vodíků 1 H se energie přenese na uhlíky 13 C, takže se intensita uhlíkového signálu zvýší. Platí [13] NOE kde σ DD je rychlost křížové relaxace γ N σ DD H H = 1+, DD (4) γ C R1 σ DD 1 [ 6I( ω + ω ) I( ω ω )] = ( DCC) H C H C. (5) 4 Velikost NOE je shora omezená γ H NOE 1+ γ 3. (6) C 4.3. RELAXACE VLIVEM CSA Při relaxaci vlivem anisotropie chemického posunu působí na jádro fluktuace lokálního magnetického pole způsobené anisotropií stínění při rotaci molekuly. Pro příčnou a podélnou relaxační rychlost platí [11] R R 1 CSA 1 C = ( γ C B0 ) CSAeff J ( ω ), (7) 3 = 1 1 ( γ ) C B0 CSAeff J (0) + J ( ω ) 3 3. (8) CSA C 19
20 CSA eff je efektivní amplituda interakce. Závisí na složkách tensoru chemického posunu SPEKTRÁLNÍ HUSTOTA Molekula, která náhodně mění svoji orientaci isotropně s korelačním časem τ M, má spektrální hustotu [11] τ Μ J ( ω) =. (9) 5 1+ ω τ Μ Pro molekulu, která jako celek rotuje isotropně, ale obsahuje i části s anisotropními pohyby, se dá použít Lipariho-Szabóův model. [14] Spektrální hustota má pak tvar součtu dvou členů vážených parametrem uspořádání S, který souvisí s pohyblivostí dané části molekuly J ( ω) = 5 S Μ τ E ( 1 S ) τ Μ +. (30) 1+ ω τ 5 1+ ω τ Korelační čas τ E je odvozen od globálního korelačního času τ M odpovídajícího pohybu celé molekuly a lokálního korelačního času τ loc pohybu části molekuly E 1 τ E 1 1 = +. (31) τ τ M loc Parametr uspořádání nabývá hodnot mezi 0 a 1, pro rigidní části molekuly se blíží 1, pro velmi pohyblivé je blízký 0. Tento model předpokládá, že globální a lokální pohyb jsou statisticky nezávislé, což je splněno, pokud τ loc << τ M. Čas τ E je tak velmi blízký lokálnímu korelačnímu času τ loc. 0
21 5. CHEMICKÁ VÝMĚNA Chemickou výměnou se obecně rozumějí procesy, kterými se mění chemické okolí jádra. Může jít o chemickou reakci nebo konformační změny. Cílem této práce je prozkoumat konformační přechod v proximálně dipropylovaném kalix[4]arenu. Předpokládáme, že jde o překlopení směru obou vodíkových vazeb, spojené s mírným pootočením jednotlivých aromatických kruhů vůči sobě navzájem. Protože molekula jako celek tak přejde do stavu totožného s výchozím (jednotlivé atomy si však vymění místa"), je rychlostní konstanta stejná pro výměnu dopřednou i zpětnou. Máme-li symetrickou chemickou reakci prvního řádu s rychlostní konstantou k, A k k B je rychlost chemické výměny k ex = k. (3) Chemickou výměnu lze také charakterisovat jejím korelačním časem τ ex, τ ex = 1/ k ex. (33) Při rychlosti chemické výměny k ex menší než rozdíl resonančních frekvencí ν jsou ve spektru dvě čáry. Jde o tzv. pomalou výměnu. Přechod spinů ze stavu o resonanční frekvenci ν 1 do stavu, kde resonují na frekvenci ν, způsobuje jejich rychlejší rozfázování a tedy zkrácení příčné relaxační doby T. Čáry se rozšiřují. Při k ex > ν (rychlá výměna) je ve spektru vidět jen jedna čára na průměrné frekvenci. Čím je výměna rychlejší, tím je čára užší. Nejjednodušeji lze rychlost chemické výměny modifikovat změnou teploty. Teplota, při níž pomalá výměna přechází v rychlou, se nazývá koalescenční a platí pro ni [15] π k ex = ν. (34) 1
22 Obrázek 11. Symetrická chemická výměna mezi dvěma stavy, závislost spekter na teplotě. [16] Chemická výměna natolik rychlá, že rozšíření společného signálu je velmi malé a tedy přímo nepozorovatelné, se dá měřit pomocí příspěvku chemické výměny k příčné relaxační rychlosti. Tento příspěvek navíc, na rozdíl od relaxace vlivem dipól-dipólové interakce a CSA, závisí na nastavení echočasu při měření pomocí pulsní sekvence spinového echa, např. CPMG. [17] ex = τ ex techo / R p A pb ( ω) τ ex 1 tgh, (35) techo / τ ex kde p A a p B jsou populace stavů, mezi kterými chemická výměna probíhá. V našem případě je p A = p B = 1/. ω je rozdíl kruhových frekvencí vyměňujících se stavů, ω = π ν. Závislost relaxačního příspěvku na t echo má obecně sigmoidální tvar. V případě velmi malého τ ex (τ ex << t echo ) klesá druhý člen závorky k nule. Relaxační příspěvek chemické výměny je potom R 1 = τ ex, (36) 4 ex ω ( ) nezávislý na echočase. Pomocí změřené závislosti rychlostní konstanty k na teplotě je možné zjistit termodynamické parametry konformačního přechodu (Gibbsovu energii G, potažmo aktivační enthalpii H a aktivační entropii S), což popisuje Eyringova rovnice kb T G / RT k = e h, (37) přičemž G závisí na teplotě [1], [18] G = H T S. (38)
23 6. MĚŘENÍ SPINOVÝCH RELAXACÍ 6.1. MĚŘENÍ PODÉLNÉ RELAXACE Podélná relaxace se měří pomocí sekvence Inversion recovery. [19] Pulsem 180 se magnetisace překlopí do záporného směru osy z. Po uplynutí času t mix, kdy se magnetisace postupně vrací do rovnováhy, se pulsem 90 překlopí do příčné roviny a změří. Opakováním pro různé časy t mix se získá závislost intensity na čase t mix odkud zjistíme relaxační dobu T 1. t / T1 ( 1 e mix ) I ( t) = I ( ), (39) 180 y (nebo x) 90 y t mix 13 C 1 H decoupling Obrázek 1. Schéma sekvence Inversion Recovery pro měření T 1. 3
24 6.. MĚŘENÍ PŘÍČNÉ RELAXACE Základním prvkem sekvence k měření příčné relaxační doby je spinové echo. Devadesátistupňový puls sklopí magnetisaci do roviny xy. Ta pak díky relaxaci klesá. Na pokles má ale také vliv nehomogenita magnetického pole, která spiny rozfázovává. Stoosmdesátistupňovým pulsem, aplikovaným za čas t echo / po prvním devadesátistupňovém pulsu, se rozfázované spiny otočí do opačných směrů. Směr precesního pohybu se ale nezmění, a tak opět po čase t echo / dojde ke sfázování. Intensita výsledného signálu tak závisí pouze na tzv. homogenní relaxaci, nehomogenita pole ji neovlivní. Na celkové délce sekvence t, která je rovna 4nt echo, závisí intensita signálu jako I t / T = I e. (40) 0 Příčná relaxační doba se měří pomocí sekvence CPMG (Carr, Purcell, Meiboom, Gill), která používá mnohonásobné spinové echo s proměnným počtem cyklů. [0] Vodíkový puls 180 odstraňuje interferenci relaxačních mechanismů - dipól-dipólové interakce a anisotropie chemického posunu. 90 y 180 x 180 x 180 x 180 x t echo / t echo 13 C 180 y (x) 1 H n Obrázek 13. Schéma sekvence CPMG pro měření T a rychlosti chemické výměny K měření velmi rychlých chemických výměn se dá použít sekvence CPMG s proměnnou délkou echa. 4
