izolovaných z hemokultur

Transkript

1 Identifikace mléčných bakterií izolovaných z hemokultur P. Švec 1, A. Ševčíková 2, M. Vancanneyt 3, I. Sedláček 1 1 Česká sbírka mikroorganismů, PřF MU, Brno 2 Fakultní nemocnice Brno 3 BCCM/LMG Bacteria Collection, University Gent, Belgie

2 Mléčné bakterie charakteristika heterogenní skupina Gram-pozitivní, kataláza-negativní koky, tyčky, vlákna anaerobní, mikroaerofilní nebo aerotolerantní kys. mléčná hlavní produkt fermentace taxonomicky velmi bohatá skupina Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, Streptococcus, Carnobacterium, Enterococcus, Bifidobacterium,

3 Mléčné bakterie fylogenetická pozice vysoké G+C Atopobium Bifidobacterium Corynebacterium Leuconostoc, Lactobacillus nízké G+C Lactobacillus, Pediococcus Streptococcus Lactococcus Enterococcus S. aureus B. subtilis Propionibacterium 10 % E. coli (Schleifer a Ludwig, The Genera of Lactic Acid Bacteria, 1999)

4 Mléčné bakterie charakteristika heterogenní skupina Gram-pozitivní, kataláza-negativní koky, tyčky, vlákna anaerobní, mikroaerofilní nebo aerotolerantní kys. mléčná hlavní produkt fermentace taxonomicky velmi bohatá skupina Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, Streptococcus, Carnobacterium, Enterococcus, Bifidobacterium,

5 Mléčné bakterie význam Pozitivní: přirozená mikroflóra -živé organismy - prostředí součást potravin probiotika Negativní: znehodnocení potravin klinický význam

6 Mléčné bakterie výskyt vhemokulturách obecně oportunně patogenní, nízká virulence imunosuprese, dlouhodobá hospitalizace, chirurgické zákroky, dlouhodobé užívání ATB, sekundárně při jiných vážných infekcích smíšené infekce často kontaminanty Lactobacillus, Leuconostoc, Lactococcus, Weissella

7 Analyzované kmeny 25 kmenů FN Brno automatický systém BacTAlert pozitivní růst na MRS agaru, Gram-pozitivní, kataláza-negativní

8 Zdroj izolace Kmen č. Věk/pohlaví Základní diagnóza Komplikace R R /F persistující astma kortikoidy R R m/M R po resekci, sy krátkého střeva port, parenter.výživa R kapsle jogurt R /F adenoca ovaria chemoterapie, mukositida R /M ependymom chemoterapie, neutropenie R /M polytrauma řízená ventilace R /F Ne-Hodgkin. folikul. lymfom chemoterapie, febrilní neutropenie R /M polytrauma x R /F diabetes mell II.st. bradyfibrilace, řízená ventilace R /M bronchopneumonie x R /M maligní lymfoproliferace hepatosplenomegalie R ,5/M 13 % popálenin x R /M 30 % popálenin plicní ventilace R /M 50 % popálenin hemoperitoneum R m/F sy krátkého střeva parenterální výživa, ileus R /M neuroblastom peritonea chemoterapie, jejunostomie

9 Identifikace -biotypizace API 50CH konvenční testy (15 a45 C, GLG, NH 3,dextran) vyhodnocení programem BACTSELECT v. 8.0

10 Identifikace (GTG) 5 -PCR rep-pcr (repetitive elements) primer (GTG) 5 (5 -GTGGTGGTGGTGGTG-3 ) DNA -> PCR -> ELFO -> shluková analýza jednoduchá, rychlá, druhově až kmenově specifická

11 Identifikace (GTG) 5 -PCR %. R R LMG 6907T Lactobacillus plantarum. LMG 13087T Lact. paracasei ssp. paracasei. LMG 6902T Lactobacillus fermentum. R LMG 9477T Lact. salivarius ssp. salivarius. R R Leuconostoc citreum. LMG 17302T Lact. sakei ssp. carnosus. R LMG 11482T Leu. pseudomesenteroides. R R LMG 8894T Leuconostoc lactis. R R R LMG 6893T Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides. R LMG 9198T Lactobacillus curvatus. R R R R R R LMG 6400T Lactobacillus rhamnosus. LMG 9497T Weissella confusa. R-24489

12 Identifikace celkové buněčné proteiny analýza celkových buněčných proteinů metodou SDS-PAGE buněčný extrakt -> SDS-PAGE -> shluková analýza druhově specifická

13 Identifikace celkové buněčné proteiny

14 Výsledky identifikace Kmen č. API50 + konv. testy REP-PCR SDS-PAGE Lactobacillus plantarum Lactobacillus plantarum NT Lactobacillus plantarum Lactobacillus plantarum NT Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus NT Lactobacillus sp. Lactobacillus sakei ssp. carnosus Lactobacillus sakei ssp. carnosus Leuconostoc lactis Leuconostoc lactis NT Leuconostoc sp. NI Leu. pseudomesenteroides Lactobacillus sp. Lactobacillus curvatus Lactobacillus curvatus Lcb. fermentum Lactobacillus fermentum Lactobacillus fermentum Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides NT Lcb. salivarius ssp. salivarius Lcb. salivarius ssp. salivarius Lcb. salivarius ssp. salivarius Lcb. paracas ssp. paracasei Lcb. paracas ssp. paracasei NT Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides Leu. mesenteroides ssp. mesenteroides Leuconostoc sp. Leuconostoc citreum Leuconostoc citreum Leuconostoc lactis Leuconostoc lactis NT Lactobacillus sp. Weissella confusa NT

15 Výsledky identifikace Lactobacillus rhamnosus 5 Lactobacillus plantarum 2 Lactobacillus paracasei ssp. paracasei 1 Lactobacillus salivarius ssp. salivarius 1 Lactobacillus curvatus 1 Lactobacillus fermentum 1 Lactobacillus sakei ssp. carnosus 1 Leuconostoc lactis 2 Leuconostoc mesenteroides ssp. mesenteroides 2 Leuconostoc pseudomesenteroides 1 Leuconostoc citreum 1 Weissella confusa 1

16 Závěr biotypizace -neidentifikováno: Lac. sakei ssp. carnosus Lac. curvatus Leu. pseudomesenteroides Leu. citreum Weissella confusa (<- Lactobacillus sp.) (GTG) 5 -PCR asds-page vhodné pro LAB velká druhová variabilita ve studované skupině

17 DĚKUJI VÁM ZA POZORNOST Pavel Švec Česká sbírka mikroorganismů, PřF MU Tvrdého Brno