25 6.3. MĚŘENÍ NOE Jde o porovnání intensity uhlíkového spektra se spektrem, kde je na uhlíky přenesena magnetisace z okolních vodíků. Při ozařování vodíků se vlivem Overhauserova jevu přenáší magnetisace na uhlík, jehož signál měříme. Dále se měří signál bez předchozího ozařování. NOE je podílem intensit z obou spekter. [14] 90 y 13 C Spektrum 1 1 H ozař ování decoupling 90 y 13 C Spektrum 1 H decoupling Obrázek 14. Schéma sekvence k měření NOE 5
26 EXPERIMENTÁLNÍ ČÁST 7. NASTAVENÍ MĚŘENÍ 7.1. VZOREK mg 5,6-dipropoxy-5,11,17,3-tetra-tert-butylkalix[4]arenu (Pavel Lhoták, VŠCHT Praha) bylo rozpuštěno v 0.75 ml deuterovaného chloroformu (Uvasol, deuterování min %). Roztok o koncentraci cca 0.03 mol/l byl uzavřen v 5mm kyvetě pod kryptonovou atmosférou. 7.. SPEKTROMETR Měření bylo provedeno na spektrometru Bruker Avance 500, jehož pracovní frekvence je MHz pro jádra 1 H a MHz pro jádra 13 C, pomocí sondy TBO. K regulaci teploty byla použita teplotní jednotka BVT Teplota byla kalibrována pomocí methanolového standardu. Přesnost nastavení teploty je ± 0. K, stabilita ± 0.1 K PULSY Délka uhlíkového devadesátistupňového pulsu se pohybovala mezi 8.0 a 1.3 µs, délka vodíkového devadesátistupňového pulsu byla od 11.8 do 13. µs. Délky pulsů se významně měnily s teplotou. Navíc v případě uhlíkových spekter bylo nutné používat nižší než optimální výkon radiofrekvenčního pole k zamezení jiskření na cívkách resonančního obvodu měřicí sondy MĚŘENÍ PODÉLNÉ RELAXACE Podélná relaxační doba byla měřena sekvencí Inversion Recovery popsané v kapitole 6 vždy pro 1 časů t mix. Nejmenším časem je 10 µs, největší udává následující tabulka. Akvisice trvala vždy 1.4 s. Jako D1 je označena doba před každým scanem, kdy se spinový systém navrací do rovnováhy. Její součet s akvisicí by měl být nejméně 3T 1 pro nejdelší T 1 ve spektru. To není zcela splněno, neboť jádra A7 a B7 (kvarterní uhlíky terciárního butylu) relaxují řádově déle než ostatní a brát na ně ohled by znamenalo neúnosně prodloužit experiment. Relaxace těchto jader tedy nebyly vyhodnocovány a nastavení odpovídá dalšímu nejpomaleji relaxujícímu peaku, kterým je B1. Všechny experimenty byly měřeny na 51 scanů. Tabulka 1. Nastavení měření T 1 T [K] t mix max D1 [s]
27 7.5. MĚŘENÍ NOE Jaderný Overhauserův jev byl měřen pomocí sekvence popsané v kapitole 6 vždy na 51 scanů. Doba ozařování vodíkových jader byla 10 µs u prvního spektra, u druhého spektra odpovídala přibližně pětinásobku T 1 a je uvedena v tabulce. Čekací doba D1 je přibližně desetkrát T 1, rovněž uvedena v tabulce. Tabulka. Nastavení měření NOE T [K] t max [s] D1 [s] NOE je podíl intensit z obou spekter MĚŘENÍ PŘÍČNÉ RELAXACE Příčné relaxace byly měřeny pomocí sekvence CPMG. Běžné měření příčné relaxační doby T se provádí při fixní hodnotě τ echo ~ 800 µs, aby byly splněny podmínky τ echo >> 13 C puls a τ echo << 1/J. kde je v našem případě jednovazebný CH coupling asi 150 Hz. Příspěvek chemické výměny k relaxační rychlosti obecně závisí na použitém echočase. Proto je pro stanovení relaxačního příspěvku chemické výměny třeba echočas měnit. Ukázalo se však, že výměna je natolik rychlá, že relaxační rychlost už na echočase nezávisí. Body měřené při různých echočasech lze tudíž využít pro výpočet příčné relaxační doby. Tabulka 3. Měření příčné relaxace T [K] bodů t echo min [µs] t echo max [µs] D
28 8. JEDNODIMENSIONÁLNÍ SPEKTRA 8.1. VODÍKOVÉ SPEKTRUM Vodíkové spektrum je vyobrazeno na obrázku 15. Toto spektrum bylo měřeno při 98 K a není upraveno na nulovou hodnotu posunu TMS. A8 B8 OH B5, A3 A5, B3 spab ax, sp AA ax B9 (a, b) spbb eq, spab eq, spaa eq B10 B11 spbb ax ppm Obrázek 15. Vodíkové spektrum Chemický posun hydroxylové skupiny mírně závisí na teplotě. Jeho hodnoty jsou uvedeny v tabulce 4. Tabulka 4. Chemický posun vodíku hydroxylové skupiny T [K] δ [ppm] Směrem k nízkým teplotám je pozorovatelné rozšíření čáry. Může jít o efekt způsobený zpomalováním chemické výměny - obě hydroxylové skupiny nejsou ekvivalentní. 8
29 8.. UHLÍKOVÉ SPEKTRUM DIPROPOXYKALIX[4]ARENU Přiřazení spektra bylo provedeno pomocí uhlíkového spektra APT (Attached Proton Test - jednodimensionální spektrum s odlišením sudého a lichého počtu navázaných vodíků), vodíkového spektra a dvoudimensionálních spekter HMQC (Heteronuclear Multiple-Quantum Correlation, naměřené spektrum ukazuje souvislost peaků různých prvků přes jednu chemickou vazbu) a HMBC (Heteronuclear Multiple-Bond Correlation, naměřené spektrum ukazuje souvislost peaků různých prvků přes dvě, ev. tři chemické vazby) měřených při teplotě 98 K. Tabulka 5. Chemické posuny jednotlivých uhlíků Uhlík δ [ppm] B A B A B B A A 18. B B A A B B A spab 3.6 spaa 3.4 A B9 31. spbb 30.3 B10 3. B Na následujících obrázcích je vidět uhlíkové spektrum (při 50 K) s vyznačením poloh jednotlivých peaků a příslušných uhlíkových jader. 9
30 B CDCl B B TMS ppm Obrázek 16. Uhlíkové spektrum, celek B5, B3 A3, A5 B1 A1 B4 A4 B B6 A6 A ppm Obrázek 17. Uhlíkové spektrum, výřez - aromatická část 30
31 A8 B8 B7 A7 spab spaa spbb ppm Obrázek 18. Uhlíkové spektrum, výřez 31
32 9. VÝSLEDKY RELAXAČNÍCH MĚŘENÍ 9.1. PODÉLNÁ RELAXAČNÍ DOBA Parametr zpracování LB (exponenciální apodisace signálu volné precese) byl pro všechny teploty 5 Hz. Naměřené relaxační doby shrnuje následující tabulka: Tabulka 6. Podélné relaxační doby T [K] Uhlík T 1 [s] B A B A B B A A B B A A B B A spab spaa A B spbb B B Jsou-li dvě políčka tabulky sloučena, znamená to, že se signály obou jader překrývají a nebylo je možné oddělit. Prázdné políčko značí, že se relaxační dobu nepodařilo ze spektra vyhodnotit (signál měl příliš nízkou intensitu vzhledem k šumu). Chyba měření relaxačních dob T 1 byla odhadnuta na 5 %. Tento odhad zahrnuje jak statistickou chybu fitů, tak případné systematické odchylky. I hodnoty ze sloučených peaků byly použity pro další zpracování. Považuji to za oprávněné vzhledem k tomu, že jde o jádra ve velmi podobném postavení a navíc při teplotách, kde byly relaxační doby vyhodnoceny zvlášť, je jejich rozdíl hluboko pod chybou měření. 3
33 Graf 1 a) Podélné relaxační doby uhlíků na hydroxylovaném kruhu A T1 [s] A1 A4 A6 A A3 A T [K] Graf 1 b) Podélné relaxační doby uhlíků na propylovaném kruhu B T1 [s] B1 B4 B B6 B5 B T [K] 33
34 Graf 1 c) Podélné relaxační doby uhlíků mimo aromatické kruhy (kromě A7, B7) T1 [s] B9 spab spaa A8 B9 spbb B10 B T [K] Graf 1 d) Podélné relaxační doby kvarterních uhlíků A7, B T1 [s] 4 3 B7 A T [K] 34
35 Podélné relaxační doby rostou s teplotou, minima ve sledované teplotní oblasti nedosahují. Krátké relaxační doby mají především uhlíky s jedním nebo více navázanými vodíky, které mají účinný dipól-dipólový relaxační mechanismus. Uhlíková jádra bez přímo vázaných vodíků relaxují pomaleji, převážně díky anisotropii chemického posunu. Kvarterní uhlíky A7 a B7 nemají vlastní vodík a jejich okolí je dosti isotropní, relaxují proto velmi pomalu. 9.. JADERNÝ OVERHAUSERŮV JEV Parametr zpracování LB činil ve všech případech 8 Hz. Tabulka 7. Jaderný Overhauserův jev T [K] Uhlík NOE B A B A B B A A B5 1.7 B A A B B A spab spaa.118 A B spbb B B Chyba NOE byla odhadnuta na 10 %. 35
36 Graf a) NOE uhlíků na hydroxylovaném kruhu A. NOE A1 A4 A6 A A3 A T [K] Graf b) NOE uhlíků na propylovaném kruhu B. NOE B1 B4 B B6 B5 B T [K] 36
37 Graf c) NOE uhlíků mimo aromatické kruhy 3.8 NOE B9 B7 A7 spab spaa A8 B8 spbb B10 B T [K] Nejvyšší hodnotu NOE mají uhlíky s více než jedním navázaným vodíkem. U uhlíků B11, které mají tři vodíky, se NOE blíží nejvyšší možné hodnotě 3. Naopak nízkou hodnotu NOE mají uhlíky bez přímo vázaných vodíků. 37
38 9.3. PŘÍČNÁ RELAXAČNÍ DOBA Parametr zpracování LB všech experimentů byl 5 Hz. Tabulka 8. Příčné relaxační doby T [K] Uhlík Τ [s] B A B A B B A A B B A A Β B A spab spaa A B spbb Β Β Chyba příčných relaxačních dob byla odhadnuta na 10 %. Tento odhad opět zahrnuje i případné systematické chyby. 38
39 Graf 3 a) Příčné relaxační doby uhlíků na hydroxylovaném kruhu A 1. 1 T [s] A1 A4 A6 A A3 A T [K] Graf 3 b) Příčné relaxační doby uhlíků na propylovaném kruhu B T [s] B1 B4 B B6 B5 B T [K] 39
40 Β Graf 3 c) Příčné relaxační doby uhlíků mimo aromatické kruhy (kromě A7, B7) T [s] spab spaa A8 B8 spbb Β 10 Β T [K] Graf 3 d) Příčné relaxační doby kvarterních uhlíků A7, B T [s] 3 B7 A T [K] 40
41 Nejrychleji opět relaxují uhlíky, které mají vlastní vodík a tedy účinný dipól-dipólový relaxační mechanismus. U dvojic jader A, A6 a B, B6, jejichž podélné relaxační doby byly v rámci přesnosti měření shodné, jsou u příčné relaxace patrné rozdíly, způsobené různou velikostí příspěvku chemické výměny. 41
42 10. ZPRACOVÁNÍ EXPERIMENTŮ STANOVENÍ KONSTANT DCC A CSA PRO VÝPOČTY K relaxaci uhlíku, který má přímo vázaný proton, přispívá nejvíce dipól-dipólová interakce s tímto protonem. Vedle toho existuje malý příspěvek i od vzdálenějších jader vodíku. Tento příspěvek je nezanedbatelný zejména u uhlíků, které přímo vázaný vodík nemají a dominantní meachanismus jejich relaxace je anisotropie chemického posunu. Z tohoto důvodu byly k výpočtu dipol-dipolové interakční konstanty použity vždy všechny vodíky vzdálené od daného uhlíkového jádra ve vypočtené struktuře molekuly [8] méně než 4 Å, vliv vzdálenějších jader se považuje za zanedbatelný. U přímo vázaných vodíků byla vzdálenost opravena na 1.1 Å u aromatických uhlíků, Å u uhlíků mimo aromatické kruhy, protože pro stanovení dipól-dipólové konstanty je potřebné vystředovat mezijadernou vzdálenost přes všechny obsazené vibrační stavy, nikoliv jen použít mezijadernou vzdálenost odpovídající základnímu stavu. Použité vzdálenosti se již dříve osvědčily při interpretaci uhlíkových relaxací v kalixarenech [1]. Vzdálenosti vzdálenějších vodíků od příslušného uhlíku byly získány z ab initio vypočítané struktury [8] - předpokládá se, že vliv vyšších vibračních stavů na výslednou hodnotu bude velmi malý. Pro každý pár uhlík-vodík byla konstanta DCC vypočtena zvlášť podle vztahu 8. V rovnicích pro relaxace, 3 vystupuje konstanta DCC v kvadrátu, násobená počtem navázaných vodíků. Protože je tato konstanta pro každý vodík jiná, byla namísto toho ve výpočtech použita suma kvadrátů. Příspěvky interakcí se vzdálenějšími vodíky jsou malé a uvedená oprava prvního řádu umožňuje jejich jednoduché efektivní zahrnutí. Pro výpočty byly tedy použity vztahy R = 1 4 K [ J ( ω ω ) + 3J ( ω ) + 6J ( ω + ω )] DD 1 H C C H C, (41) R 1 = K[ 4J (0) + J ( ω H ωc ) + 3J ( ω C ) + 6J ( ω H ) + 6J ( ω H + ω )]; (4) 8 DD C K označuje součet kvadrátů konstant DCC pro interakci se všemi vodíky v okolí daného uhlíkového atomu. Pro uhlíky, které ve spektru tvoří jednu čáru, byl použit průměr takto získaných hodnot K. CSA byly převzaty z výpočtu ab initio [8]. 4
43 Tabulka 9. Použité kvadráty dipól dipolóvých konstant K a efektivní anisotropie chemických posunů, CSA Uhlík K/10 9 [s - ] CSA [ppm] B A B A B B A A B B A A B B A spab spaa A B spbb B B LIPARIHO-SZABÓŮV MODEL K dalšímu zpracování hodnot T 1 a NOE byl použit Lipariho-Szabóův model. Tento model se hodí pro molekuly, které mají kromě isotropně rotující části (kalixarenový skelet) také části s vlastními, anisotropními pohyby (tert-butyly a propyly). Z výpočtu pomocí Lipariho-Szabóova modelu byly získány globální korelační časy molekuly, parametry uspořádání a lokální korelační časy jednotlivých uhlíků a zejména DD CSA jejich příčné relaxační rychlosti R + bez příspěvku chemické výměny. Výpočty byly provedeny pro všechna jádra a relaxační parametry současně, pro každou teplotu zvlášť. Chyby korelačních časů a parametrů uspořádání byly získány pomocí metody Monte Carlo. Z normálního rozdělení se středem v experimentální hodnotě a rozptylem daném chybou měření bylo náhodně vygenerováno vždy 50 nových souborů dat. Pro každý z nich byly vypočteny globální a lokální korelační časy a parametry uspořádání. Standardní odchylka takto vypočtených hodnot se bere za chybu výsledku. Nafitované globální korelační časy shrnuje tabulka 10, teplotní závislost ukazuje graf 4. Tabulka 10. Globální korelační časy T [K] τ M [ps] chyba τ M
44 τ Graf 4. Globální korelační čas M [ps] T [K] Globální korelační časy splňují teplotní závislost podle Arrheniovy rovnice (1). Z fitování teplotní závislosti touto rovnicí vyplývá: τ 0 = (1.6 ± 0.5) ps, E A = (11.1 ± 0.7) kj/mol. Parametry uspořádání jednotlivých atomů a lokální korelační časy jejich pohybů shrnuje tabulka 11, resp
45 Tabulka 11. Parametry uspořádání T [K] Uhlík S B ± ± ± ± ± 0.09 A ± ± ± ± ± 0.08 B ± ± ± ± ± 0.05 A ± ± ± ± ± 0.05 B 0.97 ± ± ± ± ± 0.07 B ± ± ± ± ± 0.05 A ± ± ± ± ± 0.08 A 1.00 ± ± ± ± ± 0.06 B ± 0.04 B ± ± ± ± ± 0.07 A ± ± ± ± ± 0.06 A ± ± ± 0.07 B ± ± ± ± ± 0.03 B7 0.5 ± ± ± ± ± 0.03 A7 0.6 ± ± ± ± ± 0.0 spab 0.98 ± ± ± ± ± 0.06 spaa 0.94 ± ± ± ± 0.07 A ± ± ± ± ± 0.05 B8 0.9 ± ± ± ± ± 0.0 spbb 0.84 ± ± ± ± ± 0.0 B ± ± ± ± ± 0.03 B ± ± ± ± ± 0.0 blízké jedné značí, že daný atom má jen velmi omezenou možnost vnitřního pohybu v molekule. Vysoké hodnoty parametru uspořádání mají všechny uhlíky kalixarenového skeletu. Tento skelet je tedy poměrně tuhý, pokud jde o pohyby v časové škále ps ns). Oproti tomu nízké hodnoty znamenají více vnitřního pohybu v příslušné části molekuly. Ty jsou vidět u tert-butylů a propylů. B11, koncový uhlík propylového řetězce, má velmi nízký parametr uspořádání, což odpovídá tomu, že se pohybuje dosti volně. S Tabulka 1. Lokální korelační časy T [K] Uhlík τ E [ps] B7 7 ± 8 15 ± 4 13 ± 7 0 ± 3 4 ± 6 A7 8 ± 6 13 ± 5 13 ± 5 0 ± 3 0 ± 5 A8 45 ± 9 49 ± 9 5 ± 8 50 ± 9 50 ± 11 B8 45 ± 13 7 ± 0 49 ± ± 8 47 ± 7 B9 10 ± ± 1 0 ± 9 0 ± 5 0 ± 7 B10 66 ± ± 1 63 ± 8 54 ± 1 43 ± 11 B11 39 ± 4 37 ± 4 34 ± 4 1 ± 3 18 ± 3 Tabulka 1 ukazuje získané lokální časy pro uhlíky tert-butylových a propylových skupin. Přestože jejich hodnoty jsou zatíženy poměrně vysokými chybami, lze říci, že jejich hodnoty jsou v řádu desítek pikosekund a vesměs podle očekávání klesají s rostoucí teplotou. 45
46 U jader kalixarenového skeletu nemá lokální korelační čas smysl, protože parametr uspořádání S se blíží jedné. Příčné relaxační rychlosti odpovídající dipól-dopólové a CSA relaxaci bez působení chemické výměny shrnuje tabulka 13: DD CSA Tabulka 13. Nafitované hodnoty R + T [K] DD CSA Uhlík R + [s -1 ] B A B A B B A A B A A B B A spab spaa A B spbb B B chyba Chyba těchto hodnot (poslední řádek tabulky) byla odhadnuta pro každou teplotu zvlášť, ale pro všechna jádra současně, jako statistická odchylka fitu podélných relaxačních rychlostí (rozdíl naměřené a nafitované R 1 ). DD CSA Srovnání naměřených relaxačních rychlostí R a vypočtených rychlostí R + bez příspěvku chemické výměny ukazuje následující graf. 46
OPVK CZ.1.07/2.2.00/
18.2.2013 OPVK CZ.1.07/2.2.00/28.0184 Cvičení z NMR OCH/NMR Mgr. Tomáš Pospíšil, Ph.D. LS 2012/2013 18.2.2013 NMR základní principy NMR Nukleární Magnetická Resonance N - nukleární (studujeme vlastnosti
Nukleární Overhauserův efekt (NOE)
Nukleární Overhauserův efekt (NOE) NOE je důsledek dipolární interakce mezi dvěma jádry. Vzniká přímou interakcí volně přes prostor, tudíž není ovlivněn chemickými vazbami jako nepřímá spin-spinová interakce.
SPEKTROSKOPIE NUKLEÁRNÍ MAGNETICKÉ REZONANCE
SPEKTROSKOPIE NUKLEÁRNÍ MAGNETICKÉ REZONANCE Obecné základy nedestruktivní metoda strukturní analýzy zabývá se rezonancí atomových jader nutná podmínka pro měření spekter: nenulový spin atomového jádra
BAKALÁŘSKÁ PRÁCE. Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta. Veronika Deckerová
Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta BAKALÁŘSKÁ PRÁCE Veronika Deckerová Studium dynamického chování kalix[4]arenu pomocí NMR spektroskopie Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí bakalářské
spinový rotační moment (moment hybnosti) kvantové číslo jaderného spinu I pro NMR - jádra s I 0
Spektroskopie NMR - teoretické základy spin nukleonů, spin jádra, kvantová čísla energetické stavy jádra v magnetickém poli rezonanční podmínka - instrumentace pulsní metody, pulsní sekvence relaxační
Metody spektrální. Metody molekulové spektroskopie NMR. Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti
Metody spektrální Metody molekulové spektroskopie NMR Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti Spektroskopie NMR - teoretické základy spin nukleonů, spin jádra, kvantová čísla
magnetizace M(t) potom, co těsně po rychlé změně získal vzorek magnetizaci M 0. T 1, (2)
1 Pracovní úkoly Pulsní metoda MR (část základní) 1. astavení optimálních excitačních podmínek signálu FID 1 H ve vzorku pryže 2. Měření závislosti amplitudy signálu FID 1 H ve vzorku pryže na délce excitačního
Nukleární Overhauserův efekt (NOE)
LEKCE 8 Nukleární verhauserův efekt (NE) určení prostorové struktury molekul využití REY spektroskopie projevy NE a chemické výměny v jednom systému Nukleární verhauserův efekt (NE) důsledek dipolární
PODĚ KOVÁNÍ. Prohlašuji, že jsem svou diplomovou práci napsala samostatně a výhradně s použitím citovaných pramenů. Souhlasím se zapůjčováním práce.
U N I V E R Z I T A K A R L OVA V P R A Z E MATEMATICKO-FYZIKÁLNÍ FAKULTA D I P L O M OV Á P R Á C E Kateřina Šetková STUDIUM DYNAMIKY MAKROCYKLICKÝCH INKLUZNÍCH KOMPLEXŮ POMOCÍ NMR SPEKTROSKOPIE Katedra
Dynamické procesy & Pokročilé aplikace NMR. chemická výměna, translační difuze, gradientní pulsy, potlačení rozpouštědla, NMR proteinů
Dynamické procesy & Pokročilé aplikace NMR chemická výměna, translační difuze, gradientní pulsy, potlačení rozpouštědla, NMR proteinů Chemická výměna jakýkoli proces při kterém dané jádro mění svůj stav
12.NMR spektrometrie při analýze roztoků
Evropský sociální fond Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti 12.NMR spektrometrie při analýze roztoků Pavel Matějka pavel.matejka@vscht.cz pavel.matejka@gmail.com 12.NMR spektrometrie při analýze
NMR spektroskopie. Úvod
NMR spektroskopie Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem umístěným v silném magnetickém poli poskytuje
Úvod do strukturní analýzy farmaceutických látek
Úvod do strukturní analýzy farmaceutických látek Garant předmětu: doc. Ing. Bohumil Dolenský, Ph.D. A28, linka 40, dolenskb@vscht.cz Nukleární Magnetická Rezonance I. Příprava předmětu byla podpořena projektem
Autor: martina urbanová, jiří brus. Základní experimentální postupy NMR spektroskopie pevného stavu
Autor: martina urbanová, jiří brus Základní experimentální postupy NMR spektroskopie pevného stavu Obsah přednášky anizotropní interakce v pevných látkách techniky rušení anizotropie jaderných interakcí
NMR spektroskopie rádiové frekvence jádra spinovou rezonancí jader spinový moment lichý počet
NMR spektroskopie NMR spektroskopie Nukleární Magnetická Resonance - spektroskopická metoda založená na měření absorpce elektromagnetického záření (rádiové frekvence asi od 4 do 900 MHz). Na rozdíl od
Praktické příklady měření a interpretace chemické é výměny a relaxací. rychlostních konstant k. Měření
Praktické příklady měření a interpretace chemické é výměny a relaxací A. Chemická výměna 1. Dynamická NMR - teplotně závislá 1D spektra. Výměnná spektroskopie - EXY (EXchange pectroscopy) Měření rychlostních
Nukleární magnetická rezonance (NMR)
Nukleární magnetická rezonance (NMR) Nukleární magnetické rezonance (NMR) princip ZDROJ E = h. elektro-magnetické záření E energie záření h Plankova konstanta frekvence záření VZOREK E E 1 E 0 DETEKTOR
Naše NMR spektrometry
Naše NMR spektrometry Varian NMR System 300 MHz Varian INOVA 400 MHz Bruker Avance III 600 MHz NMR spektrometr magnet průřez supravodičem NMR spektrometr sonda Tvar spektra reálná část imaginární část
Skoro každý prvek má nějaký stabilní isotop s nenulovým spinem. (Výjimky: Ar, Tc, Ce, Pm)
Gyromagnetická částice, jev magnetické rezonance Pojmy s kterýma se můžete setkat: u elektronů lze Bohrův magneton Zkoumat NMR lze jen ty jádra, které mají nenulový jaderný spin: Několik systematických
Opakování
Slabé vazebné interakce Opakování Co je to atom? Opakování Opakování Co je to atom? Atom je nejmenší částice hmoty, chemicky dále nedělitelná. Skládá se z atomového jádra obsahujícího protony a neutrony
Optické spektroskopie 1 LS 2014/15
Optické spektroskopie 1 LS 2014/15 Martin Kubala 585634179 mkubala@prfnw.upol.cz 1.Úvod Velikosti objektů v přírodě Dítě ~ 1 m (10 0 m) Prst ~ 2 cm (10-2 m) Vlas ~ 0.1 mm (10-4 m) Buňka ~ 20 m (10-5 m)
Základy NMR 2D spektroskopie
Základy NMR 2D spektroskopie Jaroslav Kříž Ústav makromolekulární chemie AV ČR v.v.i. puls 1D : d 1 Fourierova transformace časového rozvoje odezvy dá 1D spektrum 2D: d 1 d 1 d 1 d 0 d 0 + in 0 d 0 + 2in
Fyzika IV Dynamika jader v molekulách
Dynamika jader v molekulách vibrace rotace Dynamika jader v molekulách rotační energetické hladiny (dvouatomová molekula) moment setrvačnosti kolem osy procházející těžištěm osa těžiště m2 m1 r2 r1 R moment
Nukleární magnetická rezonance (NMR)
Nukleární magnetická rezonance (NMR) Mgr. Zdeněk Moravec, Ph.D. Úvod Zkratka NMR znamená Nukleární Magnetická Rezonance. Jde o analytickou metodu, která na základě absorpce radiofrekvenčního záření vzorkem
Základy Mössbauerovy spektroskopie. Libor Machala
Základy Mössbauerovy spektroskopie Libor Machala Rudolf L. Mössbauer 1958: jev bezodrazové rezonanční absorpce záření gama atomovým jádrem 1961: Nobelova cena Analogie s rezonanční absorpcí akustických
PRAKTIKUM IV. Oddělení fyzikálních praktik při Kabinetu výuky obecné fyziky MFF UK
Oddělení fyzikálních praktik při Kabinetu výuky obecné fyziky MFF UK PRAKTIKUM IV Úloha č.: X Název: Studium nukleární magnetické rezonance Vypracoval: Michal Bareš dne.11.7 Pracovní úkol 1) Nastavte optimální
ZÁKLADY SPEKTROMETRIE NUKLEÁRNÍ MAGNETICKÉ REZONANCE
ZÁKLADY SPEKTROMETRIE NUKLEÁRNÍ MAGNETICKÉ REZONANCE Co to je NMR? nedestruktivní spektroskopická metoda využívající magnetických vlastností atomových jader ke studiu struktury molekul metoda č.1 pro určování
LEKCE 7. Interpretace 13 C NMR spekter. Využití 2D experimentů. Zpracování, výpočet a databáze NMR spekter (ACD/Labs, Topspin, Mnova) ppm
LEKCE 7 Interpretace 13 C MR spekter Využití 2D experimentů ppm 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 6.5 6.0 5.5 5.0 4.5 4.0 3.5 3.0 2.5 2.0 1.5 1.0 ppm Zpracování, výpočet a databáze MR spekter
Experimentální data pro určení struktury proteinu
Experimentální data pro určení struktury proteinu přiřazení co největšího počtu rezonancí intenzita NOESY krospíků chemické posuvy J-vazby vodíkové můstky zbytková dipolární interakce... omezení vzdáleností
Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta DIPLOMOVÁ PRÁCE. Petr Dvořák
Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta DIPLOMOVÁ PRÁCE Petr Dvořák Studium dynamického chování směsi H 2 O/D 2 O pomocí NMR relaxací Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí diplomové práce:
Úvod do strukturní analýzy farmaceutických látek
Úvod do strukturní analýzy farmaceutických látek Garant předmětu: doc. Ing. Bohumil Dolenský, Ph.D. A28, linka 40, dolenskb@vscht.cz Nukleární Magnetická Rezonance II. Příprava předmětu byla podpořena
LEKCE 1b. Základní parametry 1 H NMR spekter. Symetrie v NMR spektrech: homotopické, enantiotopické, diastereotopické protony (skupiny)*
Základní parametry 1 NMR spekter LEKCE 1b Symetrie v NMR spektrech: homotopické, enantiotopické, diastereotopické protony (skupiny)* 3.5 3.0 2.5 2.0 1.5 Základní parametry 1 NMR spekter Počet signálů ve
Chemická výměna. K ex K B
Chemická výměna K ex K B Vliv chemické výměny na NMR spektrum Pomalá vs. rychlá chemická výměna Metody měření rychlosti chemické výměny a příklady: Dynamická NMR a příklad EXY a příklady Chemická výměna
O Minimální počet valencí potřebných ke spojení vícevazných atomů = (24 C + 3 O + 7 N 1) * 2 = 66 valencí
Jméno a příjmení:_bohumil_dolenský_ Datum:_10.12.2010_ Fakulta:_FCHI_ Kruh:_ÚACh_ 1. Sepište seznam signálů 1 H dle klesajícího chemického posunu (včetně nečistot), uveďte chemický posun, multiplicitu
Spektra 1 H NMR. Velmi zjednodušeně! Bohumil Dolenský
Spektra 1 MR Velmi zjednodušeně! Bohumil Dolenský Spektra 1 MR... Počet signálů C 17 18 2 O 2 MeO Počet signálů = počet neekvivalentních skupin OMe = informace o symetrii molekuly Spektrum 1 MR... Počet
Techniky přenosu polarizace cross -polarizace a spinová difuse
(3) jiri brus Techniky přenosu polarizace cross -polarizace a spinová difuse laboratory frame, spin rotating frame laboratory frame, spin Ω H B H ω, ω, ω 0, B H ω 0, Ω C B C ω B 0,, 0 ω B, B C B B,, Zvýšení
NMR spektroskopie Instrumentální a strukturní analýza
NMR spektroskopie Instrumentální a strukturní analýza prof. RNDr. Zdeněk Friedl, CSc. Použitá a doporučená literatura Solomons T.W.G., Fryhle C.B.: Organic Chemistry, 8th Ed., Wiley 2004. Günther H.: NMR
Dobývání znalostí. Doc. RNDr. Iveta Mrázová, CSc. Katedra teoretické informatiky Matematicko-fyzikální fakulta Univerzity Karlovy v Praze
Dobývání znalostí Doc. RNDr. Iveta Mrázová, CSc. Katedra teoretické informatiky Matematicko-fyzikální fakulta Univerzity Karlovy v Praze Dobývání znalostí Pravděpodobnost a učení Doc. RNDr. Iveta Mrázová,
Spektrální metody NMR I. opakování
Spektrální metody NMR I opakování Využití NMR určování chemické struktury přírodní látky, organická syntéza konstituce, konformace, konfigurace ověření čistoty studium dynamických procesů reakční kinetika
Základní parametry 1 H NMR spekter
LEKCE 1a Základní parametry 1 NMR spekter Počet signálů ve spektru (zjištění počtu skupin chemicky ekvivalentních jader) Integrální intenzita (intenzita pásů závisí na počtu jader) Chemický posun (polohy
ZÁKLADNÍ EXPERIMENTÁLNÍ
Kurz praktické NMR spektroskopie 10. - 12. říjen 2011, Praha ZÁKLADNÍ EXPERIMENTÁLNÍ POSTUPY NMR ROZTOKŮ A KAPALIN Jana Svobodová Ústav Makromolekulární chemie AV ČR, v.v.i. Bruker 600 Avance III PŘÍSTROJOVÉ
Fyzika IV. 1) orbitální magnetický moment (... moment proudové smyčky) gyromagnetický poměr: kvantování: Bohrův magneton: 2) spinový magnetický moment
λ=21 cm 1) orbitální magnetický moment (... moment proudové smyčky) μ I S gyromagnetický poměr: kvantování: Bohrův magneton: 2) spinový magnetický moment 2 Zeemanův jev - rozštěpení spektrálních čar v
Elektromagnetické záření. lineárně polarizované záření. Cirkulárně polarizované záření
Elektromagnetické záření lineárně polarizované záření Cirkulárně polarizované záření Levotočivé Pravotočivé 1 Foton Jakékoli elektromagnetické vlnění je kvantováno na fotony, charakterizované: Vlnovou
Relaxace jaderného spinu
Relaace jaderného spinu ecitace relaace Relaační dob Metod měření relaačních dob Relaační mechanism Dipól-dipólová relaace Nukleární verhauserův efekt Příklad dnamika trisacharidu Relaační jev Relaace
Dvourozměrná NMR spektroskopie metody
Dvourozměrná NMR spektroskopie metody Marcela Strnadová 1D-NMR: experimentální FID je funkcí jediné časové proměnné - detekčního času t 2, spektrum získané Fourierovou transformací je funkcí frekvence
Hamiltonián popisující atom vodíku ve vnějším magnetickém poli:
Orbitální a spinový magnetický moment a jejich interakce s vnějším polem Vše na příkladu atomu H: Elektron (e - ) a jádro (u atomu H pouze p + ) mají vlastní magnetický moment (= spin). Tyto dva dipóly
Využití NMR spektroskopie pro studium biomakromolekul RCSB PDB
Využití NMR spektroskopie pro studium biomakromolekul RCSB PDB Uplatnění NMR spektroskopie chemická struktura kovalentní struktura konformace, geometrie molekul dynamické procesy chemické a konformační
Studium komplexace -cyklodextrinu s diclofenacem s využitím NMR spektroskopie
Jména: Datum: Studium komplexace -cyklodextrinu s diclofenacem s využitím NMR spektroskopie Cílem laboratorního cvičení je prozkoumat interakce léčiva diclofenac s -cyklodextrinem v D 2 O při tvorbě komplexu
Kvantová fyzika atomárních soustav letní semestr VIII. KOTLÁŘSKÁ 23. DUBNA 2014
F40 Kvantová fyzika atomárních soustav letní semestr 03-04 VIII. Vibrace víceatomových molekul cvičení KOTLÁŘSKÁ 3. DUBNA 04 Úvodem capsule o maticích a jejich diagonalisaci definice "vibračních módů"
Strukturní analýza. NMR spektroskopie
Strukturní analýza NMR spektroskopie RNDr. Zdeněk Tošner, Ph.D. lavova 8, místnost 020 tel. 22195 1323 tosner@natur.cuni.cz www.natur.cuni.cz/nmr/vyuka.html Literatura Böhm, Smrčková-Voltrová: Strukturní
LEKCE 3b. Využití 2D experimentů k přiřazení složitější molekuly. Zpracování, výpočet a databáze NMR spekter (ACD/Labs, Topspin, Mnova) ppm
LEKCE 3b Využití D experimentů k přiřazení složitější molekuly ppm ppm 10 1.0 1.5 15.0 130.5 3.0 135 3.5 140 4.0 4.5 145 5.0 150 5.5 155 6.0 6.5 6.5 6.0 5.5 5.0 4.5 4.0 3.5 3.0.5.0 1.5 1.0 ppm 160.6.4..0
SPEKTRÁLNÍ METODY. Ing. David MILDE, Ph.D. Katedra analytické chemie Tel.: ; (c) David MILDE,
SEKTRÁLNÍ METODY Ing. David MILDE, h.d. Katedra analytické chemie Tel.: 585634443; E-mail: david.milde@upol.cz (c) -2008 oužitá a doporučená literatura Němcová I., Čermáková L., Rychlovský.: Spektrometrické
Relaxace, kontrast. Druhy kontrastů. Vít Herynek MRA T1-IR
Relaxace, kontrast Vít Herynek Druhy kontrastů T1 T1-kl T2 GE MRA T1-IR Larmorova (rezonanční) frekvence Účinek radiofrekvenčního pulsu Larmorova frekvence ω = γ. B Proč se zajímat o relaxační časy? Účinek
PRAKTIKUM I. Oddělení fyzikálních praktik při Kabinetu výuky obecné fyziky MFF UK. Pracoval: Pavel Ševeček stud. skup.: F/F1X/11 dne:
Oddělení fyzikálních praktik při Kabinetu výuky obecné fyziky MFF UK PRAKTIKUM I. Úloha č. VII Název: Studium kmitů vázaných oscilátorů Pracoval: Pavel Ševeček stud. skup.: F/F1X/11 dne: 27. 2. 2012 Odevzdal
Seminář NMR. Mgr. Zdeněk Moravec, Ph.D.; hugo@chemi.muni.cz Ústav chemie, PřF MU, 22.-25. 7. 2013 http://nmrlab.chemi.muni.cz/
Seminář NMR Mgr. Zdeněk Moravec, Ph.D.; hugo@chemi.muni.cz Ústav chemie, PřF MU, 22.-25. 7. 2013 http://nmrlab.chemi.muni.cz/ Osnova Úvod, základní princip Instrumentace magnety, měřící sondy, elektronika
Diskutujte, jak široký bude pás spojený s fosforescencí versus fluorescencí. Udělejte odhad v cm -1.
S použitím modelu volného elektronu (=částice v krabici) spočtěte vlnovou délku a vlnočet nejdlouhovlnějšího elektronového přechodu u molekuly dekapentaenu a oktatetraenu. Diskutujte polohu absorpčního
Od kvantové mechaniky k chemii
Od kvantové mechaniky k chemii Jan Řezáč UOCHB AV ČR 19. září 2017 Jan Řezáč (UOCHB AV ČR) Od kvantové mechaniky k chemii 19. září 2017 1 / 33 Úvod Vztah mezi molekulovou strukturou a makroskopickými vlastnostmi
LEKCE 2b. NMR a chiralita, posunová činidla. Interpretace 13 C NMR spekter
LEKCE 2b NMR a chiralita, posunová činidla Interpretace 13 C NMR spekter Stanovení optické čistoty Enantiomery jsou nerozlišitelné v NMR spektroskopii není možné rozlišit enantiomer od racemátu!!! Enantiotopické
Teorie chemické vazby a molekulární geometrie Molekulární geometrie VSEPR
Geometrie molekul Lewisovy vzorce poskytují informaci o tom které atomy jsou spojeny vazbou a o jakou vazbu se jedná (topologie molekuly). Geometrické uspořádání molekuly je charakterizováno: Délkou vazeb
Jiří Brus. (Verze 1.0.1-2005) (neupravená a neúplná)
Jiří Brus (Verze 1.0.1-2005) (neupravená a neúplná) Ústav makromolekulární chemie AV ČR, Heyrovského nám. 2, Praha 6 - Petřiny 162 06 e-mail: brus@imc.cas.cz Transverzální magnetizace, která vykonává precesi
NUKLEÁRNÍ MAGNETICKÁ REZONANCE
NUKLEÁRNÍ MAGNETICKÁ REZONANCE NMR spektrometrie PRINCIP NMR Jsou-li atomová jádra některých prvků v externím magnetickém poli vystavena vysokofrekvenčnímu elmag. záření, mohou absorbovat záření určitých.
2 Zpracování naměřených dat. 2.1 Gaussův zákon chyb. 2.2 Náhodná veličina a její rozdělení
2 Zpracování naměřených dat Důležitou součástí každé experimentální práce je statistické zpracování naměřených dat. V této krátké kapitole se budeme věnovat určení intervalů spolehlivosti získaných výsledků
3. AMPLITUDOVĚ MODULOVANÉ SIGNÁLY
3. AMPLITUDOVĚ MODULOVANÉ SIGNÁLY Modulací nazýváme proces při kterém je jedním signálem přetvář en jiný signál za účelem př enosu informace. Př i amplitudové modulaci dochází k ovlivňování amplitudy nosného
02 Nevazebné interakce
02 Nevazebné interakce Nevazebné interakce Druh chemické vazby Určují 3D konfiguraci makromolekul, účastní se mnoha biologických procesů, zodpovědné za uspořádání molekul v krystalu Síla nevazebných interakcí
Význam interakční konstanty, Karplusova rovnice
LEKCE 9 Význam interakční konstanty, Karplusova rovnice konfigurace na dvojné vazbě a na šestičlenných kruzích konformace furanosového kruhu TCSY T E E 1 E 1 T 0 6 T E 1 T 0 88 7 0 T E 0 0 E T 0 5 108
Význam interakční konstanty, Karplusova rovnice. konfigurace na dvojné vazbě a na šestičlenných kruzích konformace furanosového kruhu TOCSY
Význam interakční konstanty, Karplusova rovnice konfigurace na dvojné vazbě a na šestičlenných kruzích konformace furanosového kruhu TOCSY Karplusova rovnice ve strukturní analýze J(H,H) = A + B cos f
1 Tyto materiály byly vytvořeny za pomoci grantu FRVŠ číslo 1145/2004.
Prostá regresní a korelační analýza 1 1 Tyto materiály byly vytvořeny za pomoci grantu FRVŠ číslo 1145/2004. Problematika závislosti V podstatě lze rozlišovat mezi závislostí nepodstatnou, čili náhodnou
Nekovalentní interakce
Nekovalentní interakce Jan Řezáč UOCHB AV ČR 31. října 2017 Jan Řezáč (UOCHB AV ČR) Nekovalentní interakce 31. října 2017 1 / 28 Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentních interakcí 3 Projevy v chemii 4 Výpočty
ATOMOVÁ SPEKTROMETRIE
ATOMOVÁ SPEKTROMETRIE Atomová spektrometrie valenčních e - 1. OES (AES). AAS 3. AFS 1 Atomová spektra čárová spektra Tok záření P - množství zářivé energie (Q E ) přenesené od zdroje za jednotku času.
Nerovnovážné systémy Onsagerova hypotéza, fluktuačně disipační teorém
Nerovnovážné systémy Onsagerova hypotéza, fluktuačně disipační teorém Omezení se na nerovnážné systémy v blízkosti rovnováhy Chování systému lze popsat v rámci linear response theory (teorie lineární odezvy)
Nekovalentní interakce
Nekovalentní interakce Jan Řezáč UOCHB AV ČR 3. listopadu 2016 Jan Řezáč (UOCHB AV ČR) Nekovalentní interakce 3. listopadu 2016 1 / 28 Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentních interakcí 3 Projevy v chemii
Metody pro studium pevných látek
Metody pro studium pevných látek Metody Metody termické analýzy Difrakční metody ssnmr Predikce krystalových struktur Metody termické analýzy Termogravimetrie (TG) Diferenční TA (DTA) Rozdíl teplot mezi
Orbitaly, VSEPR 1 / 18
rbitaly, VSEPR Rezonanční struktury, atomové a molekulové orbitaly, hybridizace, určování tvaru molekuly pomocí teorie VSEPR, úvod do symetrie molekul, dipólový moment 1 / 18 Formální náboj Rozdíl mezi
doc. Ing. Richard Hrabal, CSc. Ing. Hana Dvořáková, CSc. RNDr. Jan Lang, PhD. Číslo dveří A 42, telefon 3805,
Vyučující: doc. Ing. Richard rabal, CSc. Ing. ana Dvořáková, CSc. RNDr. Jan Lang, PhD. Číslo dveří A 42, telefon 3805, e-mail hrabalr@vscht.cz Termín: každé pondělí od 8.30 do 11.30 Místo: posluchárna
Zeemanův jev. 1 Úvod (1)
Zeemanův jev Tereza Gerguri (Gymnázium Slovanské náměstí, Brno) Stanislav Marek (Gymnázium Slovanské náměstí, Brno) Michal Schulz (Gymnázium Komenského, Havířov) Abstrakt Cílem našeho experimentu je dokázat
Atom vodíku. Nejjednodušší soustava: p + e Řešitelná exaktně. Kulová symetrie. Potenciální energie mezi p + e. e =
Atom vodíku Nejjednodušší soustava: p + e Řešitelná exaktně Kulová symetrie Potenciální energie mezi p + e V 2 e = 4πε r 0 1 Polární souřadnice využití kulové symetrie atomu Ψ(x,y,z) Ψ(r,θ, φ) x =? y=?
Orbitaly, VSEPR. Zdeněk Moravec, 16. listopadu / 21
rbitaly, VSEPR Rezonanční struktury, atomové a molekulové orbitaly, hybridizace, určování tvaru molekuly pomocí teorie VSEPR, úvod do symetrie molekul, dipólový moment Zdeněk Moravec, http://z-moravec.net
INSTRUMENTÁLNÍ METODY
INSTRUMENTÁLNÍ METODY ACH/IM David MILDE, 2014 Dělení instrumentálních metod Spektrální metody (MILDE) Separační metody (JIROVSKÝ) Elektroanalytické metody (JIROVSKÝ) Ostatní: imunochemické, radioanalytické,
4. Statika základní pojmy a základy rovnováhy sil
4. Statika základní pojmy a základy rovnováhy sil Síla je veličina vektorová. Je určena působištěm, směrem, smyslem a velikostí. Působiště síly je bod, ve kterém se přenáší účinek síly na těleso. Směr
m = V = Sv t P i tomto pohybu rozpohybuje i tekutinu, kterou má v cest. Hmotnost této tekutiny je nepochybn
Odpor vzduchu JAKUB BENDA, MILAN ROJKO Gymnázium Jana Nerudy, Praha V kroužku experimentální fyziky jsme ov ovali vztah: F = ½ SC v (1) V tomto vztahu je F odporová aerodynamická síla p sobící na t leso
Přednáška IX: Elektronová spektroskopie II.
Přednáška IX: Elektronová spektroskopie II. 1 Försterův resonanční přenos energie Pravděpodobnost (rychlost) přenosu je určená jako: k ret 1 = τ 0 D R r 0 6 0 τ D R 0 r Doba života donoru v excitovaném
COSY + - podmínky měření a zpracování dat ztráta rozlišení ve spektru. inphase dublet, disperzní. antiphase dublet, absorpční
y x COSY 90 y chem. posuv J vazba 90 x : : inphase dublet, disperzní inphase dublet, disperzní antiphase dublet, absorpční antiphase dublet, absorpční diagonální pík krospík + - - + podmínky měření a zpracování
MECHANIKA TUHÉHO TĚLESA
MECHANIKA TUHÉHO TĚLESA. Základní teze tuhé těleso ideální těleso, které nemůže být deformováno působením žádné (libovolně velké) vnější síly druhy pohybu tuhého tělesa a) translace (posuvný pohyb) všechny
10A1_IR spektroskopie
C6200-Biochemické metody 10A1_IR spektroskopie Petr Zbořil IR spektroskopie Excitace vibračních a rotačních přechodů Valenční vibrace n Deformační vibrace d IR spektroskopie N atomů = 3N stupňů volnosti
Zajímavé vlastnosti sluneční atmosféry: magnetická a rychlostní pole
Zajímavé vlastnosti sluneční atmosféry: magnetická a rychlostní pole Spektroskopie (nejen) ve sluneční fyzice LS 2011/2012 Michal Švanda Astronomický ústav MFF UK Astronomický ústav AV ČR Vliv na tvar
Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta BAKALÁŘSKÁ PRÁCE. Petr Dvořák. Studium spin-mřížkové a spin-spinové relaxace NMR jader 1
Univerzita Karlova v Praze Matematicko-fyzikální fakulta BAKALÁŘSKÁ PRÁCE Petr Dvořák Studium spin-mřížkové a spin-spinové relaxace NMR jader H ve vodě Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí bakalářské
4. Napjatost v bodě tělesa
p04 1 4. Napjatost v bodě tělesa Předpokládejme, že bod C je nebezpečným bodem tělesa a pro zabránění vzniku mezních stavů je m.j. třeba zaručit, že napětí v tomto bodě nepřesáhne definované mezní hodnoty.
Mezimolekulové interakce
Mezimolekulové interakce Interakce molekul reaktivně vzniká či zaniká kovalentní vazba překryv elektronových oblaků, mění se vlastnosti nereaktivně vznikají molekulové komplexy slabá, nekovalentní, nechemická,
Postup při interpretaci NMR spekter neznámého vzorku
Postup při interpretaci NMR spekter neznámého vzorku VŠCT 2017, Bohumil Dolenský, dolenskb@vscht.cz Tento text byl vypracován pro projekt Inovace předmětu Semestrální práce oboru analytická chemie I. Slouží
Příloha č. 1. amplitudová charakteristika filtru fázová charakteristika filtru / frekvence / Hz. 1. Určení proudové hustoty
Příloha č. 1 Při hodnocení expozice nízkofrekvenčnímu elektromagnetickému poli (0 Hz 10 MHz) je určující veličinou modifikovaná proudová hustota J mod indukovaná v tělesné tkáni. Jak je uvedeno v nařízení
Magnetická rezonance
Úvod Základy Fyzika MRI Magnetická rezonance J. Kybic, J. Hornak 1, M. Bock, J. Hozman April 28, 2008 1 http://www.cis.rit.edu/htbooks/mri/ Úvod Základy Fyzika MRI Magnetická rezonance Úvod a motivace
Laserová technika prosince Katedra fyzikální elektroniky.
Laserová technika 1 Aktivní prostředí Šíření rezonančního záření dvouhladinovým prostředím Jan Šulc Katedra fyzikální elektroniky České vysoké učení technické jan.sulc@fjfi.cvut.cz 22. prosince 2016 Program
Dekapling, koherentní transfer polarizace, nukleární Overhauserův jev
Dekapling Dekapling, koherentní transfer polarizace, nukleární Overhauserův jev Dekaplingem rozumíme odstranění vlivu J-vazby XA na na spektra jader A působením dalšího radiofrekvenčního pole ( ω X )na
Magnetická rezonance (2)
NMR spektroskopie Principy zobrazování Fourierovské MRI Magnetická rezonance (2) J. Kybic, J. Hornak 1, M. Bock, J. Hozman 2008 2013 1 http://www.cis.rit.edu/htbooks/mri/ NMR spektroskopie Principy zobrazování
Úvod do moderní fyziky. lekce 3 stavba a struktura atomu
Úvod do moderní fyziky lekce 3 stavba a struktura atomu Vývoj představ o stavbě atomu 1904 J. J. Thomson pudinkový model atomu 1909 H. Geiger, E. Marsden experiment s ozařováním zlaté fólie alfa částicemi
Přednášky z lékařské biofyziky Biofyzikální ústav Lékařské fakulty Masarykovy univerzity, Brno
Přednášky z lékařské biofyziky Biofyzikální ústav Lékařské fakulty Masarykovy univerzity, Brno 1 Přednášky z lékařské biofyziky Biofyzikální ústav Lékařské fakulty Masarykovy univerzity, Brno Struktura
2. Atomové jádro a jeho stabilita
2. Atomové jádro a jeho stabilita Atom je nejmenší hmotnou a chemicky nedělitelnou částicí. Je tvořen jádrem, které obsahuje protony a neutrony, a elektronovým obalem. Elementární částice proton neutron
Překryv orbitalů. Vznik vazby překryvem orbitalů na dvou různých atomech A, B Obsazeno dvojicí elektronů Ψ = Ψ A Ψ Β
Překryv orbitalů Vznik vazby překryvem orbitalů na dvou různých atomech A, B Obsazeno dvojicí elektronů Ψ = Ψ A Ψ Β Podmínky překryvu: Vhodná symetrie, znaménko vlnové funkce Vhodná energie, srovnatelná,
Relaxace II. a chemická výměna
Relaxace II. a chemická výměna excitace relaxace Relaxační mechanismy pokračování Dipól-dipólová relaxace Nukleární verhauserův efekt+ příklady hemická výměna + příklady Kvadrupolární interakce Multipólový